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C CTTTCTT 469.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.882;DP=30;FS=9.118;HRun=0;HaplotypeScore=216.7206;MQ0=0;MQ=54.32;MQRankSum=-3.682;QD=15.65;ReadPosRankSum=0.578;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:509,0,1255 1 1647928 rs1883424 A G 405.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.092;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=54.16;MQRankSum=2.171;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:436,0,313 1 1650657 rs72909028 C G 146.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=54.44;MQRankSum=-0.935;QD=11.27;ReadPosRankSum=-2.777;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:177,0,204 1 1650787 rs1137003 T C 725.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.968;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=15.985;HRun=0;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=55.25;MQRankSum=-0.560;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:755,0,1094 1 1650832 rs72909030 A G 860.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=5.955;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=55.68;MQRankSum=-2.467;QD=10.37;ReadPosRankSum=-1.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,35:83:99:890,0,1375 1 1650845 rs1059831 G A 1618.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.420;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=1.605;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=54.92;MQRankSum=4.156;QD=15.12;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,62:107:99:1648,0,1096 1 1650920 rs36191908 G A 761.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.961;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=6.287;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=53.11;MQRankSum=-6.126;QD=8.19;ReadPosRankSum=-2.786;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,32:93:99:791,0,1635 1 1650960 rs72634834 G A 352.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.66;MQRankSum=-5.070;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.160;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:382,0,655 1 1650967 rs75384210 T C 270.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.201;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=49.37;MQRankSum=-4.480;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:301,0,541 1 1650996 rs74223875 T C 146.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.88;MQRankSum=-3.532;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:176,0,350 1 1651003 rs76941027 G A 90.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.22;MQRankSum=-2.927;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:121,0,279 1 1669734 rs80140081 G T 115.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.933;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=1;MQ=43.27;MQRankSum=-0.933;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:145,0,245 1 1669748 rs115554296 A G 171.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=2.6287;MQ0=0;MQ=44.79;MQRankSum=0.133;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:201,0,147 1 1684169 rs7796 C G 76.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.35:106,0,70 1 1685921 . 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C T 285.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.363;DP=43;Dels=0.00;FS=1.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.905;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:315,0,724 1 9323463 rs77405831 C CTGAGGCAG 694.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=77.9400;MQ0=0;MQ=49.17;MQRankSum=-3.163;QD=49.60;ReadPosRankSum=-1.097;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:733,0,609 1 9323910 rs6688832 G A 435.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.147;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=9.525;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:465,0,614 1 9324213 rs17368528 C T 140.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=20.13;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:53.64:171,0,54 1 9324571 rs9434742 T C 639.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-1.461;QD=15.22;ReadPosRankSum=-0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:669,0,403 1 9324670 rs9434743 A G 652.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.125;HRun=0;HaplotypeScore=3.2350;MQ0=0;MQ=57.37;MQRankSum=0.293;QD=12.55;ReadPosRankSum=2.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:683,0,663 1 9416151 rs9435243 G A 1278.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.015;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.914;HRun=2;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.201;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.715;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1308,0,1000 1 9416346 rs3795309 C T 569.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.561;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.843;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=1.604;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:599,0,620 1 9627521 rs6698575 A G 115.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.09:146,0,59 1 9642329 rs56026893 C T 169.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.480;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.480;QD=16.96;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:40.86:200,0,41 1 9658465 rs9430181 T G 264.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.250;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=0;HaplotypeScore=4.4323;MQ0=0;MQ=56.88;MQRankSum=0.837;QD=8.25;ReadPosRankSum=-0.097;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:294,0,457 1 9658707 rs9430182 G A 73.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.39:103,0,95 1 9770690 rs34885574 C CAG 237.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.626;DB;DP=35;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=102.3302;MQ0=0;MQ=60.31;MQRankSum=-0.453;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.815;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,7:35:99:276,0,328 1 9777586 rs28730669 G C 316.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.380;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:346,0,407 1 9781412 rs12735071 C G 85.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.796;QD=5.69;ReadPosRankSum=-1.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:115,0,342 1 10068261 . 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A G 414.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DP=47;Dels=0.00;FS=7.681;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=40.12;MQRankSum=-0.663;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:444,0,658 1 16893335 rs663405 T C 104.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=1;MQ=48.19;MQRankSum=0.198;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:57.50:135,0,57 1 16907124 rs615115 A C 1349.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.034;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=16;MQ=43.01;MQRankSum=-0.734;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.126;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,56:114:99:1379,0,1548 1 16913416 rs76915367 G C 185.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.106;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.37;MQRankSum=0.318;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:216,0,296 1 16918502 rs3925698 A G 2402.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.677;DB;DP=244;DS;Dels=0.00;FS=0.512;HRun=1;HaplotypeScore=10.8874;MQ0=2;MQ=49.22;MQRankSum=-8.389;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:127,117:244:99:2432,0,3916 1 16918717 rs3872321 C T 177.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.203;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.71;MQRankSum=-0.836;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:207,0,268 1 16918734 rs3928093 G C 219.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.353;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.68;MQRankSum=-1.148;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:250,0,256 1 16935283 rs1762922 T C 82.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.720;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.54:112,0,61 1 16948473 rs446948 C T 483.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.79;MQRankSum=1.833;QD=24.19;ReadPosRankSum=1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:99:514,0,132 1 16952993 rs942268 C G 778.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.560;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.49;MQRankSum=0.060;QD=27.81;ReadPosRankSum=-1.680;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,23:28:89.63:809,0,90 1 16953672 rs3738597 C T 392.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.913;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=48.31;MQRankSum=-0.272;QD=9.34;ReadPosRankSum=-2.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,16:42:99:422,0,595 1 16959101 rs698884 C T 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 1 16959551 rs849696 T C 277.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.592;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:308,0,291 1 16969381 rs9727604 C T 1263.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=42.42;MQRankSum=-6.553;QD=15.99;ReadPosRankSum=-1.112;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,54:79:99:1293,0,561 1 16969715 rs9329444 A G 219.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.444;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.239;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:250,0,456 1 16972920 rs4661882 C T 433.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.808;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.845;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=-1.096;QD=9.22;ReadPosRankSum=-0.830;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:463,0,848 1 16973114 . AGCCATGGTT A 302.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.276;DP=37;FS=2.026;HRun=0;HaplotypeScore=277.7551;MQ0=2;MQ=52.11;MQRankSum=-1.815;QD=7.75;ReadPosRankSum=-1.485;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,5:37:99:341,0,4051 1 16974869 rs4570422 G C 790.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.040;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.420;HRun=0;HaplotypeScore=8.5877;MQ0=8;MQ=48.18;MQRankSum=3.530;QD=15.50;ReadPosRankSum=1.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:820,0,219 1 17013214 rs10907263 T C 475.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=5.041;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.04;MQRankSum=1.626;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.623;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:505,0,531 1 17013916 rs67138410 GT G 1210.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.394;DB;DP=77;FS=5.856;HRun=2;HaplotypeScore=193.3356;MQ0=4;MQ=51.20;MQRankSum=1.086;QD=14.25;ReadPosRankSum=0.878;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:77:99:1250,0,1479 1 17017717 rs12561804 C T 202.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.688;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.471;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:232,0,176 1 17017734 rs12561805 C T 147.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.466;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:177,0,146 1 17030504 rs601031 T A 503.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=5.504;HRun=0;HaplotypeScore=12.8016;MQ0=0;MQ=54.90;MQRankSum=-3.324;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:64:99:533,0,891 1 17030590 rs590170 G A 164.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.156;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.38;MQRankSum=-1.082;QD=7.83;ReadPosRankSum=0.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:194,0,420 1 17030615 . 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C T 116.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.919;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:147,0,275 1 17281759 . C CG 634.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=37.4944;MQ0=0;MQ=61.69;QD=33.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,19:19:57.17:676,57,0 1 17431277 rs6701159 G T 118.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:149,0,172 1 17550121 rs2293912 G A 312.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=0.561;QD=10.43;ReadPosRankSum=-1.226;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:343,0,468 1 17563967 rs2977306 T C 272.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=4.129;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.408;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:303,0,353 1 17570466 rs2293921 T C 110.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:93.83:141,0,94 1 17575645 rs3763589 A C 503.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.611;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.564;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:534,0,483 1 17586010 rs45438395 G A 316.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-0.085;QD=9.05;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:347,0,683 1 17586134 rs3750300 A G 772.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.662;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.405;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:802,0,758 1 17593144 rs2272628 C G 168.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=9.615;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.272;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:199,0,349 1 17593316 rs2272629 G A 771.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.85;MQRankSum=-0.942;QD=14.55;ReadPosRankSum=-0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:801,0,665 1 17597721 rs4595409 A G 63.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=5.26;ReadPosRankSum=1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:93.06:93,0,256 1 17609448 rs2293920 G T 254.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=0.242;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:285,0,556 1 17720391 rs6678552 G A 56.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:86.39:86,0,142 1 17720439 rs6695849 T C 121.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.272;QD=5.78;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:151,0,444 1 17720615 rs10458537 A C 91.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.148;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,166 1 17725358 rs57383037 C G 872.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=1;HaplotypeScore=2.7577;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=-1.732;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.950;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,37:54:99:903,0,351 1 17736578 rs2762890 A G 215.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.811;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:245,0,159 1 17739586 rs942457 G A 169.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=8.704;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=7.38;ReadPosRankSum=1.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:200,0,376 1 17939405 . C A 204.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=-0.036;QD=9.73;ReadPosRankSum=-1.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:234,0,451 1 17948305 . G GGGCCACAGCAGGTACT 1588.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.759;DP=33;FS=1.657;HRun=0;HaplotypeScore=354.3895;MQ0=0;MQ=51.54;MQRankSum=-4.690;QD=48.13;ReadPosRankSum=-1.421;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,3:33:99:1627,0,2682 1 17953748 . G T 204.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.899;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.184;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:235,0,234 1 17959044 rs115686702 A T 323.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.717;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.181;QD=17.97;ReadPosRankSum=-0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:353,0,172 1 18023877 rs11589634 G A 233.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.892;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.279;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.341;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:264,0,353 1 18149510 rs694214 G T 106.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.789;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.394;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:137,0,436 1 18149566 rs2296035 C A 546.49 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G T 114.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.674;DP=15;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.286;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:145,0,283 1 21043913 rs604659 T C 112.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=18.72;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.35:142,0,64 1 21571601 rs12562197 G A 239.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.122;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:270,0,325 1 21573722 rs2229450 G A 352 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.709;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.187;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:99:382,0,170 1 21583973 rs3026879 A G 118.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=10.82;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:149,0,139 1 21584128 rs41497052 G A 130.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=18.64;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.16:160,0,58 1 21755345 rs41302023 T C 229.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7219;MQ0=0;MQ=43.22;MQRankSum=-1.342;QD=8.49;ReadPosRankSum=-1.342;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:259,0,425 1 21786251 rs4654750 T C 133.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.307;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:164,0,116 1 21795288 rs61740199 C T 1249.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.117;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:107:99:1280,0,1394 1 21797204 rs72872292 G C 702.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.793;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=1;HaplotypeScore=4.2231;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=0.526;QD=11.71;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:732,0,761 1 21798144 . C T 1245.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9031;MQ0=4;MQ=47.30;MQRankSum=-5.191;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,58:144:99:1275,0,2134 1 21798249 rs72872297 C G 693.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3216;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.804;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.816;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,31:70:99:723,0,1093 1 21799414 rs78430674 G A 1120.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.791;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9952;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.188;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.004;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,44:96:99:1150,0,1527 1 21799489 rs1971327 T C 153.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.779;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:183,0,195 1 21800185 rs7520015 T G 116.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.90:147,0,56 1 21801346 rs7531217 G A 759.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.720;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.677;QD=17.65;ReadPosRankSum=-1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:789,0,525 1 21804620 . C T 1051.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.999;DP=100;Dels=0.00;FS=1.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.058;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:1081,0,1590 1 21805730 rs2316504 A G 156.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.10;MQRankSum=-0.742;QD=22.33;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.07:186,0,18 1 21805978 rs4654948 G A 365.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.160;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=1.003;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:395,0,418 1 21806571 rs41265989 A G 857.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.094;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.124;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=6;MQ=48.32;MQRankSum=1.565;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.687;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:888,0,602 1 21806840 . 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A G 249.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.495;QD=17.79;ReadPosRankSum=0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:279,0,108 1 26085048 rs35646892 AG A 337.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=35.9610;MQ0=0;MQ=60.00;QD=25.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:36.08:380,36,0 1 26110236 rs79507311 G A 342.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.267;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.899;QD=11.80;ReadPosRankSum=1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:372,0,464 1 26161677 . C T 921.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.706;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.680;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:951,0,1004 1 26310394 rs2275102 A G 468.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.409;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=5.709;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.286;QD=10.90;ReadPosRankSum=-0.584;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:499,0,699 1 26349109 rs78022960 C CT 273.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=23.8355;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.377;QD=24.88;ReadPosRankSum=0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:78.53:313,0,79 1 26357656 rs2736831 C A 432.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6320;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.868;QD=14.40;ReadPosRankSum=-1.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:462,0,327 1 26357667 rs11247848 G A 332.77 PASS 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C G 464.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.491;QD=14.50;ReadPosRankSum=2.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:494,0,436 1 26665991 rs6675432 C G 152.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=19.03;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.17:182,0,60 1 26786627 rs3816539 G A 677.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=3.9782;MQ0=0;MQ=58.94;MQRankSum=3.082;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.476;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:707,0,873 1 26799941 rs2255389 A G 100.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.309;QD=8.40;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:131,0,180 1 26846195 rs4970514 C T 543.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.98;MQRankSum=0.171;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.933;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:574,0,501 1 26872554 rs12723936 A G 103.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.380;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:134,0,167 1 26879792 rs4970489 T C 174.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=14.58;ReadPosRankSum=-0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:205,0,208 1 26880989 rs873151 T C 251.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.025;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:282,0,214 1 26887150 rs34062688 A G 284.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=6.690;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.021;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:315,0,337 1 26887592 rs1064196 T C 358.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.238;HRun=0;HaplotypeScore=2.9570;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.100;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:388,0,599 1 26898575 . 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G T 473.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.910;DP=55;Dels=0.00;FS=2.352;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.548;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.114;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:504,0,975 1 27687366 rs35733093 C G 117.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-1.447;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:147,0,107 1 27709020 rs2504779 T C 351.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=-1.276;QD=17.57;ReadPosRankSum=1.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,16:20:96.90:381,0,97 1 27720178 rs2504786 T C 418.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=1;HaplotypeScore=1.8737;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.528;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.060;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:448,0,545 1 27755156 . G A 122.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.098;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.14;MQRankSum=-1.268;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:152,0,143 1 27878162 rs112179924 C T 1201.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.301;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=4.700;HRun=0;HaplotypeScore=12.4064;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.242;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:1232,0,1158 1 28206588 rs12568383 T C 68.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.07:98,0,96 1 28209305 rs3766398 A G 1247.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.513;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=1;HaplotypeScore=1.8664;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.477;QD=16.20;ReadPosRankSum=-0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,43:77:99:1277,0,874 1 28209362 rs3766399 T C 789.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.342;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.932;HRun=0;HaplotypeScore=2.7764;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=-0.205;QD=10.82;ReadPosRankSum=-3.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,33:73:99:820,0,1164 1 28209366 rs3766400 A G 767.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=2.022;HRun=1;HaplotypeScore=3.5104;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=-1.342;QD=10.66;ReadPosRankSum=-2.553;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:798,0,1189 1 28212272 rs11247705 G A 128.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.18:158,0,23 1 28220484 rs17257252 C A 71.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=7.16;ReadPosRankSum=1.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:102,0,146 1 28282292 rs3813803 T C 671.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4731;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=1.516;QD=15.25;ReadPosRankSum=-1.374;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:701,0,430 1 28599160 . C T 1031.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.622;DP=87;Dels=0.00;FS=0.806;HRun=0;HaplotypeScore=1.9092;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.072;QD=11.86;ReadPosRankSum=1.043;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,40:87:99:1061,0,1339 1 29040799 rs16837667 A G 269.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=16.113;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.515;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.216;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:300,0,749 1 29189597 rs2234918 C T 72.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-1.380;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:67.94:103,0,68 1 29320013 rs111642750 G A 213.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.098;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.535;QD=5.77;ReadPosRankSum=-1.930;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:244,0,635 1 29345009 rs5773229 C CTT 506.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=83.3492;MQ0=0;MQ=57.00;MQRankSum=-0.775;QD=21.11;ReadPosRankSum=-1.830;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:546,0,567 1 29345027 rs2985334 T G 118.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=0.674;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:149,0,338 1 29475341 rs2230678 C T 93.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:124,0,173 1 29475394 rs2230677 C G 53.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.9531;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.684;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:9:83:83,0,174 1 29475648 rs2230679 T G 917.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7907;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.203;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:947,0,1024 1 29527028 . G A 198.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.787;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:228,0,309 1 29529699 rs1062924 T C 95.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:125,0,212 1 29542637 rs1128400 A G 1138.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.875;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8557;MQ0=0;MQ=58.98;MQRankSum=0.739;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,44:86:99:1169,0,1044 1 29542926 rs3003636 A T 72.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.70:103,0,94 1 29616318 rs2076620 C A 99.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=12.43;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:129,0,103 1 29631909 rs2235937 A G 519.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.942;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=0;HaplotypeScore=4.6944;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.404;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:550,0,1343 1 30699340 rs6684063 T G 77.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.54:107,0,61 1 31347399 rs4949184 C T 927.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.244;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=2.683;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.992;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,38:83:99:957,0,1197 1 31409726 . CCT C 454.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.1320;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.196;QD=30.29;ReadPosRankSum=1.110;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:493,0,160 1 31415040 rs114512056 A T 110.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=1.754;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:64.48:141,0,64 1 31418119 rs12142833 C T 181.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=16.46;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:211,0,168 1 31426815 rs2275741 A G 361.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.263;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.658;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=1.195;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:392,0,539 1 31440921 rs4317854 G A 98.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:128,0,25 1 31501755 rs4949331 T C 422.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.536;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.882;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.334;QD=19.21;ReadPosRankSum=-3.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:453,0,253 1 31764713 rs111660652 C CAAG 1017.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=76.4673;MQ0=0;MQ=54.73;QD=63.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:48.16:1060,48,0 1 31905889 rs3050461 A ACAG 2172.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=39;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=108.4150;MQ0=0;MQ=58.89;QD=55.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,37:39:99:2214,111,0 1 31907089 . T C 392.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.892;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.627;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.313;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,17:44:99:423,0,766 1 32084904 rs1056526 C T 1333.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=1.363;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.052;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,56:125:99:1364,0,1731 1 32092525 rs2271933 A G 1244.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=3.464;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.940;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:1274,0,1619 1 32096265 rs1061770 A G 606.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.023;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.404;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=56.34;MQRankSum=0.879;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.141;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,21:33:99:637,0,260 1 32119431 rs3817398 T C 285.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.021;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=-0.919;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.510;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:315,0,304 1 32127911 rs2271927 C T 144.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.422;QD=16.08;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:79.49:175,0,79 1 32127953 rs2271928 G A 193.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-1.545;QD=14.87;ReadPosRankSum=-0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:223,0,145 1 32133737 rs2292988 C T 198.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=9.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.902;QD=9.44;ReadPosRankSum=2.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:228,0,406 1 32134491 rs2271929 C G 98.57 PASS 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C T 260.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.794;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.361;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,12:15:17.68:290,0,18 1 33631069 rs2306257 C A 89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=8.90;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:119,0,174 1 33646950 rs622407 A G 106.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.31:137,0,58 1 33741615 rs7514338 T A 336.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.671;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.368;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:366,0,287 1 33741787 rs12743549 G A 441 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.329;QD=15.21;ReadPosRankSum=0.855;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:471,0,320 1 33760743 rs4641276 T C 660.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=4.051;HRun=4;HaplotypeScore=1.7335;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=-0.315;QD=10.83;ReadPosRankSum=2.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:691,0,916 1 33790496 rs11554674 G A 310.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.083;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.029;QD=12.95;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:341,0,293 1 33799900 rs12734630 G A 345.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.050;QD=19.17;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:375,0,190 1 33820134 rs12026290 C T 177.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:208,0,128 1 33840795 rs10914693 T G 202.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=57.44;MQRankSum=-0.278;QD=18.43;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:233,0,124 1 33954352 rs3795418 A G 104.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.98;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.35:135,0,67 1 33957130 rs3795419 C A 458.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=2.8836;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=2.128;QD=17.62;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:488,0,268 1 33960062 rs9943259 A G 611.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.379;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=7.156;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=2.290;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,28:66:99:641,0,979 1 33985353 rs2641959 C G 520.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.553;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:550,0,558 1 33990366 rs35673825 C G 82.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:112,0,134 1 34002922 . 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C T 52.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8255;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.296;QD=5.27;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:82.66:83,0,254 1 37796436 rs4653277 A G 85.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:25.76:115,0,26 1 37947235 . A T 385.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.421;DP=47;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.517;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:416,0,815 1 37948212 rs215205 C G 202.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.940;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.197;QD=10.64;ReadPosRankSum=-2.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:232,0,384 1 37978999 rs72657778 A C 411.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.837;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.069;QD=14.71;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:442,0,436 1 38018150 rs72657793 T C 215.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=2.533;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:245,0,137 1 38022452 rs2273014 C A 61.70 PASS 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A T 134.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9328;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.470;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,153 1 38338795 rs11488569 A G 785.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.204;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=7.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.371;QD=13.09;ReadPosRankSum=1.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:815,0,662 1 38345896 rs2306427 A C 175.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.52;MQRankSum=-0.146;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:205,0,260 1 38397423 . C G 142.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:56.58:173,0,57 1 38411350 rs11485595 C T 321.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.923;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-1.016;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:351,0,343 1 38411445 rs871524 G A 614.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.307;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.615;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.538;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:645,0,403 1 38444749 rs7555461 T C 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.94;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55.37:110,0,55 1 38453576 rs10890285 A C 105.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.680;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=8.13;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:136,0,278 1 38463504 rs7366048 C T 523.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.257;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.447;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.523;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:553,0,772 1 39715857 . C CA 287.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DP=11;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=23.5981;MQ0=0;MQ=61.94;MQRankSum=0.000;QD=26.15;ReadPosRankSum=0.715;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:73.43:327,0,73 1 39720180 rs75830873 C A 135.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,163 1 39757799 rs16826036 G C 141.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.031;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:172,0,167 1 39766041 rs41270803 A G 371.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.543;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.398;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:402,0,254 1 39797055 rs16826069 A G 718.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.108;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=0.047;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.108;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,32:64:99:748,0,894 1 39801815 rs41270807 A C 388.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.885;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.243;QD=11.44;ReadPosRankSum=0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:419,0,512 1 39815143 rs16826093 T A 353.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.157;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.372;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.109;QD=12.18;ReadPosRankSum=1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:383,0,363 1 39815344 rs41270811 G A 180.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:211,0,185 1 39823032 . A AT 161.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.856;DP=24;FS=10.891;HRun=9;HaplotypeScore=62.5679;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.785;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.399;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:24:99:200,0,279 1 39835817 rs2296172 A G 177.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.280;QD=9.36;ReadPosRankSum=-2.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:208,0,311 1 39845250 . A G 221.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.838;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.208;QD=13.83;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:251,0,243 1 39913351 rs2296173 A G 411.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=18.72;ReadPosRankSum=-1.194;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:442,0,205 1 39919346 rs688320 T G 600.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-0.633;QD=18.20;ReadPosRankSum=-0.090;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:631,0,462 1 39934228 . G A 161.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.467;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.467;QD=13.45;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:191,0,204 1 39988913 . CAG C 240.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.6900;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=24.00;ReadPosRankSum=-1.580;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:99:279,0,139 1 39991474 rs11583829 A C 887.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=11.194;HRun=1;HaplotypeScore=1.8893;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=0.156;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,37:76:99:918,0,1095 1 39991475 rs2230006 G A 815.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.229;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.555;HRun=1;HaplotypeScore=2.7834;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=-0.022;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.624;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,35:74:99:845,0,1100 1 40035686 rs17513135 C T 236.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.323;QD=11.82;ReadPosRankSum=-1.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:266,0,288 1 40036847 rs2293476 G C 1320.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.981;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.308;HRun=1;HaplotypeScore=5.6132;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=2.555;QD=15.54;ReadPosRankSum=-0.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,41:85:99:1350,0,1354 1 40041371 rs79094524 G GA 273.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=28.1234;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.715;QD=24.88;ReadPosRankSum=-0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:69.68:313,0,70 1 40097136 rs11206504 T C 465.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.985;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9988;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.173;QD=17.24;ReadPosRankSum=1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:496,0,273 1 40149551 rs11206617 G C 102.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:133,0,137 1 40149642 rs784634 G T 537.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.737;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=1.701;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:568,0,460 1 40183755 . T C 63.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.63;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.07:94,0,93 1 40207169 rs497333 T G 269.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=4.7346;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.780;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:299,0,225 1 40209408 rs491164 A G 81.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.38;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:111,0,25 1 40229319 rs493473 G A 271.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=0.449;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:302,0,303 1 40349131 rs3845570 G A 82.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.278;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:113,0,143 1 40363054 rs3134614 G C 394.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.579;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.228;HRun=0;HaplotypeScore=1.9305;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=0.051;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:424,0,1003 1 40428587 rs3131699 G T 125.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.752;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=4.467;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.05;MQRankSum=-0.847;QD=7.37;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:155,0,257 1 40432897 rs116255627 G T 149.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.201;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:180,0,249 1 40536074 rs58190778 C CT 1108.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=50.8345;MQ0=0;MQ=59.95;QD=44.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:72.25:1150,72,0 1 40705726 rs10889205 A T 159.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.811;QD=11.39;ReadPosRankSum=2.281;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:14:99:189,0,239 1 40728529 rs35727571 TA T 125.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;FS=5.441;HRun=2;HaplotypeScore=23.1968;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.268;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,195 1 40733658 rs7516571 A G 148.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:88.42:178,0,88 1 41298652 rs913378 T C 396.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.127;QD=10.17;ReadPosRankSum=-2.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:427,0,559 1 41454425 rs6675122 G A 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-2.083;QD=7.28;ReadPosRankSum=1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:227,0,487 1 41466681 . 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T C 218.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DP=25;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=1.9934;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.411;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.794;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:249,0,362 1 42878153 rs9803894 G A 74.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:105,0,110 1 42880516 rs1055055 T C 642.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.435;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=0.589;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.316;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:673,0,757 1 42915727 rs12047095 C G 336.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=-0.028;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,16:54:99:366,0,1009 1 42915753 rs11210647 T C 320.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.137;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.72;MQRankSum=2.462;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.987;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,15:49:99:351,0,869 1 43011030 rs11210668 A G 156.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=17.38;ReadPosRankSum=-1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:61.48:186,0,61 1 43021810 rs12038786 C T 246.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.192;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:276,0,351 1 43047057 rs12037518 A G 600.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.670;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.710;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.110;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:631,0,577 1 43055243 rs10789417 C G 289.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.185;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.185;QD=24.13;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:85.13:320,0,85 1 43119661 rs16829829 C A 188.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.530;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:218,0,215 1 43124859 rs3738494 C T 986.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.254;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.993;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:1016,0,899 1 43126352 . 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C T 1163.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.481;DP=66;Dels=0.00;FS=4.940;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.476;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,41:66:99:1194,0,714 1 43909265 rs2255632 T C 285.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.552;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.021;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:315,0,248 1 43912590 rs2782650 A G 263.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.708;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:294,0,324 1 43917409 rs2251804 T C 210.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.222;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.532;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:240,0,260 1 43917637 rs2251802 G A 333.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.832;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.102;QD=15.18;ReadPosRankSum=1.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:364,0,257 1 44119038 rs3215842 A AT 784.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=50.4715;MQ0=0;MQ=60.86;QD=31.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:69.21:827,69,0 1 44125962 rs67294105 CA C 707.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=62.0187;MQ0=0;MQ=58.55;QD=27.19;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,22:26:66.19:749,66,0 1 44451234 rs1061781 C T 509.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.691;QD=8.35;ReadPosRankSum=1.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,21:61:99:539,0,955 1 44594966 rs2485653 G A 434.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.435;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.702;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.016;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:465,0,535 1 44595113 rs2429051 G C 392.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.293;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=6.397;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.419;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.004;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:422,0,555 1 44595144 . 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G A 160.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.840;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.154;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:190,0,209 1 45220566 rs76670103 C A 99.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:129,0,175 1 45246243 rs11211032 C A 626.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.222;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:656,0,445 1 45444038 rs11556200 G A 766.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.842;QD=9.35;ReadPosRankSum=-1.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,33:82:99:797,0,1220 1 45453893 rs7553658 A C 786.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=10.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.56;MQRankSum=0.253;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:817,0,821 1 45457681 rs12126314 G A 1025.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-0.042;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1056,0,1190 1 45457708 rs12126318 G A 1118.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.744;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8658;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=-1.010;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.905;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1149,0,1553 1 45457873 rs401665 G A 849.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.011;QD=15.73;ReadPosRankSum=2.005;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,33:54:99:879,0,634 1 45471362 rs12739545 G A 96.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.550;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:47.29:127,0,47 1 45472798 rs71896015 TTGTG T 355.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.510;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=155.8563;MQ0=0;MQ=49.43;MQRankSum=0.962;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.283;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:24:30.59:395,0,31 1 45474008 rs7541207 T C 194.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.109;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.951;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:224,0,358 1 45474157 rs2298006 G A 465.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=12.399;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.202;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:495,0,356 1 45474750 rs2275599 A T 370.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.149;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.645;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.798;QD=19.49;ReadPosRankSum=-0.921;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:400,0,177 1 45474755 rs2275598 C G 412.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.198;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.410;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:443,0,217 1 45476489 rs3806405 A G 147.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=24.52;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.07:177,0,18 1 45479772 rs11211066 G T 479.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.399;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.032;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:509,0,430 1 45486272 rs998418 T C 3508.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.450;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.520;HRun=0;HaplotypeScore=3.6512;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=-0.244;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:119,130:250:99:3509,0,3199 1 45504720 rs7551698 G C 393.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.300;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.525;QD=15.74;ReadPosRankSum=1.414;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:423,0,258 1 45795084 . 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G T 167.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.890;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.173;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:197,0,484 1 53175099 rs12726160 A G 387.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.231;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:417,0,301 1 53237526 rs1571979 G A 174.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.329;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.423;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:205,0,304 1 53250650 rs6588443 G A 461.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.006;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.661;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.623;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:492,0,538 1 53261875 . 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T C 318.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.067;DP=32;Dels=0.00;FS=1.385;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.803;QD=9.96;ReadPosRankSum=-2.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:349,0,430 1 53513437 rs1288362 T C 104.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.57:135,0,98 1 53537266 rs1769316 G A 88.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.041;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=1.408;QD=5.91;ReadPosRankSum=-1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:119,0,258 1 53538669 rs12145611 G A 198.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.840;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:228,0,236 1 53544439 rs1288388 G A 1250.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=4.905;HRun=0;HaplotypeScore=6.2350;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=1.862;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,47:122:99:1280,0,1981 1 53544578 rs11206088 T C 396.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.273;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.031;QD=24.80;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:427,0,103 1 53553612 . 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C T 1191.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.483;DP=86;Dels=0.00;FS=1.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.454;QD=13.85;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,49:86:99:1221,0,1019 1 54717654 rs2297029 T C 50.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.11:80,0,57 1 55060362 rs1702003 G A 437.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.916;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=5.093;HRun=0;HaplotypeScore=1.7336;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.542;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.822;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:467,0,386 1 55074840 rs1617287 T A 848.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.741;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=1.012;QD=17.68;ReadPosRankSum=-1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:878,0,552 1 55089071 rs17110842 C T 990.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.985;HRun=0;HaplotypeScore=1.9850;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=0.301;QD=10.53;ReadPosRankSum=1.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,38:94:99:1020,0,1385 1 55119466 rs2304315 C T 839.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.649;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=3.463;QD=14.48;ReadPosRankSum=-1.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,32:58:99:870,0,635 1 55134487 rs478513 G A 530.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.813;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.523;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.280;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:560,0,919 1 55134623 rs116481805 C G 522.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.234;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=7.935;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.702;QD=15.83;ReadPosRankSum=1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:552,0,419 1 55136529 rs480963 T C 240.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=0;HaplotypeScore=2.9660;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:270,0,195 1 55138673 rs564400 C T 74.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:105,0,67 1 55145554 rs17110931 T C 680.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8640;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.654;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.984;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:710,0,990 1 55167773 rs646356 T A 182.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.778;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.718;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.113;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:212,0,223 1 55182300 rs1147990 T A 261.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.571;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.190;QD=10.47;ReadPosRankSum=-0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:292,0,356 1 55197149 rs3815226 T C 298.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.888;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.706;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.462;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:329,0,266 1 55224346 . C T 1729.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.496;DP=129;Dels=0.00;FS=2.410;HRun=0;HaplotypeScore=2.7278;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.600;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.926;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,63:129:99:1759,0,1733 1 55224726 . CTCT C 261.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DP=16;FS=12.707;HRun=0;HaplotypeScore=68.1356;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-0.545;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.663;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:301,0,427 1 55266845 rs1147984 C T 265.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.755;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=5.180;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=14.00;ReadPosRankSum=0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:296,0,273 1 55272578 rs79251775 C T 704.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.884;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:734,0,588 1 55273580 rs9782980 G T 566.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.303;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.191;HRun=0;HaplotypeScore=3.5959;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=1.132;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:596,0,751 1 55277458 rs112795656 G GC 280.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=86.1719;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.533;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:319,0,118 1 55318856 rs11428724 T TG 98.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=21.8796;MQ0=0;MQ=60.00;QD=16.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:12.03:140,12,0 1 55319935 . GA G 111.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DP=14;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=37.4872;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.532;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:151,0,156 1 55336950 rs608458 C G 303.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=6.767;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.928;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:334,0,242 1 55337380 rs2303535 A G 113.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=18.97;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.31:144,0,58 1 55349318 rs61733134 G A 1599.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.503;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=0.611;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=2.003;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,68:153:99:1629,0,2366 1 55349512 . C T 173.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.475;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.386;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:203,0,206 1 55378583 . A G 126.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DP=18;Dels=0.00;FS=5.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.84;MQRankSum=-1.452;QD=7.02;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:156,0,368 1 55379349 . A AT 146.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.772;DP=34;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=126.2628;MQ0=0;MQ=54.83;MQRankSum=-2.101;QD=4.31;ReadPosRankSum=2.417;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,6:34:99:186,0,1073 1 55517861 rs613855 C G 253.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.052;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:283,0,471 1 55517940 rs11800231 G A 621.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.277;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.959;QD=8.75;ReadPosRankSum=1.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,28:71:99:652,0,1116 1 55518093 rs11800243 G A 324.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.534;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.364;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:354,0,423 1 55518160 rs11806638 C A 63.70 PASS 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A G 141.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.387;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:172,0,186 1 62921146 . G A 145.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=-1.034;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:176,0,126 1 62960101 rs10889335 A G 648.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.922;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.811;QD=12.98;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:679,0,705 1 63001120 rs1168018 A C 264.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.657;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.054;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:295,0,161 1 63027411 rs5774610 AG A 168.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=13.2420;MQ0=0;MQ=60.00;QD=33.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:210,15,0 1 63052344 rs56200511 CTA C 209.36 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9916;MQ0=0;MQ=53.66;MQRankSum=-0.931;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:453,0,349 1 65858088 rs6588144 T C 67.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:97.11:97,0,187 1 65858145 rs4325172 G A 200.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.431;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.491;QD=8.37;ReadPosRankSum=-1.371;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:231,0,434 1 65860687 rs4582839 A C 1100.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.841;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.626;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,43:84:99:1130,0,979 1 66058513 rs1137101 A G 300.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.155;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=10.067;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.863;QD=6.01;ReadPosRankSum=-0.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:331,0,1001 1 66067109 rs1805134 T C 483.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.605;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9840;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-1.067;QD=10.50;ReadPosRankSum=-0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:513,0,575 1 67155862 rs10608231 TCTC T 2031.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=192.5266;MQ0=0;MQ=56.59;QD=45.14;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:99:2073,129,0 1 67194911 rs35012153 TTC T 917.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.5775;MQ0=0;MQ=60.43;QD=36.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72.24:959,72,0 1 67243024 rs2133173 C A 933.54 PASS 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G A 255.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.831;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:286,0,252 1 67288045 rs482082 C T 344.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.399;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9799;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.517;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:375,0,574 1 67292473 rs34718535 A AT 596.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.468;DB;DP=30;FS=1.737;HRun=1;HaplotypeScore=127.2477;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-1.290;QD=19.88;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:635,0,458 1 67292478 rs36067642 T A 434.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.516;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.564;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-1.088;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:464,0,307 1 67423997 rs3831089 T TTTCTC 570.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.2298;MQ0=0;MQ=29.00;QD=81.45;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:21.07:612,21,0 1 67442250 . 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T A 834.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.963;DP=82;Dels=0.00;FS=1.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.090;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,32:82:99:864,0,1252 1 76255196 rs112787135 TA T 400.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.286;DB;DP=27;FS=3.771;HRun=3;HaplotypeScore=92.3388;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=-0.510;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.510;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:440,0,465 1 76255228 rs11161620 G A 246.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=12.852;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.894;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.954;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:276,0,425 1 76259677 rs75986168 ACCTAAGAGTGAGACTTAACCCACTTTTAAATTGTTCT A 678.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;FS=12.175;HRun=0;HaplotypeScore=317.7367;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=0.466;QD=61.69;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:718,0,2758 1 76276353 rs12122939 T C 134.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.555;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:165,0,237 1 76313874 rs2047435 C T 382.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.362;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.094;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:413,0,230 1 76333163 rs5745433 T G 209.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.660;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:240,0,193 1 76344011 rs1493367 C A 411.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.530;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=0.659;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.079;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:442,0,293 1 76344711 rs5745449 A T 253.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.457;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.036;QD=12.07;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:283,0,231 1 76344826 rs5745450 G A 102.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:133,0,182 1 76346920 rs5745466 C CAT 2276.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=40;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=93.3589;MQ0=0;MQ=60.42;QD=56.92;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:40:99:2319,120,0 1 76397517 rs17097710 C T 72.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.37:103,0,70 1 76397972 rs3795251 C T 277.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9936;MQ0=0;MQ=55.99;MQRankSum=-0.087;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,353 1 76771475 rs10782610 G T 103.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=14.74;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.47:133,0,97 1 76771495 rs11162118 G C 333.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.752;QD=27.82;ReadPosRankSum=-1.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:47.40:364,0,47 1 76878156 rs17098942 C T 99.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.19:130,0,26 1 77635148 rs1779198 A G 115.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=54.97;MQRankSum=-0.361;QD=12.80;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:145,0,111 1 77672452 . T C 304.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.880;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:335,0,287 1 77685042 rs12723684 T C 354.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.637;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.331;QD=12.23;ReadPosRankSum=-0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:385,0,394 1 77759578 rs2815311 A G 421.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=-0.832;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:451,0,363 1 78024345 rs79671213 C CTAT 1835.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=106.7388;MQ0=0;MQ=56.05;QD=59.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:84.29:1878,84,0 1 78045089 . C T 106.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=21.38;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:19.31:137,0,19 1 78276977 rs4121165 G A 291.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.330;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.63;MQRankSum=-1.484;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:321,0,275 1 78340788 . T C 259.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.57;MQRankSum=-0.286;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.837;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:290,0,256 1 78340789 . 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T G 178.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:44.48:209,0,44 1 111060669 rs1281175 T C 562.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.552;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=5.270;HRun=0;HaplotypeScore=3.7032;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=1.673;QD=7.22;ReadPosRankSum=-0.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,24:78:99:593,0,1484 1 111061062 rs1281174 T C 280.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.99;MQRankSum=0.267;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.601;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:311,0,294 1 111146220 rs78349687 C G 360.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.024;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8900;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.435;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.871;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:43:99:391,0,665 1 111391513 rs12750061 C T 1105.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=3.378;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=-1.555;QD=28.34;ReadPosRankSum=-0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:86.73:1138,87,0 1 111434170 . CTGGTG C 206.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.9266;MQ0=0;MQ=51.91;MQRankSum=-1.221;QD=20.66;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:246,0,258 1 111436857 rs1578956 T G 189.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.165;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:220,0,195 1 111436858 rs1936943 C T 205.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:235,0,196 1 111441829 rs1803259 C T 277.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.518;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:307,0,494 1 111494194 rs2232041 C T 1071.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.386;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=6.349;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.495;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,41:73:99:1101,0,836 1 111550436 rs1149191 C T 66.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.382;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:96.58:97,0,187 1 111661413 rs325916 T C 99.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.699;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.113;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:130,0,318 1 111661528 rs325917 T C 146.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.872;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.097;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.710;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:176,0,204 1 111731211 . T C 86.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.196;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.979;QD=5.74;ReadPosRankSum=1.371;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:116,0,400 1 111770423 rs755467 T G 285.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.076;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:316,0,289 1 111778468 rs961364 G A 269.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.190;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.354;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:300,0,385 1 111778824 rs2251608 T C 63.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.11:93,0,62 1 111783982 rs13721 C T 630.99 PASS 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T A 78.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9863;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-2.017;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:109,0,113 1 111970554 . A C 52.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-1.537;QD=8.71;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.25:82,0,99 1 111990265 rs2298185 T C 198.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.231;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.620;QD=15.30;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:229,0,128 1 111998679 rs12047479 C A 437.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.037;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=-1.672;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:468,0,906 1 112018657 rs6703267 G A 254.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.441;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.070;QD=9.09;ReadPosRankSum=1.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:285,0,368 1 112020222 rs3831358 GC G 104.20 PASS 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C A 425.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9577;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.586;QD=12.52;ReadPosRankSum=0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:456,0,414 1 119157490 rs1742856 A G 390.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.425;QD=26.06;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:38.53:421,0,39 1 119157909 rs1009458 C T 277.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.718;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:91.12:307,0,91 1 119158186 rs1701978 C T 128.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.412;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:158,0,257 1 119466275 rs4659129 A G 229.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.733;QD=23.00;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:49.21:260,0,49 1 119575818 rs3790549 C G 483.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.345;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=8.809;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=0.444;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:514,0,594 1 119762593 rs12119474 G A 79.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=7.91;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:109,0,131 1 119927680 rs6667679 A G 357.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=-0.733;QD=17.85;ReadPosRankSum=0.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:387,0,199 1 119964339 . T TG 275.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.594;DP=21;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=52.1271;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.675;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.249;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:314,0,369 1 119981612 rs10489812 C T 227.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.134;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=57.79;MQRankSum=-1.669;QD=10.36;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:258,0,326 1 119988422 rs11805965 C T 249.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=7.346;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.746;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:280,0,279 1 119988512 rs10923824 G A 299.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.401;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=10.770;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.675;QD=11.53;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:330,0,459 1 119988688 rs11802681 G A 277.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.935;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.165;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,340 1 119988784 rs11801567 T C 75.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.97:106,0,65 1 119988799 rs11802702 G C 65.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.10;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.73:95,0,33 1 120015567 rs4659181 C G 746.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4538;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.248;QD=22.63;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:777,0,320 1 120050300 rs6671149 G T 498.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.581;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.710;QD=14.26;ReadPosRankSum=1.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:529,0,509 1 120053996 rs2273582 A G 80.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=0.727;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:110,0,25 1 120054208 rs6200 C T 293.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=1;HaplotypeScore=3.6838;MQ0=0;MQ=53.72;MQRankSum=-4.275;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:324,0,792 1 120054215 rs6201 A G 195.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.077;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=8.471;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ0=0;MQ=52.66;MQRankSum=-4.768;QD=5.29;ReadPosRankSum=-0.548;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:226,0,758 1 120054250 rs6202 T A 279.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.126;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=52.57;MQRankSum=-3.189;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:310,0,506 1 120056401 rs6673653 G A 1728.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.319;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=10.396;HRun=0;HaplotypeScore=5.5877;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.297;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:118:99:1758,0,1492 1 120057002 rs6205 T C 938.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.180;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.639;HRun=1;HaplotypeScore=2.8614;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=0.166;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:968,0,795 1 120057246 rs1047303 C A 267.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=8.512;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.06;MQRankSum=-1.184;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:297,0,272 1 120101412 rs57709343 C A 174.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.313;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:205,0,134 1 120144172 rs76710296 G T 98.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.83:128,0,94 1 120165826 rs12076924 C T 280.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.182;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:310,0,281 1 120166681 rs12067843 G A 381.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.358;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:412,0,243 1 120254567 . 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G A 588.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.256;DP=49;Dels=0.00;FS=4.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=0.915;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:619,0,692 1 121116647 rs2772072 T A 127.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=9;HaplotypeScore=1.8332;MQ0=0;MQ=45.96;MQRankSum=-1.307;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:157,0,99 1 121116678 rs61806689 C T 163.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=4.9321;MQ0=0;MQ=42.70;MQRankSum=3.011;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:194,0,278 1 121484779 rs4788235 G A 795.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.419;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=2.018;HRun=0;HaplotypeScore=9.9152;MQ0=0;MQ=46.96;MQRankSum=-0.989;QD=10.07;ReadPosRankSum=2.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,36:79:99:826,0,1078 1 142716753 . A AT 109.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DP=11;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=33.5093;MQ0=11;MQ=21.22;MQRankSum=0.103;QD=4.98;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:11:99:149,0,119 1 144531623 rs7527805 G A 72.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.550;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:102,0,107 1 144852390 rs61804988 C T 266.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.596;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.64;MQRankSum=-2.385;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:297,0,208 1 144852545 rs1699760 C T 124.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.30;MQRankSum=-0.140;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.639;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:154,0,269 1 144854052 rs1698584 G A 58.30 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.569;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-3.815;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.431;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:310,0,722 1 144854750 rs75538208 G A 131.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.648;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.82;MQRankSum=-3.693;QD=6.25;ReadPosRankSum=1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:161,0,481 1 144854761 rs79445592 T C 119.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.573;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.59;MQRankSum=-3.308;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:150,0,284 1 144854765 rs78741893 T C 117.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.90;MQRankSum=-3.241;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:148,0,304 1 144855935 rs1698581 A G 374.22 PASS 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T C 221.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=1;MQ=41.59;MQRankSum=0.489;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:251,0,316 1 144951973 rs77471170 T C 503.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.623;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=1;MQ=46.56;MQRankSum=1.019;QD=19.37;ReadPosRankSum=0.728;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:534,0,226 1 144952078 rs71220421 C A 736.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.366;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=10;MQ=42.93;MQRankSum=1.307;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.960;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:85:99:766,0,1087 1 144994658 rs1664022 C A 976.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.937;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=0.123;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.897;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,40:79:99:1006,0,1063 1 145016034 . 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G A 60.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.41;MQRankSum=-0.633;QD=6.06;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:90.55:91,0,172 1 145281361 . TC T 596.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.733;DP=226;DS;FS=0.799;HRun=2;HaplotypeScore=605.1369;MQ0=2;MQ=38.85;MQRankSum=0.163;QD=2.38;ReadPosRankSum=0.908;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:211,39:226:99:635,0,7533 1 145281543 rs8002 C T 1197.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.245;DB;DP=191;DS;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=11.9282;MQ0=1;MQ=43.39;MQRankSum=0.922;QD=6.27;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:135,56:191:99:1227,0,3762 1 145282093 . G A 231.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.168;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.04;MQRankSum=-3.873;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:261,0,424 1 145290320 rs2949607 C T 266.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.9274;MQ0=0;MQ=53.87;MQRankSum=-2.079;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.794;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:296,0,316 1 145290346 rs2746747 A G 364.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.806;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9485;MQ0=0;MQ=51.07;MQRankSum=-2.659;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:395,0,383 1 145290377 rs2982633 T C 550.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9157;MQ0=0;MQ=50.00;MQRankSum=-3.814;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:581,0,727 1 145296268 rs4996271 C T 497.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=4.7518;MQ0=1;MQ=41.31;MQRankSum=-3.850;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.504;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:31:99:528,0,216 1 145297788 rs55732260 G A 903.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.061;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5778;MQ0=0;MQ=47.36;MQRankSum=2.391;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,32:68:99:933,0,834 1 145301697 rs75611366 C T 1524.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.415;DB;DP=201;Dels=0.00;FS=2.310;HRun=0;HaplotypeScore=6.6874;MQ0=13;MQ=40.33;MQRankSum=-1.184;QD=7.59;ReadPosRankSum=-0.994;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:121,79:201:99:1555,0,2909 1 145311083 . A C 4376.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.094;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.751;HRun=1;HaplotypeScore=4.6992;MQ0=2;MQ=43.94;MQRankSum=-0.631;QD=17.51;ReadPosRankSum=2.842;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,152:250:99:4377,0,2094 1 145352463 . T TGC 114.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=55.6571;MQ0=0;MQ=25.12;MQRankSum=1.067;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:9:8.44:153,0,8 1 145355624 . 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C T 512.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.662;DP=39;Dels=0.00;FS=6.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=0.747;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:542,0,648 1 145696694 rs2231375 G A 363.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.050;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.050;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:393,0,187 1 146397300 . G A 414.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.237;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=5;MQ=42.44;MQRankSum=-0.659;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.343;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:444,0,250 1 146397489 rs71271428 G T 540.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.300;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.151;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ0=17;MQ=44.71;MQRankSum=0.188;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,23:61:99:570,0,571 1 146494510 rs11585592 T C 280.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=53.20;MQRankSum=-1.639;QD=15.59;ReadPosRankSum=-1.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:311,0,175 1 146496260 rs7534094 A T 212.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=0.135;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:243,0,157 1 146502615 rs4950332 T G 124.85 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T A 147.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.5777;MQ0=6;MQ=40.44;MQRankSum=-3.307;QD=5.89;ReadPosRankSum=2.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:177,0,277 1 148004890 . 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G A 1429.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.862;DP=143;Dels=0.00;FS=0.659;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=2.369;QD=9.99;ReadPosRankSum=-2.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,63:143:99:1459,0,2083 1 149100045 rs9438388 C T 70.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:100,0,29 1 149262554 rs656978 T C 1386.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.770;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=3.495;HRun=0;HaplotypeScore=2.4029;MQ0=1;MQ=40.64;MQRankSum=-1.311;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,59:91:99:1416,0,844 1 149648547 rs482887 C T 635.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.600;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=4.513;HRun=0;HaplotypeScore=3.6995;MQ0=5;MQ=41.13;MQRankSum=-6.003;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,44:126:99:665,0,2184 1 149648696 rs654715 G A 1143.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.753;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=6.478;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=1;MQ=48.45;MQRankSum=0.594;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:80:99:1174,0,1061 1 149726032 rs2664744 T C 226.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.398;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.46;MQRankSum=-2.154;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.113;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:257,0,282 1 149726118 rs2664745 A G 367.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.433;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.57;MQRankSum=-2.242;QD=11.12;ReadPosRankSum=-1.526;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:397,0,422 1 149726239 rs646092 T A 163.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=46.63;MQRankSum=-0.296;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:86.21:194,0,86 1 149880650 rs35002905 C T 168.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.467;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.259;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:198,0,183 1 149907919 rs61807548 C T 182.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.791;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:213,0,203 1 150025838 . CT C 134.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=42.8344;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:68.87:174,0,69 1 150131687 . C T 105.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:84.54:135,0,85 1 150199039 rs68136184 CTCCTCT C 240.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DB;DP=28;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=162.5091;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=1.113;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.206;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,6:28:99:279,0,1074 1 150199123 rs7522034 G T 227.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.89;MQRankSum=1.068;QD=9.11;ReadPosRankSum=-0.301;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:258,0,339 1 150241230 rs2275780 G T 62.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.78:93,0,109 1 150249101 rs11205354 C A 172 PASS 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A T 997.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.994;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=1.405;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,40:82:99:1027,0,1039 1 153320334 rs3006457 T C 458.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.701;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.373;QD=26.95;ReadPosRankSum=-0.075;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,15:17:2.63:487,0,3 1 153320372 rs3006458 T G 715.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=-0.428;QD=22.36;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,30:32:15.43:748,15,0 1 153390626 rs55985140 G A 1370.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.967;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.94;MQRankSum=0.389;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.145;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,53:94:99:1400,0,1056 1 153410822 rs10888561 C A 399.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.142;QD=15.97;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:429,0,189 1 153430249 rs77369888 TG T 230.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.737;DB;DP=21;FS=3.274;HRun=4;HaplotypeScore=63.5008;MQ0=0;MQ=61.02;MQRankSum=-0.618;QD=11.00;ReadPosRankSum=0.883;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:270,0,324 1 153431506 . 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C CCTT 1373.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=50;FS=2.434;HRun=0;HaplotypeScore=234.2643;MQ0=0;MQ=56.39;MQRankSum=-1.879;QD=27.47;ReadPosRankSum=1.678;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,22:50:99:1412,0,1239 1 153750214 rs5777882 TC T 485.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.916;DB;DP=52;FS=1.107;HRun=6;HaplotypeScore=271.5497;MQ0=0;MQ=56.53;MQRankSum=-0.432;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.061;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:525,0,968 1 154401972 rs6694817 T C 78.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:64.96:108,0,65 1 154407419 rs7518199 A C 105.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.532;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:136,0,165 1 154420778 rs7529229 T C 59.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.55:90,0,27 1 154479657 rs10654618 C CAT 651.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=78.3313;MQ0=0;MQ=56.03;QD=46.51;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:14:39.12:693,39,0 1 154494082 rs4269769 G C 63.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=15.90;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.46:94,0,20 1 154516477 rs12750774 G A 1095.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.079;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=1.272;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,45:105:99:1125,0,1598 1 154524973 rs12144146 A G 527.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.932;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=0.862;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:558,0,529 1 154557685 rs9427094 C T 1540.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=2.338;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.874;QD=12.22;ReadPosRankSum=-1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,61:126:99:1570,0,1727 1 154744807 rs1051614 C T 152.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.175;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.660;QD=6.11;ReadPosRankSum=1.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:183,0,493 1 154744852 rs1131820 A G 384.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.195;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.584;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:415,0,177 1 154794505 rs114043131 G A 150.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:47.62:180,0,48 1 154832304 rs4845397 T C 327.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.696;QD=32.76;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.09:361,27,0 1 154841415 rs57846577 TCTCTCTCTCTCACA T 722.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=17;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=221.0953;MQ0=0;MQ=52.29;MQRankSum=-2.098;QD=42.52;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:762,0,919 1 154901497 . 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C T 712 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.894;DP=55;Dels=0.00;FS=1.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.348;QD=12.95;ReadPosRankSum=1.909;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:742,0,645 1 157517127 rs7531685 C T 86.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.96:117,0,68 1 157522016 rs7552348 G A 94.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.876;QD=10.55;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:125,0,170 1 157548669 rs1885561 T A 55.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.98;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.83:86,0,87 1 157557957 rs11799853 T C 142.23 PASS 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A T 136.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:52.04:166,0,52 1 158389659 rs58605957 T C 114.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.11;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:61.95:145,0,62 1 158390252 rs12239443 T G 959.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.046;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:990,0,899 1 158390501 rs34616883 G A 755.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.275;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.131;HRun=0;HaplotypeScore=1.7853;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=-0.558;QD=9.57;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:786,0,1280 1 158425115 rs112207689 C T 69.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:28.61:99,0,29 1 158584103 rs33925144 GA G 160.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DB;DP=21;FS=4.359;HRun=12;HaplotypeScore=51.0237;MQ0=0;MQ=57.60;MQRankSum=1.540;QD=7.64;ReadPosRankSum=1.540;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:199,0,153 1 158656347 rs60465109 C CAGAG 895.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=104.9238;MQ0=0;MQ=60.40;QD=40.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:22:39.13:937,39,0 1 158848721 rs2427820 T G 227.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.973;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=1.957;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-1.203;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:257,0,176 1 158906715 . 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G A 66.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.51;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:96,0,28 1 159409857 rs12048482 A G 907.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.162;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=0.878;QD=20.16;ReadPosRankSum=0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:937,0,466 1 159410402 . C T 1146.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.367;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=0.390;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,46:89:99:1176,0,1080 1 159505101 rs35393723 G A 727.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.907;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.918;QD=15.16;ReadPosRankSum=-2.072;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,24:48:99:758,0,637 1 159505297 rs4656837 C T 586.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.201;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.599;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=0.381;QD=9.16;ReadPosRankSum=0.576;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:616,0,1169 1 159674933 rs876537 C T 409.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.377;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.620;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:440,0,476 1 159684186 rs1417938 T A 100.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=3;HaplotypeScore=1.9969;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.689;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:130,0,233 1 159799599 rs66783804 C CA 219.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=13;FS=3.802;HRun=3;HaplotypeScore=27.0483;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.141;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.831;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:258,0,144 1 159800003 . C T 140.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=10.82;ReadPosRankSum=-1.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:171,0,232 1 159803002 rs10157127 G A 1562.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.096;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.640;HRun=1;HaplotypeScore=2.6960;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-0.893;QD=14.47;ReadPosRankSum=-1.301;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,60:108:99:1593,0,1373 1 159804970 . C G 558.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DP=40;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=0;HaplotypeScore=1.8100;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.419;QD=13.96;ReadPosRankSum=-1.880;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:588,0,525 1 159827475 rs11584200 G A 67.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=16.94;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:98,0,28 1 159828746 rs2501337 G A 286.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.89;ReadPosRankSum=-0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:316,0,191 1 159832425 rs2494507 G A 138.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.212;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:169,0,186 1 159842691 rs4460634 C G 446.24 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C T 137.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:168,0,133 1 172718106 rs115457643 A G 741.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.261;HRun=0;HaplotypeScore=4.5726;MQ0=0;MQ=58.28;MQRankSum=0.510;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.170;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:771,0,719 1 172718554 . 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A AT 133.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DP=11;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=25.2988;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=0.573;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.573;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:51.11:172,0,51 1 184801065 rs487675 T C 309.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-0.641;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:340,0,660 1 184868251 rs3753575 G A 398.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-1.102;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:429,0,170 1 185137464 . 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TTTC T 312.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.223;DP=16;FS=1.987;HRun=0;HaplotypeScore=79.8029;MQ0=0;MQ=55.82;MQRankSum=-0.423;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.953;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:352,0,331 1 185984517 rs6665753 T C 294.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.626;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.680;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.843;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:325,0,365 1 186022032 rs10911808 T G 249.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.091;QD=11.89;ReadPosRankSum=-2.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:280,0,322 1 186026474 rs12129650 T C 407.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:438,0,549 1 186031041 rs7522627 C T 308.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.598;HRun=0;HaplotypeScore=5.2502;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.982;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:339,0,336 1 186050417 rs10798035 A G 1909.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=2.600;HRun=1;HaplotypeScore=3.4403;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=0.167;QD=17.68;ReadPosRankSum=0.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,61:108:99:1940,0,1122 1 186055371 rs6425017 A G 661.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.848;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.743;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.768;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:691,0,494 1 186057181 rs10911816 T C 100.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.551;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:130,0,269 1 186077463 rs1555495 A G 79.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:18.55:110,0,19 1 186081918 rs7555520 C T 124.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=6.57;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:155,0,331 1 186113617 . 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G A 58.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=44.98;MQRankSum=-0.550;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:56.61:89,0,57 1 197513931 rs6665511 A G 58.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=41.96;MQRankSum=-0.406;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.13:88,0,89 1 197576307 rs11411505 A AT 1039.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=50.0380;MQ0=0;MQ=59.87;QD=38.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:78.24:1081,78,0 1 197874949 rs2270763 T C 1292.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.107;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.796;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.480;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,50:97:99:1322,0,1222 1 198288709 rs6679100 A G 100.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:130,0,236 1 199356619 rs659503 A C 66.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.06:97,0,62 1 199357243 rs502360 A G 214.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.86;MQRankSum=0.462;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:244,0,368 1 199357350 rs501451 T C 77.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.92;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.72:108,0,70 1 199357586 rs693911 G C 114.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=0.551;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:144,0,284 1 199878423 rs11584013 T C 194.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=19.47;ReadPosRankSum=-1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:81.79:225,0,82 1 199878777 rs6693560 G A 69.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:99,0,145 1 200080463 rs3828110 C T 154.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=5.5485;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.296;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:43.36:185,0,43 1 200080464 rs80350388 C A 54.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=5.7842;MQ0=0;MQ=54.65;MQRankSum=0.361;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:84.75:85,0,148 1 200090120 rs3762398 G A 350.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=2.039;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=-0.976;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.239;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:381,0,600 1 200143281 rs1060060 C T 222.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.066;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.022;QD=7.42;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:252,0,546 1 200182703 . 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G T 129.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=16.16;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:98.34:159,0,98 1 202126900 . C T 484.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.311;DP=47;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=0.032;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.565;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:515,0,628 1 202194441 rs3010067 G C 289.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.370;QD=24.12;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:86.35:319,0,86 1 202197161 rs3795598 C T 388.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.806;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.520;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.561;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:419,0,370 1 202536848 rs2292489 C T 383.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.810;QD=25.59;ReadPosRankSum=-1.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:33.10:417,33,0 1 202572105 rs68164776 GCC G 1710.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=47;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=162.2143;MQ0=0;MQ=60.89;QD=36.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,47:47:99:1753,138,0 1 202715244 rs5780122 G GA 643.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=81.6009;MQ0=0;MQ=58.73;QD=30.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:60.17:686,60,0 1 202731986 rs71142551 C CCTCAA 1148.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=69.5597;MQ0=0;MQ=49.48;QD=57.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,14:20:48.15:1190,48,0 1 202861566 rs1042990 A G 81.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.036;QD=8.16;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:112,0,203 1 202881302 rs6692075 C T 173.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=6.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.352;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,8:31:99:203,0,621 1 202887295 rs2275734 G A 927.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.959;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=13.347;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.833;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:958,0,693 1 202888947 rs3182429 T C 444.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.102;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=-1.220;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:474,0,328 1 202920300 rs2275737 A C 77.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=19.39;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:108,0,27 1 202920304 rs2275738 T C 73.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.35;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:103,0,25 1 203025209 rs11590950 G C 260.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.122;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=1.592;QD=13.72;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:291,0,249 1 203032922 rs62816261 C T 407.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.667;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=56.72;MQRankSum=-0.413;QD=11.65;ReadPosRankSum=1.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:438,0,486 1 203036757 rs2275354 T C 125.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.110;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.318;QD=7.35;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:155,0,361 1 203040816 rs2270540 G C 97.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.071;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=6.008;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.202;QD=6.93;ReadPosRankSum=1.485;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:127,0,231 1 203055101 rs4950877 A G 74.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.27;ReadPosRankSum=1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,137 1 203152047 . C T 56.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:10:86.16:86,0,177 1 203465396 rs2242199 T C 138.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.485;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.581;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:169,0,259 1 203677315 . T G 496.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.294;DP=38;Dels=0.00;FS=1.594;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=-0.319;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:38:99:526,0,485 1 203709034 rs955865 A G 108.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:138,0,134 1 203709068 rs955866 T C 58.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.07:89,0,62 1 203740615 rs3737976 T C 1039.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.961;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.433;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.827;QD=17.32;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:1069,0,752 1 203743122 rs3820194 G A 943.47 PASS 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C T 456.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.362;QD=21.73;ReadPosRankSum=-0.662;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:486,0,178 1 204512100 rs4252717 T C 1123.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=6.864;HRun=0;HaplotypeScore=3.9882;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=1.639;QD=30.36;ReadPosRankSum=1.639;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:57.80:1156,58,0 1 204945618 rs12124296 G A 169.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.683;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:98.61:200,0,99 1 204945665 rs6668275 G A 395.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-1.131;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:425,0,521 1 204945678 rs58682625 A AT 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T TC 136.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=10;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=19.7367;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:175,0,140 1 205744020 . G A 379.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.850;DP=30;Dels=0.00;FS=1.494;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=-0.644;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:410,0,336 1 205764031 . 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G A 176.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.635;QD=14.70;ReadPosRankSum=1.977;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:206,0,133 1 222713501 rs3748663 C A 539.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.655;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.107;QD=14.59;ReadPosRankSum=0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:570,0,411 1 222713621 rs3748665 C T 574.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.559;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.143;HRun=0;HaplotypeScore=3.9893;MQ0=0;MQ=57.94;MQRankSum=2.227;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:605,0,649 1 222713750 rs3828079 G A 55.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:85.57:86,0,133 1 222715247 rs11487812 A G 115.90 PASS 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T TATC 656.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.186;DP=27;FS=2.291;HRun=0;HaplotypeScore=83.7888;MQ0=0;MQ=58.22;MQRankSum=0.087;QD=24.31;ReadPosRankSum=1.241;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:695,0,499 1 229622162 rs1065675 A G 487.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.454;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:518,0,336 1 229623137 rs4925493 T C 241.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.660;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.320;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:271,0,365 1 229623338 rs1065674 T C 469.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.265;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=1.621;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:499,0,705 1 229663064 rs113712941 GAGGAA G 1145.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=199.5717;MQ0=0;MQ=39.48;QD=32.73;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,20:35:63.20:1188,63,0 1 229675343 rs35725309 C T 543.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.327;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=4.865;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.443;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:573,0,396 1 229683264 rs3738187 G A 219.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=6.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.394;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:249,0,425 1 229730452 rs2295625 G A 1241.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.418;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=2.879;HRun=0;HaplotypeScore=2.9923;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=1.048;QD=12.93;ReadPosRankSum=2.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,47:96:99:1272,0,1253 1 229738080 . G A 224.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=-1.104;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:254,0,490 1 229750343 rs2273574 T G 139.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:92.39:169,0,92 1 229772932 rs3811474 A G 636.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.442;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.090;HRun=0;HaplotypeScore=1.8401;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=0.410;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.363;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:666,0,498 1 229773441 rs3811475 C T 317.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.428;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.964;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:348,0,486 1 229790048 rs7521953 A G 1060.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.348;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.797;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=1.498;QD=11.78;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,40:90:99:1091,0,1291 1 229795045 rs41309637 G C 717.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.523;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.536;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.719;QD=11.04;ReadPosRankSum=-1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:748,0,1158 1 229795070 rs1048306 T G 826.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.797;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.729;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.587;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:47:99:857,0,490 1 230371883 rs3811488 G A 90.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.635;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=1.461;QD=7.53;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:120,0,200 1 230381977 . A G 62.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=6.91;ReadPosRankSum=-1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:92.14:92,0,216 1 230384970 rs1923950 G A 619.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.477;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.492;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.623;QD=18.78;ReadPosRankSum=-0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:650,0,261 1 230386341 rs2273966 T A 177.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.368;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.053;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:207,0,261 1 230410162 rs12091838 C T 330.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.456;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7330;MQ0=0;MQ=58.38;MQRankSum=-0.536;QD=10.67;ReadPosRankSum=2.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:361,0,460 1 230530229 rs35768939 A AGT 293.15 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T C 88.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.198;QD=12.67;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:32.72:119,0,33 1 233362930 rs701176 G A 718.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.547;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.953;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.493;QD=19.42;ReadPosRankSum=-1.161;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:749,0,322 1 233397752 rs6701073 T C 700.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.105;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.602;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.312;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.716;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:731,0,775 1 233398670 rs12132556 C A 73.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,144 1 233398713 rs1033325 C T 335.98 PASS 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CAACATT C 513.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=37;FS=3.536;HRun=0;HaplotypeScore=311.8566;MQ0=0;MQ=52.58;MQRankSum=-3.373;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.759;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,9:37:99:552,0,2616 1 236275244 . 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T A 154.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.143;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:184,0,155 1 241798631 rs3737604 C T 830.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.103;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.305;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:860,0,1002 1 241907817 rs10802990 T C 338.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.599;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=0;HaplotypeScore=2.9894;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=0.046;QD=12.09;ReadPosRankSum=2.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:368,0,390 1 241913062 rs111415778 C CT 215.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=45.2185;MQ0=0;MQ=59.93;MQRankSum=0.433;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:255,0,236 1 241920562 rs6663895 C T 412.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.716;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.712;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:443,0,295 1 241929542 rs12095445 G A 301.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.792;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.587;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:332,0,536 1 241951106 rs6429313 A G 200.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.105;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.104;QD=8.02;ReadPosRankSum=-1.330;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:230,0,491 1 241951329 rs12074374 C T 157.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=5.008;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.177;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:187,0,304 1 241964559 rs4658661 C T 210.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=14.443;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.111;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:241,0,228 1 242016590 rs4149867 C T 206.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.934;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.560;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:236,0,326 1 242042545 rs1776148 A G 316.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=4.036;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.197;QD=14.37;ReadPosRankSum=-1.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:346,0,332 1 242156428 . 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G C 104.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.84;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.19:134,0,26 2 3718692 rs13409104 C T 171.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=24.57;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:12.37:202,0,12 2 3749151 rs66473381 GGAA G 225.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=32.6733;MQ0=0;MQ=56.04;QD=37.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:267,18,0 2 4135981 rs1024026 C T 921.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.625;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=-0.217;QD=28.81;ReadPosRankSum=-0.108;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:72.23:955,72,0 2 4562571 . 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T C 204.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.106;QD=12.81;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:235,0,297 2 9630244 rs3833563 AT A 251.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=32.9972;MQ0=0;MQ=62.65;QD=31.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:293,24,0 2 9637403 rs41264175 A G 697.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.843;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=4.508;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.082;QD=11.62;ReadPosRankSum=-1.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:727,0,958 2 9650350 rs35431407 C CATAA 727.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.2562;MQ0=0;MQ=43.72;QD=80.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:770,27,0 2 9985341 rs3214586 TC T 1492.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=42;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=105.1153;MQ0=0;MQ=59.52;QD=35.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 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C T 978.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=62;Dels=0.00;FS=2.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.416;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1008,0,589 2 11718591 rs1529868 C T 308.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.177;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:338,0,131 2 11740961 rs76644468 C T 1563.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DB;DP=159;Dels=0.00;FS=1.276;HRun=0;HaplotypeScore=1.9565;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=-0.037;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,63:159:99:1593,0,2531 2 11742458 rs72772088 A G 694.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.624;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.177;HRun=2;HaplotypeScore=1.7172;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.952;QD=14.47;ReadPosRankSum=2.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,28:48:99:724,0,532 2 11774324 rs2304402 G A 1014.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.186;HRun=1;HaplotypeScore=1.9877;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.870;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.893;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:1045,0,748 2 11777757 rs3749064 T C 277.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.044;QD=27.71;ReadPosRankSum=-1.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.92:307,0,10 2 11778907 . C T 118.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.113;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.268;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:148,0,367 2 11798481 rs6742234 A T 100.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.307;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:131,0,130 2 11927238 rs33997857 G A 502.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.041;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=1.495;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:532,0,831 2 12163800 rs4669796 C G 299.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.741;HRun=3;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.571;QD=11.98;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:330,0,299 2 12164189 rs4668745 C T 861.42 PASS 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ATTTC A 257.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.534;DP=15;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=67.8550;MQ0=0;MQ=53.71;MQRankSum=-0.766;QD=17.16;ReadPosRankSum=-1.237;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:297,0,684 2 37494591 rs2302650 A G 370.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.200;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.922;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:34:99:400,0,424 2 37543371 rs6544066 A G 774.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=0;HaplotypeScore=3.7067;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=0.505;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.552;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:804,0,936 2 37586681 rs2302651 A G 182.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.308;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.893;QD=11.38;ReadPosRankSum=-2.258;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:212,0,234 2 37599896 . 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G A 65.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.97:96,0,65 2 51056712 rs72889466 C A 212.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.115;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.74;MQRankSum=-2.011;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:243,0,170 2 52799643 . C T 794.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=0.446;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,34:72:99:825,0,990 2 53713338 rs75179446 G A 281.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.408;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=18.77;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:312,0,104 2 54040050 . A G 285.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DP=22;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.134;QD=12.98;ReadPosRankSum=-1.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:316,0,204 2 54135936 rs2302878 T C 993.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.826;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.31;MQRankSum=-0.146;QD=15.78;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:1024,0,569 2 54482964 rs843704 C T 796.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.872;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.148;HRun=0;HaplotypeScore=5.8241;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=-0.051;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:827,0,435 2 54587596 rs2280718 C T 157.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=10.925;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:187,0,129 2 54711907 rs113364536 T TGTG 1621.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=63.2211;MQ0=0;MQ=58.52;QD=64.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.26:1663,75,0 2 54714066 rs4671942 A G 79.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:109,0,27 2 54844790 rs2229506 C T 580.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.934;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=-0.365;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:611,0,330 2 54856951 rs10195423 C T 335.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.528;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:29:99:365,0,393 2 54858154 rs61732872 C T 295.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.375;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.507;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.819;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:325,0,300 2 54872343 rs77711744 T G 416.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=7.397;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.422;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:447,0,804 2 55200800 rs2255112 T G 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.098;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:110,0,127 2 55404794 rs14026 G A 267.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.436;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.667;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.308;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:298,0,378 2 55404925 rs6545477 C T 167.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.835;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.381;QD=6.99;ReadPosRankSum=-0.966;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:198,0,373 2 55436934 rs9677948 G A 272.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.124;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:302,0,505 2 55473371 rs2576724 A G 147.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.633;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:177,0,124 2 55473386 rs3833559 CAT C 643.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=64.8489;MQ0=0;MQ=55.69;QD=45.97;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:686,42,0 2 55476582 . T C 637.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.798;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.642;QD=15.17;ReadPosRankSum=1.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:667,0,483 2 55544736 rs41281501 T C 209.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.255;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:240,0,375 2 55806924 rs67834644 CAT C 490.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=40.2343;MQ0=0;MQ=60.90;QD=40.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:533,36,0 2 56216052 rs10865292 G A 683.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.170;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8932;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=-0.482;QD=10.51;ReadPosRankSum=-1.828;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:713,0,1074 2 56216090 rs41291179 A T 1144.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=2.724;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=1.138;QD=10.50;ReadPosRankSum=1.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,46:109:99:1174,0,1624 2 56977912 rs977375 T G 449.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.014;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:479,0,472 2 57275499 rs7606524 G A 113.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.21;MQRankSum=-0.573;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:91.50:144,0,91 2 58390538 rs10445895 T C 74.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:105,0,33 2 58390547 rs10445896 G A 93.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=55.03;MQRankSum=0.377;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:124,0,162 2 58392789 rs848288 T C 245.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.84;MQRankSum=-0.540;QD=18.85;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:89.56:275,0,90 2 58392797 . TTTA T 430.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=89.4863;MQ0=0;MQ=54.24;MQRankSum=-0.354;QD=30.76;ReadPosRankSum=-0.778;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:470,0,231 2 58453843 . 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TG T 167.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=9;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.9062;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=18.64;ReadPosRankSum=0.248;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:207,0,108 2 61415492 rs14170 A G 1002.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.053;QD=30.37;ReadPosRankSum=-1.418;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,32:33:81.25:1035,81,0 2 61463570 . T C 73.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:104,0,107 2 61522123 rs13014347 T C 690.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.348;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=4.314;HRun=1;HaplotypeScore=3.9793;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.605;QD=25.59;ReadPosRankSum=0.963;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:22.84:724,23,0 2 61722519 rs74392163 G GA 352.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=18.1983;MQ0=0;MQ=60.00;QD=35.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:395,30,0 2 61937966 rs10199975 C T 171.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.209;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.555;QD=11.46;ReadPosRankSum=1.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:202,0,193 2 62030301 rs12472964 C T 79.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.28;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.62:110,0,60 2 62065851 rs17513666 C T 104.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.573;QD=11.56;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:62.84:134,0,63 2 62066524 . G GA 338.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=25;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=71.4412;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.146;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.088;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:378,0,473 2 62067433 rs17513722 T C 343.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.403;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=13.154;HRun=0;HaplotypeScore=3.5072;MQ0=0;MQ=57.88;MQRankSum=-0.615;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:374,0,674 2 62107376 rs5831625 T TC 309.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.1591;MQ0=0;MQ=61.07;QD=30.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:10:24.07:351,24,0 2 62112222 rs35876878 G GA 404.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=81.5973;MQ0=0;MQ=67.21;QD=25.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:40.93:446,41,0 2 62576375 rs3935828 G C 76.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.35;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.27:107,0,64 2 62729747 rs66962816 G GA 146.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=16.2590;MQ0=0;MQ=61.78;QD=24.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15.05:189,15,0 2 62788568 . A C 74.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:104,0,126 2 63401820 rs61734468 T C 336.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.340;QD=16.01;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:366,0,223 2 63605430 rs2292795 A G 290.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.107;QD=26.41;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:5.48:320,0,5 2 64327544 rs329498 G T 598.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.338;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.437;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.22;MQRankSum=0.413;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.254;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:628,0,843 2 64327592 rs329497 T C 666.74 PASS 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A T 200.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=14.31;ReadPosRankSum=1.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:230,0,172 2 71191777 rs2270263 C T 54.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=7.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.42;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:84.24:84,0,219 2 71282522 rs12993301 A G 517.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.102;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.088;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:547,0,495 2 71297695 rs2287328 T C 434.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.786;QD=17.38;ReadPosRankSum=0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:464,0,209 2 71297982 rs2287327 C T 178.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.935;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.648;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:209,0,339 2 71351403 rs6748672 C A 467.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.853;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.55;MQRankSum=1.568;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:498,0,347 2 71351487 rs11541017 G A 227.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.098;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.148;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:257,0,532 2 71360431 . G A 602.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.870;DP=49;Dels=0.00;FS=7.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.72;MQRankSum=0.290;QD=12.30;ReadPosRankSum=-1.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:633,0,622 2 71360735 rs3070610 T TTCC 506.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=65.5693;MQ0=0;MQ=46.20;QD=46.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27.09:548,27,0 2 71376809 rs4852763 T C 79.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.96;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:110,0,26 2 71417134 rs357776 C T 337.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.002;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.129;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.355;QD=14.68;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:368,0,204 2 71740897 rs34999029 C A 237.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.054;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=14.81;ReadPosRankSum=0.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:267,0,129 2 71747235 rs11675897 A G 402.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.344;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=6.405;HRun=0;HaplotypeScore=3.7516;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=1.247;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:432,0,491 2 71747432 rs75190231 G T 380.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.736;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.964;QD=19.02;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:410,0,259 2 71747851 rs12713755 T C 316.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.353;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.454;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.619;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:346,0,224 2 71747899 rs12713756 G A 553.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.288;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.460;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.051;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:583,0,743 2 71762092 . G A 217.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.454;QD=11.45;ReadPosRankSum=-2.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:248,0,285 2 71762232 rs4852801 C T 159.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.890;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=8.776;HRun=0;HaplotypeScore=1.9940;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.116;QD=6.14;ReadPosRankSum=0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:190,0,549 2 71781161 rs5832058 GAC G 198.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DB;DP=14;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=42.8098;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=-0.421;QD=14.20;ReadPosRankSum=0.545;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:238,0,336 2 71795152 rs2288355 A T 579.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.923;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.064;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=-0.923;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.426;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:610,0,899 2 71797754 . C T 184.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DP=14;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=13.19;ReadPosRankSum=-1.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:215,0,141 2 71801267 rs57041989 G C 235.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.977;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=10.386;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.755;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:265,0,243 2 71801297 rs72902605 G A 364.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=10.525;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.157;QD=14.01;ReadPosRankSum=-2.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:394,0,273 2 71801564 rs75127120 G A 117.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.51;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.60:148,0,26 2 71816602 rs3811611 G C 79.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:110,0,28 2 71871236 rs84182 A G 69.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.307;QD=7.77;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:100,0,131 2 71891236 rs2303598 C T 72.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:16.61:103,0,17 2 71891361 rs2303599 C T 511.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=-0.114;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.563;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:541,0,715 2 72359636 rs7568553 G C 337.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.436;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9497;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.082;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:367,0,217 2 72692272 rs5832083 A AAG 849.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.0379;MQ0=0;MQ=61.34;QD=53.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:892,48,0 2 72707874 rs653220 A G 255.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.909;QD=18.28;ReadPosRankSum=-0.071;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:88.77:286,0,89 2 73315604 . C T 418.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=34;Dels=0.00;FS=1.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.362;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:449,0,396 2 73447775 rs2303904 A G 626.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.653;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.636;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:656,0,348 2 73455600 rs11559241 C T 186.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=15.513;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.064;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.304;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:21:99:216,0,260 2 73477257 rs2231435 C A 71.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.81;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:19.51:101,0,20 2 73491644 rs61733550 C T 187.30 PASS 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C G 586.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=51;Dels=0.00;FS=2.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=5;MQ=46.55;MQRankSum=0.132;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:617,0,526 2 87449510 rs116742766 T C 77.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.11;MQRankSum=-1.134;QD=5.93;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:107,0,203 2 88289368 rs10209326 G A 129.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.03;MQRankSum=-0.365;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:160,0,117 2 88387403 rs1542088 C A 83.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:113,0,137 2 88825014 rs34724508 C T 472.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.418;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.717;QD=14.78;ReadPosRankSum=-0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:503,0,506 2 88874891 rs1805165 C A 651.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.671;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=1.213;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.213;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.611;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,22:62:99:681,0,1175 2 88913273 rs867529 G C 773.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.075;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.654;QD=13.81;ReadPosRankSum=1.233;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:803,0,610 2 88999476 rs1158603 G A 199.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.058;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:230,0,231 2 89082339 . TATTG T 376.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.852;DP=52;FS=11.323;HRun=0;HaplotypeScore=492.4701;MQ0=0;MQ=52.76;MQRankSum=-4.757;QD=6.85;ReadPosRankSum=2.218;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,13:52:99:416,0,3124 2 89082352 . G GT 461.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.178;DP=71;FS=15.937;HRun=4;HaplotypeScore=603.3299;MQ0=0;MQ=50.54;MQRankSum=-6.164;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.815;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:71:99:501,0,1691 2 89082422 rs78593876 A G 805.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.826;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.4946;MQ0=1;MQ=46.26;MQRankSum=-8.010;QD=6.83;ReadPosRankSum=-4.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,49:118:99:835,0,1762 2 89082520 rs72930612 G A 113.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=46.77;MQRankSum=-3.731;QD=5.41;ReadPosRankSum=-1.030;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:144,0,387 2 89084193 rs7560434 A T 275.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.928;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=2.6808;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=1.323;QD=13.76;ReadPosRankSum=1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:305,0,297 2 89084327 rs335121 G C 263.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:294,0,168 2 89161322 rs232223 C G 171.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=17.12;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:201,0,134 2 89161547 rs232222 A G 73.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:55.46:104,0,55 2 89185056 . C G 616.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.079;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=1.197;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:646,0,416 2 89185654 rs111711225 A G 570.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.886;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.440;QD=18.41;ReadPosRankSum=0.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:601,0,284 2 89196757 rs3843805 G A 66.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-1.159;QD=7.42;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:96.81:97,0,148 2 89196906 rs4588191 A C 226.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=5.229;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.70;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:83.92:257,0,84 2 89197190 rs55661410 C T 584.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.456;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=-0.588;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.329;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,28:77:99:614,0,1228 2 89231382 rs12614252 G A 231.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.740;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.850;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.724;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:261,0,402 2 89247310 rs112599788 G A 956.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.831;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ0=11;MQ=45.90;MQRankSum=0.498;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,43:100:99:986,0,1314 2 89266057 rs112636307 C T 2301.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=4.821;HRun=1;HaplotypeScore=2.8713;MQ0=3;MQ=50.57;MQRankSum=-0.146;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.725;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:82,85:167:99:2331,0,1862 2 89278489 rs6712880 A C 430.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.937;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=2.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=10;MQ=44.96;MQRankSum=-6.330;QD=5.06;ReadPosRankSum=-0.999;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,37:85:99:460,0,1162 2 89292182 rs59175543 A G 2117.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.825;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=2.019;HRun=0;HaplotypeScore=1.9786;MQ0=0;MQ=56.68;MQRankSum=1.719;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.908;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,80:153:99:2148,0,1915 2 89292401 . T C 563.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.538;DP=62;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=5;MQ=46.74;MQRankSum=-4.465;QD=9.08;ReadPosRankSum=-0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:593,0,883 2 89292476 rs70958972 T TTGTGC 233.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=122.8793;MQ0=0;MQ=33.33;QD=25.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15.05:275,15,0 2 89309424 rs10205742 G A 874.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.780;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=51.26;MQRankSum=-3.150;QD=17.86;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:905,0,420 2 89309542 . T G 1497.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.645;DP=123;Dels=0.00;FS=8.947;HRun=1;HaplotypeScore=3.5726;MQ0=3;MQ=43.41;MQRankSum=-4.805;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,62:123:99:1528,0,1492 2 89309554 . T A 1152.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.312;DP=120;Dels=0.00;FS=23.369;HRun=2;HaplotypeScore=3.7118;MQ0=3;MQ=41.66;MQRankSum=-5.546;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,57:120:99:1182,0,1501 2 89309735 rs80322626 A G 1470.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.941;DB;DP=153;Dels=0.00;FS=9.282;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=47.32;MQRankSum=-7.025;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:84,69:153:99:1501,0,2091 2 89309762 rs77800356 T G 1495.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.845;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=16.597;HRun=1;HaplotypeScore=4.8169;MQ0=7;MQ=48.68;MQRankSum=-4.340;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,72:142:99:1526,0,1763 2 89319556 rs11679378 C T 151.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.89;MQRankSum=-3.647;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:182,0,332 2 89346069 . T TG 219.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=13;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=35.1469;MQ0=4;MQ=31.02;MQRankSum=-0.831;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.689;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:13:99:258,0,144 2 89416689 . C T 114.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.26;MQRankSum=0.387;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:144,0,179 2 89416764 . 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T G 201.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.69;MQRankSum=0.742;QD=28.81;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18.06:235,18,0 2 89512854 rs77255451 A C 480.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.383;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=2.083;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=42.70;MQRankSum=-0.217;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:511,0,355 2 89987087 rs111330053 T A 539.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=6.237;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ0=1;MQ=49.66;MQRankSum=-0.565;QD=15.87;ReadPosRankSum=0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:569,0,358 2 90007670 rs2847917 G A 423.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.973;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.54;MQRankSum=0.817;QD=16.31;ReadPosRankSum=-2.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:454,0,207 2 90108778 rs859745 G T 422 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.659;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:452,0,357 2 90121926 rs1852249 G T 962.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.034;DB;DP=190;DS;Dels=0.00;FS=5.038;HRun=0;HaplotypeScore=5.2644;MQ0=1;MQ=53.86;MQRankSum=-3.709;QD=5.06;ReadPosRankSum=0.607;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,49:190:99:992,0,4386 2 90139373 rs6760987 T G 1994.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.476;DB;DP=163;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=14;MQ=42.26;MQRankSum=0.013;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.075;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,83:163:99:2025,0,1752 2 90218693 rs113047934 C G 352.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.783;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.560;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=40.90;MQRankSum=-1.717;QD=9.80;ReadPosRankSum=-1.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:383,0,523 2 90229260 rs842173 T C 984.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.894;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.405;HRun=2;HaplotypeScore=1.9145;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=1.298;QD=19.31;ReadPosRankSum=-0.707;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,37:51:99:1015,0,338 2 90249092 rs112898704 A T 1234.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.590;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=13.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=58.92;MQRankSum=-1.928;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:1264,0,1348 2 90259848 rs842155 T G 1242.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.686;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-0.543;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,48:92:99:1273,0,1191 2 90260191 rs842157 T C 825.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.482;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.884;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ0=16;MQ=45.36;MQRankSum=-7.217;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.832;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:96:99:855,0,1234 2 91636149 . C CA 206.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=70.1121;MQ0=0;MQ=21.92;QD=18.76;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:6:17.42:248,17,0 2 91777265 rs1809096 G T 83.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:114,0,33 2 91777660 rs58807880 CG C 218.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=61.6633;MQ0=0;MQ=38.23;QD=31.21;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:260,21,0 2 91777844 rs112386667 AGATGCTGTG A 423.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=234.8050;MQ0=0;MQ=44.83;MQRankSum=-3.075;QD=14.10;ReadPosRankSum=-0.428;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:29:99:462,0,2022 2 91777983 rs2558001 T C 242.38 PASS 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T C 97.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.800;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=44.19;MQRankSum=-2.133;QD=5.40;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:127,0,217 2 91845440 rs2908255 C T 79.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.198;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:62.75:110,0,63 2 91886030 . GAA G 108.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.916;DP=23;FS=2.057;HRun=12;HaplotypeScore=95.1988;MQ0=8;MQ=36.63;MQRankSum=-3.736;QD=3.10;ReadPosRankSum=2.115;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:23:99:147,0,606 2 91887905 . A AT 116.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=14;FS=3.424;HRun=13;HaplotypeScore=56.7457;MQ0=1;MQ=31.84;MQRankSum=-1.276;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.027;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:14:56.35:156,0,56 2 91924698 rs2089351 G C 113.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.47;MQRankSum=-1.920;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:78.94:143,0,79 2 91924711 rs60861855 T TGGTCTGAGAA 833.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=105.1923;MQ0=1;MQ=42.41;MQRankSum=-2.843;QD=59.56;ReadPosRankSum=1.718;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:12:99:873,0,469 2 91924782 rs28380329 C A 474.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.385;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=14.768;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.90;MQRankSum=-3.677;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:504,0,380 2 91924804 rs925176 T C 926 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.025;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=5.067;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=44.76;MQRankSum=-4.004;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:956,0,362 2 92119526 . TG T 737.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.692;DP=71;FS=11.364;HRun=1;HaplotypeScore=272.5829;MQ0=25;MQ=18.53;MQRankSum=1.355;QD=7.09;ReadPosRankSum=-0.784;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,37:71:99:777,0,1975 2 92309615 rs76956840 GT G 230.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=73.2758;MQ0=0;MQ=39.38;QD=32.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:273,21,0 2 95400720 . C G 128.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DP=22;Dels=0.00;FS=4.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.86;MQRankSum=-3.989;QD=5.82;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:158,0,393 2 95403675 . G T 169.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.689;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.43;MQRankSum=-0.244;QD=14.13;ReadPosRankSum=-1.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:200,0,140 2 95522747 rs10874467 C G 408.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.35;MQRankSum=0.157;QD=17.74;ReadPosRankSum=-0.409;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:438,0,224 2 95537622 rs11164112 A G 77.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=10.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.43;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.75:107,0,63 2 95552783 rs12717784 C T 260.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.84;MQRankSum=-3.179;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.950;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:291,0,224 2 95614051 . C T 1238.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3312;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=0.614;QD=15.48;ReadPosRankSum=0.654;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:80:99:1268,0,727 2 95818809 rs79435252 C A 265.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.031;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.660;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:296,0,431 2 95847040 rs56226919 TGCG T 1452.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=168.1069;MQ0=0;MQ=54.04;QD=38.23;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,34:38:99:1495,99,0 2 95945568 rs7585914 G A 659.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.571;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.119;QD=12.69;ReadPosRankSum=0.265;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:690,0,668 2 95947085 rs12992066 A G 617.45 PASS 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A T 173.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.639;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.197;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:204,0,482 2 98382886 rs895438 G A 116.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.867;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.667;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:146,0,279 2 98413781 rs2305143 C T 493.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.238;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.824;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:523,0,488 2 98414015 rs79297691 T C 228.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.986;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.416;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:259,0,242 2 98418876 rs17022568 C T 182.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.991;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:213,0,168 2 98427633 rs61729688 C T 1020.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.157;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=5.812;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.978;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:1051,0,1118 2 98709684 rs298917 T C 452.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.519;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.129;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:482,0,795 2 98797744 rs4851890 C T 189.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.545;QD=13.56;ReadPosRankSum=2.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:220,0,190 2 98811075 rs7579916 A G 241.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.416;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9459;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.241;QD=14.23;ReadPosRankSum=1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:272,0,266 2 98823792 . 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T C 284.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.79;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:315,0,191 2 99995804 rs1376443 T C 351.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.795;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.921;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:381,0,350 2 99998561 rs2290256 C T 140.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.22:171,0,60 2 100006620 rs10187843 G T 242.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.437;QD=18.63;ReadPosRankSum=-0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:87.55:272,0,88 2 100019496 rs2305354 A G 211.30 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A G 431.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=51.37;MQRankSum=-1.413;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:461,0,691 2 107423128 rs3796114 C T 549.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.369;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=-0.152;QD=10.36;ReadPosRankSum=-1.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:579,0,665 2 107423395 rs1470590 T G 267.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=19.12;ReadPosRankSum=1.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:298,0,119 2 107446396 rs877693 T C 145.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.159;QD=16.17;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:175,0,120 2 107446430 rs935565 T C 581.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.460;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.186;QD=21.54;ReadPosRankSum=-1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:612,0,235 2 108507268 . T C 307.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DP=19;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.8773;MQ0=0;MQ=46.41;MQRankSum=-0.380;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.127;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:337,0,147 2 108863650 rs9646947 A C 176.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.436;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:206,0,286 2 108875093 rs2198463 T A 97.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=16.22;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:57.39:127,0,57 2 108875198 rs2219078 G A 373.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.696;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.181;HRun=0;HaplotypeScore=1.7675;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.602;QD=6.79;ReadPosRankSum=-2.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:55:99:403,0,916 2 108875244 rs6722745 T C 336.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.228;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.435;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.704;QD=6.35;ReadPosRankSum=1.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:53:99:367,0,906 2 108994808 rs1402467 C G 1365.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.364;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=6.197;HRun=0;HaplotypeScore=7.5932;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=0.578;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,53:108:99:1396,0,1573 2 108998797 rs4149434 A AG 330.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.209;DB;DP=48;FS=5.636;HRun=1;HaplotypeScore=188.6114;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=6.88;ReadPosRankSum=-0.364;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,12:48:99:369,0,935 2 108999786 rs4149436 T C 73.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.07:103,0,96 2 109123996 rs2577596 T G 215.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.053;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:245,0,236 2 109292280 rs7584953 T C 190.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.73;MQRankSum=0.278;QD=17.28;ReadPosRankSum=1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:220,0,128 2 109393522 rs66479531 TG T 272.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=26.5631;MQ0=0;MQ=62.36;QD=30.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:27.08:315,27,0 2 109547280 rs78887701 G A 195.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.092;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:226,0,163 2 110321935 . 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A C 104.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.749;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:135,0,168 2 111551763 rs13388313 A G 351.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.949;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:382,0,134 2 111556710 . C G 739.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.465;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.657;QD=18.50;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:770,0,496 2 111598958 rs1554005 C T 90.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.667;QD=6.44;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:120,0,266 2 111721142 rs111296659 ATGTGTG A 360.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=114.4701;MQ0=0;MQ=39.98;QD=20.02;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,7:18:21.07:402,21,0 2 111725811 rs13432362 A G 408.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.326;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=1.762;QD=18.59;ReadPosRankSum=-0.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:439,0,180 2 111850427 rs77311714 T G 446.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.976;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=8.273;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.377;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.008;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,22:58:99:476,0,1001 2 112141772 rs78236988 C T 389.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.249;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=47.14;MQRankSum=-2.746;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:419,0,684 2 112141781 . T G 311.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.253;DP=39;Dels=0.00;FS=5.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=2;MQ=47.41;MQRankSum=-2.645;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:342,0,598 2 112142170 . G C 160.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.27;MQRankSum=-1.693;QD=8.45;ReadPosRankSum=-1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:190,0,327 2 112582766 rs60136848 CTT C 773.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.819;DB;DP=39;FS=1.360;HRun=2;HaplotypeScore=119.9247;MQ0=0;MQ=56.14;MQRankSum=-1.138;QD=19.83;ReadPosRankSum=0.183;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:812,0,1089 2 112614429 rs72936240 G A 179.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.08;MQRankSum=-3.809;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:209,0,563 2 112686988 rs13027171 G A 416.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.976;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.857;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.913;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:446,0,635 2 112698388 rs11674226 G A 532.43 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.495;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=56.23;MQRankSum=-1.517;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:173,0,420 2 130751254 rs113353737 A AC 234.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.773;DB;DP=41;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=100.5783;MQ0=2;MQ=42.86;MQRankSum=-3.373;QD=4.89;ReadPosRankSum=-1.113;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:41:99:274,0,730 2 130751606 rs12692104 G A 1283.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.243;DB;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4048;MQ0=6;MQ=43.95;MQRankSum=10.130;QD=8.07;ReadPosRankSum=0.292;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,57:159:99:1313,0,1691 2 130751619 rs111243295 C T 1794.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.509;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.4545;MQ0=6;MQ=43.59;MQRankSum=-10.449;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,117:176:99:1825,0,1522 2 130751644 . T G 1427.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=4;MQ=43.49;MQRankSum=-9.603;QD=10.05;ReadPosRankSum=2.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,91:142:99:1458,0,1382 2 130751655 . C T 1306.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.962;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.92;MQRankSum=-8.698;QD=11.07;ReadPosRankSum=1.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,77:118:99:1337,0,1095 2 130751697 . 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AG A 324.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=21;FS=1.971;HRun=2;HaplotypeScore=51.2920;MQ0=0;MQ=60.51;MQRankSum=1.373;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.106;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:363,0,387 2 130930961 rs114037844 G A 553.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.323;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.725;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.12;MQRankSum=1.235;QD=16.77;ReadPosRankSum=1.045;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:583,0,432 2 130931095 . G A 890.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DP=52;Dels=0.00;FS=6.169;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.802;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:920,0,464 2 130948303 rs12612244 T C 158.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-1.635;QD=13.20;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:188,0,136 2 130949491 rs60154251 G A 828.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.413;DB;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7971;MQ0=7;MQ=42.09;MQRankSum=-2.107;QD=5.60;ReadPosRankSum=3.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,50:148:99:859,0,2169 2 130951548 rs1052319 G A 2542.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=2.974;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ0=2;MQ=52.35;MQRankSum=-3.602;QD=15.69;ReadPosRankSum=0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,97:162:99:2572,0,1687 2 130951566 rs7340193 G A 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rs56151061 C T 388.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=43.72;MQRankSum=0.735;QD=17.64;ReadPosRankSum=1.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:418,0,228 2 130970889 rs62165111 G A 407.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.842;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=2.6637;MQ0=4;MQ=51.94;MQRankSum=0.230;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,21:71:99:438,0,1267 2 130970911 rs12471586 A G 1114.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.065;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=54.24;MQRankSum=0.207;QD=13.76;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,47:81:99:1144,0,787 2 130971063 rs12467443 C T 60.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.84;MQRankSum=-1.380;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:41.24:91,0,41 2 130987133 rs114368625 G A 291.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.868;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6433;MQ0=0;MQ=48.73;MQRankSum=-1.189;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.043;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:321,0,345 2 130987180 rs13407565 G C 518.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.941;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=7.806;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=4;MQ=43.75;MQRankSum=-4.430;QD=13.65;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:549,0,294 2 130987233 rs72863885 C T 234.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=46.70;MQRankSum=-1.983;QD=5.10;ReadPosRankSum=-0.168;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:265,0,812 2 130987239 rs72863888 G A 254.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.433;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=47.69;MQRankSum=-2.685;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:284,0,831 2 130987536 rs112419252 G C 264.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.985;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=1.939;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:294,0,318 2 130987580 rs113153044 T C 244.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.854;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=8.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.955;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:275,0,181 2 130987779 rs111487426 A G 99.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=1.156;QD=5.84;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:129,0,322 2 130988017 rs4519461 C G 361.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7712;MQ0=0;MQ=51.14;MQRankSum=-4.240;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:34:99:391,0,458 2 130988070 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C T 87.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.01;MQRankSum=-0.573;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:90.85:118,0,91 2 131024421 rs6712541 C T 66.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=1.246;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:96.13:96,0,184 2 131027329 . C A 150.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-0.365;QD=12.51;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:12:99:180,0,131 2 131051475 rs938867 T G 345.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.60;MQRankSum=-0.085;QD=23.05;ReadPosRankSum=-1.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:43.89:376,0,44 2 131116404 rs7568956 T C 862.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.751;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.605;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.914;QD=15.97;ReadPosRankSum=2.411;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:893,0,580 2 131130678 rs10189689 T C 224.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.003;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:62.27:255,0,62 2 131266530 rs10737928 C A 2463.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DB;DP=214;Dels=0.00;FS=36.578;HRun=0;HaplotypeScore=3.6448;MQ0=5;MQ=41.12;MQRankSum=-0.001;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,110:214:99:2493,0,2398 2 131414176 rs62165276 C T 387.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.162;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.56;MQRankSum=0.486;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:418,0,368 2 131520178 rs77687733 C G 386.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.053;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=2;HaplotypeScore=1.9565;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.314;QD=11.03;ReadPosRankSum=-1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:416,0,422 2 131688587 rs6718816 G A 444.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.797;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=7.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=58.27;MQRankSum=0.980;QD=10.59;ReadPosRankSum=-0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:475,0,636 2 131688783 rs61750360 G A 337.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.598;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.787;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.094;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:368,0,205 2 131946145 . C G 218.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.11;MQRankSum=-1.769;QD=19.85;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:248,0,134 2 132093226 rs78730418 C CA 907.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=66.6824;MQ0=0;MQ=58.29;QD=27.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,27:33:84.08:949,84,0 2 132113292 rs111679476 G A 151.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.684;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.433;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:181,0,279 2 132120501 rs56985094 C CT 972.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=53.8926;MQ0=0;MQ=52.73;QD=33.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:29:84.26:1015,84,0 2 132181483 rs1059524 G T 347.44 PASS 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A G 249.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=-0.048;QD=14.67;ReadPosRankSum=1.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:279,0,248 2 132384381 rs12991373 G A 871.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=1;HaplotypeScore=3.5518;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=-0.303;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.576;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,33:78:99:902,0,1225 2 132384588 rs13011674 C G 1573.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.990;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=1.489;HRun=0;HaplotypeScore=2.8641;MQ0=0;MQ=55.65;MQRankSum=-0.072;QD=13.93;ReadPosRankSum=-0.663;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,57:113:99:1604,0,1624 2 132480986 rs62163367 C T 564.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.570;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.378;HRun=1;HaplotypeScore=2.9223;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-0.716;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:595,0,499 2 132481526 rs62163368 C A 362.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.194;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.023;HRun=2;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=1.544;QD=10.06;ReadPosRankSum=0.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:392,0,488 2 132481529 rs62163369 C T 388.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.730;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=1.8273;MQ0=0;MQ=55.47;MQRankSum=1.321;QD=10.21;ReadPosRankSum=1.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:418,0,533 2 132580319 rs12474476 T G 78.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=53.77;MQRankSum=0.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:108,0,193 2 132768019 rs6734759 C G 493.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7796;MQ0=1;MQ=40.10;MQRankSum=-2.006;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.149;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,26:29:25.43:524,0,25 2 132796355 . C T 108.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.96;MQRankSum=-0.550;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:80.60:138,0,81 2 132796480 rs58905578 G A 158.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=-2.096;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.445;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:189,0,456 2 133014510 rs9287404 T C 154.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.9464;MQ0=0;MQ=41.70;MQRankSum=-1.179;QD=17.21;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:54.29:185,0,54 2 133014602 rs75245503 G C 364.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9642;MQ0=0;MQ=54.67;MQRankSum=-1.377;QD=13.03;ReadPosRankSum=-1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:395,0,265 2 133014612 rs74853538 A C 339.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.228;HRun=2;HaplotypeScore=5.7723;MQ0=0;MQ=56.59;MQRankSum=-0.398;QD=14.16;ReadPosRankSum=-1.745;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:370,0,191 2 133014651 rs111708138 A AC 291.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=16;FS=2.158;HRun=2;HaplotypeScore=125.2361;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=0.635;QD=18.24;ReadPosRankSum=1.482;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:331,0,212 2 133014678 rs72869462 A G 135.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9133;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-0.572;QD=16.88;ReadPosRankSum=-1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.20:165,0,60 2 133018770 rs62165051 T C 401.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.964;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=44.52;MQRankSum=-1.349;QD=22.31;ReadPosRankSum=1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:5.96:433,6,0 2 133018785 rs62165052 T C 542.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9384;MQ0=0;MQ=43.30;MQRankSum=-1.953;QD=21.69;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,23:25:19.85:572,0,20 2 133018849 rs112058313 G A 419.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.171;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=6.9840;MQ0=2;MQ=45.58;MQRankSum=-2.514;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:449,0,385 2 133018967 rs75244748 A G 364.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.930;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.864;HRun=0;HaplotypeScore=1.9066;MQ0=7;MQ=48.26;MQRankSum=-4.083;QD=5.61;ReadPosRankSum=0.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,23:65:99:395,0,1191 2 133019016 rs10153756 T G 1837.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.202;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=0.859;HRun=0;HaplotypeScore=7.6596;MQ0=5;MQ=46.19;MQRankSum=-4.787;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,78:108:99:1867,0,751 2 133019052 rs4018091 C A 802.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.231;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.6564;MQ0=5;MQ=43.46;MQRankSum=-3.354;QD=6.42;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,44:125:99:833,0,2086 2 133019216 rs4018086 C T 582.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=6.899;HRun=2;HaplotypeScore=5.8059;MQ0=2;MQ=48.12;MQRankSum=-6.260;QD=5.94;ReadPosRankSum=-1.997;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,40:98:99:612,0,1615 2 133019291 rs75871437 C A 489.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.205;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=5.011;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=47.70;MQRankSum=3.586;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,26:86:99:519,0,1446 2 133019556 rs57233869 T C 607.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.387;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=9.974;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=45.83;MQRankSum=-0.946;QD=13.49;ReadPosRankSum=-2.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:637,0,372 2 133019890 . G GAAA 491.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.026;DP=37;FS=8.695;HRun=2;HaplotypeScore=484.1892;MQ0=0;MQ=46.92;MQRankSum=-5.058;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.237;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,6:37:99:531,0,1176 2 133019900 . C CTT 452.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.572;DP=34;FS=8.101;HRun=1;HaplotypeScore=405.0094;MQ0=0;MQ=46.66;MQRankSum=-4.855;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.780;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,7:34:99:491,0,836 2 133019934 . G C 230.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.711;DP=25;Dels=0.00;FS=17.433;HRun=0;HaplotypeScore=6.7974;MQ0=2;MQ=40.94;MQRankSum=3.131;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:260,0,326 2 133020115 . CT C 819.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.416;DP=124;FS=0.945;HRun=1;HaplotypeScore=995.1899;MQ0=2;MQ=45.69;MQRankSum=-3.137;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.545;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,41:124:99:859,0,3951 2 133020382 rs113897499 C T 1070.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.261;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=11.747;HRun=3;HaplotypeScore=5.9691;MQ0=7;MQ=44.98;MQRankSum=-3.705;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,53:127:99:1100,0,1758 2 133020404 rs75576404 T G 553.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=11.891;HRun=1;HaplotypeScore=12.8222;MQ0=5;MQ=46.19;MQRankSum=-2.815;QD=6.01;ReadPosRankSum=-2.640;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,30:92:99:583,0,1491 2 133020480 rs112602486 C CT 512.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.113;DB;DP=24;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=236.0788;MQ0=0;MQ=45.46;MQRankSum=-2.144;QD=18.99;ReadPosRankSum=1.275;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:24:99:552,0,389 2 133066879 rs2677610 G A 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G C 52.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.406;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.71:83,0,106 2 176987456 . C A 111.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.309;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:142,0,244 2 177193557 . C T 241.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.358;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.433;QD=14.19;ReadPosRankSum=-1.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:271,0,241 2 178494173 rs55716909 G GGGA 4863.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=85;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=246.6411;MQ0=0;MQ=55.65;QD=57.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:11,71:85:99:4863,232,0 2 178545566 rs75127279 C T 128.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:158,0,227 2 179203797 rs1434087 G A 411.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.020;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6577;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=2.142;QD=13.26;ReadPosRankSum=-0.420;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:441,0,284 2 179258923 rs919177 C T 177.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=19.74;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:94.80:208,0,95 2 179393691 rs55842557 G A 169.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.416;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=6.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.239;QD=5.46;ReadPosRankSum=-0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,9:31:99:199,0,666 2 179393859 rs55880440 A G 147.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=16.44;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:51.86:178,0,52 2 179396573 rs56375087 T G 123.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.667;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.880;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.400;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.933;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:99:154,0,274 2 179432185 rs12463674 A G 526.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.291;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.614;QD=12.54;ReadPosRankSum=0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:557,0,712 2 179440029 rs12464787 G A 344.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.560;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.246;QD=13.79;ReadPosRankSum=2.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:375,0,289 2 179462494 rs35833641 A G 397.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.403;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.222;HRun=0;HaplotypeScore=2.8607;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=-0.584;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:428,0,688 2 179597590 . T C 159.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.684;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.378;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.582;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:190,0,466 2 179643775 rs36021856 C T 466 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=4.720;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=-0.549;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:496,0,622 2 179650408 rs35813871 G A 216.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.694;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=10.788;HRun=0;HaplotypeScore=4.5590;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=1.537;QD=7.47;ReadPosRankSum=-0.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:247,0,675 2 179650701 rs6715406 C T 661.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.56;MQRankSum=0.011;QD=14.39;ReadPosRankSum=1.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:692,0,445 2 179667090 rs3816849 C T 62.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92.32:92,0,140 2 180348245 rs2271759 T G 153.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.093;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.377;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.811;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:183,0,216 2 182350743 rs155103 A G 249.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.062;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.245;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:279,0,262 2 182359592 rs16867434 T C 217.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.331;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:248,0,224 2 182360182 rs2305586 T C 643.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.110;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,25:46:99:673,0,608 2 182400092 . 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G GACACACACACACACAC 3011.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=248.8432;MQ0=0;MQ=36.05;QD=143.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,3:21:51.18:3054,51,0 2 182413602 rs13003064 A T 711.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=1.589;QD=29.66;ReadPosRankSum=0.867;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:57.18:745,57,0 2 182430120 rs7604902 C A 226.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.242;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.643;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.444;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:257,0,437 2 182521578 rs1473295 G A 210.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=0.778;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:240,0,271 2 182543455 rs1801262 T C 306.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.274;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.444;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:337,0,310 2 182763529 rs2059702 A T 379.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.620;QD=13.56;ReadPosRankSum=0.069;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:410,0,385 2 182763586 rs3731693 G A 913.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9048;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.516;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:87:99:944,0,1171 2 182766624 . 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A AT 327.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.478;DP=40;FS=4.977;HRun=12;HaplotypeScore=126.3757;MQ0=0;MQ=57.76;MQRankSum=1.062;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.864;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:40:99:367,0,334 2 203836507 rs72928608 G C 78.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.70;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.60:108,0,66 2 203846817 rs72932557 A T 525.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.405;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-1.213;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:556,0,381 2 204053267 . G C 576.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.514;DP=59;Dels=0.00;FS=2.272;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-0.388;QD=9.77;ReadPosRankSum=1.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:606,0,857 2 204056014 . T C 310.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.153;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8089;MQ0=3;MQ=45.97;MQRankSum=-0.851;QD=7.97;ReadPosRankSum=-1.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,12:39:99:341,0,588 2 204111398 rs10586509 GTTAA G 513.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=96.9110;MQ0=0;MQ=35.31;QD=51.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:556,30,0 2 204305093 rs3814365 T C 438.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=2.6392;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.764;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:27:99:468,0,263 2 204322298 rs2469953 T C 822.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.509;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.939;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=2.238;QD=12.09;ReadPosRankSum=1.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:852,0,851 2 204629967 rs71007550 GCTCCCAGATTTTGCTCTCCAGCTT G 369.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=382.0060;MQ0=0;MQ=46.14;QD=17.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,6:21:18.06:411,18,0 2 204637705 . 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G T 72.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=12.14;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.53:103,0,64 2 219890690 . GCA G 153.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=11;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=54.0010;MQ0=0;MQ=55.66;MQRankSum=-0.717;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:193,0,332 2 219890693 . 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C T 154.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.709;DP=15;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.059;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.884;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:185,0,306 2 220100787 rs2293079 C T 458.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.138;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.243;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.108;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:488,0,571 2 220134476 rs77139773 AG A 664.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=67.3570;MQ0=0;MQ=59.95;QD=26.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,20:25:63.17:707,63,0 2 220136155 rs7594971 T C 1751.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.407;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9866;MQ0=4;MQ=45.91;MQRankSum=0.920;QD=25.75;ReadPosRankSum=1.516;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:1784,129,0 2 220156146 rs1983297 G A 174.33 PASS 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TTC T 206.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=44.0190;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.383;QD=20.67;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:246,0,202 2 232389744 rs3752762 A G 355.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.527;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8980;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=-1.356;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:386,0,613 2 232390151 rs3752763 A G 289.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.810;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.733;QD=14.49;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:320,0,164 2 232425083 rs77873866 TA T 218.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=23.9793;MQ0=0;MQ=61.07;QD=21.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.04:261,27,0 2 232450762 rs13008814 G A 433.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.977;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.657;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:463,0,616 2 232573292 rs12415 T C 65.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.08;MQRankSum=1.754;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.94:96,0,132 2 232573301 rs8868 C T 91.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.73;MQRankSum=2.017;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:121,0,130 2 232653481 rs3830626 A ACT 255.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=11;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=26.4048;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=-0.633;QD=23.21;ReadPosRankSum=2.383;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:294,0,133 2 232952286 rs11887184 A G 236.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.614;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.957;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:34:99:266,0,595 2 233199246 rs1814893 G A 60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9464;MQ0=0;MQ=50.58;MQRankSum=0.000;QD=8.57;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:89.99:90,0,138 2 233243586 rs1130335 C T 381.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.733;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.170;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ0=0;MQ=48.55;MQRankSum=-3.523;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:412,0,569 2 233243645 rs3748969 C A 414.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.889;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=19.064;HRun=0;HaplotypeScore=5.5265;MQ0=1;MQ=42.66;MQRankSum=-4.383;QD=7.82;ReadPosRankSum=-0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:445,0,739 2 233243981 rs13026692 A T 393.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.356;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=1;HaplotypeScore=3.5934;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.449;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.882;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:423,0,560 2 233244703 rs12620827 T C 287.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=1;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=55.25;MQRankSum=-2.098;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:317,0,204 2 233244777 rs12620832 T C 124.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-0.684;QD=15.57;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:81.33:155,0,81 2 233244843 rs55977653 G A 362.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.505;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.65;MQRankSum=-0.534;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.534;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:393,0,389 2 233245026 rs2853378 G A 262.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.0853;MQ0=2;MQ=49.85;MQRankSum=-2.584;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:292,0,337 2 233245045 rs28733638 C T 274.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.303;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=53.46;MQRankSum=-0.176;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:22:99:305,0,286 2 233271697 rs72170783 T TAC 1052.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=53;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=308.5649;MQ0=1;MQ=55.36;MQRankSum=2.213;QD=19.14;ReadPosRankSum=-1.100;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:53:86.94:1092,0,87 2 233271702 . 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T C 246.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.271;QD=18.94;ReadPosRankSum=1.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:276,0,149 2 238732864 rs72991078 G A 133.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:163,0,171 2 238990388 rs3210400 G A 469.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.934;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.431;HRun=0;HaplotypeScore=1.8940;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.335;QD=15.66;ReadPosRankSum=-1.297;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:500,0,363 2 239040218 rs73102309 G A 313.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.611;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:41.25:343,0,41 2 239049602 . C T 663.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.678;DP=59;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=2;HaplotypeScore=2.4637;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-2.625;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:694,0,949 2 239140728 rs11689033 A G 103.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.135;QD=8.62;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:133,0,202 2 239141221 rs11694487 G C 322.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.273;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.733;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:352,0,265 2 239141505 . A G 475.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=1.411;QD=16.97;ReadPosRankSum=-0.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:505,0,313 2 239155053 rs934945 C T 262.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.249;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:293,0,207 2 239184581 rs10462023 G A 629.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9134;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.590;QD=19.66;ReadPosRankSum=0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:659,0,289 2 239235857 rs6728430 A G 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:35.68:81,0,36 2 239237953 rs12464423 G T 413.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.720;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.375;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.830;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:443,0,655 2 239344412 rs3191996 C T 190.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.377;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.12;MQRankSum=1.821;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.489;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:220,0,256 2 239469431 rs72984530 C T 81.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.31;MQRankSum=-1.221;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:111,0,105 2 240055901 rs2278778 G A 155.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.331;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=6.803;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=-0.289;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:185,0,162 2 240055966 rs35291459 C T 318.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.275;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.200;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.97;MQRankSum=-1.217;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:349,0,284 2 240085674 rs13010577 C T 248.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.799;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.532;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:279,0,247 2 240098053 rs3842553 C CCCCTCCCTCTGCCCGGCCT 725.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DB;DP=15;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=192.3614;MQ0=1;MQ=47.24;MQRankSum=-1.200;QD=40.33;ReadPosRankSum=-3.016;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,1:15:99:765,0,764 2 240111477 rs531993 A T 54.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=10.85;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.85:84,0,63 2 240900607 . 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C T 76.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=6.38;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:107,0,248 2 242289663 rs34102198 C CATT 298.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=14.5479;MQ0=0;MQ=49.96;QD=59.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:340,15,0 2 242432770 . C CGAT 541.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.586;DP=34;FS=1.515;HRun=0;HaplotypeScore=111.0744;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.594;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.166;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:580,0,890 2 242542298 rs6437269 T C 145.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.872;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.581;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:175,0,266 2 242572846 rs3208142 A G 527.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.077;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.374;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:557,0,569 2 242607924 rs62190301 A G 90.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.09:120,0,21 2 242610738 rs11538896 T C 147.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.668;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:178,0,138 2 242610773 rs7601000 T A 150.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.209;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:180,0,211 2 242617792 rs4076640 A G 93.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.827;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:123,0,276 2 242617851 rs4076639 A G 403.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.086;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=3.191;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ0=0;MQ=57.35;MQRankSum=1.317;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.677;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:433,0,727 2 242648545 rs7595652 C T 410.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.399;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.135;HRun=0;HaplotypeScore=2.2392;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.190;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.569;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:36:99:441,0,570 2 242648549 rs7568408 G A 450.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.779;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=6.384;HRun=0;HaplotypeScore=2.2392;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.578;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.413;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:481,0,584 2 242662761 rs7572153 T C 236.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.936;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.617;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:267,0,496 2 242707101 rs6756901 A G 158.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.628;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.981;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.604;QD=7.20;ReadPosRankSum=-1.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:188,0,391 2 242707195 . C A 223.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DP=32;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=0;HaplotypeScore=2.6984;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.145;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:32:99:254,0,521 2 242716380 rs12469459 A T 73.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:104,0,127 2 242742842 . A G 168.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DP=16;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.847;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:199,0,171 3 361508 rs2272522 C T 314.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.848;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.179;QD=13.09;ReadPosRankSum=-0.656;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:344,0,175 3 367757 rs162734 G C 266.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.669;QD=12.69;ReadPosRankSum=-2.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:296,0,288 3 367825 rs13073026 G T 59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:28.61:89,0,29 3 370051 rs62227239 C T 314.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.964;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.95;MQRankSum=1.169;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:344,0,301 3 386247 rs3736632 C T 99.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:88.41:130,0,88 3 436384 . A T 272.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.339;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.462;QD=11.85;ReadPosRankSum=-0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:302,0,300 3 1262474 rs2013828 T C 606.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.672;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.75;MQRankSum=-0.757;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:636,0,642 3 1269680 rs62229416 G A 193.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.976;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.366;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:224,0,559 3 1424718 rs2291101 G A 844.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.003;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-0.241;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:874,0,518 3 1424850 rs2291100 T G 389.10 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A G 254.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.022;DP=18;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.755;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.844;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:284,0,216 3 10049287 rs2272118 T C 211.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=9.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.651;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:242,0,429 3 10059658 rs9862221 G T 966.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-0.006;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,40:68:99:996,0,773 3 10059664 rs73017232 T C 858.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.151;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.42;MQRankSum=-1.005;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.308;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,38:64:99:889,0,733 3 10065426 rs6803517 C T 457.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.736;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.361;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.179;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:488,0,662 3 10067651 rs2075310 C T 287 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=19.13;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:317,0,152 3 10067794 rs35993975 A G 233.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.104;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.196;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.500;QD=9.36;ReadPosRankSum=-1.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:264,0,417 3 10067797 rs33917318 T C 237.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.972;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.196;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.387;QD=9.52;ReadPosRankSum=-1.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:268,0,385 3 10076842 rs35198440 CTT C 260.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.923;DB;DP=23;FS=1.935;HRun=10;HaplotypeScore=82.3011;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.215;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.892;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:23:99:299,0,445 3 10076975 rs17032276 A C 250.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.888;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.466;QD=13.94;ReadPosRankSum=-0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:281,0,277 3 10077023 rs17032277 T C 80.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=16.05;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.32:110,0,61 3 10077955 rs17032278 A G 435.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.170;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.138;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:465,0,332 3 10081545 rs17032283 G C 458.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.284;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.526;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=-0.181;QD=8.99;ReadPosRankSum=0.257;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:488,0,769 3 10084224 rs9879080 C T 371.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.327;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9940;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.022;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.240;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:402,0,402 3 10085130 rs9809061 C G 59.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.358;QD=11.85;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:89,0,67 3 10088407 . AG A 105.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=107.8417;MQ0=5;MQ=24.18;MQRankSum=-0.831;QD=4.59;ReadPosRankSum=1.134;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:12:99:145,0,298 3 10088409 . TAAG T 175.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.3002;MQ0=5;MQ=24.18;MQRankSum=-0.831;QD=7.63;ReadPosRankSum=1.134;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:12:99:215,0,390 3 10089723 rs12330369 G A 286.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.115;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.566;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-1.074;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:317,0,567 3 10089738 rs62245508 A G 266.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.284;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.687;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.47;MQRankSum=-1.198;QD=9.53;ReadPosRankSum=-2.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:297,0,431 3 10089749 rs12330599 T C 188.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.556;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=3.9831;MQ0=0;MQ=52.01;MQRankSum=-2.914;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:219,0,496 3 10107520 rs34608006 G T 168.31 PASS 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A G 338.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.324;DP=19;Dels=0.00;FS=2.754;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.880;QD=17.81;ReadPosRankSum=-1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:368,0,155 3 37512646 rs79749932 T C 569.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=10.032;HRun=0;HaplotypeScore=1.6498;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.942;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:600,0,988 3 37512647 rs11709385 G C 532.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=6.014;HRun=0;HaplotypeScore=2.5968;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.680;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:562,0,1015 3 37535984 rs2507940 C G 256.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.796;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.766;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:287,0,191 3 37574951 rs267561 G A 259.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.919;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.122;QD=13.67;ReadPosRankSum=0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:290,0,278 3 37575039 rs267560 G A 55.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:85.48:85,0,140 3 37583851 rs2844349 A C 380.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.137;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.434;HRun=0;HaplotypeScore=1.8932;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.297;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:410,0,582 3 37627112 rs1155741 T C 71.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:89.72:102,0,90 3 37627149 rs1155742 G A 76.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:106,0,112 3 37818805 rs2276003 G C 106.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.4105;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:136,0,183 3 38049774 rs78426951 C A 643.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9312;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.432;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:674,0,1013 3 38539095 rs72284153 CTT C 274.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=95.9275;MQ0=0;MQ=52.45;QD=21.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:38.64:316,39,0 3 38539098 . T C 284.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9811;MQ0=0;MQ=53.03;MQRankSum=1.768;QD=20.30;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:96.34:314,0,96 3 38645420 rs1805124 T C 129.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.717;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:160,0,149 3 38647642 rs41312433 G T 243.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=1.102;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:273,0,278 3 38671944 rs7627488 G A 164.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.788;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:195,0,219 3 38738717 rs6599240 G A 224.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.627;QD=16.02;ReadPosRankSum=-1.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:254,0,192 3 38764782 rs4076737 G T 509.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.953;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.754;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.368;QD=20.37;ReadPosRankSum=1.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:539,0,217 3 38766675 rs6795970 A G 298.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.249;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.066;QD=8.29;ReadPosRankSum=1.647;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:328,0,577 3 38784029 rs6599250 T C 1758.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.605;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5379;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.006;QD=15.98;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,65:110:99:1788,0,1137 3 38812650 rs10212338 G A 510.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.821;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.670;QD=20.43;ReadPosRankSum=1.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:541,0,231 3 38812708 rs4420804 C T 490.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.144;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.833;HRun=1;HaplotypeScore=3.7202;MQ0=0;MQ=58.35;MQRankSum=0.521;QD=6.46;ReadPosRankSum=0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,22:76:99:521,0,1437 3 38938299 rs5848481 C CT 108.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=33.3902;MQ0=0;MQ=45.81;QD=15.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:17.96:150,18,0 3 39175810 . C T 1264.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.607;DP=88;Dels=0.00;FS=3.360;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.272;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1295,0,965 3 39185248 rs784519 A G 763.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8519;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.456;QD=29.36;ReadPosRankSum=1.040;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:26:57.19:796,57,0 3 39228676 rs62244166 T G 255.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.235;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.556;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:286,0,489 3 39307256 rs3732379 C T 897.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=4.133;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.373;QD=14.47;ReadPosRankSum=2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:62:99:927,0,786 3 39307832 . 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ATGAAG A 614.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=25;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=132.8204;MQ0=0;MQ=50.65;MQRankSum=-2.747;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.517;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:654,0,1064 3 39400941 rs6806563 T C 1012.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.121;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=57.05;MQRankSum=1.631;QD=28.92;ReadPosRankSum=-0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,33:35:58.57:1045,59,0 3 39432785 rs45503293 C T 309.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.903;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.342;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:340,0,227 3 39435865 rs870843 G C 956.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=4.024;HRun=0;HaplotypeScore=1.7074;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.307;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:68:99:986,0,1002 3 39449770 rs3772140 T G 146.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.148;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.851;QD=14.69;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:177,0,161 3 39450065 rs3772138 C T 371.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.165;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.606;HRun=1;HaplotypeScore=1.7336;MQ0=0;MQ=59.88;MQRankSum=1.179;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,16:47:99:401,0,879 3 39450276 rs34149164 C CAT 359.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=40.6900;MQ0=0;MQ=59.91;MQRankSum=-0.386;QD=23.94;ReadPosRankSum=0.225;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:398,0,205 3 39452106 rs2077798 A G 106.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=21.34;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:137,0,24 3 39453160 rs2269350 G A 388.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=10.150;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.71;MQRankSum=2.183;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:419,0,536 3 39554946 rs552724 C T 209.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.683;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=12.505;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.716;QD=8.74;ReadPosRankSum=-1.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:240,0,429 3 39701165 rs12107784 A G 144.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.181;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=1.5650;MQ0=0;MQ=54.63;MQRankSum=1.031;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:174,0,112 3 39701194 rs6787961 T C 62.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.38;MQRankSum=1.231;QD=12.55;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:12.66:93,0,13 3 40085760 rs56248790 G A 715.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.148;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.490;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=-0.444;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:746,0,615 3 41279440 rs4135385 A G 342.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.290;QD=28.58;ReadPosRankSum=-1.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:6.90:373,0,7 3 41291081 rs2293304 G A 176.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:93.59:207,0,94 3 41756965 rs61744388 C T 291.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.924;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=1.241;QD=5.49;ReadPosRankSum=1.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,14:53:99:321,0,1047 3 41756986 rs61744385 A T 348.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.212;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.74;MQRankSum=0.446;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.724;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,16:52:99:379,0,911 3 41759191 rs17060938 T C 440.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.941;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=6.972;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-1.537;QD=15.17;ReadPosRankSum=-0.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:470,0,280 3 41795841 rs9867627 A C 597.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.040;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.988;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.448;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.038;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:627,0,725 3 41831203 rs17215589 C T 342.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.858;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.185;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.163;QD=6.01;ReadPosRankSum=-2.944;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:373,0,1089 3 41841811 . 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CCT C 408.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=58.4113;MQ0=0;MQ=60.77;MQRankSum=-0.071;QD=29.17;ReadPosRankSum=-0.354;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:447,0,202 3 41996136 rs2272007 T C 928.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.716;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=0;HaplotypeScore=5.9697;MQ0=0;MQ=58.18;MQRankSum=0.078;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:958,0,851 3 42005734 rs12492599 C A 140.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.869;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:170,0,181 3 42019392 rs17218936 C T 607.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.357;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.670;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.809;QD=14.13;ReadPosRankSum=0.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:638,0,439 3 42019565 rs7634985 C T 206.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.76;MQRankSum=2.367;QD=17.21;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:236,0,119 3 42201759 rs9755034 G A 353.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.774;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.701;HRun=0;HaplotypeScore=1.8300;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.283;QD=20.82;ReadPosRankSum=-1.642;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:99:384,0,112 3 42218095 rs1010987 G C 111.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.08:141,0,21 3 42225951 rs4682953 G T 110.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.30:141,0,59 3 42226151 rs4234445 T C 2673.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.654;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=3.647;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-1.265;QD=30.04;ReadPosRankSum=-1.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2706,193,0 3 42234758 rs3816397 C A 94.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=7.90;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:125,0,246 3 42235280 . TATCTTAGGAAGTG T 926.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.589;DP=43;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=458.7317;MQ0=0;MQ=54.48;MQRankSum=-2.494;QD=21.54;ReadPosRankSum=-0.280;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,12:43:99:965,0,5242 3 42244321 rs9311309 G A 204.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=25.53;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:11.18:234,0,11 3 42251329 rs2290133 C T 686.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.165;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=4.3941;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=-0.685;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.596;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:716,0,726 3 42251577 rs10634555 CGGA C 386.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.198;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.7824;MQ0=0;MQ=55.04;MQRankSum=2.802;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.560;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:27:99:426,0,363 3 42251868 rs71827158 CT C 327.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.662;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=57.1591;MQ0=0;MQ=60.43;MQRankSum=-0.718;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.380;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:366,0,245 3 42264393 rs3733053 A G 382.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.371;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=9.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=1.025;QD=15.94;ReadPosRankSum=-1.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:413,0,270 3 42264422 rs3733054 T C 592.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.023;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.227;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=-0.866;QD=16.02;ReadPosRankSum=2.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:623,0,534 3 42265270 . TCTC T 277.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=61.9093;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.000;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:317,0,239 3 42304784 rs1868522 A G 107.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:138,0,122 3 42362817 rs678574 T C 77.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.46;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:22.31:108,0,22 3 42363951 rs566271 A G 351.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.643;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.589;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.527;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:381,0,271 3 42448296 rs33518 T C 422.62 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:20.52:174,0,21 3 44621467 . T TG 127.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=13;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=28.8449;MQ0=0;MQ=60.83;MQRankSum=-1.031;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.717;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:97.21:166,0,97 3 44622115 rs113958788 T C 371.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.281;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=4.982;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.446;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.941;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:401,0,564 3 44692564 rs2272044 C G 491.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.588;QD=16.37;ReadPosRankSum=-0.360;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:521,0,301 3 44751372 rs116419768 C T 159.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.753;QD=7.61;ReadPosRankSum=-0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:190,0,376 3 44751661 . C T 209.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.660;DP=24;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=51.47;MQRankSum=0.498;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:240,0,392 3 44803108 rs71970457 AAAGACAG A 556.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=103.8262;MQ0=0;MQ=44.02;QD=39.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,9:14:27.08:599,27,0 3 44816952 rs10574346 CTT C 127.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=31.6877;MQ0=0;MQ=55.72;QD=14.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:20.71:170,21,0 3 44906746 rs10429 A G 510.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.123;QD=30.05;ReadPosRankSum=-0.510;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:8.82:543,9,0 3 45132577 rs6791801 A T 112.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=9.39;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:143,0,212 3 45132637 rs1879240 T C 249.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.443;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.617;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:279,0,521 3 45461102 rs35357583 G GT 735.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=49.6801;MQ0=0;MQ=59.36;QD=38.69;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:54.18:777,54,0 3 45636335 rs267238 A G 223.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.184;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:253,0,107 3 45637439 rs267236 T C 1212.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.329;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.803;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.565;QD=28.87;ReadPosRankSum=0.266;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:30.55:1246,31,0 3 45677635 rs5848761 C CT 9279.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=212;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1328.8890;MQ0=0;MQ=53.81;QD=43.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:167,46:212:99:9280,629,0 3 45677638 rs5848762 CA C 7881.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=208;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1422.8023;MQ0=0;MQ=54.02;QD=37.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:157,51:208:99:7881,614,0 3 45715767 rs2742409 G A 185.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=23.23;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:15.06:216,0,15 3 45718327 rs7640969 T G 810.97 PASS 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GGT G 660.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.102;DP=36;FS=3.345;HRun=0;HaplotypeScore=152.8854;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=0.063;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.222;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:700,0,1051 3 45804391 rs2191027 C T 1278.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.280;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=9.803;HRun=1;HaplotypeScore=2.6665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.090;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,51:87:99:1309,0,1084 3 45813025 rs758387 A G 235.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-2.024;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:266,0,120 3 46005767 . C T 438.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DP=35;Dels=0.00;FS=2.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.217;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.617;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:468,0,583 3 46016599 rs3821884 T G 221.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=27.72;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:12.90:252,0,13 3 46016851 rs751552 A T 681.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.261;QD=31.00;ReadPosRankSum=0.946;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:21.62:715,22,0 3 46352759 rs6441962 G C 509.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.662;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8665;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-1.141;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:539,0,505 3 46399798 rs1799865 T C 1688 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.350;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=7.890;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.570;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.770;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,59:103:99:1718,0,1108 3 46479668 rs3213479 A G 747.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.735;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.511;QD=18.69;ReadPosRankSum=1.698;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:778,0,431 3 46480801 rs9110 A G 1281.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7873;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.223;QD=16.22;ReadPosRankSum=-1.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,47:79:99:1312,0,818 3 46480958 rs2073495 C G 203.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.039;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.472;QD=8.85;ReadPosRankSum=-0.094;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:234,0,424 3 46482861 rs34000233 G A 208.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DB;DP=20;Dels=0.05;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=3.9544;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.456;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:239,0,358 3 46484898 rs7615975 T G 949.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.598;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=5.383;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=1.962;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:979,0,939 3 46501284 rs55665884 C CCTT 1014.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.7766;MQ0=0;MQ=57.81;QD=59.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.16:1056,51,0 3 46593058 . G A 326.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.06;MQRankSum=-0.599;QD=11.26;ReadPosRankSum=-0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:29:99:356,0,407 3 46620614 rs11130097 T C 867.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.844;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=1.027;QD=12.40;ReadPosRankSum=-0.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,36:70:99:898,0,742 3 46713102 rs6776565 C T 150.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.352;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:181,0,306 3 46713457 rs7625303 C G 537.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.350;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.574;QD=8.40;ReadPosRankSum=0.294;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:568,0,1062 3 46713764 rs61277784 G A 168.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.166;QD=16.80;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:94.37:198,0,94 3 46717065 rs7635360 C G 270.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.044;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.460;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:301,0,759 3 46723551 rs4683310 G A 125.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.453;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=2.039;QD=7.81;ReadPosRankSum=-1.586;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:155,0,258 3 46723663 rs4683311 C T 75.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.97;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:106,0,27 3 46729757 rs7642448 C G 472.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.390;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.941;QD=16.28;ReadPosRankSum=-1.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:502,0,225 3 46730749 rs4076927 A G 54.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:85,0,27 3 46751073 rs34038267 TAAG T 1597.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=287.9469;MQ0=0;MQ=59.22;QD=23.15;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:29,39:69:99:1640,120,0 3 46753976 rs9815362 T C 162.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.263;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:192,0,232 3 46904696 . CTG C 1669.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.841;DP=117;FS=1.686;HRun=0;HaplotypeScore=388.3283;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=0.217;QD=14.27;ReadPosRankSum=0.419;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,44:117:99:1709,0,3915 3 46944274 rs1138518 T C 259.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.250;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=0;HaplotypeScore=3.5707;MQ0=0;MQ=57.40;MQRankSum=1.052;QD=8.39;ReadPosRankSum=0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:290,0,458 3 46945000 rs77048718 G A 339.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.298;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,14:40:99:369,0,654 3 46963502 rs4587 T C 289.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.831;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:319,0,301 3 46967040 rs2290545 G A 108.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-1.668;QD=10.83;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:138,0,175 3 46982737 rs4682844 T C 69.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:99,0,27 3 47045739 rs1079276 C G 869.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.362;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.850;HRun=0;HaplotypeScore=2.9695;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.690;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,35:84:99:900,0,1314 3 47047176 rs34119582 A AG 310.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DB;DP=15;FS=2.515;HRun=5;HaplotypeScore=31.8751;MQ0=0;MQ=60.72;MQRankSum=-0.551;QD=20.71;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:350,0,116 3 47059323 rs2385867 C T 159.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=22.82;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:17.52:190,0,18 3 47079112 rs6768722 G A 94.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.63;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:125,0,181 3 47088028 . G A 571.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DP=42;Dels=0.00;FS=1.204;HRun=0;HaplotypeScore=2.7324;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.189;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:601,0,490 3 47103861 rs34058239 GTT G 149.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.793;DB;DP=45;FS=6.085;HRun=14;HaplotypeScore=179.3287;MQ0=0;MQ=57.17;MQRankSum=-0.908;QD=3.32;ReadPosRankSum=0.332;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,7:45:99:189,0,548 3 47125385 rs4082155 G A 787.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.225;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=5.587;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.941;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:818,0,974 3 47142907 rs66838766 TCC T 1436.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.008;DB;DP=54;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=181.9289;MQ0=1;MQ=58.51;MQRankSum=2.703;QD=26.12;ReadPosRankSum=0.533;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,38:54:99:1476,0,739 3 47162661 rs6767907 A G 1046.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.426;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.327;QD=14.15;ReadPosRankSum=-1.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1077,0,805 3 47276968 rs2276854 C T 576.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.080;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=1.195;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.345;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:607,0,233 3 47277885 rs13094438 G A 115.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:145,0,139 3 47282303 rs2276853 G A 387.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.211;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.364;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:417,0,497 3 47292183 rs11130124 T C 243.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.475;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.965;QD=17.40;ReadPosRankSum=-1.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:274,0,178 3 47361082 rs2302278 G T 196.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=7;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.031;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:227,0,444 3 47452676 . G A 105.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=15.14;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:91.34:136,0,91 3 47452786 rs1531875 G A 536.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.335;QD=21.45;ReadPosRankSum=0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:94.82:566,0,95 3 47464122 rs1038394 A G 53.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=6.65;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:83.21:83,0,157 3 47539969 rs13059519 C T 860.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.965;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=4.558;HRun=0;HaplotypeScore=1.7781;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.641;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:891,0,814 3 47604086 rs116232180 T C 1801.12 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.010;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:314,0,273 3 48219320 rs3731514 AAC A 6977.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=231;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=840.8287;MQ0=0;MQ=59.47;QD=30.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:35,191:231:99:6977,583,0 3 48414215 rs9815103 G A 848.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.308;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=-0.505;QD=16.96;ReadPosRankSum=1.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:878,0,479 3 48415007 rs4858793 C G 278.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.135;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=2.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.337;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:309,0,605 3 48419897 rs6442117 C T 244 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.383;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:179,0,120 3 48474249 rs2279077 A G 863.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=3.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.428;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.257;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:893,0,936 3 48505302 rs6442124 A G 375.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=9.616;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.453;QD=14.44;ReadPosRankSum=1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:405,0,319 3 48505964 rs2242150 C A 1087.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.250;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=1.774;HRun=1;HaplotypeScore=3.6425;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=0.546;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.095;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,44:100:99:1118,0,1622 3 48508585 rs11797 C T 287.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.910;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.824;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=0.129;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.360;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:45:99:318,0,882 3 48602523 rs7624006 G GGGC 885.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.7505;MQ0=0;MQ=55.09;QD=63.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:14:42.14:927,42,0 3 48612471 rs76140443 G A 70.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:101,0,27 3 48626745 . C T 221.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.705;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ0=0;MQ=57.16;MQRankSum=-0.554;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.129;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:251,0,437 3 48669454 . G C 701.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.611;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=-0.129;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:731,0,778 3 48677895 rs1264195 A T 364.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.534;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7309;MQ0=1;MQ=56.96;MQRankSum=-0.230;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:31:99:395,0,362 3 48694471 . C T 140.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=8;Dels=0.00;FS=7.068;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:85.20:170,0,85 3 48699636 . C T 1117.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.037;DP=78;Dels=0.00;FS=3.277;HRun=1;HaplotypeScore=4.9548;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.506;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1147,0,1006 3 49064528 . C A 640.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.516;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:671,0,345 3 49147760 . C T 463.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.397;DP=34;Dels=0.00;FS=2.928;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.880;QD=13.65;ReadPosRankSum=1.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:494,0,453 3 49170159 . C G 108.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:91.84:138,0,92 3 49322027 rs2304442 T A 1087.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=2;HaplotypeScore=1.8110;MQ0=1;MQ=58.27;MQRankSum=0.515;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,40:83:99:1117,0,962 3 49336232 rs11720964 T C 110.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=22.20;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.93:141,0,22 3 49343175 rs2230929 G A 650.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=2.389;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.597;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:681,0,705 3 49362369 rs56038006 C T 790.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.413;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=9.456;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-0.748;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,32:86:99:821,0,1519 3 49365269 rs6795772 C T 280.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.204;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:311,0,436 3 49373045 rs34514189 A G 57.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.895;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.80:88,0,233 3 49406080 rs2878298 T C 219.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.666;QD=24.44;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:36.93:250,0,37 3 49450449 rs6779524 C T 73.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.24;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,140 3 49455330 rs11715915 C T 439.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7885;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=1.301;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:469,0,602 3 49459376 rs1464566 T C 71.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.00;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:102,0,27 3 49570200 rs1801143 C T 246.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.154;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.995;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.191;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:277,0,510 3 49688155 . C T 400.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.301;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8600;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.377;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:430,0,702 3 49689210 rs34762726 G A 194.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.540;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.741;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.847;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:17:99:224,0,221 3 49690496 rs11709525 C T 651.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.527;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.896;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:682,0,258 3 49701298 rs2005557 G A 409.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.459;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.643;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.178;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:439,0,412 3 49701983 rs9858542 G A 228.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.695;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.637;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.551;QD=8.16;ReadPosRankSum=-1.175;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:258,0,488 3 49714225 rs1131095 T C 522.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.171;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.794;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.090;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:553,0,785 3 49719729 rs9822268 G A 155.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:87.55:186,0,88 3 49720393 rs2960548 C G 140.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.461;QD=11.71;ReadPosRankSum=0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:171,0,177 3 49721532 rs3197999 G A 482.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.496;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.427;QD=13.39;ReadPosRankSum=0.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:512,0,559 3 49721798 rs13085791 C A 628.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.14;MQRankSum=0.016;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.939;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,25:38:99:658,0,332 3 49722356 rs9837520 G A 238.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.476;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9075;MQ0=6;MQ=44.45;MQRankSum=2.438;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.191;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,10:40:99:268,0,623 3 49723274 rs75193211 G A 335.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=11.601;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=43.06;MQRankSum=-1.980;QD=6.70;ReadPosRankSum=0.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:365,0,693 3 49725948 . C T 58.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.85;MQRankSum=-1.231;QD=11.75;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.97:89,0,65 3 49726028 rs62262685 T C 144.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=4;MQ=41.83;MQRankSum=-1.620;QD=8.49;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:92.94:174,0,93 3 49735224 . C G 1205.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.210;DP=89;Dels=0.00;FS=2.378;HRun=0;HaplotypeScore=1.5449;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-1.703;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,40:89:99:1235,0,1658 3 49735746 rs11130214 C G 76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=15.20;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.03:106,0,66 3 49736172 rs11130216 C A 127.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.101;QD=9.80;ReadPosRankSum=1.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:157,0,237 3 49736565 rs6785549 G A 321.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.764;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.750;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.076;QD=8.69;ReadPosRankSum=1.112;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:352,0,615 3 49737954 rs35620248 G A 811.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.334;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=1.950;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=0.066;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,31:74:99:841,0,1071 3 49738945 rs6804655 C T 876.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.147;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.620;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.410;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.390;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,34:51:99:906,0,365 3 49739086 rs1491986 C T 138.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:168,0,136 3 49742584 rs34539806 G A 65.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:95.96:96,0,139 3 49744392 rs3749241 A G 134.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:165,0,151 3 49750188 rs3749240 T A 93.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.034;QD=8.49;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:123,0,210 3 49751585 rs2291542 C T 459.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.471;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.110;HRun=0;HaplotypeScore=1.9961;MQ0=0;MQ=57.72;MQRankSum=-1.313;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.459;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:489,0,484 3 49753003 rs34614773 T G 54.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:84.88:85,0,101 3 49758764 rs4768 A G 1392.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.818;DB;DP=116;DS;Dels=0.00;FS=2.951;HRun=0;HaplotypeScore=4.9411;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.124;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,51:116:99:1422,0,1700 3 49765483 rs2307021 C G 1364.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.145;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=2.595;HRun=0;HaplotypeScore=4.7811;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=1.612;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.964;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,53:121:99:1395,0,2007 3 49813013 rs34451146 C T 379.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.114;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.039;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.104;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.713;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:409,0,342 3 49813169 rs57648519 C A 162.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=18.04;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:53.55:192,0,54 3 49836707 rs7629936 G A 276.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.470;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=-1.737;QD=21.24;ReadPosRankSum=-1.737;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:14.67:306,0,15 3 49841903 . G A 1136.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.757;DP=72;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.319;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,47:72:99:1167,0,661 3 49842881 rs67220807 T TG 409.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.060;DB;DP=35;FS=6.235;HRun=4;HaplotypeScore=82.1015;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=1.590;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.335;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:448,0,504 3 49847623 rs1799845 A G 293.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.653;HRun=3;HaplotypeScore=2.8077;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=0.222;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:324,0,459 3 49849723 rs1799843 G A 188.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=11.06;ReadPosRankSum=1.610;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:218,0,322 3 49866392 rs1128535 C T 319.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.508;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.441;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:349,0,445 3 49866401 . C T 462.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.644;QD=15.41;ReadPosRankSum=-1.393;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:492,0,397 3 49881134 rs2246832 A T 720.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.555;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=-1.455;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,29:50:99:751,0,564 3 49884913 rs13316065 C T 436.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.666;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.293;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:466,0,524 3 50102446 rs115669815 T C 1241.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.827;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=1.732;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-1.304;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,47:92:99:1272,0,1113 3 50129374 rs5848907 T TA 294.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.7531;MQ0=0;MQ=56.62;QD=42.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:21.07:336,21,0 3 50255663 rs35926495 C T 94.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.107;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.845;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:125,0,373 3 50289635 rs12721536 C T 199.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4742;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.077;QD=15.32;ReadPosRankSum=-0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:83.48:229,0,83 3 50332697 rs13100173 G A 534.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.206;QD=9.89;ReadPosRankSum=1.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:564,0,934 3 50357869 rs709210 A C 190.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.818;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=5.315;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.625;QD=11.18;ReadPosRankSum=-1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:220,0,245 3 50368955 rs73082910 C A 494.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.273;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=15.95;ReadPosRankSum=-1.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:524,0,461 3 50416501 rs5030977 C T 224.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.148;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9937;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-1.501;QD=12.49;ReadPosRankSum=-2.914;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:255,0,296 3 50824215 rs62261860 C T 175.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.228;QD=8.78;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:206,0,318 3 51284317 rs112799991 G A 76.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.06:107,0,62 3 51350112 rs113786671 T A 63.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.30:93,0,54 3 51393706 rs67893786 C CAG 906.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=37.0361;MQ0=0;MQ=60.67;QD=56.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:949,48,0 3 51456076 . G C 509.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7102;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-0.099;QD=13.06;ReadPosRankSum=-1.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:539,0,669 3 51668102 rs76085189 C T 195.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.126;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.307;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:226,0,340 3 51975577 rs929533 C T 153.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:14.20:183,0,14 3 51978220 rs28547534 A G 4702.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.501;DB;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.85;MQRankSum=-1.504;QD=30.94;ReadPosRankSum=-1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:152:99:4703,319,0 3 51978640 rs4687792 G A 564.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.787;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-0.832;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:595,0,304 3 52228150 rs411457 A T 164.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.065;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:194,0,206 3 52259459 . T C 202.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4972;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.220;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:232,0,201 3 52272945 rs11441245 C CG 84.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=20.0283;MQ0=0;MQ=62.13;QD=16.96;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:12.03:126,12,0 3 52408193 . A G 195.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.797;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.225;QD=13.99;ReadPosRankSum=2.797;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:226,0,133 3 52430526 rs12163565 G A 103.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:133,0,136 3 52453893 rs498778 C T 348.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.248;QD=24.87;ReadPosRankSum=-0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:30.09:381,30,0 3 52491836 rs12629472 G A 2017.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.374;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.021;QD=12.23;ReadPosRankSum=-1.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,79:165:99:2048,0,2262 3 52505758 rs3065763 G GAT 708.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.5341;MQ0=0;MQ=63.25;QD=54.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:751,39,0 3 52537969 rs4687545 T C 138.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-1.159;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:81.53:168,0,82 3 52540773 rs1010553 T C 321.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.800;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.277;QD=13.39;ReadPosRankSum=-2.123;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:24:99:351,0,257 3 52546487 rs7644763 C T 269.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.969;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.804;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.414;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:300,0,423 3 52548818 rs740903 C T 222.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.714;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.029;QD=8.55;ReadPosRankSum=-0.764;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:252,0,486 3 52551010 rs79979130 C T 259.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.553;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.1442;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.022;QD=8.66;ReadPosRankSum=-1.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:290,0,433 3 52551284 rs67409736 G T 92.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.098;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,161 3 52553625 rs112646045 TGTAA T 385.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.980;DB;DP=19;FS=5.180;HRun=0;HaplotypeScore=93.1963;MQ0=0;MQ=60.09;MQRankSum=0.367;QD=20.28;ReadPosRankSum=-1.511;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:424,0,686 3 52554304 rs7630214 G C 1250.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.074;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.769;HRun=2;HaplotypeScore=1.8910;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=1.074;QD=12.14;ReadPosRankSum=0.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,47:103:99:1280,0,1517 3 52555316 rs13081028 G A 115.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=-0.717;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:145,0,173 3 52556369 rs35325270 C T 411.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.022;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.241;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:442,0,329 3 52558008 rs13303 T C 497.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.821;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.620;QD=16.04;ReadPosRankSum=2.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:527,0,373 3 52568805 rs7639267 G T 163.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.191;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:194,0,125 3 52584431 rs34372721 T TCTC 590.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.134;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=67.2553;MQ0=0;MQ=56.57;MQRankSum=-1.232;QD=28.10;ReadPosRankSum=0.387;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:629,0,499 3 52676065 . CA C 154.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DP=51;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=198.2945;MQ0=0;MQ=56.76;MQRankSum=2.428;QD=3.02;ReadPosRankSum=1.006;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,9:51:99:193,0,335 3 52720080 rs1108842 A C 231.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.464;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:262,0,182 3 52814256 rs2302417 T A 76.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.76:107,0,26 3 52815905 rs2710323 T C 332.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=1.075;QD=9.49;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:362,0,667 3 52817149 . TGGGGGTCTCAGGC T 870.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.074;DP=29;FS=13.532;HRun=0;HaplotypeScore=336.0959;MQ0=0;MQ=53.28;MQRankSum=-4.123;QD=30.00;ReadPosRankSum=1.586;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,8:29:99:909,0,3776 3 52817164 . A AC 322.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.563;DP=34;FS=19.632;HRun=2;HaplotypeScore=223.4752;MQ0=0;MQ=53.17;MQRankSum=-4.285;QD=9.50;ReadPosRankSum=-0.119;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,10:34:99:362,0,681 3 52830764 rs2240921 C T 199.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.627;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.386;QD=14.25;ReadPosRankSum=-0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:230,0,161 3 52833805 rs3617 C A 133.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.573;QD=14.82;ReadPosRankSum=-2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:98.39:163,0,98 3 52842507 . C T 239.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-1.021;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:270,0,328 3 52847544 rs17331178 C A 175.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.200;QD=12.56;ReadPosRankSum=1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:99:206,0,202 3 52847601 rs2071044 C T 66.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.88:97,0,50 3 52851137 rs2240917 T C 131.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.362;QD=7.32;ReadPosRankSum=1.721;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:162,0,348 3 52854140 rs9831977 T G 229.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.515;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.785;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:259,0,444 3 52854186 rs2239548 A C 196.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.725;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.815;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:226,0,330 3 52857778 rs34860124 T A 668.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.425;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.790;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=0.575;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.936;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:699,0,604 3 52864584 rs2071042 A G 1185.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.224;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3476;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=-0.412;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:1215,0,1285 3 52864635 rs2276818 A G 822.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.690;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8308;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.525;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:853,0,686 3 52867595 rs60332615 C A 80.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.517;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:111,0,101 3 52874446 rs6769789 C T 292.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.337;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-1.135;QD=13.30;ReadPosRankSum=2.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:323,0,296 3 52877647 rs113275920 C CA 652.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=104.6111;MQ0=0;MQ=58.55;QD=40.75;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:694,48,0 3 52878746 rs10663469 C CAG 305.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.9530;MQ0=0;MQ=57.94;QD=50.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:348,18,0 3 52959985 . 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G T 59.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.52;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:89.66:90,0,128 3 53222761 rs2306574 C T 626.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.065;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.777;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.759;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:657,0,745 3 53259996 rs3816767 G A 274.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.765;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.828;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=-0.356;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:304,0,427 3 53260716 rs2279322 C T 284.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.699;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.588;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:314,0,488 3 53263279 rs3736156 A G 101.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.530;QD=6.73;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:131,0,282 3 53265581 rs17234092 C T 159.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.906;QD=8.86;ReadPosRankSum=-0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:190,0,276 3 53267155 rs2242301 G A 343.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.200;QD=14.31;ReadPosRankSum=-0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:374,0,270 3 53321631 rs9628 A C 843.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.972;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.897;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,37:60:99:873,0,515 3 53326567 . C T 120.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.680;QD=7.52;ReadPosRankSum=0.793;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:150,0,321 3 53529140 rs312480 T C 376.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.208;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.218;QD=13.94;ReadPosRankSum=2.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:406,0,437 3 53700550 rs2250736 T C 1131.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9916;MQ0=0;MQ=58.08;MQRankSum=0.917;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,44:91:99:1161,0,1224 3 53758049 rs2070617 G A 109.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.098;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.470;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:139,0,142 3 53769479 rs1045958 C T 783.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.146;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.056;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.125;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:813,0,721 3 53779825 rs3821860 A G 239.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.933;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.821;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:270,0,288 3 53806803 rs2278517 G C 170.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7899;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.342;QD=10.04;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:201,0,312 3 53814197 rs1829423 G A 569.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=2.945;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=1;MQ=57.79;MQRankSum=2.292;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:600,0,420 3 53882661 rs2232333 A G 688.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.148;HRun=0;HaplotypeScore=5.9111;MQ0=0;MQ=57.91;MQRankSum=2.113;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,30:62:99:718,0,835 3 53882673 rs5849009 G GT 2602.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=73;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=367.8286;MQ0=0;MQ=58.99;QD=35.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,70:73:99:2644,214,0 3 53883722 rs1025689 C G 847.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=11.650;HRun=2;HaplotypeScore=3.5662;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.191;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:877,0,1381 3 53883910 rs4687751 C T 158.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:188,0,169 3 53886912 rs3733075 C T 232.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=2.727;QD=15.47;ReadPosRankSum=1.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:262,0,193 3 53890787 rs3821867 G A 307.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.215;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.896;QD=18.11;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:92.18:338,0,92 3 53891029 . G A 509.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.123;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=1.496;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.672;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,24:63:99:539,0,902 3 53891097 rs2276840 C G 353.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.764;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.558;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:384,0,158 3 53905308 rs1046677 T C 1104.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.139;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=3.273;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.017;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:1135,0,700 3 53906513 rs4687757 G A 1297.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.187;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=5.517;HRun=1;HaplotypeScore=2.7547;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.442;QD=11.69;ReadPosRankSum=-1.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,49:111:99:1328,0,1684 3 53910118 rs744277 A G 244.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.344;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.197;QD=12.86;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:274,0,341 3 53910121 rs5849012 AG A 218.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=78.8984;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.222;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.044;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:257,0,367 3 53912341 rs3733081 C A 386.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.583;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.672;HRun=2;HaplotypeScore=1.9937;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.317;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:416,0,555 3 54157710 rs2290132 A T 140.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:97.22:170,0,97 3 54419977 rs9836159 C T 106.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=8.86;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:136,0,181 3 54596815 rs9814659 T C 76.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.52:106,0,68 3 54604188 rs2251788 T C 910.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.142;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=2.521;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=-0.433;QD=13.60;ReadPosRankSum=2.013;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:941,0,947 3 54615971 rs6782115 A G 72.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.10;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:92.03:103,0,92 3 54905685 rs1882317 C G 574.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.900;QD=21.27;ReadPosRankSum=-0.643;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,18:27:99:604,0,199 3 54905767 rs78971793 AG A 122.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=30.8869;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.322;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:162,0,106 3 54914996 rs9866865 A G 237.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.683;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:267,0,275 3 54919480 rs2293662 G A 293.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.810;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.036;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.669;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:324,0,322 3 54921903 rs3773594 T C 70.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.881;QD=7.80;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:100,0,135 3 54930699 rs6445708 A T 290.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.458;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=1.7256;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.506;QD=10.03;ReadPosRankSum=1.026;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:321,0,439 3 54930794 rs17054524 C T 561.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.502;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=0.316;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:70:99:592,0,1126 3 54933874 . 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G A 172.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.437;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:202,0,102 3 55733390 rs4955865 C T 653.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.955;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=-0.471;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.009;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,27:53:99:684,0,774 3 56026034 rs4974160 C T 144.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.597;QD=9.01;ReadPosRankSum=1.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:174,0,306 3 56052839 rs3816575 G T 87.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.398;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:118,0,180 3 56329979 . A G 77.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.94:108,0,25 3 56628031 rs7637449 G A 2782.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9920;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=1.477;QD=29.29;ReadPosRankSum=1.404;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2815,181,0 3 56653839 . CTG C 1872.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.766;DP=99;FS=1.666;HRun=0;HaplotypeScore=319.1622;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=0.582;QD=18.92;ReadPosRankSum=1.038;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1912,0,2186 3 57108101 rs76587478 C T 162.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.553;QD=6.52;ReadPosRankSum=0.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:193,0,602 3 57132200 rs2291462 A G 322.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.959;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=7.060;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.746;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.391;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:352,0,271 3 57138419 rs6780995 G A 62.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.296;QD=6.24;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:92.35:92,0,186 3 57140108 rs2035654 G A 130.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.387;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:160,0,180 3 57168154 rs116627710 G A 102.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-1.000;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:132,0,179 3 57168273 rs6803905 T C 194.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.111;HRun=2;HaplotypeScore=1.9312;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.915;QD=7.79;ReadPosRankSum=0.139;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:225,0,445 3 57303603 . C G 613.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=50;Dels=0.00;FS=4.167;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-1.583;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,24:50:99:644,0,717 3 57494138 rs6445902 A C 146.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.186;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.532;QD=13.32;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:177,0,127 3 57494165 rs10510794 C G 170.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:200,0,161 3 57542173 rs2241988 C T 298.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.725;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.453;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.996;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:329,0,221 3 57557834 rs11964 A G 177.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.568;QD=17.78;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:208,0,120 3 57582718 rs80159797 GAAA G 169.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=27.8406;MQ0=0;MQ=54.75;MQRankSum=0.198;QD=24.26;ReadPosRankSum=0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:99:209,0,113 3 57632004 . C CA 139.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DP=16;FS=2.276;HRun=10;HaplotypeScore=38.1745;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.935;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:179,0,109 3 57658222 rs1473367 A T 57.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:87.19:87,0,139 3 57882601 rs17058639 C T 811.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=4.478;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.333;QD=10.40;ReadPosRankSum=1.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:78:99:842,0,1071 3 57902639 rs17745496 G A 699.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.977;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.063;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.503;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:730,0,706 3 58063123 rs115199080 G A 65.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:95.40:95,0,136 3 58127508 . G A 128.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.800;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:158,0,272 3 58154327 rs8640 C T 510.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.081;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.115;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.423;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:541,0,557 3 58186719 rs3772985 C A 1704.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.905;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=6.211;HRun=0;HaplotypeScore=4.5410;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-0.518;QD=13.74;ReadPosRankSum=-1.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,66:124:99:1734,0,1647 3 58186911 rs4234389 A G 281.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.847;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.270;QD=17.59;ReadPosRankSum=2.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:312,0,216 3 58194051 rs3732631 C A 734.03 PASS 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CAGAG C 301.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.242;DP=24;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=107.2923;MQ0=0;MQ=54.94;MQRankSum=-1.399;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.307;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:340,0,922 3 65425560 rs35698502 T TCTG 574.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.514;DB;DP=64;FS=3.876;HRun=0;HaplotypeScore=232.1415;MQ0=0;MQ=60.36;MQRankSum=1.520;QD=8.98;ReadPosRankSum=0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,13:64:99:614,0,509 3 66293766 rs66918103 T C 277.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.291;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.433;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.953;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:307,0,371 3 66428282 rs1046844 C T 322.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=15.37;ReadPosRankSum=1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:353,0,274 3 66430811 rs2279290 T G 640.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.613;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.296;QD=10.17;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,29:63:99:671,0,941 3 66432680 rs332371 A G 2443.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.212;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.342;QD=29.44;ReadPosRankSum=0.698;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,81:83:99:2476,172,0 3 66434643 rs2306272 T C 942.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.318;DB;DP=102;Dels=0.00;FS=5.267;HRun=0;HaplotypeScore=2.5561;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.375;QD=9.24;ReadPosRankSum=0.499;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,45:102:99:972,0,1644 3 66444615 rs6793110 G A 220.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.026;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.237;QD=8.47;ReadPosRankSum=1.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:250,0,382 3 66444697 rs17775391 A C 180.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.589;QD=22.61;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:50.63:211,0,51 3 66463254 rs12493943 C G 123.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.884;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=-1.355;QD=8.23;ReadPosRankSum=1.120;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:153,0,248 3 66465259 rs4856928 T C 520.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.361;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.689;QD=18.59;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:550,0,218 3 67054649 rs13096789 T C 1352.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=3.823;HRun=0;HaplotypeScore=2.9930;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=-1.076;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1382,0,1252 3 67548726 . AAAG A 532.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.721;DP=32;FS=1.494;HRun=0;HaplotypeScore=141.1843;MQ0=0;MQ=55.92;MQRankSum=-0.395;QD=16.63;ReadPosRankSum=-1.018;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:571,0,932 3 67659817 rs2290173 G A 324 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.291;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.699;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:354,0,500 3 67660040 rs2290174 G A 203.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.532;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=55.34;MQRankSum=0.311;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:234,0,247 3 67660049 rs2290175 A G 172.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=6.803;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.452;QD=12.33;ReadPosRankSum=-2.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:203,0,172 3 68587884 rs3828366 A C 665.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.444;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.426;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:696,0,623 3 69036707 rs4855542 G A 74.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=9.29;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:104,0,140 3 69053447 rs9860095 A T 74.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:105,0,26 3 69351460 rs77486110 AAG A 198.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.9478;MQ0=0;MQ=65.19;QD=33.05;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:240,18,0 3 71026263 . G A 138.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=1.8606;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:169,0,139 3 71247304 rs2037474 A G 234.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.751;QD=26.03;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:12.90:264,0,13 3 71247572 rs56850311 A T 131.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.470;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5061;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-0.676;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:12:99:162,0,155 3 72799703 rs35178407 C T 552.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.636;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=0.416;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:583,0,807 3 72821690 . C G 182.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.545;DP=14;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.299;QD=13.03;ReadPosRankSum=1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:212,0,139 3 72821708 rs62251655 T C 99.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.377;QD=7.62;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:129,0,204 3 72925997 rs7640629 C T 238.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.102;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.592;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:268,0,243 3 72926390 rs7610496 A G 662.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.776;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.974;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=1;MQ=57.03;MQRankSum=0.425;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:40:99:692,0,393 3 72933319 rs6768747 A G 72.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:103,0,127 3 72933697 . 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T C 73.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.31;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:104,0,101 3 75379085 rs12490683 G A 105.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.710;QD=7.55;ReadPosRankSum=-0.839;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:136,0,215 3 75385215 . C T 359.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.690;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.506;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:390,0,565 3 75385314 rs4552385 C T 185.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.528;QD=6.39;ReadPosRankSum=0.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:215,0,529 3 75386297 rs6769147 G A 636.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.136;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.512;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.36;MQRankSum=-1.437;QD=13.00;ReadPosRankSum=-0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:667,0,532 3 75388161 rs6765044 T C 1763.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.958;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=5.233;HRun=0;HaplotypeScore=6.8954;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-1.139;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,71:137:99:1794,0,1718 3 75388243 rs6798065 T C 560.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.181;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:590,0,891 3 75397013 rs6762507 C T 202.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.177;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=4.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=-0.530;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:232,0,156 3 75397679 rs3860597 G A 497.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.623;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=44.50;MQRankSum=-0.884;QD=12.43;ReadPosRankSum=-0.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,22:40:99:527,0,438 3 75406584 rs34054461 C T 176.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=8.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=-1.447;QD=17.66;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:95.16:207,0,95 3 75419736 rs2091866 T G 86.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=47.55;MQRankSum=-0.741;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:117,0,169 3 75420180 rs62259093 A G 158.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7306;MQ0=0;MQ=55.97;MQRankSum=-0.067;QD=17.61;ReadPosRankSum=-1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:53.05:188,0,53 3 75466947 rs12490872 C A 50.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.56:80,0,22 3 75471230 rs11716994 C T 267.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.699;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=51.33;MQRankSum=0.571;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:298,0,366 3 75472209 rs11537690 C T 621.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.827;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.737;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.19;MQRankSum=0.069;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:652,0,856 3 75472260 rs62259122 C T 482.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=57.69;MQRankSum=0.241;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:512,0,350 3 75475588 rs9860745 C T 505.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.199;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.40;MQRankSum=2.161;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.066;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:536,0,712 3 75475589 . G A 643.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.708;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.40;MQRankSum=-1.821;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:674,0,589 3 75477174 rs35559783 C T 127.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:158,0,99 3 75478181 . 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T C 2463.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.741;DP=151;Dels=0.00;FS=1.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.75;MQRankSum=1.848;QD=16.31;ReadPosRankSum=0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,85:151:99:2493,0,1631 3 99643176 rs793440 C T 1050.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.350;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.943;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.616;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,38:77:99:1080,0,1025 3 100014947 . C T 92.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-1.638;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:122,0,135 3 100053684 rs66652236 C CG 195.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=17.1207;MQ0=0;MQ=60.00;QD=32.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0 3 100057846 rs1214381 C T 522.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.704;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.766;QD=16.33;ReadPosRankSum=1.007;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:552,0,434 3 100058102 rs166747 G A 585.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.697;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.032;QD=18.30;ReadPosRankSum=-2.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:616,0,374 3 100084432 rs277644 G A 587.41 PASS 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A C 505.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.635;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:536,0,203 3 101446207 rs3070526 AAT A 477.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DB;DP=30;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=97.3752;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=0.686;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.561;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:516,0,809 3 101576029 rs3217713 T TACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 9330.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=43;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=606.6114;MQ0=0;MQ=31.61;QD=217.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:31,9:43:99:9331,126,0 3 105238890 rs11291806 CT C 321.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=99.6335;MQ0=0;MQ=61.88;QD=18.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:46.14:363,46,0 3 105252398 . A C 285.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.597;QD=17.87;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:316,0,177 3 106567549 rs16853011 G A 58.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.30;ReadPosRankSum=-2.262;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:88.35:88,0,179 3 106825268 rs58705928 A AC 1552.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=34;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=72.4119;MQ0=0;MQ=57.55;QD=45.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,34:34:99:1594,102,0 3 107047161 rs7639744 A C 141.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.146;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:171,0,290 3 107047443 rs2676364 C T 75.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.851;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=7.54;ReadPosRankSum=1.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:105,0,137 3 107097346 rs3811061 C A 239.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.363;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:269,0,351 3 107463456 rs3838316 TG T 1490.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DB;DP=38;FS=5.798;HRun=1;HaplotypeScore=104.1691;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=1.641;QD=39.21;ReadPosRankSum=1.277;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:99:1532,109,0 3 107524112 rs72589641 G GT 317.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.5608;MQ0=0;MQ=60.00;QD=39.74;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:360,24,0 3 107884269 rs62264150 A G 250.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.452;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=-0.772;QD=6.59;ReadPosRankSum=1.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:280,0,689 3 107937360 rs56273515 C T 687.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.823;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=2.704;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,30:65:99:718,0,934 3 107937408 rs1135897 C T 534.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.313;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.071;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,21:49:99:565,0,740 3 107938240 rs1289754 G C 93.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.536;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:123,0,207 3 108095365 rs2124736 G A 185.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.154;QD=8.08;ReadPosRankSum=1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:216,0,300 3 108107925 rs7616341 C A 821.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.041;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.478;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:851,0,881 3 108110570 rs74660263 G A 567.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.851;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.760;HRun=0;HaplotypeScore=4.9676;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.314;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:36:99:598,0,328 3 108112760 rs2290601 C T 142.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.729;QD=15.85;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:173,0,121 3 108117356 . 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G A 275.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.972;DP=39;Dels=0.00;FS=1.302;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.571;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,14:39:99:305,0,737 3 121350593 rs1128158 C A 103.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:134,0,138 3 121350616 rs1128154 G T 139.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=10.75;ReadPosRankSum=-2.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:170,0,182 3 121351315 . 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C G 259.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DP=45;Dels=0.00;FS=5.562;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=41.69;MQRankSum=-2.759;QD=5.76;ReadPosRankSum=-1.348;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,14:45:99:289,0,772 3 125643970 rs12489324 T C 644.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.815;HRun=0;HaplotypeScore=2.7431;MQ0=1;MQ=42.27;MQRankSum=0.176;QD=12.90;ReadPosRankSum=-1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:675,0,457 3 125643995 rs13063019 C T 459.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.777;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.536;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=1;MQ=41.50;MQRankSum=-2.423;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:489,0,441 3 125644009 rs12485974 G A 405.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.558;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=6.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.41;MQRankSum=-2.179;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:435,0,399 3 125647341 rs1976460 A G 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GCAAAA G 210.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=43.7491;MQ0=0;MQ=42.17;QD=26.30;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:15.05:252,15,0 3 139257545 rs34662123 GC G 379.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=34.0898;MQ0=0;MQ=63.02;QD=27.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39.09:421,39,0 3 139280328 rs35898558 G GA 183.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.7180;MQ0=0;MQ=61.78;QD=30.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15.05:225,15,0 3 140122341 rs4683494 G A 123.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=9.51;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:154,0,224 3 140140213 rs7643984 A T 164.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.866;QD=16.42;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:194,0,128 3 140407260 rs9876490 C A 1951.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-1.029;QD=30.48;ReadPosRankSum=1.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1984,156,0 3 140998113 rs75586664 C T 132.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.244;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:163,0,234 3 141162128 rs62282002 C G 751.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.367;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.226;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.735;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,27:42:99:782,0,371 3 141162185 rs16851435 T G 880.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.533;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.298;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.536;QD=21.47;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:910,0,350 3 141326602 rs295322 T C 124.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.77;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:26.72:154,0,27 3 141328918 rs295324 T G 273.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.204;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=1.937;QD=12.44;ReadPosRankSum=2.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:304,0,211 3 141538822 rs78193590 C T 118.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=2;MQ=47.64;MQRankSum=-3.532;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:149,0,323 3 141762850 . 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A C 71.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:101,0,99 3 142520900 rs12634067 G A 63.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:94,0,29 3 142567327 rs893883 G A 344.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=4;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.680;QD=11.90;ReadPosRankSum=1.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:375,0,447 3 142681249 rs62276870 G A 191.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.000;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.449;QD=10.08;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:222,0,331 3 142895298 rs111887220 T G 109.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=1.7781;MQ0=0;MQ=48.11;MQRankSum=-3.241;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:140,0,191 3 142895511 . C T 213.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.961;DP=32;Dels=0.00;FS=1.760;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=7;MQ=41.65;MQRankSum=2.476;QD=6.66;ReadPosRankSum=-1.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,10:32:99:243,0,406 3 142895926 rs10049327 G A 95.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.89;MQRankSum=1.159;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:126,0,160 3 142895953 rs9825493 A T 94.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.06;MQRankSum=0.421;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:124,0,111 3 143567207 rs11714060 A G 209.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=6.726;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.741;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:239,0,233 3 143574901 rs6782974 A G 484.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.851;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.672;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,17:21:54.82:515,0,55 3 145542203 rs9877492 G A 55.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.11;MQRankSum=0.729;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:85.95:86,0,177 3 145542204 rs9877227 C T 53.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.11;MQRankSum=0.729;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:83.50:83,0,177 3 145788803 rs2305274 T C 172.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.181;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:203,0,310 3 145809750 rs3792341 T C 108.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=18.10;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.05:139,0,55 3 145820684 rs3762691 G A 137.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=19.68;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.22:168,0,60 3 145824478 rs9289716 A G 109.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.972;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.139;QD=5.75;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:139,0,480 3 145828256 rs3842573 G GT 382.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.014;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=39.9982;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=1.280;QD=20.13;ReadPosRankSum=0.867;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:422,0,242 3 145838895 rs4681297 C T 119.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.645;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.518;QD=5.69;ReadPosRankSum=-0.740;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:150,0,497 3 145913061 rs34467190 G T 813.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.613;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=6.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.144;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.471;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,35:67:99:843,0,866 3 146177815 rs6806535 C T 106.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=15.16;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.63:136,0,86 3 146239871 . C T 136.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.47;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.01:166,0,60 3 146243369 rs2688693 G T 240.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.06;MQRankSum=2.429;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:271,0,274 3 147309337 rs62276285 G A 68.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.73:98,0,70 3 147884168 rs12495960 G A 94.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.977;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=0.380;QD=7.85;ReadPosRankSum=1.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:124,0,250 3 147885110 rs2045350 T C 89.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.130;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=1.8499;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=0.710;QD=6.42;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:120,0,184 3 148459395 rs5182 C T 596.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.834;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.903;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.284;QD=13.25;ReadPosRankSum=1.649;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:626,0,583 3 148459988 rs5186 A C 84.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.896;QD=7.71;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,201 3 148562425 rs9835098 C G 224.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.120;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:255,0,198 3 148703787 rs3732559 T G 515.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.254;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=1.789;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:546,0,577 3 148704618 rs62622498 T C 770.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.965;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.100;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=46.91;MQRankSum=1.146;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.280;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:801,0,575 3 148714104 . 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C T 231.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=14.45;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:261,0,130 3 149182086 rs60028604 A T 383.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9958;MQ0=0;MQ=56.70;MQRankSum=1.375;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:414,0,381 3 149182087 rs57677105 T TG 460.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.916;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=112.5322;MQ0=0;MQ=56.58;MQRankSum=2.441;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.829;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:500,0,500 3 149182144 . 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G GC 228.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7606;MQ0=0;MQ=61.78;QD=38.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:270,18,0 3 149193684 rs1802837 T C 139.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.193;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:169,0,125 3 149374578 rs63224761 TCA T 124.62 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=20.0395;MQ0=0;MQ=66.18;QD=24.92;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:166,15,0 3 149468530 rs9843784 T G 1018.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.345;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.706;HRun=0;HaplotypeScore=2.9573;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=1.556;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.223;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,41:98:99:1049,0,1293 3 149469333 rs71138407 AT A 157.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=20.9083;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.248;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:196,0,103 3 149678534 rs6768054 C T 319.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.038;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=5.225;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=1.320;QD=8.65;ReadPosRankSum=-0.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:350,0,625 3 149686076 rs2305855 T C 559.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.863;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.885;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.559;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:589,0,602 3 149686367 rs61268501 AC A 677.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=128.5261;MQ0=0;MQ=57.15;QD=28.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:69.85:719,70,0 3 149700519 rs7630407 T C 1556.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.628;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=3.666;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.58;MQRankSum=-0.592;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.469;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,59:108:99:1586,0,1214 3 150280506 rs5853484 GA G 196.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=37.7209;MQ0=0;MQ=60.00;QD=24.54;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.06:238,21,0 3 150329112 . ATATGT A 1882.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=206.7955;MQ0=0;MQ=43.58;QD=55.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:93.31:1925,93,0 3 150403749 rs4680107 T C 782.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.929;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-1.123;QD=12.03;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:812,0,779 3 150690566 rs3796240 T C 241.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.435;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.741;QD=15.12;ReadPosRankSum=0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:272,0,194 3 150845574 rs1897296 C T 120.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.381;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:151,0,250 3 150883600 rs2567322 C T 521.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.261;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9436;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.288;QD=7.79;ReadPosRankSum=-1.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,23:67:99:552,0,1199 3 151085578 rs3732764 C A 4157.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DB;DP=143;Dels=0.00;FS=3.231;HRun=0;HaplotypeScore=2.9909;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.514;QD=29.08;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,142:143:99:4158,272,0 3 151463421 rs1972977 G T 324.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.795;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.974;QD=12.48;ReadPosRankSum=1.692;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:355,0,392 3 151463493 rs1550964 A G 94.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.653;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=2;HaplotypeScore=1.9142;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.306;QD=6.33;ReadPosRankSum=0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:125,0,276 3 151531894 rs2293004 C T 492.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.357;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.483;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.549;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.592;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:48:99:522,0,719 3 151545321 rs113024766 GT G 413.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=126.9573;MQ0=0;MQ=53.94;QD=29.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:39.11:456,39,0 3 151545323 rs62272918 T G 320.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.94;MQRankSum=0.992;QD=22.89;ReadPosRankSum=1.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,13:14:0.35:349,0,0 3 152018223 rs17368446 T G 145.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.729;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:175,0,123 3 152553628 rs1065776 C T 145.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.817;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:175,0,516 3 152554357 rs701265 A G 482.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.225;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.515;HRun=0;HaplotypeScore=1.7719;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:513,0,260 3 152880401 . 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T C 576.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.877;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.440;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:606,0,443 3 167320010 rs75218075 T C 253.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.486;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=1.9811;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.528;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.373;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:284,0,317 3 167402236 rs78782877 T C 79.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:69.02:109,0,69 3 167506937 rs33917740 C G 360.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.734;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.475;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.694;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:390,0,472 3 167506967 rs34582040 A G 451.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.639;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=4.993;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.281;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:482,0,459 3 167510472 rs2229697 G A 877.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.924;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=7.9776;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.031;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,34:65:99:907,0,787 3 167754573 rs6786410 A G 828.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.202;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.742;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.755;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:858,0,822 3 167762678 rs67757806 C CA 103.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DB;DP=15;FS=7.404;HRun=12;HaplotypeScore=36.7167;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.466;QD=6.90;ReadPosRankSum=1.532;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:66.59:143,0,67 3 168384563 . 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C T 879.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.489;DP=72;Dels=0.00;FS=8.472;HRun=0;HaplotypeScore=3.4250;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=1.167;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:72:99:909,0,946 3 170214459 rs2008829 G T 613.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.398;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=2.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.858;QD=20.46;ReadPosRankSum=-1.606;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:644,0,315 3 170214585 rs35753997 C T 55.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=6.94;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:85.55:86,0,147 3 170371837 rs6764448 G A 106.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=17.70;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:43.05:136,0,43 3 170670753 rs67125861 C T 183.57 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TCAAG T 445.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=118.6731;MQ0=0;MQ=56.92;MQRankSum=-1.414;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.083;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:485,0,1018 3 185363485 . G A 148.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=24.78;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:179,0,22 3 185431377 . G A 51.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.53:82,0,241 3 185905876 rs13087397 G A 205.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=22.88;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:46.02:236,0,46 3 185906246 rs10536009 CGTGT C 247.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DB;DP=9;FS=6.532;HRun=0;HaplotypeScore=54.5373;MQ0=0;MQ=61.05;MQRankSum=0.067;QD=27.49;ReadPosRankSum=-0.067;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:82.53:286,0,83 3 186006487 rs79635827 G T 312.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=-0.500;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:343,0,500 3 186006618 rs1004588 G C 999.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.720;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.794;HRun=0;HaplotypeScore=4.1546;MQ0=0;MQ=57.45;MQRankSum=-0.276;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:1029,0,1321 3 186015743 rs888385 C T 73.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.31;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:104,0,104 3 186015744 rs66460112 G C 72.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.49:103,0,88 3 186295417 rs35458208 A AT 201.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.752;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=67.5708;MQ0=0;MQ=57.76;MQRankSum=-0.537;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.752;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:5.14:240,0,5 3 186302391 rs57687386 A ATTGTGTGTGTGTGT 991.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=97.3511;MQ0=0;MQ=51.66;QD=99.11;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:10:30.10:1033,30,0 3 186370333 rs1131364 G T 444.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.303;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.917;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.500;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.861;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:475,0,441 3 186370350 rs7999 A G 405.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.581;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:435,0,316 3 186370454 . C T 100.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.676;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:131,0,121 3 186384015 rs11707899 C T 352.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.717;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.295;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=0.708;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:382,0,666 3 186390627 rs9898 C T 268.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.746;QD=10.72;ReadPosRankSum=1.969;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:298,0,356 3 186395572 rs1042464 A T 562.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=0.297;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,21:51:99:592,0,831 3 186435370 rs1050274 G A 706.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.502;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=0.214;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:736,0,735 3 186435561 rs13072823 G A 201.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.158;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.053;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:231,0,268 3 186435583 rs13095338 T C 136.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9712;MQ0=0;MQ=54.65;MQRankSum=0.729;QD=15.20;ReadPosRankSum=1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:167,0,118 3 186437944 rs5029980 T C 336.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.602;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=15.357;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.69;MQRankSum=1.180;QD=7.83;ReadPosRankSum=1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:367,0,777 3 186443018 rs1656922 T C 211.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=2.016;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:241,0,356 3 186479009 rs866601 A G 1900.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.570;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.271;QD=29.70;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:1934,119,0 3 186501367 . T C 355.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.170;QD=13.16;ReadPosRankSum=0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:385,0,458 3 186501502 rs266720 C A 658.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.631;QD=19.36;ReadPosRankSum=0.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,22:34:99:688,0,313 3 186507757 rs1047148 G A 116.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=19.37;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.93:146,0,22 3 186509517 rs187868 G A 381.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.134;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.224;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.52;MQRankSum=2.024;QD=8.12;ReadPosRankSum=0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,18:47:99:412,0,732 3 186570746 rs17846866 T G 60.01 PASS 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T C 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.85;MQRankSum=-0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 3 195395354 rs80181010 A G 172.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.860;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=3;MQ=42.83;MQRankSum=-0.408;QD=5.57;ReadPosRankSum=-2.661;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,10:31:99:203,0,539 3 195395379 rs73216381 T G 631.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.060;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=3.215;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=47.07;MQRankSum=-1.670;QD=14.69;ReadPosRankSum=-1.777;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:662,0,429 3 195395515 . A C 362.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.948;DP=48;Dels=0.00;FS=1.580;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=3;MQ=43.81;MQRankSum=1.838;QD=7.54;ReadPosRankSum=0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:99:392,0,752 3 195395549 rs58717446 C CAT 1176.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.372;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=145.6371;MQ0=0;MQ=45.44;MQRankSum=2.814;QD=35.67;ReadPosRankSum=-0.917;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,26:30:99:1216,0,109 3 195426108 rs73218505 A G 56.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ0=0;MQ=56.69;MQRankSum=1.001;QD=6.31;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:86.76:87,0,161 3 195426148 rs4997079 T C 300.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.03;MQRankSum=1.393;QD=30.06;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.08:334,27,0 3 195426149 rs4997080 G A 253.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.03;MQRankSum=1.271;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:6.35:283,0,6 3 195452951 rs2688542 G C 264.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=53.77;MQRankSum=0.549;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:295,0,148 3 195453017 . GC G 137.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DP=19;FS=2.017;HRun=2;HaplotypeScore=119.4537;MQ0=1;MQ=51.78;MQRankSum=0.921;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.044;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:19:99:177,0,510 3 195453243 rs3828408 C T 278.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.288;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=2;MQ=50.34;MQRankSum=-1.866;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:309,0,857 3 195453434 rs113099255 G A 428.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=2.517;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=1;MQ=54.23;MQRankSum=0.831;QD=5.49;ReadPosRankSum=-0.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,20:78:99:458,0,1644 3 195453562 rs2550234 A C 87.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.27;MQRankSum=-2.793;QD=7.30;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:118,0,236 3 195475989 rs7621695 G A 130.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=11.89;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:161,0,167 3 195477786 rs6808605 C T 847.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9815;MQ0=2;MQ=53.13;MQRankSum=1.786;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.617;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:878,0,636 3 195477791 rs2291652 G A 530.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.652;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.091;HRun=1;HaplotypeScore=1.9815;MQ0=1;MQ=54.98;MQRankSum=1.617;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:561,0,816 3 195487737 rs2246771 A G 290.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.806;QD=9.09;ReadPosRankSum=-0.806;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:321,0,553 3 195507858 rs74957513 G T 111.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.17;MQRankSum=0.736;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.39:141,0,18 3 195507993 . G A 59.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=0.727;QD=14.77;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.20:89,0,29 3 195512343 rs113457754 G A 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 3 195515568 rs62282504 C T 139.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.517;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:170,0,198 3 195518112 rs71180965 T TGTCTCCTGCGTAACA 5389.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=295.5679;MQ0=0;MQ=37.68;QD=163.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,12:33:81.28:5390,81,0 3 195615376 rs3747669 A G 665.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=9.013;HRun=0;HaplotypeScore=11.2627;MQ0=0;MQ=56.87;MQRankSum=0.830;QD=13.57;ReadPosRankSum=-1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:695,0,626 3 195664645 . T C 363.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.503;DP=28;Dels=0.00;FS=1.617;HRun=1;HaplotypeScore=1.8237;MQ0=2;MQ=45.67;MQRankSum=0.184;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:393,0,256 3 195664697 . GCA G 401.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DP=25;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=119.7477;MQ0=8;MQ=38.61;MQRankSum=-0.722;QD=12.17;ReadPosRankSum=1.415;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:25:99:441,0,601 3 195723586 rs56022806 G A 143.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.97;MQRankSum=-1.025;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:173,0,320 3 195723680 rs4927701 C G 1107 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.123;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8300;MQ0=0;MQ=56.14;MQRankSum=2.224;QD=14.76;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,48:75:99:1137,0,663 3 195723802 rs2593988 T C 90.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=46.64;MQRankSum=-1.212;QD=5.05;ReadPosRankSum=1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:121,0,351 3 195778972 rs1805051 C T 141.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.328;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8928;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.140;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.515;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:171,0,308 3 195935207 rs12497404 C G 103.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.181;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.825;QD=9.40;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:133,0,169 3 195937410 rs6795707 G T 208.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=1.096;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:238,0,141 3 195937977 rs13079891 A G 70.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=6.43;ReadPosRankSum=1.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:101,0,200 3 195953775 rs68119320 C T 218.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.353;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.883;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:248,0,285 3 195956726 . 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C T 195.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.101;QD=15.02;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:225,0,155 4 844781 rs75072999 G A 775.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.329;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=-0.869;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:805,0,685 4 858866 rs1026739 G A 67.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.600;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:97.69:98,0,214 4 858874 rs3214922 T TC 648.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=68.8428;MQ0=0;MQ=61.34;QD=40.54;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.15:691,48,0 4 871624 rs1564281 C T 383.68 PASS 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G A 445.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DP=50;Dels=0.00;FS=2.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=57.12;MQRankSum=1.337;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:475,0,775 4 5642141 rs751842 C T 385.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.238;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.092;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.230;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:416,0,441 4 5642161 rs751841 A G 634.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.193;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=1.977;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:664,0,648 4 5642274 rs13131655 T C 2671.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.852;DB;DP=199;Dels=0.00;FS=1.103;HRun=1;HaplotypeScore=4.5004;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.906;QD=13.42;ReadPosRankSum=-0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,104:199:99:2701,0,2719 4 5732978 rs1871587 G A 107.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.33:138,0,53 4 5743512 rs6414624 T C 576.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.520;QD=16.02;ReadPosRankSum=-0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:607,0,258 4 5746915 . TC T 453.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.788;DP=23;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=128.7937;MQ0=0;MQ=52.83;MQRankSum=1.261;QD=19.72;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,8:23:45.15:496,45,0 4 5746917 . TTC T 228.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.308;DP=24;FS=2.103;HRun=0;HaplotypeScore=161.7489;MQ0=0;MQ=53.14;MQRankSum=-0.615;QD=9.51;ReadPosRankSum=1.552;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:267,0,461 4 5747131 rs13145958 C A 92.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=6.532;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.951;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,180 4 5747152 rs16837617 A G 69.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:99,0,101 4 5749814 rs58769270 C CGTTTG 575.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=12;FS=6.532;HRun=0;HaplotypeScore=46.8426;MQ0=0;MQ=39.12;MQRankSum=-1.179;QD=47.95;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:96.05:614,0,96 4 5749904 rs4688963 T C 180.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.185;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=19.759;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.55;MQRankSum=1.249;QD=6.23;ReadPosRankSum=-0.484;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:99:211,0,536 4 5803829 rs77186985 AC A 200.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DB;DP=26;FS=1.897;HRun=7;HaplotypeScore=89.3148;MQ0=0;MQ=60.68;MQRankSum=0.231;QD=7.69;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:239,0,386 4 5843196 rs2286283 T G 580 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.845;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=3.206;HRun=2;HaplotypeScore=1.7866;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.374;QD=12.08;ReadPosRankSum=-2.702;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:610,0,757 4 5843266 rs2286282 T C 76.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=9.59;ReadPosRankSum=-2.017;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:107,0,122 4 5863032 rs13130069 G A 117.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.466;QD=10.67;ReadPosRankSum=1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:147,0,209 4 5975538 rs16837960 G A 535.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.888;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.725;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.846;QD=17.29;ReadPosRankSum=1.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:566,0,323 4 6058620 rs16838135 C T 69.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:100,0,29 4 6062061 rs28553970 T C 153.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-0.289;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:183,0,435 4 6062117 rs6852114 T A 730.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.875;HRun=2;HaplotypeScore=3.5230;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=1.884;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:80:99:760,0,1484 4 6066556 . G T 188.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.133;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-1.067;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:219,0,152 4 6374189 rs6837903 A G 622.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.630;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.49;MQRankSum=0.788;QD=28.29;ReadPosRankSum=-0.946;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:22:27.03:655,27,0 4 6374230 rs58616743 C CA 846.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DB;DP=47;FS=1.552;HRun=1;HaplotypeScore=175.9155;MQ0=0;MQ=59.97;MQRankSum=0.534;QD=18.01;ReadPosRankSum=-1.033;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:885,0,722 4 6374468 rs12511721 T C 484.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.240;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.980;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:515,0,667 4 6377530 rs4688997 C G 382.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.85;MQRankSum=-0.411;QD=10.06;ReadPosRankSum=-2.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,17:38:99:412,0,567 4 6578487 rs4689485 A G 262.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.474;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.945;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:292,0,224 4 6580283 rs3764809 A G 62.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.221;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.66:93,0,154 4 6594947 rs2301796 A C 441.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.316;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=4;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.286;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:471,0,794 4 6596360 rs2301795 G A 399.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.449;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.15;MQRankSum=0.450;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:430,0,444 4 6600012 rs2301790 A G 652.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.166;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.210;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.011;QD=14.19;ReadPosRankSum=0.410;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:683,0,511 4 6602255 rs2301789 A G 485.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.132;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.948;QD=26.99;ReadPosRankSum=-0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,15:18:58.86:516,0,59 4 6602516 rs12639813 A G 340.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.903;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.846;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.903;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.690;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:99:371,0,108 4 6611813 rs4689487 T C 313.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.420;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.448;HRun=0;HaplotypeScore=1.9920;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.981;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.621;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:344,0,450 4 6698500 rs113431497 C CTGAGCCTGAA 3187.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=126.0052;MQ0=0;MQ=34.39;QD=144.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,18:22:63.22:3230,63,0 4 6698567 rs74666034 G A 934.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.618;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=1.837;QD=13.95;ReadPosRankSum=1.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:964,0,862 4 6698667 rs11734898 T C 4193.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.136;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.19;MQRankSum=0.179;QD=29.53;ReadPosRankSum=-0.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,139:142:99:4193,261,0 4 6698706 rs11733989 A C 4858.23 PASS 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G C 375.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.796;DP=18;Dels=0.00;FS=2.452;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.97;MQRankSum=-0.159;QD=20.87;ReadPosRankSum=-1.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:50.41:406,0,50 4 8221058 rs4696782 G A 461.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.868;QD=10.73;ReadPosRankSum=-1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:492,0,590 4 8229713 rs1281148 A G 373.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.053;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.478;QD=20.73;ReadPosRankSum=-1.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:99:403,0,105 4 8229774 rs1281149 C T 325.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.691;QD=25.05;ReadPosRankSum=2.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:32.72:356,0,33 4 8230070 rs1281150 T C 405.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.196;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.492;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.173;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.321;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:436,0,355 4 8230235 rs1281151 T C 127.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.203;QD=14.22;ReadPosRankSum=1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:92.39:158,0,92 4 8242499 rs1048506 G A 213.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.362;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.881;QD=6.46;ReadPosRankSum=-0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:243,0,614 4 8242740 rs8153 G C 118.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:148,0,119 4 8293974 rs4235258 C T 127.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.372;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.91;MQRankSum=-0.167;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:158,0,447 4 8304137 rs13144236 G A 549.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=5.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.239;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:579,0,459 4 8318199 rs4696809 A C 83.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.85;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:9.03:115,9,0 4 8390858 . 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T C 148.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.568;QD=14.83;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:98.58:178,0,99 4 25005193 rs2232028 G A 299.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.555;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.951;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:330,0,193 4 25125703 rs2302566 C G 672.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.148;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.974;HRun=0;HaplotypeScore=1.9683;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.918;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.366;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,24:68:99:703,0,1182 4 25315637 rs76822240 C CT 80.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=53.8251;MQ0=0;MQ=57.16;MQRankSum=-0.825;QD=5.34;ReadPosRankSum=-1.031;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:15:44.11:119,0,44 4 25363471 rs36038307 A G 170.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=0.696;QD=13.15;ReadPosRankSum=-1.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:201,0,130 4 25370627 rs315690 A G 146.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=0.405;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:176,0,207 4 25390066 . G A 202.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.214;QD=20.27;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:85.28:233,0,85 4 25398292 rs34015658 G A 282.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=7.761;HRun=0;HaplotypeScore=6.2984;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.462;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:30:99:312,0,246 4 25417109 rs3214035 T A 276.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.184;QD=9.88;ReadPosRankSum=-0.230;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:307,0,394 4 25417244 rs3816587 C T 105.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:86.42:135,0,86 4 25419283 rs9174 T C 1224.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.696;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8731;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=-0.277;QD=12.37;ReadPosRankSum=-0.753;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,52:99:99:1255,0,1210 4 25507698 rs6448365 G A 68.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=7.61;ReadPosRankSum=1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:98.48:98,0,126 4 25674904 . C CT 281.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=353.7533;MQ0=0;MQ=32.36;QD=14.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,8:20:52.85:324,53,0 4 25674907 . 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T C 243.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.998;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=47.20;MQRankSum=-0.849;QD=9.37;ReadPosRankSum=-0.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:274,0,417 4 70047486 rs79124684 C T 242.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.243;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.13;MQRankSum=-0.437;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:272,0,420 4 70079838 rs4694697 T C 1039.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.882;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=46.18;MQRankSum=-1.426;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,38:65:99:1070,0,688 4 70115136 . A C 574.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.500;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.35;MQRankSum=-0.688;QD=15.53;ReadPosRankSum=0.755;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:37:99:605,0,310 4 70146080 rs13124875 T C 112.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=16.02;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.11:142,0,88 4 70146230 rs13139691 G A 1835.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.750;DB;DP=150;Dels=0.00;FS=3.242;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=55.80;MQRankSum=-0.039;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.961;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,72:150:99:1866,0,2153 4 70146423 . G A 1116.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.949;DP=85;Dels=0.00;FS=0.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.57;MQRankSum=0.251;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,42:85:99:1146,0,1223 4 70146704 rs7689398 G A 1051.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.864;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9452;MQ0=0;MQ=59.77;MQRankSum=-0.955;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,41:82:99:1082,0,1051 4 70152685 rs4386668 C G 334.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.260;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9952;MQ0=0;MQ=51.21;MQRankSum=-0.202;QD=13.95;ReadPosRankSum=-0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:365,0,366 4 70156392 rs10013145 A G 725.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.277;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=10;MQ=42.63;MQRankSum=-5.844;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:755,0,1575 4 70160277 rs6843900 T G 734.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.722;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.025;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.56;MQRankSum=-4.406;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,31:65:99:765,0,859 4 70160309 rs6828191 C G 956.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.659;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.863;HRun=1;HaplotypeScore=1.9916;MQ0=0;MQ=52.36;MQRankSum=-3.705;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.994;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,39:82:99:987,0,1298 4 70172393 rs13110659 G A 135.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.489;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.29;MQRankSum=-2.888;QD=7.50;ReadPosRankSum=-0.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:165,0,232 4 70172472 rs6838306 C T 129.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=45.00;MQRankSum=0.135;QD=10.79;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:159,0,177 4 70212698 rs116169166 G A 114.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.22;MQRankSum=0.248;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:90.61:144,0,91 4 70222480 rs12647013 T C 96.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=16.03;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.58:126,0,52 4 70223738 rs10018610 A G 782.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.038;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.150;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.952;QD=16.65;ReadPosRankSum=0.055;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:812,0,385 4 70257215 . A C 890.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.148;DP=71;Dels=0.00;FS=12.942;HRun=0;HaplotypeScore=3.8958;MQ0=0;MQ=42.50;MQRankSum=0.040;QD=12.55;ReadPosRankSum=2.147;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,34:71:99:921,0,955 4 70267499 rs114119206 G A 461.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.464;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.02;MQRankSum=0.350;QD=22.00;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:492,0,148 4 70274502 rs11249541 G A 222.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.513;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.748;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.41;MQRankSum=-0.952;QD=8.22;ReadPosRankSum=1.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:252,0,404 4 70276753 rs4694728 G A 923.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.471;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9284;MQ0=0;MQ=54.81;MQRankSum=0.416;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.389;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:953,0,772 4 70284745 rs77192118 T C 765.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=5.259;HRun=0;HaplotypeScore=2.9149;MQ0=6;MQ=42.73;MQRankSum=-0.936;QD=6.96;ReadPosRankSum=-0.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,36:110:99:796,0,1701 4 70284911 rs2642838 T A 460.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.144;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.570;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=2;MQ=44.17;MQRankSum=-0.563;QD=8.09;ReadPosRankSum=1.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,21:57:99:491,0,911 4 70288522 rs77715947 A G 51.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.62;MQRankSum=0.727;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.78:81,0,26 4 70288577 rs10021273 T C 155.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.57;MQRankSum=0.983;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.702;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:186,0,330 4 70288596 rs79368121 G A 559.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=44.93;MQRankSum=-2.434;QD=15.99;ReadPosRankSum=-0.053;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:590,0,289 4 70361182 . T C 68.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=6.85;ReadPosRankSum=1.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:98.44:98,0,182 4 70465153 rs3775782 A T 113.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.564;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.310;QD=5.96;ReadPosRankSum=1.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:143,0,340 4 70592790 rs2292092 G T 354.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.653;DB;DP=28;Dels=0.03;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9250;MQ0=0;MQ=58.04;MQRankSum=-0.161;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:385,0,397 4 70599073 rs1847366 C T 673.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.576;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-1.425;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.651;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,27:51:99:703,0,621 4 70620708 rs2134668 G A 230.65 PASS 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G C 421.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.315;DP=29;Dels=0.00;FS=3.482;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.202;QD=14.55;ReadPosRankSum=-1.910;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:452,0,366 4 77675505 rs3733242 C T 2391.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.688;DB;DP=177;Dels=0.00;FS=10.808;HRun=0;HaplotypeScore=2.5073;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-0.509;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,85:177:99:2421,0,2320 4 77880193 rs6833311 G A 392.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=7.649;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.297;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.890;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:423,0,269 4 77949997 rs111698952 TGGTCCAA T 527.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=62.7247;MQ0=0;MQ=37.86;QD=65.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:569,24,0 4 78870940 rs4859513 T A 305.86 PASS 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C T 1014.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.502;DP=73;Dels=0.00;FS=6.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.107;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.626;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,44:73:99:1044,0,683 4 84243549 rs4328905 A G 184.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:215,0,131 4 84509465 rs11394944 T TG 2065.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=44;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=89.5749;MQ0=0;MQ=59.94;QD=46.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,44:44:99:2108,132,0 4 84519775 rs71668661 A AT 189.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.979;DB;DP=16;FS=2.869;HRun=14;HaplotypeScore=52.6272;MQ0=0;MQ=59.92;MQRankSum=1.763;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.588;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:16:19.84:228,0,20 4 84525973 rs35602893 CT C 141.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=17.1730;MQ0=0;MQ=60.00;QD=20.25;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18.04:184,18,0 4 85165279 rs348702 G C 260.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.338;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.834;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.068;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.606;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:291,0,292 4 85166020 rs348700 C T 557.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=2;HaplotypeScore=2.8309;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.548;QD=12.66;ReadPosRankSum=1.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:587,0,590 4 85414812 . G A 322.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.752;QD=26.85;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:34.30:352,0,34 4 85465661 rs116740990 T C 186.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:217,0,177 4 85552882 rs41282379 G T 183.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.753;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.560;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.187;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:213,0,461 4 85555196 rs13102661 G A 101.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.28;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:131,0,25 4 86643155 rs17010697 A C 122.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.422;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:66.02:153,0,66 4 86921609 . A AC 295.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=69.7137;MQ0=0;MQ=54.58;QD=19.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:30.08:337,30,0 4 86952648 rs10025882 T C 151.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.825;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:181,0,161 4 87024258 . G A 133.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.788;DP=21;Dels=0.00;FS=5.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=44.62;MQRankSum=-0.181;QD=6.37;ReadPosRankSum=-0.616;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:164,0,382 4 87024409 rs28529458 T C 212.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.50;MQRankSum=0.337;QD=12.53;ReadPosRankSum=1.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:243,0,229 4 87684031 rs710832 A G 627.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=1.051;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:658,0,718 4 87770252 rs17694522 G A 1155.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.587;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=-1.850;QD=15.20;ReadPosRankSum=-0.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,45:76:99:1185,0,739 4 87808810 rs5860039 G GCA 239.42 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G T 467.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.590;DP=32;Dels=0.00;FS=1.527;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.665;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.918;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:498,0,393 4 91230149 . 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C T 216.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.794;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8910;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.189;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:247,0,213 4 110635488 rs2498 G GT 2880.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=69;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=130.3623;MQ0=0;MQ=61.40;QD=41.74;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,66:69:99:2922,199,0 4 110670340 . 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G A 138.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:26.71:168,0,27 4 114213631 rs29341 C T 225 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.898;QD=22.50;ReadPosRankSum=0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:20.69:255,0,21 4 114263101 rs62313243 T G 187.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=23.44;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:19.58:217,0,20 4 114286357 rs59019186 ATG A 169.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=47.9951;MQ0=0;MQ=60.00;QD=14.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:12:19.87:211,20,0 4 114421712 rs17446453 C T 325.75 PASS 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C CT 172 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DP=14;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=44.0592;MQ0=0;MQ=60.77;MQRankSum=0.299;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:211,0,161 4 119944611 rs1459058 G T 326.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.729;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.809;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.42;MQRankSum=-0.694;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:356,0,392 4 119947961 rs111228039 AAAG A 574.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.137;DB;DP=39;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=146.1538;MQ0=0;MQ=59.75;MQRankSum=1.344;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.448;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:614,0,1438 4 119950975 rs111780874 A AT 1085.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DB;DP=66;FS=1.441;HRun=13;HaplotypeScore=207.9531;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=1.206;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.704;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,45:66:42.11:1127,42,0 4 119952955 rs61732241 C T 466.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.709;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.281;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.121;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:497,0,478 4 120072233 rs6828875 G C 181.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=0.377;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:212,0,206 4 120072238 rs6828349 A G 185.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=-0.896;QD=16.84;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:215,0,124 4 120079159 rs11721566 A G 621.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.496;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.20;MQRankSum=-0.019;QD=18.29;ReadPosRankSum=-0.850;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,24:34:99:652,0,228 4 120079387 rs11729978 G A 59.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.248;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:89.38:89,0,215 4 120170142 . A G 108.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.300;QD=15.55;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:83.18:139,0,83 4 120194718 rs35610634 G GT 109.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=11.2404;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.736;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:8.01:148,0,8 4 120214030 rs3749591 T G 665.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.360;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.156;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-0.188;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.897;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:695,0,515 4 121957559 rs34766411 G A 536.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.421;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=5.449;HRun=1;HaplotypeScore=2.9929;MQ0=0;MQ=57.55;MQRankSum=1.541;QD=17.29;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:566,0,340 4 121958091 rs3733558 T G 1037.93 PASS 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T A 271.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.73;MQRankSum=0.412;QD=10.05;ReadPosRankSum=-1.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:301,0,344 4 123280860 rs1127348 T C 521.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.159;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.137;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=1.344;QD=11.34;ReadPosRankSum=-0.402;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:552,0,685 4 123283163 rs33976078 AAT A 292.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=47.5119;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.599;QD=24.38;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:332,0,196 4 123333671 rs2086346 A G 96.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.633;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:126,0,190 4 123377482 rs2069763 C A 272.96 PASS 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TGC T 178.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=17.6271;MQ0=0;MQ=62.13;QD=35.75;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:221,15,0 4 137276414 rs10011523 G A 468.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.876;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.79;MQRankSum=-2.604;QD=14.21;ReadPosRankSum=0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:499,0,348 4 137277225 rs61734727 C T 337.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.253;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.326;QD=16.09;ReadPosRankSum=-2.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:368,0,235 4 138346451 rs7677973 T C 75.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:105,0,26 4 138449683 rs10018837 A G 1605.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.343;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=3.347;HRun=0;HaplotypeScore=3.8268;MQ0=0;MQ=59.81;MQRankSum=1.717;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.297;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,62:132:99:1635,0,1807 4 138449812 rs10006580 C G 623.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.939;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.134;QD=11.77;ReadPosRankSum=-2.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:654,0,828 4 139402774 rs17050441 T C 262.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.28;ReadPosRankSum=0.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:40.03:293,0,40 4 139482113 rs10015897 G C 478.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.592;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.624;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=1.587;QD=10.86;ReadPosRankSum=1.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:508,0,709 4 139482703 rs11730882 G A 388.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7632;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.415;QD=12.13;ReadPosRankSum=1.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:418,0,556 4 139482765 rs72718527 C T 407.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.581;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:437,0,358 4 139544632 . 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A AT 192.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DP=13;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=62.6740;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.312;QD=14.82;ReadPosRankSum=1.003;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:13:59.51:232,0,60 4 143130219 rs1994217 T A 289.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.692;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:319,0,243 4 143158979 rs28647625 A C 98.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-1.098;QD=9.82;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:128,0,138 4 143226768 rs2627808 G T 67.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:67.36:98,0,67 4 143226784 rs2636640 G A 72.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.51:102,0,65 4 143324036 rs1982965 T C 196.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.028;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.435;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.53;MQRankSum=-0.583;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:227,0,479 4 143324094 rs1982966 G A 375.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.844;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.272;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=1.256;QD=8.94;ReadPosRankSum=0.487;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:405,0,675 4 143326312 rs72466743 AAGAG A 330.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=59.4292;MQ0=0;MQ=54.46;MQRankSum=-1.106;QD=30.03;ReadPosRankSum=0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:99:369,0,190 4 144271061 rs3838637 GAGAT G 320.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=35.9962;MQ0=0;MQ=50.59;QD=45.81;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:363,21,0 4 144682752 rs10857411 A G 74.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:66.69:105,0,67 4 144682805 rs17694529 G C 66.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=8.27;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:96.19:96,0,110 4 144801671 . 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G A 391.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.639;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.8215;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=-0.599;QD=13.97;ReadPosRankSum=2.856;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:421,0,279 4 146461349 . G A 79.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:10.66:109,0,11 4 146560429 rs34702224 T C 951.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.380;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.231;HRun=1;HaplotypeScore=2.8564;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=0.156;QD=18.30;ReadPosRankSum=-0.527;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,35:52:99:981,0,417 4 146650290 . TG T 134.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=16.9355;MQ0=0;MQ=54.24;MQRankSum=-0.922;QD=19.24;ReadPosRankSum=0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:51.80:174,0,52 4 146653620 rs10008599 G A 87.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-0.922;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:32.72:118,0,33 4 146770400 rs63620462 T A 73.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.300;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:68.30:104,0,68 4 147215026 rs10032088 C T 438.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.162;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.290;QD=19.08;ReadPosRankSum=1.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:469,0,242 4 148440907 rs10305899 A C 329.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.713;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.246;QD=23.53;ReadPosRankSum=0.311;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:73.45:359,0,73 4 148827697 rs35780665 T TA 118.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=23.0836;MQ0=0;MQ=60.00;QD=23.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:160,15,0 4 149073555 rs2272089 C T 106.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.40:136,0,64 4 149116035 rs4835500 A G 424.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.330;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.08;MQRankSum=0.105;QD=18.47;ReadPosRankSum=-0.105;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:23:99:455,0,151 4 151161490 rs6838238 T C 181.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4960;MQ0=0;MQ=53.03;MQRankSum=0.742;QD=25.96;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:0.62:210,0,1 4 152201018 rs77216366 G GCAGGT 4783.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=71;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=312.4796;MQ0=0;MQ=36.45;QD=66.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:27,44:71:99:4784,169,0 4 152592469 rs112033226 A ATTAC 1025.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=67.7094;MQ0=0;MQ=51.13;QD=51.27;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,14:20:42.14:1067,42,0 4 152609920 rs11332666 TA T 160.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=54.9531;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=-0.869;QD=9.42;ReadPosRankSum=1.159;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,10:17:12.64:202,13,0 4 152624972 rs28706249 A G 383.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.103;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.838;QD=12.38;ReadPosRankSum=-2.194;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:414,0,397 4 152681952 rs1429559 A G 293.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.538;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=6.239;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=58.88;MQRankSum=0.769;QD=10.88;ReadPosRankSum=0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:324,0,311 4 152682046 rs11556167 G T 157.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.583;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:187,0,162 4 153881835 rs3811834 C T 220.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=11.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.347;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:251,0,325 4 153889265 rs6535885 A G 202 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=0.869;QD=10.10;ReadPosRankSum=-1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:232,0,240 4 153896358 rs3811833 C T 613.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9810;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.910;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.930;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,24:49:99:644,0,639 4 153896765 rs7688776 G C 470.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.513;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.7727;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=0.191;QD=9.61;ReadPosRankSum=2.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:501,0,713 4 154191710 rs1470104 G A 395.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.223;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.628;QD=13.19;ReadPosRankSum=0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:426,0,297 4 154279631 . 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C G 152.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.238;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=0.234;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:183,0,538 4 159199382 rs2009748 G A 197.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.521;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.081;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=55.66;MQRankSum=0.637;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.984;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:228,0,210 4 159390809 rs12648694 T A 143.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.154;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.910;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.068;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:173,0,228 4 159391086 rs12646075 C T 67.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.50:97,0,65 4 159493702 rs80171324 G A 156.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.532;QD=14.25;ReadPosRankSum=-1.932;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:187,0,163 4 159601676 rs11559290 C T 458.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.805;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.171;QD=14.33;ReadPosRankSum=1.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:489,0,343 4 159642434 rs17843891 A G 59.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.398;QD=5.41;ReadPosRankSum=-0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:89.45:89,0,232 4 159772353 . 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C T 142.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.278;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:172,0,131 4 170987636 rs1480544 A G 343.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=4.091;HRun=0;HaplotypeScore=3.9909;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=-0.022;QD=11.84;ReadPosRankSum=-0.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:373,0,449 4 170989708 rs3214945 C CA 162.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=19.2222;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=18.06;ReadPosRankSum=0.747;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:0.59:200,0,1 4 170990258 . T G 226.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DP=13;Dels=0.00;FS=4.150;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.817;QD=17.39;ReadPosRankSum=0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:256,0,130 4 170991811 rs67729515 AGGTT A 416.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.140;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=116.9024;MQ0=0;MQ=53.93;MQRankSum=-2.392;QD=15.43;ReadPosRankSum=1.312;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:456,0,1355 4 172035317 rs1396232 A C 177.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.278;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:12:65.48:208,0,65 4 173232805 rs9312524 G A 678.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.015;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.575;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=0.526;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:708,0,497 4 173232944 rs168011 G T 328.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.428;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.539;HRun=8;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.449;QD=8.87;ReadPosRankSum=0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:358,0,620 4 173269638 rs333399 T C 282.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.908;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.993;HRun=0;HaplotypeScore=1.9952;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-0.092;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:312,0,344 4 173269915 rs333398 C T 54.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.74;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:84.15:84,0,145 4 173873170 rs11322401 TG T 438.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=33.6047;MQ0=0;MQ=61.78;QD=36.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:480,36,0 4 174537977 rs72696236 A G 197.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.706;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.795;QD=10.98;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:228,0,238 4 175181085 rs79814512 T C 74.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.34:105,0,53 4 175237408 rs1553669 T C 915.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=2.541;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.045;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,41:84:99:946,0,1066 4 175413296 rs17060532 C T 352.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.819;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.909;HRun=0;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.794;QD=14.09;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:382,0,309 4 175443156 rs1050145 C T 1058.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.743;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.879;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.534;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,43:106:99:1088,0,1762 4 175443261 rs45567139 G T 641.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.439;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=1.207;QD=10.88;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:672,0,891 4 175688138 rs7696263 A G 2125.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.466;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7236;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.510;QD=27.25;ReadPosRankSum=1.288;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,77:78:99:2159,162,0 4 176416665 . G GT 139.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=29.2364;MQ0=0;MQ=61.64;MQRankSum=1.256;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.092;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:179,0,283 4 176733447 . TGGG T 337.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=96.5499;MQ0=0;MQ=66.10;QD=22.48;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:15:33.08:379,33,0 4 176733454 . T G 245.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=67.04;MQRankSum=0.751;QD=24.56;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:6.36:275,0,6 4 177082032 rs10520338 A G 142.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.652;QD=15.84;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:173,0,129 4 177082069 rs7693453 G C 545.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.702;HRun=0;HaplotypeScore=3.9644;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=-0.220;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.341;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:575,0,348 4 177087322 rs4388031 C T 91.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.868;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.577;QD=5.07;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:121,0,347 4 177093505 rs4538426 T G 144 PASS 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T A 54.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.96;MQRankSum=0.406;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:84.55:85,0,88 4 190076486 rs6818132 C T 156.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.091;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ0=0;MQ=49.59;MQRankSum=-0.639;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:19.70:186,0,20 4 190508304 rs113952125 G A 78.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=51.43;MQRankSum=0.421;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:74.49:108,0,74 4 190584857 rs2879008 A G 80.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.66;MQRankSum=-0.736;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27.28:111,0,27 4 190584869 rs2337579 A G 80.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.66;MQRankSum=0.736;QD=13.49;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27.28:111,0,27 4 190597710 rs62331390 G A 116.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=16.68;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:21.93:147,0,22 4 190597739 rs5023411 C G 161.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.751;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:21.95:192,0,22 4 190597771 rs5023410 G C 165.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.751;QD=18.34;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:16.29:195,0,16 4 190640368 . G GAGGA 345.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=13.6722;MQ0=0;MQ=35.34;QD=69.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:387,15,0 4 190838674 rs62343961 A C 110.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.9930;MQ0=0;MQ=43.74;MQRankSum=-1.733;QD=11.10;ReadPosRankSum=0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:29.75:141,0,30 4 190862182 rs2411530 C T 165.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=-0.298;QD=6.91;ReadPosRankSum=-0.060;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:196,0,404 4 190862287 rs4145517 C T 81.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:68.60:111,0,69 4 190873254 rs79575937 CA C 103.01 PASS 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A G 169.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.514;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=57.22;MQRankSum=0.817;QD=6.78;ReadPosRankSum=-0.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:199,0,496 5 31908748 rs113598777 T TATCA 976.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=35.8439;MQ0=0;MQ=32.47;QD=75.13;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.13:1019,39,0 5 31908813 . AGCCCCTTGC A 759.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.9755;MQ0=0;MQ=30.89;QD=69.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:33.09:801,33,0 5 31908823 . AAT A 301.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.3628;MQ0=0;MQ=30.89;QD=27.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:30.53:344,31,0 5 32000397 rs115911339 T C 534.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.087;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-0.906;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.959;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:564,0,480 5 32053749 rs13165981 T C 78.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.06:108,0,62 5 32058115 rs151861 A G 304.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-1.246;QD=21.77;ReadPosRankSum=0.934;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:33.32:335,0,33 5 32061072 rs72761539 G A 373.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.430;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=2.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=57.81;MQRankSum=-0.062;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:403,0,496 5 32071381 rs72761544 G C 640.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.642;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=2.872;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.876;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:670,0,379 5 32072213 rs3797064 A C 353.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=7.225;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=0.836;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:384,0,215 5 32074509 rs2291113 G A 541.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.543;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9305;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=0.692;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.692;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:571,0,557 5 32087253 rs157495 A G 703.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.174;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=1.529;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:734,0,563 5 32087374 rs157496 A G 371.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.299;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,15:38:99:402,0,580 5 32087808 rs3733720 G C 433.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.302;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:464,0,350 5 32090294 rs10066063 G A 1864.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=5.633;HRun=0;HaplotypeScore=4.9882;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.549;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.643;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,65:130:99:1894,0,1755 5 32093070 rs16889442 G A 512.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=0.633;QD=10.46;ReadPosRankSum=0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,22:49:99:543,0,621 5 32093082 . G T 674.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.287;DP=54;Dels=0.00;FS=1.087;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.419;QD=12.48;ReadPosRankSum=-1.522;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:704,0,590 5 32093210 rs28450841 C T 203.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.529;QD=16.92;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:233,0,111 5 32248077 rs11960898 C T 252.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.496;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.329;HRun=0;HaplotypeScore=1.9330;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.032;QD=7.90;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,12:32:99:283,0,556 5 32388485 rs3811972 G C 80.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.72:110,0,30 5 32397248 . 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A T 514.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.816;DP=49;Dels=0.00;FS=1.137;HRun=0;HaplotypeScore=1.9132;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=2.185;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:544,0,693 5 39394493 rs1050903 G C 159.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.935;QD=12.28;ReadPosRankSum=1.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:190,0,242 5 39888776 rs10941479 T G 190.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.312;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:95.47:220,0,95 5 40067133 rs35313658 T C 738.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.334;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=-1.919;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.487;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:768,0,570 5 40746885 rs3805497 A T 69.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.32:99,0,61 5 40777531 . T TTA 226.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.1142;MQ0=0;MQ=56.56;MQRankSum=1.545;QD=17.45;ReadPosRankSum=0.696;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:266,0,321 5 40841741 rs10512747 C T 222.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.833;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.778;QD=8.25;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:253,0,419 5 40955561 rs1063499 G C 795.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.273;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.327;QD=13.49;ReadPosRankSum=1.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,27:59:99:826,0,990 5 40964816 rs7713884 C A 151.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.861;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=0.194;QD=5.81;ReadPosRankSum=2.750;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:181,0,478 5 40972769 rs34641824 G A 249.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.899;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.919;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.612;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:280,0,345 5 40979790 rs2876849 A T 145.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:92.39:175,0,92 5 41153884 . G T 459.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DP=53;Dels=0.00;FS=2.630;HRun=0;HaplotypeScore=3.9790;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.615;QD=8.67;ReadPosRankSum=-0.138;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:490,0,877 5 41381901 rs35812696 T TC 498.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=26.0750;MQ0=0;MQ=62.28;QD=35.63;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.13:541,42,0 5 41475766 rs318039 C T 1733.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=1.920;HRun=1;HaplotypeScore=7.9748;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.137;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,72:176:99:1763,0,2640 5 41739684 rs33967331 G A 108.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=18.08;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.77:138,0,56 5 41842746 rs13164201 T C 480.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.570;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.181;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.887;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:510,0,527 5 41951615 . C T 147.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=21.05;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:21.95:177,0,22 5 42713472 rs33972388 TG T 251.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.556;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.9351;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.555;QD=16.78;ReadPosRankSum=1.324;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:291,0,283 5 42718427 rs3834253 G GTT 204.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=12.8532;MQ0=0;MQ=57.52;QD=40.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:246,15,0 5 42719239 rs6180 A C 427.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.301;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.257;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.494;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:457,0,432 5 42800808 rs7579 C T 564.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.094;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.046;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.973;QD=9.73;ReadPosRankSum=1.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:594,0,800 5 42892803 rs16874465 C T 581.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.983;HRun=0;HaplotypeScore=1.9979;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=-0.590;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:611,0,848 5 42893019 rs72759059 T C 73.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.29;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:86.60:104,0,87 5 42908745 rs72759075 C T 119.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.933;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=-0.566;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:150,0,311 5 42917536 rs2548363 G A 136.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=12.36;ReadPosRankSum=1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:166,0,170 5 43039793 rs1054428 T C 346.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.490;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.595;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=0.571;QD=8.26;ReadPosRankSum=1.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,13:42:99:377,0,881 5 43161317 rs55714804 T C 225.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.048;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:256,0,176 5 43245922 rs13176855 C T 1016.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.251;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=1;HaplotypeScore=2.8220;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.171;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,41:78:99:1047,0,1033 5 43292908 rs55794239 C A 100.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.754;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.972;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:131,0,431 5 43294192 rs56257144 C T 474.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.120;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.35;MQRankSum=0.198;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.046;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:504,0,465 5 43297032 rs3733768 C T 406.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.623;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.539;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.745;QD=21.37;ReadPosRankSum=1.798;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:436,0,151 5 43297144 rs3733769 A G 650.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.149;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=10.329;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=-1.277;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.507;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:680,0,901 5 43351682 rs11743633 A G 70.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:101,0,103 5 43495684 rs10066408 C T 439.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=8;MQ=42.74;MQRankSum=-0.824;QD=7.98;ReadPosRankSum=0.524;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,26:55:99:469,0,648 5 43495924 rs10068064 C A 265.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.14;MQRankSum=-1.292;QD=13.29;ReadPosRankSum=-0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:296,0,310 5 43496228 rs113508677 A ACAGT 930.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=66.5183;MQ0=0;MQ=32.80;QD=62.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,11:14:36.12:973,36,0 5 43496299 . 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C A 681.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.549;DP=58;Dels=0.00;FS=8.092;HRun=2;HaplotypeScore=3.2271;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.157;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.848;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:712,0,884 5 52248291 rs1054085 T C 75.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=8.43;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:106,0,105 5 52322521 . C T 133.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=2.8408;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=1.133;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:163,0,126 5 52344610 rs1421933 A G 162.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-1.359;QD=9.04;ReadPosRankSum=-0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:193,0,299 5 52351377 rs1139484 T C 782.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.020;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.120;QD=16.66;ReadPosRankSum=1.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,29:47:99:813,0,497 5 52351876 rs3212523 A G 119.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.212;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:149,0,242 5 52356701 rs3212539 T G 317.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.799;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.468;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:347,0,563 5 52358757 rs1801106 G A 172.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.90;MQRankSum=-0.467;QD=14.37;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:202,0,155 5 52360658 . A T 63.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:94,0,26 5 52366138 rs2112290 G A 155.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9866;MQ0=0;MQ=52.56;MQRankSum=1.179;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:46.61:186,0,47 5 52368472 rs3212583 C T 201.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.975;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.473;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.304;QD=10.06;ReadPosRankSum=1.519;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:231,0,353 5 52368546 rs3212584 T C 97.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:128,0,324 5 52368565 rs3212585 A T 123.65 PASS 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C A 256.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.597;QD=16.00;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:286,0,203 5 58476232 rs11749543 G A 191.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.533;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:221,0,120 5 59899413 rs11740327 G A 357.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.86;ReadPosRankSum=0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:387,0,145 5 59940502 rs6877561 A T 158.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.101;QD=12.19;ReadPosRankSum=0.935;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:188,0,202 5 60040047 rs10054744 C G 309.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.746;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.324;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.296;QD=8.59;ReadPosRankSum=1.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:339,0,518 5 60040060 rs10069929 A T 386.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.454;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.928;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.589;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.035;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:417,0,486 5 60040467 rs4577661 G A 932.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=3.248;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.429;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:963,0,975 5 60083275 rs10072745 C A 63.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.34;ReadPosRankSum=-1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:93.44:93,0,186 5 60187967 rs3832350 G GT 96.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DB;DP=12;FS=2.808;HRun=9;HaplotypeScore=33.7844;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=8.08;ReadPosRankSum=0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:136,0,100 5 60999768 rs436696 C T 170.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.971;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:201,0,246 5 61745737 rs11329383 CT C 631.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=85.3963;MQ0=0;MQ=59.12;QD=21.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:86.66:673,87,0 5 61790042 . 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C G 380.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.076;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=0.415;QD=11.90;ReadPosRankSum=-0.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:411,0,472 5 72144209 rs34652 C T 464.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.420;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.264;QD=11.07;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:495,0,501 5 72151858 rs34660 T A 72.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:102,0,27 5 72184098 rs17606 C T 981.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.434;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=6.344;HRun=0;HaplotypeScore=3.8002;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=0.088;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.562;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1012,0,833 5 72189540 . T C 690.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.532;DP=39;Dels=0.00;FS=4.146;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.073;QD=17.71;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,25:39:99:721,0,371 5 72419456 rs637450 C G 129.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.960;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.854;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:160,0,344 5 72419617 rs636926 C A 853.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.307;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.896;HRun=2;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.156;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:883,0,997 5 73072354 rs7714670 T C 483.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.716;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=6.992;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.560;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:513,0,1037 5 73076511 rs6453022 C A 70.64 PASS 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CAG C 202.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=75.1592;MQ0=0;MQ=60.47;MQRankSum=0.423;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.564;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:241,0,783 5 131008194 rs26008 T C 2307.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.368;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=7.206;HRun=1;HaplotypeScore=2.7090;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=1.041;QD=29.97;ReadPosRankSum=1.201;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,75:77:99:2341,149,0 5 131321159 rs11740791 G C 141.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.772;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.772;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:171,0,232 5 131324250 rs3043838 C CTG 1272.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=71.8031;MQ0=0;MQ=58.42;QD=45.46;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:75.26:1315,75,0 5 131326522 rs5871439 AC A 637.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=79.6171;MQ0=0;MQ=60.80;QD=23.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,25:27:75.01:680,75,0 5 131534499 rs3749756 C T 367.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.744;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.992;QD=26.28;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:2.99:398,3,0 5 131553428 rs3214098 T TA 1348.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=62.0798;MQ0=0;MQ=59.96;QD=44.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:29:87.30:1391,87,0 5 131647677 rs77719114 C T 83.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9497;MQ0=0;MQ=47.67;MQRankSum=1.380;QD=13.95;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:29.60:114,0,30 5 131730052 rs67581670 CA C 774.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=62.8747;MQ0=0;MQ=60.83;QD=29.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:26:69.20:816,69,0 5 132036252 rs1468216 T C 95.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:126,0,169 5 132038199 rs3213639 C T 146.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:97.80:176,0,98 5 132039132 rs2285700 C A 412.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.894;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=5.746;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.193;QD=17.18;ReadPosRankSum=0.239;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:442,0,273 5 132159134 rs4705870 C T 235.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.456;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:265,0,276 5 132159520 rs66542366 T A 896.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.372;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.626;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.687;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,30:49:99:927,0,456 5 132160057 rs35534543 C T 158.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.067;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:43.92:188,0,44 5 132198100 rs10491279 C T 715.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.585;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.855;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=1.201;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,26:53:99:745,0,746 5 132219300 . T C 135.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:165,0,125 5 132219304 rs997633 A T 117.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.10;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:148,0,131 5 132228133 rs11739417 A G 509.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.444;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.641;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.163;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,19:47:99:540,0,685 5 132232315 rs739863 G A 624.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.654;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.386;QD=17.35;ReadPosRankSum=-0.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,24:36:99:655,0,264 5 132234152 rs72537087 C CG 173.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.1044;MQ0=0;MQ=66.18;QD=34.74;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:215,15,0 5 132267859 rs56157864 A T 113.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=51.85;MQRankSum=-1.495;QD=16.16;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:29.72:143,0,30 5 132279016 rs7710795 C T 105.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=9.59;ReadPosRankSum=-0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:136,0,181 5 132535046 rs3749817 G A 275.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.810;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:306,0,283 5 132546059 rs3828692 G A 89.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:94.73:120,0,95 5 132569260 rs35758896 GCCT G 506.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.519;DB;DP=31;FS=8.870;HRun=0;HaplotypeScore=126.9335;MQ0=0;MQ=56.32;MQRankSum=-0.148;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:545,0,1187 5 132939361 rs409855 A G 59.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.55:90,0,61 5 132939412 rs72789144 C T 98.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.597;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:129,0,251 5 133887780 rs12163993 G A 757.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.969;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.118;HRun=0;HaplotypeScore=2.5544;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.404;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,32:66:99:787,0,886 5 133897829 rs329304 C T 401.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.749;QD=16.05;ReadPosRankSum=0.860;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:431,0,313 5 133901934 . 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T C 99.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.495;QD=7.13;ReadPosRankSum=1.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:130,0,291 5 137892170 rs10117 G A 860.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.852;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.894;HRun=1;HaplotypeScore=3.8315;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=-0.744;QD=11.32;ReadPosRankSum=-0.057;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:890,0,1255 5 137897589 rs256007 A C 101.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.88:132,0,97 5 137902339 rs1042665 T C 675.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.801;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.997;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.56;MQRankSum=1.103;QD=8.14;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,33:83:99:706,0,1177 5 137903084 rs256014 A G 145.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=0.736;QD=24.26;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:15.38:175,0,15 5 138148064 rs13154573 T C 100.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.80:130,0,94 5 138221989 rs288028 G C 634.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.329;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=0.477;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:664,0,1029 5 138266546 rs1059110 G A 443.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.069;QD=7.27;ReadPosRankSum=-1.636;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,20:61:99:473,0,1031 5 138356756 rs10077896 G A 60.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=7.51;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:90.09:90,0,182 5 138356775 rs10077796 C A 230.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.428;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.772;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:261,0,189 5 138371116 rs6890272 G A 145.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.068;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.663;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:175,0,221 5 138456994 rs11750382 G A 261.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.908;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.514;QD=12.45;ReadPosRankSum=-0.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:291,0,381 5 139216901 rs11440487 A AG 182.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=11.7018;MQ0=0;MQ=62.13;QD=36.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:224,15,0 5 139741471 . CCCTTT C 984.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.033;DP=36;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=196.7705;MQ0=0;MQ=47.71;MQRankSum=-5.066;QD=27.34;ReadPosRankSum=0.050;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:1023,0,1480 5 139892380 rs78119490 C T 332.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.354;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.203;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.277;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:363,0,345 5 139931628 rs3085220 A AGT 1668.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=196.1391;MQ0=0;MQ=55.67;QD=53.82;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:31:93.31:1710,93,0 5 139931629 rs5871740 C CG 1150.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=208.4301;MQ0=0;MQ=53.91;QD=41.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:84.28:1193,84,0 5 139936677 . TAC T 74.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.176;DP=22;FS=32.874;HRun=0;HaplotypeScore=137.1120;MQ0=0;MQ=47.38;MQRankSum=1.065;QD=3.41;ReadPosRankSum=1.898;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:22:99:114,0,256 5 139936680 rs10534174 ACCC A 110.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DB;DP=20;FS=2.808;HRun=13;HaplotypeScore=139.2347;MQ0=0;MQ=45.92;MQRankSum=-0.674;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.796;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:20:62.72:150,0,63 5 140021853 . CT C 179.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=11;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.0472;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.186;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.717;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:219,0,207 5 140057535 rs2230361 G A 515.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.130;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.048;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.780;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:546,0,384 5 140186937 rs11167605 G T 887.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=43.02;MQRankSum=-0.839;QD=28.61;ReadPosRankSum=-0.168;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:48.45:920,48,0 5 140209597 . G T 1215.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=105;Dels=0.00;FS=6.260;HRun=0;HaplotypeScore=1.8110;MQ0=0;MQ=59.75;MQRankSum=1.054;QD=11.58;ReadPosRankSum=-0.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,47:105:99:1246,0,1519 5 140209598 . A T 1161.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=106;Dels=0.00;FS=4.954;HRun=0;HaplotypeScore=2.7688;MQ0=0;MQ=59.76;MQRankSum=0.471;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,47:106:99:1191,0,1464 5 140362125 rs79247475 C G 298.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.638;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.136;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:328,0,328 5 140554006 rs2907329 C G 2325.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.234;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=10.632;HRun=1;HaplotypeScore=2.6433;MQ0=0;MQ=57.13;MQRankSum=2.388;QD=29.44;ReadPosRankSum=-0.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,77:79:99:2359,135,0 5 140554606 rs11741863 T C 2783.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.294;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=1.374;QD=31.99;ReadPosRankSum=0.697;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,86:87:99:2817,188,0 5 140568034 rs33974901 C CA 1072.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=124.7267;MQ0=0;MQ=60.39;QD=41.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:75.25:1114,75,0 5 140572668 rs597064 C T 3501.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9865;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=0.209;QD=30.19;ReadPosRankSum=-1.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,115:116:99:3502,236,0 5 140574169 rs58244182 CAGGCCG C 450.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.5284;MQ0=0;MQ=30.38;QD=40.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30.06:492,30,0 5 140581510 rs638054 G T 3429.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4696;MQ0=1;MQ=56.85;MQRankSum=-1.006;QD=32.66;ReadPosRankSum=-0.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,103:105:99:3429,230,0 5 140594442 rs17844607 A G 808.81 PASS 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C T 273.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.081;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.146;QD=7.61;ReadPosRankSum=-1.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:304,0,653 5 148747902 rs4705336 G C 768.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.190;QD=12.39;ReadPosRankSum=-1.838;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,30:62:99:798,0,864 5 148925346 rs6883553 T A 58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:87.99:88,0,129 5 148989122 rs2400891 C T 894.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.451;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:925,0,956 5 148989312 rs7443869 A G 360.15 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.381;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.396;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:405,0,238 5 149006518 rs66982663 TCAGTGG T 353.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.466;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=73.6893;MQ0=0;MQ=45.77;MQRankSum=-2.637;QD=32.15;ReadPosRankSum=0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:393,0,422 5 149006640 rs9324624 C T 1221.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.761;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=3.015;HRun=0;HaplotypeScore=2.6421;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.218;QD=15.27;ReadPosRankSum=-0.401;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,44:80:99:1251,0,957 5 149006837 rs7732873 A G 595.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.679;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.432;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.604;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.478;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:625,0,513 5 149008403 rs1056993 A G 96.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.309;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.831;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:127,0,218 5 149008521 rs1135093 A G 166.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=10.41;ReadPosRankSum=-1.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:197,0,257 5 149151707 rs73796250 G A 73.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.876;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:104,0,134 5 149199889 rs32589 G A 211.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:76.54:241,0,77 5 149200043 rs32588 T C 740.22 PASS 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T C 473.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.654;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.434;QD=15.26;ReadPosRankSum=-1.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:503,0,319 5 159344461 rs3729604 G A 616.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.588;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=6.207;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.083;QD=12.10;ReadPosRankSum=1.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,25:51:99:647,0,817 5 159377560 rs35591745 G A 180.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.485;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=7.605;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.858;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.858;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:210,0,430 5 159378159 rs13171967 G T 133.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=0.296;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:97.22:164,0,97 5 159437466 rs961265 C T 58.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=9.69;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.11:88,0,99 5 159520661 rs56251777 T C 306.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.551;QD=20.41;ReadPosRankSum=2.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:336,0,120 5 159820931 rs10515808 C A 372.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.26;MQRankSum=1.766;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:402,0,458 5 159841493 rs79791419 A T 315.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.283;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.667;HRun=1;HaplotypeScore=3.9056;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.053;QD=17.53;ReadPosRankSum=0.478;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:99:346,0,116 5 159855760 . T TG 152.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=11;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=21.9953;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.466;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:192,0,201 5 159992655 rs3812005 T C 1050 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.317;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.069;HRun=0;HaplotypeScore=1.8640;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=-0.384;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,35:77:99:1080,0,1104 5 159992754 rs3812006 T G 949.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.870;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=2;HaplotypeScore=5.4416;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=-0.989;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.076;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:980,0,784 5 160044855 rs1363199 G A 426.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.916;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.591;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-0.776;QD=12.56;ReadPosRankSum=0.293;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:457,0,463 5 160047265 rs6862674 C G 172.38 PASS 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C T 411.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=29;Dels=0.00;FS=3.372;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-1.173;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.642;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:442,0,275 5 171766963 rs79042273 G A 135.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.696;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:165,0,215 5 171785702 rs17703000 A G 64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:61.26:94,0,61 5 171800897 rs2731717 A G 81.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=0.231;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:111,0,249 5 172189796 rs57435005 C CAG 660.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=60.7563;MQ0=0;MQ=56.83;QD=41.30;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:16:39.13:703,39,0 5 172189805 rs322355 T C 173.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.307;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8912;MQ0=0;MQ=57.34;MQRankSum=0.204;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:204,0,242 5 172280104 rs67244726 CTG C 164.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.9314;MQ0=0;MQ=60.00;QD=32.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:206,15,0 5 172324128 rs13154777 A T 94.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9536;MQ0=0;MQ=56.27;MQRankSum=1.186;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:12:99:125,0,163 5 172341813 . G A 452.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.423;DP=30;Dels=0.00;FS=1.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.214;QD=15.07;ReadPosRankSum=1.716;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:482,0,370 5 172403126 rs36063019 G GC 854.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=35.9271;MQ0=0;MQ=50.85;QD=42.75;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:19:57.19:897,57,0 5 172512686 rs671387 C T 114.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.676;QD=11.42;ReadPosRankSum=-2.148;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:144,0,175 5 172560793 rs35387209 C T 120.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.307;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:151,0,117 5 172573767 rs29798 T C 70.24 PASS 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C A 151.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=25.31;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:16.30:182,0,16 5 176305466 rs2304516 T A 332.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=21.225;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.112;QD=8.30;ReadPosRankSum=-0.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:362,0,718 5 176306676 rs2292257 G A 130.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.864;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-1.256;QD=7.68;ReadPosRankSum=1.960;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:161,0,224 5 176308113 rs61745231 G A 266.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.805;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.049;QD=15.70;ReadPosRankSum=-1.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:297,0,185 5 176308303 . C T 693.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DP=61;Dels=0.00;FS=3.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.418;QD=11.36;ReadPosRankSum=-0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,25:61:99:723,0,971 5 176308655 . C A 688.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.673;DP=68;Dels=0.00;FS=1.049;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.826;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.704;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:719,0,1115 5 176308657 . C T 750.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DP=72;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.223;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:780,0,1146 5 176308870 rs66543564 C CAG 923.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.391;DB;DP=39;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=123.4889;MQ0=0;MQ=60.55;MQRankSum=1.352;QD=23.69;ReadPosRankSum=-0.015;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,18:39:99:963,0,797 5 176314434 rs2278493 C T 156.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.779;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:186,0,198 5 176314459 rs2278492 G A 210.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.267;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=5.219;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.667;QD=15.01;ReadPosRankSum=-0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:240,0,167 5 176314639 rs6875296 G A 196.72 PASS 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T C 320.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.302;DP=17;Dels=0.00;FS=2.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.962;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:99:351,0,104 5 180582256 . TTGTC T 1428.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.344;DP=77;FS=3.523;HRun=0;HaplotypeScore=361.8196;MQ0=0;MQ=57.54;MQRankSum=0.106;QD=18.55;ReadPosRankSum=0.757;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:1468,0,2795 5 180626030 rs79848802 G A 295.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=5.599;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-0.635;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.963;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:326,0,733 5 180626927 rs416574 A G 189.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.740;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.999;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.034;QD=8.59;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:219,0,411 5 180686958 rs943957 C T 1238.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.316;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.9747;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.989;QD=14.07;ReadPosRankSum=-0.346;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1268,0,1287 5 180687212 rs918388 C T 603.52 PASS 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G T 285.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.183;DP=27;Dels=0.00;FS=2.049;HRun=1;HaplotypeScore=2.9879;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.271;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:316,0,460 6 1513887 . 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C G 969.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.432;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ0=0;MQ=59.76;MQRankSum=-1.125;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.964;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:999,0,1242 6 24701941 rs62400786 A G 109.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=21.97;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.27:140,0,24 6 24714681 . TA T 56.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=12;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=33.5487;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=1.495;QD=4.68;ReadPosRankSum=1.495;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:40.01:95,0,40 6 24843131 . 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AGGTAGGGGCCC A 472.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=11;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=202.1723;MQ0=0;MQ=48.43;MQRankSum=-2.637;QD=42.92;ReadPosRankSum=0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:511,0,758 6 29894392 rs111995179 G T 103.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=1.380;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:48.81:134,0,49 6 29894523 rs62390374 G A 165.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.188;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.115;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:195,0,287 6 29894567 rs116296604 G A 263.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.031;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:293,0,295 6 29894569 rs115199650 T C 211.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.569;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.646;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:241,0,308 6 29894580 rs2571425 T G 283.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.462;QD=11.34;ReadPosRankSum=1.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:313,0,311 6 29894603 rs116078621 A G 218.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.871;HRun=3;HaplotypeScore=1.8661;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.694;QD=10.93;ReadPosRankSum=1.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:20:99:249,0,241 6 29894636 . C CA 149.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DP=13;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=66.3791;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.309;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.135;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:189,0,237 6 29895005 rs62390376 C T 96.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.21;MQRankSum=-1.159;QD=10.76;ReadPosRankSum=1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:127,0,139 6 29895039 rs62390377 A C 60.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-0.929;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:90.43:90,0,225 6 29895111 rs9259830 C T 414.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.296;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.643;QD=17.28;ReadPosRankSum=0.214;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:445,0,184 6 29895228 rs9259831 G T 291.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.042;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9466;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.424;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.810;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:322,0,232 6 29895250 rs111543324 C T 167.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.320;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.010;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:198,0,287 6 29895334 rs62390378 T C 71.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.18:101,0,56 6 29895772 . C G 154.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.18;MQRankSum=-2.202;QD=11.02;ReadPosRankSum=0.068;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:184,0,206 6 29895782 . T C 153.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.058;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.31;MQRankSum=-2.488;QD=10.21;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:183,0,226 6 29895788 . G C 205 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.279;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.25;MQRankSum=-3.115;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:235,0,328 6 29895798 . G A 202 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.401;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.55;MQRankSum=-3.339;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:232,0,361 6 29895816 rs2517760 A T 180.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.324;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.969;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=49.79;MQRankSum=-3.002;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.871;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:24:99:210,0,372 6 29895828 rs9280767 A AC 657.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=23;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=319.3820;MQ0=0;MQ=50.93;QD=27.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,17:23:58.15:699,58,0 6 29895958 rs111253618 C A 587 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.070;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.17;MQRankSum=1.085;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.549;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:617,0,451 6 29895973 rs113237024 C G 1300.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8878;MQ0=0;MQ=56.58;MQRankSum=-1.571;QD=30.25;ReadPosRankSum=0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,42:43:99:1334,99,0 6 29896054 rs9259844 C A 588.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.905;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.456;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.82;MQRankSum=-1.837;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,26:38:99:619,0,288 6 29896125 rs56263834 G A 274.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.038;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=7.701;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.85;MQRankSum=0.869;QD=13.71;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:304,0,272 6 29896128 rs55803658 G T 261.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.852;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=12.420;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.85;MQRankSum=-0.567;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:292,0,278 6 29896145 rs71882028 A AG 563.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=59.3123;MQ0=0;MQ=59.82;QD=35.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:42.14:605,42,0 6 29896210 rs60679848 G GCT 515.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.087;DB;DP=36;FS=3.625;HRun=0;HaplotypeScore=297.1778;MQ0=0;MQ=57.30;MQRankSum=0.400;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.504;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:36:99:555,0,861 6 29896257 rs114701700 C T 485.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.874;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8920;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.353;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,20:60:99:515,0,1176 6 29896272 rs113170877 G A 1128.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.214;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.543;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,43:64:99:1158,0,514 6 29896291 rs56285764 T C 464.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.000;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.109;QD=8.00;ReadPosRankSum=1.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,18:58:99:494,0,1079 6 29896466 rs112390724 C T 66.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=9.55;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:96.88:97,0,136 6 29896481 rs112837980 C A 62.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:92,0,67 6 29896847 rs3056640 T TGA 321.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.037;DB;DP=12;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=35.9915;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=26.80;ReadPosRankSum=1.769;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:361,0,144 6 29897035 rs113789422 G GT 409.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.964;DB;DP=21;FS=1.885;HRun=1;HaplotypeScore=232.5368;MQ0=0;MQ=49.50;MQRankSum=1.273;QD=19.52;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:449,0,269 6 29897061 rs79135523 C T 199.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.598;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.23;MQRankSum=-0.088;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.795;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:230,0,268 6 29901917 rs116687097 A G 76.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=6.929;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.694;QD=5.91;ReadPosRankSum=0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:107,0,285 6 29910265 rs41545520 G T 298.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.094;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.359;HRun=1;HaplotypeScore=1.9279;MQ0=0;MQ=52.90;MQRankSum=-0.031;QD=12.97;ReadPosRankSum=-1.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:328,0,214 6 29910324 rs114945359 G C 658.51 PASS 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AAGGTCAGGG A 409.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.4079;MQ0=0;MQ=52.73;MQRankSum=-1.134;QD=34.12;ReadPosRankSum=-1.788;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:449,0,724 6 29942979 rs9260830 G C 156.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.034;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:59.83:187,0,60 6 29942983 rs378971 G A 163.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.925;QD=13.65;ReadPosRankSum=0.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:63.02:194,0,63 6 29961367 rs9260967 G A 79.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=15.98;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.31:110,0,22 6 29961618 rs113934713 A G 57.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=1.231;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.97:88,0,57 6 29974500 rs114440360 A G 81.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:112,0,215 6 29974608 rs9261106 C G 187.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.331;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:218,0,199 6 29974672 rs9261107 T G 239.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9985;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.048;QD=14.06;ReadPosRankSum=-0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:269,0,201 6 29975093 rs6939616 A T 233.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.925;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=1.849;QD=19.46;ReadPosRankSum=-0.925;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:72.39:264,0,72 6 29975095 rs113252692 G C 242.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.231;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:272,0,114 6 29975834 rs9261109 C G 87.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.731;QD=17.44;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:117,0,25 6 29975950 rs114021009 C T 475.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=4.328;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.12;MQRankSum=-2.837;QD=17.61;ReadPosRankSum=-0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:506,0,217 6 29975966 rs3835310 AC A 392.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.424;DB;DP=34;FS=6.782;HRun=8;HaplotypeScore=244.3436;MQ0=0;MQ=49.13;MQRankSum=-3.366;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.148;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:431,0,345 6 29975997 rs3835309 C CTG 1018.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.135;DB;DP=39;FS=1.257;HRun=0;HaplotypeScore=276.5076;MQ0=0;MQ=46.23;MQRankSum=-4.798;QD=26.11;ReadPosRankSum=-0.843;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:1057,0,593 6 29976024 rs3765604 C G 624.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=9.548;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ0=0;MQ=52.18;MQRankSum=-1.010;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.911;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:654,0,492 6 29976262 rs112847552 C T 174.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.163;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:205,0,132 6 29976419 . TTGGAGCTGTGGTCAC T 818.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.243;DP=37;FS=1.599;HRun=0;HaplotypeScore=446.5497;MQ0=0;MQ=51.03;MQRankSum=-3.239;QD=22.12;ReadPosRankSum=0.427;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,10:37:99:858,0,3098 6 29976499 rs9261111 C G 428.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.341;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.329;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.32;MQRankSum=-2.756;QD=12.98;ReadPosRankSum=1.711;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:458,0,469 6 29976607 rs9261112 G A 57.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.361;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:87.49:87,0,171 6 29976838 rs2275854 A G 320.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.147;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.68;MQRankSum=-1.195;QD=11.89;ReadPosRankSum=2.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:351,0,486 6 29976842 rs9261113 T G 580.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.752;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.54;MQRankSum=0.083;QD=16.59;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:611,0,455 6 29976857 rs9261114 G C 648.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.610;QD=13.23;ReadPosRankSum=-1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:678,0,733 6 29976917 . C T 905.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6792;MQ0=1;MQ=58.14;MQRankSum=-0.488;QD=11.04;ReadPosRankSum=1.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,36:82:99:935,0,1060 6 29977068 rs115303287 G C 283.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=0;HaplotypeScore=2.6336;MQ0=3;MQ=53.31;MQRankSum=1.291;QD=7.86;ReadPosRankSum=-0.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:313,0,622 6 29999534 rs4448133 A G 172.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.144;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.203;QD=10.16;ReadPosRankSum=-1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:203,0,227 6 29999941 rs113411832 T C 56.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:86.33:86,0,136 6 30000201 rs116037523 G A 261.64 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C G 789.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.737;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.0973;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=1.065;QD=17.55;ReadPosRankSum=0.761;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:820,0,456 6 31322470 . C G 454.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=43;Dels=0.00;FS=1.249;HRun=3;HaplotypeScore=2.6445;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.012;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:484,0,675 6 31322559 rs112985979 G A 101.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:131,0,171 6 31322782 rs2596496 C G 89.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.212;QD=6.36;ReadPosRankSum=-1.344;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:119,0,344 6 31322888 rs112387513 A G 792.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.699;HRun=0;HaplotypeScore=1.9466;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=-0.486;QD=12.58;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,32:63:99:823,0,825 6 31322911 rs1051488 C T 808.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.634;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.905;HRun=0;HaplotypeScore=3.3417;MQ0=0;MQ=58.40;MQRankSum=-0.094;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.846;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,34:73:99:839,0,1100 6 31322980 rs111570477 C T 598.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=-0.867;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.730;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,23:60:99:629,0,941 6 31322996 rs2074496 C T 540.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.78;MQRankSum=-1.167;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:571,0,633 6 31323020 rs2276448 T C 409.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.602;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.913;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ0=0;MQ=54.46;MQRankSum=-2.353;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:439,0,653 6 31323039 rs70990234 T TGAAGGGCTCCA 1985.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.401;DB;DP=39;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=470.8972;MQ0=0;MQ=49.54;MQRankSum=-4.308;QD=50.91;ReadPosRankSum=-0.104;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,7:39:99:2024,0,1006 6 31323296 rs1050747 A G 1531.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.254;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=1.840;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=48.29;MQRankSum=-5.388;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,59:90:99:1561,0,795 6 31323337 . 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G A 709.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.843;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.500;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:739,0,634 6 38556050 rs34880798 TCAGC T 922.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.751;DB;DP=39;FS=4.945;HRun=0;HaplotypeScore=188.4267;MQ0=0;MQ=53.45;MQRankSum=-1.672;QD=23.65;ReadPosRankSum=-1.194;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:961,0,1587 6 38650628 rs4746 T G 521.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.671;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.240;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.691;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.651;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:552,0,638 6 38690855 . 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T G 248.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.67;MQRankSum=0.367;QD=13.06;ReadPosRankSum=0.857;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:278,0,239 6 107372242 rs3833659 GTTTTC G 1497.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=172.6185;MQ0=0;MQ=34.85;QD=51.64;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,25:29:75.25:1539,75,0 6 107420516 rs4946811 A C 420.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.738;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=0;HaplotypeScore=2.6527;MQ0=0;MQ=57.69;MQRankSum=2.189;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.147;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:450,0,683 6 107621477 rs2500595 C G 174.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.635;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:204,0,178 6 108243123 rs58827902 AAC A 277.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=120.5206;MQ0=0;MQ=32.58;QD=27.73;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,6:10:27.07:319,27,0 6 108326252 . C A 268.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.921;DP=23;Dels=0.00;FS=21.475;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.031;QD=11.66;ReadPosRankSum=0.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:298,0,353 6 108425822 rs6938700 T G 76.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:95.09:107,0,95 6 109107340 rs3751127 T C 381.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=2;HaplotypeScore=4.9517;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=-1.447;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:412,0,316 6 109190267 rs2806362 A T 172.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.26;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:203,0,124 6 109229024 . CCA C 1053.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.087;DP=83;FS=0.914;HRun=0;HaplotypeScore=257.5626;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.934;QD=12.70;ReadPosRankSum=0.494;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,29:83:99:1093,0,3035 6 109610895 . 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AAC A 244.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.532;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=68.8932;MQ0=0;MQ=55.48;MQRankSum=-1.413;QD=13.56;ReadPosRankSum=-0.088;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:283,0,369 6 109954252 rs1406957 C T 637.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.074;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=57.99;MQRankSum=0.026;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:667,0,383 6 109954383 . T C 105.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.667;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:136,0,226 6 109954427 . C T 105.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.517;DP=14;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.194;QD=7.55;ReadPosRankSum=-1.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:136,0,254 6 109980317 rs4947004 G A 97.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.896;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:128,0,199 6 109982160 rs2016207 C T 319.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.592;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.465;QD=16.83;ReadPosRankSum=-0.718;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:350,0,169 6 109993291 rs12197838 G A 96.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=7.782;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.876;QD=10.70;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:126,0,176 6 110048489 rs11459279 C CT 316.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.819;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=76.9570;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.315;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.819;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:18.83:356,0,19 6 110053824 rs11429845 G GT 229.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.283;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=39.1932;MQ0=0;MQ=59.90;MQRankSum=-0.691;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.888;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:13:2.12:267,0,2 6 110059510 rs2273752 C A 318.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.031;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.314;HRun=1;HaplotypeScore=2.9828;MQ0=0;MQ=58.87;MQRankSum=0.628;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:349,0,552 6 110065049 . TAAC T 427.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=59.9152;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-1.898;QD=28.52;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:467,0,297 6 110106234 rs10499054 A G 692.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.748;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=1.893;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=0.042;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,32:83:99:722,0,1278 6 110146303 rs9398218 G A 600.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.126;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=-0.390;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.713;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:630,0,710 6 110644112 rs112341783 A AG 587.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=25.8790;MQ0=0;MQ=58.33;QD=41.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.14:630,42,0 6 110714584 rs2235989 A T 356.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.678;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=6.486;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.386;QD=13.72;ReadPosRankSum=1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:387,0,348 6 110736610 rs9384742 T C 84.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.457;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.501;QD=5.65;ReadPosRankSum=0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:115,0,290 6 110942653 rs2272211 G C 234.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.625;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.433;QD=13.03;ReadPosRankSum=0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:265,0,276 6 111213927 rs72563607 T TC 1372.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DB;DP=51;FS=4.393;HRun=8;HaplotypeScore=116.8554;MQ0=0;MQ=60.84;MQRankSum=-0.630;QD=26.91;ReadPosRankSum=0.157;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,43:51:99:1414,104,0 6 111337078 rs4947093 A G 536.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=4.269;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.226;QD=17.87;ReadPosRankSum=-2.942;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:566,0,237 6 111527803 . T C 538.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.595;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8319;MQ0=0;MQ=58.69;MQRankSum=-0.061;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:568,0,588 6 111585121 . C T 725.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=79;Dels=0.00;FS=3.046;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.97;MQRankSum=1.260;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,31:79:99:756,0,1261 6 111587266 rs11153279 T C 182.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.8773;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.042;QD=9.14;ReadPosRankSum=-0.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:213,0,394 6 111665071 rs1623806 T C 222.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.164;QD=13.89;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:252,0,191 6 111695073 rs455645 C T 728.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.242;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=5.361;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=-1.280;QD=11.76;ReadPosRankSum=0.587;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,28:62:99:759,0,900 6 111695268 rs455732 C T 993.05 PASS 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G C 165.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.847;DP=21;Dels=0.00;FS=1.899;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.847;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.905;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:195,0,341 6 127797179 rs3734448 G A 712.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.447;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.649;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.913;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.548;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:742,0,491 6 127797374 rs3734450 G A 1241.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.678;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=2.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.79;MQRankSum=-1.679;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.265;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,56:112:99:1272,0,1651 6 128040676 rs11758347 A G 88.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.922;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:119,0,126 6 128040839 rs675531 T C 1943.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.676;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9898;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=1.621;QD=31.35;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,61:62:99:1977,147,0 6 128303989 . T A 184.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DP=17;Dels=0.00;FS=2.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=53.07;MQRankSum=0.433;QD=10.85;ReadPosRankSum=-0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:214,0,230 6 128306769 rs6919966 C T 154.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.869;QD=12.86;ReadPosRankSum=-0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:184,0,209 6 128312033 rs12055782 A G 892.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.755;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.413;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=55.78;MQRankSum=0.619;QD=20.28;ReadPosRankSum=-2.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,32:44:99:922,0,283 6 128312114 rs5879871 T TAG 183.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.2507;MQ0=0;MQ=54.39;MQRankSum=0.550;QD=22.99;ReadPosRankSum=0.550;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:223,0,126 6 128388799 rs35030557 G T 312.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.386;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.446;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.310;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.147;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:343,0,502 6 129478911 rs11757127 G C 633.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.356;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.575;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=2;MQ=49.15;MQRankSum=-3.511;QD=9.75;ReadPosRankSum=-2.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:664,0,1229 6 129478995 rs11757146 G A 2339.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.706;DB;DP=183;Dels=0.00;FS=2.693;HRun=1;HaplotypeScore=3.9900;MQ0=0;MQ=52.24;MQRankSum=-1.069;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,87:183:99:2370,0,2554 6 129622055 rs902373 A G 436.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.749;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.544;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.416;QD=17.47;ReadPosRankSum=0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:467,0,229 6 129796620 rs7741996 C T 59.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.531;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.382;QD=5.40;ReadPosRankSum=0.715;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,3:11:89.34:89,0,198 6 129813346 rs1889891 C T 69.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:99,0,104 6 129813620 . C T 448.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.232;DP=52;Dels=0.00;FS=1.080;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.19;MQRankSum=-2.158;QD=8.62;ReadPosRankSum=-0.435;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,22:52:99:478,0,780 6 129927014 rs3813366 A G 979.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.932;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.263;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.333;QD=11.80;ReadPosRankSum=-0.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,44:83:99:1009,0,1034 6 129932648 rs34046462 A C 113.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.95:143,0,99 6 129937456 rs12524078 A G 274.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.732;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.732;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:305,0,228 6 130031215 rs3752536 T C 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G A 215.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.740;DP=12;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.589;QD=17.95;ReadPosRankSum=-1.294;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:86.69:245,0,87 6 151130691 rs712216 G C 281.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.618;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.265;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.971;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:311,0,262 6 151130920 rs712215 A G 216.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.977;QD=18.03;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:246,0,150 6 151152257 rs926624 A G 250.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.431;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.648;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-0.277;QD=10.90;ReadPosRankSum=-1.569;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:281,0,317 6 151152656 rs803411 T C 461.35 PASS 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T C 112.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:77.56:142,0,78 6 170068180 rs3823465 A G 302.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=14.753;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.232;QD=12.62;ReadPosRankSum=1.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:333,0,373 6 170070723 rs4236176 A G 952.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.626;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.124;HRun=2;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=0.836;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,38:71:99:982,0,863 6 170140184 rs9383520 T C 78.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.66;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:109,0,27 6 170159023 rs6459660 G A 541.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.175;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.235;QD=24.60;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:22:99:571,0,123 6 170592293 rs2295205 C G 141.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=20.18;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:56.05:171,0,56 6 170597276 rs2738822 C T 198.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.825;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:91.31:229,0,91 6 170627651 rs9460113 G A 6000.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.9072;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.661;QD=30.62;ReadPosRankSum=1.432;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,195:196:99:6001,436,0 6 170866249 . 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G A 63.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.300;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:93.81:94,0,113 7 577651 rs9719862 C T 66.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.55;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:96,0,29 7 618855 rs62431411 T C 670.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.371;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.795;HRun=0;HaplotypeScore=3.6609;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=0.188;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.577;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:700,0,1136 7 618869 rs62431412 G A 747.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.046;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.940;HRun=0;HaplotypeScore=1.9962;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.774;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.744;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,34:77:99:777,0,1202 7 618938 rs3211362 A G 631.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.029;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:662,0,848 7 624221 rs9330368 T G 146.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.568;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:11:99:176,0,123 7 803342 rs4495324 G A 138.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:169,0,128 7 808810 rs6946758 C G 73.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.077;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.694;QD=5.64;ReadPosRankSum=-1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:103,0,195 7 808835 . G A 153.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.068;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.201;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:183,0,148 7 810219 rs4720951 T C 370.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.908;QD=15.43;ReadPosRankSum=-0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:400,0,219 7 813618 rs4719279 T C 1014.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.938;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.299;QD=24.16;ReadPosRankSum=1.170;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,29:42:99:1045,0,372 7 813650 rs62432869 G A 1508.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.646;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=3.401;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=59.77;MQRankSum=0.125;QD=15.08;ReadPosRankSum=-0.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,57:100:99:1538,0,1082 7 813867 rs6973746 C G 226.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=5.229;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.31;MQRankSum=0.597;QD=20.61;ReadPosRankSum=-2.228;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:51.89:257,0,52 7 814612 rs34943122 G A 755.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=4.179;HRun=1;HaplotypeScore=1.9825;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.343;QD=13.25;ReadPosRankSum=-1.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:785,0,818 7 814788 rs3922641 G A 223.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.81;MQRankSum=0.687;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.178;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:253,0,537 7 825114 rs67721251 T C 1109.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.459;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.317;QD=12.06;ReadPosRankSum=0.410;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:92:99:1140,0,1379 7 881668 rs6461378 C T 358.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.701;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.334;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-0.169;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:38:99:388,0,577 7 882829 rs112482627 GT G 147.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.229;DB;DP=41;FS=24.135;HRun=11;HaplotypeScore=130.3552;MQ0=1;MQ=54.72;MQRankSum=-0.903;QD=3.43;ReadPosRankSum=1.271;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:41:99:187,0,480 7 888290 rs75133066 A T 51.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.28:81,0,198 7 889169 rs74742245 A G 3440.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=11.660;DB;DP=241;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6536;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=0.747;QD=14.28;ReadPosRankSum=2.280;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,128:241:99:3441,0,2788 7 896098 . G A 514.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.412;DP=25;Dels=0.00;FS=2.500;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=-1.597;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,20:25:99:544,0,124 7 897492 rs10950789 A G 2206.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.543;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=2.675;HRun=1;HaplotypeScore=4.5222;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=-1.302;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,78:181:99:2236,0,2869 7 897496 rs59910530 G A 2170.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.250;DB;DP=176;Dels=0.00;FS=1.227;HRun=1;HaplotypeScore=5.6018;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=0.573;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,76:176:99:2201,0,2547 7 899710 rs12700166 A C 201.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.533;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=-0.696;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:231,0,129 7 909252 rs74714510 G A 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C CCA 230.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.9030;MQ0=13;MQ=16.13;MQRankSum=1.447;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:10:99:269,0,121 7 6026775 rs2228006 T C 1230.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.597;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=3.427;HRun=0;HaplotypeScore=4.8680;MQ0=0;MQ=52.95;MQRankSum=-4.770;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,51:122:99:1261,0,1832 7 6036980 rs1805319 G C 144.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.028;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.36;MQRankSum=0.481;QD=5.78;ReadPosRankSum=-1.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:175,0,374 7 6066461 rs2639 T C 966.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9910;MQ0=0;MQ=57.82;MQRankSum=2.953;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,38:58:99:997,0,447 7 6080853 rs34743814 GA G 89.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=59.5503;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=1.003;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:17:50.20:128,0,50 7 6084310 rs511969 G T 262.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.396;QD=21.88;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:51.78:293,0,52 7 6088339 rs523254 T C 79.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.82;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:109,0,27 7 6088349 rs523276 A G 65.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.37;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:95,0,27 7 6204999 rs2301910 A C 329.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.586;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.417;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.340;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:360,0,455 7 6370194 rs6952125 C T 973.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.809;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.170;QD=10.82;ReadPosRankSum=1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:90:99:1004,0,1207 7 6370305 rs3750039 C G 296.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.554;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.485;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-2.369;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:326,0,497 7 6370406 rs3750040 C T 465.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.128;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.944;QD=11.08;ReadPosRankSum=-0.642;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,22:42:99:495,0,508 7 6641635 rs13246348 C T 157.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.356;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.323;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.839;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:187,0,273 7 6641667 rs7789114 G T 467.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.218;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.218;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:497,0,355 7 6732315 rs61227179 A C 644.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.302;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.401;HRun=1;HaplotypeScore=2.9141;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.292;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.160;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:674,0,916 7 6754356 rs6947883 A G 147.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=21.09;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:55.30:178,0,55 7 6777275 . C T 652.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DP=45;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=1;HaplotypeScore=1.9048;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.648;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:682,0,630 7 6854506 . C T 450.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.305;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=48.87;MQRankSum=1.143;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:480,0,344 7 6854512 rs58851147 G A 290.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.464;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.61;MQRankSum=-1.391;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:320,0,466 7 6874648 rs13233326 G C 151.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=18.97;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.74:182,0,56 7 6875115 rs34551370 ACT A 175 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=55.4922;MQ0=3;MQ=46.04;MQRankSum=-3.266;QD=7.95;ReadPosRankSum=1.859;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:18:99:214,0,567 7 6875212 rs4724863 C T 561.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.144;HRun=0;HaplotypeScore=1.4538;MQ0=1;MQ=41.63;MQRankSum=-5.177;QD=10.59;ReadPosRankSum=-3.703;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:591,0,611 7 6875278 rs13234838 C G 665.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=7.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=48.82;MQRankSum=-4.928;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:696,0,624 7 6963564 . 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G A 328.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=22;Dels=0.00;FS=5.909;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=48.49;MQRankSum=1.977;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:359,0,159 7 6970401 rs7800800 T G 273.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.427;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.529;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=56.72;MQRankSum=-2.494;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.872;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:32:99:303,0,467 7 6971381 rs56342276 AG A 766.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=74.7923;MQ0=0;MQ=52.31;QD=29.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,23:25:66.20:809,66,0 7 6974872 rs117557765 G C 674.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.134;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.255;HRun=0;HaplotypeScore=2.7594;MQ0=0;MQ=56.75;MQRankSum=0.062;QD=12.49;ReadPosRankSum=-0.811;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:54:99:705,0,765 7 6974888 rs4433045 T C 628.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.252;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.286;HRun=0;HaplotypeScore=1.8899;MQ0=1;MQ=54.69;MQRankSum=-2.398;QD=13.96;ReadPosRankSum=-0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:45:99:658,0,564 7 6974895 rs4433046 T C 578.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7297;MQ0=1;MQ=55.26;MQRankSum=-1.578;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:608,0,606 7 6974934 rs4260806 A G 428.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=53.94;MQRankSum=0.938;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:458,0,399 7 6974986 rs4445138 G A 163.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.85;MQRankSum=-1.036;QD=14.87;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:194,0,128 7 6975973 rs67112259 T C 298.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.637;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=6.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.758;QD=18.67;ReadPosRankSum=-1.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,12:16:99:329,0,109 7 6976199 . C G 585.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.504;DP=28;Dels=0.00;FS=1.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=54.16;MQRankSum=1.460;QD=20.90;ReadPosRankSum=1.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:615,0,164 7 7217867 rs55637396 G A 152.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.264;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=0;HaplotypeScore=2.7122;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.000;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.996;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:183,0,330 7 7333294 rs1317198 C T 194.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=14.98;ReadPosRankSum=1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:225,0,105 7 7398457 rs2348042 T G 463.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.464;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.098;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:493,0,321 7 7413149 rs61744841 T C 540.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.679;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.551;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=0.440;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.977;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:570,0,922 7 7421310 rs1294627 A G 231.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.010;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.144;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:262,0,311 7 7480376 rs35916375 C CA 131.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=18.1123;MQ0=0;MQ=62.36;MQRankSum=0.729;QD=14.65;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:171,0,122 7 7949059 rs3919526 A G 87.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.061;QD=5.82;ReadPosRankSum=-0.306;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:117,0,316 7 7949295 rs61741163 C T 817.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.290;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.955;HRun=0;HaplotypeScore=3.9809;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.510;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,33:64:99:848,0,785 7 9766149 rs62445676 G A 140.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.322;QD=17.60;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:89.89:171,0,90 7 9767511 rs498336 C A 413.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=-1.176;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:443,0,629 7 11046310 rs220090 C T 693.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.176;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.055;QD=17.34;ReadPosRankSum=-1.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:724,0,471 7 11297830 rs76650346 C T 179.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.561;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.265;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:210,0,286 7 11297930 rs75798507 A G 75.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-2.017;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:105,0,114 7 11509561 rs2285744 G C 86.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:28.61:117,0,29 7 11521428 rs61996277 A G 457.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.073;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=2.955;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.155;QD=12.04;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:488,0,482 7 11521542 rs3735502 T C 256.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.681;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.681;QD=8.27;ReadPosRankSum=-0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:286,0,543 7 11581134 rs2074603 T C 422.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.519;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=13.262;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=2.128;QD=16.27;ReadPosRankSum=-1.661;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:453,0,270 7 11676377 rs2074598 G A 437.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.286;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.804;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=2.286;QD=18.24;ReadPosRankSum=-2.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:99:468,0,159 7 11860937 rs7807756 G A 221.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.533;QD=17.02;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:251,0,164 7 11871406 . G C 165.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.386;QD=12.70;ReadPosRankSum=-1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:195,0,132 7 12258066 . T TA 431.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.477;DP=23;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=46.5227;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-0.400;QD=18.75;ReadPosRankSum=0.769;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:470,0,348 7 12263799 rs11509137 T C 2256.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.679;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=1.519;QD=34.72;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,64:65:99:2290,144,0 7 12263800 rs11509153 G A 2159.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=1.470;QD=32.71;ReadPosRankSum=0.682;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,65:66:99:2192,134,0 7 12269213 rs13234238 A C 59.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-0.988;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.46:89,0,96 7 12269260 rs3839691 A ATGTT 1247.24 PASS 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G A 172.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.112;QD=5.96;ReadPosRankSum=-1.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:203,0,516 7 18767343 rs1178127 A G 94.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=10.45;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:124,0,102 7 18975650 rs55653020 A G 166.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.031;QD=15.14;ReadPosRankSum=-1.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:196,0,163 7 19748700 rs2072185 G A 82.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27.97:113,0,28 7 20180425 rs10555255 TAC T 203.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.3785;MQ0=0;MQ=63.02;QD=29.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.06:246,21,0 7 20406542 rs34556056 A C 103.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:89.84:133,0,90 7 20418678 rs3735619 C T 293.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.154;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.974;QD=11.27;ReadPosRankSum=1.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:323,0,337 7 20420270 rs17142761 T A 298.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.882;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.775;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=0.288;QD=10.30;ReadPosRankSum=1.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:329,0,496 7 20430960 rs3779506 T C 100.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.368;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:130,0,112 7 20449239 . 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C G 272.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8311;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.000;QD=15.13;ReadPosRankSum=-1.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:302,0,305 7 22533452 rs116873396 C T 245.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.356;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=8.048;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=46.52;MQRankSum=-4.279;QD=6.45;ReadPosRankSum=-1.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:275,0,680 7 22857589 rs7782015 T C 233.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=8.218;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.68;MQRankSum=0.454;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.206;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:263,0,207 7 22862131 rs2270108 A C 67.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.39;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:97.13:97,0,150 7 22862183 rs2270107 G A 300.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.684;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.830;QD=17.65;ReadPosRankSum=-1.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:330,0,182 7 22862192 rs2270106 A G 265.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.599;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.200;QD=14.74;ReadPosRankSum=0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:295,0,261 7 22862467 rs2270105 G A 298.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.189;QD=14.93;ReadPosRankSum=-2.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:329,0,332 7 23015831 rs3735231 T C 639.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.615;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=9.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.436;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.507;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:670,0,523 7 23164701 rs15775 C T 154.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.999;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.35;MQRankSum=0.905;QD=7.34;ReadPosRankSum=-1.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:184,0,410 7 23205634 rs858312 C T 93.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=0.361;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:123,0,106 7 23235483 rs1728327 A G 112.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.752;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.318;QD=7.03;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:142,0,253 7 23239133 rs858238 C T 285.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.72;MQRankSum=0.633;QD=9.83;ReadPosRankSum=1.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:315,0,437 7 23293098 rs199348 C A 167.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=18.65;ReadPosRankSum=1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:38.63:198,0,39 7 23293746 rs199347 A G 436.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=57.41;MQRankSum=-1.229;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:466,0,687 7 23296533 rs199355 G A 300.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.253;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.326;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:331,0,190 7 23300049 rs199351 A C 393.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.527;QD=15.72;ReadPosRankSum=0.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:423,0,248 7 23307634 rs10560802 ATGGG A 772.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.909;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=147.9868;MQ0=0;MQ=49.12;MQRankSum=-2.174;QD=28.60;ReadPosRankSum=0.582;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:811,0,512 7 23357321 rs156414 C T 848.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.702;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.199;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.555;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,32:52:99:879,0,458 7 23358880 rs117151817 G T 369.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.326;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.460;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-0.276;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.695;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,17:59:99:400,0,1196 7 23383339 . T C 372.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=51;Dels=0.00;FS=8.888;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=2.068;QD=7.31;ReadPosRankSum=-2.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,17:51:99:403,0,889 7 23603318 rs227944 A G 456.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.183;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.53;MQRankSum=1.817;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:487,0,600 7 23737795 rs5029444 T C 372.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.475;QD=14.88;ReadPosRankSum=-3.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:402,0,378 7 23757162 rs6945306 G C 109.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.445;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.543;QD=6.07;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:139,0,231 7 23761066 rs72562572 A ATCT 371.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=11;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=35.4580;MQ0=0;MQ=55.14;MQRankSum=-0.546;QD=33.80;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:11:99:411,0,115 7 23761159 . 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C T 98.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=16.48;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.82:129,0,64 7 23851086 . T C 99.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=9.92;ReadPosRankSum=-2.072;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:129,0,165 7 24329103 rs35313836 C CT 823.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=79.6344;MQ0=0;MQ=59.95;QD=28.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:29:84.03:865,84,0 7 24703298 rs1053962 G A 349.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=-0.506;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:380,0,592 7 24742436 rs17149912 T C 370.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.553;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=1.564;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:401,0,781 7 24742553 rs2240005 G A 65.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.46:95,0,20 7 24746022 rs2269812 A G 109.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.14;ReadPosRankSum=1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:139,0,127 7 24789449 rs10235527 G A 51.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.14;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.43:81,0,231 7 24854765 rs1044956 G A 567.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.588;QD=12.06;ReadPosRankSum=-0.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:597,0,535 7 24888620 rs757156 T C 83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.636;QD=5.93;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:113,0,314 7 24905179 rs41275967 T C 297.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.032;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=7.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.702;QD=15.67;ReadPosRankSum=-0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:328,0,211 7 24946081 rs79339858 G GC 272.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.0763;MQ0=0;MQ=60.00;QD=34.12;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.07:315,21,0 7 25264847 rs2717854 T A 116.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=1.7621;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.424;QD=5.85;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:147,0,374 7 25266400 rs2717851 G A 845.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=5.207;HRun=0;HaplotypeScore=2.8228;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.378;QD=8.46;ReadPosRankSum=-1.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,37:100:99:876,0,1886 7 25266569 rs3216928 TTAA T 949.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.392;DB;DP=62;FS=2.245;HRun=0;HaplotypeScore=229.8079;MQ0=0;MQ=56.98;MQRankSum=-1.156;QD=15.31;ReadPosRankSum=-0.202;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,24:62:99:988,0,1957 7 25267934 rs877834 T C 346.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.887;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.880;HRun=1;HaplotypeScore=3.5431;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-2.053;QD=9.63;ReadPosRankSum=1.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,16:36:99:377,0,530 7 25267963 rs886354 G C 910.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.634;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=3.9875;MQ0=0;MQ=56.40;MQRankSum=1.139;QD=26.01;ReadPosRankSum=1.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:37.89:943,38,0 7 25268094 rs877835 C T 62.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.98;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92.85:93,0,109 7 26224829 . C G 781.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DP=53;Dels=0.00;FS=5.870;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.064;QD=14.74;ReadPosRankSum=-1.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:811,0,662 7 26316029 rs36002455 GA G 377.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=34.5146;MQ0=0;MQ=60.83;QD=29.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.10:419,39,0 7 26778406 rs10951145 A G 201.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.217;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.411;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.958;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:231,0,355 7 26779620 rs10246483 G A 155.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=22.26;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:23.70:186,0,24 7 27064596 rs2428430 T C 229.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=-0.077;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:259,0,111 7 27088296 rs2712232 A G 104.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:135,0,158 7 27196113 rs2301721 C T 905.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.18;MQRankSum=-1.452;QD=24.46;ReadPosRankSum=1.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,36:37:81.17:938,81,0 7 27566053 rs12700813 G C 101.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.720;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.24:131,0,63 7 27578068 rs17607303 T C 92.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:122,0,135 7 27827103 rs11540483 T A 408.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.278;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-0.619;QD=20.41;ReadPosRankSum=0.784;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:438,0,144 7 27856536 . A G 201.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.524;DP=14;Dels=0.00;FS=2.246;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.524;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:232,0,165 7 28319234 rs177484 A C 535.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=6.718;HRun=1;HaplotypeScore=1.9949;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.084;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:565,0,751 7 28534501 rs35652380 C CT 522.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.950;DB;DP=64;FS=2.227;HRun=9;HaplotypeScore=151.0328;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.002;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.163;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:64:99:561,0,715 7 28997141 rs6950750 G C 271.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.747;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.029;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.292;QD=13.57;ReadPosRankSum=2.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:301,0,196 7 28997497 rs67715783 GC G 1036.74 PASS 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T C 465.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.953;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=0.014;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.407;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:495,0,506 7 30094993 . 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G GA 361.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.838;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=136.9816;MQ0=0;MQ=54.25;MQRankSum=-2.500;QD=17.21;ReadPosRankSum=0.176;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:401,0,399 7 30695397 . C T 230.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DP=22;Dels=0.00;FS=4.706;HRun=0;HaplotypeScore=3.7907;MQ0=0;MQ=54.52;MQRankSum=-1.736;QD=10.48;ReadPosRankSum=0.601;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:261,0,331 7 30695406 rs7812133 G A 211.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.409;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.952;HRun=1;HaplotypeScore=1.8997;MQ0=0;MQ=56.25;MQRankSum=-1.837;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:242,0,301 7 30701665 . T C 97.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:127,0,142 7 30701914 rs4723000 G A 102.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:132,0,211 7 30702244 rs2270008 C T 164.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.793;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.234;QD=7.15;ReadPosRankSum=-0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:194,0,479 7 30791848 rs4723010 G A 829.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=6.299;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=-0.652;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.685;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:860,0,1089 7 30795288 rs2302339 A G 739.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.742;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.134;HRun=0;HaplotypeScore=2.7232;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.177;QD=11.56;ReadPosRankSum=-1.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:770,0,1081 7 30795331 rs2302340 A G 1407.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.208;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.1590;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.044;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,50:91:99:1437,0,1034 7 30825229 rs2269921 C G 527 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.153;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.643;QD=21.96;ReadPosRankSum=-0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:557,0,248 7 30831082 rs12701034 C T 372.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.610;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.619;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.171;QD=13.80;ReadPosRankSum=-0.366;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:403,0,289 7 30876432 rs10258097 A G 369.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.036;QD=17.59;ReadPosRankSum=-0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:399,0,258 7 30880413 rs34970833 G A 456.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.434;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.832;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:486,0,378 7 31011485 rs4988501 A G 326.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.184;QD=21.79;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:357,0,137 7 31125082 rs78205423 A AG 2354.87 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=62;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=129.2116;MQ0=0;MQ=59.35;QD=37.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,56:62:99:2397,169,0 7 31378933 rs2233404 A G 64.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.422;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:94.79:95,0,216 7 31611758 rs67930674 G T 83.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.387;QD=7.57;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:113,0,149 7 31876766 rs2270218 T C 323.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.391;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=7.067;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.348;QD=11.54;ReadPosRankSum=-2.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:353,0,429 7 32109850 . T C 386.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.267;QD=18.42;ReadPosRankSum=0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:417,0,202 7 32511199 . G A 204.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.086;DP=24;Dels=0.00;FS=4.269;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.232;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.463;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:235,0,382 7 32590951 . G C 516.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.057;DP=33;Dels=0.00;FS=1.533;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.814;QD=15.65;ReadPosRankSum=-1.279;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:546,0,258 7 32908945 rs62467365 T C 431.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.461;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.737;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-0.092;QD=15.40;ReadPosRankSum=1.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:461,0,334 7 32909182 rs752730 G A 941.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.575;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=1.876;HRun=0;HaplotypeScore=5.1342;MQ0=1;MQ=58.50;MQRankSum=-0.075;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:971,0,988 7 32968136 rs4720085 G A 485.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.917;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=7.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.192;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:516,0,453 7 32968346 rs2060731 G A 157.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.246;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.910;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.068;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:187,0,199 7 33014404 rs62467431 G A 141.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.235;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=50.87;MQRankSum=-3.154;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:171,0,464 7 33039652 rs61259431 G A 395.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.356;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.860;QD=15.84;ReadPosRankSum=0.305;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:426,0,330 7 33055315 rs72555746 C T 292.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.958;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.619;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ0=0;MQ=51.84;MQRankSum=1.194;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:323,0,304 7 33059407 rs2392209 A G 101.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:131,0,120 7 33060946 rs3750117 A G 626.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.755;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=1.097;HRun=0;HaplotypeScore=3.9544;MQ0=0;MQ=58.85;MQRankSum=1.953;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:656,0,550 7 33061694 . T G 256.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.796;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.528;QD=12.22;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:287,0,213 7 34125420 rs77064045 G T 321.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.936;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.565;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=0.267;QD=11.92;ReadPosRankSum=2.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:352,0,327 7 34790123 rs324396 T C 156.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=19.54;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.22:186,0,60 7 34791335 rs28716279 G A 477.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.601;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.509;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.178;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.285;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:507,0,408 7 34818113 rs324981 A T 312.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=9.103;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=14.86;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:21:99:342,0,193 7 34851393 rs9655357 C G 1242.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.078;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=0.173;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,51:109:99:1273,0,1290 7 34874038 rs727162 C G 768.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.025;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=7.633;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.616;QD=13.73;ReadPosRankSum=-0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:799,0,789 7 34979905 rs1637696 C A 259.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.513;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.496;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.925;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:290,0,381 7 34989337 rs2021390 T G 112.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:48.75:143,0,49 7 34989364 rs2021391 T C 253.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.386;QD=18.10;ReadPosRankSum=2.007;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:283,0,168 7 35050227 rs328939 C T 56.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.88;MQRankSum=-0.358;QD=9.38;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.65:86,0,54 7 35058177 rs10282006 A G 73.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.159;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:103,0,140 7 35208929 . T C 117.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.59;MQRankSum=-1.652;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:148,0,124 7 35209087 rs112207987 T C 97.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.46;MQRankSum=0.361;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:128,0,100 7 35221053 rs6950920 A G 380.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.522;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=5.366;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=54.16;MQRankSum=-1.531;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:410,0,356 7 35225518 rs10262841 C A 234.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.925;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.908;QD=9.38;ReadPosRankSum=-0.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:265,0,344 7 35271254 rs2075047 T C 75.16 PASS 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G A 319.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.850;QD=9.13;ReadPosRankSum=1.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:350,0,432 7 38695584 rs10226586 A G 288.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.951;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:319,0,280 7 38782944 rs11971020 A G 107.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.352;QD=6.33;ReadPosRankSum=-0.050;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:138,0,255 7 38782951 rs10254567 G A 248.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.212;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:279,0,127 7 38796570 rs2240350 G A 334.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.970;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=2.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.138;QD=9.03;ReadPosRankSum=1.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:364,0,619 7 38805296 . A G 217.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.606;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=55.18;MQRankSum=-1.268;QD=16.75;ReadPosRankSum=-1.606;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:82.32:248,0,82 7 38860933 rs56002981 A G 245.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.694;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:276,0,207 7 38908876 rs3735346 T C 461.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.713;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.034;HRun=0;HaplotypeScore=5.8954;MQ0=0;MQ=57.13;MQRankSum=1.135;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:492,0,313 7 38948595 rs2072247 C T 145.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=18.21;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:94.37:176,0,94 7 39243963 rs35792719 T A 72.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=12.02;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:66.70:102,0,67 7 39243978 rs35489214 A G 77.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.97:107,0,65 7 39368609 rs17619162 T C 73.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.406;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:94.40:103,0,94 7 39472669 rs2302125 C T 197.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.453;QD=10.99;ReadPosRankSum=-0.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:228,0,290 7 39472708 rs2302123 A G 334.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HRun=3;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.720;QD=11.52;ReadPosRankSum=1.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:364,0,425 7 39472846 rs2302122 G A 214.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.838;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-0.713;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,9:32:99:244,0,630 7 39874281 rs113205984 T C 2580.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.993;DB;DP=129;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.5348;MQ0=3;MQ=44.85;MQRankSum=5.456;QD=20.00;ReadPosRankSum=-2.464;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:20,109:129:12.65:2613,13,0 7 39874338 rs79689776 T C 1206.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.782;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=3.987;HRun=1;HaplotypeScore=6.7713;MQ0=4;MQ=51.42;MQRankSum=1.443;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,57:116:99:1237,0,1276 7 40087320 rs66908511 GT G 120.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=29.3323;MQ0=0;MQ=58.46;QD=15.02;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:20.91:162,21,0 7 40127710 rs66537025 CT C 85.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=18.0152;MQ0=0;MQ=63.51;QD=14.21;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:6:17.01:127,17,0 7 40147072 rs34026802 AC A 308.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=21.7957;MQ0=0;MQ=60.00;QD=34.31;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:351,27,0 7 40234742 rs11326652 CT C 90.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=41.6364;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=-0.898;QD=5.31;ReadPosRankSum=0.898;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:17:29.50:129,0,29 7 40899967 rs2010706 G C 865.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.277;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=2.095;HRun=5;HaplotypeScore=1.8914;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=-0.715;QD=13.31;ReadPosRankSum=-0.321;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,32:65:99:895,0,875 7 40959287 rs13233232 T G 50.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:29.55:81,0,30 7 42262668 rs2286291 G T 1099.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.160;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=2.913;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=-1.204;QD=11.22;ReadPosRankSum=-0.389;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:1129,0,1416 7 42835378 . 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T C 103.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:87.21:133,0,87 7 42957446 rs55912267 A T 229.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.644;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=61.78;MQRankSum=-0.844;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:260,0,231 7 42958847 rs652130 G A 376.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.683;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.120;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.517;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.450;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:407,0,524 7 42959199 rs653853 G C 249.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.184;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:279,0,132 7 42959220 rs653881 T C 224.93 PASS 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G A 586.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.651;DP=64;Dels=0.00;FS=3.620;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.64;MQRankSum=-0.308;QD=9.17;ReadPosRankSum=-0.616;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,23:64:99:617,0,1173 7 44612382 . G A 984.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.915;DP=63;Dels=0.00;FS=3.468;HRun=1;HaplotypeScore=3.0023;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.818;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,32:63:99:1014,0,947 7 44798814 . C CT 811.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.442;DP=55;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=122.6359;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.248;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.505;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,24:55:99:850,0,885 7 44800176 rs3735478 G T 1229.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.025;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.851;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.818;QD=15.56;ReadPosRankSum=-0.939;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,48:79:99:1259,0,842 7 44803944 rs79784917 G T 193.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=21.53;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:56.44:224,0,56 7 45004063 rs7792760 T C 839.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=2;HaplotypeScore=2.9483;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.716;QD=13.76;ReadPosRankSum=0.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,33:61:99:869,0,801 7 45009325 rs3735484 G A 399.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.616;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.262;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.273;QD=8.88;ReadPosRankSum=-1.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:429,0,779 7 45009341 rs3735485 A G 580.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8655;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-0.085;QD=11.39;ReadPosRankSum=-1.789;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:611,0,772 7 45015002 . G A 97.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:87.47:127,0,87 7 45104131 rs11552377 G A 283.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.027;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:314,0,387 7 45139892 rs4553 G A 270.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.251;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.955;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:300,0,160 7 45139919 rs2289373 A C 349.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.289;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.880;QD=16.67;ReadPosRankSum=1.514;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:380,0,268 7 45142145 rs1992292 T C 419.42 PASS 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TTG T 105.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.005;DP=48;FS=1.809;HRun=0;HaplotypeScore=150.4217;MQ0=0;MQ=60.42;MQRankSum=1.628;QD=2.21;ReadPosRankSum=-0.807;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,8:48:99:145,0,1724 7 64863392 rs10265083 C T 283.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=4.235;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.695;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,16:55:99:313,0,1109 7 64864607 rs10239197 G A 721.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.675;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.591;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-0.650;QD=16.78;ReadPosRankSum=-0.752;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,28:43:99:752,0,387 7 64864800 rs4122883 A G 238.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.557;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.090;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:83.18:268,0,83 7 65220697 rs4718276 G A 553.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.671;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.69;MQRankSum=-1.543;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:584,0,682 7 65228128 rs74535890 C T 71.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.406;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:87.37:102,0,87 7 65238611 rs56236248 A G 229.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.37;MQRankSum=0.382;QD=19.11;ReadPosRankSum=-1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:52.47:259,0,52 7 65238652 rs56387999 A G 335.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.050;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.80;MQRankSum=-1.081;QD=13.99;ReadPosRankSum=0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,19:24:99:366,0,121 7 65238697 rs55919100 C T 232.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.219;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=54.51;MQRankSum=-0.395;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:262,0,129 7 65253072 rs4718280 C G 118.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.74;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.71:149,0,27 7 65404092 rs34560516 A T 194.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.588;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:225,0,227 7 65429359 rs1061361 G A 404.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.971;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.819;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.97;MQRankSum=0.498;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.948;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:434,0,670 7 65444288 rs906134 G C 247.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.200;QD=17.65;ReadPosRankSum=-1.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:277,0,126 7 65444359 rs34345393 T TGA 1448.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=92.4850;MQ0=0;MQ=59.61;QD=46.71;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,28:31:84.29:1490,84,0 7 65579987 rs160639 C G 603.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.046;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=7.593;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.793;QD=13.40;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:633,0,571 7 65599196 rs2243480 G A 95.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=11.93;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:125,0,140 7 65599246 rs66563699 CT C 78.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.416;DB;DP=29;FS=1.850;HRun=15;HaplotypeScore=108.2093;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-1.137;QD=2.71;ReadPosRankSum=1.082;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:118,0,314 7 65872345 rs778693 T G 108.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.52;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.09:139,0,96 7 65888470 rs6947339 T C 544.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.245;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=5;MQ=47.14;MQRankSum=-3.139;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.500;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,28:52:99:575,0,694 7 65888570 rs6961990 C A 594.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.805;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=9.359;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.87;MQRankSum=-1.584;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:624,0,546 7 65951419 . A G 135.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.059;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:166,0,275 7 65970570 rs118065642 T G 479.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.653;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.319;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.153;QD=16.53;ReadPosRankSum=1.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:509,0,337 7 65971009 rs3735148 T G 314.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=11.635;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.222;QD=17.47;ReadPosRankSum=-1.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:344,0,164 7 65976610 rs6950137 G A 261.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.489;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.20;MQRankSum=-0.750;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,12:31:99:292,0,477 7 65976634 rs6970860 A G 185.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.160;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.973;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.72;MQRankSum=-2.445;QD=7.74;ReadPosRankSum=-1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:216,0,390 7 65983529 rs11763189 G A 200.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.464;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.41;MQRankSum=0.488;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.139;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:231,0,162 7 66010577 rs801217 C T 208.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.646;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-1.181;QD=7.45;ReadPosRankSum=0.590;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:239,0,541 7 66018941 rs10107 G A 317.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.308;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.073;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=-0.203;QD=9.63;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:348,0,572 7 66019190 rs13536 G A 110.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.203;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-0.573;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:10:67.36:140,0,67 7 66019631 rs801208 A G 413.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=53.61;MQRankSum=0.336;QD=12.53;ReadPosRankSum=0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:444,0,415 7 66021966 rs801206 C G 522.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.788;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.659;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:553,0,297 7 66098482 rs3764903 G A 231.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.596;HRun=0;HaplotypeScore=2.9918;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=-1.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:261,0,199 7 66289040 rs6460315 C T 216.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.225;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=1.365;QD=15.45;ReadPosRankSum=-1.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:246,0,130 7 66409881 rs35111158 A G 50.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:80.76:81,0,170 7 66453476 rs79344818 A G 334.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.455;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=-1.435;QD=10.44;ReadPosRankSum=0.378;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:364,0,459 7 66458112 . 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C T 103.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=2.4167;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.267;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:133,0,226 7 76903926 rs58545343 T C 175.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.396;QD=8.77;ReadPosRankSum=-1.585;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:205,0,298 7 76941547 rs35791980 C A 165.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.35;MQRankSum=-0.869;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:196,0,151 7 76941549 rs10625038 A AAT 258.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=58.8345;MQ0=0;MQ=54.35;MQRankSum=0.143;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.825;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:297,0,182 7 76950035 rs6950870 C T 254.56 PASS 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G A 151.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DP=19;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=2;HaplotypeScore=5.7706;MQ0=0;MQ=55.44;MQRankSum=1.264;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.515;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:19:99:181,0,368 7 92764982 rs1133906 C T 609.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.427;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=6.977;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.417;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:639,0,1327 7 92920976 . CATA C 204.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=14;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=53.4324;MQ0=0;MQ=55.69;MQRankSum=-0.839;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.323;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:244,0,488 7 93055753 rs1801197 A G 1289.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.863;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=1.484;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=0.532;QD=10.31;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,51:125:99:1319,0,2000 7 93073147 rs2074123 C G 75.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.17:105,0,64 7 93519390 rs59999573 C T 162.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.747;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:9:12.37:193,0,12 7 93544356 rs112031384 T C 233.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.759;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.457;QD=13.75;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:264,0,157 7 93544357 rs180259 G A 137.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.702;QD=7.64;ReadPosRankSum=0.609;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:168,0,299 7 93544393 rs180258 A G 101.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:131,0,183 7 93551428 rs4262 C T 229.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.835;QD=19.09;ReadPosRankSum=0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:92.97:259,0,93 7 94027043 . C CT 335.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.655;DP=26;FS=1.828;HRun=10;HaplotypeScore=74.5580;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-1.451;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.451;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:26:99:375,0,160 7 94030899 rs1800222 T C 396.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.304;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.760;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.227;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:427,0,358 7 94038934 rs42518 C T 1569.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.065;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.461;QD=30.78;ReadPosRankSum=0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1603,107,0 7 94038966 rs28754326 G A 396.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.597;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.152;QD=9.91;ReadPosRankSum=-0.897;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:426,0,744 7 94041937 rs412777 A C 237.37 PASS 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G A 355.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=0.849;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.966;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:385,0,234 7 99473624 rs1025576 T G 100.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:130,0,166 7 99474427 rs2572023 A G 453.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.503;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.527;HRun=1;HaplotypeScore=3.6468;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.098;QD=9.25;ReadPosRankSum=0.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:49:99:483,0,755 7 99474729 rs2572022 T C 334.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.192;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.919;QD=23.92;ReadPosRankSum=1.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:77.90:365,0,78 7 99500899 rs2247762 T C 729.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.430;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.228;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,30:74:99:759,0,1134 7 99500911 rs2247761 A G 714.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.504;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.970;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.096;QD=10.83;ReadPosRankSum=-0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:745,0,944 7 99501313 rs2572003 A T 166.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.073;QD=13.87;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:196,0,162 7 99514417 rs2571997 A C 991.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.554;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.908;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.009;QD=18.02;ReadPosRankSum=0.230;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,32:55:99:1021,0,648 7 99569394 rs17295356 G A 506.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.369;QD=8.88;ReadPosRankSum=0.811;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:536,0,945 7 99580907 rs2301806 C G 133.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.776;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.041;QD=8.90;ReadPosRankSum=-1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:163,0,323 7 99585150 rs7803714 G T 188.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.606;HRun=0;HaplotypeScore=1.9957;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=1.653;QD=6.74;ReadPosRankSum=0.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,8:28:99:219,0,483 7 99704892 . 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C T 1132.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.109;DP=88;Dels=0.00;FS=1.739;HRun=1;HaplotypeScore=2.8853;MQ0=0;MQ=56.22;MQRankSum=2.251;QD=12.87;ReadPosRankSum=0.305;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,46:88:99:1162,0,994 7 101916647 rs813000 A G 146.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=10.47;ReadPosRankSum=0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:177,0,166 7 101916798 rs2974957 C A 345.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.749;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.141;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:376,0,163 7 101917647 rs712839 A G 237.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.772;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.431;QD=15.86;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:268,0,226 7 101923315 rs3831764 T TC 569.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;DB;DP=39;FS=1.523;HRun=4;HaplotypeScore=98.0461;MQ0=0;MQ=60.28;MQRankSum=0.779;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.184;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:608,0,701 7 101967698 rs803103 C A 1206.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=20;MQ=46.86;MQRankSum=-9.528;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.069;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,76:162:99:1236,0,2072 7 101977945 rs803118 C T 97.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.42;MQRankSum=0.000;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:128,0,212 7 102038153 rs72007952 CTGTG C 369.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=90.1338;MQ0=0;MQ=55.31;QD=20.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,8:18:27.08:412,27,0 7 102112980 rs3800987 G A 73.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:50.95:103,0,51 7 102113260 . C T 186.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=13;Dels=0.00;FS=2.480;HRun=0;HaplotypeScore=2.9914;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.545;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:217,0,125 7 102113563 rs61229695 TG T 129.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=40.8636;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=0.747;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.747;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:10.63:168,0,11 7 102119322 rs1131325 T C 271.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.11;MQRankSum=-0.872;QD=13.58;ReadPosRankSum=-1.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:302,0,174 7 102462636 rs10279449 T C 585.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.612;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ0=0;MQ=58.91;MQRankSum=0.985;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.443;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:615,0,396 7 102473163 rs4377880 A G 61.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:91.13:91,0,205 7 102572433 rs55781834 A C 110.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=22.10;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.27:141,0,24 7 102574999 rs3832497 TGAA T 386.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.0056;MQ0=0;MQ=48.72;QD=42.92;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:428,27,0 7 102614137 rs6465886 C A 359.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.336;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.197;QD=19.98;ReadPosRankSum=-1.084;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:390,0,117 7 102616469 rs2228687 G A 1033.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.910;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=6.211;HRun=1;HaplotypeScore=3.9974;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=0.476;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.260;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1064,0,948 7 102729631 rs2298854 T G 67.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=1.157;QD=5.16;ReadPosRankSum=-1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:97.08:97,0,246 7 102781931 rs71110820 CT C 629.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.819;DB;DP=37;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=104.2397;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.716;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.716;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:668,0,651 7 103029574 . C T 215.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.170;DP=27;Dels=0.00;FS=4.312;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.962;QD=7.99;ReadPosRankSum=-1.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:246,0,516 7 103141351 rs77206317 G A 1166.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.139;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=3.174;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=-1.387;QD=13.72;ReadPosRankSum=-2.153;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,45:85:99:1196,0,1233 7 103155705 rs2229864 A G 284.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.462;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.646;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.646;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:314,0,239 7 103155864 rs56345626 A G 101.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.008;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=0.087;QD=5.09;ReadPosRankSum=-0.698;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:99:132,0,441 7 103155944 rs2528862 C G 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A G 506.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.422;DP=28;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.599;QD=18.10;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:537,0,345 7 107262558 rs2894475 T A 197.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=1.799;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.847;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:227,0,289 7 107303622 rs2248464 A T 112.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:143,0,191 7 107303628 rs2248465 C T 180.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.272;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:210,0,336 7 107341528 rs55701254 T A 121.35 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.715;DB;DP=20;FS=5.643;HRun=0;HaplotypeScore=94.1051;MQ0=0;MQ=53.27;MQRankSum=0.382;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.715;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:20:99:227,0,100 7 142045446 rs56060483 G C 507.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9516;MQ0=0;MQ=57.65;MQRankSum=0.589;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,22:65:99:538,0,1204 7 142045449 . A G 503.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-1.641;QD=8.54;ReadPosRankSum=-0.120;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,20:59:99:534,0,1148 7 142045518 rs1960210 G A 948.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=12.249;HRun=0;HaplotypeScore=1.9573;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-2.162;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,39:107:99:979,0,1712 7 142045613 rs2010177 G T 1085.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.009;DB;DP=143;Dels=0.00;FS=1.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=55.11;MQRankSum=-4.021;QD=7.59;ReadPosRankSum=1.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,46:143:99:1115,0,2896 7 142045802 rs2855871 T C 1068.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DB;DP=162;Dels=0.00;FS=1.410;HRun=0;HaplotypeScore=3.2963;MQ0=0;MQ=55.91;MQRankSum=-3.468;QD=6.59;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,55:162:99:1098,0,2829 7 142045897 rs361402 C T 142.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9985;MQ0=0;MQ=55.80;MQRankSum=1.357;QD=8.37;ReadPosRankSum=2.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:172,0,320 7 142045899 rs2974900 A G 220.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.153;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9985;MQ0=0;MQ=55.52;MQRankSum=-0.788;QD=13.79;ReadPosRankSum=-2.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:251,0,257 7 142099421 . G A 265.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.197;DP=35;Dels=0.00;FS=8.439;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.34;MQRankSum=-4.544;QD=7.58;ReadPosRankSum=0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:295,0,611 7 142099425 . A G 317.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DP=41;Dels=0.00;FS=3.589;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.42;MQRankSum=-4.815;QD=7.75;ReadPosRankSum=1.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:348,0,617 7 142099438 . A G 407.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.407;DP=50;Dels=0.00;FS=2.926;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.22;MQRankSum=-5.196;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.055;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:437,0,740 7 142099484 . G C 396.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.514;DP=67;Dels=0.00;FS=2.633;HRun=1;HaplotypeScore=1.7621;MQ0=0;MQ=51.19;MQRankSum=-6.291;QD=5.92;ReadPosRankSum=0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,22:67:99:426,0,1086 7 142099512 . T G 337.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DP=57;Dels=0.00;FS=1.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=50.58;MQRankSum=-5.640;QD=5.92;ReadPosRankSum=-2.017;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,18:57:99:367,0,1125 7 142099804 rs10635284 T TACACACAC 956.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DB;DP=22;FS=5.167;HRun=0;HaplotypeScore=131.3518;MQ0=0;MQ=47.92;MQRankSum=-2.781;QD=39.86;ReadPosRankSum=-1.122;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:22:99:996,0,489 7 142099968 rs361367 C T 477.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.144;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=3.462;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=6;MQ=47.85;MQRankSum=-1.644;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.801;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:508,0,613 7 142099988 rs361366 A G 438.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.626;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=54.06;MQRankSum=-0.878;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:468,0,553 7 142104144 rs361434 T C 1934.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.923;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7941;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.424;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,74:142:99:1965,0,1727 7 142104571 rs361433 G A 694.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.129;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.495;HRun=0;HaplotypeScore=1.6006;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.032;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.719;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,29:52:99:724,0,555 7 142104667 rs361430 C G 187.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.663;QD=17.07;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:218,0,122 7 142110027 . T C 50.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=40.21;MQRankSum=-1.231;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.13:80,0,58 7 142119831 rs361390 G A 733.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.391;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=0.821;HRun=0;HaplotypeScore=1.7329;MQ0=1;MQ=59.25;MQRankSum=0.302;QD=8.15;ReadPosRankSum=-0.463;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,33:90:99:763,0,1611 7 142120168 rs57417024 T TCA 145.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=74.3471;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=-0.811;QD=6.60;ReadPosRankSum=0.101;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:22:99:184,0,197 7 142124424 rs361449 T G 1081.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.565;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.37;MQRankSum=0.924;QD=25.14;ReadPosRankSum=-1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,38:43:55.49:1114,55,0 7 142139259 rs361374 G A 387.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.090;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.482;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=56.68;MQRankSum=-0.928;QD=8.07;ReadPosRankSum=1.497;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:417,0,861 7 142139271 . T C 1606.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.913;DP=55;Dels=0.00;FS=3.900;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.23;MQRankSum=1.606;QD=29.21;ReadPosRankSum=-0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:55:96.77:1640,97,0 7 142139272 . G A 1606.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.395;DP=57;Dels=0.00;FS=4.181;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.36;MQRankSum=1.611;QD=28.19;ReadPosRankSum=-0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,56:57:99:1640,103,0 7 142143562 rs361457 C A 507.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.643;QD=21.16;ReadPosRankSum=0.643;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:538,0,250 7 142148878 . T C 317.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=41;Dels=0.00;FS=1.501;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.52;MQRankSum=-5.477;QD=7.75;ReadPosRankSum=-2.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:348,0,593 7 142148881 . C A 420.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.362;DP=46;Dels=0.00;FS=3.028;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.26;MQRankSum=-5.822;QD=9.14;ReadPosRankSum=-2.548;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:450,0,666 7 142148919 . C T 487.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.461;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ0=0;MQ=50.09;MQRankSum=-7.134;QD=6.41;ReadPosRankSum=3.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,28:76:99:517,0,1296 7 142149160 rs17217 T G 696.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.913;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.873;HRun=0;HaplotypeScore=3.7901;MQ0=1;MQ=49.29;MQRankSum=-2.410;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,31:81:99:727,0,1423 7 142157358 rs361399 A G 88.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.322;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:93.65:118,0,94 7 142157371 rs361398 A G 89.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=11.16;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:62.84:119,0,63 7 142157389 rs361397 G A 71.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=7.15;ReadPosRankSum=-1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:101,0,116 7 142157895 rs2734204 G C 548.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.486;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.366;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.53;MQRankSum=2.212;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.624;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:578,0,796 7 142161763 rs361446 T C 100.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.881;QD=11.13;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:130,0,166 7 142161792 rs361445 G A 254.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-1.708;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:284,0,204 7 142162001 rs73742263 A C 4378.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.706;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8267;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=1.468;QD=33.42;ReadPosRankSum=0.701;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:131:99:4378,331,0 7 142162050 rs71878 A G 1970.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.349;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=1.505;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.68;MQRankSum=-0.743;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,68:118:99:2000,0,1310 7 142162148 rs71877 C T 1167.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.676;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=1.599;HRun=0;HaplotypeScore=1.3670;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=-0.430;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.980;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,48:110:99:1198,0,1713 7 142162278 rs361443 C T 208.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.200;HRun=2;HaplotypeScore=2.8719;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.549;QD=9.08;ReadPosRankSum=0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:239,0,505 7 142162306 rs361442 A G 199.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.390;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=1.369;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,10:35:99:229,0,760 7 142168429 rs55634899 A G 1816.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=52.46;MQRankSum=4.360;QD=21.62;ReadPosRankSum=-0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,69:84:99:1846,0,165 7 142168819 rs361350 G A 213.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.59;MQRankSum=-2.811;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.216;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:22:99:243,0,248 7 142180704 . G T 1334.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.361;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=2.713;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=53.65;MQRankSum=-7.400;QD=5.78;ReadPosRankSum=2.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:153,77:231:99:1365,0,4617 7 142180737 . T A 1404.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.801;DP=192;DS;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=5;MQ=49.76;MQRankSum=-5.245;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,82:192:99:1434,0,3207 7 142197606 . T C 891.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.580;DP=139;Dels=0.00;FS=1.512;HRun=2;HaplotypeScore=2.9978;MQ0=0;MQ=53.47;MQRankSum=-6.790;QD=6.41;ReadPosRankSum=2.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,44:139:99:921,0,2372 7 142197613 . T C 921.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.435;DP=142;Dels=0.00;FS=1.493;HRun=0;HaplotypeScore=3.9911;MQ0=0;MQ=53.62;MQRankSum=-6.441;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.474;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:97,44:142:99:952,0,2416 7 142197897 rs17279 C T 325.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.429;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:356,0,264 7 142198062 rs17278 C A 502.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=9.472;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-2.187;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:532,0,458 7 142198067 rs17277 A G 452.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.853;QD=14.61;ReadPosRankSum=1.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:483,0,445 7 142198080 rs17276 A G 317.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.518;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=1.115;QD=16.72;ReadPosRankSum=-0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:348,0,245 7 142206473 rs11764626 G A 213.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.926;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=7.147;HRun=0;HaplotypeScore=1.9120;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.066;QD=7.10;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:243,0,513 7 142216436 rs17231 G T 208.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.656;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.995;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.296;QD=5.79;ReadPosRankSum=-1.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:239,0,694 7 142231625 rs17249 C A 1011.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.570;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7157;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.903;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,39:81:99:1042,0,1173 7 142231701 rs17248 G T 1633.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.396;DB;DP=149;Dels=0.00;FS=0.623;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.642;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.002;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,64:149:99:1664,0,2093 7 142246961 . G C 76.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:67.94:106,0,68 7 142247347 rs361359 A C 285.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.526;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.61;MQRankSum=-4.575;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:315,0,735 7 142247348 . T C 285.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.233;DP=44;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.61;MQRankSum=-4.306;QD=6.49;ReadPosRankSum=1.671;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:315,0,750 7 142251190 rs361435 G C 140.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.544;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.730;HRun=0;HaplotypeScore=1.9976;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-0.783;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:171,0,417 7 142326607 rs17260 C T 370.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.376;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.249;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:400,0,496 7 142334648 rs17210 A T 1191.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.193;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-0.079;QD=15.47;ReadPosRankSum=-1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,48:77:99:1221,0,745 7 142364553 rs17254 G A 416.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.855;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.401;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.728;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:447,0,355 7 142460107 . G A 92.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DP=11;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ0=0;MQ=47.91;MQRankSum=-2.637;QD=8.39;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:122,0,195 7 142460148 . T C 133.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=24;Dels=0.00;FS=11.875;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.15;MQRankSum=-3.950;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.765;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:163,0,560 7 142460187 . T A 336.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8793;MQ0=0;MQ=52.09;MQRankSum=-5.723;QD=5.81;ReadPosRankSum=-0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,17:58:99:367,0,1325 7 142460226 . C T 820.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DP=125;Dels=0.00;FS=27.937;HRun=2;HaplotypeScore=11.8201;MQ0=0;MQ=52.02;MQRankSum=-8.629;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.057;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:88,37:125:99:850,0,2733 7 142460238 . G A 897.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.838;DP=147;Dels=0.00;FS=32.595;HRun=1;HaplotypeScore=3.8239;MQ0=0;MQ=52.58;MQRankSum=-9.228;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:106,41:147:99:928,0,3203 7 142460250 . TAC T 1185.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.969;DP=159;FS=6.792;HRun=0;HaplotypeScore=1459.6939;MQ0=0;MQ=53.50;MQRankSum=-9.064;QD=7.46;ReadPosRankSum=-1.050;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:123,36:159:99:1225,0,6671 7 142460254 . TC T 885.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.069;DP=175;FS=4.750;HRun=2;HaplotypeScore=1556.9497;MQ0=0;MQ=52.81;MQRankSum=-8.623;QD=5.03;ReadPosRankSum=-1.498;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:140,36:175:99:925,0,4995 7 142460313 rs6666 T C 1657.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.319;DB;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=3.146;HRun=0;HaplotypeScore=5.8731;MQ0=0;MQ=52.65;MQRankSum=6.530;QD=6.68;ReadPosRankSum=-3.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:175,73:248:99:1688,0,4650 7 142460369 . G A 1161.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.894;DP=157;DS;Dels=0.00;FS=17.734;HRun=1;HaplotypeScore=8.9600;MQ0=0;MQ=52.77;MQRankSum=-7.596;QD=7.40;ReadPosRankSum=-1.657;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:103,54:157:99:1191,0,3080 7 142460428 . CCAA C 654.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.789;DP=108;FS=22.486;HRun=0;HaplotypeScore=750.5858;MQ0=0;MQ=54.27;MQRankSum=-6.797;QD=5.89;ReadPosRankSum=1.186;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,22:108:99:693,0,5649 7 142460865 rs6667 T C 753.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.581;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=2.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=57.11;MQRankSum=0.461;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,30:63:99:783,0,875 7 142468189 rs1969595 C G 305.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.156;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.395;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=-1.349;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:336,0,482 7 142469191 rs13225332 G A 225.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.400;QD=16.12;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:256,0,160 7 142469343 rs11765409 C T 985.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.473;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.211;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.250;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1016,0,815 7 142470834 . CT C 170.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.873;DP=28;FS=7.181;HRun=1;HaplotypeScore=127.1728;MQ0=2;MQ=50.99;MQRankSum=-3.820;QD=5.69;ReadPosRankSum=1.698;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:28:99:210,0,924 7 142471344 rs56225909 G A 1020.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.223;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.848;HRun=0;HaplotypeScore=1.7323;MQ0=0;MQ=57.26;MQRankSum=-0.238;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.045;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,41:67:99:1051,0,589 7 142478771 . A AC 447.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=45.1640;MQ0=0;MQ=61.94;QD=40.72;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:490,33,0 7 142478986 rs73742443 A G 225.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=0.747;QD=28.17;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:2.39:255,2,0 7 142480002 . C A 1653.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.175;DP=116;Dels=0.00;FS=4.161;HRun=0;HaplotypeScore=9.3588;MQ0=3;MQ=45.99;MQRankSum=-6.218;QD=14.26;ReadPosRankSum=3.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,77:116:99:1684,0,1193 7 142480067 . C T 456.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.534;DP=45;Dels=0.00;FS=5.297;HRun=0;HaplotypeScore=5.5065;MQ0=0;MQ=45.70;MQRankSum=-3.095;QD=10.15;ReadPosRankSum=-2.593;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:487,0,495 7 142481376 rs73740310 T A 463.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8936;MQ0=0;MQ=58.53;MQRankSum=1.552;QD=24.39;ReadPosRankSum=-0.639;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:20.42:496,20,0 7 142495126 rs12532977 G A 180.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.220;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:210,0,165 7 142495127 rs56111168 G T 185.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.555;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.209;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:216,0,164 7 142495156 rs17163733 T G 186.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.367;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.939;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:217,0,216 7 142498673 . G A 96.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.971;DP=18;Dels=0.00;FS=2.823;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.59;MQRankSum=-3.253;QD=5.36;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:126,0,361 7 142498735 . A C 375.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=50;Dels=0.00;FS=4.897;HRun=0;HaplotypeScore=4.5683;MQ0=0;MQ=53.74;MQRankSum=-2.604;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.169;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,15:50:99:406,0,933 7 142498738 . C G 319.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.547;DP=47;Dels=0.00;FS=2.838;HRun=1;HaplotypeScore=4.5683;MQ0=0;MQ=54.27;MQRankSum=-1.873;QD=6.80;ReadPosRankSum=0.105;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:349,0,878 7 142498813 rs1042955 G A 526.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.047;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.4681;MQ0=0;MQ=55.14;MQRankSum=1.431;QD=8.36;ReadPosRankSum=-1.459;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:556,0,1033 7 142498833 rs1042956 A T 732.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.143;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.946;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=56.30;MQRankSum=-1.614;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.019;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:763,0,948 7 142498837 rs1042957 C T 742.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.382;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.30;MQRankSum=-1.377;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.206;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:773,0,968 7 142498897 rs1042959 A G 547.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.784;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.822;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=-0.315;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.434;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:578,0,923 7 142499071 rs1042960 T C 1073.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.609;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=1.017;QD=19.88;ReadPosRankSum=1.806;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,40:54:99:1103,0,313 7 142499190 . G A 157.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.35;MQRankSum=0.101;QD=12.08;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:187,0,213 7 142499762 rs706 A G 982.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.125;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.971;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=1.493;QD=14.45;ReadPosRankSum=1.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,32:68:99:1012,0,1061 7 142510350 rs17268 G A 117.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.133;QD=7.35;ReadPosRankSum=2.266;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:148,0,317 7 142510446 rs17267 G A 247.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.059;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:278,0,163 7 142566163 rs6944571 C G 149.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.529;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.679;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:179,0,470 7 142637601 . T C 1009.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.444;DP=96;Dels=0.00;FS=12.232;HRun=1;HaplotypeScore=3.0979;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.497;QD=10.52;ReadPosRankSum=0.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,40:96:99:1040,0,1479 7 142724062 rs9885986 C T 501.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.54;MQRankSum=1.681;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,24:56:99:532,0,825 7 142749417 rs17164102 C T 304.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.303;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.573;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.420;QD=9.82;ReadPosRankSum=-0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:334,0,530 7 142749737 rs17164103 C T 870.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.739;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.803;HRun=2;HaplotypeScore=7.7760;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=1.593;QD=9.78;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,33:89:99:900,0,1455 7 142749953 rs11975892 C T 1430.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=1.004;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.883;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,52:109:99:1460,0,1602 7 142750147 rs10245778 C T 1170.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.481;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=-0.834;QD=15.40;ReadPosRankSum=0.823;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,41:76:99:1201,0,1060 7 142832255 rs10234174 C T 72.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=1.307;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:102,0,146 7 142836440 rs6959713 A G 143.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.95;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.95:174,0,22 7 142881540 rs4726600 G A 67.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.44;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:97.52:98,0,145 7 142991584 . G A 161.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=23.05;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:20.18:191,0,20 7 143016928 rs6962852 C T 1059.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.535;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=4.134;HRun=0;HaplotypeScore=2.9299;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.868;QD=11.16;ReadPosRankSum=1.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,40:95:99:1090,0,1482 7 143017960 rs7800971 C G 264.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.560;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.165;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:294,0,327 7 143028536 rs2242493 G A 161.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=23.13;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:20.70:192,0,21 7 143036318 rs2272253 G A 1888.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.393;DB;DP=189;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.1958;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.700;QD=9.99;ReadPosRankSum=1.959;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,79:189:99:1919,0,3056 7 143036337 rs2272252 C T 2244.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.768;DB;DP=223;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=3.8980;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.263;QD=10.07;ReadPosRankSum=-1.565;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,95:223:99:2275,0,3486 7 143036548 rs6464542 T A 172.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=17.28;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:203,0,125 7 143042837 rs2272251 C T 142.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.762;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.067;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:26.71:173,0,27 7 143043240 rs13438232 C T 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C T 84.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.278;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,221 7 151322503 rs73478069 A C 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 7 151573580 rs77902041 G A 346.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.833;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.034;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:377,0,217 7 151680072 rs6960270 T C 489.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.824;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-0.012;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:519,0,663 7 151680175 rs35682935 C T 1271.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.677;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=3.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.74;MQRankSum=1.792;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,53:101:99:1302,0,1239 7 151680268 . TTTG T 362.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.218;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.3787;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=-0.197;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.197;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:402,0,616 7 151817856 . C CA 213.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DP=15;FS=2.246;HRun=3;HaplotypeScore=37.1890;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.663;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:252,0,210 7 151859523 . G A 1266.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.418;DP=106;Dels=0.01;FS=0.739;HRun=0;HaplotypeScore=9.5879;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.051;QD=11.83;ReadPosRankSum=1.800;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:1296,0,1682 7 151945007 . C T 1277.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.720;DP=149;Dels=0.00;FS=4.024;HRun=0;HaplotypeScore=2.8891;MQ0=31;MQ=42.94;MQRankSum=1.185;QD=8.58;ReadPosRankSum=2.108;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:92,57:149:99:1308,0,1784 7 151945071 . G GT 1892.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.880;DP=249;DS;FS=0.580;HRun=1;HaplotypeScore=677.4175;MQ0=0;MQ=52.71;MQRankSum=0.633;QD=7.57;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:190,60:249:99:1931,0,6451 7 151971043 rs2360885 T C 186.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.07;MQRankSum=-1.589;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:49.85:217,0,50 7 152144203 rs35765496 G GA 85.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DB;DP=34;FS=1.970;HRun=12;HaplotypeScore=76.5048;MQ0=1;MQ=56.29;MQRankSum=0.694;QD=2.39;ReadPosRankSum=-1.041;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,7:34:99:125,0,322 7 152373252 rs3218384 C G 134.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.956;QD=16.76;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:88.17:164,0,88 7 152446055 rs7793141 C T 272.90 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.653;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.32;MQRankSum=-1.898;QD=6.34;ReadPosRankSum=0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:125,0,306 7 154645419 rs3842144 G GTTTTC 394.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.658;DB;DP=18;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=90.0873;MQ0=0;MQ=53.91;MQRankSum=-2.261;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.151;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:433,0,619 7 154672551 rs4960632 G C 351.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.300;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9988;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.413;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.071;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:40:99:382,0,650 7 154672646 rs3817522 T C 663.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.232;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=10.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.882;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.541;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,28:53:99:693,0,708 7 154672679 rs3817520 A T 295.28 PASS 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CGGT C 435.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=69.1542;MQ0=2;MQ=44.10;QD=19.79;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,13:16:33.11:477,33,0 8 6973602 rs28670605 T G 557.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.081;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=2;MQ=57.04;MQRankSum=1.229;QD=15.07;ReadPosRankSum=-0.859;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,21:37:99:588,0,336 8 7154627 rs36116945 C T 200.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.35;MQRankSum=0.278;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:230,0,114 8 7154917 rs62488791 A C 101.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.074;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.19;MQRankSum=-3.016;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:132,0,164 8 7155013 rs34002377 T C 97.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.06;MQRankSum=-1.221;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:89.02:127,0,89 8 7215694 rs9693671 A G 986.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.764;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.88;MQRankSum=-2.353;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.071;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,42:67:99:1016,0,566 8 7217291 rs56111220 A G 64.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=50.41;MQRankSum=0.956;QD=8.04;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:94.28:94,0,140 8 7218621 rs3989699 C G 951.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.828;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.849;HRun=0;HaplotypeScore=1.5774;MQ0=2;MQ=48.97;MQRankSum=-2.093;QD=10.69;ReadPosRankSum=1.940;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,45:89:99:981,0,1199 8 7218632 rs3989698 C T 971.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.410;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=2.903;HRun=0;HaplotypeScore=4.9376;MQ0=3;MQ=47.04;MQRankSum=-1.815;QD=10.34;ReadPosRankSum=1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,46:94:99:1002,0,1239 8 7218752 rs3989697 G C 373.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.195;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=5;MQ=41.90;MQRankSum=-4.760;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,22:57:99:404,0,951 8 7218805 rs71511225 A G 539.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.597;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=43.59;MQRankSum=-4.329;QD=14.99;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:570,0,324 8 7276746 . G C 235.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=33;Dels=0.00;FS=6.181;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.37;MQRankSum=0.879;QD=7.12;ReadPosRankSum=-0.917;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:265,0,493 8 7718227 . C CT 695.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.508;DP=38;FS=1.637;HRun=7;HaplotypeScore=131.8776;MQ0=0;MQ=45.92;MQRankSum=-0.372;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.020;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:735,0,191 8 8095834 rs71537822 A AAGAGC 508.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.395;DB;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=156.8578;MQ0=14;MQ=21.62;MQRankSum=1.107;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.818;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:23:99:548,0,492 8 8176387 rs71217287 C CGGGGCG 309.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=29.8497;MQ0=0;MQ=65.85;QD=51.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,3:6:18.06:352,18,0 8 8234077 rs4840952 G C 229.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.216;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.286;QD=15.33;ReadPosRankSum=0.306;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:260,0,152 8 8234192 rs4840953 G C 164.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.529;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.419;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.112;QD=7.84;ReadPosRankSum=1.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:195,0,380 8 8234218 rs41314930 C T 153.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.420;QD=6.70;ReadPosRankSum=-1.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:184,0,407 8 8234219 rs4840955 G A 152.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.226;QD=6.63;ReadPosRankSum=-1.388;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:182,0,424 8 8234714 rs3896980 C T 140.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.831;QD=11.68;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:170,0,143 8 8749895 . G A 356.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.050;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.250;QD=18.74;ReadPosRankSum=-1.450;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:86.16:386,0,86 8 8819186 rs4841077 T A 182.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.203;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:212,0,227 8 8887542 rs66532380 TAAC T 2028.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.655;DB;DP=48;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=203.9883;MQ0=0;MQ=56.92;MQRankSum=0.885;QD=42.26;ReadPosRankSum=0.962;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,44:48:68.37:2071,68,0 8 8999039 rs61756425 G T 213.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.637;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.656;QD=8.90;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:244,0,533 8 9413875 rs33985989 T C 1188.94 PASS 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G A 887.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DP=60;Dels=0.00;FS=1.165;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=1.410;QD=14.79;ReadPosRankSum=-1.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,34:60:99:917,0,596 8 22053701 rs80055120 T G 472.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.803;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.384;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.535;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:502,0,322 8 22053778 rs79619458 G A 378.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.485;HRun=0;HaplotypeScore=1.6644;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=1.120;QD=12.60;ReadPosRankSum=0.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:408,0,441 8 22054197 rs2229777 T C 528.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.708;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.023;HRun=1;HaplotypeScore=1.9562;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-0.870;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:559,0,956 8 22069018 rs11778448 C T 225.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.473;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:256,0,264 8 22069386 rs7001 T C 77.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=15.45;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.18:107,0,57 8 22084503 rs11547656 C T 358.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.171;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=16.221;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.464;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.512;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:388,0,284 8 22162271 rs75282394 T G 320.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.238;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.935;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.475;QD=15.28;ReadPosRankSum=0.079;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:21:99:351,0,222 8 22172702 rs4397403 C T 228.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.320;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.800;HRun=1;HaplotypeScore=3.9807;MQ0=0;MQ=57.02;MQRankSum=-0.029;QD=9.14;ReadPosRankSum=1.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:258,0,394 8 22267473 rs79856562 T G 1387.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.500;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.97;MQRankSum=1.258;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,54:109:99:1417,0,1326 8 22272263 . 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C G 218.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.531;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.041;QD=11.47;ReadPosRankSum=-0.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:248,0,247 8 22415573 rs10104875 G A 122.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.558;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.452;QD=7.20;ReadPosRankSum=2.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:152,0,386 8 22422150 rs3758038 A G 108.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:82.85:138,0,83 8 22424244 rs2272716 T C 125.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=4.832;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.681;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:155,0,277 8 22428658 rs2449331 T C 402.31 PASS 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C G 558.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.846;DP=44;Dels=0.00;FS=1.379;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.135;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:44:99:588,0,711 8 23060256 rs6557634 T C 706.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.944;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.221;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.530;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:737,0,790 8 23069574 rs13274366 T C 208.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.840;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.406;QD=14.88;ReadPosRankSum=-1.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:238,0,202 8 23106665 rs2280934 A G 189.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=18.95;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:56.82:219,0,57 8 23156281 rs62503960 C T 83.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.034;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.246;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:113,0,236 8 23159724 . 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T G 67.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:97.83:98,0,143 8 24774812 rs61751047 G A 378.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.307;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.785;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:409,0,191 8 24811064 rs11340767 AG A 417.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=38.1364;MQ0=0;MQ=60.72;QD=27.81;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.10:459,45,0 8 25158072 rs5890219 AT A 286.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=35.4911;MQ0=0;MQ=61.78;QD=23.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.02:329,36,0 8 25225778 . G A 192.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.448;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.556;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.340;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:222,0,200 8 25287556 rs965130 A G 550.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=6.532;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.542;QD=30.57;ReadPosRankSum=0.964;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:16.61:583,17,0 8 25315837 rs62502022 G A 122.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.762;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:57.52:152,0,58 8 25365148 . C T 973.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.487;DP=80;Dels=0.00;FS=0.851;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=1.042;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.647;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:1003,0,1228 8 25720267 rs28454030 C T 303.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.886;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.532;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:333,0,569 8 25766097 rs71551831 A AT 273.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=20.4314;MQ0=0;MQ=61.19;QD=30.43;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24.08:316,24,0 8 25890549 rs7826952 T C 231.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.133;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=1.600;QD=16.57;ReadPosRankSum=-0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:94.69:262,0,95 8 26220321 . A G 414.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DP=39;Dels=0.00;FS=1.287;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=1.430;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:444,0,594 8 26265907 rs9644114 A G 1460.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.404;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.202;HRun=0;HaplotypeScore=1.7331;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=2.308;QD=28.08;ReadPosRankSum=1.737;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,50:52:93.91:1493,94,0 8 26291361 . TC T 1209.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=41;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=133.7076;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=1.200;QD=29.50;ReadPosRankSum=0.133;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,38:41:76.27:1252,76,0 8 26441275 rs415524 A G 191.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:221,0,188 8 26441562 rs408753 A G 249.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.241;QD=14.66;ReadPosRankSum=1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:279,0,231 8 26628028 rs1048101 A G 1432.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.003;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=1.653;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.085;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.837;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,56:101:99:1463,0,1138 8 26868132 rs7822824 T C 548.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.960;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=6.194;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=3;MQ=40.32;MQRankSum=-2.602;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:578,0,750 8 26868167 rs6557972 A G 397.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.844;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.138;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=1;MQ=41.80;MQRankSum=-4.611;QD=6.30;ReadPosRankSum=0.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,22:63:99:427,0,1173 8 26868333 rs28441062 C A 498.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.031;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=53.34;MQRankSum=-0.949;QD=20.76;ReadPosRankSum=-0.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:528,0,150 8 27255003 rs28496151 G A 283.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.293;QD=16.66;ReadPosRankSum=-0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:313,0,221 8 27255080 rs2241649 A G 723.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.340;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.978;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=1.205;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,30:72:99:754,0,1068 8 27255128 rs1045510 T C 841.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.001;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.891;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.788;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.799;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:872,0,1033 8 27255146 rs1045511 G A 745.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9831;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.735;QD=10.80;ReadPosRankSum=1.951;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,29:69:99:775,0,1076 8 27255263 rs1045512 A G 1118 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.91;MQRankSum=0.396;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,44:98:99:1148,0,1384 8 27255325 rs2241650 C T 465.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.717;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=0.122;QD=7.89;ReadPosRankSum=1.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,19:59:99:495,0,1175 8 27277537 rs1030526 G A 472.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.0909;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=-1.687;QD=15.24;ReadPosRankSum=-1.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:502,0,306 8 27287772 . T C 529.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.887;DP=30;Dels=0.00;FS=1.992;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.187;QD=17.65;ReadPosRankSum=1.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:559,0,378 8 27287997 rs2241653 T A 308.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.665;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-1.738;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.854;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:339,0,325 8 27288033 rs7827965 T C 107.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.633;QD=9.76;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:11:99:137,0,187 8 27291749 rs12056620 C T 272.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.864;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.048;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:303,0,195 8 27293335 rs11774417 G T 394.22 PASS 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C G 108.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.638;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:139,0,117 8 30095403 rs7008562 A G 66.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.931;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ0=1;MQ=51.09;MQRankSum=-0.382;QD=5.55;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:96.58:97,0,177 8 30189777 rs17619523 T C 263.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.672;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.060;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:293,0,357 8 30207664 rs79512276 G T 62.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=13.222;HRun=2;HaplotypeScore=3.8186;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.851;QD=6.26;ReadPosRankSum=-1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:92.63:93,0,145 8 30210274 rs4349946 T C 435.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.090;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=2.600;HRun=1;HaplotypeScore=3.6534;MQ0=2;MQ=53.00;MQRankSum=-1.730;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.829;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:465,0,731 8 30210416 rs117064690 G A 270.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.326;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=3.220;HRun=1;HaplotypeScore=3.7877;MQ0=7;MQ=44.53;MQRankSum=-5.362;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.848;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:300,0,678 8 30242076 rs113142693 T C 82.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=16.51;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.09:113,0,24 8 30416484 . G A 279.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.369;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:309,0,138 8 30469805 rs7815625 A C 241.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.152;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.152;QD=12.05;ReadPosRankSum=-1.216;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:271,0,282 8 30554006 rs8190996 G A 645.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.374;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.409;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:675,0,876 8 30620840 rs11388922 G GT 1780.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=99.8397;MQ0=0;MQ=60.05;QD=38.71;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:99:1823,135,0 8 30706055 . G C 385.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.046;QD=10.41;ReadPosRankSum=1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:415,0,642 8 30841331 rs2080720 C T 623.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.525;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.832;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,24:38:99:653,0,393 8 30854033 rs2725371 A G 158.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:55.30:188,0,55 8 30924557 rs1800389 C T 252.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.527;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=0.428;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.343;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,12:40:99:283,0,718 8 30958353 rs10954773 CT C 264.16 PASS 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G C 230.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.453;DP=18;Dels=0.00;FS=5.008;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.815;QD=12.80;ReadPosRankSum=-1.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:260,0,208 8 43047593 rs17603428 G A 56.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:86.44:86,0,184 8 43126855 rs80303917 AT A 325.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=32.3831;MQ0=0;MQ=61.64;QD=25.03;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:36.08:367,36,0 8 47505224 rs4872670 C T 61.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.79;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:91.50:92,0,137 8 47507683 rs13276733 A G 223.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.623;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.688;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.246;QD=15.99;ReadPosRankSum=0.311;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:81.88:254,0,82 8 47768606 rs10096572 T A 235.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.664;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=13.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.849;QD=19.66;ReadPosRankSum=-0.740;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:80.25:266,0,80 8 47884317 . C T 245.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.504;DP=23;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.23;MQRankSum=1.333;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:276,0,382 8 47886113 rs1827125 T C 172.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.467;QD=14.41;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:203,0,193 8 48033959 rs11136110 A C 325.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.030;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.344;HRun=3;HaplotypeScore=2.9931;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=-0.646;QD=9.29;ReadPosRankSum=-1.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:355,0,513 8 48035119 . C T 777.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.659;DP=45;Dels=0.00;FS=1.426;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=0.462;QD=17.29;ReadPosRankSum=-1.269;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,29:45:99:808,0,443 8 48076612 . A G 185.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.951;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:216,0,212 8 48077038 . C T 212.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.439;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=57.23;MQRankSum=0.244;QD=12.51;ReadPosRankSum=-1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:243,0,175 8 48114035 rs4379458 G C 270.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.539;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.468;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.269;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:301,0,400 8 48423840 rs12544329 G A 762.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.615;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.942;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=-0.801;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.879;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:792,0,1045 8 48504629 rs10958058 G C 181.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=25.95;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:212,0,19 8 48805816 rs11411516 A AG 317.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.5883;MQ0=0;MQ=61.34;QD=39.74;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:360,24,0 8 48885436 rs762679 T A 239.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.381;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.398;QD=11.95;ReadPosRankSum=-1.474;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:269,0,313 8 48962552 rs118090687 G A 427.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.032;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=7.402;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.194;QD=18.60;ReadPosRankSum=2.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:458,0,162 8 49176272 rs7841194 A G 75.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=12.63;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:106,0,33 8 49207218 rs11777512 A T 65.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.83:95,0,83 8 49832364 . C T 183.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.135;QD=15.26;ReadPosRankSum=1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:213,0,158 8 49987910 rs6984804 G A 228.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.206;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.702;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:259,0,384 8 49987965 rs7005693 A C 116.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.34;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.27:147,0,24 8 51363078 rs7817955 C T 384.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.730;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.231;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:99:414,0,228 8 51442650 rs73585148 A T 124.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:154,0,108 8 52028849 rs4873179 G T 73.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=12.28;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:66.83:104,0,67 8 52232487 rs1052704 G T 140.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.792;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.276;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.201;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:170,0,215 8 52233276 rs7827306 C A 81.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-1.307;QD=9.00;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:111,0,164 8 52233299 rs3217441 T TAGG 397.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.5509;MQ0=0;MQ=48.92;MQRankSum=-3.387;QD=24.84;ReadPosRankSum=-1.164;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:437,0,412 8 52233308 . A AAC 396.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.307;DP=19;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=122.1341;MQ0=0;MQ=47.89;MQRankSum=-3.715;QD=20.89;ReadPosRankSum=-1.021;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:436,0,402 8 52233310 rs2304552 T G 186.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.243;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=4;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=48.72;MQRankSum=-3.599;QD=10.35;ReadPosRankSum=-2.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:216,0,290 8 52233408 rs7827446 C T 1064.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.493;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.731;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.59;MQRankSum=0.950;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.646;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,47:103:99:1094,0,1414 8 52321686 rs11985241 C T 64.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.33:95,0,61 8 52325767 rs16916207 T G 470.03 PASS 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T C 61.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:91.17:91,0,147 8 75944409 rs10714892 AT A 137.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.003;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=38.6306;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.354;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.061;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:28.04:176,0,28 8 76452313 rs2943549 G A 405.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.128;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.435;QD=16.92;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:436,0,304 8 76463755 rs1800923 C A 218.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.533;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:248,0,163 8 76468282 rs1805098 G A 100.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.831;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=5.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.27;MQRankSum=0.529;QD=8.34;ReadPosRankSum=-2.793;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:130,0,178 8 76472560 rs2941473 A T 294.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.019;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.082;QD=11.78;ReadPosRankSum=0.136;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:325,0,316 8 76476050 . 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G A 304.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.459;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=51.60;MQRankSum=-0.565;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:335,0,521 8 81471733 . T C 395.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.470;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.327;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:426,0,397 8 81892766 rs2241972 G A 343.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.938;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.831;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.536;QD=17.15;ReadPosRankSum=2.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:99:373,0,182 8 81905314 rs2016459 A C 150.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.158;QD=7.54;ReadPosRankSum=-1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:181,0,420 8 81905397 rs2016465 A G 331.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.549;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.696;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=-0.676;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:362,0,415 8 82433970 rs62514765 G A 247.41 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A G 338.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.589;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.657;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:369,0,477 8 106207406 rs1460580 C G 206.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.634;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.927;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:236,0,267 8 107754583 rs1784468 T G 77.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=11.13;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.37:108,0,98 8 107782335 rs11996457 G A 354.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.601;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.223;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.068;QD=7.39;ReadPosRankSum=-0.489;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:385,0,942 8 107782395 rs11996466 G A 215.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=9.366;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.059;QD=5.99;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,9:36:99:246,0,696 8 108185425 rs7829806 C T 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:32.73:81,0,33 8 108315599 . CA C 81.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.079;DP=27;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=94.8416;MQ0=0;MQ=58.68;MQRankSum=1.172;QD=3.01;ReadPosRankSum=-0.869;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:27:99:120,0,193 8 108970264 rs35069883 T TCA 2350.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=109.1267;MQ0=0;MQ=60.52;QD=52.23;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:45:99:2393,132,0 8 109462791 rs4540386 A G 200.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.215;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.174;QD=13.37;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:231,0,262 8 109664963 rs2935751 C T 71.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.28;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.15:101,0,53 8 110131553 . G A 983.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=73;Dels=0.00;FS=3.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.04;MQRankSum=0.668;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,37:73:99:1013,0,909 8 110302047 rs2980619 T G 302.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.572;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.041;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.332;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:333,0,388 8 110355728 rs116980247 T G 297.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.837;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.37;MQRankSum=-1.160;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:328,0,483 8 110394584 . A G 128.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=21.42;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.52:159,0,21 8 110413762 rs964307 T C 165.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.849;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.891;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.360;QD=6.12;ReadPosRankSum=-0.360;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,7:27:99:195,0,427 8 110420384 rs13254245 T C 676.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.096;QD=16.50;ReadPosRankSum=0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,27:41:99:707,0,355 8 110420429 rs13252234 A G 710.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.683;QD=15.45;ReadPosRankSum=0.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:741,0,440 8 110439121 . A G 200.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.858;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.799;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:230,0,272 8 110439129 . G A 173.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.042;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:203,0,346 8 110439150 rs78834499 A G 534.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.248;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=0;HaplotypeScore=1.9155;MQ0=0;MQ=58.69;MQRankSum=-0.285;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:564,0,394 8 110439166 rs13264587 A G 691.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.949;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9155;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=-0.334;QD=16.87;ReadPosRankSum=-0.735;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:722,0,449 8 110448635 rs10093885 A G 338.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.323;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=5.747;HRun=0;HaplotypeScore=1.9941;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.741;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:368,0,496 8 110448720 . C T 209.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DP=12;Dels=0.00;FS=2.932;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.479;QD=17.48;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:91.79:240,0,92 8 110456917 rs73700891 G A 1200.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=121;Dels=0.00;FS=1.532;HRun=0;HaplotypeScore=2.7750;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=1.253;QD=9.92;ReadPosRankSum=1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,48:121:99:1231,0,1959 8 110457592 . C T 420.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DP=28;Dels=0.00;FS=6.262;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.391;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:450,0,474 8 110476993 rs1673398 A G 842.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.262;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=11.864;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.493;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.631;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,35:78:99:872,0,1113 8 110509300 rs57909958 A T 238.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.348;QD=9.93;ReadPosRankSum=-0.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:268,0,385 8 110516653 rs73700608 T C 186.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.918;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.094;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.409;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:217,0,416 8 110592108 rs10085994 G A 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C CCCCAGGT 759.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.126;DP=39;FS=1.451;HRun=0;HaplotypeScore=224.1565;MQ0=0;MQ=55.26;MQRankSum=-2.911;QD=19.46;ReadPosRankSum=-1.590;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,8:39:99:798,0,1253 8 145623963 rs4317614 G A 1253.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.003;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=1.599;HRun=0;HaplotypeScore=3.6660;MQ0=0;MQ=56.84;MQRankSum=-0.432;QD=12.05;ReadPosRankSum=1.316;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:1283,0,1244 8 145624640 rs2293963 C T 150.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.011;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=3.9118;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=9.39;ReadPosRankSum=1.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:180,0,244 8 145625953 . C T 115.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-1.482;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:145,0,233 8 145639320 rs736676 G C 77.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.48;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:108,0,29 8 145642002 rs2280838 C T 68.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5450;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:92.82:99,0,93 8 145665699 rs2721188 C T 697.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.561;QD=34.89;ReadPosRankSum=-1.561;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:57.17:731,57,0 8 145665761 rs2229313 G A 240.49 PASS 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C T 398.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9053;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=2.510;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:428,0,723 9 2039983 rs10964528 A C 297.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.354;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.385;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:327,0,295 9 2056861 . 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C G 158.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.766;QD=10.59;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:189,0,283 9 8486355 . G A 580.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.857;DP=47;Dels=0.00;FS=1.146;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=56.79;MQRankSum=1.573;QD=12.35;ReadPosRankSum=-0.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:611,0,545 9 8858043 rs118166957 C T 70.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27.97:100,0,28 9 12704725 rs2733832 C T 516.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=5.829;HRun=4;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=57.69;MQRankSum=0.568;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.497;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:546,0,881 9 12708910 rs2733834 C G 80.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=16.14;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:68.47:111,0,68 9 12708958 rs71329876 T TA 215.74 PASS 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G A 75.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=15.12;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.60:106,0,66 9 15784496 rs2382540 C G 171.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.021;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.196;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:201,0,376 9 15784560 rs55780067 A G 436.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=5.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.113;QD=13.64;ReadPosRankSum=-0.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:466,0,335 9 15784631 rs1539172 A G 231.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.325;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.000;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:261,0,235 9 15874585 . T G 861.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DP=73;Dels=0.00;FS=0.900;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=-1.528;QD=11.81;ReadPosRankSum=-0.623;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,36:73:99:892,0,926 9 16582890 rs35296348 G GACAC 223.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=124.3825;MQ0=0;MQ=52.43;MQRankSum=-0.751;QD=10.17;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:22:20.32:263,0,20 9 16738338 rs35869698 GA G 419.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=87.6230;MQ0=0;MQ=61.12;QD=23.32;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,18:18:53.96:462,54,0 9 16775725 rs7024466 T C 98.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-1.036;QD=9.84;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:128,0,140 9 18504916 rs2277160 T A 391.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.423;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.318;QD=23.00;ReadPosRankSum=0.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:421,0,143 9 18639300 rs776755 G A 173.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.518;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.534;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.124;QD=9.12;ReadPosRankSum=-2.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:203,0,316 9 18639455 rs702206 A G 105.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=-0.143;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:135,0,200 9 18639484 rs702207 C T 69.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:81:100,0,81 9 18661848 rs41268977 T G 150.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=18.76;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:93.13:180,0,93 9 18661893 . 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T C 668.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.588;DP=40;Dels=0.00;FS=3.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=-1.040;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.404;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:699,0,314 9 19076673 rs13286328 G C 222.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.545;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.02;MQRankSum=0.571;QD=8.56;ReadPosRankSum=-1.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:253,0,338 9 19089375 rs41269007 A C 102.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=6.86;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:133,0,257 9 19096832 rs4977495 A T 72.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:103,0,27 9 19290794 rs41269019 A C 294.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.267;QD=14.03;ReadPosRankSum=0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:325,0,253 9 19296275 rs11788720 G A 483.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.439;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.374;HRun=0;HaplotypeScore=2.8600;MQ0=0;MQ=57.23;MQRankSum=0.610;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.802;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:513,0,385 9 19326053 rs2256093 G T 247.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=8.318;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.395;QD=13.04;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:278,0,238 9 19341045 rs928128 A G 356.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.526;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.376;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=1.283;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.936;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:386,0,535 9 19352260 rs10114039 A T 63.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:93.13:93,0,178 9 19376255 rs67710536 A C 132.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.195;QD=6.31;ReadPosRankSum=-1.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:163,0,359 9 19376258 rs67906804 G C 215.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.349;QD=8.29;ReadPosRankSum=-1.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:246,0,409 9 19423823 rs80061852 A C 455.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.388;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.080;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:486,0,420 9 19424010 rs78074656 G A 572.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.381;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.381;QD=15.89;ReadPosRankSum=-0.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:36:99:602,0,498 9 19573501 . 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T C 91.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.071;DP=18;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.009;QD=5.11;ReadPosRankSum=-1.752;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,4:18:99:122,0,361 9 35739115 rs3833700 G GC 725.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=29.5618;MQ0=0;MQ=61.34;QD=45.36;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:768,48,0 9 35869498 . C T 313.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=57.95;MQRankSum=1.694;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:344,0,486 9 35870001 rs7044405 T C 429.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.472;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-1.146;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:459,0,329 9 35906565 rs7852213 G A 53.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.231;QD=10.64;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.97:83,0,57 9 35943177 rs72729427 G A 85.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.398;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=1.398;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,216 9 35972227 rs1810653 C T 151.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=45.16;MQRankSum=1.408;QD=13.74;ReadPosRankSum=1.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:181,0,121 9 36003094 . G C 267.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.962;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.673;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:297,0,454 9 36013160 rs6476504 A G 54.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.85:84,0,63 9 36013199 rs7865316 G A 175.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.536;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:205,0,135 9 36021852 rs10511925 A G 315.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.479;QD=16.62;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:346,0,148 9 36058750 rs78323948 A G 143.54 PASS 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G C 1830.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.434;DP=121;Dels=0.00;FS=2.456;HRun=1;HaplotypeScore=2.9886;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.392;QD=15.13;ReadPosRankSum=0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,75:121:99:1861,0,1112 9 37729786 rs1359590 C T 948.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.562;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5046;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.990;QD=10.42;ReadPosRankSum=-1.776;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,39:91:99:978,0,1476 9 37737283 rs2296552 A G 119.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:51.55:149,0,52 9 37745413 rs3747541 G A 146.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.896;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:177,0,100 9 37769811 rs10973531 T G 69.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.83:99,0,50 9 37781891 rs2296551 C T 74.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:104,0,29 9 37782111 rs7158 C T 358.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.923;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.211;HRun=1;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=0.387;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.397;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:389,0,506 9 37974743 rs1138374 T C 450.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.630;QD=7.04;ReadPosRankSum=0.225;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:64:99:480,0,1156 9 38395910 . 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T C 85.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.51;MQRankSum=-2.383;QD=7.12;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:115,0,202 9 40332852 rs62551704 A T 512.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.613;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.45;MQRankSum=-0.360;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.839;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:543,0,291 9 43314207 rs28668662 G A 329.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.845;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=6.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=56.54;MQRankSum=1.418;QD=5.40;ReadPosRankSum=1.008;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,16:61:99:359,0,1414 9 43400052 rs2928515 A G 877.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.774;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.18;MQRankSum=-2.964;QD=18.27;ReadPosRankSum=-1.321;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,36:48:99:907,0,324 9 43400194 rs73648329 T C 282.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.54;MQRankSum=-2.185;QD=12.27;ReadPosRankSum=-0.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:312,0,292 9 43400251 rs4961789 T C 98.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.77;MQRankSum=-3.512;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:129,0,240 9 43400841 rs12003334 A T 211.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.206;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.93;MQRankSum=-2.931;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:241,0,323 9 44090322 . 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T C 70.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=6.8077;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.754;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.50:101,0,98 9 68412795 . C T 52.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=4.8360;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.537;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:82.25:82,0,99 9 68414063 rs74734751 T C 122.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9709;MQ0=0;MQ=48.72;MQRankSum=-1.001;QD=13.59;ReadPosRankSum=-1.683;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:83.06:152,0,83 9 68414094 rs74754654 A G 193.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.08;MQRankSum=-1.371;QD=12.87;ReadPosRankSum=1.763;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:83.13:223,0,83 9 68414103 rs34380583 T G 235.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.21;MQRankSum=-2.024;QD=16.80;ReadPosRankSum=1.713;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:52.98:265,0,53 9 68414170 rs75137747 A C 153.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.8569;MQ0=0;MQ=52.13;MQRankSum=-1.386;QD=15.37;ReadPosRankSum=-2.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:79.37:184,0,79 9 68414172 rs4928849 G T 107.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=9.8835;MQ0=0;MQ=52.13;MQRankSum=-0.322;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.920;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:10:79.89:138,0,80 9 68414199 rs4928848 C T 126.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=5.9894;MQ0=0;MQ=51.01;MQRankSum=-1.447;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:156,0,103 9 68427818 rs111699417 G GA 699.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.690;DB;DP=66;FS=0.968;HRun=7;HaplotypeScore=422.4081;MQ0=4;MQ=39.67;MQRankSum=-1.038;QD=9.86;ReadPosRankSum=-0.234;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,30:66:99:739,0,934 9 68427877 rs4568707 G A 1421.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.169;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=10.993;HRun=0;HaplotypeScore=9.1019;MQ0=14;MQ=41.74;MQRankSum=2.095;QD=14.50;ReadPosRankSum=-0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,59:98:99:1451,0,386 9 68427956 rs4316243 T C 117.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=2;MQ=47.96;MQRankSum=0.736;QD=14.68;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:24.27:147,0,24 9 68428971 rs62543295 G A 411.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.48;MQRankSum=-0.434;QD=25.74;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:5.11:443,5,0 9 68429060 rs62543296 A C 3400.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.330;DB;DP=150;Dels=0.00;FS=2.142;HRun=0;HaplotypeScore=3.9304;MQ0=6;MQ=47.25;MQRankSum=-1.155;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.260;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,129:150:99:3401,0,375 9 68429112 rs62543297 A G 4080.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.125;DB;DP=209;Dels=0.00;FS=0.633;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.84;MQRankSum=0.321;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,166:209:99:4080,0,787 9 68429139 rs62543298 T G 3437.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.007;DB;DP=182;Dels=0.00;FS=1.399;HRun=0;HaplotypeScore=4.7430;MQ0=0;MQ=56.84;MQRankSum=0.626;QD=18.89;ReadPosRankSum=-2.524;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,136:182:99:3437,0,856 9 68429175 rs79456414 A C 634.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.421;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=1.106;HRun=0;HaplotypeScore=2.7547;MQ0=1;MQ=56.56;MQRankSum=0.326;QD=6.16;ReadPosRankSum=-0.587;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,26:103:99:665,0,2168 9 68429210 rs74680332 AT A 893.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.687;DB;DP=32;FS=12.473;HRun=1;HaplotypeScore=177.4320;MQ0=1;MQ=52.60;MQRankSum=1.276;QD=27.08;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,25:32:99:933,0,226 9 68433462 rs111392331 T C 220.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.134;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.560;HRun=0;HaplotypeScore=3.8469;MQ0=3;MQ=47.54;MQRankSum=1.232;QD=9.18;ReadPosRankSum=2.007;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:250,0,187 9 68433522 rs75582795 G A 107.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.512;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=2.8891;MQ0=2;MQ=42.72;MQRankSum=-0.914;QD=5.67;ReadPosRankSum=1.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:138,0,198 9 68433523 rs62543350 T C 129.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=2.8891;MQ0=2;MQ=42.72;MQRankSum=-2.362;QD=6.81;ReadPosRankSum=1.558;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:159,0,160 9 69238176 . C T 525.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.212;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.92;MQRankSum=-2.910;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.886;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:556,0,474 9 69238234 rs114804965 G T 1201.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.246;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=3.317;HRun=1;HaplotypeScore=1.9963;MQ0=0;MQ=50.39;MQRankSum=-3.640;QD=14.65;ReadPosRankSum=1.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,43:82:99:1231,0,1075 9 69238268 rs115556825 G A 930.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.846;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=1.602;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=46.12;MQRankSum=-2.742;QD=8.16;ReadPosRankSum=-2.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,43:114:99:960,0,1639 9 69634630 . A T 562.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.737;DP=107;Dels=0.00;FS=0.990;HRun=0;HaplotypeScore=3.3882;MQ0=9;MQ=40.85;MQRankSum=-2.608;QD=5.25;ReadPosRankSum=-0.223;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,28:107:99:592,0,1983 9 71224796 rs10781073 G C 232.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.666;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=1.957;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.30;MQRankSum=-1.288;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:262,0,250 9 71224928 rs10869119 C A 185.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.35;MQRankSum=2.637;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:215,0,118 9 71687400 rs3066313 C CTG 250.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.1011;MQ0=0;MQ=62.13;QD=50.17;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:293,15,0 9 71687755 rs3831192 TTTG T 232.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=56.6081;MQ0=0;MQ=61.54;QD=17.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,8:13:21.06:274,21,0 9 71722764 rs117269462 A T 131.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.591;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.295;QD=8.74;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:161,0,249 9 71827618 rs34883177 T C 67.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.956;QD=8.48;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:97.81:98,0,152 9 71850853 rs2275431 G A 60.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.04;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:90.22:90,0,103 9 71862907 . G A 817.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.140;DP=68;Dels=0.00;FS=5.491;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-1.810;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,31:68:99:848,0,1019 9 71862975 rs2282336 C T 1018.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.990;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=2.606;HRun=0;HaplotypeScore=3.7526;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.137;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.893;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,43:103:99:1049,0,1473 9 71862987 rs2095876 G A 955.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=0.874;QD=9.65;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,40:99:99:985,0,1468 9 71865932 rs2282335 G A 429.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.918;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-0.559;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,17:54:99:459,0,1010 9 71998391 rs10780333 T G 470.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.422;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.094;QD=16.81;ReadPosRankSum=1.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:501,0,361 9 72055804 . 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G A 671.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.076;DP=75;Dels=0.00;FS=2.014;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.204;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.679;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:75:99:702,0,1156 9 74332970 rs25692 G A 207.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.134;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:238,0,386 9 74349917 rs79661725 CAA C 130.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DB;DP=17;FS=4.771;HRun=14;HaplotypeScore=83.4808;MQ0=0;MQ=54.89;MQRankSum=0.289;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:17:89.11:170,0,89 9 74355185 rs3753006 T G 630.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8829;MQ0=0;MQ=58.26;MQRankSum=0.712;QD=18.03;ReadPosRankSum=-1.303;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:661,0,281 9 74360096 rs25689 C T 216.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.550;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.775;QD=9.04;ReadPosRankSum=-1.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:247,0,404 9 74360209 rs78334639 G C 440.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.082;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=5.849;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.465;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:471,0,249 9 74764627 rs3802506 C G 55.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=9.30;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:64.93:86,0,65 9 74825707 rs11143170 T C 107.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.663;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.020;QD=6.72;ReadPosRankSum=1.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:138,0,313 9 74834384 rs10869148 C T 177.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.545;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=55.88;MQRankSum=-1.256;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:207,0,135 9 74840586 rs11143178 C A 350.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.712;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.377;HRun=0;HaplotypeScore=2.8507;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.277;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.822;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:380,0,515 9 74845989 rs10869150 C A 250.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.202;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=1.774;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.845;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,12:48:99:280,0,1080 9 74846104 rs17057536 A G 384.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.546;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-1.627;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.417;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:414,0,810 9 74862290 . 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CG C 102.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=13;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=29.5192;MQ0=0;MQ=61.64;MQRankSum=0.689;QD=7.92;ReadPosRankSum=-1.635;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:142,0,278 9 77257346 rs2273975 G A 677.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.982;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=9.055;HRun=1;HaplotypeScore=2.4148;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.717;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,27:66:99:707,0,1112 9 77286876 rs3818559 A C 69.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.58:100,0,89 9 77397519 rs12339024 T C 100.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8308;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=0.365;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:131,0,168 9 77400718 rs55720633 T C 143.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.30;MQRankSum=0.736;QD=23.97;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.07:174,0,18 9 77407636 rs4145894 C T 254.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.600;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.400;QD=11.05;ReadPosRankSum=-1.816;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:284,0,357 9 77436641 rs7018994 G A 229.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.278;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.585;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.374;QD=7.63;ReadPosRankSum=-0.682;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:259,0,542 9 77442616 rs7045949 C T 293.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.318;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.866;QD=13.96;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:323,0,328 9 77562903 . 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C T 2249.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.221;DP=194;Dels=0.00;FS=2.647;HRun=0;HaplotypeScore=7.9188;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=0.249;QD=11.60;ReadPosRankSum=-1.776;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:102,92:194:99:2280,0,2635 9 80343587 rs5898555 G GA 177.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.182;DB;DP=22;FS=3.424;HRun=14;HaplotypeScore=64.2376;MQ0=0;MQ=57.83;MQRankSum=0.967;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.396;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:22:2.67:215,0,3 9 80793290 . T C 393.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DP=27;Dels=0.00;FS=1.527;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.659;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:424,0,336 9 80795335 . 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.79;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:19.74:173,0,20 9 113234618 rs3831249 CAG C 417.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.8592;MQ0=0;MQ=59.89;QD=34.79;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:33.11:460,33,0 9 113445108 rs75001517 A T 57.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=9.57;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:87.42:87,0,100 9 113459655 rs41279051 C T 1311.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.257;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-0.191;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,49:96:99:1342,0,1147 9 113489871 rs10817085 A G 259.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=7.701;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.776;QD=13.67;ReadPosRankSum=-1.592;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:290,0,181 9 113524511 . AT A 874.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.016;DP=48;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=121.6185;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.245;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.803;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:48:99:914,0,670 9 114131316 . T C 404.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.601;DP=37;Dels=0.00;FS=9.728;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=0.137;QD=10.92;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:434,0,430 9 114348513 rs2273786 G A 488.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.400;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.426;QD=15.25;ReadPosRankSum=0.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:518,0,361 9 114371322 rs4978450 T C 610.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.276;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.10;MQRankSum=-0.354;QD=21.06;ReadPosRankSum=0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,20:29:99:641,0,209 9 114454544 rs7869279 T C 424.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.859;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=1.593;QD=14.64;ReadPosRankSum=-1.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:455,0,338 9 114467448 rs4993590 T C 64.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=41.96;MQRankSum=1.537;QD=10.74;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.25:94,0,82 9 114467478 rs28545063 T C 261.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.694;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.331;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=48.92;MQRankSum=2.117;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.905;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:292,0,193 9 114484837 rs62569959 G T 245.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.580;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.026;QD=9.45;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:276,0,430 9 115060100 rs34861385 A AC 214.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=19.7296;MQ0=0;MQ=62.65;QD=26.85;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:8:23.90:257,24,0 9 115216222 rs10538330 GATTA G 389.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=42.7112;MQ0=0;MQ=50.65;QD=48.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:432,24,0 9 115567015 rs60280073 A ATG 1263.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=57.5249;MQ0=0;MQ=59.95;QD=48.61;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:72.25:1306,72,0 9 115759518 . C T 542.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.730;DP=33;Dels=0.00;FS=10.591;HRun=2;HaplotypeScore=2.9926;MQ0=0;MQ=57.95;MQRankSum=-0.601;QD=16.44;ReadPosRankSum=0.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:573,0,399 9 115818949 rs2282076 A T 431.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.878;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.727;QD=17.24;ReadPosRankSum=0.878;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:461,0,203 9 115918306 rs10121117 G A 302.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.806;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:333,0,680 9 115924973 rs10817449 A G 1006.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.323;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=3.451;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.171;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,41:72:99:1036,0,1007 9 115931593 rs1128122 G A 461.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.462;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4468;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.665;QD=14.42;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:492,0,315 9 115931703 rs3810910 G A 515.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.783;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.565;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.814;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.445;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:546,0,1043 9 115932012 rs57348436 G T 210.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.007;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.688;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.193;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:241,0,130 9 115933885 rs1128118 A C 118.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.683;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.573;QD=13.14;ReadPosRankSum=2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:64.37:148,0,64 9 115946170 rs10981674 A G 496.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.413;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=0.693;QD=19.84;ReadPosRankSum=0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:526,0,307 9 115946500 rs10817454 A G 63.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.18:93,0,101 9 115950706 rs10435864 A C 283.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.326;HRun=0;HaplotypeScore=1.9638;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.248;QD=8.34;ReadPosRankSum=0.567;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:314,0,519 9 115965339 rs10568341 GA G 64.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=16.8142;MQ0=0;MQ=63.02;MQRankSum=0.736;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:14.02:103,0,14 9 115968711 rs1133619 G A 61.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.517;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.61:92,0,153 9 115968797 rs1133618 C T 401.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.563;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=3.004;HRun=1;HaplotypeScore=3.5734;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.130;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:431,0,429 9 115969423 rs4548256 C T 217.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.52;MQRankSum=-0.473;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:248,0,272 9 115969433 rs5900043 T TAGA 948.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.481;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=106.5447;MQ0=0;MQ=54.10;MQRankSum=-1.387;QD=36.48;ReadPosRankSum=-0.425;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:26:99:987,0,385 9 116038752 . G A 61.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.50:91,0,123 9 116044998 rs11552582 A G 300.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.539;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.988;QD=10.74;ReadPosRankSum=-1.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:331,0,341 9 116045272 rs16932083 G A 142.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.198;QD=20.33;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:62.45:172,0,62 9 116045311 rs77287785 GA G 351.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.923;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=61.2617;MQ0=0;MQ=60.49;MQRankSum=0.099;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:390,0,382 9 116048874 rs4979232 A G 107.68 PASS 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G A 217.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.738;DP=28;Dels=0.00;FS=1.596;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.541;QD=7.75;ReadPosRankSum=-2.017;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:247,0,470 9 116958216 rs2567711 C T 457.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.578;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=2.929;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.071;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:487,0,655 9 116997994 rs2015408 T C 211.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.524;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.910;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.780;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:242,0,194 9 117027165 rs41312228 A G 363.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.581;HRun=1;HaplotypeScore=2.4385;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.604;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:393,0,517 9 117033096 rs2636866 C T 69.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6652;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.248;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:96.19:99,0,96 9 117051020 rs1687410 A G 219.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.733;QD=21.96;ReadPosRankSum=-1.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:20.69:250,0,21 9 117051271 rs10817583 C A 238.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.620;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.254;QD=18.36;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:87.55:269,0,88 9 117063988 . 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CCCAA C 457.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.891;DP=28;FS=1.655;HRun=0;HaplotypeScore=128.8174;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.276;QD=16.33;ReadPosRankSum=0.879;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:496,0,1316 9 131550722 rs1891076 C G 365.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.292;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.172;QD=10.75;ReadPosRankSum=-1.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:396,0,607 9 131554705 rs3750322 C T 173.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8154;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.369;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:204,0,184 9 131568372 . C A 172.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.201;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:202,0,234 9 131584631 rs2280844 C T 302.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.034;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.580;QD=13.77;ReadPosRankSum=-0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:333,0,198 9 131585069 rs2280843 A G 106.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.300;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:63.69:137,0,64 9 131586318 rs41275922 C T 137.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.093;QD=10.57;ReadPosRankSum=-2.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:167,0,214 9 131586374 rs7033070 G A 327.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.042;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.830;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.225;QD=17.25;ReadPosRankSum=0.127;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:358,0,160 9 131588813 rs6478853 C G 391.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.156;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=9.381;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.431;QD=15.06;ReadPosRankSum=-0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:422,0,248 9 131591372 rs2293967 T A 728.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.607;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.279;QD=13.00;ReadPosRankSum=-1.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:758,0,699 9 131599311 rs2997903 G A 183.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.369;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=14.14;ReadPosRankSum=1.656;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:214,0,186 9 131600111 rs2280841 T C 421.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.490;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=7.231;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.134;QD=15.63;ReadPosRankSum=-0.477;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:452,0,276 9 131607591 rs41275928 C T 96.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.667;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.400;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.800;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:126,0,282 9 131689361 rs751340 G A 811.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.982;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=0.839;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=1.233;QD=9.54;ReadPosRankSum=-1.081;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,34:85:99:841,0,1339 9 131702891 rs2273866 A G 792.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.775;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.417;HRun=1;HaplotypeScore=2.9863;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=-1.687;QD=11.82;ReadPosRankSum=0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:822,0,913 9 131735559 rs17452428 T C 198.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.854;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=10.843;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.442;QD=11.04;ReadPosRankSum=-0.618;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:229,0,276 9 131745548 rs719703 T C 936.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.656;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.844;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.16;MQRankSum=1.501;QD=18.01;ReadPosRankSum=1.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,33:52:99:966,0,490 9 131750556 . A T 394.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.432;DP=30;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.436;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:425,0,512 9 131761437 rs2004632 A G 342.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.055;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=5.846;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=-0.229;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:373,0,443 9 131761659 rs2302813 A G 151.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=5.441;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=21.65;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:49.20:182,0,49 9 131761899 rs2302811 A G 561.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.019;DB;DP=27;Dels=0.04;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8899;MQ0=0;MQ=54.12;MQRankSum=1.190;QD=20.04;ReadPosRankSum=-2.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,20:27:99:591,0,128 9 131767668 rs2287363 A C 423.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.127;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.093;HRun=1;HaplotypeScore=4.5940;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.090;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.645;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:453,0,504 9 131771505 rs1129098 C T 77.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.600;QD=6.43;ReadPosRankSum=-1.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:107,0,190 9 131772933 . 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A C 217.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.595;DP=25;Dels=0.00;FS=12.436;HRun=1;HaplotypeScore=3.9807;MQ0=0;MQ=56.24;MQRankSum=0.311;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:248,0,484 9 134351343 rs11243403 C T 788.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.609;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.371;QD=28.16;ReadPosRankSum=-1.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:66.19:822,66,0 9 134358719 rs41317004 G A 189.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.817;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.670;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:220,0,166 9 134381487 . G GT 292.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.917;DP=29;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=81.4967;MQ0=0;MQ=57.67;MQRankSum=0.849;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.995;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:29:99:332,0,284 9 134385435 rs3887873 C T 437.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=5.592;HRun=0;HaplotypeScore=1.9402;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.068;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:468,0,801 9 134385436 rs2296949 A G 1525.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.506;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.628;HRun=1;HaplotypeScore=1.9402;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.829;QD=33.16;ReadPosRankSum=-1.431;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,45:46:95.72:1559,96,0 9 134387326 rs116150532 G A 102.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=17.05;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.74:132,0,60 9 134388562 rs77176471 C T 71.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.19;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:101,0,141 9 134406071 rs7867616 C G 669.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.290;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.652;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.719;QD=16.32;ReadPosRankSum=-0.582;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,26:41:99:699,0,360 9 134406131 rs3904960 G T 167.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.825;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:198,0,169 9 134465398 rs3818581 T C 234.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=6.419;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.041;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:265,0,304 9 134465410 rs3818580 G C 143.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.424;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.200;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:173,0,235 9 134467578 rs78058996 GA G 242.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.882;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=65.6057;MQ0=0;MQ=59.08;MQRankSum=1.448;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.448;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:281,0,428 9 134518575 rs7854489 T C 97.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.532;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=8.88;ReadPosRankSum=1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:128,0,175 9 135073309 rs11243663 G A 220.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.529;QD=13.79;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:251,0,153 9 135073315 rs11243664 C G 221.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.212;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:252,0,159 9 135073877 rs3824574 C T 554 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=1.110;QD=12.04;ReadPosRankSum=2.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:584,0,575 9 135140221 . 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AGAG A 419.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DP=25;FS=3.624;HRun=0;HaplotypeScore=96.6748;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=-1.068;QD=16.77;ReadPosRankSum=-0.739;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:458,0,877 9 135538050 rs35918594 C T 539.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=8.335;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.035;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.567;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:570,0,301 9 135601354 rs396819 T C 72.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=14.46;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.76:102,0,26 9 135601367 rs396801 G C 82.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.55;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.46:112,0,20 9 135702490 rs13299768 T C 349.97 PASS 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G A 359.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.882;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.986;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:389,0,305 9 136249470 . G GACA 71.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=874.1009;MQ0=0;MQ=28.47;MQRankSum=0.177;QD=4.00;ReadPosRankSum=1.945;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:71.80:111,0,72 9 136249480 . GTCA G 50.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=987.5932;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-0.163;QD=2.53;ReadPosRankSum=0.705;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,14:20:27.45:90,0,27 9 136249508 . T TG 767.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.625;DP=31;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1438.0780;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-0.285;QD=24.76;ReadPosRankSum=-1.802;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,22:31:57.07:809,57,0 9 136249509 . GT G 133.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.929;DP=30;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1444.9758;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-1.723;QD=4.45;ReadPosRankSum=-0.952;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,5:30:6.34:174,6,0 9 136249511 . GA G 145.14 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.230;DP=30;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1443.2792;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-0.427;QD=4.84;ReadPosRankSum=-1.230;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:25,5:30:1.27:183,1,0 9 136249514 . G GGTT 473.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1436.4122;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=1.241;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.999;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:30:54.41:512,0,54 9 136249529 . G GGC 593.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.498;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1035.3884;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-0.539;QD=25.82;ReadPosRankSum=-0.539;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:31.45:636,31,0 9 136249531 . GA G 355.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.350;DP=23;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1047.0632;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=0.250;QD=15.46;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:22.27:398,22,0 9 136249542 . TAGTAATG T 1077.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1061.6119;MQ0=0;MQ=29.00;MQRankSum=-1.621;QD=46.84;ReadPosRankSum=2.404;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,21:23:37.27:1119,37,0 9 136249548 rs60932549 TG T 304.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1099.4434;MQ0=0;MQ=33.31;MQRankSum=0.240;QD=10.14;ReadPosRankSum=-0.420;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:22,8:30:36.04:346,36,0 9 136260696 rs41306714 G C 297.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.196;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.702;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.220;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.927;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:328,0,169 9 136277480 rs2285486 A G 5200.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DB;DP=194;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.1899;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-2.120;QD=26.81;ReadPosRankSum=-0.411;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,192:194:99:5200,370,0 9 136337164 . C G 228.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.270;DP=28;Dels=0.00;FS=5.787;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.659;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:258,0,466 9 136340625 . 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G A 257.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=0.992;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.917;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:288,0,477 9 138662309 rs10776844 A G 342.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.669;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=4.494;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.302;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.812;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:372,0,434 9 138675790 rs10776847 C G 175.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.92;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:55.93:205,0,56 9 138675801 rs10776848 A C 221.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.386;QD=22.12;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:82.47:251,0,82 9 138679863 rs11103189 A G 202.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.285;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.627;QD=14.47;ReadPosRankSum=-0.471;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:233,0,188 9 138679895 rs11103190 T C 437.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.701;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8660;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=0.566;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:467,0,506 9 138683575 rs41299048 T C 323.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.140;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.197;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.608;QD=16.15;ReadPosRankSum=-1.292;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:353,0,297 9 138683790 rs41306389 T C 406.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.885;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.734;QD=13.13;ReadPosRankSum=1.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:437,0,408 9 138683798 rs41310949 C T 431.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.908;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.737;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-0.548;QD=14.88;ReadPosRankSum=2.258;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:462,0,419 9 138829940 . C A 392.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.053;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=1.232;QD=15.71;ReadPosRankSum=0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:423,0,351 9 138836941 rs3831258 GCCT G 1264.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.575;DB;DP=69;FS=2.061;HRun=0;HaplotypeScore=297.1442;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.519;QD=18.32;ReadPosRankSum=0.243;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:1303,0,2079 9 139089679 rs7860634 G A 77.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.27;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:107,0,26 9 139089717 rs7850466 T G 120.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=20.05;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.08:150,0,21 9 139089718 rs7847312 A C 123.37 PASS 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GGGGCT G 178.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DP=17;FS=2.171;HRun=0;HaplotypeScore=181.5387;MQ0=0;MQ=44.91;MQRankSum=-2.098;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.146;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:218,0,313 9 140161641 . AGGTGGG A 223.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=14;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=161.5663;MQ0=0;MQ=43.30;MQRankSum=-1.614;QD=15.95;ReadPosRankSum=1.226;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:262,0,231 9 140243968 rs79140116 C T 217.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=1.7998;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=1.600;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:71.13:247,0,71 9 140262424 rs11507683 C T 297.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.045;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.193;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:327,0,186 9 140262426 rs11533158 C T 170.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.733;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.320;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.810;QD=8.50;ReadPosRankSum=-1.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:200,0,319 9 140277826 rs13291830 C T 73.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.69:104,0,33 9 140289696 rs9695232 A C 178.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.133;QD=17.82;ReadPosRankSum=-1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:208,0,115 9 140331797 rs61303368 G A 236.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.031;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.083;QD=9.45;ReadPosRankSum=0.139;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:266,0,432 9 140392494 rs4962232 T C 304.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.267;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.719;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.135;QD=13.86;ReadPosRankSum=-2.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:335,0,278 9 140392616 rs61754920 G A 771.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.172;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.703;HRun=1;HaplotypeScore=3.8559;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=-0.080;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,29:53:99:802,0,592 9 140414410 rs11137410 C T 1282.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.911;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.379;QD=16.23;ReadPosRankSum=-0.399;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,43:79:99:1312,0,977 9 140416025 rs2298172 A G 126.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.466;QD=11.49;ReadPosRankSum=-1.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:156,0,182 9 140477419 . A G 660.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.656;DP=47;Dels=0.00;FS=9.362;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.509;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,28:47:99:690,0,546 9 140508031 rs34249205 A G 296.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.445;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.788;QD=13.47;ReadPosRankSum=0.066;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:326,0,314 9 140508258 rs11137151 A G 395.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.985;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=1.229;QD=7.91;ReadPosRankSum=0.704;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,17:50:99:426,0,838 9 140508684 rs10124016 T C 618.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.955;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.28;MQRankSum=-0.090;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:648,0,702 9 140610972 . G A 87.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=6;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=45.61;MQRankSum=0.731;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:18.39:118,0,18 9 140611121 rs76684726 A T 754.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.645;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=5.961;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.295;QD=14.80;ReadPosRankSum=-0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,29:51:99:785,0,491 9 140611436 rs3812497 T C 363.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.400;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.245;QD=9.33;ReadPosRankSum=-1.371;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:394,0,616 9 140611555 . A G 267.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=21;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.178;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.391;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:297,0,286 9 140623027 rs3125782 C T 234.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.204;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:265,0,252 9 140638045 rs116060838 C T 167.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:197,0,376 9 140638416 rs1129767 G A 321.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.026;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:351,0,396 9 140652476 rs3125794 G T 423.25 PASS 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GC G 770.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.525;DP=45;FS=1.258;HRun=2;HaplotypeScore=239.0861;MQ0=0;MQ=59.97;MQRankSum=0.013;QD=17.12;ReadPosRankSum=2.033;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:809,0,113 10 412449 rs1133113 A G 60.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=8.69;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:90.82:91,0,142 10 429932 rs7092412 C T 147.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=9.700;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.956;QD=18.45;ReadPosRankSum=-1.920;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:55.25:178,0,55 10 429977 rs10904083 G A 237.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.395;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.320;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.433;QD=13.96;ReadPosRankSum=2.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:267,0,224 10 461912 rs66682704 TC T 267.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=40.6580;MQ0=0;MQ=60.67;MQRankSum=-1.681;QD=16.74;ReadPosRankSum=1.464;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:307,0,204 10 518547 rs61469266 ACT A 179.04 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=16.6361;MQ0=0;MQ=62.13;QD=35.81;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:221,15,0 10 1041981 . C G 137.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.956;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91.24:167,0,91 10 1068802 rs3750729 G A 138.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=19.78;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.16:168,0,58 10 1070461 rs3793777 C T 71.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=8.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=0.937;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.93:102,0,99 10 1070710 rs12357207 C G 492.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=9.498;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.598;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:523,0,665 10 1126293 rs7087381 T C 180.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=18.06;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:211,0,105 10 1230968 rs2271275 C T 68.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.54;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:90.69:98,0,91 10 1262872 rs71507609 AG A 372.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=33.0931;MQ0=0;MQ=60.98;QD=33.91;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:415,33,0 10 1779349 rs3750684 G A 388.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=5.226;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.927;QD=16.17;ReadPosRankSum=-1.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:418,0,303 10 3124687 rs41288713 C T 173.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.800;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:15:99:204,0,136 10 3141542 . 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A T 558.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.464;DP=69;Dels=0.00;FS=9.658;HRun=0;HaplotypeScore=2.6812;MQ0=2;MQ=51.01;MQRankSum=-3.648;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.804;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:588,0,1230 10 5037914 . G C 288.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.24;MQRankSum=1.393;QD=28.85;ReadPosRankSum=-1.393;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:2.42:318,2,0 10 5066566 rs1937880 A G 78.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.97;MQRankSum=0.361;QD=8.73;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:109,0,109 10 5136651 rs12529 C G 899.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.907;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.794;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.16;MQRankSum=0.840;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,39:89:99:929,0,1247 10 5138607 rs7741 G A 400.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=5.016;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=0.479;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.809;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:430,0,503 10 5139815 rs2245191 C A 139.18 PASS 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A G 373.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DP=41;Dels=0.00;FS=3.556;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.216;QD=9.12;ReadPosRankSum=-1.430;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:404,0,631 10 27350056 rs11015496 G T 612.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.922;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.255;HRun=0;HaplotypeScore=1.8997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.295;QD=11.56;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,24:53:99:642,0,760 10 27350201 rs11015497 T C 107.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:138,0,156 10 27356071 rs115864032 T C 449.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.171;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.328;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.569;QD=11.24;ReadPosRankSum=0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:479,0,607 10 27368126 rs3737055 A C 189.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.895;QD=18.93;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:72.76:219,0,73 10 27382240 rs2297147 T C 112.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.81;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.05:143,0,59 10 27382586 rs2297150 G C 135.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=1.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.660;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:166,0,253 10 27401056 rs11015538 C T 388.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.978;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.132;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.975;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:419,0,274 10 27404927 rs2297151 G T 366.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.367;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.786;QD=15.26;ReadPosRankSum=0.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:396,0,333 10 27405096 rs2297152 A G 366.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.155;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.11;MQRankSum=-0.279;QD=15.95;ReadPosRankSum=-2.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:397,0,276 10 27412669 rs2274743 A T 127.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.461;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.282;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.244;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:157,0,174 10 27415727 . C G 128.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:26.18:158,0,26 10 27423744 rs2275752 T C 319.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.965;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=56.09;MQRankSum=-0.814;QD=9.97;ReadPosRankSum=-0.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:349,0,427 10 27431288 rs41282208 T C 334.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.723;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=0.837;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.297;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:365,0,478 10 27434483 rs2274634 G A 358.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.097;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.66;MQRankSum=-0.520;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:389,0,347 10 27436295 rs3780926 A C 141.25 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C CT 243.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.802;DP=22;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=44.5962;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.616;QD=11.07;ReadPosRankSum=2.426;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:283,0,421 10 32745314 . TG T 162.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=31.5193;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=0.839;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:202,0,342 10 32800595 . A G 343.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.335;DP=29;Dels=0.00;FS=3.696;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.78;MQRankSum=-0.938;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:374,0,439 10 32806972 rs2990984 C T 328.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.264;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-1.879;QD=14.92;ReadPosRankSum=-1.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:358,0,307 10 32806991 rs76503644 T A 173.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:204,0,120 10 33093858 rs72208293 TAC T 279.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=36.6860;MQ0=0;MQ=60.00;QD=28.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.08:322,27,0 10 33113432 . T C 188.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=16;Dels=0.00;FS=2.331;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.22;MQRankSum=-0.423;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:219,0,189 10 33136818 . 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T C 296.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.141;DP=41;Dels=0.00;FS=4.821;HRun=1;HaplotypeScore=2.9589;MQ0=0;MQ=50.72;MQRankSum=0.289;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.866;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:41:99:327,0,689 10 38344700 rs2505232 C G 688.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.534;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.456;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=2.029;QD=12.29;ReadPosRankSum=-0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:718,0,764 10 38380828 rs2474565 A G 76.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=-0.922;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:106,0,129 10 38385441 rs2474573 G A 272.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.400;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.533;QD=19.48;ReadPosRankSum=-0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:303,0,101 10 38407519 rs176889 A G 281.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.702;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.003;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.68;MQRankSum=0.372;QD=14.79;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:311,0,182 10 38475621 rs2077456 G A 737.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.907;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.118;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=0.781;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.492;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,31:51:99:767,0,474 10 38537070 rs1780145 A G 218.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.663;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=2.9890;MQ0=0;MQ=54.70;MQRankSum=2.037;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:91.82:249,0,92 10 38599101 rs113146114 C CT 973.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.340;DB;DP=37;FS=1.469;HRun=2;HaplotypeScore=81.1314;MQ0=5;MQ=37.06;MQRankSum=0.947;QD=20.28;ReadPosRankSum=1.346;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:37:99:1013,0,298 10 38645403 rs72639552 T C 121.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=41.90;MQRankSum=-2.037;QD=10.09;ReadPosRankSum=-2.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:95.28:151,0,95 10 38682079 rs2754366 T C 359.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.576;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.762;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.421;QD=20.00;ReadPosRankSum=-0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:390,0,165 10 38894500 rs3970150 T C 176.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-0.529;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:206,0,156 10 38897455 rs114027695 T G 79.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.62;MQRankSum=-2.927;QD=6.14;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:110,0,166 10 38897463 rs76558209 C T 91.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.614;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.64;MQRankSum=-3.163;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:122,0,187 10 38897470 rs76496433 T A 88.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.473;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.73;MQRankSum=-3.241;QD=5.92;ReadPosRankSum=-0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:119,0,216 10 38897479 rs80166822 C T 147.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.619;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.35;MQRankSum=-2.766;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.784;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:178,0,264 10 38897539 rs76966281 T C 120 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8254;MQ0=0;MQ=49.15;MQRankSum=-2.679;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:150,0,397 10 38897541 rs79482073 G A 232.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8254;MQ0=0;MQ=49.15;MQRankSum=-2.123;QD=10.12;ReadPosRankSum=1.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:263,0,258 10 38897584 rs61841293 G A 129.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.663;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.40;MQRankSum=-1.524;QD=9.25;ReadPosRankSum=-1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:160,0,207 10 38897601 rs61841294 G A 53.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.866;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.38;MQRankSum=-2.383;QD=5.36;ReadPosRankSum=-2.072;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:83.56:84,0,193 10 38931303 rs78147272 A AT 147.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=15.4800;MQ0=0;MQ=33.51;MQRankSum=-1.920;QD=18.39;ReadPosRankSum=0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:87.51:186,0,88 10 38934323 . T C 376.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.155;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=48.85;MQRankSum=3.401;QD=10.18;ReadPosRankSum=-2.214;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:407,0,508 10 38978099 rs61842167 T C 1467.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.349;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=0.957;HRun=0;HaplotypeScore=3.7686;MQ0=7;MQ=42.80;MQRankSum=-6.749;QD=12.23;ReadPosRankSum=-2.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,73:120:99:1497,0,1185 10 38978124 rs78243982 A C 341.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.341;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.684;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=42.03;MQRankSum=-5.902;QD=6.21;ReadPosRankSum=-0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,28:55:99:372,0,868 10 38982218 rs4070216 A T 115.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.59;MQRankSum=-1.237;QD=7.73;ReadPosRankSum=-0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:146,0,244 10 39011152 rs2310211 G A 243.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.23;MQRankSum=1.186;QD=9.38;ReadPosRankSum=0.501;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:274,0,304 10 42396909 rs72505281 TG T 1035.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=355.6097;MQ0=9;MQ=26.63;QD=24.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,41:29:84.26:1078,84,0 10 42529432 rs28853943 T A 346.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.3204;MQ0=0;MQ=41.82;MQRankSum=0.150;QD=18.22;ReadPosRankSum=0.850;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,15:19:36.15:376,0,36 10 42529437 . T C 209.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.317;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=9.3576;MQ0=0;MQ=40.60;MQRankSum=1.866;QD=9.96;ReadPosRankSum=2.007;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:239,0,179 10 42608980 . A AG 314.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=100.4182;MQ0=1;MQ=39.17;MQRankSum=-0.898;QD=22.49;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:10:53.85:354,0,54 10 42644664 rs10793629 A C 56.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.20;MQRankSum=0.731;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27.31:87,0,27 10 42767319 rs77679807 T A 279.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.900;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=4.310;HRun=1;HaplotypeScore=2.7042;MQ0=1;MQ=51.61;MQRankSum=0.540;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.489;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:310,0,330 10 42767329 rs61853463 G A 194.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.869;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=1;HaplotypeScore=1.7046;MQ0=0;MQ=53.89;MQRankSum=-0.265;QD=9.73;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:225,0,261 10 42767352 rs61853464 T G 136.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=48.20;MQRankSum=-1.386;QD=13.61;ReadPosRankSum=-1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:89.26:166,0,89 10 42831643 rs12264479 C T 55.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.546;QD=5.56;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:85.59:86,0,255 10 42832258 rs73253652 C T 114.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.89;MQRankSum=0.101;QD=8.78;ReadPosRankSum=1.656;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:144,0,158 10 42833104 rs12262497 G A 120.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.66;MQRankSum=-0.736;QD=20.06;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:25.60:150,0,26 10 42928668 rs67090148 GGAGTCTATC G 649.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.510;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=151.4271;MQ0=0;MQ=50.98;MQRankSum=-2.710;QD=36.09;ReadPosRankSum=0.578;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:689,0,1466 10 43019172 . A C 525.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.168;DP=48;Dels=0.00;FS=1.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=57.53;MQRankSum=0.408;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.345;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,20:48:99:555,0,821 10 43089965 rs210280 G A 695.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.087;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.237;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.062;QD=16.18;ReadPosRankSum=-1.801;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:726,0,493 10 43134086 rs3740329 C A 68.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:70.37:98,0,70 10 43191254 rs7088389 C G 263.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.133;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:97.08:294,0,97 10 43232450 rs702370 G A 133.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=22.20;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.70:163,0,24 10 43280057 rs5784577 CTT C 837.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=82.7639;MQ0=0;MQ=57.06;QD=34.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:69.22:880,69,0 10 43281089 rs7074877 T C 1053.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.392;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.709;HRun=1;HaplotypeScore=2.7836;MQ0=0;MQ=57.80;MQRankSum=1.109;QD=9.16;ReadPosRankSum=-0.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,50:115:99:1084,0,1818 10 43285713 rs11239773 T C 498.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=2.483;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.53;MQRankSum=-0.419;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.084;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:529,0,394 10 43292647 rs787795 A G 368.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.764;QD=14.76;ReadPosRankSum=-1.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,16:25:99:399,0,302 10 43297564 rs1539295 G A 449.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.927;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=8.570;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=-0.122;QD=16.64;ReadPosRankSum=-0.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:479,0,376 10 43297746 rs41302251 T C 77.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.87;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:107,0,101 10 43312970 rs12245355 C T 238.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.636;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=40.26;MQRankSum=0.403;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.713;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:268,0,347 10 43316170 rs3982211 A G 99.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.688;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.58;MQRankSum=-1.003;QD=7.66;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:130,0,248 10 43318441 rs117321204 T A 52.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.44;MQRankSum=-1.537;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.25:82,0,88 10 43318542 rs112947523 G T 689.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.446;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=4.707;HRun=5;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=49.97;MQRankSum=-2.515;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:719,0,1113 10 43318557 rs113467153 T C 642.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.455;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8731;MQ0=0;MQ=51.02;MQRankSum=-2.970;QD=7.30;ReadPosRankSum=3.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,31:88:99:673,0,1396 10 43318589 . A C 450.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.441;DP=77;Dels=0.00;FS=0.966;HRun=0;HaplotypeScore=3.9589;MQ0=0;MQ=50.21;MQRankSum=-2.655;QD=5.85;ReadPosRankSum=-2.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,22:77:99:480,0,1551 10 43349261 . G C 73.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.72:104,0,30 10 43595836 rs71533051 AT A 63.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=23.4515;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:7.05:102,0,7 10 43595968 rs1800858 A G 511.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.248;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.979;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:542,0,476 10 43601749 rs2742243 T C 65.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.932;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,3:12:95.38:95,0,222 10 43604390 rs1864404 A T 89.86 PASS 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C A 69.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=11.51;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:99,0,100 10 70892791 rs5030932 C T 115.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.047;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.087;QD=5.77;ReadPosRankSum=-2.008;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,5:20:99:145,0,384 10 70922159 rs61871361 T C 109.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.754;QD=15.63;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.88:139,0,97 10 70945840 rs5030910 C T 272.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.532;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:302,0,240 10 70955056 rs5018859 A G 245.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.270;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.783;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-1.765;QD=9.46;ReadPosRankSum=-2.076;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:276,0,392 10 70958327 rs5030911 C T 385.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.033;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.690;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.364;QD=14.27;ReadPosRankSum=-0.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:415,0,296 10 70962381 rs2279928 C G 179.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.036;QD=17.94;ReadPosRankSum=-2.072;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:209,0,127 10 70968613 . C A 305.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.856;DP=29;Dels=0.00;FS=12.718;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.509;QD=10.54;ReadPosRankSum=0.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:336,0,449 10 70968818 rs116860741 A T 65.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=1.9989;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=7.27;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:95.42:95,0,151 10 71010375 rs5030948 C T 1515.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.710;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.4637;MQ0=0;MQ=58.94;MQRankSum=-2.872;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,58:115:99:1545,0,1601 10 71016947 rs2279930 C G 184.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.633;QD=18.47;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:215,0,129 10 71026510 rs906219 C A 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T C 452.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.952;QD=15.61;ReadPosRankSum=0.863;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:483,0,300 10 72179746 rs1043098 C T 312.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.096;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=0;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.218;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.554;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:342,0,601 10 72181460 rs3793809 G T 617.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.169;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.171;QD=13.73;ReadPosRankSum=-1.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:648,0,512 10 72195439 rs1904589 T C 351.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.858;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.560;QD=15.97;ReadPosRankSum=-1.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:381,0,176 10 72289701 rs2275059 G A 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.662;DB;DP=37;FS=1.378;HRun=1;HaplotypeScore=118.2080;MQ0=0;MQ=58.41;MQRankSum=0.988;QD=17.18;ReadPosRankSum=1.383;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:675,0,747 10 81652266 rs927452 G A 571.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.354;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.452;QD=22.85;ReadPosRankSum=-0.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,23:25:6.40:603,6,0 10 81667402 . 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C T 66.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.58;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:96,0,29 10 82363405 rs1913762 C T 58.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:88.11:88,0,128 10 82369219 rs17107368 T A 492.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.255;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7172;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=-0.217;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.263;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:523,0,658 10 82476615 rs4454661 A T 92.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9965;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-0.742;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:23.21:122,0,23 10 82896954 rs12769310 G A 626.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.352;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.466;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=-0.330;QD=12.04;ReadPosRankSum=-1.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,25:52:99:656,0,656 10 85910667 . C T 205.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.597;DP=27;Dels=0.00;FS=4.262;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.900;QD=7.62;ReadPosRankSum=-0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:236,0,552 10 85936160 rs4348833 T C 82.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=16.54;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:28.61:113,0,29 10 85971347 rs4933978 G A 797.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.687;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=1.255;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.457;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.752;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:827,0,866 10 85972043 rs10749482 A G 1120.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=5.767;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.87;MQRankSum=-0.173;QD=9.34;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:1150,0,2051 10 85981842 rs12217769 A G 525.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.815;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.630;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:556,0,423 10 85981889 rs12218853 G A 404.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.670;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.837;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:435,0,377 10 85984323 rs11200925 G A 693.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.612;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=5.768;HRun=1;HaplotypeScore=2.8573;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.330;QD=13.87;ReadPosRankSum=-0.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:723,0,609 10 85984423 rs11200926 C T 358.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.211;QD=18.87;ReadPosRankSum=0.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:389,0,192 10 85984723 rs11200928 G A 848.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.571;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=2.221;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-0.450;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.402;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:879,0,1170 10 85992511 rs3814209 T C 160.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.102;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8408;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.034;QD=7.28;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:190,0,447 10 86004736 rs2279228 A G 104.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.75:134,0,60 10 86004873 rs2279227 T C 383.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.301;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.294;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:414,0,539 10 86151141 rs17342019 C G 715.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6719;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.594;QD=11.92;ReadPosRankSum=-0.030;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,27:60:99:745,0,962 10 87373299 . 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G A 64.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.15;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:95,0,29 10 93611176 rs112177544 A ATATG 432.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=16.3696;MQ0=0;MQ=59.78;QD=72.12;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:475,18,0 10 93878628 . 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C G 568.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.014;DP=39;Dels=0.00;FS=6.069;HRun=0;HaplotypeScore=1.9411;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=-0.521;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:599,0,583 10 95162147 rs41290204 G T 273.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.376;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.635;QD=17.09;ReadPosRankSum=-1.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:303,0,185 10 95162660 rs41290206 T A 233.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.802;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.048;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.758;QD=10.61;ReadPosRankSum=1.418;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:263,0,358 10 95163809 rs12262721 G T 891.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.778;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=9.068;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.37;MQRankSum=-0.826;QD=17.83;ReadPosRankSum=-1.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,35:50:99:921,0,401 10 95168715 rs12243458 C T 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A T 447.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.563;DP=46;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=55.04;MQRankSum=2.080;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:46:99:478,0,654 10 98675668 rs76461465 C T 83.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:63.15:114,0,63 10 98709129 . G A 102.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.492;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.227;QD=6.44;ReadPosRankSum=-2.492;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:133,0,381 10 98803252 rs35388136 G A 139.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.869;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:170,0,173 10 98808609 rs60588093 T TAGGTGGAC 724.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=39.7345;MQ0=0;MQ=45.09;QD=90.51;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:8:21.07:766,21,0 10 99116903 rs1048445 C T 474.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.010;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.607;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.995;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.038;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:505,0,626 10 99118382 rs2297988 T C 1158.85 PASS 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G GTGTT 635.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.062;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.5947;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=-0.869;QD=27.62;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:674,0,435 10 101474499 rs11190255 T C 497.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.816;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.960;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.089;QD=11.84;ReadPosRankSum=1.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:527,0,570 10 101502968 rs3740076 A G 528.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.083;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.277;HRun=0;HaplotypeScore=4.7167;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=1.166;QD=9.44;ReadPosRankSum=1.266;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:558,0,862 10 101563815 rs2273697 G A 618.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.028;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2243;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.578;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.404;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:649,0,782 10 101591737 rs45441199 T C 1082.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.489;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=3.860;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-0.088;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.018;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:1113,0,1378 10 101604207 rs3740066 C T 1013.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.721;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=58.91;MQRankSum=1.391;QD=13.88;ReadPosRankSum=1.214;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,40:73:99:1043,0,918 10 101606683 rs3740064 G A 2255.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.494;DB;DP=209;Dels=0.00;FS=0.529;HRun=1;HaplotypeScore=5.9868;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=1.263;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.432;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,94:209:99:2285,0,2918 10 101637161 rs2256276 G A 259.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.000;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.899;QD=11.30;ReadPosRankSum=-0.403;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:290,0,456 10 101639648 . 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AGCCCT A 200.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.3455;MQ0=0;MQ=54.55;MQRankSum=-0.322;QD=25.03;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:239,0,253 10 104184213 rs41287462 G A 855.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.461;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.127;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,33:71:99:885,0,1168 10 104184953 rs11597439 C G 199.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.124;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.04;MQRankSum=0.298;QD=6.88;ReadPosRankSum=0.390;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:29:99:229,0,514 10 104184981 rs11593146 A G 198.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.048;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=0.337;QD=11.70;ReadPosRankSum=-1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:229,0,247 10 104242886 rs2296581 G A 2400.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7953;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=1.642;QD=31.18;ReadPosRankSum=1.687;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,76:77:99:2434,171,0 10 104250209 rs111446950 CT C 135.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=12.1068;MQ0=0;MQ=62.13;QD=27.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.04:177,15,0 10 104445545 rs3832710 AG A 2316.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=61;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=156.4117;MQ0=0;MQ=60.33;QD=37.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,61:61:99:2359,184,0 10 104459079 rs59504153 TAA T 1161.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=86.1947;MQ0=0;MQ=58.30;QD=46.45;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.25:1203,75,0 10 104569567 rs687541 C A 606.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.912;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.614;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:637,0,530 10 104595306 . C A 79.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:110,0,175 10 104629733 . G C 129.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.50:159,0,96 10 105037868 . C T 368.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.815;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.080;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.614;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:398,0,295 10 105104826 . C T 184.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.419;DP=27;Dels=0.00;FS=3.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.123;QD=6.85;ReadPosRankSum=0.962;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:215,0,364 10 105194476 rs4917389 C T 145.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=24.29;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.17:176,0,23 10 105330947 rs12253987 T A 71.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.84;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:98.41:101,0,98 10 105362209 rs4917396 T C 1898.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DB;DP=124;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=4.4748;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=-1.491;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.245;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,65:124:99:1928,0,1524 10 105363289 rs3740471 T C 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A G 111.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:92.61:142,0,93 10 108309851 . C T 223.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.746;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7803;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=-0.028;QD=8.95;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:254,0,492 10 108309995 rs6584755 G A 247.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.766;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.884;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:277,0,186 10 108367020 rs7082289 C T 127.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.062;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.591;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:157,0,256 10 108412370 rs74382777 T A 297.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.854;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-1.415;QD=17.49;ReadPosRankSum=2.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:327,0,212 10 111440605 rs7898586 A G 791.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.434;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=58.54;MQRankSum=0.429;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.841;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:821,0,647 10 111440719 rs7915504 T A 329.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.461;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.637;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.29;MQRankSum=0.000;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.645;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:360,0,448 10 111647738 rs472049 C T 52.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:82.89:83,0,140 10 112039931 . T C 68.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=9.72;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:98.05:98,0,133 10 112266823 rs1889565 C T 5083.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.691;DB;DP=170;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7758;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.284;QD=29.90;ReadPosRankSum=-1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,169:170:99:5084,388,0 10 112645152 . A G 178.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.646;DP=17;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.529;QD=10.51;ReadPosRankSum=0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:209,0,271 10 112764594 rs1980869 T C 95.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=7.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=10.57;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:125,0,135 10 113913222 rs2297991 T C 2254.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.633;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=-0.990;QD=32.21;ReadPosRankSum=1.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,69:70:99:2288,175,0 10 114053546 rs726009 C G 511.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.576;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-1.003;QD=8.81;ReadPosRankSum=-0.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,24:58:99:541,0,846 10 114053870 rs41298239 C T 58.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=6.51;ReadPosRankSum=2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:88.61:89,0,182 10 114059330 rs72180186 TCTCTGTTTTC T 1110.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=199.8207;MQ0=0;MQ=36.05;QD=52.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,12:21:39.13:1152,39,0 10 114169190 rs3736947 C A 95.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.133;QD=9.55;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:126,0,201 10 114171599 rs876873 T C 227.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.656;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:257,0,503 10 114192285 rs2306158 G A 222.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.500;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.237;QD=8.55;ReadPosRankSum=-1.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:252,0,436 10 114193060 rs11458426 G GA 178.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DB;DP=14;FS=2.398;HRun=7;HaplotypeScore=27.5950;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=-0.689;QD=12.76;ReadPosRankSum=1.635;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:218,0,108 10 114203234 . G T 96.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=16.15;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:58.24:127,0,58 10 114910667 rs113579124 G GT 86.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=36.9236;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=-1.309;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.135;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:83.51:126,0,84 10 115242531 rs1046528 T G 114.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.408;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:144,0,165 10 115242586 rs3834422 CA C 264.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DB;DP=24;FS=1.706;HRun=1;HaplotypeScore=64.8714;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.060;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.729;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:303,0,648 10 115242720 rs3758592 T A 530.38 PASS 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T C 94.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.000;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=43.48;MQRankSum=-1.733;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:124,0,258 10 124389296 rs3013177 C G 374.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.028;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.319;QD=11.01;ReadPosRankSum=-0.390;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:404,0,663 10 124399985 rs2261660 G T 219.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.054;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.488;QD=13.71;ReadPosRankSum=1.030;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:249,0,158 10 124402677 rs1052715 A G 874.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=4.297;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=2.681;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.949;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,34:83:99:904,0,1416 10 124457452 rs2947594 C T 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.263;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.171;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:321,0,240 10 124747108 rs2421154 T C 106.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:136,0,99 10 124800853 rs1140591 C T 669.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.526;QD=11.16;ReadPosRankSum=-1.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,28:60:99:700,0,724 10 124812685 rs112418828 AT A 80.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=23.7353;MQ0=0;MQ=60.00;QD=8.90;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:9:16.97:122,17,0 10 124914414 rs113756220 T TCTGA 911.13 PASS 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G A 477.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.398;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.276;QD=19.90;ReadPosRankSum=0.643;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:508,0,212 10 126179066 . 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C T 336.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.859;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.230;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.812;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:367,0,382 10 127426588 rs3740180 C A 451.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.271;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=-1.119;QD=11.57;ReadPosRankSum=1.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:481,0,529 10 127436411 rs2296832 T C 616.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.177;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=7.754;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.745;QD=15.03;ReadPosRankSum=-0.484;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:646,0,434 10 127460952 rs10901424 G T 263.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:294,0,227 10 127483573 rs3740179 G A 192.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.954;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.101;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:223,0,169 10 127484543 rs2281956 G C 272.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.943;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.088;QD=15.13;ReadPosRankSum=1.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:302,0,283 10 127484617 rs2281955 C G 1318.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.799;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.996;HRun=0;HaplotypeScore=4.5345;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=-0.649;QD=17.12;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,46:77:99:1348,0,768 10 127484653 rs2281954 G A 2384.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.550;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=3.561;HRun=0;HaplotypeScore=12.3870;MQ0=0;MQ=58.53;MQRankSum=-0.456;QD=16.22;ReadPosRankSum=0.169;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,89:147:99:2415,0,1122 10 127524612 rs4075326 C T 265.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.488;QD=16.61;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:296,0,183 10 127530325 rs3208565 T C 333.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.057;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.622;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.170;QD=19.63;ReadPosRankSum=-0.057;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,13:17:99:364,0,109 10 127540856 . 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T C 115.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.020;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:146,0,329 10 135086244 rs56844295 A AC 179.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=24.5380;MQ0=0;MQ=63.02;QD=25.64;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:20.89:221,21,0 10 135093511 rs41299173 C T 71.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=14.23;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.28:101,0,56 10 135097196 rs71503789 T G 68.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-0.731;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:17.50:98,0,17 10 135098519 rs72864790 G A 154.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.271;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.898;QD=15.41;ReadPosRankSum=0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:44.84:184,0,45 10 135103311 rs71016438 C CGCTGCGCCGCGGACGCCAAGTCCCT 1662.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=221.0058;MQ0=0;MQ=53.07;QD=138.54;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,1:12:36.12:1705,36,0 10 135105961 rs55672466 T TC 161.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=61.1982;MQ0=0;MQ=38.71;QD=32.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:203,15,0 10 135105983 rs2864768 C T 126.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=1.9947;MQ0=0;MQ=44.03;MQRankSum=-1.517;QD=15.77;ReadPosRankSum=1.920;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:79.68:156,0,80 10 135105991 rs72864793 G A 275.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.107;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9930;MQ0=0;MQ=46.27;MQRankSum=-0.791;QD=25.06;ReadPosRankSum=1.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:3.35:305,0,3 10 135179363 rs56055735 G C 139.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.466;QD=12.65;ReadPosRankSum=1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:169,0,174 10 135204799 rs6537600 C T 630.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.197;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9655;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.403;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,26:48:99:661,0,585 10 135204950 rs1046175 C G 331.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.610;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.867;QD=17.43;ReadPosRankSum=0.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:361,0,266 10 135213138 rs117686263 G A 502.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=-0.198;QD=13.58;ReadPosRankSum=-0.957;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:532,0,539 10 135340866 rs55985747 T TC 2908.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=67;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=133.0675;MQ0=0;MQ=59.42;QD=43.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:2950,199,0 10 135342118 . C T 724.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.104;DP=46;Dels=0.00;FS=2.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=0.731;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,28:46:99:754,0,487 10 135351174 rs2070677 T A 104.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=13.09;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:135,0,105 10 135351362 rs2515641 T C 285.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.339;QD=12.41;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:315,0,303 10 135352153 rs2249694 A G 92.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.597;QD=8.40;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:122,0,209 10 135352168 rs2249695 T C 225.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.111;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.022;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,8:18:99:256,0,317 10 135352509 rs2480257 T A 225.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.751;QD=25.01;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:15.24:255,0,15 10 135352514 rs2480256 A G 202.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=25.31;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:18.24:232,0,18 10 135371466 rs2987792 T C 334.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.588;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.196;QD=22.33;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:365,0,116 10 135438951 . G A 556.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DP=99;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.08;MQRankSum=-6.342;QD=5.62;ReadPosRankSum=-4.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,35:99:99:587,0,1732 10 135438955 . C T 487.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DP=95;Dels=0.00;FS=1.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.66;MQRankSum=-5.838;QD=5.13;ReadPosRankSum=-2.846;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,31:95:99:517,0,1625 10 135455222 . A G 124.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.872;DP=22;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=51.29;MQRankSum=-0.187;QD=5.65;ReadPosRankSum=1.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:154,0,315 11 192997 rs2280540 G A 70.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:78.90:100,0,79 11 193096 rs2280539 T C 222.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.864;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9841;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.012;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.357;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:252,0,384 11 193698 rs2294083 C T 80.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.788;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.152;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,4:16:99:111,0,293 11 193722 rs2294082 A G 206.97 PASS 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GGT G 1092.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.065;DP=226;DS;FS=1.536;HRun=0;HaplotypeScore=2531.1940;MQ0=0;MQ=48.44;MQRankSum=-8.692;QD=4.55;ReadPosRankSum=1.904;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:227,8:226:99:1131,0,9829 11 1018088 . TG T 441.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.677;DP=162;DS;FS=25.935;HRun=3;HaplotypeScore=1327.2952;MQ0=6;MQ=43.58;MQRankSum=-5.112;QD=2.31;ReadPosRankSum=2.472;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:146,45:162:99:481,0,5488 11 1018093 . 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C CA 560.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=244.0561;MQ0=0;MQ=34.41;QD=32.97;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:15:42.13:602,42,0 11 1213000 rs75897537 T A 92.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=49.91;MQRankSum=-3.325;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:123,0,395 11 1213004 rs112704799 T C 100.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.231;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=50.36;MQRankSum=-3.231;QD=5.60;ReadPosRankSum=-0.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:131,0,400 11 1213174 rs74046245 A G 633.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.719;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=27.570;HRun=0;HaplotypeScore=7.1321;MQ0=1;MQ=50.94;MQRankSum=-7.319;QD=6.15;ReadPosRankSum=-0.629;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,34:103:99:663,0,1876 11 1213177 rs74046246 C T 675.18 PASS 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G A 592.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DP=89;Dels=0.00;FS=2.075;HRun=0;HaplotypeScore=3.9852;MQ0=9;MQ=43.28;MQRankSum=-4.160;QD=6.65;ReadPosRankSum=0.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,39:89:99:622,0,1373 11 1264890 rs12286473 A G 263.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.542;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.7798;MQ0=0;MQ=54.49;MQRankSum=-4.232;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.980;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:293,0,843 11 1269215 rs79239311 C T 884.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.544;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=9.113;HRun=0;HaplotypeScore=2.5929;MQ0=15;MQ=40.45;MQRankSum=0.845;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,52:132:99:914,0,1705 11 1462162 rs61002819 AG A 257.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DB;DP=12;FS=3.424;HRun=2;HaplotypeScore=38.8404;MQ0=0;MQ=64.36;MQRankSum=0.555;QD=21.44;ReadPosRankSum=-1.849;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:98.88:296,0,99 11 1462217 rs9651643 C T 69.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=13.94;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.73:100,0,33 11 1471095 rs117021012 C T 396.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.601;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.550;HRun=1;HaplotypeScore=1.7333;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=1.200;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:426,0,362 11 1472475 rs36031025 TG T 752.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=68.2055;MQ0=0;MQ=61.24;QD=28.94;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.18:795,78,0 11 1475628 rs66529968 C T 345.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.065;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-0.938;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:376,0,365 11 1587168 rs79838852 C T 129.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:61.93:159,0,62 11 1592835 rs35595990 TC T 95.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=12.1681;MQ0=0;MQ=60.00;QD=19.11;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.01:137,15,0 11 1605957 . C T 506.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DP=37;Dels=0.00;FS=17.547;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=56.14;MQRankSum=1.021;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:536,0,508 11 1606129 rs76191756 A C 921.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=12.1357;MQ0=0;MQ=44.40;MQRankSum=-0.050;QD=26.33;ReadPosRankSum=1.535;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:64.52:955,65,0 11 1619172 rs59506446 ACCCCCACAGGAGCCACAGCCCCCCTTGGAG A 1186.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=115;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2533.2983;MQ0=0;MQ=59.25;QD=10.31;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:87,28:115:75.02:1228,75,0 11 1628844 rs1989592 A G 2298.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.077;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.592;QD=31.06;ReadPosRankSum=0.890;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,73:74:99:2332,144,0 11 1628965 rs57186801 G A 5627.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.327;DB;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9477;MQ0=1;MQ=58.48;MQRankSum=2.824;QD=30.42;ReadPosRankSum=-0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,180:185:99:5628,393,0 11 1628992 rs60210378 G A 6127.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.499;DB;DP=196;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.7558;MQ0=1;MQ=58.45;MQRankSum=3.263;QD=31.26;ReadPosRankSum=-0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,191:196:99:6127,440,0 11 1642884 rs6578597 A C 2594.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.461;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=0.636;HRun=0;HaplotypeScore=5.5886;MQ0=0;MQ=56.19;MQRankSum=1.161;QD=15.54;ReadPosRankSum=-1.397;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,93:167:99:2625,0,1961 11 1643228 rs61867574 G A 498.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.393;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.687;HRun=1;HaplotypeScore=12.1924;MQ0=0;MQ=54.11;MQRankSum=2.698;QD=9.58;ReadPosRankSum=-1.646;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:52:99:528,0,725 11 1651199 rs71025763 A AGGCTGTGGCTCC 2524.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=438.4637;MQ0=0;MQ=41.35;QD=70.13;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,9:31:66.20:2567,66,0 11 1651555 . C A 698.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.261;DP=101;Dels=0.00;FS=5.230;HRun=0;HaplotypeScore=3.2756;MQ0=2;MQ=44.26;MQRankSum=-5.184;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,36:101:99:729,0,1746 11 1651595 . G A 795.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.229;DP=156;Dels=0.00;FS=6.896;HRun=1;HaplotypeScore=3.5824;MQ0=2;MQ=43.53;MQRankSum=-5.818;QD=5.10;ReadPosRankSum=1.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,45:156:99:826,0,3134 11 1651613 rs71025765 TTACTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCC T 1972.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.178;DB;DP=147;FS=9.763;HRun=0;HaplotypeScore=4124.7742;MQ0=1;MQ=49.16;MQRankSum=6.850;QD=12.98;ReadPosRankSum=-4.630;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,57:147:99:2012,0,5595 11 1774666 rs12214 T C 83.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.034;QD=7.58;ReadPosRankSum=-2.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:113,0,234 11 1774934 rs112379600 A G 116.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=19.43;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.05:147,0,59 11 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A G 1578.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DP=116;Dels=0.00;FS=0.693;HRun=0;HaplotypeScore=2.8299;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.550;QD=13.61;ReadPosRankSum=1.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,60:116:99:1609,0,1344 11 9981297 rs4910085 C T 1555.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.358;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7458;MQ0=0;MQ=59.08;MQRankSum=-0.410;QD=14.54;ReadPosRankSum=-0.611;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,59:107:99:1585,0,1081 11 9983737 rs2403226 C T 69.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=13.98;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.64:100,0,54 11 10500056 rs73409951 T C 1510.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.025;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.7325;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.907;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:79,64:144:99:1540,0,2113 11 10500334 rs36106536 T C 114.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:56.05:144,0,56 11 10503411 rs11042835 G A 63.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.55;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:62.06:93,0,62 11 10503440 rs79076848 G A 95.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:125,0,99 11 10503451 rs73409956 G A 121.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.203;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:152,0,101 11 10503736 rs11042836 C T 803.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.533;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.181;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=-0.412;QD=14.34;ReadPosRankSum=-0.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:833,0,636 11 10503756 rs16907852 G A 479.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.98;MQRankSum=-0.628;QD=11.14;ReadPosRankSum=-0.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:509,0,705 11 10506259 rs7128132 A G 54.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:84.67:85,0,130 11 10506297 rs11042843 C T 312.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.844;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:342,0,264 11 10517039 rs35753139 C T 102.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.61;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:132,0,99 11 10518289 rs1466426 T C 149.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:180,0,132 11 10518521 rs2071016 C T 683.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.689;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.902;QD=12.20;ReadPosRankSum=0.426;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,27:56:99:713,0,754 11 10518585 rs2071017 A G 197.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=12.34;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:227,0,284 11 10526060 rs7943804 C T 2772.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.690;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.803;QD=33.81;ReadPosRankSum=-1.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,81:82:99:2805,211,0 11 10555707 . 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G T 71.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=24;HaplotypeScore=2.7663;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.368;QD=8.91;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:101,0,105 11 17351683 rs757081 C G 82.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=-0.729;QD=9.13;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:112,0,107 11 17408630 rs5215 C T 973.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.457;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.79;MQRankSum=-0.841;QD=10.94;ReadPosRankSum=-1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,44:89:99:1004,0,1161 11 17409572 rs5219 T C 563.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.321;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.035;HRun=0;HaplotypeScore=3.7797;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-1.037;QD=9.89;ReadPosRankSum=-1.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,25:57:99:594,0,873 11 17415143 rs17846719 A C 320.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.041;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=1.323;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.348;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:351,0,508 11 17448704 rs1799854 G A 200.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.783;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.628;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:231,0,239 11 17452603 rs8192694 T G 68.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.66:99,0,94 11 17483038 rs2074317 C T 162.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=18.05;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:94.85:192,0,95 11 17496516 rs1048099 A G 431.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.567;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=4.743;HRun=3;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.383;QD=11.66;ReadPosRankSum=1.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:461,0,576 11 17515833 rs1055574 A G 89.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:32.73:119,0,33 11 17517235 rs10832795 A G 323.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.021;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.318;HRun=1;HaplotypeScore=1.9920;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.387;QD=15.40;ReadPosRankSum=-1.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:353,0,276 11 17526256 rs76769358 A G 138.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.895;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:93.13:168,0,93 11 17537720 . 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A G 112.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:142,0,102 11 31327766 rs2761592 G A 364.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=7.9621;MQ0=0;MQ=54.20;MQRankSum=0.564;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.706;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:30:99:395,0,244 11 31812215 rs3026393 A C 576.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.274;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.977;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.602;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.915;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:40:99:607,0,452 11 32417962 rs5030274 A G 595.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.201;QD=17.02;ReadPosRankSum=0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,25:35:99:626,0,255 11 32437841 rs5030212 A C 79.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:23.21:110,0,23 11 32460575 rs11031784 T C 270.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.892;HRun=3;HaplotypeScore=1.8455;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.985;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:301,0,372 11 32874926 rs11032025 G A 664.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.206;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.910;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,29:46:99:695,0,453 11 32955122 rs2297781 A G 592.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.915;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.654;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.061;QD=18.52;ReadPosRankSum=-0.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:623,0,232 11 32956620 rs7481878 A G 950.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.502;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.231;QD=31.68;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:54.56:983,55,0 11 33052893 rs56308649 C G 327.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.100;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.274;QD=23.39;ReadPosRankSum=-1.187;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:40.10:358,0,40 11 33054856 rs17852859 C T 169.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.309;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:200,0,139 11 33076191 rs2273544 T C 843.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.238;QD=15.62;ReadPosRankSum=-0.959;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:873,0,586 11 33080407 rs112498700 G C 185.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.16;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:58.38:215,0,58 11 33083263 rs61889262 G A 181.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.814;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.886;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.374;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:212,0,607 11 33096982 rs11032143 C G 80.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=16.04;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.44:110,0,61 11 33097223 rs61889303 A C 197.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.95;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:92.30:227,0,92 11 33097652 rs2273550 G A 99.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.247;QD=6.22;ReadPosRankSum=0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:130,0,284 11 33097759 . 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GA G 106.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DP=10;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=23.4516;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.762;QD=10.64;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:37.02:145,0,37 11 36453506 rs746761 T C 297.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.894;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:327,0,435 11 36472800 rs3740958 A G 1947.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.957;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9721;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=-0.491;QD=29.06;ReadPosRankSum=0.595;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,66:67:99:1980,113,0 11 36518824 rs5030456 T TA 485.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=35.2698;MQ0=0;MQ=60.53;QD=26.97;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,15:18:45.13:528,45,0 11 36595600 rs3740955 A G 398.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=2.984;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.357;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.414;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,16:39:99:428,0,721 11 36669778 rs1566245 C T 184.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.439;QD=10.85;ReadPosRankSum=2.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:214,0,290 11 40105881 rs16934335 C T 102.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.323;QD=7.32;ReadPosRankSum=-1.226;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:133,0,209 11 40137543 rs2953310 T C 207.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.208;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.519;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:237,0,451 11 43340429 rs2270573 G C 71.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.28;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:102,0,136 11 43357557 . G A 495.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DP=34;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.832;QD=14.58;ReadPosRankSum=1.838;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,19:34:99:526,0,366 11 43419087 rs59435306 C CT 63.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=30;FS=2.276;HRun=16;HaplotypeScore=91.0389;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=1.493;QD=2.13;ReadPosRankSum=-1.954;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,5:30:38.22:103,0,38 11 43472746 rs11551137 C T 122.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.493;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=6.79;ReadPosRankSum=0.591;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:152,0,327 11 43515304 rs12276980 C G 574.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.514;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.872;QD=11.72;ReadPosRankSum=0.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:604,0,1020 11 43702530 rs56168061 A G 122.20 PASS 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T G 404.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.699;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.320;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:434,0,375 11 45924852 rs61882478 C G 228 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.077;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.620;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:93.25:258,0,93 11 45937968 rs3215273 CTA C 589.24 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=49.3971;MQ0=0;MQ=62.13;QD=39.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42.14:631,42,0 11 45944994 rs33927614 G GC 1101.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=73.3109;MQ0=0;MQ=59.30;QD=35.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,29:31:81.26:1143,81,0 11 45986980 rs35646259 G A 338 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.044;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.69;MQRankSum=1.927;QD=10.24;ReadPosRankSum=-1.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:368,0,465 11 46105688 rs2932515 G A 680.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.605;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.578;QD=25.22;ReadPosRankSum=-1.476;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,26:27:51.17:714,51,0 11 46342081 rs76868976 TG T 174.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=20.9508;MQ0=0;MQ=60.00;QD=29.03;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:216,18,0 11 46342259 rs71038900 A AG 433.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.5161;MQ0=0;MQ=58.29;QD=39.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:476,33,0 11 46392825 rs10838601 C G 682.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.334;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=18.46;ReadPosRankSum=-0.748;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:713,0,316 11 46393757 rs3740976 C T 69.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=9.87;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:65.85:99,0,66 11 46694313 rs67065551 GTC G 398.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=33.2261;MQ0=0;MQ=62.36;QD=44.31;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:441,27,0 11 46742047 . C G 259.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DP=19;Dels=0.00;FS=1.871;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.67;MQRankSum=-0.619;QD=13.64;ReadPosRankSum=-1.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:289,0,201 11 46760756 rs3136516 G A 375.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.375;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.239;QD=17.08;ReadPosRankSum=0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:406,0,237 11 46840119 rs67438673 TG T 131.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=18.9118;MQ0=0;MQ=60.00;QD=16.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:8:18.02:174,18,0 11 46886077 rs117936904 A T 854.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.800;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8642;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.814;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,32:59:99:885,0,789 11 46893108 rs2306029 T C 176.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.424;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.285;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.196;QD=8.83;ReadPosRankSum=0.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:207,0,284 11 46911117 . 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G T 329.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DP=18;Dels=0.00;FS=6.039;HRun=1;HaplotypeScore=1.6809;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.084;QD=18.31;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:360,0,141 11 56086147 rs960193 T G 1502.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.621;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=3.458;HRun=0;HaplotypeScore=1.9454;MQ0=0;MQ=58.52;MQRankSum=1.536;QD=27.83;ReadPosRankSum=0.948;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:54:87.04:1536,87,0 11 56143592 rs17150411 C T 3189.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.500;DB;DP=190;Dels=0.00;FS=6.805;HRun=0;HaplotypeScore=1.8216;MQ0=0;MQ=50.48;MQRankSum=3.479;QD=16.79;ReadPosRankSum=3.907;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,122:190:99:3220,0,1785 11 56216401 rs71652038 T TA 177.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DB;DP=11;FS=3.522;HRun=11;HaplotypeScore=23.9048;MQ0=0;MQ=61.94;MQRankSum=0.751;QD=16.10;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:3.81:217,4,0 11 56310222 rs628524 C T 165.69 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A G 74.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:94.21:104,0,94 11 57369730 rs11229063 G A 101.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=16.98;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:57.50:132,0,57 11 57381989 rs4926 G A 298.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.222;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.062;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.133;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:19:99:329,0,198 11 57456244 rs549022 C T 144.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=24.02;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:10.59:174,0,11 11 57485770 rs111732640 A AT 1192.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.207;DB;DP=83;FS=1.853;HRun=1;HaplotypeScore=339.3837;MQ0=0;MQ=54.15;MQRankSum=-1.428;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.574;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,38:83:99:1231,0,1317 11 57485772 rs61888876 A G 968.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.828;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=1;HaplotypeScore=4.9922;MQ0=0;MQ=53.93;MQRankSum=-0.364;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:83:99:999,0,1107 11 57798723 rs921135 A G 519.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.470;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.587;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=0.642;QD=12.37;ReadPosRankSum=1.675;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:549,0,615 11 57798942 rs2513726 A G 954.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.027;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8934;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.999;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,37:97:99:984,0,1619 11 57886280 rs113763198 C T 309.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.124;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.02;MQRankSum=1.349;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:340,0,628 11 57886441 . C T 384.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.449;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.572;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.225;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:415,0,578 11 57947223 . C A 788.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.458;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=0.320;QD=14.60;ReadPosRankSum=-1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,28:54:99:818,0,763 11 57947264 rs11229273 C G 693.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.282;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=0;HaplotypeScore=1.5616;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=-0.786;QD=13.87;ReadPosRankSum=-1.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:724,0,694 11 57971195 rs11229279 G A 2627.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.644;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.841;HRun=2;HaplotypeScore=1.9957;MQ0=4;MQ=56.97;MQRankSum=2.828;QD=28.56;ReadPosRankSum=2.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,85:92:99:2661,123,0 11 58170712 . C T 614.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.842;DP=47;Dels=0.00;FS=1.157;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.372;QD=13.08;ReadPosRankSum=-2.075;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:645,0,785 11 58206703 rs118148210 C T 120.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.928;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.865;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.866;QD=5.75;ReadPosRankSum=-1.526;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:151,0,451 11 58295748 rs35632700 TCA T 784.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=60.0362;MQ0=0;MQ=62.50;QD=46.15;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:827,51,0 11 58379663 . C CGT 181.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.2543;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=22.66;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:8:29.28:220,0,29 11 58380192 rs67665428 C CT 241.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.668;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=71.8717;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=0.134;QD=15.08;ReadPosRankSum=-1.203;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:16:31.45:283,31,0 11 58602309 rs11229651 C T 127.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:58.95:157,0,59 11 58604712 rs11229653 T C 912.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9964;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=1.675;QD=13.04;ReadPosRankSum=-0.288;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,34:70:99:943,0,977 11 58605673 rs11229655 T C 115.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=19.19;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.17:145,0,53 11 59132798 rs7941190 G C 175.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.813;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:205,0,305 11 59189912 rs1453547 G A 648.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.213;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=8.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.116;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.291;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:678,0,663 11 59190499 rs11602535 T C 223.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.354;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=5.898;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=0.471;QD=10.63;ReadPosRankSum=1.629;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:253,0,364 11 59190529 rs58183646 TACAA T 271.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=81.2201;MQ0=0;MQ=58.10;MQRankSum=0.000;QD=20.86;ReadPosRankSum=-1.866;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:310,0,294 11 59210761 rs11605572 C G 524.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.831;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.105;QD=9.72;ReadPosRankSum=-0.770;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:555,0,840 11 59211188 rs6591536 G A 1797.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.243;DB;DP=180;Dels=0.00;FS=0.574;HRun=1;HaplotypeScore=6.5993;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-1.225;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,70:180:99:1827,0,2674 11 59211265 rs7941591 T C 1402.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.438;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=2.573;HRun=1;HaplotypeScore=1.6316;MQ0=0;MQ=59.79;MQRankSum=1.296;QD=12.52;ReadPosRankSum=1.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,50:112:99:1432,0,1809 11 59211421 rs17591107 C T 2357.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DB;DP=155;Dels=0.00;FS=0.604;HRun=4;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.236;QD=15.21;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,85:155:99:2388,0,1837 11 59224608 rs1453544 A G 403.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.372;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.921;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.586;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:433,0,508 11 59224885 rs1453542 G C 835.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.417;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.163;HRun=0;HaplotypeScore=4.7747;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-0.420;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.987;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:866,0,636 11 59225221 rs1453541 T C 654.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.341;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.126;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.970;QD=13.63;ReadPosRankSum=-0.826;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:684,0,701 11 59259637 rs10896979 A C 1018.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.018;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.930;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.22;MQRankSum=0.158;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,38:67:99:1048,0,748 11 59259831 rs10896980 T C 1233.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.445;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8393;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-2.376;QD=15.05;ReadPosRankSum=1.251;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,44:82:99:1264,0,943 11 59259846 rs3862659 C T 1114.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.322;DB;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7866;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=4.930;QD=9.70;ReadPosRankSum=1.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,47:115:99:1145,0,1942 11 59271637 rs7120079 T C 1109.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.060;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=8.448;HRun=0;HaplotypeScore=1.8305;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.523;QD=15.85;ReadPosRankSum=1.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,36:70:99:1140,0,955 11 59368218 . C CA 62.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DP=17;FS=2.632;HRun=16;HaplotypeScore=91.0402;MQ0=0;MQ=52.75;MQRankSum=-0.717;QD=3.71;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:17:30.99:102,0,31 11 59480951 rs499033 T C 527.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.542;QD=29.33;ReadPosRankSum=1.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:20.55:561,21,0 11 59611362 rs35792306 G A 433.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.996;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=5.787;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=1.661;QD=14.95;ReadPosRankSum=-1.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:464,0,315 11 59623378 rs34324219 C A 492.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.845;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.606;QD=13.68;ReadPosRankSum=-1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:523,0,330 11 59623433 rs1042613 G A 210.94 PASS 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A G 141.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.309;QD=11.75;ReadPosRankSum=1.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:171,0,232 11 63176367 rs4088469 G A 640.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.194;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.677;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.948;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:670,0,513 11 63283220 rs3740633 C G 202.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.984;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-0.289;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:232,0,261 11 63413962 rs67692192 AAAAT A 234.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.6663;MQ0=0;MQ=52.03;QD=46.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:276,15,0 11 63487782 rs116807490 C T 965.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.984;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.834;QD=13.99;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,35:69:99:995,0,977 11 63585965 . C CT 588.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.742;DP=30;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=83.6922;MQ0=0;MQ=60.72;MQRankSum=-0.731;QD=19.61;ReadPosRankSum=-1.528;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:627,0,335 11 63663130 rs67114316 CTTTTTTTTTTTTT C 443.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=33;FS=6.990;HRun=28;HaplotypeScore=363.2836;MQ0=0;MQ=51.06;MQRankSum=0.480;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.480;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,5:33:1.85:481,0,2 11 63676313 rs56263226 G GC 247.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=24.0063;MQ0=0;MQ=62.36;QD=27.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:24.07:290,24,0 11 63884027 rs614035 C T 746.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.873;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.914;QD=14.63;ReadPosRankSum=0.499;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:776,0,606 11 63885287 rs947939 C T 462.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.013;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.773;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=1.171;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:43:99:493,0,521 11 63885305 rs3824854 C T 611.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.236;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=-1.284;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:641,0,499 11 63885704 rs677447 C T 618.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.108;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.559;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.011;QD=14.38;ReadPosRankSum=1.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:43:99:648,0,496 11 63962152 rs2282490 T C 128.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.532;QD=11.72;ReadPosRankSum=-0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:159,0,163 11 63962162 rs67546972 G A 66.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:96.65:97,0,104 11 63978067 rs78038516 C G 958.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.712;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.124;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,38:96:99:989,0,1699 11 63987320 . A AG 206 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.616;DP=23;FS=8.822;HRun=5;HaplotypeScore=70.8458;MQ0=0;MQ=60.47;MQRankSum=0.616;QD=8.96;ReadPosRankSum=0.978;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:245,0,356 11 63987339 rs11231726 C T 105.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.986;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=9.425;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.591;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:135,0,357 11 63991581 rs11549690 G A 257.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.536;QD=11.68;ReadPosRankSum=0.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:287,0,348 11 63991801 rs1059440 T C 868.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.150;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=0.777;QD=15.24;ReadPosRankSum=-0.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:899,0,713 11 64000410 rs1058735 C G 124.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.919;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:155,0,261 11 64009879 rs4672 G A 424.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.850;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=5.023;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=-0.833;QD=11.18;ReadPosRankSum=0.512;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:455,0,460 11 64010085 rs2070765 A G 105.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:135,0,142 11 64024048 rs28395875 G C 722 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.081;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=9.141;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.203;QD=15.36;ReadPosRankSum=1.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:752,0,576 11 64024056 rs588177 C A 611.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=4.017;HRun=0;HaplotypeScore=2.9919;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.472;QD=11.33;ReadPosRankSum=-0.525;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,23:54:99:642,0,961 11 64026144 rs2244625 G A 522.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.166;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-1.166;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.554;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,23:63:99:553,0,1050 11 64026639 rs12146487 G A 55.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=6.22;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:85.98:86,0,166 11 64070930 rs66968227 T C 184.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.025;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=12.27;ReadPosRankSum=0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:214,0,213 11 64108262 rs71456309 T G 102.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.855;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:132,0,227 11 64109118 rs647152 T G 57.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.214;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.49:87,0,194 11 64124515 rs612448 T C 604.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.413;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.120;HRun=3;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.650;QD=8.63;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,26:70:99:634,0,1237 11 64127902 rs2289573 G A 74.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:105,0,26 11 64135541 rs34231941 GTC G 537.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=78.5836;MQ0=0;MQ=59.35;MQRankSum=0.537;QD=22.40;ReadPosRankSum=-0.060;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:577,0,434 11 64137218 . C T 66.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.15;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:91.15:97,0,91 11 64137875 rs11606081 T C 68.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.212;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:98.76:99,0,232 11 64138805 rs11542299 T C 335.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.680;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.09;MQRankSum=-0.264;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:366,0,387 11 64326795 rs2277312 A G 71.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.406;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.76:102,0,83 11 64418900 rs526338 G A 628.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.569;QD=29.94;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:21:15.42:662,15,0 11 64497185 rs34152691 CAAAA C 416.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.061;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=165.4796;MQ0=0;MQ=46.03;MQRankSum=-2.061;QD=18.95;ReadPosRankSum=-1.096;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:456,0,174 11 64559898 rs10897526 T C 77.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=8.66;ReadPosRankSum=0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:108,0,108 11 64567047 rs3832792 GCA G 273.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=31.5511;MQ0=0;MQ=60.00;QD=30.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24.08:316,24,0 11 64596916 rs10897529 C T 1139.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=-0.182;QD=29.99;ReadPosRankSum=1.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,37:38:90.28:1173,90,0 11 64603844 rs71471960 A ACTCACCCAC 1628.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=88.2424;MQ0=0;MQ=41.21;QD=108.58;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,6:15:42.14:1671,42,0 11 64622869 rs10897533 G C 529.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.361;DB;DP=43;Dels=0.02;FS=1.331;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=59.31;MQRankSum=-0.207;QD=12.03;ReadPosRankSum=0.644;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:559,0,584 11 64645871 rs1211284 A G 472.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.777;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.448;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.948;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:502,0,781 11 64646034 rs12801172 G C 60.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:91,0,29 11 64697950 rs111934356 C T 601.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.336;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=7.015;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.238;QD=11.14;ReadPosRankSum=-1.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:632,0,984 11 64702765 rs2307669 C CTCTG 533.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=20.7251;MQ0=0;MQ=44.98;QD=76.26;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:21.07:576,21,0 11 64707978 rs586616 A G 118.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.729;QD=13.12;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:148,0,123 11 64714780 rs7482817 C A 78.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.700;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.077;QD=6.02;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:108,0,319 11 64787880 rs79393344 T C 98.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:128,0,161 11 64794918 rs72055794 T TG 174.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.3610;MQ0=0;MQ=60.00;QD=34.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:216,15,0 11 64851305 rs947799 C T 94.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=18.99;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:13.61:125,0,14 11 64851453 rs35819335 CT C 410.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.236;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=45.6582;MQ0=0;MQ=58.26;MQRankSum=2.587;QD=21.60;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:450,0,213 11 64876383 . 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T G 68.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.87;MQRankSum=1.231;QD=13.74;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.70:99,0,58 11 64942416 rs11227144 G T 87.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=46.63;MQRankSum=-1.754;QD=12.46;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:117,0,101 11 64950843 rs2277307 A T 106.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=17.70;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:50.33:136,0,50 11 64950970 rs17583 C T 387.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.608;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.64;MQRankSum=1.171;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.258;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:417,0,463 11 64972354 rs2271450 A T 331.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.476;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=-0.117;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:361,0,501 11 64977424 rs2271448 C T 315.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.055;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.307;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.474;QD=18.54;ReadPosRankSum=1.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:345,0,147 11 64977484 . C G 233.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.083;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.142;QD=9.74;ReadPosRankSum=-1.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:264,0,321 11 64977644 rs625750 C T 99.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:129,0,103 11 64981522 rs11605576 C A 84.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27.97:114,0,28 11 64981837 rs12420456 C T 102.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.16;MQRankSum=-0.633;QD=9.29;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:11:99:132,0,127 11 64981853 rs239259 G T 111.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.73;MQRankSum=1.482;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:141,0,226 11 65004301 rs2904982 G T 167.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.500;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=-0.869;QD=5.08;ReadPosRankSum=-1.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,9:33:99:198,0,680 11 65046984 rs35778465 C CT 455.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.101;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=58.0760;MQ0=0;MQ=57.35;MQRankSum=0.298;QD=18.20;ReadPosRankSum=0.775;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:494,0,203 11 65049278 rs611910 A G 291.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.295;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.884;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:322,0,163 11 65063553 rs626555 A T 258.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.576;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=6.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.618;QD=7.19;ReadPosRankSum=0.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,11:36:99:289,0,857 11 65064690 rs487989 G A 490.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.566;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.951;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.902;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.585;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:520,0,499 11 65123246 rs612392 T G 131.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.729;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:162,0,122 11 65161129 rs2073800 C T 186.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.161;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.368;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.255;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:217,0,436 11 65168281 rs2073801 C T 77.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.7632;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:22.32:107,0,22 11 65271832 rs3200401 C T 256.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.636;QD=18.30;ReadPosRankSum=0.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:83.67:286,0,84 11 65302893 rs947791 G A 541.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.980;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.286;QD=15.48;ReadPosRankSum=1.263;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:572,0,387 11 65304124 rs56296579 C T 1452.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.458;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.851;HRun=0;HaplotypeScore=1.9963;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.693;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,54:91:99:1482,0,928 11 65308174 rs72348679 C CGGGCGGGGCCTACAGGAG 557.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.259;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=321.5832;MQ0=0;MQ=56.05;MQRankSum=-0.710;QD=21.45;ReadPosRankSum=1.226;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,4:26:99:597,0,911 11 65314277 . 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G A 858.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.714;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.6778;MQ0=0;MQ=58.64;MQRankSum=0.129;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,36:86:99:888,0,1243 11 65427568 rs732072 G A 758.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.209;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=7.728;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-0.584;QD=13.08;ReadPosRankSum=-1.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,30:58:99:789,0,624 11 65480768 rs4244812 A G 232.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.164;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.551;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:263,0,125 11 65495211 rs11227279 G A 113.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=12.58;ReadPosRankSum=1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:87.02:143,0,87 11 65495696 rs78412025 T C 211.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.967;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.107;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:49.29:242,0,49 11 65617113 rs67093299 AG A 196.34 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=19.6620;MQ0=0;MQ=57.05;QD=24.54;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.06:238,21,0 11 65771050 rs56984820 TCACTGAG T 1100.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=152.3759;MQ0=0;MQ=40.69;QD=55.02;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,17:20:51.17:1142,51,0 11 65789461 . 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T G 138.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.156;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.553;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:168,0,259 11 68830226 rs10792015 G A 221.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.848;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.000;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:251,0,233 11 68831293 rs11228472 C G 57.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=9.60;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:87.61:88,0,105 11 68838028 rs3829236 C T 323.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.085;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.211;QD=17.03;ReadPosRankSum=-1.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:353,0,198 11 68839334 rs10896415 G A 307.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.412;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.3149;MQ0=0;MQ=57.20;MQRankSum=1.050;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.629;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:22:99:338,0,192 11 68840014 rs3750963 G A 99.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=14.16;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.42:129,0,88 11 68840160 rs3750965 A G 358.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.527;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=-0.194;QD=14.34;ReadPosRankSum=1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:388,0,205 11 68840397 rs1466221 T C 299.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.962;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.524;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.227;QD=8.80;ReadPosRankSum=-0.997;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:329,0,552 11 68840412 rs1466220 C G 315.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=-0.246;QD=7.88;ReadPosRankSum=-1.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:345,0,601 11 68845867 rs7945151 G A 101.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.46;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:131,0,99 11 68846578 rs74685061 G A 174.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=17.49;ReadPosRankSum=-1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:205,0,135 11 68851466 rs896973 G T 283.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.446;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.400;QD=12.32;ReadPosRankSum=1.631;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:313,0,264 11 68853242 . AGCACCCTGCT A 495.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.502;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=186.7720;MQ0=0;MQ=53.91;MQRankSum=-2.396;QD=22.51;ReadPosRankSum=0.479;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,5:22:99:534,0,2431 11 68855363 rs3829241 G A 59.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:89.31:89,0,98 11 69063136 rs7117236 C T 537.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.036;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=6.225;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.823;QD=9.77;ReadPosRankSum=0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:55:99:567,0,826 11 69063393 rs7103126 T C 1596.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.196;DB;DP=144;Dels=0.00;FS=0.620;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.080;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.393;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:77,67:144:99:1627,0,2025 11 69063510 rs11539762 G A 593.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.037;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.250;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.559;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.056;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:623,0,935 11 69063728 rs11228610 G C 57.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.22;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:87.73:88,0,130 11 69070800 rs4930676 C T 137.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.150;QD=8.57;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:167,0,245 11 69071115 rs4930677 C T 350 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.323;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.95;MQRankSum=-0.810;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.522;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:380,0,499 11 69071377 rs11605044 T C 51.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=1.9048;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.307;QD=5.76;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:81.87:82,0,110 11 69251982 rs77247065 C T 83.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.66:113,0,33 11 69252000 rs11263441 G A 81.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=16.26;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.54:111,0,27 11 69462910 rs9344 G A 717.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.815;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=2.223;QD=16.69;ReadPosRankSum=2.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:748,0,436 11 69486591 . 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G A 174.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.573;QD=19.37;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:83:204,0,83 11 71238675 rs11270450 C CCTGCTGCCAGTCCAGCTGCTGTAAGCCCTG 6373.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.862;DB;DP=174;FS=15.113;HRun=0;HaplotypeScore=3548.5915;MQ0=4;MQ=46.52;MQRankSum=0.630;QD=32.03;ReadPosRankSum=0.572;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:177,6:174:99:6374,0,105 11 71249386 rs7101792 T C 5820.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.397;DB;DP=191;Dels=0.00;FS=3.321;HRun=0;HaplotypeScore=10.2482;MQ0=4;MQ=47.17;MQRankSum=0.708;QD=30.48;ReadPosRankSum=1.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,189:191:99:5821,431,0 11 71259822 rs10792769 A G 1799.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.006;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.778;QD=16.36;ReadPosRankSum=-1.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,57:110:99:1830,0,1371 11 71260243 rs2664 T C 642.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.074;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=4.563;HRun=2;HaplotypeScore=1.9961;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=1.042;QD=12.12;ReadPosRankSum=-0.490;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:672,0,819 11 71276632 rs36164574 T C 1168.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.872;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=0.771;HRun=1;HaplotypeScore=7.4782;MQ0=0;MQ=56.07;MQRankSum=-0.893;QD=11.57;ReadPosRankSum=0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,51:101:99:1198,0,1185 11 71276657 rs71049990 A AGGCTGTGGCTCCGGCTGTGGG 826.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.206;DB;DP=75;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1124.9548;MQ0=0;MQ=54.84;MQRankSum=-1.402;QD=11.03;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,15:75:99:866,0,1111 11 71276831 rs71473841 C G 1007.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.468;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=8.992;HRun=0;HaplotypeScore=8.7413;MQ0=8;MQ=40.62;MQRankSum=0.324;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.591;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:77:99:1037,0,618 11 71277273 rs66487667 T G 633.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.559;HRun=1;HaplotypeScore=4.2238;MQ0=0;MQ=59.24;MQRankSum=-0.210;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:663,0,659 11 71380740 . C G 440.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.084;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9898;MQ0=3;MQ=42.77;MQRankSum=-0.167;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.921;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:471,0,319 11 71381158 rs4245449 T G 89.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.50;MQRankSum=1.001;QD=9.92;ReadPosRankSum=-1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:67.52:119,0,68 11 71506121 rs12801684 T G 527.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.950;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.079;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.535;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:557,0,344 11 71507311 rs4522196 T A 158.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.898;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.82;MQRankSum=0.597;QD=9.89;ReadPosRankSum=-2.657;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:188,0,303 11 71510521 . G A 99.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.58;MQRankSum=0.421;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:77.36:130,0,77 11 71511869 rs3750916 C T 133.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.33;MQRankSum=2.069;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:163,0,226 11 71511925 rs3750915 C A 61.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.15;MQRankSum=1.920;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.61:92,0,184 11 71515583 rs59364062 CG C 190.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=92.1694;MQ0=2;MQ=49.04;MQRankSum=-4.055;QD=7.34;ReadPosRankSum=0.954;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:24:99:230,0,543 11 71515610 rs10898623 A G 317.83 PASS 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CATT C 623.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.995;DP=28;FS=5.869;HRun=0;HaplotypeScore=106.9538;MQ0=0;MQ=57.31;MQRankSum=0.119;QD=22.28;ReadPosRankSum=1.014;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:663,0,526 11 78437182 rs689369 G A 2557.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.567;DB;DP=197;Dels=0.00;FS=7.075;HRun=0;HaplotypeScore=3.6455;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=-0.081;QD=12.98;ReadPosRankSum=0.839;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:99,97:197:99:2588,0,2676 11 78440736 rs512004 G C 971.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.618;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=6.577;HRun=2;HaplotypeScore=3.9185;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.165;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.685;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,40:75:99:1001,0,987 11 79699867 rs36111599 G GCA 1322.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.522;DB;DP=67;FS=3.445;HRun=0;HaplotypeScore=177.7757;MQ0=0;MQ=60.14;MQRankSum=0.588;QD=19.74;ReadPosRankSum=0.380;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:1362,0,1320 11 79700145 rs585747 A G 430.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.031;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,16:24:99:461,0,203 11 80364767 rs34513458 C CATT 772.10 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.6386;MQ0=0;MQ=53.47;QD=70.19;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:814,33,0 11 80744231 rs10897744 G A 160.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=12.38;ReadPosRankSum=1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:191,0,200 11 81205747 rs34835085 T TAGC 255.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=18.7861;MQ0=0;MQ=61.53;QD=36.46;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:7:15.05:297,15,0 11 81701953 rs12577531 G A 114.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=16.38;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:24.96:145,0,25 11 82561339 rs13306597 G A 115.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.067;QD=8.23;ReadPosRankSum=-1.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:145,0,247 11 82564294 rs2298668 T G 365.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.063;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=1.127;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:395,0,401 11 82643760 rs7947780 G T 285.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.081;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.352;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.546;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:315,0,522 11 82752499 rs59637246 TAGAA T 421.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=41.7219;MQ0=0;MQ=54.99;QD=52.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:463,24,0 11 82875359 rs7130527 G A 143.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.663;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=1.913;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.859;QD=8.42;ReadPosRankSum=-1.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:173,0,359 11 82878393 rs17144692 G A 134.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.378;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.467;QD=11.20;ReadPosRankSum=1.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:164,0,204 11 82880341 rs12284052 G A 428.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=12.164;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.209;QD=15.32;ReadPosRankSum=-1.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:459,0,293 11 82895826 rs118001085 A G 92.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.869;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.906;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:123,0,323 11 82905679 rs11233519 C T 272.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.488;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:303,0,188 11 82924358 rs617170 T C 324.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.190;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.321;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.184;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.535;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:355,0,692 11 83501434 . C T 250.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.655;DP=21;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.317;QD=11.91;ReadPosRankSum=-1.091;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:280,0,284 11 83674180 rs7952093 T A 71.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.29;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.39:101,0,58 11 83691458 rs10792700 G C 249.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.18;ReadPosRankSum=1.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:279,0,163 11 83691501 rs56209818 A G 249.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.601;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.263;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:279,0,352 11 85418591 rs3069561 AACAG A 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T A 63.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.98;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:93.82:94,0,177 11 102595413 rs11225394 C T 277.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.909;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.636;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:307,0,117 11 102595492 rs3765620 G A 1185 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=3.713;HRun=1;HaplotypeScore=2.9959;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.061;QD=10.49;ReadPosRankSum=1.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,48:113:99:1215,0,1673 11 102642716 rs57049734 A AT 722.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=35.9579;MQ0=0;MQ=57.77;QD=42.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:765,51,0 11 102643718 rs17359286 G T 642.43 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.411;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.636;QD=14.56;ReadPosRankSum=-2.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:394,0,303 11 102738793 rs35342965 G GT 459.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=63.1426;MQ0=0;MQ=60.90;QD=38.29;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.12:501,36,0 11 102816343 rs3758853 C G 261.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=16.36;ReadPosRankSum=0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:292,0,192 11 102816356 rs3758854 G A 360.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.331;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=4.545;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.034;QD=16.39;ReadPosRankSum=1.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:391,0,212 11 102822649 rs11225490 T C 224.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.028;QD=8.97;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:254,0,530 11 102822733 rs3819089 C T 1082.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.979;DB;DP=119;Dels=0.00;FS=6.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.550;QD=9.10;ReadPosRankSum=-1.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,43:119:99:1113,0,1987 11 102826539 rs2252070 C T 59.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.40:89,0,103 11 102987322 rs116666272 A G 407.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.182;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=12.096;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=1.169;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.169;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:437,0,566 11 103013954 rs2514006 G T 122.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.153;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.428;QD=5.83;ReadPosRankSum=-1.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:152,0,420 11 103033914 rs657936 A T 1152.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.184;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=5.178;HRun=0;HaplotypeScore=2.8408;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=-1.473;QD=17.47;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,38:66:99:1183,0,819 11 103091546 rs670464 G A 79.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.79;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:109,0,29 11 103107117 rs78586860 C T 125.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:156,0,245 11 103124218 . A G 256.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.821;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.733;QD=14.28;ReadPosRankSum=0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:287,0,268 11 103152919 rs12574626 G A 201.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.741;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.000;QD=8.38;ReadPosRankSum=-0.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:231,0,390 11 103174031 . AC A 254.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=28;FS=1.691;HRun=3;HaplotypeScore=71.0812;MQ0=0;MQ=60.39;MQRankSum=-0.590;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.869;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:294,0,826 11 103182795 . G A 382.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.547;DP=39;Dels=0.00;FS=5.301;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=0.332;QD=9.80;ReadPosRankSum=-2.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:412,0,709 11 103229027 rs2566913 T C 154.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.589;QD=19.26;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:26.71:184,0,27 11 103270607 rs10895417 G A 358.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9048;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.637;QD=14.93;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:388,0,276 11 103780455 rs10791649 A G 1274.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.794;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=-0.798;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,49:106:99:1305,0,1474 11 103780610 rs4754997 C T 165.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.049;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:195,0,280 11 103907956 rs7102675 G A 386.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.652;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.333;HRun=0;HaplotypeScore=1.6567;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.455;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:417,0,473 11 103908735 rs1052313 G A 239.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.061;QD=15.95;ReadPosRankSum=-0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:269,0,122 11 104846195 . C T 244.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.821;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.844;QD=13.60;ReadPosRankSum=1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:275,0,241 11 105482909 rs79868289 G T 66.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.7216;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=0.550;QD=9.45;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:96.15:96,0,113 11 105732687 rs2277280 C T 90.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:120,0,166 11 105732731 rs2277279 C T 202.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.060;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-1.317;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:233,0,424 11 105768983 rs609239 T C 150.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.205;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.718;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:181,0,141 11 105782654 rs72978094 C T 152.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=2.285;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:182,0,164 11 105795065 rs3758795 T C 232.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.337;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.103;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.870;QD=10.58;ReadPosRankSum=1.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:263,0,374 11 105844923 rs509512 C A 229.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.696;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:259,0,156 11 105923564 rs3737347 C T 277.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.115;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.952;QD=11.11;ReadPosRankSum=0.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:308,0,352 11 106408031 rs11279851 TCAAATG T 977.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.976;DB;DP=71;FS=3.072;HRun=0;HaplotypeScore=449.5627;MQ0=0;MQ=55.37;MQRankSum=-3.982;QD=13.77;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,17:71:99:1017,0,5838 11 106408071 rs1791468 C T 842.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.411;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=3.989;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.94;MQRankSum=-0.730;QD=7.95;ReadPosRankSum=-1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,33:106:99:872,0,1783 11 106579204 rs12420232 C A 245.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.324;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.540;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.315;QD=9.09;ReadPosRankSum=-1.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:275,0,406 11 106647137 . A ACTCAAACT 602.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DP=19;FS=9.615;HRun=0;HaplotypeScore=108.5338;MQ0=0;MQ=52.92;MQRankSum=-3.464;QD=31.73;ReadPosRankSum=-1.359;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,5:19:99:642,0,933 11 107431637 rs662349 C A 115.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.040;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=3.3096;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.768;QD=5.03;ReadPosRankSum=-0.835;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:146,0,483 11 107462977 rs11407871 G GT 433.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.5545;MQ0=0;MQ=60.98;QD=39.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.11:476,33,0 11 107675566 rs495836 C T 97.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=8.195;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:127,0,259 11 107677399 rs67327391 C CA 1092.73 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.093;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.124;QD=5.44;ReadPosRankSum=-0.619;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:139,0,400 11 107917087 rs7117111 A G 105.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=1.862;HRun=1;HaplotypeScore=2.9889;MQ0=0;MQ=57.79;MQRankSum=0.713;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:136,0,336 11 107925557 rs2271853 T C 106.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.811;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:137,0,196 11 107943260 rs113786799 TAGTG T 200.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=33.5248;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.198;QD=28.66;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:99:240,0,143 11 107948858 rs10890807 T A 73.55 PASS 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C A 198.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.914;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.119;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:229,0,312 11 113268059 rs11604671 G A 351.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.183;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9945;MQ0=0;MQ=57.54;MQRankSum=-0.296;QD=19.54;ReadPosRankSum=-0.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:18:99:382,0,145 11 113270160 rs2734849 A G 72.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:57.70:103,0,58 11 113270374 rs2734848 C T 169.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.101;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:199,0,130 11 113281397 rs6276 C T 359.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.501;QD=17.98;ReadPosRankSum=-0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:390,0,240 11 113283459 rs6277 G A 520.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=3.086;HRun=0;HaplotypeScore=3.5748;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.425;QD=15.31;ReadPosRankSum=1.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:550,0,319 11 113283477 rs6275 A G 464.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.296;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.073;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=14.07;ReadPosRankSum=0.958;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:494,0,370 11 113285299 rs2511521 G A 108.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.44;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:95.07:138,0,95 11 113286125 . T TG 351.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.927;DP=48;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=112.2566;MQ0=0;MQ=60.23;MQRankSum=0.370;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.179;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,14:48:99:390,0,829 11 113566327 rs45503699 C A 75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.94:105,0,25 11 113618936 rs2271261 A T 229.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.584;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=1.971;HRun=0;HaplotypeScore=1.9916;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.176;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.810;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:260,0,306 11 113659993 rs906846 A C 313.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DB;DP=20;Dels=0.05;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9500;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=1.890;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.810;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:344,0,226 11 113661422 rs1713674 A G 941.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.936;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=1.805;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.40;MQRankSum=1.610;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:972,0,1250 11 113688357 . 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C T 565.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.462;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=1.883;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:595,0,684 11 116628401 rs2075295 T C 817.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.513;HRun=1;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=58.88;MQRankSum=-0.288;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:848,0,833 11 116631391 rs3741301 T C 662.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=0.448;QD=17.45;ReadPosRankSum=-0.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:693,0,434 11 116631690 rs3741300 G A 171.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.133;QD=17.13;ReadPosRankSum=1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:201,0,125 11 116633825 rs918144 C T 687.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.547;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.924;HRun=0;HaplotypeScore=3.8616;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=-0.167;QD=8.93;ReadPosRankSum=-0.145;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,26:77:99:718,0,1430 11 116633862 rs11820589 G A 949.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.830;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.791;HRun=0;HaplotypeScore=10.9714;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.502;QD=9.50;ReadPosRankSum=0.269;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,39:100:99:980,0,1537 11 116655600 rs35120633 G A 258.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=6.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=21.51;ReadPosRankSum=0.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:84.34:288,0,84 11 116657561 rs3741298 C T 104.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.95;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:135,0,101 11 116661330 . 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T G 140.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:94.65:170,0,95 11 116703398 rs12721084 G A 427.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.458;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.764;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:458,0,433 11 116703640 rs5128 G C 321.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.549;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=6.761;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.637;QD=13.41;ReadPosRankSum=1.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:352,0,315 11 116718366 rs628418 C G 858.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=5.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.363;QD=21.46;ReadPosRankSum=-0.848;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:40:99:888,0,313 11 116720021 rs113661446 G C 364.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.454;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=10.740;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=-0.779;QD=15.17;ReadPosRankSum=-1.068;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:394,0,303 11 116720089 rs2289893 T C 127.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:84.80:157,0,85 11 116728630 rs12225230 G C 504.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=0;HaplotypeScore=1.9953;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.669;QD=15.76;ReadPosRankSum=-0.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:534,0,366 11 116729013 rs539858 T C 175.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=2.281;QD=13.46;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:205,0,163 11 116729196 rs541586 T C 893.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.549;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=3.670;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=-0.098;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:923,0,615 11 116744447 rs1263160 T C 68.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.406;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:63.15:98,0,63 11 116766899 rs10892044 T C 596.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.267;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=-0.098;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:626,0,779 11 116827565 rs587703 A G 719.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.864;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.303;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:750,0,743 11 116906728 rs4938327 T C 138.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.59;MQRankSum=-0.572;QD=17.33;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:52.89:169,0,53 11 117008946 rs504068 T C 164.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.249;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.891;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=51.55;MQRankSum=-2.019;QD=5.32;ReadPosRankSum=-0.581;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:195,0,490 11 117030581 rs1871757 T A 64.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=12.83;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.25:94,0,61 11 117030624 rs55646472 AT A 193.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DB;DP=24;FS=2.570;HRun=11;HaplotypeScore=62.1357;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=0.249;QD=8.06;ReadPosRankSum=0.036;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:232,0,219 11 117034729 rs10790175 T C 91.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.685;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.791;QD=5.39;ReadPosRankSum=-2.477;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:122,0,395 11 117052513 . C T 837.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.888;DP=63;Dels=0.00;FS=7.329;HRun=2;HaplotypeScore=1.8997;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.021;QD=13.29;ReadPosRankSum=-2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,35:63:99:867,0,725 11 117059347 rs90192 C T 83.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.365;QD=8.35;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:113,0,180 11 117059552 rs474339 G A 1224.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.057;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=2.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.80;MQRankSum=-1.653;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.427;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,47:116:99:1254,0,1893 11 117064693 rs521171 C G 339.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.540;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.694;QD=13.07;ReadPosRankSum=0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:370,0,407 11 117074229 rs641620 T C 234.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.299;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=57.85;MQRankSum=0.144;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:265,0,314 11 117077034 rs28590104 A G 331.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.121;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=47.77;MQRankSum=-1.397;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,22:38:99:362,0,497 11 117090545 rs3882895 T C 195.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.35;MQRankSum=-0.101;QD=15.01;ReadPosRankSum=1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:225,0,147 11 117095280 . C T 545.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DP=36;Dels=0.00;FS=3.259;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.539;QD=15.15;ReadPosRankSum=-0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:575,0,665 11 117095283 rs59781045 C T 563.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=3.233;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.813;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.515;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:593,0,699 11 117096652 rs2277287 G A 819.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.624;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.546;HRun=1;HaplotypeScore=1.6517;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.769;QD=13.66;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:850,0,793 11 117097931 rs45528535 C T 561.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.609;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.242;QD=18.71;ReadPosRankSum=0.726;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:591,0,233 11 117097952 rs2306473 C T 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C T 231.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.205;DP=24;Dels=0.00;FS=3.892;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=0.790;QD=9.63;ReadPosRankSum=-0.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:261,0,360 11 119244095 rs587985 C T 118.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=1.952;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.264;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:149,0,392 11 119291480 rs3138091 G A 147.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.694;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.506;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:177,0,401 11 119291688 rs3751026 A G 486.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.928;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=1.195;QD=18.01;ReadPosRankSum=-0.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:516,0,294 11 119497488 rs7116091 C T 82.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=11.76;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:57.73:112,0,58 11 119545224 rs113705862 T TG 1426.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.692;DB;DP=100;FS=9.858;HRun=8;HaplotypeScore=245.0964;MQ0=0;MQ=59.77;MQRankSum=-0.410;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.243;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:1465,0,894 11 119548698 rs2292293 T G 77.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.30;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:107,0,29 11 119692663 rs542903 T C 452.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.080;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.492;HRun=0;HaplotypeScore=1.6640;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.029;QD=16.74;ReadPosRankSum=-1.481;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:482,0,303 11 119692871 rs11217524 T C 450.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.456;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.321;QD=16.67;ReadPosRankSum=-0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:480,0,319 11 120007889 rs470645 G T 77.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.380;QD=6.49;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:108,0,244 11 120097498 rs873059 T C 382.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.488;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.992;QD=27.31;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:4.56:413,5,0 11 120175749 rs7110845 A G 431.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.242;QD=11.06;ReadPosRankSum=-1.009;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:39:99:461,0,545 11 120176310 rs12790634 G A 961.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.174;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.534;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,36:66:99:991,0,732 11 120707644 rs3934628 C T 120.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:151,0,237 11 120929151 rs35380371 C G 729.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.113;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=1.961;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=-0.500;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:759,0,1084 11 120973430 rs35507522 A G 843.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.685;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.928;HRun=1;HaplotypeScore=5.9233;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=-0.753;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.926;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,36:71:99:874,0,871 11 120973516 rs56358414 C T 492.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.020;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=2.127;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.779;QD=15.38;ReadPosRankSum=0.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:522,0,435 11 120976707 . 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A G 505.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.162;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=14.43;ReadPosRankSum=1.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:535,0,375 11 121175062 rs116993308 A T 322.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.585;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=-0.023;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:352,0,402 11 121414550 rs682021 G A 237.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.531;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.531;QD=21.63;ReadPosRankSum=1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:86.76:268,0,87 11 121425851 rs77361418 C T 324.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.778;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-1.734;QD=9.26;ReadPosRankSum=1.263;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:354,0,553 11 121437571 rs1784920 A G 51.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.29;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:81.04:81,0,132 11 121448090 rs2070045 T G 738.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.756;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.045;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=-0.545;QD=11.53;ReadPosRankSum=-1.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:768,0,792 11 121448183 rs3824966 C G 152.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=5.647;HRun=2;HaplotypeScore=2.8489;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.700;QD=6.35;ReadPosRankSum=-0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:24:99:182,0,473 11 121489416 rs1784933 G A 405.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=2.176;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=0.767;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.066;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:436,0,413 11 122484431 rs7930461 T G 243.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.950;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=7.521;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.032;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:273,0,246 11 122489595 rs1308 G A 383.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.296;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.702;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.675;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:34:99:414,0,485 11 122489782 rs10750214 A G 103.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6828;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.956;QD=13.00;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:89.84:134,0,90 11 122490000 rs4489754 T C 59.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.633;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:89.84:90,0,193 11 122653596 . C CA 176.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=30.6123;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:97.03:216,0,97 11 122653689 rs12575062 C A 1064.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.897;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.666;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:86:99:1094,0,1255 11 122659691 rs2370779 T C 626.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=0.061;QD=19.59;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:657,0,348 11 122665437 rs872414 A G 668.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=1.175;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:699,0,802 11 122666790 rs4936746 C T 208.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.600;QD=17.37;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:238,0,118 11 122677047 rs3819248 T C 76.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:52.71:106,0,53 11 122678911 rs2276408 C T 996.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.708;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.6199;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-0.045;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,34:78:99:1027,0,1257 11 122888570 rs7933723 G T 227.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9632;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.836;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:257,0,565 11 122920597 . 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TG T 409.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.262;DP=23;FS=2.046;HRun=5;HaplotypeScore=126.1826;MQ0=0;MQ=57.08;MQRankSum=1.032;QD=17.80;ReadPosRankSum=-1.115;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:448,0,142 12 8377445 . T C 429.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.046;DP=23;Dels=0.00;FS=4.330;HRun=0;HaplotypeScore=2.9982;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.525;QD=18.66;ReadPosRankSum=-1.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,17:23:99:459,0,111 12 8382209 rs9669714 C T 95.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.88;MQRankSum=1.754;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:68.62:126,0,69 12 8386878 rs10841037 C T 1136.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.100;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=1.951;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=49.01;MQRankSum=0.891;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,48:86:99:1166,0,860 12 8386911 rs2968743 G A 916 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=3.074;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=48.99;MQRankSum=0.146;QD=10.78;ReadPosRankSum=-0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,39:85:99:946,0,1113 12 8388349 rs7973130 A G 807.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.054;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.547;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=49.51;MQRankSum=1.854;QD=17.94;ReadPosRankSum=0.574;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,31:45:99:837,0,324 12 8389625 rs2965691 C G 446.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.661;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.449;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.61;MQRankSum=0.380;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:476,0,361 12 8512315 rs12307145 G A 66.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.92;MQRankSum=-2.637;QD=5.53;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:96.31:96,0,221 12 8689668 rs112683446 C T 204.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.942;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.999;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=0.029;QD=8.18;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:234,0,469 12 8693245 rs34396368 A AC 225.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=29.5040;MQ0=0;MQ=53.82;QD=37.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:268,18,0 12 8693419 rs58920673 T TTCTC 1292.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=93.4501;MQ0=0;MQ=56.76;QD=44.56;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:9,20:29:60.19:1334,60,0 12 8759445 rs2518144 C T 357.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.704;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-1.140;QD=13.24;ReadPosRankSum=1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:387,0,389 12 8808006 rs11046589 T C 255.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.723;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=0;HaplotypeScore=5.1533;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.607;QD=9.48;ReadPosRankSum=-1.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:286,0,362 12 8914709 rs2969090 A G 262.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.196;QD=17.50;ReadPosRankSum=1.110;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:293,0,116 12 8975901 rs17792974 C T 384.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.179;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.698;QD=9.62;ReadPosRankSum=-1.397;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,15:40:99:415,0,743 12 8982318 . T C 716.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.376;DP=50;Dels=0.00;FS=4.372;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=1.277;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.584;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:747,0,498 12 9001645 . G A 103.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.74;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.20:133,0,97 12 9013755 rs1860967 C T 957.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.063;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=4.674;HRun=0;HaplotypeScore=3.4898;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.855;QD=12.44;ReadPosRankSum=-1.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,35:77:99:988,0,1030 12 9020912 rs1476910 A G 1367.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.350;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.733;HRun=0;HaplotypeScore=2.6961;MQ0=0;MQ=58.34;MQRankSum=-1.037;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,48:107:99:1398,0,1479 12 9021053 rs5796325 C CGTGTGT 846.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.854;DB;DP=54;FS=10.274;HRun=0;HaplotypeScore=316.8037;MQ0=0;MQ=54.12;MQRankSum=-2.287;QD=15.68;ReadPosRankSum=-0.392;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,10:54:99:886,0,1300 12 9021256 rs12816475 C T 171.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.133;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.447;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:88.28:201,0,88 12 9070366 rs4883198 T A 136.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=54.65;MQRankSum=-1.493;QD=9.75;ReadPosRankSum=1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:167,0,174 12 9085099 rs887783 G A 142.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=17.81;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.74:172,0,96 12 9086683 rs1805735 A T 226.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.847;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:257,0,200 12 9095226 rs1805731 T C 139.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=17.50;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.94:170,0,96 12 9097933 rs1805725 C A 273.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.635;QD=17.10;ReadPosRankSum=-0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:304,0,233 12 9098995 rs3217106 G GAAC 396.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.521;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=112.7704;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.765;QD=15.24;ReadPosRankSum=0.276;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:435,0,691 12 9099034 rs4140911 G A 201.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.872;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:231,0,175 12 9222286 rs1805664 C T 348.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.404;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.067;HRun=2;HaplotypeScore=2.8999;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.202;QD=15.85;ReadPosRankSum=-2.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:379,0,294 12 9222456 . C A 236.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.887;DP=15;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.473;QD=15.77;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:267,0,159 12 9229629 rs1805654 C T 211.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=21.14;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:70.94:241,0,71 12 9232268 rs669 T C 310.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.586;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-1.296;QD=8.87;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:340,0,491 12 9242924 rs2193005 G C 570.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.454;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=1;MQ=59.18;MQRankSum=1.586;QD=8.52;ReadPosRankSum=-0.846;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,25:67:99:601,0,1030 12 9256972 . C T 62.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:92.18:92,0,119 12 9260280 rs226388 T C 952.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.35;MQRankSum=1.745;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.539;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,40:71:99:982,0,837 12 9268473 rs226380 A C 134.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.267;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:164,0,255 12 9312951 rs57006764 G A 602.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.757;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=5.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=-0.882;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:633,0,852 12 9315209 rs10771381 A G 717.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.461;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.012;HRun=1;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-1.381;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.508;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,28:57:99:748,0,750 12 9316773 rs3213831 T C 760.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.506;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=2.972;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:791,0,1117 12 9316907 rs1863839 C T 393.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.171;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=2.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.298;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.695;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:423,0,472 12 9317784 rs2277413 A G 637.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.577;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.883;HRun=1;HaplotypeScore=1.8824;MQ0=3;MQ=47.20;MQRankSum=-0.748;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,33:84:99:667,0,1190 12 9334728 rs3832849 G GAGTGAGACAAAATGGTCATA 1579.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=276.6231;MQ0=0;MQ=49.17;QD=65.81;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:14,9:24:35.93:1622,36,0 12 9344878 rs2075394 A G 108.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.470;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:139,0,161 12 9346792 rs12230214 G C 476.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.459;HRun=0;HaplotypeScore=3.9860;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-1.501;QD=14.01;ReadPosRankSum=-2.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:506,0,513 12 9352945 . A C 182.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.034;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:212,0,121 12 9353828 rs3759275 A T 107.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.53:138,0,24 12 9353875 rs3759274 T C 259.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.237;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.796;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=1.945;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:290,0,133 12 9356603 rs78952243 T C 281.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.540;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.318;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:312,0,181 12 9392975 rs34368 C G 66.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.36;MQRankSum=0.231;QD=5.10;ReadPosRankSum=2.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:96.25:96,0,241 12 9453854 . TC T 161.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.757;DP=35;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=130.4122;MQ0=6;MQ=35.72;MQRankSum=-1.635;QD=3.67;ReadPosRankSum=-1.439;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,13:35:99:201,0,786 12 9462785 rs12580730 C G 77.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.82;MQRankSum=-0.421;QD=9.71;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:108,0,131 12 9463077 rs10771513 A C 133.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.074;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.23;MQRankSum=-2.424;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:163,0,219 12 9464133 rs10843383 C G 182.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.598;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=46.55;MQRankSum=-0.346;QD=7.96;ReadPosRankSum=1.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:213,0,368 12 9464828 rs12581470 C T 332.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.27;MQRankSum=3.128;QD=13.31;ReadPosRankSum=1.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:363,0,295 12 9465495 . 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C T 343.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DP=23;Dels=0.00;FS=3.132;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.775;QD=14.93;ReadPosRankSum=1.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:373,0,330 12 12618427 rs3751261 C T 59.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=1.537;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.41:89,0,97 12 12630665 rs59897494 TGCACGCTGG T 522.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DB;DP=28;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=219.3005;MQ0=0;MQ=55.39;MQRankSum=-1.354;QD=18.68;ReadPosRankSum=-0.409;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:562,0,1802 12 12633287 rs10845555 A G 496.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.716;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=7.134;HRun=0;HaplotypeScore=2.9961;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.609;QD=12.74;ReadPosRankSum=1.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,17:39:99:527,0,556 12 12721298 rs4237941 C T 176.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.244;QD=14.70;ReadPosRankSum=-0.831;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:206,0,104 12 12790737 rs10845599 G A 230.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.372;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.124;QD=12.15;ReadPosRankSum=-0.950;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:261,0,366 12 12870695 rs34330 T C 85.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:116,0,112 12 12979025 . G A 331.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DP=19;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.070;QD=17.46;ReadPosRankSum=0.773;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,16:19:6.21:361,0,6 12 13142174 rs850918 C G 1253.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.742;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=4.296;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-1.250;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,51:136:99:1284,0,2298 12 13154790 rs1291363 G C 157.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.762;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.339;QD=7.18;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:188,0,538 12 13154911 rs1291362 A G 159.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.299;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.910;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:190,0,220 12 13155339 rs3825272 C A 145.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.818;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.580;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:96.38:176,0,96 12 13248445 rs2291396 C A 88.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.256;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:118,0,237 12 13366599 rs2277395 C T 1718.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=1.424;HRun=1;HaplotypeScore=1.5774;MQ0=0;MQ=59.86;MQRankSum=-1.029;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,64:133:99:1749,0,1805 12 13526328 rs17821405 G T 296.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.503;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=6.505;HRun=0;HaplotypeScore=4.5922;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=-0.827;QD=8.02;ReadPosRankSum=1.703;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:327,0,631 12 13529105 rs12579519 A C 582.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.367;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.40;MQRankSum=1.950;QD=11.42;ReadPosRankSum=0.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:613,0,652 12 13764774 rs1805482 G A 922.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=2.965;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-0.680;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.879;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,40:86:99:953,0,1188 12 13828659 rs11055581 T C 354.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.366;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.082;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:385,0,302 12 14018777 rs7301328 G C 765.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.333;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=2.8836;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=2.672;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:796,0,1014 12 14599904 rs62999360 C CT 96.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=60.5211;MQ0=0;MQ=51.24;MQRankSum=2.054;QD=8.80;ReadPosRankSum=1.001;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:11:2.86:135,0,3 12 14649196 rs61754409 A G 446 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.273;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.219;HRun=0;HaplotypeScore=1.9863;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.135;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,21:40:99:476,0,502 12 14689449 rs35754761 T G 305.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=-0.246;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:336,0,300 12 14827463 rs3217157 AATC A 438.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.6235;MQ0=0;MQ=50.26;QD=39.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30.10:481,30,0 12 14834421 rs66986132 GA G 938.80 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=184.6662;MQ0=0;MQ=59.86;QD=28.45;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,30:33:90.03:981,90,0 12 14976375 . 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G C 106.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=13.37;ReadPosRankSum=-1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:137,0,137 12 15656832 rs4764199 T A 106.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.359;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=9.66;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:136,0,148 12 15702007 rs7132826 C T 339.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.474;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=-0.728;QD=10.00;ReadPosRankSum=-0.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:370,0,549 12 15704425 rs1012674 G T 486.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.656;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.463;HRun=1;HaplotypeScore=1.9936;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-1.717;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:516,0,551 12 15731724 rs5796639 T TG 198.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=17.1973;MQ0=0;MQ=60.00;QD=39.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:240,15,0 12 15731744 rs1024843 C T 69.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.017;QD=8.71;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:100,0,108 12 15733669 rs3748299 G A 841.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.974;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.854;HRun=0;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-0.224;QD=17.17;ReadPosRankSum=-0.842;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,33:49:99:871,0,407 12 15742313 rs34222753 GA G 94.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=30.9610;MQ0=0;MQ=53.03;QD=13.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:7:19.93:137,20,0 12 15813449 . C T 133.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:163,0,170 12 16050808 rs10772879 T A 360.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.608;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.482;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.06;MQRankSum=2.617;QD=7.21;ReadPosRankSum=1.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,18:50:99:391,0,781 12 16055926 rs71581962 G GT 2540.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=59;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=121.7479;MQ0=0;MQ=58.56;QD=43.06;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:2582,175,0 12 16552279 rs10772928 T C 220.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.619;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.215;QD=7.34;ReadPosRankSum=1.119;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:250,0,590 12 16553361 rs57886885 G A 98.62 PASS 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G A 64.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.406;QD=10.72;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:94.31:94,0,104 12 31256517 . C T 151.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=46.93;MQRankSum=-3.742;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.945;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:181,0,280 12 31256546 rs1046457 G A 232.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.574;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=4.018;HRun=0;HaplotypeScore=2.6320;MQ0=0;MQ=45.61;MQRankSum=-4.526;QD=8.31;ReadPosRankSum=0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:263,0,321 12 31256905 rs1046458 T C 92.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.35;MQRankSum=-0.731;QD=18.48;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:17.46:122,0,17 12 31267744 rs7968684 A C 148.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.475;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.40;MQRankSum=-1.189;QD=6.74;ReadPosRankSum=-0.872;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:178,0,308 12 31297871 rs12309295 G C 265.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.098;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=16.790;HRun=0;HaplotypeScore=2.9888;MQ0=4;MQ=47.00;MQRankSum=1.077;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.921;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:296,0,680 12 31300891 rs56144986 C A 1030.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.729;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=8.577;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=2;MQ=50.42;MQRankSum=0.761;QD=9.04;ReadPosRankSum=0.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,43:114:99:1060,0,1875 12 31301888 rs11051274 T C 50.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.70;MQRankSum=0.731;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:80,0,31 12 31310983 rs7971718 G A 624.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.702;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=2.320;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-0.152;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:654,0,764 12 31311973 rs61733843 G A 147.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.07;MQRankSum=0.452;QD=8.67;ReadPosRankSum=0.955;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:177,0,385 12 31405170 rs670519 A G 127.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=47.74;MQRankSum=-3.016;QD=9.09;ReadPosRankSum=0.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:157,0,169 12 31542191 rs10843937 A G 76.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.78;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.58:107,0,89 12 31555611 rs16918614 G A 126.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.800;QD=9.02;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:156,0,318 12 31604928 rs3205175 G C 349.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.640;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.087;QD=11.29;ReadPosRankSum=-1.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:380,0,424 12 31605044 rs1056320 G T 899.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.646;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=3.251;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.527;QD=12.00;ReadPosRankSum=1.389;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:930,0,1138 12 31648728 . GA G 160.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=49.7102;MQ0=0;MQ=61.34;QD=20.07;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.03:203,21,0 12 31648826 rs4930979 C T 103.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=17.32;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:29.70:134,0,30 12 31815233 rs56228550 C T 268.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.565;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.208;QD=10.31;ReadPosRankSum=-0.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,11:26:99:298,0,488 12 31907659 rs11613702 C T 1232.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.059;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8405;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.279;QD=10.02;ReadPosRankSum=-2.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,52:123:99:1263,0,1936 12 32134240 rs2388982 C T 224.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.735;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.534;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:254,0,322 12 32134638 rs2166807 T C 413.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.960;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.012;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=11.17;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:443,0,543 12 32138924 rs7302975 T C 216.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.865;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:246,0,150 12 32459070 rs41521147 T G 198.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.902;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=9.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.783;QD=9.46;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:229,0,333 12 32490627 . T C 878.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.769;DP=64;Dels=0.00;FS=1.018;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.64;MQRankSum=-0.551;QD=13.73;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:909,0,876 12 32764184 rs10844253 G A 588.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.378;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=4.873;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.192;QD=9.05;ReadPosRankSum=1.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:618,0,961 12 32777362 rs11052110 G A 247.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.277;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.228;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.646;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:278,0,296 12 32777416 rs10700807 C CT 107.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=49.9327;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=-0.779;QD=7.19;ReadPosRankSum=-0.259;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:147,0,103 12 32778039 rs7970584 A G 303.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.887;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.370;QD=11.25;ReadPosRankSum=-0.814;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:334,0,464 12 32793164 rs74073032 A G 1550.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.748;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=0.683;HRun=0;HaplotypeScore=10.5331;MQ0=0;MQ=58.52;MQRankSum=1.602;QD=11.65;ReadPosRankSum=-1.913;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,63:133:99:1580,0,2012 12 32854366 rs10844308 A C 206.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.337;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.048;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:237,0,207 12 32860302 rs2272238 G A 466.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.060;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.290;QD=11.11;ReadPosRankSum=-2.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,20:42:99:496,0,574 12 32871481 rs10844314 G A 59.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=11.93;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:52.41:90,0,52 12 32879346 rs10844324 C A 245.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.786;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9205;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.819;QD=8.45;ReadPosRankSum=0.863;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:275,0,444 12 32908237 rs11539445 C A 594.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.761;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.704;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.328;QD=13.82;ReadPosRankSum=-1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:624,0,526 12 32908518 rs11539444 G A 559.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.169;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=0.859;QD=14.34;ReadPosRankSum=0.127;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:589,0,569 12 32948969 rs71447623 CA C 483.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=86.0905;MQ0=0;MQ=61.53;QD=34.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,14:14:42.10:526,42,0 12 32994073 . G A 748.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DP=83;Dels=0.00;FS=2.975;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.278;QD=9.01;ReadPosRankSum=0.843;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,31:83:99:778,0,1377 12 33535289 rs10844571 G A 505.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.337;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=6.457;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.11;ReadPosRankSum=1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:536,0,613 12 34178732 . TA T 168.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=14.9317;MQ0=0;MQ=60.00;QD=33.63;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:210,15,0 12 38423378 rs118177186 G A 84.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.06;ReadPosRankSum=-2.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:115,0,237 12 38597541 rs60812636 C CGAGGAGGAGTTTGAGGAGTATGCT 6543.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=496.3830;MQ0=0;MQ=37.08;QD=198.28;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:21,6:33:84.28:6543,84,0 12 39124173 rs5797589 G GA 934.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=65.1804;MQ0=0;MQ=60.74;QD=32.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:78.25:977,78,0 12 39695445 rs2271477 G A 1340.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DB;DP=117;Dels=0.00;FS=1.639;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.16;MQRankSum=-0.052;QD=11.46;ReadPosRankSum=0.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,51:117:99:1370,0,1713 12 39705174 rs952542 T A 73.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.49;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:104,0,27 12 39713776 rs75223821 C A 281.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.831;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=1.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.296;QD=14.83;ReadPosRankSum=-1.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:312,0,199 12 39719754 rs76927060 T C 201.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=25.17;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:16.73:231,0,17 12 39724052 . 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T A 722.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.182;DP=51;Dels=0.00;FS=4.193;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=1.196;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,30:51:99:753,0,544 12 42503467 rs7312933 T C 102.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.45;MQRankSum=1.055;QD=6.02;ReadPosRankSum=-1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:132,0,260 12 42682218 . 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A C 104.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=2.430;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:135,0,113 12 52622984 rs7314442 G A 131.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.708;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.95;MQRankSum=-1.805;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:161,0,240 12 52623029 rs7299945 T C 175.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.041;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=52.46;MQRankSum=-2.353;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.206;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:205,0,307 12 52627215 rs7308888 A G 56.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.11;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:86.73:87,0,118 12 52627568 rs36053378 A T 143.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=20.55;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:51.98:174,0,52 12 52631242 rs12313552 C T 265.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.273;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9772;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.674;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.820;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:296,0,430 12 52631313 rs6580870 A G 409.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7040;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.576;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.139;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,21:64:99:440,0,1078 12 52631394 rs10637094 C CAT 397.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.661;DB;DP=23;FS=5.969;HRun=0;HaplotypeScore=74.7530;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.102;QD=17.29;ReadPosRankSum=-0.724;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:437,0,549 12 52632573 rs7300317 A G 424.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.122;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=-0.657;QD=10.62;ReadPosRankSum=-1.614;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:455,0,782 12 52635360 rs999665 G A 1445.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.641;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=2.687;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=0.844;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.554;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,56:99:99:1475,0,1179 12 52635443 rs2243588 T C 393.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.875;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.150;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.691;QD=14.05;ReadPosRankSum=-1.013;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:423,0,428 12 52639302 rs2608009 G C 1012.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.498;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.215;HRun=1;HaplotypeScore=2.7823;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=-0.482;QD=15.34;ReadPosRankSum=1.511;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:66:99:1042,0,870 12 52646941 rs3741722 C G 332.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.25;MQRankSum=0.133;QD=18.49;ReadPosRankSum=-2.355;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:363,0,232 12 52652210 rs117031005 T A 59.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.03;MQRankSum=0.358;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:50.95:90,0,51 12 52658039 . 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G A 253.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.935;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.107;QD=14.88;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:283,0,265 12 52967117 rs73107581 C T 1270.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.478;DB;DP=97;Dels=0.00;FS=1.744;HRun=1;HaplotypeScore=2.6985;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.517;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.282;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,50:97:99:1301,0,1263 12 52981627 rs7310138 A T 248.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.146;QD=14.63;ReadPosRankSum=-1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:279,0,195 12 52981676 rs7310156 A C 94.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:21.11:125,0,21 12 52985166 rs11613547 G A 152.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.663;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.854;QD=8.99;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:183,0,250 12 52994896 rs56207115 A G 962.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=3.293;HRun=0;HaplotypeScore=6.7076;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=0.598;QD=12.67;ReadPosRankSum=-0.484;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,36:76:99:993,0,1010 12 52995020 rs57242225 C T 77.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.633;QD=7.79;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:108,0,164 12 53004654 rs595624 C G 161.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.101;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:192,0,240 12 53010024 rs61736101 C T 1297.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.719;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=3.610;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.83;MQRankSum=-1.281;QD=11.69;ReadPosRankSum=1.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,51:111:99:1328,0,1459 12 53040411 rs2232559 T C 149.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=21.38;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.25:180,0,58 12 53043663 . A C 609.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.394;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.81;MQRankSum=0.935;QD=21.77;ReadPosRankSum=1.525;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:640,0,197 12 53045777 rs11835758 G A 153.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.410;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.112;QD=7.31;ReadPosRankSum=0.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:184,0,327 12 53072370 rs2741155 C T 1202.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.991;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.053;QD=15.42;ReadPosRankSum=1.340;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,48:78:99:1232,0,807 12 53073471 rs3837476 C CA 557.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=24.8005;MQ0=0;MQ=58.10;QD=42.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,11:13:39.12:600,39,0 12 53086645 rs3782489 G A 944.60 PASS 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A G 845.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.807;DP=55;Dels=0.00;FS=2.350;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.280;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.721;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,31:55:99:875,0,692 12 56629033 . C T 821.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.860;DP=65;Dels=0.00;FS=3.671;HRun=0;HaplotypeScore=2.7896;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.772;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:851,0,906 12 56629276 rs901073 A C 2667.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8993;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=-0.214;QD=29.97;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,88:89:99:2700,196,0 12 56733682 . T C 765.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.598;DP=58;Dels=0.00;FS=7.888;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.128;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,28:58:99:795,0,710 12 56748273 . G A 693.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.822;DP=54;Dels=0.00;FS=5.608;HRun=0;HaplotypeScore=1.8255;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=0.563;QD=12.85;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:724,0,700 12 56814256 rs66494207 G GGAT 273.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.7709;MQ0=0;MQ=54.65;MQRankSum=-0.361;QD=30.43;ReadPosRankSum=0.361;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:313,0,151 12 56814563 rs66491720 G A 246.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.030;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.178;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.249;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:277,0,275 12 56814570 rs812279 T G 223.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.236;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=7.546;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.094;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:254,0,375 12 56814653 rs2291739 G A 564.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.373;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.833;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,22:44:99:594,0,542 12 56815281 rs2291738 T C 695.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.185;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.435;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:726,0,909 12 56815922 rs774047 C T 1072.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.258;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.920;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.087;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,44:72:99:1102,0,598 12 56821998 rs774026 A G 314.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.320;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.491;QD=13.12;ReadPosRankSum=-1.357;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:345,0,314 12 56822378 rs774027 T A 350.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.856;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.81;MQRankSum=-0.875;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.553;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:381,0,350 12 56825311 rs774033 C T 446.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.812;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=5.907;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=1.414;QD=15.94;ReadPosRankSum=-0.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:476,0,257 12 56827694 rs2279665 C G 568.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.875;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=5.251;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=-1.434;QD=8.12;ReadPosRankSum=-0.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,25:70:99:598,0,1201 12 56827753 rs34697596 A G 665.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.714;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.674;QD=20.81;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:696,0,308 12 56869577 rs5798384 C CT 397.69 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=19.0069;MQ0=0;MQ=62.13;QD=39.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:440,30,0 12 57132236 . C T 93.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:66.72:123,0,67 12 57234766 rs5798397 A AC 424.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=50.7123;MQ0=0;MQ=58.24;QD=42.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:466,30,0 12 57255195 rs10783805 T C 262.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.654;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.122;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:293,0,269 12 57323388 rs7970701 C G 274.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.457;QD=13.05;ReadPosRankSum=2.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:304,0,282 12 57335150 rs71459397 G A 146.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=6.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.90;MQRankSum=-2.853;QD=6.99;ReadPosRankSum=0.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:177,0,384 12 57335154 rs71459398 G A 145.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.828;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=9.084;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.61;MQRankSum=-3.469;QD=6.63;ReadPosRankSum=0.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:176,0,422 12 57335163 rs66881926 C T 152.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.052;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=9.084;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.09;MQRankSum=-2.723;QD=7.24;ReadPosRankSum=-0.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:182,0,434 12 57423517 rs55985817 C T 1085.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.359;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.802;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=1.138;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.017;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,45:92:99:1116,0,1158 12 57464685 rs3217612 C CA 168.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=24.0828;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=-0.365;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.365;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:208,0,114 12 57486647 rs324019 A G 537.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.324;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.608;QD=9.43;ReadPosRankSum=-0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,24:57:99:567,0,1004 12 57492996 rs841718 G A 769.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.107;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.297;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.467;QD=18.32;ReadPosRankSum=-0.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,28:42:99:800,0,385 12 57493727 rs3024971 T G 165.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.780;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.201;QD=11.83;ReadPosRankSum=-0.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:196,0,179 12 57535266 rs1799986 C T 407.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.138;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:438,0,417 12 57627717 rs34095989 G A 387.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8245;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.090;QD=11.40;ReadPosRankSum=-0.306;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:417,0,490 12 57637593 rs3204635 G A 139.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.067;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.068;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:169,0,141 12 57643318 rs35971501 G GC 162.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.693;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=46.7776;MQ0=0;MQ=60.51;MQRankSum=0.634;QD=7.72;ReadPosRankSum=0.187;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:201,0,365 12 57649731 . G T 572.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.991;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.535;QD=15.06;ReadPosRankSum=-2.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:602,0,566 12 57649840 rs4075325 C T 882.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.564;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=9.8892;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.785;QD=11.03;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,37:80:99:912,0,1131 12 57849768 rs507562 C G 535.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.555;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.963;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:565,0,540 12 57863479 . 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T TA 540.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=26;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=56.6279;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=-0.026;QD=20.81;ReadPosRankSum=0.386;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:580,0,426 12 57926472 rs703837 G A 793.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.856;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.939;QD=15.88;ReadPosRankSum=1.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,32:50:99:824,0,493 12 57958364 rs75527218 A G 242.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=18.67;ReadPosRankSum=-0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:273,0,154 12 57987816 rs61754175 G A 279.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=7.968;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.43;MQRankSum=1.064;QD=13.99;ReadPosRankSum=-1.216;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:310,0,247 12 58009202 rs2277322 T C 55.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.85:85,0,63 12 58010163 rs1564374 A G 242.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.830;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.049;QD=13.50;ReadPosRankSum=-0.146;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:18:99:273,0,209 12 58015494 rs923828 G A 70.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=17.64;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:101,0,28 12 58017701 rs7314152 T G 978.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.470;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.094;HRun=1;HaplotypeScore=5.5620;MQ0=0;MQ=58.97;MQRankSum=1.328;QD=15.54;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:1009,0,837 12 58018668 rs111924104 T G 678.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.677;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=2.184;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=-0.402;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.706;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,28:59:99:708,0,886 12 58018979 rs1871417 C T 1385.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.538;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=1.806;HRun=0;HaplotypeScore=3.8189;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=1.334;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.996;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,50:100:99:1415,0,1441 12 58068571 rs774891 G A 248.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.589;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.296;QD=22.59;ReadPosRankSum=0.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:17.68:278,0,18 12 58090051 rs114532828 T C 582.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.120;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.26;MQRankSum=-1.417;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.051;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:612,0,352 12 58112189 rs799265 A G 418.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.848;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.241;HRun=0;HaplotypeScore=2.8408;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.134;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,19:46:99:448,0,770 12 58157281 rs4646537 T G 88.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=8.03;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:118,0,241 12 58163265 rs77194942 C T 195.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.101;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.935;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:225,0,197 12 58201044 . A G 525.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.982;DP=31;Dels=0.00;FS=3.038;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.460;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:556,0,411 12 58202123 rs74724134 G A 367.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.343;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:398,0,646 12 58217927 rs78073833 C T 222.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.473;QD=13.91;ReadPosRankSum=1.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:253,0,273 12 58345606 rs17120203 T C 1521.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.206;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9628;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=1.117;QD=13.47;ReadPosRankSum=-0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,55:113:99:1552,0,1492 12 58350631 rs10122 C T 243.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.407;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.707;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=-0.297;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:274,0,279 12 58638450 rs11610099 C T 79.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.03;MQRankSum=-0.731;QD=15.81;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:29.19:109,0,29 12 59246581 rs114750263 T G 72.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.533;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=6.04;ReadPosRankSum=-0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:102,0,174 12 59272586 . 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C CT 342.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=17;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=36.9007;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=1.903;QD=20.12;ReadPosRankSum=-0.049;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:381,0,209 12 59447334 rs80240969 A G 251.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.680;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.025;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.564;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:25:99:282,0,391 12 60173356 rs3763980 A T 302.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.409;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.803;QD=15.90;ReadPosRankSum=1.141;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:332,0,200 12 62104219 rs7399207 A C 520.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.463;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=1.224;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:550,0,847 12 62114671 rs7485027 T C 156.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=7.782;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.762;QD=17.38;ReadPosRankSum=1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:45.66:186,0,46 12 62261077 rs34255534 G GA 115.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.775;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=69.5502;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=0.969;QD=4.46;ReadPosRankSum=0.167;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:155,0,325 12 62273224 rs7308172 G C 103.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=14.85;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:62.60:134,0,63 12 62274027 rs7311923 C T 101.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.21:132,0,88 12 62274139 rs7311950 A G 72.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.620;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=9.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.540;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:103,0,217 12 62628672 . A G 124.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.257;QD=8.31;ReadPosRankSum=-0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:155,0,201 12 62749124 rs34633189 A T 191.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.567;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.323;QD=9.57;ReadPosRankSum=0.567;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:221,0,220 12 62861111 rs6581450 T C 269.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.343;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.652;QD=7.27;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:299,0,730 12 62892905 rs4025987 C G 494.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.478;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.434;QD=16.48;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:525,0,417 12 62928747 rs77978713 TA T 358.77 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=48.4186;MQ0=1;MQ=56.13;QD=17.94;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,15:19:42.05:401,42,0 12 62931083 rs73141045 C G 213.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.580;QD=21.40;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:93.54:244,0,94 12 62965149 rs2270732 T C 462.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.399;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.239;QD=17.80;ReadPosRankSum=0.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:493,0,276 12 62979216 rs11174557 G A 177.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.263;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:208,0,215 12 63052559 rs11174587 A T 95.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.93;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.87:126,0,55 12 63052601 rs11174588 G T 239.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.231;QD=18.42;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:269,0,124 12 63114156 rs2270484 A G 64.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.86;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:54.52:94,0,55 12 63359549 rs112982590 ACTGCTG A 271.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=57.6075;MQ0=0;MQ=25.71;QD=22.61;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:9:15.05:313,15,0 12 63397682 rs1250159 A G 503.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.313;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.859;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:533,0,557 12 64011062 rs4105524 A G 157.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.90;MQRankSum=0.244;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:187,0,122 12 64045672 rs4124773 C T 206.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.757;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.312;QD=15.87;ReadPosRankSum=-0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:97.67:236,0,98 12 64057520 rs11532475 T C 662.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.568;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=-0.854;QD=13.53;ReadPosRankSum=1.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:693,0,540 12 64062132 rs11175111 G A 157.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.572;QD=19.65;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:26.68:187,0,27 12 64173807 rs61935924 G A 163.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.993;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=5.497;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.556;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.772;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:194,0,202 12 64265724 rs11175195 C T 728.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.042;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=1.148;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.67;MQRankSum=1.145;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.801;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,26:65:99:759,0,1199 12 64383670 rs3741607 T C 528.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.416;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:558,0,354 12 64488640 . C T 264.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.586;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.537;QD=15.56;ReadPosRankSum=-1.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:295,0,232 12 64491002 rs72161524 GT G 121.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.170;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=16;HaplotypeScore=64.2718;MQ0=0;MQ=52.92;MQRankSum=2.321;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.962;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:19:50.37:161,0,50 12 64746833 rs73118352 C T 243.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.180;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.757;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.054;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,9:26:99:274,0,470 12 64749600 rs6581553 A G 75.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=12.53;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.58:105,0,64 12 64838922 rs6581565 G T 139.19 PASS 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C T 204.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=6.532;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.179;QD=22.68;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:47.48:234,0,47 12 69593883 rs12302044 A G 321.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.085;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=24.72;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:80.20:351,0,80 12 69967862 rs547497 G A 336.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.472;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8300;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=0.919;QD=8.02;ReadPosRankSum=0.525;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:42:99:367,0,671 12 69980028 rs485288 G A 605.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.294;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=1.003;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,26:68:99:635,0,1215 12 69980141 rs484319 G C 785.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.335;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=5.706;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=1.259;QD=15.41;ReadPosRankSum=1.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:816,0,705 12 69991733 rs56100203 A G 173.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.532;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:203,0,156 12 69992230 . G GT 339.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DP=18;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=39.0785;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.222;QD=18.84;ReadPosRankSum=-0.489;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:378,0,244 12 70004259 . G A 603.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.203;QD=19.47;ReadPosRankSum=0.384;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,23:31:99:634,0,234 12 70088132 rs1158868 C T 121.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.573;QD=13.46;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:88.69:151,0,89 12 70928745 rs3752702 G A 193.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.539;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.533;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=-0.238;QD=6.04;ReadPosRankSum=-2.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:223,0,603 12 70949620 rs2278341 G A 74.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.851;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:105,0,169 12 70951797 rs3782374 C T 228.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.657;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.705;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:259,0,128 12 70953277 rs2303963 T C 2055.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.905;DB;DP=181;Dels=0.00;FS=8.809;HRun=0;HaplotypeScore=6.8531;MQ0=0;MQ=58.28;MQRankSum=1.263;QD=11.36;ReadPosRankSum=2.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,86:181:99:2085,0,2437 12 70953456 rs2303962 T C 139.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.717;QD=12.72;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:170,0,189 12 70954814 rs12580379 G A 170.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.072;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=17.05;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:201,0,130 12 71016340 rs7298147 C T 211.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.382;QD=19.22;ReadPosRankSum=-1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:94.13:241,0,94 12 71029431 rs2717417 C T 142.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.609;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:173,0,332 12 71029680 rs74101511 A G 221.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.317;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.115;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=57.01;MQRankSum=0.049;QD=13.05;ReadPosRankSum=-0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:252,0,190 12 71065754 . G A 239.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.021;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.176;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:269,0,251 12 71065770 rs117154533 A G 311.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.246;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.339;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:342,0,266 12 71066086 rs77166304 C T 139.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=7.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:170,0,168 12 71066558 rs74959294 A G 137.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.267;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:168,0,242 12 71094955 rs35387004 C T 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G A 146.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.036;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:84.06:176,0,84 12 76509736 . 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CT C 127.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.295;DP=19;FS=2.077;HRun=3;HaplotypeScore=50.9177;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=-0.983;QD=6.73;ReadPosRankSum=-0.983;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:167,0,443 12 97303682 rs34499067 TA T 219.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=89.1772;MQ0=0;MQ=58.59;QD=12.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:40.84:262,41,0 12 97303693 rs77544329 A C 361.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.318;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=3.8660;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-0.791;QD=21.29;ReadPosRankSum=-0.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:392,0,147 12 97311376 rs34953416 CT C 106.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=16;HaplotypeScore=38.6303;MQ0=0;MQ=59.89;QD=8.84;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:12:25.44:148,25,0 12 98711742 rs1351342 G A 103.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=7.068;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.322;QD=12.89;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:94.83:133,0,95 12 98991842 . 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G A 531.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.997;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.264;QD=18.99;ReadPosRankSum=0.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:562,0,217 12 113403684 rs2240188 C T 208.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=8.729;HRun=1;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.244;QD=12.26;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:238,0,201 12 113416653 rs2384075 G A 123.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=15.42;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:96.15:153,0,96 12 113424893 rs2072138 C G 836.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.773;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=3.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.35;MQRankSum=1.460;QD=10.58;ReadPosRankSum=0.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,30:79:99:866,0,1276 12 113553481 rs1284879 C T 404.65 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.102;QD=23.80;ReadPosRankSum=1.123;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,16:17:4.77:435,5,0 12 113605769 rs117291153 C T 589.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.133;DB;DP=65;Dels=0.00;FS=7.208;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=-0.261;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.234;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,25:65:99:619,0,996 12 113715251 rs7955036 T G 108.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.367;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=9.07;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:139,0,169 12 113724945 rs2241544 A G 421.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.592;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.579;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:452,0,285 12 113756706 rs2288364 C G 60.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:90.46:90,0,145 12 114282496 rs2075387 C T 97.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:128,0,182 12 114358278 rs77735222 G C 239.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.098;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.208;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.263;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:269,0,166 12 114377885 rs2290790 G C 853.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.536;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=-0.834;QD=12.74;ReadPosRankSum=0.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:883,0,924 12 114384364 rs2290793 C T 134.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.951;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.851;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:164,0,154 12 114384952 rs3782460 C T 77.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.32;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:107,0,29 12 114395571 rs2290786 C T 914.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.903;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.151;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:945,0,835 12 114395930 . 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C G 481.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.522;DP=47;Dels=0.00;FS=2.652;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ0=1;MQ=48.95;MQRankSum=-4.785;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:511,0,790 12 123187314 . C T 459.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.551;DP=47;Dels=0.00;FS=1.222;HRun=0;HaplotypeScore=1.7825;MQ0=1;MQ=48.95;MQRankSum=-4.411;QD=9.77;ReadPosRankSum=-0.507;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:489,0,676 12 123200247 rs56308926 G C 433.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.679;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=49.43;MQRankSum=-2.260;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.293;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,19:32:99:464,0,382 12 123335483 rs2271048 A G 96.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.084;QD=5.37;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:127,0,314 12 123335488 rs63586961 G A 84.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.909;QD=6.05;ReadPosRankSum=-1.909;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:115,0,253 12 123339344 rs2292136 A G 58.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=11.78;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.11:89,0,62 12 123339358 rs2292137 C G 66.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7803;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.36;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58.88:97,0,59 12 123339712 rs2292138 A G 271.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.480;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.682;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.655;QD=10.06;ReadPosRankSum=-1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:302,0,324 12 123342628 rs34131980 CCTCTT C 545.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.133;DB;DP=29;FS=3.544;HRun=0;HaplotypeScore=151.0142;MQ0=0;MQ=48.36;MQRankSum=-4.188;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.304;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:584,0,1296 12 123343571 rs2343110 T G 276.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.652;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=8;HaplotypeScore=8.8608;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.648;QD=18.46;ReadPosRankSum=-1.473;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:307,0,182 12 123343572 rs5801491 G GGC 273.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.848;DB;DP=16;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=76.4721;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.150;QD=17.08;ReadPosRankSum=-0.556;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:312,0,234 12 123344910 rs937765 A C 230.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.735;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.228;QD=11.54;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:261,0,328 12 123345347 rs7306948 G A 51.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=5.20;ReadPosRankSum=-1.818;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.97:82,0,249 12 123345736 rs10847910 C G 267.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.215;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.799;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ0=0;MQ=60.36;MQRankSum=-0.215;QD=8.93;ReadPosRankSum=0.603;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:298,0,422 12 123345756 rs3215148 G GC 270.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.919;DB;DP=23;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=78.3092;MQ0=0;MQ=60.93;MQRankSum=0.286;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.857;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:310,0,275 12 123352179 rs3825143 C T 441.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.440;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=7.258;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.854;QD=16.35;ReadPosRankSum=-1.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:472,0,367 12 123433137 rs10848106 T C 215.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.747;QD=26.95;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:18.06:248,18,0 12 123460823 rs883563 A G 107.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=17.98;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.53:138,0,24 12 123460962 rs884956 T C 504.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.746;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.681;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:535,0,225 12 123466688 . G A 141.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DP=13;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.07;MQRankSum=0.696;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:172,0,182 12 123645803 rs1051431 G A 605.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.454;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.898;QD=11.42;ReadPosRankSum=-0.187;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:635,0,738 12 123647725 rs1727296 G C 98.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.536;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.239;QD=8.23;ReadPosRankSum=0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:129,0,221 12 123651162 rs1716167 A G 914 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=3.300;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=0.563;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.554;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:944,0,959 12 123665695 rs1727306 A G 291.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.861;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=2.215;QD=5.84;ReadPosRankSum=-1.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,16:50:99:322,0,864 12 123694724 rs2682434 C T 176.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.866;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=1.5810;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.220;QD=7.37;ReadPosRankSum=1.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:24:99:207,0,428 12 123699200 rs35391675 GTTT G 296.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=66.2052;MQ0=0;MQ=55.43;MQRankSum=-0.053;QD=18.53;ReadPosRankSum=0.788;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:335,0,485 12 123746357 rs4759416 C G 900.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.476;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.799;HRun=0;HaplotypeScore=1.9323;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.648;QD=9.68;ReadPosRankSum=1.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,39:93:99:931,0,1531 12 123794450 rs2277343 A T 475.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.357;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.139;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:505,0,293 12 123795516 . 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G A 115.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=16.45;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:64.35:145,0,64 12 123983941 rs9697264 G A 132.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.676;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:93.63:163,0,94 12 124081094 rs16917551 C T 290.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.364;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.114;QD=7.85;ReadPosRankSum=0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:321,0,845 12 124090605 rs4047521 ACT A 1695.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=45;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=167.8598;MQ0=0;MQ=59.03;QD=37.67;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,42:45:99:1737,126,0 12 124099704 rs35708602 G C 367.61 PASS 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A G 354.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.876;DP=23;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.775;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:384,0,321 12 129360498 rs482401 G A 796.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.9075;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=1.100;QD=10.35;ReadPosRankSum=-0.611;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,30:77:99:827,0,1167 12 129429026 rs2398436 C T 171.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.244;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.380;QD=14.32;ReadPosRankSum=1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:202,0,153 12 129429075 rs470404 C T 123.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.120;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.412;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:153,0,244 12 129497958 rs544209 T C 246.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=18.97;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:277,0,146 12 129498317 rs519579 A G 79.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.754;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.37:110,0,98 12 129500031 rs493149 C A 267.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=-0.274;QD=19.12;ReadPosRankSum=0.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,12:14:51.67:298,0,52 12 129500352 rs540912 G A 69.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=8.72;ReadPosRankSum=1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:100,0,108 12 129501057 rs491872 G T 66.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.33;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.24:97,0,66 12 129559421 rs73159540 C T 580.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.139;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.157;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:611,0,1041 12 129559557 rs10773594 C T 481.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.905;QD=8.92;ReadPosRankSum=-1.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,20:54:99:512,0,833 12 130830906 rs11060836 C T 145.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.825;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:175,0,162 12 130839165 rs10848087 G A 772.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.236;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.332;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=-0.758;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:802,0,769 12 130839645 rs1874521 A C 519.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.308;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.32;MQRankSum=0.448;QD=15.29;ReadPosRankSum=-0.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:550,0,533 12 130847389 rs2242363 A G 203.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.491;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:234,0,227 12 130855628 . C G 232.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.324;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8519;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.652;QD=15.49;ReadPosRankSum=-0.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:262,0,234 12 130892163 rs7310840 G A 1184.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.326;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2772;MQ0=0;MQ=59.70;MQRankSum=1.609;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.700;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,39:78:99:1215,0,993 12 130898844 rs117753238 G A 154.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.660;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.660;QD=11.06;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:14:99:185,0,162 12 131485025 rs4759822 A G 173.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.604;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.174;QD=11.58;ReadPosRankSum=1.794;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:204,0,217 12 131490483 rs35387826 G A 327.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.685;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.722;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:357,0,274 12 131498995 rs1195923 G A 65.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.001;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=7.24;ReadPosRankSum=1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:95.11:95,0,197 12 131569234 rs2293656 G A 112.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.68;MQRankSum=0.198;QD=16.01;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:53.95:142,0,54 12 131602811 rs7961434 C T 79.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=19.98;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:110,0,25 12 131603031 rs7295131 G A 624.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=5.930;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=1.338;QD=10.96;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,26:57:99:655,0,839 12 131620578 rs884522 C T 359.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.819;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=-0.664;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:389,0,365 12 131622735 rs7302341 T C 326.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.301;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=57.58;MQRankSum=-0.851;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.913;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,15:37:99:357,0,625 12 131777372 rs74968488 AT A 120.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=17.3623;MQ0=0;MQ=60.00;QD=17.22;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:20.92:163,21,0 12 131876810 rs61935878 A G 50.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27.10:81,0,27 12 132152061 . G A 75.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.58;MQRankSum=1.754;QD=9.41;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:55.97:105,0,56 12 132166871 rs113096312 C T 79.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=7.123;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.135;QD=6.64;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:69.54:110,0,70 12 132166877 rs117052247 G A 91.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=1.398;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:52.32:122,0,52 12 132209932 . ATG A 431.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.767;DP=34;FS=6.291;HRun=0;HaplotypeScore=107.7659;MQ0=0;MQ=60.32;MQRankSum=0.057;QD=12.69;ReadPosRankSum=1.121;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,14:34:99:470,0,862 12 132237750 rs1051219 C T 1253.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.703;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=3.641;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=-0.493;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.816;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,54:110:99:1283,0,1476 12 132240937 rs3217666 C CAT 185 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.067;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=35.3835;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=0.933;QD=13.21;ReadPosRankSum=-0.400;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:224,0,329 12 132250712 rs1051233 G C 782.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.760;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=7.510;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.339;QD=12.42;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,28:63:99:812,0,991 12 132262911 rs75324057 A T 70.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:100,0,163 12 132325239 rs6598163 G A 807.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.119;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=3.502;HRun=0;HaplotypeScore=2.7786;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.691;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.748;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,36:68:99:838,0,791 12 132326051 rs4964929 C T 222.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.696;QD=17.09;ReadPosRankSum=-0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:252,0,158 12 132335592 rs11835665 G A 69.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.6781;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.988;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:7:99:99,0,103 12 132399065 rs12303764 T G 190.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.228;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=17.27;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:83.30:220,0,83 12 132401566 rs11546871 C T 95.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.158;QD=5.59;ReadPosRankSum=-1.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:125,0,297 12 132467128 rs113878817 C T 115.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.12;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.08:146,0,21 12 132490838 . C G 281.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;DP=34;Dels=0.00;FS=3.463;HRun=0;HaplotypeScore=3.9790;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=-0.390;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:312,0,619 12 132516386 rs113573118 C T 143.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.34;MQRankSum=-0.572;QD=17.93;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:58.74:173,0,59 12 132529649 rs6598192 T C 105.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.736;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.21:135,0,20 12 132539468 rs12321543 G A 157.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.874;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=6.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-0.488;QD=9.84;ReadPosRankSum=-2.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:188,0,256 12 132626668 rs1133690 T C 494.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.710;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.431;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.528;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:525,0,380 12 132631855 rs11543305 C T 76.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.98;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:62.22:107,0,62 12 132632723 rs112889701 T C 94.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.14:125,0,96 12 132682481 rs12308155 T G 150.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.466;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:181,0,145 12 132682484 rs12306514 A G 128.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=10.69;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:158,0,170 12 132683690 rs4074046 G A 95.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.398;QD=8.69;ReadPosRankSum=2.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:126,0,215 12 132688115 rs11246991 C T 396.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.474;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.653;QD=10.71;ReadPosRankSum=-1.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:426,0,540 12 132688137 rs7486927 A G 684.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.347;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=-1.242;QD=17.10;ReadPosRankSum=-1.819;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,27:40:99:714,0,364 12 132962932 rs77940778 G C 305.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.073;QD=23.51;ReadPosRankSum=-1.875;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:7.70:335,0,8 12 132962982 rs59141399 C T 269.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.448;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.290;QD=22.42;ReadPosRankSum=-0.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:4.46:298,0,4 12 133197449 rs55726692 AGCCTGGGACTGACCCGGGCTCTCGAGGGGCCTCTCGTGTGCCCTTGTGACCCCCTTCCCTG A 517.91 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=613.8880;MQ0=0;MQ=57.56;QD=39.84;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,7:13:21.07:560,21,0 12 133220652 rs35552112 A AG 677.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=63.7035;MQ0=0;MQ=59.24;QD=42.37;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:16:48.16:720,48,0 12 133234389 rs5744884 CAT C 1261.81 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=105.2475;MQ0=0;MQ=61.43;QD=42.06;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,30:30:90.30:1304,90,0 12 133237454 . T C 131.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.135;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:161,0,247 12 133294728 rs11147014 C T 382.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.984;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.205;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.220;QD=16.64;ReadPosRankSum=0.535;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:413,0,223 12 133295353 rs12423651 C T 641.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.063;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.488;HRun=0;HaplotypeScore=5.7392;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=-2.161;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:672,0,525 12 133295501 rs11147015 T C 152.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.769;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=13.84;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:182,0,114 12 133304604 rs11147024 C T 1419.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.631;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=2.268;HRun=0;HaplotypeScore=1.9155;MQ0=1;MQ=59.17;MQRankSum=0.649;QD=10.75;ReadPosRankSum=0.561;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,56:132:99:1450,0,1965 12 133311944 rs10747081 T C 266.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.495;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.495;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:297,0,364 12 133312191 rs10781637 T C 59.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.11:90,0,62 12 133313337 rs10870504 G A 74.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.65;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.17:105,0,97 12 133313372 rs7313956 C A 197.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.663;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.068;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:227,0,232 12 133351030 rs7313064 G A 68.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.72:99,0,30 12 133352702 rs72624270 A C 82.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=63.51;MQRankSum=-0.720;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:62.84:112,0,63 12 133352907 rs56366280 T C 139.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.37;MQRankSum=0.296;QD=7.33;ReadPosRankSum=-0.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:169,0,287 12 133353064 . G A 360.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.522;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5655;MQ0=1;MQ=55.18;MQRankSum=1.364;QD=10.00;ReadPosRankSum=0.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:390,0,504 12 133358870 rs2306546 G A 877.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.154;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.117;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=1.032;QD=12.54;ReadPosRankSum=-0.690;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,32:70:99:907,0,1029 12 133360964 rs1009320 G A 313.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.383;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.301;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:344,0,435 12 133363212 . GCCTCCCCCCCGGCCCCCGCA G 2463.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DP=25;FS=8.438;HRun=0;HaplotypeScore=470.0074;MQ0=0;MQ=40.31;MQRankSum=-1.571;QD=98.53;ReadPosRankSum=-0.087;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:99:2502,0,526 12 133365914 rs77794360 C T 79.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.239;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.825;QD=6.60;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:109,0,242 12 133372395 rs4758905 A C 1529.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.096;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=4.597;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.672;QD=31.21;ReadPosRankSum=-0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,48:49:82.75:1562,83,0 12 133374829 rs882377 G A 97.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=13.86;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:127,0,103 12 133378610 rs75002364 G A 70.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:101,0,102 12 133384698 . C T 796.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.887;DP=59;Dels=0.00;FS=5.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.584;QD=13.51;ReadPosRankSum=0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,29:59:99:827,0,800 12 133384864 rs3741486 G A 585.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=11.234;HRun=0;HaplotypeScore=2.9005;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.530;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:616,0,572 12 133385188 rs3741488 A T 109.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.306;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.286;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:139,0,292 12 133389998 rs7134809 T C 197.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.078;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.9812;MQ0=0;MQ=56.67;MQRankSum=1.519;QD=8.60;ReadPosRankSum=1.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:228,0,324 12 133402391 rs74552406 GTAC G 506.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.723;DB;DP=24;FS=6.862;HRun=0;HaplotypeScore=97.0210;MQ0=0;MQ=58.00;MQRankSum=0.116;QD=21.11;ReadPosRankSum=-0.058;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:546,0,676 12 133418069 rs1045979 C T 294.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.065;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=2;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.352;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.955;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:325,0,195 12 133423695 rs2306537 A G 915.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.174;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=6.842;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=-0.063;QD=14.54;ReadPosRankSum=-1.771;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,36:63:99:946,0,822 12 133428131 rs2306540 C T 869.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=3.520;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=58.19;MQRankSum=-0.434;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.149;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:900,0,1250 12 133428181 rs76946232 C T 1199.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.690;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=0;HaplotypeScore=9.4287;MQ0=0;MQ=58.97;MQRankSum=0.555;QD=12.24;ReadPosRankSum=-0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,47:98:99:1229,0,1156 12 133433240 rs11147110 C T 1344.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.433;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=3.471;HRun=0;HaplotypeScore=1.2434;MQ0=0;MQ=59.74;MQRankSum=0.229;QD=15.46;ReadPosRankSum=-2.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,51:87:99:1375,0,1075 12 133433300 rs11147111 C T 417.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.422;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=0.356;QD=16.70;ReadPosRankSum=-0.301;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:447,0,287 12 133435716 rs35011845 T G 624.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=5.287;HRun=2;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=-0.251;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:654,0,478 12 133437981 rs12578891 A C 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C CACAT 477.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=40.1898;MQ0=0;MQ=59.89;MQRankSum=0.296;QD=39.81;ReadPosRankSum=0.296;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:517,0,127 13 31891746 rs1041073 G A 738.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.462;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8216;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=0.714;QD=15.07;ReadPosRankSum=0.332;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:769,0,563 13 31903834 rs1060709 G T 194.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.670;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.092;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:224,0,160 13 31903841 rs112937254 A G 179.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.978;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:209,0,148 13 32332556 rs61946567 C T 594.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.985;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.658;HRun=1;HaplotypeScore=2.9895;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.465;QD=13.21;ReadPosRankSum=0.443;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:625,0,462 13 32335840 rs9532478 A T 359.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.078;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.036;QD=17.11;ReadPosRankSum=-0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:389,0,243 13 32340193 rs77129735 T TA 436.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=37.6010;MQ0=0;MQ=60.81;QD=25.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:42.12:479,42,0 13 32348859 rs9549049 T C 371.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.824;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.521;QD=15.46;ReadPosRankSum=1.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:401,0,262 13 32360583 rs9549106 A G 217.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.799;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-1.270;QD=13.61;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:248,0,155 13 32360691 rs71941366 T TA 302.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=41.1342;MQ0=0;MQ=60.19;QD=18.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,10:16:35.75:344,36,0 13 32371361 rs17076657 A G 495.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.295;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.646;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.689;QD=17.69;ReadPosRankSum=0.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:525,0,201 13 32527529 rs916756 A G 386.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.750;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5611;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.138;QD=13.79;ReadPosRankSum=-1.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:416,0,288 13 32758834 rs798971 A G 213.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.069;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.726;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.433;QD=12.54;ReadPosRankSum=-1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:243,0,212 13 32799288 rs1029398 A G 72.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.75:103,0,63 13 32811607 rs2806639 G A 355.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.184;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.691;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:386,0,448 13 32818070 rs2806624 A G 105.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.52;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.76:135,0,54 13 32828553 rs2157961 A G 241.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.305;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.693;QD=9.67;ReadPosRankSum=-1.525;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:272,0,510 13 32832149 rs2520686 T C 472.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.116;QD=18.17;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,19:26:99:502,0,150 13 32852585 rs11617081 C T 484.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.681;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,18:33:99:515,0,440 13 33273973 . A C 174.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.419;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.765;QD=7.28;ReadPosRankSum=-1.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:205,0,410 13 33329944 . G GT 128.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.067;DP=9;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=29.0559;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.067;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.067;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:9:25.38:168,0,25 13 33629393 rs3752472 C T 614.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7834;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.799;QD=13.97;ReadPosRankSum=0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:645,0,570 13 33635463 rs648202 T C 392.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.970;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.814;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=-0.711;QD=9.82;ReadPosRankSum=-1.450;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:423,0,557 13 33635939 rs650439 T A 314.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.308;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=5.865;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=0.373;QD=8.74;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,14:36:99:345,0,578 13 33679940 rs9568847 T C 83.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.638;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.638;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:113,0,128 13 33739459 rs79458853 C T 329.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.182;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.366;HRun=2;HaplotypeScore=1.6006;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.253;QD=9.42;ReadPosRankSum=-0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:360,0,553 13 34404249 rs2274728 T C 81.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=20.36;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:111,0,25 13 34404768 rs3135601 A T 70.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:100,0,27 13 34404912 rs1805376 A G 282.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.490;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.041;QD=14.88;ReadPosRankSum=0.939;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:313,0,253 13 34409242 rs3135628 T C 69.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:100,0,138 13 34409603 rs3135629 T G 118.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=13.11;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:71.48:148,0,71 13 34656572 rs12584758 A G 70.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=0.727;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:20.47:100,0,20 13 35630064 rs9530108 A G 122.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=0.731;QD=24.50;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:14.58:152,0,15 13 36402325 rs2296644 T A 86.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.933;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=6.18;ReadPosRankSum=0.400;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:116,0,278 13 36532154 . T C 99.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9648;MQ0=0;MQ=51.30;MQRankSum=-1.638;QD=12.43;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:71.44:129,0,71 13 36686138 rs3748308 T C 1906.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.372;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=0.683;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=1.312;QD=15.50;ReadPosRankSum=0.690;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,72:123:99:1937,0,1335 13 36744800 rs2296967 G A 524.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.184;HRun=0;HaplotypeScore=1.9731;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.794;QD=11.41;ReadPosRankSum=-0.706;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:555,0,694 13 37012017 rs61755284 C A 1103.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.481;DB;DP=91;Dels=0.00;FS=1.699;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.663;QD=12.13;ReadPosRankSum=-1.544;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,46:91:99:1134,0,1129 13 37012831 rs61755283 G A 713.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-1.274;QD=15.50;ReadPosRankSum=-0.942;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,26:46:99:743,0,490 13 37014366 rs2282411 G A 444.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.846;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.081;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=57.96;MQRankSum=-2.009;QD=14.82;ReadPosRankSum=-0.167;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:475,0,433 13 37016284 rs79227961 A T 348.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=2.026;HRun=7;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=-0.532;QD=10.24;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:378,0,625 13 37368713 . CATGG C 414.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.429;DP=20;FS=1.829;HRun=0;HaplotypeScore=95.7348;MQ0=0;MQ=58.22;MQRankSum=-1.184;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.939;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:454,0,753 13 37369136 rs3934269 A T 118.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=14.78;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:65.29:148,0,65 13 37401917 rs11285105 GT G 151.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=14.5662;MQ0=0;MQ=60.00;QD=25.27;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:194,18,0 13 37446711 rs9576126 G T 147.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.529;QD=12.27;ReadPosRankSum=-1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:177,0,174 13 37583831 rs9469 G A 2599.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.623;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=1.003;QD=27.36;ReadPosRankSum=0.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,94:95:99:2632,175,0 13 37593424 rs9566175 T C 114.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.221;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:98.79:144,0,99 13 38320594 rs35278654 TA T 548.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=42;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=139.2729;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=1.621;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.174;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:12,24:42:83.09:591,83,0 13 38357471 rs3904512 G A 552.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.494;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=14.044;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.986;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.836;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,23:38:99:582,0,463 13 38357494 rs12583681 G A 175.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.739;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=4.183;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.127;QD=6.07;ReadPosRankSum=1.911;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:99:206,0,563 13 39262826 . C G 464.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.817;QD=17.87;ReadPosRankSum=1.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,16:26:99:495,0,262 13 39266484 rs1868463 G A 547.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.042;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=1.236;HRun=0;HaplotypeScore=5.6798;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-0.267;QD=13.68;ReadPosRankSum=-0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:577,0,484 13 39420663 rs9548502 T C 62.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.78;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.25:92,0,131 13 39420923 rs9548503 T G 368.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.123;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=-0.073;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:399,0,300 13 39420971 rs9548504 A G 140.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=15.67;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:171,0,127 13 39422624 rs9548505 C T 960.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.143;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.067;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.508;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,42:86:99:991,0,1092 13 39424253 rs9548506 C G 569.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.424;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.696;HRun=0;HaplotypeScore=3.9876;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=0.743;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.230;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:599,0,541 13 39424254 rs9548507 T C 580.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.157;HRun=1;HaplotypeScore=3.9876;MQ0=0;MQ=58.54;MQRankSum=-0.400;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:46:99:610,0,535 13 39430443 rs9548510 G A 217.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.288;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.311;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,10:18:99:248,0,237 13 39435557 . T TTC 941.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.716;DP=43;FS=1.298;HRun=0;HaplotypeScore=135.0440;MQ0=0;MQ=60.57;MQRankSum=-0.801;QD=21.89;ReadPosRankSum=-0.959;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,22:43:99:980,0,572 13 39446869 rs9532295 G A 430.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.740;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.690;QD=11.64;ReadPosRankSum=0.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:461,0,596 13 39450139 rs1945510 A C 825.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.111;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.37;MQRankSum=0.273;QD=15.29;ReadPosRankSum=-1.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,32:54:99:856,0,555 13 39451557 rs1945509 A T 237.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.480;QD=23.73;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:41.29:267,0,41 13 39542531 rs7323023 A C 1680.29 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.062;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.67;MQRankSum=-1.237;QD=30.01;ReadPosRankSum=0.804;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,55:56:92.42:1713,92,0 13 39544663 rs9315639 C T 91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=11.38;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:121,0,139 13 39622075 rs9532318 T C 771.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.924;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=1.617;QD=25.72;ReadPosRankSum=1.617;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:32.78:805,33,0 13 41195411 rs12583418 G A 299.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.077;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=16.63;ReadPosRankSum=0.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:329,0,144 13 41323397 rs13508 C T 321.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.156;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.9752;MQ0=0;MQ=58.34;MQRankSum=0.659;QD=9.46;ReadPosRankSum=0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:352,0,571 13 41437824 rs9315790 T G 359.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=9.360;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.18;MQRankSum=-0.024;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:389,0,300 13 41437859 rs35741564 T TC 556.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.812;DB;DP=28;FS=6.152;HRun=6;HaplotypeScore=113.5114;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=-0.791;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.360;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:595,0,222 13 41437926 rs7339089 C T 383.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.613;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.104;QD=25.57;ReadPosRankSum=0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:37.83:414,0,38 13 41438067 rs9315791 G A 69.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=11.55;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.27:99,0,64 13 41495618 . C G 324.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.615;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.026;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:355,0,326 13 41515286 rs1056820 T A 802.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=6.054;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.17;MQRankSum=0.759;QD=15.73;ReadPosRankSum=2.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,33:51:99:832,0,493 13 41515371 rs7987185 C T 426.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.207;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=2.932;HRun=0;HaplotypeScore=2.8626;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=0.085;QD=9.91;ReadPosRankSum=1.035;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:456,0,633 13 41525586 rs3736953 A G 237.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.80;MQRankSum=1.228;QD=10.32;ReadPosRankSum=-1.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:23:99:267,0,423 13 41533052 rs7799 T C 972.73 PASS 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C G 572.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=34;Dels=0.00;FS=1.678;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.673;QD=16.83;ReadPosRankSum=0.992;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:602,0,328 13 45594584 rs7331627 T C 402.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3646;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.666;QD=14.92;ReadPosRankSum=1.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:433,0,275 13 45914835 rs2234217 C G 74.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.341;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.470;QD=7.46;ReadPosRankSum=1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:105,0,131 13 45914957 rs2234216 T C 86.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:23.54:117,0,24 13 45975241 . T G 606.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.736;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=-0.090;QD=12.38;ReadPosRankSum=-2.114;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:637,0,629 13 46010469 rs9534145 A C 634.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.682;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5877;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=-0.864;QD=11.97;ReadPosRankSum=-1.755;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:665,0,767 13 46010676 rs9526075 C T 725.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.479;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=12.239;HRun=0;HaplotypeScore=2.7258;MQ0=0;MQ=59.82;MQRankSum=-0.660;QD=17.27;ReadPosRankSum=-0.557;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,26:42:99:755,0,381 13 46103935 rs2274285 A G 195.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.739;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.757;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=1.350;QD=9.77;ReadPosRankSum=2.739;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:225,0,377 13 46104130 rs2274286 G C 331.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.892;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.262;QD=14.42;ReadPosRankSum=-1.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:362,0,372 13 46104663 rs2404217 C T 69.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.97;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:68.24:100,0,68 13 46276503 rs872556 G C 662.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=5.699;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.537;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.126;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,25:45:99:693,0,672 13 46277016 rs755428 A G 272.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.831;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.211;QD=14.33;ReadPosRankSum=0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:302,0,186 13 46538118 . G T 255.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.124;DP=36;Dels=0.00;FS=3.179;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=58.63;MQRankSum=0.597;QD=7.09;ReadPosRankSum=0.427;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:285,0,655 13 46550061 rs11428563 G GT 418.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=18.5925;MQ0=0;MQ=61.07;QD=41.88;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:461,30,0 13 46930536 rs181977 C A 62.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.16;MQRankSum=-1.866;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:92.46:92,0,208 13 46937193 rs259699 T C 141.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=14.11;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:171,0,143 13 46942081 rs2476664 A G 60.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.70;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:90.91:91,0,124 13 46946157 rs1408184 C T 365.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.635;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.248;QD=14.60;ReadPosRankSum=0.250;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:395,0,291 13 47279375 rs67521665 C CT 283.47 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=35.9052;MQ0=0;MQ=61.64;QD=21.81;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,10:13:30.07:325,30,0 13 47354101 rs9778 C T 544.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.675;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=-0.234;QD=10.08;ReadPosRankSum=1.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,26:54:99:574,0,565 13 47365450 rs72513087 G GT 155.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=20.8552;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=15.56;ReadPosRankSum=-2.148;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:195,0,165 13 47466622 rs6305 G A 1870.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.493;DB;DP=148;DS;Dels=0.00;FS=1.553;HRun=0;HaplotypeScore=2.7024;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=0.436;QD=12.64;ReadPosRankSum=1.715;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,70:148:99:1900,0,2258 13 47466781 rs2296973 T G 57.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.386;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.22:87,0,227 13 47469940 rs6313 G A 310.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.381;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.441;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.899;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:340,0,473 13 48337637 rs1924802 G C 251.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.239;QD=20.99;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:282,0,118 13 48337770 . T C 453.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.477;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.385;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:484,0,631 13 48547467 rs7320366 A T 139.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.226;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.549;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.226;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:169,0,443 13 48563008 rs6561424 G A 360.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.951;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.666;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.017;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:34:99:390,0,582 13 48671081 rs1571256 A G 244.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.945;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.603;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.11;MQRankSum=-0.297;QD=11.12;ReadPosRankSum=-0.033;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:275,0,267 13 49034022 rs10648129 A AT 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C G 349.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.354;DP=23;Dels=0.00;FS=7.915;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.913;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:380,0,251 13 103343428 rs9518810 A G 72.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.17;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:103,0,28 13 103418728 rs8054 A G 128.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.289;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.452;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.219;QD=6.78;ReadPosRankSum=0.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:159,0,360 13 103420671 rs33970546 T TA 169.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.951;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=55.2997;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.099;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:208,0,187 13 103420680 rs1470654 C A 112.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.951;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=2.025;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:143,0,227 13 103445609 rs11441956 G GT 228.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=11.1164;MQ0=0;MQ=60.00;QD=38.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:270,18,0 13 103449202 rs1047740 T C 300.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.090;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.090;QD=21.49;ReadPosRankSum=0.311;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:50.98:331,0,51 13 103459861 rs41281670 A G 474.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.459;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.207;HRun=0;HaplotypeScore=3.6187;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.576;QD=12.17;ReadPosRankSum=-2.430;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:505,0,485 13 103474382 rs2274390 G A 219.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.553;QD=8.46;ReadPosRankSum=-2.029;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:250,0,431 13 103474566 . T TAC 187.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.5790;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.876;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.361;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:226,0,119 13 103486912 rs76812904 C T 200.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.357;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.576;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.947;QD=6.67;ReadPosRankSum=-0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,11:30:99:230,0,548 13 103498545 rs2296148 C T 67.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.79;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:97,0,27 13 103504517 rs1047768 T C 454.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.782;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=4.546;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-1.137;QD=10.33;ReadPosRankSum=-1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:484,0,577 13 103515085 rs2227869 G C 198.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.728;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.565;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.728;QD=7.35;ReadPosRankSum=0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,10:27:99:228,0,476 13 103528342 rs4150390 G A 69.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=9.93;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:100,0,139 13 107145829 rs3742160 A T 618.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.271;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=2.722;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.881;QD=18.74;ReadPosRankSum=-2.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,23:33:99:649,0,312 13 107209378 rs9587157 T C 813.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.091;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.701;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.991;QD=18.49;ReadPosRankSum=-0.012;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:844,0,475 13 108518444 rs1771137 G A 402.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.637;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.418;QD=13.88;ReadPosRankSum=-0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:432,0,394 13 108861913 rs1805386 A G 446.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.933;QD=21.26;ReadPosRankSum=-0.410;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,14:21:99:476,0,177 13 109459020 rs9301323 G A 365.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.759;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9956;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=-0.417;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:395,0,464 13 110831866 rs10492497 T C 53.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.55:83,0,61 13 110838814 rs61749897 A G 421.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.203;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:452,0,444 13 110855918 . 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C T 915.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.845;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.69;MQRankSum=-2.176;QD=20.81;ReadPosRankSum=-1.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,36:44:99:946,0,187 14 20097349 rs3000536 A G 903.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.753;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.74;MQRankSum=-0.400;QD=21.51;ReadPosRankSum=-1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,34:42:99:934,0,183 14 20137126 rs79288167 GA G 113.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=10;FS=3.522;HRun=11;HaplotypeScore=38.0092;MQ0=0;MQ=43.91;MQRankSum=-0.751;QD=11.33;ReadPosRankSum=0.751;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:6.22:152,0,6 14 20137564 rs4399480 G A 138.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.201;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.112;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.33;MQRankSum=-1.171;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:169,0,433 14 20137587 rs4399482 G A 133.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=53.42;MQRankSum=-0.484;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.097;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:164,0,535 14 20137680 rs67154051 C A 376.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.949;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=4.933;HRun=0;HaplotypeScore=2.6219;MQ0=0;MQ=53.02;MQRankSum=0.727;QD=7.84;ReadPosRankSum=0.561;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:406,0,737 14 20137730 . 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C G 149.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.387;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:179,0,140 14 22591583 . 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CA C 157.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.634;DP=41;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=282.0385;MQ0=0;MQ=60.38;MQRankSum=-1.692;QD=3.83;ReadPosRankSum=0.986;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:99:196,0,434 14 23371269 . GCA G 234.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.338;DP=41;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=298.4210;MQ0=0;MQ=60.38;MQRankSum=-1.103;QD=5.71;ReadPosRankSum=1.309;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,9:41:99:273,0,1189 14 23391533 rs3830953 C CACAA 3054.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=50;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=159.5904;MQ0=0;MQ=51.10;QD=61.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,38:50:99:3096,126,0 14 23443962 rs941721 T C 134.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.521;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=4.7939;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.174;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:164,0,280 14 23459156 rs11624528 G A 207.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.689;QD=17.31;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:238,0,159 14 23465542 . 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T A 775.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DP=56;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=-0.396;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.923;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:805,0,697 14 23777099 rs2231301 G A 512.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.090;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=6.094;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.157;QD=17.67;ReadPosRankSum=-0.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:542,0,317 14 23816998 rs12896494 T C 118.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.135;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:149,0,194 14 23848311 rs723840 C T 378.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.446;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=-1.420;QD=9.47;ReadPosRankSum=-1.961;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:409,0,496 14 23851874 rs178636 A G 100.51 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T G 787.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.235;DP=62;Dels=0.00;FS=2.137;HRun=1;HaplotypeScore=2.8863;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=-0.570;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,33:62:99:818,0,636 14 31787579 rs72066767 ATTAT A 251.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=59.7241;MQ0=0;MQ=56.35;MQRankSum=0.000;QD=19.34;ReadPosRankSum=1.036;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:290,0,280 14 31922408 rs34278949 G A 61.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.70;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.62:92,0,151 14 32711695 rs12433700 T G 271.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=0.113;QD=16.95;ReadPosRankSum=-0.680;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:301,0,125 14 33015014 rs7150894 G A 385.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.637;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=3.524;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.348;QD=16.07;ReadPosRankSum=0.348;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:416,0,290 14 33165182 rs3742929 C T 143.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.588;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.44;MQRankSum=1.524;QD=5.97;ReadPosRankSum=-1.397;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:173,0,394 14 33242863 rs2273163 T C 1241.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.214;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=17.584;HRun=0;HaplotypeScore=4.8961;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=0.979;QD=12.41;ReadPosRankSum=-0.280;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,46:100:99:1271,0,1486 14 33291494 rs11845640 C T 279.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.088;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=6.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.550;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.626;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:310,0,265 14 33292743 rs2239647 A C 305.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.643;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.359;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.543;QD=14.56;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:336,0,202 14 33292914 rs2239648 A C 680.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.976;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=4.249;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=-0.203;QD=14.47;ReadPosRankSum=0.352;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,25:47:99:710,0,630 14 33293122 rs1051695 A G 565.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.802;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=1.154;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=-0.704;QD=12.85;ReadPosRankSum=-1.516;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,26:44:99:596,0,532 14 34269167 rs12434716 G C 134.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.475;QD=6.72;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:164,0,381 14 34395148 rs3832940 GA G 685.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.695;DB;DP=32;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=85.4280;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=1.342;QD=21.43;ReadPosRankSum=-0.103;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,21:32:99:725,0,435 14 34396100 rs10137361 C T 68.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.13;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:99,0,29 14 34955132 rs17523454 A C 72.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.988;QD=12.17;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:86.61:103,0,87 14 34955631 rs71453618 CA C 331.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DB;DP=40;FS=3.261;HRun=9;HaplotypeScore=104.6742;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.359;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:371,0,423 14 35408648 rs28373355 A G 435.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.166;HRun=1;HaplotypeScore=2.9743;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.283;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.850;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:466,0,342 14 35409214 rs1967723 T C 380.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.027;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=6.437;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=0.684;QD=15.22;ReadPosRankSum=-1.013;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:410,0,292 14 35409317 . 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C T 296.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.623;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.467;QD=21.21;ReadPosRankSum=0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:50.94:327,0,51 14 39870296 rs10146622 T C 149.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=21.37;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:56.82:180,0,57 14 39871017 rs7156962 T C 571.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=16.600;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.163;QD=14.29;ReadPosRankSum=-1.490;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:602,0,521 14 44589970 rs3809431 T C 183.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.343;QD=7.07;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:214,0,393 14 44974154 rs71108655 A AGGGGCCTCCTCAGCTGGTGGAGGCTGAACTTCAGAG 221.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=199.9993;MQ0=0;MQ=60.63;QD=18.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:12:24.05:264,24,0 14 44975510 rs3809430 C T 1000.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.217;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.590;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.191;QD=31.25;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:44.96:1033,45,0 14 45400737 . G A 181.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.13;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:54.22:211,0,54 14 45489944 rs111996076 C G 393.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.673;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8893;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.765;QD=8.37;ReadPosRankSum=0.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:423,0,822 14 45633522 rs78455731 A G 104.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=11.56;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:134,0,161 14 45644589 rs1367580 G T 133.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=10.296;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.133;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.680;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:163,0,224 14 45650813 rs8020533 G A 125.59 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G A 851.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.643;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.649;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,34:67:99:882,0,952 14 51228655 rs12883882 C G 568.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.378;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=2.996;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.088;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.822;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:598,0,426 14 51237701 rs17793018 A G 372.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.333;HRun=0;HaplotypeScore=2.4521;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.099;QD=11.29;ReadPosRankSum=-0.522;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:403,0,355 14 51245666 rs7143959 T C 61.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9829;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=7.67;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:91.38:91,0,148 14 51259463 . C T 471.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.830;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.480;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:502,0,574 14 51289874 rs1547077 G T 431.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=23.96;ReadPosRankSum=0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:4.49:462,4,0 14 51355517 rs10144606 C A 380.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.587;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=4.501;HRun=0;HaplotypeScore=1.9841;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-0.470;QD=13.57;ReadPosRankSum=-0.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:410,0,321 14 51368610 rs28564871 A G 249.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.768;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.20;MQRankSum=1.088;QD=11.32;ReadPosRankSum=-1.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:279,0,315 14 51370784 rs4901064 G C 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C G 66.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=8.26;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:96.05:96,0,149 14 58752112 rs8009527 G A 165.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=18.41;ReadPosRankSum=-0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:58.92:196,0,59 14 58766617 rs1957038 A G 481.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=0.733;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:512,0,650 14 58771632 rs7155580 A G 400.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.311;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=-0.665;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.690;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:431,0,423 14 58831142 rs1051858 A G 326.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.814;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.302;QD=10.20;ReadPosRankSum=-0.340;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:356,0,417 14 58838668 rs1051860 A G 383.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.116;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.073;QD=10.95;ReadPosRankSum=1.403;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:413,0,462 14 58838701 rs1051861 C T 287.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.052;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.136;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:317,0,397 14 59112475 rs863091 C T 560.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.266;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=1.104;QD=12.75;ReadPosRankSum=-0.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:591,0,525 14 59113430 rs698025 G A 133.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.676;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:164,0,157 14 59261651 rs10483703 G A 302.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.305;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.804;QD=12.11;ReadPosRankSum=1.082;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:333,0,388 14 59792842 . T G 104.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.927;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=8.06;ReadPosRankSum=-0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:135,0,250 14 59961971 rs35919683 TG T 474.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=45.7188;MQ0=0;MQ=65.79;QD=31.66;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:45.06:517,45,0 14 60581673 rs72261200 CT C 192.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=26.4197;MQ0=0;MQ=60.00;QD=17.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:26.99:234,27,0 14 60749314 . A T 82.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.365;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:112,0,197 14 60938319 rs35543839 T C 168.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.042;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=1.196;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.810;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:199,0,342 14 60976537 rs33912345 C A 128.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.318;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.847;QD=8.05;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:159,0,291 14 61857969 rs3742633 A G 264.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.453;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:294,0,156 14 62211578 rs10645014 CGTGT C 226.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=42.8956;MQ0=0;MQ=61.19;QD=25.21;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,6:9:18.06:269,18,0 14 62212486 . T C 549.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.735;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9940;MQ0=0;MQ=57.32;MQRankSum=2.009;QD=12.21;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:579,0,547 14 62249083 . C T 337.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.028;DP=24;Dels=0.00;FS=1.810;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-1.217;QD=14.08;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:368,0,257 14 62299016 rs72716755 G A 700.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.232;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.029;HRun=0;HaplotypeScore=3.9903;MQ0=0;MQ=59.67;MQRankSum=-0.377;QD=12.30;ReadPosRankSum=-0.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,31:57:99:731,0,629 14 62550877 rs2353778 G A 342.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.043;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-1.820;QD=12.69;ReadPosRankSum=-1.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:373,0,389 14 63269317 rs12588427 T C 113.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.896;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.06;MQRankSum=1.845;QD=6.65;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:143,0,295 14 63784407 rs11452510 A AG 1378.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=70.7875;MQ0=0;MQ=60.19;QD=41.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,33:33:98.35:1420,98,0 14 64375794 . C T 310.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7214;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.339;QD=13.48;ReadPosRankSum=1.262;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:340,0,371 14 64375985 rs2275018 G T 228.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.367;QD=12.04;ReadPosRankSum=-1.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:259,0,340 14 64476680 rs7146588 T A 213.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.747;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.495;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.692;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:243,0,285 14 64491695 rs4902264 T C 471.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.118;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.264;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=-0.512;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.486;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:502,0,650 14 64496763 rs11850509 T C 323.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.307;QD=17.01;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:353,0,127 14 64497930 rs4027404 G A 495.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.536;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.18;MQRankSum=0.578;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.622;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,21:52:99:525,0,885 14 64519455 rs3829767 A G 381.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.706;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.222;QD=19.08;ReadPosRankSum=-0.873;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:99:412,0,114 14 64520020 rs11847087 A G 183.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=1.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-1.838;QD=11.44;ReadPosRankSum=-2.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:213,0,212 14 64520416 rs10138253 G A 429.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.620;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=6.284;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.880;QD=22.59;ReadPosRankSum=-0.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:67.84:459,0,68 14 64522674 rs8010911 G C 209.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.123;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.919;QD=9.98;ReadPosRankSum=0.253;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:240,0,358 14 64522843 rs8010699 A G 332.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=10.09;ReadPosRankSum=0.958;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:363,0,456 14 64548419 rs17101626 C G 58.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:88.95:89,0,144 14 64554266 rs72720309 G A 385.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.366;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9953;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=2.544;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,17:48:99:416,0,787 14 64554517 rs17101637 A G 202.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.428;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.872;QD=13.49;ReadPosRankSum=-1.927;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:232,0,218 14 64556271 rs72720312 T C 199.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=1.958;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.362;QD=11.11;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:230,0,163 14 64557567 rs10137916 C T 193.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.271;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.480;QD=19.34;ReadPosRankSum=-0.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:57:223,0,57 14 64557734 rs10137972 A C 261.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.757;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.312;QD=20.12;ReadPosRankSum=-2.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:292,0,119 14 64564680 rs17101661 G A 569.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.760;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=2.493;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.738;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,22:45:99:599,0,530 14 64604650 . A G 345.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.517;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.789;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:376,0,337 14 64610629 . G A 2426.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.809;DP=215;DS;Dels=0.00;FS=1.783;HRun=0;HaplotypeScore=11.8555;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=0.944;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.565;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,100:215:99:2456,0,2967 14 64896995 rs112184804 CG C 108.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.395;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=78.6070;MQ0=0;MQ=60.43;MQRankSum=1.306;QD=4.33;ReadPosRankSum=1.306;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:147,0,465 14 64897018 rs59096477 C A 146.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.791;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.424;QD=11.30;ReadPosRankSum=1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:177,0,231 14 64898459 rs60806768 A G 274.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.648;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:305,0,130 14 64898463 rs59770063 G A 238.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.324;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:269,0,159 14 64908845 rs2236225 G A 497.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.181;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.471;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.148;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.611;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,19:48:99:528,0,705 14 64909151 rs2236224 G A 442.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.179;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.239;QD=18.45;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:473,0,198 14 65007547 rs17101919 G T 631.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.025;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.259;QD=20.36;ReadPosRankSum=-0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:661,0,269 14 65008251 rs1063391 C T 517.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.80;MQRankSum=1.747;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.651;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,20:45:99:547,0,663 14 65031572 rs4902293 A G 1740.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.796;DB;DP=146;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8785;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=0.456;QD=11.92;ReadPosRankSum=0.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:76,70:146:99:1770,0,2052 14 65054966 rs116953714 C T 859.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.544;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.329;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.16;MQRankSum=-1.073;QD=15.63;ReadPosRankSum=2.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:890,0,649 14 65067106 rs72516733 CCT C 917.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.798;DB;DP=42;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=133.1105;MQ0=0;MQ=53.74;MQRankSum=0.856;QD=21.85;ReadPosRankSum=-0.856;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:957,0,950 14 65197791 rs61742295 C A 709.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.950;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.097;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.744;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,33:66:99:740,0,965 14 65203523 . 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G A 644.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DP=45;Dels=0.00;FS=1.206;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=-0.193;QD=14.32;ReadPosRankSum=-0.284;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:674,0,591 14 65392722 rs72726300 T C 910.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.599;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.314;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.220;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,40:70:99:941,0,746 14 65392918 rs2147615 G A 76.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.25;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.24:106,0,66 14 65415366 rs1886506 C T 340.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.432;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.49;MQRankSum=-0.849;QD=12.62;ReadPosRankSum=0.607;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:371,0,438 14 65415472 . 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G A 135.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.589;QD=16.93;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:60.23:165,0,60 14 69791308 rs2045194 T A 92.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.437;QD=7.13;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:123,0,237 14 69795199 rs12879377 G A 1412.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.786;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=-0.278;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.262;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,52:94:99:1443,0,961 14 69798284 rs1147461 G A 997.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.232;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=10.268;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=-0.246;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,38:82:99:1027,0,1420 14 69799892 rs1275677 A G 278.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.197;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.292;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:309,0,333 14 69818891 rs76571673 G A 113.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.648;QD=7.58;ReadPosRankSum=-0.884;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:144,0,291 14 70028088 rs74346423 C T 85.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=10.64;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:64.07:115,0,64 14 70171604 rs79592875 A G 64.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:61.33:95,0,61 14 70352100 . C T 293.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.855;DP=29;Dels=0.00;FS=2.291;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=0;MQ=52.99;MQRankSum=-2.785;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:323,0,365 14 70352477 rs55954985 G A 117.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.027;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=4.545;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.29;MQRankSum=0.479;QD=5.35;ReadPosRankSum=-2.175;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,6:22:99:148,0,404 14 70352817 rs56101942 G A 148.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.027;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=46.78;MQRankSum=-0.545;QD=8.76;ReadPosRankSum=2.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:179,0,139 14 70478173 . CA C 253.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.607;DP=24;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=116.8821;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=1.506;QD=10.55;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:292,0,421 14 70478176 rs116375526 C T 323.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.605;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=1.441;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,13:25:99:354,0,342 14 70496867 rs227402 C T 90.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:97.79:121,0,98 14 70527420 rs45554836 G A 73.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.11;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:103,0,108 14 70530530 rs72729840 G T 477.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.640;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.397;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=0.361;QD=14.91;ReadPosRankSum=-0.285;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,18:32:99:507,0,332 14 70634546 rs7161524 C T 438.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.925;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.402;HRun=2;HaplotypeScore=2.7669;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.298;QD=14.15;ReadPosRankSum=0.218;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:469,0,423 14 70712274 rs1812858 A G 314.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.764;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=9.640;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.94;MQRankSum=-2.990;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:345,0,441 14 70712324 rs34402526 CA C 278.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=91.0947;MQ0=0;MQ=59.22;QD=18.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:15:40.95:321,41,0 14 70712880 rs2296918 A C 288.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.501;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=15.051;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=2;MQ=52.26;MQRankSum=-0.630;QD=8.25;ReadPosRankSum=-1.165;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:319,0,566 14 70713156 rs11629177 G A 697.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4521;MQ0=4;MQ=40.56;MQRankSum=-0.790;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.805;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,34:63:99:727,0,548 14 70713720 rs72159324 AATC A 1051.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.329;DB;DP=63;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=241.1134;MQ0=0;MQ=47.15;MQRankSum=1.609;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.232;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,26:63:99:1090,0,2429 14 70713961 . G A 161.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DP=20;Dels=0.00;FS=2.098;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=51.91;MQRankSum=0.042;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:191,0,328 14 70713962 . T C 173.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.694;DP=21;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=51.29;MQRankSum=-0.396;QD=8.28;ReadPosRankSum=-0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:204,0,360 14 70713981 rs12586570 A G 172.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.872;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.33;MQRankSum=-0.226;QD=7.20;ReadPosRankSum=0.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:203,0,410 14 70714027 rs28562608 A T 537.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.595;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.227;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.30;MQRankSum=-2.183;QD=13.11;ReadPosRankSum=-1.320;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:568,0,528 14 70714028 rs28597838 C G 545.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.392;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.283;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.30;MQRankSum=-2.994;QD=13.31;ReadPosRankSum=-1.477;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,22:41:99:576,0,537 14 70714091 rs117006186 C T 469.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.075;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=7.133;HRun=0;HaplotypeScore=4.9776;MQ0=2;MQ=46.80;MQRankSum=5.090;QD=6.81;ReadPosRankSum=-0.514;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,20:69:99:500,0,1214 14 70714162 rs4899340 A G 432.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.701;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.672;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=46.36;MQRankSum=-4.355;QD=9.20;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:462,0,747 14 70714172 rs4899341 T C 306.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.834;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=44.81;MQRankSum=-4.238;QD=6.67;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:337,0,761 14 70714259 rs7144638 A G 540.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.345;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=11.151;HRun=3;HaplotypeScore=1.7356;MQ0=0;MQ=47.25;MQRankSum=-4.366;QD=11.76;ReadPosRankSum=-0.132;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,21:46:99:571,0,744 14 70714560 . 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T G 305.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.426;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=1.195;QD=14.53;ReadPosRankSum=1.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:335,0,180 14 92268531 rs10498631 C T 103.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=0.550;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:94.77:134,0,95 14 92280037 rs10134181 T C 156.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=5.219;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.475;QD=11.15;ReadPosRankSum=1.222;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:186,0,166 14 92336775 rs929608 T C 280.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.290;QD=23.34;ReadPosRankSum=-1.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:5.49:309,0,5 14 92347680 rs2430347 A G 256.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.953;QD=16.03;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:286,0,219 14 92537354 . 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C T 753.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.120;DP=93;Dels=0.00;FS=1.812;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.47;MQRankSum=0.599;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,31:93:99:784,0,1502 14 93303850 rs4904995 T TG 223.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=71.2223;MQ0=0;MQ=41.96;QD=24.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,7:9:26.97:266,27,0 14 93303854 rs74598769 T C 174.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.96;MQRankSum=-1.666;QD=19.35;ReadPosRankSum=1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:43.34:204,0,43 14 93398031 rs9658655 G C 951.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=1.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.260;QD=12.36;ReadPosRankSum=-0.975;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,36:77:99:981,0,1004 14 93398078 rs9658656 G A 625.31 PASS 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G A 378.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=30;Dels=0.00;FS=3.155;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.021;QD=12.61;ReadPosRankSum=-0.935;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:408,0,400 14 96770952 rs36013915 CAA C 221.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.938;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=105.1913;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=-0.457;QD=8.84;ReadPosRankSum=0.065;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:25:83.07:260,0,83 14 96772075 . G A 347.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.429;DP=38;Dels=0.00;FS=4.887;HRun=0;HaplotypeScore=1.9699;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.783;QD=9.16;ReadPosRankSum=-1.050;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:378,0,590 14 96776008 rs2289628 A G 71.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.58:101,0,64 14 96777408 rs3759602 T C 950.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.143;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.908;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.699;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,31:64:99:980,0,931 14 96777468 rs3759601 G C 1535.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.105;DB;DP=127;Dels=0.00;FS=2.410;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=0.435;QD=12.09;ReadPosRankSum=0.799;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,56:127:99:1566,0,1908 14 96852071 rs1545280 T C 207.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=12.95;ReadPosRankSum=-0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:237,0,291 14 97299853 rs2145635 A G 305.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.646;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.390;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.318;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.291;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:336,0,435 14 97321689 rs2230532 C T 350.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.429;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.5627;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.429;QD=6.49;ReadPosRankSum=-0.488;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:54:99:381,0,855 14 99183532 . C T 295.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.142;DP=51;Dels=0.00;FS=2.735;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.179;QD=5.79;ReadPosRankSum=1.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,14:51:99:325,0,1015 14 99439648 rs4905786 G A 311.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=0.793;QD=19.45;ReadPosRankSum=-0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:341,0,138 14 99723614 . 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G C 87.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.550;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:62.49:117,0,62 14 103405852 rs77448485 G C 237.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.324;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.209;QD=15.82;ReadPosRankSum=0.150;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:267,0,193 14 103440473 rs8009219 G C 120.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.596;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5698;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.374;QD=5.75;ReadPosRankSum=1.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:151,0,435 14 103574968 rs41301467 G C 292.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=1.122;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:323,0,234 14 103749368 rs11160742 T C 522.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.851;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.709;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.487;QD=12.45;ReadPosRankSum=0.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:553,0,445 14 103840904 rs11629297 C G 332.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.177;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.40;MQRankSum=-1.068;QD=13.29;ReadPosRankSum=-1.505;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:362,0,289 14 103841018 rs6575979 A G 260.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.892;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.834;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.72;MQRankSum=-0.341;QD=11.32;ReadPosRankSum=0.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:290,0,360 14 103878774 rs12882130 C G 97.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:127,0,218 14 103878882 rs4906321 T C 70.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.56;MQRankSum=-0.922;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:89.34:100,0,89 14 103878949 rs4900573 C T 90.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.34;MQRankSum=-1.881;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:121,0,137 14 103918182 rs2273702 G C 225.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.371;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:255,0,439 14 103923475 rs2273699 A G 525 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.227;QD=12.50;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:555,0,572 14 103931879 rs1116095 A G 384.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.373;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.690;HRun=1;HaplotypeScore=2.9885;MQ0=0;MQ=59.31;MQRankSum=0.849;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:415,0,347 14 103986255 rs1803283 C T 406.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.040;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.501;QD=17.66;ReadPosRankSum=-0.902;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:436,0,222 14 104027557 rs11625397 C T 237.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.484;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=1.286;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.165;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:268,0,319 14 104136469 rs80093988 CT C 1047.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=76.2081;MQ0=0;MQ=59.55;QD=37.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,28:28:84.27:1090,84,0 14 104165411 rs17101777 G A 72.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.69:103,0,33 14 104165753 rs861539 G A 176.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=25.19;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:12.37:206,0,12 14 104167075 rs861537 C T 423.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.199;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=6.903;HRun=0;HaplotypeScore=2.9322;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.047;QD=15.11;ReadPosRankSum=2.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:453,0,247 14 104195346 . G A 466.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.711;DP=44;Dels=0.00;FS=2.619;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.592;QD=10.60;ReadPosRankSum=-0.735;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,19:44:99:496,0,681 14 104201598 . GA G 348.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=20;FS=2.199;HRun=1;HaplotypeScore=69.0977;MQ0=0;MQ=61.07;MQRankSum=-0.124;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.454;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:387,0,326 14 104378852 rs8095 G A 109.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.18;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:62.28:139,0,62 14 104452640 rs10143389 G A 327.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.064;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.919;QD=15.60;ReadPosRankSum=0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:358,0,168 14 104470686 rs28391043 G A 75.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=50.38;MQRankSum=0.896;QD=6.91;ReadPosRankSum=1.034;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:106,0,184 14 104481083 rs11160779 T C 721.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.726;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=0.147;QD=14.43;ReadPosRankSum=-0.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:752,0,605 14 104491086 rs71863477 TACAC T 193.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.3055;MQ0=0;MQ=57.52;QD=19.39;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,5:10:15.05:236,15,0 14 104559852 rs941953 T C 806.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.686;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=3.658;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.065;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.614;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:837,0,727 14 104559919 rs1770984 T C 499.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.387;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=2.826;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.598;QD=9.07;ReadPosRankSum=-0.632;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:529,0,788 14 104559922 rs1744284 C G 500.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.319;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=2.825;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.060;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.979;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,19:50:99:531,0,825 14 104561998 rs1770983 T C 172.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=0.065;QD=12.29;ReadPosRankSum=-1.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:202,0,198 14 104578817 rs11850264 G A 96.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=8.01;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:126,0,181 14 104750871 rs28652801 G A 70.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:101,0,33 14 105057469 rs12101279 G A 72.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.10;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:67.52:103,0,68 14 105063253 rs11629201 C T 224.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.955;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.854;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.985;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:255,0,371 14 105177351 rs3840006 CA C 355.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=25.1150;MQ0=0;MQ=63.17;QD=35.56;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.07:398,30,0 14 105207134 rs3803307 A G 2141.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;DB;DP=173;Dels=0.00;FS=0.614;HRun=0;HaplotypeScore=1.4679;MQ0=0;MQ=59.35;MQRankSum=1.590;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,88:173:99:2171,0,2254 14 105207642 rs45463395 C T 242.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-2.392;QD=18.65;ReadPosRankSum=-0.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:75.69:272,0,76 14 105213343 rs6644 A G 375.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.893;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.706;QD=10.42;ReadPosRankSum=0.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:405,0,487 14 105238591 rs55839843 CCTGAG C 728.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=142.0831;MQ0=0;MQ=39.08;QD=56.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,13:13:39.05:771,39,0 14 105238636 rs17846832 G C 1205.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.540;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.12;MQRankSum=0.481;QD=33.50;ReadPosRankSum=0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:69.17:1239,69,0 14 105353232 . A G 154 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.715;DP=14;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=55.06;MQRankSum=-0.627;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:184,0,130 14 105413204 rs2582514 G T 4070.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=3.606;HRun=0;HaplotypeScore=5.5558;MQ0=2;MQ=53.69;MQRankSum=0.568;QD=32.56;ReadPosRankSum=0.965;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,123:125:99:4070,294,0 14 105413326 . G A 2757.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.548;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=2.160;HRun=0;HaplotypeScore=2.9675;MQ0=0;MQ=56.70;MQRankSum=1.312;QD=11.07;ReadPosRankSum=0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,105:249:99:2787,0,3882 14 105421236 rs66540327 CAGCCAGCAGGGTAGTGA C 510.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=156.3387;MQ0=0;MQ=52.64;QD=56.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:553,27,0 14 105421745 . C T 290.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.423;QD=22.38;ReadPosRankSum=-1.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:83.11:321,0,83 14 105609335 rs10149229 A G 450.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.548;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.906;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.306;QD=18.01;ReadPosRankSum=-2.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,20:25:80.70:480,0,81 14 105617467 rs116916276 G A 168.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.835;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-1.468;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:198,0,125 14 105618670 rs2238287 T C 176.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.600;QD=14.69;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:206,0,108 14 105644151 rs1882848 T C 283.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.067;QD=20.26;ReadPosRankSum=-0.667;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:314,0,140 14 105686570 rs8005486 T C 143.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:174,0,131 14 105692697 rs12883636 G C 291.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.224;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:321,0,332 14 105695364 rs77453682 C T 225.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.430;QD=7.53;ReadPosRankSum=-0.682;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,10:30:99:256,0,552 14 105850736 . C T 117.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.933;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.800;QD=8.38;ReadPosRankSum=-1.733;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:147,0,289 14 105911710 . C T 304.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=19;Dels=0.00;FS=2.199;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.784;QD=16.00;ReadPosRankSum=-0.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:334,0,191 14 105924603 . 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A C 59.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.358;QD=11.80;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.19:89,0,56 14 106094493 . C T 102.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.720;QD=17.11;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:55.38:133,0,55 14 106094521 . C G 120.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.248;QD=13.36;ReadPosRankSum=2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:59.96:150,0,60 14 106094533 rs60962705 C G 121.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=17.37;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:23.53:152,0,24 14 106110057 rs11160859 G A 2688.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.352;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=2.670;HRun=1;HaplotypeScore=7.4657;MQ0=0;MQ=56.77;MQRankSum=1.674;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.932;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,97:178:99:2719,0,2093 14 106110137 rs8009156 C T 1428.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.403;DB;DP=125;Dels=0.00;FS=3.392;HRun=0;HaplotypeScore=1.6809;MQ0=0;MQ=57.74;MQRankSum=2.161;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,52:125:99:1459,0,2091 14 106110914 rs11627594 G T 743.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.288;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.112;HRun=0;HaplotypeScore=1.8662;MQ0=0;MQ=57.95;MQRankSum=-0.046;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.880;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,30:52:99:773,0,637 14 106110966 rs11557955 C T 111.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.938;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.21;MQRankSum=-0.866;QD=5.56;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:141,0,389 14 106134510 rs10144438 G C 99.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=40.56;MQRankSum=-0.340;QD=5.84;ReadPosRankSum=2.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:129,0,340 14 106134588 rs11349453 AC A 236.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.668;DB;DP=28;FS=5.302;HRun=4;HaplotypeScore=105.3007;MQ0=1;MQ=49.81;MQRankSum=-4.339;QD=7.89;ReadPosRankSum=0.983;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:28:99:276,0,663 14 106134628 rs10144455 C G 345.42 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G A 1291.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=8.927;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.10;MQRankSum=-3.445;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.161;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,50:93:99:1322,0,1193 14 106135271 rs34678053 G A 557.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.434;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.08;MQRankSum=-0.780;QD=13.27;ReadPosRankSum=1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:588,0,578 14 106173790 rs17349690 A G 251.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=10.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.02;MQRankSum=1.866;QD=11.98;ReadPosRankSum=1.303;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:282,0,269 14 106174221 rs117775520 G A 164.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.092;QD=12.65;ReadPosRankSum=0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:194,0,130 14 106174261 rs1407 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T G 187.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.007;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=55.17;MQRankSum=-0.627;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:218,0,171 14 106235611 rs1051112 A T 888.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.362;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=2.354;HRun=0;HaplotypeScore=8.5187;MQ0=4;MQ=51.44;MQRankSum=-5.768;QD=9.56;ReadPosRankSum=0.021;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,47:93:99:919,0,1209 14 106235966 . T C 1488.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.989;DP=102;Dels=0.00;FS=9.001;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.91;MQRankSum=0.694;QD=14.59;ReadPosRankSum=-1.700;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,54:102:99:1518,0,1343 14 106236000 . 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T TCA 1078.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.690;DP=114;FS=11.613;HRun=0;HaplotypeScore=1054.6782;MQ0=0;MQ=54.12;MQRankSum=-7.656;QD=9.46;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,22:114:99:1118,0,3508 14 106866411 . TGG T 638.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.434;DP=121;FS=24.643;HRun=2;HaplotypeScore=1049.0904;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=-7.427;QD=5.28;ReadPosRankSum=2.407;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:98,23:121:99:678,0,5547 14 106866465 rs78660098 A G 1105.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.836;DB;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ0=1;MQ=55.61;MQRankSum=-6.357;QD=5.79;ReadPosRankSum=-2.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:141,50:191:99:1135,0,3926 14 106866565 rs58308167 C A 1445.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.800;DB;DP=213;DS;Dels=0.00;FS=2.678;HRun=0;HaplotypeScore=3.4411;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=-2.369;QD=6.79;ReadPosRankSum=-0.188;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:145,68:213:99:1475,0,4080 14 106866588 rs73379082 T C 1376.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.575;DB;DP=174;DS;Dels=0.00;FS=0.652;HRun=2;HaplotypeScore=3.5063;MQ0=0;MQ=56.59;MQRankSum=-1.747;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:117,57:174:99:1407,0,3253 14 106866654 rs111799426 T C 1103.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.083;DB;DP=164;Dels=0.00;FS=4.262;HRun=5;HaplotypeScore=8.5984;MQ0=2;MQ=51.06;MQRankSum=-6.119;QD=6.73;ReadPosRankSum=1.426;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:113,51:164:99:1133,0,3046 14 106866668 rs112298109 C A 993.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.873;DB;DP=178;Dels=0.00;FS=0.646;HRun=0;HaplotypeScore=3.4938;MQ0=4;MQ=50.35;MQRankSum=-6.870;QD=5.58;ReadPosRankSum=0.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:126,52:178:99:1024,0,3273 14 106866675 rs76077658 C G 1112.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.666;DB;DP=186;Dels=0.00;FS=1.304;HRun=0;HaplotypeScore=4.5252;MQ0=4;MQ=50.21;MQRankSum=-6.762;QD=5.98;ReadPosRankSum=-1.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:128,58:186:99:1142,0,3500 14 106866748 rs73379084 A T 1090.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.659;DB;DP=145;Dels=0.00;FS=6.702;HRun=0;HaplotypeScore=2.9867;MQ0=2;MQ=56.09;MQRankSum=-0.955;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.530;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:96,49:145:99:1120,0,2865 14 106866810 rs73379088 C T 964.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.343;DB;DP=129;Dels=0.00;FS=3.430;HRun=0;HaplotypeScore=3.6934;MQ0=0;MQ=56.66;MQRankSum=-0.682;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.917;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,43:129:99:994,0,2605 14 106866822 rs113233536 C G 781.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.626;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=0.756;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=56.88;MQRankSum=-2.682;QD=6.01;ReadPosRankSum=1.335;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:94,36:130:99:812,0,2745 14 106877796 rs34195693 G C 975.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.327;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.300;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=40.64;MQRankSum=-1.505;QD=16.82;ReadPosRankSum=-2.297;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,37:58:99:1005,0,471 14 106877818 . CTA C 305.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.185;DP=31;FS=2.079;HRun=0;HaplotypeScore=269.8872;MQ0=0;MQ=42.03;MQRankSum=-3.641;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.711;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,6:31:99:345,0,811 14 106877821 . CT C 162.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.937;DP=30;FS=2.531;HRun=1;HaplotypeScore=251.0519;MQ0=0;MQ=41.60;MQRankSum=-3.674;QD=5.40;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,6:30:99:201,0,655 14 106877836 . C T 230.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.24;MQRankSum=-4.270;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:260,0,400 14 106877837 . C A 230.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.571;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.24;MQRankSum=-4.270;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:260,0,408 14 106877912 rs74093494 G C 136.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.551;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.66;MQRankSum=-3.123;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.776;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:166,0,132 14 106877947 rs73367262 A G 88.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=1;MQ=41.44;MQRankSum=-2.166;QD=8.08;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:99:119,0,100 14 106877969 . AG A 175.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=221.9728;MQ0=1;MQ=35.80;MQRankSum=-2.843;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.259;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:12:99:215,0,252 14 106878038 rs113208890 G A 181.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.046;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=42.29;MQRankSum=-3.916;QD=6.47;ReadPosRankSum=-1.612;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:211,0,343 14 106881223 rs111324784 G A 400.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.304;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=7.181;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.04;MQRankSum=-0.921;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,18:29:99:430,0,274 14 106881230 rs77658043 C T 521.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.541;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=15.527;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.48;MQRankSum=-0.178;QD=14.49;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,22:36:99:551,0,418 14 106881237 rs75496848 C T 612.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.999;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=14.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=54.60;MQRankSum=-1.025;QD=14.57;ReadPosRankSum=0.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,25:42:99:642,0,502 14 106881273 rs73368477 C G 881.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.606;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=5.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=55.29;MQRankSum=0.936;QD=16.03;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,33:55:99:911,0,512 14 106881353 rs75115381 T G 413.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.716;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.507;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ0=0;MQ=50.55;MQRankSum=-2.298;QD=14.75;ReadPosRankSum=-1.045;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:443,0,326 14 106881355 rs76624172 G C 378.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.103;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.367;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=52.40;MQRankSum=-3.459;QD=12.22;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:409,0,481 14 106881425 rs73368479 A G 602.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.496;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=6.333;HRun=0;HaplotypeScore=1.9933;MQ0=0;MQ=51.05;MQRankSum=-2.794;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,24:54:99:633,0,757 14 106881452 rs74095122 T C 494.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.699;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=7.533;HRun=1;HaplotypeScore=2.9910;MQ0=0;MQ=50.63;MQRankSum=-2.590;QD=10.53;ReadPosRankSum=0.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,22:47:99:525,0,614 14 106899121 rs113872678 C CT 1110.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=65.0531;MQ0=0;MQ=58.76;QD=44.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:72.25:1152,72,0 14 106919159 rs76055263 C G 228.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.41;MQRankSum=-2.404;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:82.51:259,0,83 14 106919167 . TC T 290.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.807;DP=15;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=184.8694;MQ0=0;MQ=41.52;MQRankSum=-2.676;QD=19.34;ReadPosRankSum=0.457;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:329,0,111 14 106919176 . C CTG 472.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.492;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=187.2183;MQ0=0;MQ=40.25;MQRankSum=-3.172;QD=27.80;ReadPosRankSum=0.340;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:17:99:512,0,167 14 106919210 rs76244773 C T 399.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.63;MQRankSum=-3.458;QD=16.66;ReadPosRankSum=-1.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:430,0,225 14 106919228 rs76359316 C T 433.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.809;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=49.96;MQRankSum=-2.948;QD=15.47;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:463,0,297 14 106919234 rs77084641 G T 379.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=1.7313;MQ0=0;MQ=51.22;MQRankSum=-1.826;QD=14.59;ReadPosRankSum=-0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:409,0,302 14 106919301 rs73372473 T C 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106926311 rs4977158 T G 1151.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.962;DB;DP=147;Dels=0.00;FS=1.525;HRun=1;HaplotypeScore=1.5779;MQ0=0;MQ=57.82;MQRankSum=1.979;QD=7.83;ReadPosRankSum=-1.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:105,42:147:99:1182,0,3018 14 106926388 rs2467910 T C 2533.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.665;DB;DP=108;Dels=0.00;FS=9.946;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-1.091;QD=23.46;ReadPosRankSum=0.721;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,82:108:99:2564,0,532 14 106926651 . 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A AG 341.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=47.4226;MQ0=0;MQ=52.54;QD=34.12;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:9:27.09:383,27,0 14 107087285 rs61995829 A G 1035.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.365;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=17.127;HRun=1;HaplotypeScore=3.4481;MQ0=1;MQ=44.25;MQRankSum=-1.755;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,41:63:99:1065,0,437 14 107087299 rs61995830 A G 911.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.360;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=34.210;HRun=1;HaplotypeScore=1.8154;MQ0=1;MQ=43.17;MQRankSum=-3.306;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:942,0,645 14 107087376 rs115610516 G A 328.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.382;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=10.103;HRun=0;HaplotypeScore=3.5764;MQ0=1;MQ=46.71;MQRankSum=-5.132;QD=5.96;ReadPosRankSum=0.519;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:358,0,875 14 107087557 rs61995831 T A 821.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.575;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=1.151;QD=14.16;ReadPosRankSum=-0.093;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:851,0,876 14 107095326 rs1064309 C T 1139.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.846;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=45.29;MQRankSum=1.652;QD=25.90;ReadPosRankSum=-1.410;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,43:44:77.57:1173,78,0 14 107095535 . G C 86.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=16;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.51;MQRankSum=-3.308;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.874;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:117,0,323 14 107095544 . G A 86.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.898;DP=16;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.51;MQRankSum=-3.308;QD=5.42;ReadPosRankSum=2.440;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:117,0,319 14 107095556 . T C 95.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.034;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.36;MQRankSum=-3.163;QD=6.84;ReadPosRankSum=0.581;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:126,0,203 14 107099190 rs28445868 G T 628.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.085;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=16.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.18;MQRankSum=-2.385;QD=7.06;ReadPosRankSum=0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,38:89:99:658,0,1164 14 107099216 rs2904630 G A 875.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.916;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=37.395;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=43.66;MQRankSum=0.797;QD=9.12;ReadPosRankSum=-0.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,37:96:99:905,0,1166 14 107099230 rs2904629 G A 590.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.008;DB;DP=90;Dels=0.00;FS=43.305;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=2;MQ=43.13;MQRankSum=0.271;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,27:90:99:621,0,1230 14 107099262 rs72483334 T C 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C T 1158.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.207;DP=102;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.96;MQRankSum=-0.325;QD=11.36;ReadPosRankSum=-2.060;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,43:102:99:1189,0,1893 15 25444577 rs11630308 C T 1772.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.779;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5871;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.031;QD=13.85;ReadPosRankSum=1.773;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,70:128:99:1803,0,1367 15 25924539 rs1047700 T C 742.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.051;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.5518;MQ0=0;MQ=58.38;MQRankSum=0.903;QD=12.17;ReadPosRankSum=-0.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,32:61:99:772,0,647 15 25925195 rs3736186 T C 540.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.575;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=-1.598;QD=13.51;ReadPosRankSum=-1.110;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:570,0,666 15 25926179 rs2076744 C T 414.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=6.650;HRun=0;HaplotypeScore=1.9117;MQ0=0;MQ=56.47;MQRankSum=0.349;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.664;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,18:46:99:445,0,673 15 25926186 rs2076743 G A 417.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.375;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.455;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.39;MQRankSum=-0.429;QD=9.27;ReadPosRankSum=-0.985;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,18:45:99:447,0,666 15 25937004 rs2066705 C T 475.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.321;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.308;QD=17.62;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:506,0,307 15 25953068 rs2291355 G A 108.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.430;HRun=0;HaplotypeScore=1.9367;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-0.741;QD=10.80;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:96.75:138,0,97 15 25958797 rs2291351 G A 158.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=22.71;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.94:189,0,19 15 26806393 rs3751583 T C 311.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.641;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.318;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.528;QD=14.85;ReadPosRankSum=-0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:342,0,309 15 27222098 rs140671 C G 120.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.400;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.60;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:150,0,186 15 27453278 rs997140 G A 142.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=23.82;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15.04:176,15,0 15 27572153 . 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A ACG 527.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=111.2868;MQ0=0;MQ=55.77;MQRankSum=-0.273;QD=21.98;ReadPosRankSum=2.237;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,17:24:2.76:566,0,3 15 35230934 rs67563334 A ATAGT 2000.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=160.2445;MQ0=0;MQ=38.03;QD=68.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,19:29:84.27:2042,84,0 15 35693391 . C A 438.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.919;DP=38;Dels=0.00;FS=7.125;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.197;QD=11.54;ReadPosRankSum=-0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:468,0,485 15 36871957 rs3743337 C T 74.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.73;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:105,0,27 15 36905834 rs12911214 T A 160.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.135;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.533;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=13.35;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:190,0,122 15 36946303 rs3784678 C G 143.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=20.53;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:23.70:174,0,24 15 37109884 . 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C T 400.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.774;DP=31;Dels=0.00;FS=1.446;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.13;MQRankSum=-1.052;QD=12.92;ReadPosRankSum=1.290;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:431,0,345 15 41227149 rs28568593 T C 836.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.465;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9037;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=1.158;QD=10.32;ReadPosRankSum=1.975;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,33:81:99:866,0,1353 15 41272340 rs66470529 CG C 200.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=49.7006;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.313;QD=11.82;ReadPosRankSum=-0.368;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:240,0,280 15 41275014 rs7173954 T G 322.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.133;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.439;QD=13.43;ReadPosRankSum=0.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:352,0,303 15 41279933 rs5812179 TA T 1324.33 PASS 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T C 839.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.385;DP=72;Dels=0.00;FS=4.920;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.434;QD=11.66;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,32:72:99:869,0,1072 15 43903198 rs3987784 T TTG 197.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=32;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=118.3497;MQ0=1;MQ=46.26;MQRankSum=0.747;QD=5.47;ReadPosRankSum=0.747;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,9:32:8.90:236,0,9 15 44037533 rs61158558 CAG C 285.11 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=23.3084;MQ0=0;MQ=58.88;QD=40.73;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:327,21,0 15 44038899 rs2411284 C T 1204.78 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.6242;MQ0=0;MQ=56.25;MQRankSum=1.116;QD=26.77;ReadPosRankSum=1.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,44:45:96.27:1238,96,0 15 44856827 . G A 269.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.062;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.32;MQRankSum=-0.059;QD=17.96;ReadPosRankSum=-1.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:299,0,131 15 44943757 rs3759871 A G 565.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.823;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.026;QD=10.29;ReadPosRankSum=-1.499;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,21:55:99:596,0,961 15 45028919 rs2468068 C CT 413.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.616;DB;DP=25;FS=2.762;HRun=11;HaplotypeScore=65.8557;MQ0=0;MQ=58.08;MQRankSum=0.211;QD=16.56;ReadPosRankSum=-0.351;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:8,16:25:24.01:456,24,0 15 45142526 . A G 429.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.433;DP=28;Dels=0.00;FS=6.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.88;MQRankSum=-2.112;QD=15.34;ReadPosRankSum=-1.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:460,0,265 15 45357409 rs28709644 A T 460.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.231;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.317;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=47.74;MQRankSum=1.059;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.767;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:490,0,654 15 45400164 rs269861 T C 340.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.159;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=7.782;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.448;QD=28.37;ReadPosRankSum=1.448;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,11:12:3.48:371,3,0 15 45424286 rs1706810 C G 215.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.244;QD=17.94;ReadPosRankSum=1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:245,0,151 15 45433646 rs1648283 T G 211.95 PASS 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C G 159.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.067;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=17.68;ReadPosRankSum=1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:55.42:189,0,55 15 45695695 rs1153849 G A 728.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.120;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=-1.146;QD=16.55;ReadPosRankSum=-1.046;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,30:44:99:758,0,290 15 45695763 rs117332547 G C 567.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.415;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.983;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.561;QD=19.58;ReadPosRankSum=-0.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:598,0,200 15 45779810 rs2453531 G A 606.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.069;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=-1.244;QD=10.28;ReadPosRankSum=1.443;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,26:59:99:636,0,837 15 45968237 . T TA 105.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.721;DP=20;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=48.9644;MQ0=0;MQ=56.27;MQRankSum=0.000;QD=5.26;ReadPosRankSum=-0.091;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:144,0,186 15 45974628 rs2289578 G A 308.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.270;QD=23.75;ReadPosRankSum=0.888;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,11:13:46.29:339,0,46 15 45983276 rs11855175 G T 601.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.882;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.035;QD=13.98;ReadPosRankSum=-1.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:631,0,592 15 48539026 rs11636073 A T 318.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.766;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-0.124;QD=16.78;ReadPosRankSum=0.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:349,0,252 15 48539587 rs6493311 T C 118.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=0.091;QD=6.58;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:149,0,317 15 48541700 rs2279365 G A 68.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:83.92:98,0,84 15 48720526 rs363832 G C 487.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.204;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=2.908;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.905;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:517,0,480 15 48736684 rs2303502 A T 299.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.738;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:329,0,280 15 48755168 rs9806595 T C 119.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.90;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.96:149,0,25 15 48779402 rs11853943 C T 521.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.047;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=1;HaplotypeScore=1.9621;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.011;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.657;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:551,0,518 15 48795877 rs16961033 G A 106.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=17.70;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:48.55:136,0,49 15 48797124 rs35464791 T A 131.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:161,0,124 15 48797307 rs25458 A G 689.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.846;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=1.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.472;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,25:53:99:720,0,749 15 48797424 rs8037304 C A 115.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.103;QD=11.51;ReadPosRankSum=-0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:145,0,133 15 48805637 rs2306352 G A 103.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:133,0,136 15 48813107 rs2413907 G T 170.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:200,0,134 15 48826427 . GA G 162.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DP=32;FS=2.058;HRun=12;HaplotypeScore=87.7513;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=0.634;QD=5.08;ReadPosRankSum=0.725;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:202,0,156 15 48936629 . AG A 137.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=13;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=29.7226;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.369;QD=10.60;ReadPosRankSum=-1.093;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:177,0,255 15 49083577 rs58156069 C T 131.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.259;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.226;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:161,0,413 15 49118087 rs3743292 C T 188.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.817;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.465;QD=9.94;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:219,0,357 15 49148192 rs16961728 T G 396.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.801;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=9.558;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=-0.971;QD=15.85;ReadPosRankSum=0.194;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:426,0,256 15 49620200 rs1055254 C T 1183.14 PASS 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C T 578.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.572;DP=36;Dels=0.00;FS=1.374;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.738;QD=16.06;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:608,0,393 15 64970798 rs16948172 G A 75.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.10;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:106,0,65 15 65041622 rs6494493 C A 1257.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.041;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5733;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=0.407;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.993;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,51:100:99:1287,0,1164 15 65054533 rs72744744 C T 374.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.469;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=4.645;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=44.53;MQRankSum=1.776;QD=12.90;ReadPosRankSum=1.776;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:404,0,468 15 65054562 rs80059074 T TG 1271.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=178.2950;MQ0=0;MQ=41.96;QD=42.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,23:30:90.30:1313,90,0 15 65054571 rs71133474 A AG 1131.86 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=184.3423;MQ0=0;MQ=42.47;QD=37.73;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,25:30:84.26:1174,84,0 15 65108479 rs8036568 T C 141.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.530;QD=9.40;ReadPosRankSum=-0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:171,0,234 15 65108504 rs17802279 A T 246.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.736;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.601;QD=11.22;ReadPosRankSum=1.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:277,0,204 15 65108652 rs6494498 T C 59.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=1.537;QD=9.91;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:89.46:89,0,93 15 65108707 rs7180207 G C 153.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.180;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.85;MQRankSum=-0.295;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:184,0,219 15 65110391 rs55945924 C T 138.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.221;QD=17.30;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:94.96:168,0,95 15 65114363 rs55736601 G A 430.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.999;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=2.8497;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.276;QD=12.65;ReadPosRankSum=-0.413;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:460,0,403 15 65298433 . CT C 173.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.016;DP=13;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.6230;MQ0=0;MQ=51.42;MQRankSum=0.312;QD=13.37;ReadPosRankSum=-2.281;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:213,0,297 15 65489688 rs2679117 T C 1283.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.716;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.030;QD=30.57;ReadPosRankSum=-0.502;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,40:42:79.77:1317,80,0 15 65553246 rs2304896 C T 1243.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.689;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=0.727;HRun=0;HaplotypeScore=2.9924;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=2.134;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,53:107:99:1273,0,1614 15 65676617 rs2292933 T C 342.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.030;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.89;MQRankSum=0.533;QD=16.31;ReadPosRankSum=-1.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:373,0,268 15 65676726 rs33918653 C T 865.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.723;DB;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6385;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=0.912;QD=7.94;ReadPosRankSum=-0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,41:109:99:895,0,1759 15 65678141 rs7183130 A T 483.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.242;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,20:30:99:514,0,250 15 65681801 rs11071841 G A 138.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.101;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.935;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:168,0,216 15 65804892 rs118088815 G A 1034.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.330;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.805;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=-0.021;QD=11.75;ReadPosRankSum=0.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,44:88:99:1064,0,1183 15 65964121 . 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G A 61.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=8.77;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:91.40:91,0,129 15 67782440 . AGGAAAT A 1660.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=167.6608;MQ0=0;MQ=32.66;QD=69.18;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,24:24:72.23:1702,72,0 15 67921174 rs8025889 G A 255.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=1.393;QD=25.60;ReadPosRankSum=-0.348;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:6.35:285,0,6 15 68583172 . 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T C 168.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.340;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-0.718;QD=8.43;ReadPosRankSum=-0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:199,0,322 15 71125093 rs3825970 G A 1002.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.631;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=0.510;QD=29.48;ReadPosRankSum=0.714;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,33:34:81.25:1035,81,0 15 71152309 rs111566682 G A 161.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.953;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.270;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:192,0,255 15 71152558 rs77477333 A AG 260.66 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=13.2685;MQ0=0;MQ=60.00;QD=37.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,7:7:21.07:303,21,0 15 71184278 rs2959174 G T 212.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.212;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:242,0,122 15 71184495 rs2955035 A G 108.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=15.44;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:62.83:138,0,63 15 71276480 rs3834543 GCAA G 1441.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=139.7642;MQ0=0;MQ=49.97;QD=45.05;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,32:32:96.32:1484,96,0 15 71457690 rs36042691 C CAA 936.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.578;DB;DP=56;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=151.8574;MQ0=0;MQ=52.27;MQRankSum=-4.817;QD=16.72;ReadPosRankSum=0.835;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,19:56:99:975,0,1423 15 72105928 rs55835406 AC A 808.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=64.4724;MQ0=0;MQ=57.15;QD=31.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,24:26:75.21:850,75,0 15 72502009 . C A 880.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DP=74;Dels=0.00;FS=2.473;HRun=1;HaplotypeScore=2.6812;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=0.435;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:911,0,1195 15 72879653 rs113700837 A ATTG 561.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=25.3750;MQ0=0;MQ=48.48;QD=56.15;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.09:604,27,0 15 72896802 rs16957189 C T 63.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.278;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:93.24:93,0,206 15 72899991 rs28435710 C T 206.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=22.97;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:54.15:237,0,54 15 72901349 rs7495835 C T 378.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.935;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=1.311;HRun=0;HaplotypeScore=1.9336;MQ0=0;MQ=52.00;MQRankSum=-5.211;QD=10.23;ReadPosRankSum=1.291;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:409,0,515 15 72901353 rs7495802 A G 367.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.096;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.325;HRun=0;HaplotypeScore=1.9336;MQ0=0;MQ=52.79;MQRankSum=-5.277;QD=9.66;ReadPosRankSum=2.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:397,0,497 15 72901549 rs112038040 C A 248.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.515;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=5.180;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.10;MQRankSum=0.718;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:278,0,248 15 72902187 rs72735194 G A 290.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=0.116;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.810;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:321,0,223 15 72904176 rs6495012 C T 69.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:100,0,141 15 73409213 rs3840037 A AT 220 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.333;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=39.2815;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.495;QD=11.58;ReadPosRankSum=0.354;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:50.88:259,0,51 15 73581444 rs489531 A G 320.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.149;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.645;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.061;QD=16.88;ReadPosRankSum=0.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:351,0,175 15 73616635 rs481579 T C 78.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=9.83;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:109,0,129 15 73852298 . GA G 129.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.813;DP=12;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=30.5346;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.517;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.000;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:168,0,210 15 74000839 rs2291011 G A 128.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=16.11;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:82.74:159,0,83 15 74032234 rs11857595 C T 133.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=14.84;ReadPosRankSum=1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:164,0,120 15 74032783 rs28594180 A G 1136.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.931;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.578;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.652;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,42:77:99:1167,0,906 15 74043552 . G A 65.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=16.40;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.20:96,0,29 15 74176453 rs67485728 GA G 2133.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=63;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=175.5494;MQ0=0;MQ=61.84;QD=33.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,61:63:99:2175,187,0 15 74177071 rs72745335 C A 298.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.653;QD=19.87;ReadPosRankSum=0.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:328,0,151 15 74177250 rs35697698 C T 185.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.634;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=2;HaplotypeScore=4.7377;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.211;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.916;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:215,0,425 15 74180923 . TTCC T 109.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=57.3008;MQ0=0;MQ=62.00;MQRankSum=0.736;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:42.88:148,0,43 15 74181301 rs74461319 C A 66.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=11.15;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:96.89:97,0,102 15 74219546 rs1048661 G T 153.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.246;QD=13.96;ReadPosRankSum=1.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:184,0,115 15 74219582 rs3825942 G A 217.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.009;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.489;QD=8.35;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,12:26:99:247,0,422 15 74364611 . GCCT G 419.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.410;DP=77;FS=4.491;HRun=0;HaplotypeScore=314.1885;MQ0=79;MQ=19.80;MQRankSum=0.417;QD=2.33;ReadPosRankSum=1.062;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:163,17:77:99:459,0,3470 15 74536285 rs67845844 CA C 98.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=35.6859;MQ0=0;MQ=54.65;QD=10.93;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,6:9:22.68:140,23,0 15 74536400 rs66845841 TAAG T 1689.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=38;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=166.7960;MQ0=0;MQ=59.86;QD=44.45;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,36:38:99:1731,108,0 15 74560566 rs1038436 C T 143.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=20.46;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.49:173,0,58 15 74560776 rs56107695 G T 536.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.210;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.151;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.264;QD=17.30;ReadPosRankSum=1.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:31:99:566,0,291 15 74572852 rs3743217 A G 192.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.678;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-1.418;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:223,0,253 15 75044238 rs2472304 G A 132.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.927;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.927;QD=7.77;ReadPosRankSum=-1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:162,0,326 15 75047426 rs2470890 C T 397.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.218;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=13.70;ReadPosRankSum=0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,17:29:99:427,0,285 15 75091247 rs11553760 C T 352.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.496;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.104;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.526;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,15:34:99:382,0,519 15 75094881 rs11553762 C T 487.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=8.921;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.072;QD=16.80;ReadPosRankSum=2.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:29:99:517,0,305 15 75114374 rs11072509 C G 133.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.736;QD=22.33;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.08:164,0,18 15 75129594 rs2290573 G A 66.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:93.33:96,0,93 15 75130015 rs75963796 AG A 141.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=14.5660;MQ0=0;MQ=60.00;QD=23.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.04:184,18,0 15 75131031 . T C 192.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.545;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.817;QD=14.82;ReadPosRankSum=-1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:223,0,129 15 75142761 rs2305668 T G 574.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=3.289;HRun=0;HaplotypeScore=3.9109;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.080;QD=12.76;ReadPosRankSum=-0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:604,0,638 15 75146371 rs77456595 C T 368.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.318;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=0.377;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:398,0,179 15 75310394 rs2289582 T C 98.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=0.000;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:86.30:128,0,86 15 75499995 rs28509789 T G 394.36 PASS 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A T 60.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.573;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=6.68;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:90.12:90,0,202 15 76032894 rs28695212 G A 225.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.347;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=1.427;QD=11.29;ReadPosRankSum=1.119;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:256,0,369 15 76039257 . G T 850.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.923;DP=86;Dels=0.00;FS=0.830;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.08;MQRankSum=0.070;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.941;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,35:86:99:880,0,1426 15 76067771 rs34951369 A C 570.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.906;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.740;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.675;QD=15.03;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:601,0,509 15 76067911 rs12101948 A G 184.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.630;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.198;QD=5.28;ReadPosRankSum=-1.120;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,8:35:99:215,0,672 15 76067987 rs34243492 A G 303.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.060;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=3.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.921;QD=10.84;ReadPosRankSum=0.691;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:333,0,449 15 76073218 rs35237189 C A 773.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DB;DP=54;Dels=0.00;FS=19.863;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=56.20;MQRankSum=-0.208;QD=14.33;ReadPosRankSum=-0.882;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,27:54:99:804,0,675 15 76075343 rs79164384 G A 953 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.269;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.362;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=15.88;ReadPosRankSum=-0.505;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,33:60:99:983,0,724 15 76075649 rs34909574 G A 432.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.733;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=9.660;HRun=1;HaplotypeScore=10.3220;MQ0=1;MQ=57.02;MQRankSum=1.593;QD=10.07;ReadPosRankSum=-0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:463,0,574 15 76075943 rs11852472 C A 223.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.101;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.491;HRun=1;HaplotypeScore=4.9630;MQ0=0;MQ=57.23;MQRankSum=0.441;QD=6.20;ReadPosRankSum=-0.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,10:36:99:253,0,762 15 76077257 rs3751536 G A 60.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.203;QD=6.75;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:90.70:91,0,179 15 76079105 . T C 197.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.068;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=14.10;ReadPosRankSum=1.027;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:227,0,198 15 76084875 rs12708521 C T 613.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.055;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-1.396;QD=13.34;ReadPosRankSum=1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:643,0,528 15 76085273 rs34821913 G T 68.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=0.406;QD=11.40;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:98.41:98,0,100 15 76085413 rs2089094 A G 361.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.633;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6624;MQ0=0;MQ=51.92;MQRankSum=-4.237;QD=8.22;ReadPosRankSum=-1.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,18:44:99:392,0,718 15 76114358 rs17341589 A C 172.59 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C G 60.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.683;DP=9;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.78;MQRankSum=-1.001;QD=6.70;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:90.26:90,0,145 15 78209526 . T C 61.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.15;MQRankSum=-1.231;QD=12.29;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51.82:91,0,52 15 78211345 rs12592294 A G 4617.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.299;DB;DP=153;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.6774;MQ0=0;MQ=47.17;MQRankSum=0.934;QD=30.18;ReadPosRankSum=1.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,151:153:99:4617,347,0 15 78211393 rs28595390 A T 947.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.013;DB;DP=105;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=48.38;MQRankSum=-3.349;QD=9.02;ReadPosRankSum=-1.732;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,40:105:99:978,0,1763 15 78213975 rs4886970 T A 771.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.146;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.511;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.64;MQRankSum=0.410;QD=17.15;ReadPosRankSum=-0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:802,0,553 15 78215244 rs28754523 G C 522.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.326;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=4;MQ=49.93;MQRankSum=-2.758;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:553,0,514 15 78219278 rs9920783 C T 398.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.14;MQRankSum=-0.785;QD=18.10;ReadPosRankSum=-1.945;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:428,0,152 15 78269618 . C T 1031.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.023;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5598;MQ0=1;MQ=50.66;MQRankSum=0.624;QD=13.57;ReadPosRankSum=0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,43:76:99:1061,0,725 15 78271251 rs11637205 T C 119.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.184;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.89;MQRankSum=-1.886;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.623;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:149,0,331 15 78271253 rs11632006 C T 116.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.85;MQRankSum=-2.021;QD=5.55;ReadPosRankSum=1.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:146,0,367 15 78272318 rs12439777 C G 95.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.379;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=4.7664;MQ0=2;MQ=41.69;MQRankSum=0.000;QD=5.32;ReadPosRankSum=1.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:126,0,268 15 78279107 . 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T C 409.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.623;DP=28;Dels=0.00;FS=3.646;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.462;QD=14.64;ReadPosRankSum=-2.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:440,0,327 15 78390414 rs2289524 T C 218.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.770;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.120;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:249,0,181 15 78398146 rs10456 G A 538.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.433;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5877;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.027;QD=13.13;ReadPosRankSum=-1.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:568,0,526 15 78401540 rs76396091 A C 370.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.696;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=2.128;HRun=5;HaplotypeScore=8.6190;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.648;QD=16.86;ReadPosRankSum=0.102;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:401,0,182 15 78401540 rs11390540 A ACC 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C T 79.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.94;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:30.61:110,0,31 15 81180981 rs8028511 G A 123.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:154,0,124 15 81235363 rs35526763 G A 3177.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.911;DB;DP=238;Dels=0.00;FS=5.261;HRun=1;HaplotypeScore=4.7502;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=-0.288;QD=13.35;ReadPosRankSum=-2.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,123:238:99:3207,0,3104 15 81410202 rs2280440 C T 324.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.791;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.107;QD=29.49;ReadPosRankSum=1.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,10:11:3.87:354,0,4 15 81430287 rs80206514 C CA 128.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=23.0618;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=18.38;ReadPosRankSum=0.922;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:40.17:168,0,40 15 81430305 rs55908952 C G 90.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.663;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.246;QD=8.18;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:120,0,249 15 81561750 . T TA 188.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.163;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=28.2449;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.323;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:228,0,270 15 81574743 rs8025180 C T 92.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-0.742;QD=13.18;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:29.19:122,0,29 15 81575231 rs115472777 G A 126.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=18.13;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.17:157,0,60 15 81591639 rs4778636 G A 737.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.417;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9976;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.857;QD=14.45;ReadPosRankSum=-2.063;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,26:51:99:767,0,846 15 81592746 rs34101586 T A 1114.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.906;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=2.275;HRun=1;HaplotypeScore=4.9518;MQ0=0;MQ=58.59;MQRankSum=1.669;QD=15.93;ReadPosRankSum=0.191;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,41:70:99:1145,0,717 15 81598225 rs17875533 C A 302.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.650;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.074;QD=7.76;ReadPosRankSum=1.475;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:333,0,822 15 81598269 rs11556218 T G 637.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.266;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9931;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=-0.213;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,26:73:99:668,0,1302 15 81598416 rs1803275 G A 1018.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.618;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=1.869;HRun=2;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.77;MQRankSum=1.668;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,37:82:99:1049,0,1386 15 81605612 rs61659195 C T 495.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.385;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.163;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-1.234;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,23:52:99:525,0,772 15 81615845 . 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A G 67.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=1.001;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:97.57:98,0,136 15 84957252 rs34432900 G A 183.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.69;MQRankSum=0.742;QD=26.17;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:20.69:213,0,21 15 84957461 . GGTGGC G 252.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=107.0850;MQ0=0;MQ=46.75;MQRankSum=-2.450;QD=25.21;ReadPosRankSum=0.336;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:291,0,470 15 84957467 . 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G A 276.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=1;MQ=52.83;MQRankSum=-1.503;QD=8.93;ReadPosRankSum=-1.291;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:31:99:307,0,510 15 84958367 rs468120 C T 234.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.555;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=52.48;MQRankSum=-1.766;QD=8.68;ReadPosRankSum=-2.293;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:264,0,408 15 85177208 rs698620 G A 68.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:99,0,29 15 85177723 rs36126054 T G 795.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.189;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=0.890;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.315;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.859;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,33:75:99:825,0,1113 15 85189464 rs2271431 T G 206.11 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C T 53.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9452;MQ0=0;MQ=46.92;MQRankSum=-0.406;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:66.77:83,0,67 16 600840 rs113523397 T G 130.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.718;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=49.31;MQRankSum=-1.378;QD=10.91;ReadPosRankSum=1.378;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:161,0,115 16 600843 rs111294892 C T 93.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=11.181;HRun=0;HaplotypeScore=4.8874;MQ0=0;MQ=50.86;MQRankSum=-1.186;QD=8.50;ReadPosRankSum=2.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:123,0,171 16 600880 . T G 81.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=12;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=1;HaplotypeScore=2.8995;MQ0=0;MQ=51.68;MQRankSum=-0.467;QD=6.78;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:111,0,167 16 601632 rs3213574 T C 438.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.091;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.65;MQRankSum=1.347;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:35:99:469,0,371 16 601653 . C T 262.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.966;DP=29;Dels=0.00;FS=1.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=0.562;QD=9.06;ReadPosRankSum=0.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:293,0,400 16 614445 rs57546191 C T 53.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=10.75;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.74:84,0,33 16 624114 rs2071979 A G 126.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=1.237;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.177;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:157,0,233 16 624713 rs4984669 C T 208.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.738;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,11:12:18.94:238,0,19 16 628302 rs3752568 A G 76.87 PASS 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A G 141.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.918;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.220;QD=5.04;ReadPosRankSum=-0.584;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:171,0,581 16 723506 . C T 405.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.887;DP=41;Dels=0.00;FS=2.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.146;QD=9.90;ReadPosRankSum=0.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:436,0,717 16 737269 rs17850290 C T 372.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.257;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=11.831;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.206;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.771;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:403,0,420 16 767096 rs11553170 C G 257.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.766;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=1.473;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:287,0,149 16 786444 rs57510736 T G 493.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.257;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9155;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.038;QD=14.96;ReadPosRankSum=0.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:524,0,437 16 787267 rs35987447 G A 1005.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.576;QD=15.23;ReadPosRankSum=-0.375;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:1035,0,712 16 817481 . C T 369.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.226;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9459;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.603;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.312;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,16:30:99:400,0,303 16 847743 rs2294451 C T 155.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.443;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=5.843;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.041;QD=7.78;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:185,0,317 16 848575 rs2891064 A G 124.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.495;QD=17.73;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:52.90:154,0,53 16 849166 rs2272900 C A 148.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.52;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:47.95:178,0,48 16 855717 rs1005190 C G 221.78 PASS 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C T 182.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.545;DP=14;Dels=0.00;FS=8.436;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.276;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:212,0,194 16 1272472 rs7198064 C T 144.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.328;QD=8.05;ReadPosRankSum=0.890;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:18:99:175,0,394 16 1272750 rs113856625 G A 221.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.537;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9810;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=1.670;QD=9.23;ReadPosRankSum=-0.119;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:252,0,482 16 1272865 rs4984639 G A 92.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.90;MQRankSum=-1.067;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:32.73:122,0,33 16 1279623 rs72633259 G A 129.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.026;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=1;MQ=47.12;MQRankSum=-1.304;QD=5.00;ReadPosRankSum=0.971;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:160,0,370 16 1291188 rs17434400 C T 320.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.86;MQRankSum=-0.171;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.444;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:351,0,214 16 1306268 rs1969652 C T 339.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7840;MQ0=4;MQ=43.26;MQRankSum=1.463;QD=7.38;ReadPosRankSum=-1.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:369,0,660 16 1306346 rs3865205 C T 281.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.590;HRun=0;HaplotypeScore=12.9196;MQ0=0;MQ=45.94;MQRankSum=-0.837;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:29:99:311,0,266 16 1306377 rs3927397 G A 184.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.263;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=44.34;MQRankSum=0.053;QD=11.55;ReadPosRankSum=1.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:215,0,204 16 1306559 rs5815084 AG A 464.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=27;FS=1.576;HRun=2;HaplotypeScore=68.3710;MQ0=0;MQ=58.72;MQRankSum=0.366;QD=17.19;ReadPosRankSum=0.952;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:503,0,447 16 1306986 rs72775467 C T 89.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.926;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.9833;MQ0=0;MQ=50.87;MQRankSum=-3.172;QD=5.57;ReadPosRankSum=0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:119,0,322 16 1308156 . G A 122.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=10;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.103;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:153,0,120 16 1394430 rs12597545 C T 403.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.952;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9111;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.268;QD=14.96;ReadPosRankSum=-0.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:434,0,364 16 1395420 rs112377811 C T 105.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.736;QD=17.57;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:26.71:135,0,27 16 1398077 rs34766513 C CCT 793.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=60.5703;MQ0=0;MQ=60.59;QD=49.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:16:45.14:835,45,0 16 1400693 rs2294605 C T 104.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:92.86:135,0,93 16 1453364 . 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C T 482.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.267;DP=50;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.228;QD=9.65;ReadPosRankSum=1.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,20:50:99:512,0,737 16 1584618 rs2076438 T C 118.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=4.876;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.036;QD=5.62;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:148,0,407 16 1591962 rs2076443 G A 551.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.805;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.702;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.351;QD=17.80;ReadPosRankSum=-1.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,20:31:99:582,0,294 16 1605051 rs9932984 A G 148.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.171;QD=6.44;ReadPosRankSum=1.370;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:178,0,465 16 1608082 rs2076436 A G 973.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.661;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.833;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.185;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,38:81:99:1004,0,1147 16 1608177 rs2235641 A G 149.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.501;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.501;QD=6.50;ReadPosRankSum=1.503;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:23:99:180,0,493 16 1614097 rs8048410 A G 418.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.837;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=5.859;HRun=0;HaplotypeScore=2.8262;MQ0=0;MQ=57.75;MQRankSum=0.963;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:30:99:448,0,351 16 1652614 rs2236269 T A 390.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.366;HRun=3;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.929;QD=15.01;ReadPosRankSum=0.180;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:420,0,367 16 1657012 rs7192480 C T 592.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.410;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.425;QD=17.44;ReadPosRankSum=0.284;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,21:34:99:623,0,400 16 1657284 rs1894649 C G 636.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.896;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.561;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.828;QD=14.16;ReadPosRankSum=0.942;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:667,0,632 16 1657350 rs743963 A T 109.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=10.94;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:139,0,167 16 1682281 rs3169425 A G 110.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=12.33;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:66.03:141,0,66 16 1691106 rs2072986 T C 214.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.152;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.152;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:245,0,315 16 1720844 rs2272893 A G 150.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.839;QD=10.72;ReadPosRankSum=-1.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:180,0,243 16 1810459 . 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T C 61.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-1.468;QD=5.15;ReadPosRankSum=0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:91.78:92,0,263 16 1838037 rs2272977 C G 278.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.477;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=9.29;ReadPosRankSum=2.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:309,0,440 16 1873087 rs104843 C A 496.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.477;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=19.08;ReadPosRankSum=0.052;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,15:26:99:526,0,298 16 1877698 rs3743852 C G 610.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.204;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.352;QD=14.89;ReadPosRankSum=0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:641,0,500 16 1877913 rs13166 C G 371.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.244;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=2.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.875;QD=13.26;ReadPosRankSum=-1.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,13:28:99:401,0,462 16 1894912 rs9806826 C T 342.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.211;QD=15.58;ReadPosRankSum=0.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,15:22:99:373,0,118 16 1995763 . G A 409.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.347;QD=20.45;ReadPosRankSum=1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:439,0,169 16 2018578 rs45488492 C G 69.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=11.58;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:70.37:99,0,70 16 2027195 . C T 302.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.260;DP=24;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.753;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:333,0,417 16 2027500 . 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C T 467.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.912;DP=53;Dels=0.00;FS=4.458;HRun=0;HaplotypeScore=2.9774;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.779;QD=8.82;ReadPosRankSum=0.703;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,19:53:99:498,0,912 16 2150254 . G A 406.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=50;Dels=0.00;FS=1.234;HRun=0;HaplotypeScore=1.8947;MQ0=0;MQ=48.95;MQRankSum=0.031;QD=8.12;ReadPosRankSum=1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:50:99:436,0,755 16 2155819 rs28610092 A C 165.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.337;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.74;MQRankSum=-0.276;QD=6.92;ReadPosRankSum=0.582;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:196,0,426 16 2156447 rs2003782 G A 150.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.01;MQRankSum=0.747;QD=18.79;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:22.59:180,0,23 16 2160503 rs71385734 T G 778.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=55.71;MQRankSum=-0.917;QD=13.20;ReadPosRankSum=-0.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:809,0,820 16 2161793 rs74331768 G A 243.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.799;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=1.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.08;MQRankSum=-2.117;QD=15.23;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:274,0,172 16 2161796 rs75510884 G A 261.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.025;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=1.957;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-1.025;QD=15.41;ReadPosRankSum=-0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:292,0,171 16 2162887 rs2369068 A G 216.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.599;QD=7.73;ReadPosRankSum=-1.606;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:246,0,467 16 2226243 rs11642042 C G 51.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=6.38;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:81.07:81,0,164 16 2238931 rs11860560 G A 99.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=11.09;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:130,0,105 16 2259393 rs1129185 C G 345.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.723;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.264;HRun=0;HaplotypeScore=2.9889;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=-1.323;QD=9.08;ReadPosRankSum=-1.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,13:38:99:375,0,689 16 2259766 rs26858 A G 152.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=3;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=58.00;MQRankSum=-0.545;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.910;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:182,0,242 16 2260567 rs26857 C T 220.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.355;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.228;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:250,0,294 16 2260612 rs26856 T C 100.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.408;QD=9.15;ReadPosRankSum=1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:131,0,184 16 2285357 rs26840 C T 621.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8737;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.292;QD=14.81;ReadPosRankSum=-0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:652,0,415 16 2287649 rs62621282 A C 145.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.555;QD=11.18;ReadPosRankSum=-0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:175,0,183 16 2288224 rs27620 G A 163.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.741;QD=16.34;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:193,0,132 16 2296927 rs112729404 G A 255.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.411;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.706;QD=9.11;ReadPosRankSum=-1.035;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:285,0,497 16 2367336 rs13332514 G A 910.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.078;DB;DP=82;Dels=0.00;FS=5.707;HRun=2;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=58.72;MQRankSum=1.087;QD=11.11;ReadPosRankSum=-1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,35:82:99:941,0,1175 16 2367424 rs13332547 G A 381.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-1.218;QD=13.64;ReadPosRankSum=0.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:412,0,460 16 2373357 . G A 137.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=0.322;QD=17.15;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:72.95:167,0,73 16 2487012 rs34456414 C CT 582.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=60.6165;MQ0=0;MQ=60.00;QD=38.80;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:39.13:624,39,0 16 2499786 . G GTCCCCTCCA 1315.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=115.8023;MQ0=0;MQ=55.70;QD=62.63;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,13:21:57.19:1357,57,0 16 2512523 rs3810794 G A 101.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.920;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:97.38:132,0,97 16 2580208 . A G 52.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=8.71;ReadPosRankSum=-1.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:82.23:82,0,98 16 2645965 rs1005273 G A 310.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.636;QD=22.19;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:341,0,102 16 2647876 rs10866 C T 75.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:85.86:105,0,86 16 2806619 rs117160431 C T 570.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.990;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=11.673;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.205;QD=19.01;ReadPosRankSum=1.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:600,0,229 16 2813961 . A T 591.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.899;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.57;MQRankSum=0.959;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,22:54:99:621,0,927 16 2821988 rs36078585 TC T 267.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=20.4690;MQ0=0;MQ=63.93;QD=33.49;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:310,24,0 16 2867450 rs71386691 G C 53.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=0.727;QD=13.38;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,3:4:6.02:85,6,0 16 2903845 rs2074294 G T 155.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.202;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.202;QD=11.10;ReadPosRankSum=-0.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:185,0,206 16 3071420 rs2232798 T A 109.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.736;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:24.27:140,0,24 16 3073240 rs10508 G T 231.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.978;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.377;QD=21.03;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:82.51:261,0,83 16 3074426 rs56708449 G C 146.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.093;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.660;QD=11.24;ReadPosRankSum=-1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:176,0,134 16 3075999 rs2245000 C G 458.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.143;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=1.866;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.053;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,16:49:99:488,0,972 16 3076663 rs960274 C T 121.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.184;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.85;MQRankSum=1.776;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:152,0,270 16 3080632 . C T 62.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.46;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:92,0,67 16 3097568 rs3743937 C A 142.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.022;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.993;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:172,0,198 16 3097596 rs3743936 T A 144.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.869;QD=12.05;ReadPosRankSum=-0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:175,0,160 16 3106994 rs1064948 A T 305.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.991;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.231;QD=16.10;ReadPosRankSum=-1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:336,0,145 16 3115628 rs1554999 A C 206.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=25.76;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:13.72:236,0,14 16 3117937 rs2239303 G A 321.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.849;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.849;QD=11.48;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:28:99:351,0,405 16 3118849 rs12922880 C T 62.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.55;MQRankSum=-1.231;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.19:92,0,66 16 3118865 rs12934561 T C 68.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.84;MQRankSum=-1.537;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.04:98,0,69 16 3119297 rs71818662 C CG 1098.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.592;DB;DP=87;FS=7.597;HRun=6;HaplotypeScore=341.2558;MQ0=0;MQ=54.58;MQRankSum=-0.515;QD=12.48;ReadPosRankSum=0.815;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,38:87:99:1137,0,992 16 3119304 rs2981599 A G 955.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.409;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=5.389;HRun=6;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=1;MQ=54.47;MQRankSum=-1.934;QD=10.39;ReadPosRankSum=1.153;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,42:92:99:985,0,1235 16 3142009 rs72772563 C T 393.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.555;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=2.614;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.91;MQRankSum=0.582;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.744;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,20:40:99:423,0,451 16 3273905 rs61731422 C T 1228.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DB;DP=101;Dels=0.00;FS=15.298;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.507;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,47:101:99:1259,0,1582 16 3304762 rs224225 A G 324.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.769;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.744;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:354,0,342 16 3338382 . G A 185.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.794;DP=15;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.637;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:216,0,202 16 3373351 rs62033651 A G 486.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.260;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=4.847;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=0.979;QD=12.81;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:517,0,566 16 3405986 rs1218762 G A 445.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.232;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=5.887;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-1.004;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:476,0,674 16 3406516 rs11643487 A G 713.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=0.750;QD=16.99;ReadPosRankSum=0.241;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,24:42:99:744,0,487 16 3406626 rs11648783 G A 610.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=13.265;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.997;QD=14.89;ReadPosRankSum=-0.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,23:41:99:640,0,456 16 3434966 rs27231 T C 318.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.809;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=5.486;HRun=0;HaplotypeScore=8.9489;MQ0=0;MQ=57.71;MQRankSum=0.502;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.126;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:31:99:348,0,457 16 3447282 rs27241 C G 229.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.932;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=19.12;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:95.32:259,0,95 16 3451881 rs37810 C T 220.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=27.55;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:13.72:250,0,14 16 3458609 rs11640177 G A 569.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.732;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=6.465;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.183;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.785;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,20:47:99:600,0,778 16 3487470 . 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G A 529.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.327;DP=42;Dels=0.00;FS=1.345;HRun=0;HaplotypeScore=1.9305;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=1.107;QD=12.60;ReadPosRankSum=-1.459;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:559,0,701 16 10775855 rs12918646 G A 767.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.917;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=1.104;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.171;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.341;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:797,0,818 16 10775932 . A G 1272.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.411;DP=104;Dels=0.00;FS=1.580;HRun=0;HaplotypeScore=4.7122;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=1.021;QD=12.23;ReadPosRankSum=1.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,51:104:99:1302,0,1307 16 10776063 rs10221071 G T 290.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.444;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:21:99:321,0,299 16 10783088 rs77020408 TAA T 62.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=13;HaplotypeScore=19.3978;MQ0=0;MQ=61.78;MQRankSum=-0.731;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.731;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:28.45:101,0,28 16 10788106 rs2251984 A G 1905.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.009;DB;DP=135;Dels=0.00;FS=0.761;HRun=1;HaplotypeScore=3.5754;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.483;QD=14.12;ReadPosRankSum=2.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,73:135:99:1936,0,1659 16 10788200 . C G 2429.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.264;DP=192;Dels=0.00;FS=0.549;HRun=0;HaplotypeScore=10.0373;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=0.597;QD=12.65;ReadPosRankSum=-1.283;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:100,92:192:99:2459,0,2585 16 10934114 rs7188603 T C 169.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=0.259;QD=14.15;ReadPosRankSum=2.426;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:200,0,164 16 10934763 rs12920435 A T 51.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.546;QD=5.12;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.22:81,0,197 16 10995933 rs8046121 A G 3625.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.266;DB;DP=122;Dels=0.00;FS=4.968;HRun=1;HaplotypeScore=6.7564;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=1.441;QD=29.72;ReadPosRankSum=1.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,120:122:99:3626,244,0 16 11001743 rs2229320 G A 328.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.634;QD=19.32;ReadPosRankSum=0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:359,0,142 16 11001821 rs45621432 C T 237.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.333;QD=16.99;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:268,0,100 16 11010150 rs6498130 G T 58.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=9.75;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:88.49:88,0,97 16 11017058 rs4781024 G A 1175.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.478;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.761;HRun=0;HaplotypeScore=2.9870;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=-1.672;QD=10.69;ReadPosRankSum=-1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,51:110:99:1206,0,1777 16 11444454 rs112241429 GA G 228.56 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=136.7653;MQ0=0;MQ=54.95;QD=16.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:32.94:271,33,0 16 11773662 rs3190321 C G 197.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.058;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.961;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.612;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:228,0,430 16 11773733 rs8191352 C G 82.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.53:112,0,64 16 11850003 rs7198247 A G 529.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.217;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.519;QD=33.11;ReadPosRankSum=1.519;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,15:16:14.72:562,15,0 16 11861199 rs66892828 C CT 452.65 PASS 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T C 265.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.811;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.033;QD=7.37;ReadPosRankSum=-0.856;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,13:36:99:295,0,648 16 20855309 rs9929443 A G 1033.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.303;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.345;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.054;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.005;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,38:60:99:1064,0,600 16 20986506 rs3115438 C T 754.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.186;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.521;QD=16.76;ReadPosRankSum=0.058;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:784,0,556 16 20996525 . 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G A 133.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.9641;MQ0=0;MQ=52.81;MQRankSum=1.263;QD=6.06;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:163,0,327 16 21388110 rs2686119 T C 137.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.19;MQRankSum=-2.141;QD=11.48;ReadPosRankSum=1.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:168,0,135 16 21397273 . 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G A 565.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.969;DP=51;Dels=0.00;FS=2.369;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=-1.070;QD=11.08;ReadPosRankSum=-1.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:595,0,752 16 23080634 rs10083789 C A 451.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.152;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.308;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:481,0,506 16 23221183 rs5740 A G 285.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.246;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.880;QD=13.62;ReadPosRankSum=-0.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:316,0,344 16 23221238 rs4281710 A G 73.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:103,0,104 16 23360199 rs238547 T C 539.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=2.282;HRun=3;HaplotypeScore=8.8046;MQ0=0;MQ=58.59;MQRankSum=1.178;QD=9.30;ReadPosRankSum=1.994;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,25:58:99:570,0,807 16 23366528 rs2301601 C G 65.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.537;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:95.22:95,0,97 16 23400194 rs250587 G A 245.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.157;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.694;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:275,0,103 16 23456431 . G C 823.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.341;DP=79;Dels=0.00;FS=1.923;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=58.97;MQRankSum=1.256;QD=10.42;ReadPosRankSum=-0.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,29:79:99:854,0,1359 16 23486197 rs11074559 A G 256.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6398;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=1.444;QD=12.81;ReadPosRankSum=1.140;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:286,0,224 16 23489711 rs1135045 C G 1054.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.325;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.150;QD=16.48;ReadPosRankSum=0.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:1085,0,946 16 23491345 rs112893762 C A 112.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=22.42;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27.18:142,0,27 16 23499858 rs113348656 C T 305.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.166;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=0.863;QD=10.54;ReadPosRankSum=-0.111;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:336,0,540 16 23536531 rs75133940 C T 235.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.779;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.794;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:265,0,383 16 23541223 rs2072061 G A 649.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.745;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=11.588;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.012;QD=19.69;ReadPosRankSum=-0.974;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,22:33:99:680,0,303 16 23563501 rs7187920 C T 776.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.402;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=4.148;HRun=0;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.204;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,33:92:99:807,0,1375 16 23677006 rs35586 A G 168.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.741;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9925;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=2.168;QD=8.03;ReadPosRankSum=1.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:199,0,285 16 23692405 rs40076 A G 650.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.011;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=6.243;HRun=0;HaplotypeScore=3.9077;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=-0.330;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:680,0,589 16 23702246 rs56129167 G C 160.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.968;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6643;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.710;QD=11.44;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:190,0,233 16 23711925 rs26764 C G 969.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.729;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=-0.235;QD=13.84;ReadPosRankSum=1.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:999,0,972 16 23712183 rs26763 A G 127.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.256;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=5.528;HRun=0;HaplotypeScore=1.9957;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=1.357;QD=7.51;ReadPosRankSum=1.357;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:158,0,345 16 23721950 . G A 537.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.761;QD=14.93;ReadPosRankSum=0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:568,0,588 16 23768481 rs118109714 C T 153.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.379;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=4.446;HRun=2;HaplotypeScore=5.9805;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=1.136;QD=6.16;ReadPosRankSum=1.136;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,8:25:99:184,0,514 16 23768710 rs109592 C T 432.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.017;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.220;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.650;QD=12.36;ReadPosRankSum=-1.383;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:463,0,612 16 23768802 rs80950 T G 1438.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.091;DB;DP=119;Dels=0.00;FS=1.559;HRun=2;HaplotypeScore=2.8438;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-1.487;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.504;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,54:119:99:1468,0,1623 16 23847747 rs71154240 TGCGCCCTCC T 372.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=133.0770;MQ0=0;MQ=50.39;MQRankSum=-1.920;QD=28.65;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:412,0,400 16 23847786 rs7185969 T C 153.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.36;MQRankSum=-0.742;QD=21.88;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:15.92:183,0,16 16 23847797 rs7184949 G C 111.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=0.736;QD=18.58;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:22.60:141,0,23 16 23848762 rs3729883 G A 223.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.424;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=4.887;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.501;QD=11.17;ReadPosRankSum=1.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:253,0,356 16 24046655 rs11643225 G T 231.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=-0.634;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:261,0,224 16 24104322 rs3729898 A C 347.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.202;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.424;QD=17.37;ReadPosRankSum=-1.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:377,0,191 16 24357998 rs5816249 T TG 390.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=21.8241;MQ0=0;MQ=61.07;QD=39.02;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.10:432,30,0 16 24564879 rs72196182 GTA G 343.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.685;DB;DP=29;FS=6.117;HRun=0;HaplotypeScore=106.2525;MQ0=0;MQ=55.97;MQRankSum=-0.474;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.474;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:382,0,176 16 24567320 rs7202501 A G 182.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.001;QD=20.29;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:91.55:213,0,92 16 24570757 rs3815906 T C 156.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.572;QD=19.60;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:56.82:187,0,57 16 24572884 rs34473709 CTT C 292.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=37.5910;MQ0=0;MQ=60.90;MQRankSum=0.289;QD=24.36;ReadPosRankSum=-0.825;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:331,0,196 16 24574645 . AT A 144.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=19;FS=3.310;HRun=8;HaplotypeScore=53.7170;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.368;QD=7.62;ReadPosRankSum=2.153;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:184,0,242 16 24578458 rs7195386 T C 396.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.775;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.400;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.431;QD=16.53;ReadPosRankSum=-0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:427,0,197 16 24583406 rs7593 A G 280.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.493;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.142;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:310,0,352 16 24834233 rs2303085 C T 826.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.011;HRun=0;HaplotypeScore=2.8784;MQ0=1;MQ=57.91;MQRankSum=0.913;QD=12.52;ReadPosRankSum=-2.292;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,31:66:99:856,0,848 16 24834847 . C A 770.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.346;DP=66;Dels=0.00;FS=3.586;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=-0.895;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.771;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,30:66:99:801,0,1076 16 24881192 rs2667751 C A 192.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.271;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.437;QD=14.82;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:223,0,147 16 24883306 rs2547037 A C 79.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:109,0,27 16 24883316 rs2667745 T G 80.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.07;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.09:110,0,24 16 24883338 rs2667746 C T 148.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=18.56;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:64.35:178,0,64 16 24888454 rs274074 C T 399.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.899;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.790;QD=12.10;ReadPosRankSum=-2.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:429,0,631 16 24888710 . 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C G 283.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.619;DP=19;Dels=0.00;FS=2.058;HRun=1;HaplotypeScore=2.8561;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.619;QD=14.92;ReadPosRankSum=-0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:313,0,236 16 32077740 rs2215566 A G 663.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.084;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.591;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.36;MQRankSum=-1.865;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,24:64:99:693,0,1317 16 32164335 rs460199 G A 165.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.643;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9894;MQ0=0;MQ=53.18;MQRankSum=-2.209;QD=7.89;ReadPosRankSum=-1.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:196,0,331 16 32191941 rs77427075 C T 94.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.281;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=5.119;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.33;MQRankSum=-1.084;QD=5.24;ReadPosRankSum=-0.789;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:124,0,275 16 32391477 rs28718682 T C 179.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.90;MQRankSum=-2.507;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.228;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:209,0,384 16 32403349 rs12600022 T G 550.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.567;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=6.382;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=54.41;MQRankSum=1.921;QD=8.33;ReadPosRankSum=-0.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,25:66:99:580,0,1216 16 32403532 rs75037542 T A 172.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.750;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.51;MQRankSum=-3.454;QD=5.57;ReadPosRankSum=-1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:203,0,503 16 32437070 rs112347455 A AT 105.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=33.2606;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=0.198;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:31.06:145,0,31 16 32437093 rs2456358 A G 115.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.98;MQRankSum=-0.717;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:145,0,158 16 32442104 . 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C CAGG 377.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.032;DP=26;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=94.0975;MQ0=0;MQ=47.77;MQRankSum=-3.905;QD=12.16;ReadPosRankSum=-1.259;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,13:26:99:416,0,698 16 33404815 rs7186202 A C 175.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.708;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=6.7403;MQ0=1;MQ=49.76;MQRankSum=-2.220;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:30:99:206,0,360 16 33412679 rs4985254 G A 80.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.825;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.03;MQRankSum=0.289;QD=6.71;ReadPosRankSum=-0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:110,0,262 16 33412812 rs7403931 C G 814.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.727;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.720;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=0.550;QD=14.05;ReadPosRankSum=-0.440;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,33:58:99:845,0,702 16 33412844 rs7403982 A T 918.81 PASS 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G A 598.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.425;DP=43;Dels=0.00;FS=4.364;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.304;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,21:43:99:629,0,474 16 72763059 . C G 987.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.031;DP=53;Dels=0.00;FS=1.639;HRun=0;HaplotypeScore=3.6763;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=-0.460;QD=18.63;ReadPosRankSum=0.316;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:1017,0,696 16 72831111 rs79037957 G C 558.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.542;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=4.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.143;QD=10.95;ReadPosRankSum=0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:588,0,866 16 72831132 . C A 633.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.909;DP=51;Dels=0.00;FS=4.054;HRun=1;HaplotypeScore=2.6820;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.767;QD=12.42;ReadPosRankSum=-0.445;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,28:51:99:664,0,658 16 74366531 rs3743922 A C 243.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.761;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=43.27;MQRankSum=-2.601;QD=6.76;ReadPosRankSum=1.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:274,0,464 16 74372302 rs2549259 C T 553.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.633;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.59;MQRankSum=-0.785;QD=15.37;ReadPosRankSum=-0.055;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:36:99:583,0,263 16 74372357 rs116311018 C T 827.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.335;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=4.611;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=46.09;MQRankSum=-0.496;QD=11.49;ReadPosRankSum=-0.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,37:72:99:857,0,862 16 74394671 rs62055171 T C 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AACCCCTTC A 322.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.7069;MQ0=0;MQ=46.62;MQRankSum=-2.878;QD=21.49;ReadPosRankSum=3.001;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:361,0,877 16 84230091 . GCTCAA G 202.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=154.3109;MQ0=0;MQ=48.56;MQRankSum=-2.511;QD=13.47;ReadPosRankSum=3.001;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:241,0,777 16 84255809 rs56796255 T C 1121.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.418;DB;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8294;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=1.929;QD=11.33;ReadPosRankSum=-1.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,42:99:99:1152,0,1494 16 84256410 rs7196482 C T 85.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.495;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:61.09:115,0,61 16 84270381 rs244811 G A 147.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.805;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.001;QD=8.66;ReadPosRankSum=-0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:177,0,270 16 84270476 rs11646443 G A 262.15 PASS 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C T 483.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.665;DP=36;Dels=0.00;FS=8.017;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.095;QD=13.44;ReadPosRankSum=-1.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,17:36:99:514,0,473 16 88008712 rs71156278 C CT 287.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.674;DB;DP=20;FS=4.534;HRun=0;HaplotypeScore=47.6542;MQ0=0;MQ=60.54;MQRankSum=-0.372;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.784;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:327,0,405 16 88039895 . G A 158.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.568;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.033;QD=6.61;ReadPosRankSum=-0.167;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,7:24:99:189,0,496 16 88061150 rs74740586 C T 768.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.700;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=-1.233;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.815;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:798,0,838 16 88061386 . G A 68.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=17.22;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:21.40:99,0,21 16 88117336 rs5818666 T TG 146.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=11.0312;MQ0=0;MQ=55.21;QD=29.40;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:189,15,0 16 88664758 rs3887592 T C 588.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.526;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.213;QD=15.10;ReadPosRankSum=-0.899;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:619,0,397 16 88666048 rs62050304 G A 118.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.573;QD=13.22;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:149,0,100 16 88675177 rs9932685 A G 150.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.221;QD=18.84;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:91.48:181,0,91 16 88688832 rs3751675 A G 148.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:95.05:179,0,95 16 88695300 rs4782387 C T 384.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.539;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.110;QD=13.25;ReadPosRankSum=-0.504;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:414,0,467 16 88695338 rs4782388 C G 137.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.689;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.134;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:167,0,247 16 88705804 rs2254073 T C 66.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:62.11:97,0,62 16 88706330 rs11076688 C T 237.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.370;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.555;QD=19.81;ReadPosRankSum=-0.925;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:80.96:268,0,81 16 88744949 . G T 316.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.767;DP=23;Dels=0.00;FS=1.740;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.155;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:347,0,215 16 88766168 rs55780854 C T 138.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.191;QD=11.52;ReadPosRankSum=0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:168,0,140 16 88773528 rs11641194 C A 222.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.061;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=12.5154;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=-0.953;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,13:41:99:252,0,767 16 88779739 rs11549837 A G 415.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.447;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4963;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.335;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:40:99:446,0,529 16 88779865 rs4782320 G A 401.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.117;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.150;QD=11.47;ReadPosRankSum=0.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:431,0,595 16 88779952 rs112403756 C CCT 836.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=37.7351;MQ0=0;MQ=61.26;QD=49.18;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:48.16:878,48,0 16 88780023 rs1317756 G A 323.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.32;MQRankSum=0.306;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.784;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:34:99:354,0,640 16 88780175 rs4782321 G A 1446.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.354;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.877;QD=14.04;ReadPosRankSum=-0.420;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,56:103:99:1476,0,1107 16 88780634 rs11278302 AGGTGTG A 1017.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.883;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=284.8080;MQ0=0;MQ=42.13;MQRankSum=-0.283;QD=33.91;ReadPosRankSum=-1.723;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:1056,0,484 16 88780635 . 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G A 64.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.517;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:94.46:94,0,154 16 89169219 . CCT C 722.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=121.4105;MQ0=0;MQ=58.50;QD=42.48;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.12:764,51,0 16 89178457 rs60086029 G GTGCCTGCTCATCTTCCCACCGAGTGCTTCCTTTCCTCCGC 4962.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1158.1337;MQ0=0;MQ=37.99;QD=165.41;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:19,1:30:85.76:4962,86,0 16 89180695 rs8182228 C T 187.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.878;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.651;QD=7.51;ReadPosRankSum=-0.481;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:218,0,415 16 89212200 rs4302032 A G 89.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.652;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:119,0,131 16 89291945 rs11464538 A AT 186.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=54.6280;MQ0=0;MQ=57.94;QD=31.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:228,18,0 16 89294595 rs74466939 C T 642.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=4.457;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.505;QD=15.31;ReadPosRankSum=0.809;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:673,0,518 16 89294697 rs60437616 C T 766.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=1.595;QD=30.68;ReadPosRankSum=0.069;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,24:25:35.78:800,36,0 16 89350038 rs2279348 G A 1646.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.667;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=0.621;QD=29.41;ReadPosRankSum=1.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:56:99:1680,144,0 16 89350911 . G C 692.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DP=80;Dels=0.00;FS=2.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-0.096;QD=8.65;ReadPosRankSum=-1.427;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,28:80:99:722,0,1379 16 89592690 rs3935626 G A 498.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.983;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=1.379;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.787;QD=10.83;ReadPosRankSum=1.451;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,20:46:99:528,0,650 16 89612979 rs35936864 AC A 126.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=55.3186;MQ0=0;MQ=52.10;QD=11.47;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,8:11:22.93:168,23,0 16 89613037 rs462464 G A 579.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.830;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.8803;MQ0=0;MQ=54.66;MQRankSum=-1.950;QD=13.17;ReadPosRankSum=-2.726;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,23:44:99:610,0,506 16 89613123 rs2292954 A G 668.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.124;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5677;MQ0=0;MQ=58.06;MQRankSum=2.986;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.653;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,29:58:99:698,0,762 16 89613233 rs461405 A C 111.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.57:141,0,61 16 89616790 rs66845605 G A 100.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=11.22;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:131,0,110 16 89620148 rs730264 A G 174.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.581;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=-0.032;QD=7.59;ReadPosRankSum=-1.581;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:205,0,423 16 89620328 rs12960 G A 414.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.322;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.407;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.060;QD=13.36;ReadPosRankSum=0.417;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:444,0,440 16 89627671 rs174035 C T 116.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.37;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:29.44:146,0,29 16 89628870 rs885268 C G 133.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:163,0,144 16 89651817 . C G 210.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=16;Dels=0.00;FS=6.286;HRun=0;HaplotypeScore=1.9903;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=13.15;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:240,0,101 16 89653032 rs452176 G A 224.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.715;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=3.245;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.857;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.837;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:254,0,314 16 89703542 . G A 129.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.676;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:159,0,140 16 89800458 rs113797466 G A 301.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.586;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=3.622;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.674;QD=9.72;ReadPosRankSum=-1.381;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,17:31:99:331,0,307 16 89804335 rs17233826 CT C 1544.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DB;DP=41;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=107.9067;MQ0=0;MQ=60.76;MQRankSum=0.887;QD=37.66;ReadPosRankSum=0.465;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:79.87:1586,80,0 16 89865332 rs45446001 C T 328.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.274;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.855;QD=10.25;ReadPosRankSum=-0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:358,0,594 16 89920603 . C T 79.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.98;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:110,0,29 16 89964952 rs72813432 A G 959.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.968;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=1.8606;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=0.828;QD=12.00;ReadPosRankSum=-0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,39:80:99:990,0,1049 16 89973777 . CTCCCAGT C 1915.85 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=38;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=613.1499;MQ0=0;MQ=44.40;QD=50.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,32:38:96.31:1958,96,0 16 89986091 rs11547464 G A 1018.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.238;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.129;QD=15.91;ReadPosRankSum=-0.819;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,36:64:99:1048,0,723 16 90093969 rs3743829 T C 294.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.929;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.694;QD=22.65;ReadPosRankSum=-0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:324,0,106 16 90094195 rs3743827 A G 142.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.851;QD=14.26;ReadPosRankSum=0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:173,0,150 16 90094214 rs3743826 C T 132.33 PASS 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C A 272.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.302;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.290;QD=11.36;ReadPosRankSum=0.811;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:303,0,333 17 4648409 . C G 93.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DP=9;Dels=0.00;FS=2.808;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.97;MQRankSum=-0.361;QD=10.41;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:124,0,118 17 4684095 rs17765153 G A 154.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.176;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.340;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:185,0,164 17 4686414 rs3851 A C 923.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.248;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.130;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.46;MQRankSum=-2.540;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.721;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,34:68:99:954,0,803 17 4686463 rs11268672 A ACGCCTACCTGGCT 2848.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.283;DB;DP=42;FS=9.689;HRun=0;HaplotypeScore=384.1068;MQ0=0;MQ=49.55;MQRankSum=-4.432;QD=67.83;ReadPosRankSum=0.547;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,12:42:99:2888,0,2365 17 4689194 rs67320952 AC A 159.41 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C T 67.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.600;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.59;MQRankSum=-1.134;QD=5.58;ReadPosRankSum=-0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:97.01:97,0,217 17 6225895 rs12600964 C A 134.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.057;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.051;QD=6.42;ReadPosRankSum=1.518;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:165,0,509 17 6330153 rs925616 C T 462.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.605;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=1.414;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=0.052;QD=13.60;ReadPosRankSum=-1.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:492,0,446 17 6330403 rs925615 A G 261.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.119;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8105;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=1.491;QD=10.91;ReadPosRankSum=-1.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:292,0,458 17 6350727 rs12947546 C T 769.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.961;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=4.391;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=0.255;QD=10.99;ReadPosRankSum=0.789;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:799,0,1097 17 6364753 rs11654099 A G 1532.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=2.682;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=59.78;MQRankSum=0.335;QD=14.73;ReadPosRankSum=0.689;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,59:104:99:1562,0,1141 17 6441376 rs28493751 G A 238.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.818;QD=14.01;ReadPosRankSum=-1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:268,0,241 17 6483046 rs3744720 T C 587.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.009;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=-1.185;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.765;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,25:60:99:617,0,944 17 6483131 . T C 992.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.390;DP=107;Dels=0.00;FS=6.190;HRun=2;HaplotypeScore=1.9465;MQ0=0;MQ=58.27;MQRankSum=-0.560;QD=9.27;ReadPosRankSum=-1.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,44:107:99:1022,0,1727 17 6493198 rs1443417 T C 286.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.511;HRun=1;HaplotypeScore=1.9978;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=-1.002;QD=7.74;ReadPosRankSum=-0.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:317,0,690 17 6511781 rs4796519 A G 1129.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.859;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=0.726;HRun=1;HaplotypeScore=5.5550;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.670;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.321;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,45:111:99:1159,0,1756 17 6513329 rs2304977 G A 812.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.257;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=9.880;HRun=0;HaplotypeScore=1.9243;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.245;QD=14.77;ReadPosRankSum=1.006;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,30:55:99:842,0,803 17 6515387 rs2289642 A G 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AAG A 277.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.532;DP=19;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=59.6558;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.766;QD=14.63;ReadPosRankSum=-0.618;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:317,0,425 17 6616527 rs62621831 G A 107.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.408;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.796;QD=7.16;ReadPosRankSum=-1.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:137,0,319 17 6652996 rs1567347 A G 322.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.356;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.488;QD=20.19;ReadPosRankSum=1.356;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:353,0,190 17 6653368 rs2005153 T C 589.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.562;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=12.671;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.146;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,19:38:99:619,0,595 17 6659324 rs3785793 A G 206.77 PASS 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CACACGT C 244.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=202.0862;MQ0=0;MQ=49.23;MQRankSum=1.635;QD=20.33;ReadPosRankSum=-2.533;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:283,0,390 17 7011093 rs2455554 C T 138.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.23;MQRankSum=-1.718;QD=11.50;ReadPosRankSum=2.047;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:168,0,192 17 7011109 . C CA 138.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.710;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=185.9220;MQ0=0;MQ=50.91;MQRankSum=-2.647;QD=9.89;ReadPosRankSum=-0.581;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:177,0,293 17 7011110 . G C 132.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.259;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.91;MQRankSum=-1.743;QD=9.43;ReadPosRankSum=-1.872;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:162,0,234 17 7011129 rs530779 C T 540.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.331;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=55.07;MQRankSum=1.197;QD=27.02;ReadPosRankSum=1.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,18:20:6.69:570,0,7 17 7017420 rs10459916 G A 569.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.310;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=3.6294;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.371;QD=11.86;ReadPosRankSum=-1.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,23:48:99:599,0,652 17 7099811 rs17203281 G A 631.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.625;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.758;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.853;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:44:99:662,0,457 17 7124739 rs35999860 CACTGCCCTAGGTCAGGA C 1712.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=32;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=617.0583;MQ0=0;MQ=48.45;QD=53.51;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:18,14:32:66.20:1754,66,0 17 7124750 rs78100429 GT G 118.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.528;DB;DP=31;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=459.3090;MQ0=0;MQ=48.03;MQRankSum=-2.639;QD=3.81;ReadPosRankSum=2.806;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:99:157,0,317 17 7124752 . CAGGAACTGCCCTAGGT C 1569.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=4.104;DP=31;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=597.0108;MQ0=0;MQ=48.03;MQRankSum=1.993;QD=50.63;ReadPosRankSum=-1.759;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:23,8:31:41.13:1612,41,0 17 7140611 . C T 285.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.049;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.049;QD=16.79;ReadPosRankSum=-0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:316,0,231 17 7187123 rs5435 T C 408.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.082;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3782;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.130;QD=9.28;ReadPosRankSum=-1.002;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:438,0,643 17 7192198 rs222841 T G 106.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.454;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.868;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.372;QD=5.60;ReadPosRankSum=-1.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:99:136,0,325 17 7193055 rs3833134 GA G 569 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.215;DB;DP=28;FS=1.702;HRun=2;HaplotypeScore=144.7160;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=0.129;QD=20.32;ReadPosRankSum=0.386;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:608,0,323 17 7193060 rs55781423 A G 518.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.823;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.036;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.186;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.876;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,19:27:99:548,0,211 17 7193255 rs3744405 G A 107.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:63.23:137,0,63 17 7193448 rs222838 A G 517.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.878;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.489;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.973;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:548,0,404 17 7217944 rs62059197 G A 991.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.086;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=9.941;HRun=1;HaplotypeScore=2.8893;MQ0=0;MQ=58.94;MQRankSum=0.044;QD=12.56;ReadPosRankSum=-1.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,38:79:99:1022,0,1103 17 7245674 rs8069505 G A 862.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.923;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.503;QD=15.13;ReadPosRankSum=-0.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:893,0,782 17 7246940 rs3809829 T G 1164.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.803;DB;DP=85;Dels=0.00;FS=11.845;HRun=5;HaplotypeScore=1.7335;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.216;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.920;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,40:85:99:1195,0,1188 17 7259083 . A AG 638.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=18;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=70.7323;MQ0=0;MQ=61.19;QD=35.48;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:18:51.17:681,51,0 17 7286045 rs71157278 C CG 197.58 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=17.7601;MQ0=0;MQ=57.52;QD=39.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:239,15,0 17 7286266 rs1554947 C T 732.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.188;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.102;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=0.149;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.149;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,30:50:99:762,0,532 17 7286326 rs1554948 T A 326.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.656;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.270;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=1.864;QD=7.60;ReadPosRankSum=0.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,15:43:99:357,0,656 17 7306727 rs17882626 A G 436.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.921;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.051;QD=10.40;ReadPosRankSum=-0.128;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:467,0,706 17 7317647 rs79697127 A AC 656.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=32.1740;MQ0=0;MQ=60.63;QD=38.59;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:698,51,0 17 7318935 rs12947017 C T 1054.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.346;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9896;MQ0=0;MQ=58.73;MQRankSum=0.432;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.966;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:1085,0,1311 17 7320581 rs78081080 C T 79.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-1.380;QD=13.28;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:66.24:110,0,66 17 7329632 rs13290 T G 812.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.550;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=6.104;HRun=0;HaplotypeScore=1.8332;MQ0=0;MQ=58.26;MQRankSum=-0.832;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.492;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,36:83:99:843,0,1223 17 7346302 rs3853818 T C 105.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=10.57;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:136,0,187 17 7350544 rs2302767 G A 72.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:103,0,104 17 7358861 rs2302762 T C 73.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=10.45;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:103,0,137 17 7360110 rs2302764 T C 128.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=1.333;QD=9.20;ReadPosRankSum=-2.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:159,0,223 17 7365991 . 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G C 343.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.949;DP=33;Dels=0.00;FS=1.352;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=0.455;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.164;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:374,0,468 17 7412403 rs2228133 T C 180.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.689;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.862;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=-0.594;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:211,0,438 17 7453505 rs62059804 C A 1174.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.219;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=2.084;HRun=1;HaplotypeScore=1.9301;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.155;QD=14.68;ReadPosRankSum=1.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,45:80:99:1205,0,966 17 7460517 rs3803798 G C 557.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.460;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=2.928;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.579;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,19:35:99:587,0,417 17 7460743 rs113147008 G A 104.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.920;QD=13.02;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:96.39:134,0,96 17 7462969 rs3803800 A G 129.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9894;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.907;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.973;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:159,0,365 17 7470285 rs66811745 CA C 181.37 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=14.5681;MQ0=0;MQ=60.00;QD=30.23;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:223,18,0 17 7474277 rs4968213 C T 99.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.387;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=9.03;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:129,0,135 17 7477938 rs1057086 G C 683.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.650;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=2.748;HRun=1;HaplotypeScore=4.5158;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=-1.309;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.543;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,24:47:99:713,0,555 17 7483658 . 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G C 217.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.871;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.801;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:247,0,434 17 7557834 rs1642764 C T 486.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.091;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=1.615;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.511;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:516,0,840 17 7579472 rs1042522 G C 386.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.939;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.378;HRun=0;HaplotypeScore=2.7021;MQ0=0;MQ=55.80;MQRankSum=0.860;QD=9.44;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:417,0,628 17 7579643 rs17878362 CCCCCAGCCCTCCAGGT C 1530.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=29;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=390.0066;MQ0=0;MQ=43.93;QD=52.79;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:16,13:29:39.12:1573,39,0 17 7592168 rs2287499 C G 1185.05 PASS 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C T 401.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.442;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.713;QD=17.44;ReadPosRankSum=1.023;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:23:99:431,0,283 17 10399897 rs3744563 A G 793.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.557;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.16;MQRankSum=0.635;QD=15.88;ReadPosRankSum=-1.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,28:50:99:824,0,641 17 10400963 rs723903 C G 178.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.556;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.872;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:208,0,243 17 10404046 rs17811250 G A 805.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.969;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=7.080;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=-0.642;QD=13.20;ReadPosRankSum=-2.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,31:61:99:835,0,706 17 10409277 rs114149575 G A 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G A 544.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.742;DP=53;Dels=0.00;FS=8.244;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=59.21;MQRankSum=0.352;QD=10.27;ReadPosRankSum=-0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:574,0,735 17 10538728 rs112569418 G A 1492.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DB;DP=111;Dels=0.00;FS=0.751;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=0.564;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.948;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,59:111:99:1522,0,1268 17 10541817 rs112279473 G A 67.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.39;ReadPosRankSum=-1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:97.11:97,0,176 17 10542471 rs2285475 T G 517.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.065;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.466;QD=11.00;ReadPosRankSum=2.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:547,0,686 17 10542765 rs2285474 A G 126.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.223;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.376;QD=7.93;ReadPosRankSum=-0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:157,0,271 17 10542803 rs2285473 T C 601.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.349;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.740;HRun=1;HaplotypeScore=1.9497;MQ0=0;MQ=58.39;MQRankSum=-2.055;QD=15.83;ReadPosRankSum=-0.881;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:632,0,478 17 10542886 rs2285472 T C 1852.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.184;DB;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9986;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=1.057;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.114;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,69:142:99:1883,0,2034 17 10543183 rs2285471 A G 177.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.847;QD=11.10;ReadPosRankSum=1.799;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:208,0,246 17 10543463 rs2285469 T C 627.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.103;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=1.992;HRun=1;HaplotypeScore=1.7998;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.502;QD=8.26;ReadPosRankSum=-0.491;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,27:76:99:658,0,1299 17 10544018 rs876660 T C 147.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.215;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.984;QD=9.86;ReadPosRankSum=0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:178,0,196 17 10544696 rs3216884 GA G 147.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.482;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=66.1368;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=0.847;QD=5.89;ReadPosRankSum=-1.164;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:186,0,184 17 10546130 rs2285468 T G 1661.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.473;DB;DP=96;Dels=0.00;FS=0.842;HRun=2;HaplotypeScore=3.6275;MQ0=0;MQ=56.92;MQRankSum=1.739;QD=17.30;ReadPosRankSum=-0.700;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,59:96:99:1691,0,953 17 10547753 . G A 486.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.734;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5338;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=1.259;QD=8.24;ReadPosRankSum=0.657;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,21:59:99:516,0,1038 17 10548992 rs2239934 C T 581.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.822;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=3.7257;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=0.926;QD=14.17;ReadPosRankSum=-2.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,21:41:99:611,0,535 17 10549184 rs2239933 G A 857.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.435;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=0.909;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.294;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,33:70:99:888,0,1100 17 10551910 rs16943604 G A 749.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=3.956;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.56;MQRankSum=2.356;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.496;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,31:53:99:779,0,552 17 10551919 . 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T C 355.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.163;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=46.09;MQRankSum=-2.340;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.540;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:385,0,331 17 16221271 rs56228407 A AC 553 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=55.0695;MQ0=0;MQ=61.26;QD=32.53;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,15:17:45.14:595,45,0 17 16221319 rs9890539 T C 85.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=0.198;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:62.84:116,0,63 17 16229232 rs15739 A G 283.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.355;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.088;QD=15.76;ReadPosRankSum=0.883;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:314,0,234 17 16246016 rs7477 A C 175.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.248;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.054;QD=19.51;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:89.93:206,0,90 17 16248083 rs9907546 T A 74.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=18.61;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:25.76:104,0,26 17 16323608 rs68189233 ATAGT A 2290.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=52;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=387.0239;MQ0=0;MQ=39.82;QD=44.05;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,42:52:99:2333,126,0 17 16325968 rs8121 A G 1238.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=1.395;QD=30.21;ReadPosRankSum=-1.056;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:93.30:1271,93,0 17 16344314 rs55710649 A ACT 2984.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=55;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=128.0757;MQ0=0;MQ=60.20;QD=54.27;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,53:55:99:3027,163,0 17 16359791 . 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G A 322.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.610;DP=54;Dels=0.00;FS=1.357;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-0.192;QD=5.97;ReadPosRankSum=1.604;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,14:54:99:352,0,1101 17 16722068 rs2688023 A C 202.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.048;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.08;MQRankSum=0.651;QD=8.11;ReadPosRankSum=0.991;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:233,0,397 17 16722266 rs2656363 C T 618.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.585;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.684;HRun=1;HaplotypeScore=1.8947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.230;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.930;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:56:99:649,0,833 17 16722281 rs6502520 G A 483.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=2.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.833;QD=7.55;ReadPosRankSum=0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,20:64:99:513,0,1092 17 16722362 . 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ACC A 82.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=16;FS=2.158;HRun=3;HaplotypeScore=143.0083;MQ0=0;MQ=49.59;MQRankSum=-3.123;QD=5.16;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:122,0,535 17 18541855 . C G 98.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.388;DP=15;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.81;MQRankSum=-3.123;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:128,0,266 17 18541856 . A ATGGT 260.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=139.3198;MQ0=0;MQ=48.81;MQRankSum=-3.123;QD=17.39;ReadPosRankSum=-0.796;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:300,0,584 17 18541857 . C G 98.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.143;DP=15;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.81;MQRankSum=-3.123;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:128,0,284 17 18541868 rs55807264 A G 153.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.666;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.32;MQRankSum=-3.384;QD=6.97;ReadPosRankSum=0.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:183,0,403 17 18542074 rs9908833 G A 318.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.352;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.68;MQRankSum=2.060;QD=18.71;ReadPosRankSum=1.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:348,0,170 17 18542107 rs80078274 G A 106.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.42;MQRankSum=1.380;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:42.11:136,0,42 17 18554229 rs3752015 T C 1327.17 PASS 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.157;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.627;QD=18.23;ReadPosRankSum=0.862;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,17:22:81.35:431,0,81 17 18863105 rs2074276 C T 63.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:48.88:93,0,49 17 18863979 rs2074274 G C 482.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.489;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=5.436;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=-0.860;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,21:30:99:513,0,276 17 18872337 rs8415 T C 157.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.984;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.6996;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=2.951;QD=10.49;ReadPosRankSum=0.405;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:187,0,185 17 18872521 rs2074273 A G 159.24 PASS 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C G 467.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.207;DP=47;Dels=0.00;FS=2.767;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.40;MQRankSum=0.919;QD=9.95;ReadPosRankSum=0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,17:47:99:498,0,861 17 20160925 rs3751979 C T 211.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.245;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.99;MQRankSum=2.735;QD=11.14;ReadPosRankSum=2.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:242,0,257 17 20163529 rs2703791 A G 1137.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.707;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=5.103;HRun=1;HaplotypeScore=1.9799;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.283;QD=10.94;ReadPosRankSum=-0.153;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,52:104:99:1168,0,1313 17 20163616 rs11868429 C T 411.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.801;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=2.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.884;QD=9.80;ReadPosRankSum=0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,19:42:99:442,0,752 17 20209474 rs2120282 C T 199.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.068;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:229,0,199 17 20217375 rs75296798 G A 336.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.449;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=1.540;QD=18.69;ReadPosRankSum=0.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:366,0,134 17 20269243 . A G 121.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.377;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=41.78;MQRankSum=0.312;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:151,0,200 17 20332950 rs28374412 G A 133.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=2;MQ=46.81;MQRankSum=-1.811;QD=6.36;ReadPosRankSum=-2.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:21:99:164,0,305 17 20334398 rs2694201 G A 60.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.06;MQRankSum=0.358;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.61:91,0,66 17 20384920 rs1682297 G A 516.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.986;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.662;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.408;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:546,0,451 17 20678899 rs111627402 G A 112.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.47;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:10.64:142,0,11 17 20768867 rs9906896 A C 91.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.36;MQRankSum=-2.383;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:122,0,172 17 20805343 . T C 551.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.117;DP=46;Dels=0.00;FS=1.243;HRun=0;HaplotypeScore=1.8938;MQ0=5;MQ=45.12;MQRankSum=2.230;QD=12.00;ReadPosRankSum=-1.004;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:582,0,505 17 20805348 rs57960567 A G 443.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.438;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=4;MQ=45.74;MQRankSum=-1.974;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:473,0,576 17 20805497 rs16962515 T G 1134.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.155;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=3.962;HRun=1;HaplotypeScore=2.5251;MQ0=0;MQ=58.80;MQRankSum=0.512;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.379;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,44:93:99:1164,0,1227 17 20872949 rs11651632 T C 78.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.141;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.000;QD=6.54;ReadPosRankSum=1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:108,0,129 17 20884868 rs11654680 C T 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.231;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.07:85,0,62 17 21518890 rs112543333 G GA 302.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.431;DB;DP=24;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=91.3942;MQ0=1;MQ=47.34;MQRankSum=-3.816;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.716;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:24:99:341,0,557 17 21518906 rs73313260 C A 294.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.627;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=5.401;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=45.45;MQRankSum=-4.574;QD=8.93;ReadPosRankSum=-2.861;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:325,0,489 17 21518943 . C CAT 562.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.693;DP=23;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=129.4143;MQ0=0;MQ=43.50;MQRankSum=-3.970;QD=24.47;ReadPosRankSum=3.600;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:602,0,506 17 21544395 rs9674474 T C 354.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.464;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5731;MQ0=1;MQ=51.15;MQRankSum=0.415;QD=12.67;ReadPosRankSum=2.562;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:385,0,326 17 21544462 rs9285742 G A 825.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.002;DB;DP=120;Dels=0.00;FS=0.770;HRun=0;HaplotypeScore=2.5717;MQ0=4;MQ=49.82;MQRankSum=0.404;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,37:120:99:855,0,1832 17 21544470 rs9285743 A G 910.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=4;MQ=50.34;MQRankSum=0.205;QD=7.72;ReadPosRankSum=-1.677;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,40:118:99:941,0,1667 17 21544587 rs9285744 A G 483.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.090;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.80;MQRankSum=1.652;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:514,0,498 17 21544599 rs9912297 A G 215.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=57.55;MQRankSum=1.783;QD=6.94;ReadPosRankSum=1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:31:99:245,0,607 17 21544646 rs9285745 T C 112.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.638;QD=14.11;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:98.47:143,0,98 17 21731041 . G A 661.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.844;DP=65;Dels=0.00;FS=0.960;HRun=1;HaplotypeScore=1.9978;MQ0=0;MQ=43.43;MQRankSum=0.007;QD=10.17;ReadPosRankSum=-1.128;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,29:65:99:691,0,849 17 21825565 rs12453514 G T 456.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.604;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.983;QD=13.05;ReadPosRankSum=1.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:487,0,466 17 21828293 rs34862186 T A 106.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9257;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=0.922;QD=15.27;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:22.04:137,0,22 17 21901936 rs79241553 C T 57.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.684;QD=7.25;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:87.97:88,0,140 17 21901945 rs8072844 G C 78.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:109,0,131 17 21903195 . G C 140.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9860;MQ0=0;MQ=54.70;MQRankSum=0.597;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:171,0,99 17 25289503 rs72839386 T C 124.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9426;MQ0=0;MQ=41.52;MQRankSum=-1.517;QD=10.41;ReadPosRankSum=0.779;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:155,0,146 17 25409812 rs2061899 G A 383.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.408;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.613;HRun=2;HaplotypeScore=3.6168;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.274;QD=9.59;ReadPosRankSum=-1.040;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,17:40:99:414,0,663 17 25410315 rs12449779 A G 118.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.17;MQRankSum=0.689;QD=9.92;ReadPosRankSum=0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:149,0,153 17 25410373 . A T 272.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.776;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.85;MQRankSum=-0.367;QD=14.35;ReadPosRankSum=0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:303,0,248 17 25410639 rs11652017 T C 317.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.055;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.352;QD=18.69;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:348,0,142 17 25410734 rs11650889 A G 253.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.713;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.91;MQRankSum=1.347;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:283,0,188 17 25419373 rs61354713 T A 108.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=15.50;ReadPosRankSum=-1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:64.51:138,0,65 17 25601152 . A AC 302.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.000;DP=23;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=117.6033;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=-0.465;QD=13.15;ReadPosRankSum=1.209;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:341,0,437 17 25601154 rs58571455 A G 191.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.985;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.985;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:221,0,367 17 25601156 rs34645010 T C 199.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.463;QD=8.30;ReadPosRankSum=0.753;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:229,0,373 17 25607721 rs6505182 C G 245.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=15.34;ReadPosRankSum=-0.847;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:275,0,169 17 25621352 . 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.264;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=5;MQ=43.73;MQRankSum=3.337;QD=11.00;ReadPosRankSum=-1.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,33:69:99:789,0,816 17 25753587 rs1993829 C T 619.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.225;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=6.691;HRun=0;HaplotypeScore=2.9487;MQ0=0;MQ=50.78;MQRankSum=-2.691;QD=14.42;ReadPosRankSum=0.621;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:650,0,543 17 25756158 rs7220478 T C 266.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.041;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.02;MQRankSum=-1.774;QD=20.50;ReadPosRankSum=-1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:296,0,124 17 25756180 rs7212046 G A 426.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.584;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.98;MQRankSum=-1.327;QD=23.70;ReadPosRankSum=0.903;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:99:457,0,106 17 25756890 rs4795660 G A 100.31 PASS 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C A 230.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=24;Dels=0.00;FS=12.693;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.398;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:261,0,405 17 33690466 rs12453150 C A 195.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.852;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.691;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.872;QD=6.75;ReadPosRankSum=-1.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:226,0,687 17 33749546 rs2586514 A G 460.57 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.771;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.349;QD=25.59;ReadPosRankSum=-0.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:5.13:491,5,0 17 33767538 . G A 90.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:120,0,209 17 33768199 rs1822403 G A 834.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.615;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.997;HRun=1;HaplotypeScore=1.4972;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.407;QD=13.91;ReadPosRankSum=-0.170;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,32:60:99:865,0,867 17 33768354 rs3744371 C T 306.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.154;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.721;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.27;MQRankSum=-3.128;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.051;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:336,0,390 17 33787357 rs7219934 G C 1154.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.855;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5788;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=0.985;QD=10.30;ReadPosRankSum=-0.261;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,45:112:99:1184,0,1718 17 34072031 rs56386706 G A 492.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.207;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=-1.003;QD=13.67;ReadPosRankSum=-0.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:522,0,354 17 34077232 rs11654604 G A 1287.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=4.807;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ0=0;MQ=58.74;MQRankSum=0.583;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.594;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:66,52:118:99:1318,0,1624 17 34077428 rs11650416 A C 102.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=17.06;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:56.65:132,0,57 17 34100350 rs58543174 G GC 198.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.3572;MQ0=0;MQ=62.13;QD=39.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:240,15,0 17 34190069 rs115641363 C A 591.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.869;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.127;HRun=1;HaplotypeScore=3.9841;MQ0=0;MQ=57.65;MQRankSum=-1.633;QD=16.91;ReadPosRankSum=-0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,21:35:99:622,0,403 17 34305048 rs7216969 G A 265.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.318;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=16.56;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:295,0,217 17 34305071 rs11080368 C A 463.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.577;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=-0.771;QD=14.94;ReadPosRankSum=0.613;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:493,0,513 17 34305164 rs11080369 A C 1591.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.806;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=0.704;HRun=0;HaplotypeScore=1.9512;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=0.453;QD=13.96;ReadPosRankSum=-2.086;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,57:114:99:1622,0,1513 17 34308362 . C T 111.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.266;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.685;QD=6.59;ReadPosRankSum=0.264;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:142,0,333 17 34398495 rs14304 C T 51.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.39;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:81.73:82,0,110 17 34431287 rs1049750 G T 5496.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DB;DP=177;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=5.6602;MQ0=0;MQ=53.97;MQRankSum=1.712;QD=31.05;ReadPosRankSum=1.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,175:177:99:5497,424,0 17 34956585 rs77847431 CCA C 1593.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=136.9148;MQ0=0;MQ=59.67;QD=43.06;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,37:37:99:1635,111,0 17 35346641 rs1045056 T C 2178.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DB;DP=149;DS;Dels=0.00;FS=3.171;HRun=1;HaplotypeScore=1.9873;MQ0=0;MQ=59.29;MQRankSum=0.359;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,93:149:99:2209,0,1542 17 35414006 rs11653434 C T 153.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:183,0,259 17 35478362 rs1470452 T C 2160.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9897;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=1.595;QD=28.43;ReadPosRankSum=1.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,75:76:99:2194,136,0 17 35696820 rs58285057 AAAAG A 682.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=126.9645;MQ0=0;MQ=38.78;QD=42.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,14:16:42.12:725,42,0 17 36047276 rs2229295 G T 110.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.926;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.000;QD=6.90;ReadPosRankSum=-1.246;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:140,0,388 17 36047417 rs3110641 A G 676.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.221;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.735;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.62;MQRankSum=0.814;QD=13.81;ReadPosRankSum=-1.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:707,0,492 17 36059034 rs35913775 A AG 500.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.225;DB;DP=29;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=67.2828;MQ0=0;MQ=60.37;MQRankSum=0.599;QD=17.27;ReadPosRankSum=-0.092;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,14:29:99:540,0,545 17 36093863 rs3216929 G GCAGA 343.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=26;FS=8.451;HRun=0;HaplotypeScore=96.1809;MQ0=0;MQ=59.95;MQRankSum=1.120;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.412;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,6:26:99:383,0,366 17 36352408 rs57163173 G GT 330.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=50.2468;MQ0=1;MQ=48.11;MQRankSum=-1.065;QD=15.73;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,15:20:59.09:369,0,59 17 36358847 rs77355093 T A 4062.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.561;DB;DP=190;Dels=0.00;FS=8.683;HRun=1;HaplotypeScore=3.9437;MQ0=0;MQ=58.65;MQRankSum=-0.484;QD=21.38;ReadPosRankSum=-0.524;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,145:190:99:4063,0,1012 17 36375227 rs2271169 C T 98.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=49.84;MQRankSum=-0.365;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:129,0,128 17 36398142 . T A 101.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.421;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.30;MQRankSum=-0.421;QD=12.71;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:132,0,131 17 36398162 . ACACC A 152.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=69.6121;MQ0=0;MQ=42.76;MQRankSum=0.896;QD=13.83;ReadPosRankSum=1.398;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:191,0,135 17 36499795 rs61706454 G C 123.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.377;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.074;QD=9.54;ReadPosRankSum=0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:154,0,178 17 36704829 rs56321748 G A 478.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.796;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=1.243;HRun=0;HaplotypeScore=1.9120;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.926;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.848;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:508,0,457 17 36894839 rs1138349 G A 545.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.316;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.40;MQRankSum=1.164;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.808;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:576,0,733 17 36909061 rs228274 A G 578.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.297;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=4.908;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.00;MQRankSum=1.511;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.197;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:609,0,443 17 36934475 rs7207178 C T 588.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.857;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.16;MQRankSum=-1.125;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,22:55:99:619,0,1101 17 36959002 . G A 632.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.524;DP=58;Dels=0.00;FS=1.006;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.117;QD=10.91;ReadPosRankSum=-0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,26:58:99:663,0,836 17 36997696 . T G 97.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=13.86;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:96.14:127,0,96 17 37006349 rs112644851 GTT G 436.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=51.4037;MQ0=0;MQ=59.18;QD=29.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,15:15:45.11:478,45,0 17 37009072 rs1239179 C T 632.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.554;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.924;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.998;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.125;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,27:58:99:663,0,799 17 37071189 rs2241009 C T 108.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.421;QD=13.60;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:139,0,136 17 37183667 rs6503741 G C 90.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:60.39:121,0,60 17 37186555 rs9893920 C T 60.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.03;ReadPosRankSum=-0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:90.15:90,0,108 17 37190141 rs9914342 T C 188.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.656;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.312;QD=14.53;ReadPosRankSum=-0.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:219,0,138 17 37202047 rs9911197 T G 230.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.511;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.184;QD=15.39;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:97.22:261,0,97 17 37213252 rs4794799 T C 73.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.80;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.28:104,0,56 17 37213307 rs4795337 C T 221.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.224;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=1.247;QD=13.84;ReadPosRankSum=-2.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:251,0,192 17 37213317 rs4795338 C A 258.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.197;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-1.805;QD=15.19;ReadPosRankSum=-1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:288,0,193 17 37234111 rs3744078 G A 74.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.654;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=0;HaplotypeScore=1.8808;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.910;QD=5.31;ReadPosRankSum=-0.201;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:104,0,242 17 37239671 rs9891236 A G 112.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.951;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.268;QD=11.26;ReadPosRankSum=0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:143,0,133 17 37331345 rs523516 A T 142.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.179;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:49.79:173,0,50 17 37340336 rs78894589 G A 384.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.458;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=7.339;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.044;QD=10.11;ReadPosRankSum=0.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,18:38:99:414,0,611 17 37351285 rs534012 T C 217.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.282;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8656;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.085;QD=16.70;ReadPosRankSum=1.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:76.33:247,0,76 17 37417575 rs3744348 C G 157.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=22.53;ReadPosRankSum=1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.25:188,0,58 17 37453485 rs594794 T C 139.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.261;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.251;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.251;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:170,0,308 17 37457342 rs2302073 A G 104.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.720;QD=17.34;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.83:134,0,60 17 37571160 . A T 158.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=14.39;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:188,0,153 17 37627387 rs56158954 A G 415.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.778;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.705;QD=11.86;ReadPosRankSum=-0.315;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:445,0,584 17 37789998 rs11651497 T C 68.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:98.60:99,0,145 17 37790371 rs907094 G A 513.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.806;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.853;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=-0.215;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,19:49:99:544,0,798 17 37814080 rs1877031 G A 968.14 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C T 381.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.847;DP=51;Dels=0.00;FS=3.241;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=-0.376;QD=7.49;ReadPosRankSum=0.051;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,16:51:99:412,0,1006 17 38609187 rs1009727 G A 580.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=2.445;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.39;MQRankSum=0.436;QD=9.52;ReadPosRankSum=-0.908;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,24:61:99:611,0,909 17 38609207 rs1009728 T C 839.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.391;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=5.923;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=1.015;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,34:79:99:870,0,1191 17 38635896 . C T 470.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.451;DP=25;Dels=0.00;FS=5.618;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=-0.393;QD=18.82;ReadPosRankSum=0.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:500,0,222 17 38643385 rs8071312 G A 1752.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.060;DB;DP=113;Dels=0.00;FS=4.304;HRun=0;HaplotypeScore=2.8329;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.911;QD=15.51;ReadPosRankSum=1.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,59:113:99:1782,0,1651 17 38877872 rs1526602 C A 399.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.845;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.6815;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.293;QD=11.74;ReadPosRankSum=0.431;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:429,0,397 17 38905477 rs10491127 T G 217.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=6.410;HRun=0;HaplotypeScore=1.9962;MQ0=0;MQ=57.03;MQRankSum=-0.177;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:247,0,185 17 38910521 . 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C CA 138.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=47.3378;MQ0=0;MQ=53.03;QD=19.80;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:7:17.92:180,18,0 17 43912267 rs66808254 T TG 190.18 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=40.3486;MQ0=0;MQ=60.00;QD=23.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:8:20.93:232,21,0 17 44248783 . 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TAA T 1084.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=82.2417;MQ0=2;MQ=34.63;QD=41.71;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:23:69.24:1126,69,0 17 44344810 rs2732649 T G 688.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.275;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=0.084;QD=21.53;ReadPosRankSum=0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,23:32:99:719,0,162 17 44344926 rs74652075 A G 337 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.479;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=1.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=0.765;QD=8.64;ReadPosRankSum=1.487;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,15:39:99:367,0,673 17 44344970 rs117033351 T C 144.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=61.15;MQRankSum=-0.796;QD=5.17;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,7:28:99:175,0,516 17 44344988 rs2732650 C G 527.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.339;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=61.46;MQRankSum=0.383;QD=23.98;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,19:22:54.54:558,0,55 17 44345047 rs74597047 A ACT 278.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.7663;MQ0=0;MQ=63.51;MQRankSum=1.179;QD=30.92;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:61.30:317,0,61 17 44346039 rs2532338 A G 1038.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.136;DB;DP=132;Dels=0.00;FS=1.488;HRun=0;HaplotypeScore=3.6143;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=-0.881;QD=7.87;ReadPosRankSum=-0.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,46:132:99:1069,0,2309 17 44352621 rs2696537 A G 62.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-0.727;QD=15.52;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:9.66:92,0,10 17 44352639 rs117542455 G A 121.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.03;MQRankSum=-0.198;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:49.80:151,0,50 17 44360632 rs79559587 A C 66.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=4.393;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.11;MQRankSum=2.037;QD=6.05;ReadPosRankSum=0.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:96.55:97,0,233 17 44360744 rs2696513 T C 438.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.699;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=6;MQ=44.87;MQRankSum=-4.118;QD=8.94;ReadPosRankSum=-0.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:468,0,532 17 44360760 rs111362882 C T 223.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.049;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=6;MQ=43.83;MQRankSum=3.195;QD=5.46;ReadPosRankSum=1.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,10:41:99:254,0,579 17 44782224 . 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A G 256.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.589;DP=33;Dels=0.00;FS=6.805;HRun=0;HaplotypeScore=5.9052;MQ0=2;MQ=42.44;MQRankSum=-2.629;QD=7.76;ReadPosRankSum=0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:286,0,417 17 45234420 rs78493795 T G 383.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.097;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=4.530;HRun=0;HaplotypeScore=7.8564;MQ0=2;MQ=41.87;MQRankSum=-4.382;QD=12.38;ReadPosRankSum=0.161;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,21:31:99:414,0,270 17 45249335 rs76782714 T G 162.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.536;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=4.099;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.58;MQRankSum=-2.435;QD=5.79;ReadPosRankSum=2.987;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:28:99:192,0,421 17 45364390 rs3830540 ATTTGT A 407.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=87.7361;MQ0=0;MQ=52.23;MQRankSum=-1.733;QD=25.48;ReadPosRankSum=-0.683;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:447,0,690 17 45364540 rs5919 T C 584.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.401;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.106;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.60;MQRankSum=-1.730;QD=11.69;ReadPosRankSum=0.314;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:50:99:614,0,877 17 45364619 rs13306478 A G 299.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.183;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.049;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.962;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,11:27:99:329,0,489 17 45367669 rs16941829 G A 787.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.695;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=3.406;HRun=0;HaplotypeScore=3.9860;MQ0=0;MQ=58.12;MQRankSum=1.003;QD=17.13;ReadPosRankSum=-0.242;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,30:46:99:818,0,403 17 45368337 rs15908 A C 942.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.459;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=7.658;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.723;QD=11.63;ReadPosRankSum=-0.213;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,40:81:99:972,0,1108 17 45377825 rs11870252 T C 209.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=13.97;ReadPosRankSum=1.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:240,0,206 17 45385012 rs3809863 C T 225.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.954;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.746;QD=10.75;ReadPosRankSum=2.523;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:256,0,305 17 45438886 rs10538163 CAGTG C 1439.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=144.8038;MQ0=0;MQ=49.55;QD=51.42;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,26:28:78.27:1482,78,0 17 45468858 rs118004742 T G 130.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.903;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=4.193;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.282;QD=5.94;ReadPosRankSum=-2.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:161,0,396 17 45479446 rs12452315 A C 182.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.467;QD=15.21;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:213,0,155 17 45567593 . 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C T 374.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.793;DP=29;Dels=0.00;FS=1.549;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=57.15;MQRankSum=-0.724;QD=12.93;ReadPosRankSum=-2.434;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,16:29:99:405,0,385 17 49097501 rs2286649 C A 258.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.749;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.774;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-0.135;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.538;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:80.06:289,0,80 17 49124845 rs28366005 G GA 133.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.419;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=46.8027;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=1.639;QD=6.66;ReadPosRankSum=0.234;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,6:20:99:172,0,313 17 49156907 rs8081821 A G 130.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.276;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=0.337;QD=5.45;ReadPosRankSum=0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:161,0,454 17 49231623 rs34431255 C G 141.92 PASS 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G A 945.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.752;DP=79;Dels=0.00;FS=1.919;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.633;QD=11.96;ReadPosRankSum=1.900;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:975,0,1275 17 56690848 rs8077548 T C 765.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.981;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.072;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.437;QD=14.72;ReadPosRankSum=-0.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,26:52:99:796,0,614 17 56695008 rs302860 C A 128.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.647;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=7;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=1.356;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.872;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:158,0,185 17 56738919 rs4340382 G A 231.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.265;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.177;QD=12.88;ReadPosRankSum=-0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:262,0,281 17 56798207 rs28363318 T C 112.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.073;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.869;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:142,0,156 17 57287454 rs6503905 A G 284.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=0.066;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.329;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:315,0,380 17 57683041 rs72525996 T TA 359.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.161;DB;DP=18;FS=2.884;HRun=3;HaplotypeScore=42.2162;MQ0=0;MQ=61.19;MQRankSum=0.553;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.452;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:399,0,165 17 57746107 rs2272411 A G 143.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.586;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.537;QD=8.47;ReadPosRankSum=0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:174,0,265 17 57886125 rs2645487 T G 107.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.103;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.851;QD=10.73;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:137,0,141 17 57943906 rs35806089 A G 202.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.589;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.740;QD=16.91;ReadPosRankSum=-2.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:83.39:233,0,83 17 57963537 rs1292053 A G 459.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.101;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.021;QD=14.83;ReadPosRankSum=0.701;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,18:31:99:490,0,342 17 57968398 . 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G C 106.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.18;MQRankSum=-0.550;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.95:136,0,99 17 58824617 rs34431714 G A 1039.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.247;DB;DP=100;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=4.3719;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-0.793;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.080;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,42:100:99:1069,0,1515 17 59372034 rs12948356 T G 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.42;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:35.74:81,0,36 17 59543090 rs35279830 T C 457.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.018;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.7770;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.224;QD=13.08;ReadPosRankSum=1.673;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,16:35:99:488,0,526 17 59544863 rs758596 G A 437.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.877;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.74;MQRankSum=-0.298;QD=15.10;ReadPosRankSum=0.115;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,19:29:99:468,0,290 17 60214389 rs72844475 G A 230.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.000;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.821;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=1.088;QD=10.46;ReadPosRankSum=-1.154;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:260,0,325 17 60374173 . CT C 130.89 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=39.8263;MQ0=1;MQ=50.01;QD=10.91;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,9:11:26.59:173,27,0 17 60767953 rs72467332 GC G 740.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=28;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=74.3356;MQ0=0;MQ=58.21;QD=26.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:81.13:782,81,0 17 60918602 rs12943672 T A 677.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.010;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9992;MQ0=0;MQ=58.59;MQRankSum=-1.332;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.132;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:708,0,585 17 61559923 rs4309 C T 651.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.358;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=3.7986;MQ0=0;MQ=59.60;MQRankSum=-0.594;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:682,0,857 17 61560763 rs4311 T C 200.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.835;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.174;QD=13.38;ReadPosRankSum=-0.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:231,0,238 17 61561024 . C T 201.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.201;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.068;QD=14.40;ReadPosRankSum=0.663;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:232,0,202 17 61562553 rs4320 G A 102.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.739;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.63;MQRankSum=0.685;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:133,0,425 17 61562774 rs4321 T C 427.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.367;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=2.066;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.033;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.233;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,18:24:99:458,0,139 17 61564052 rs4331 A G 257.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.377;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.253;QD=7.35;ReadPosRankSum=-1.128;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:287,0,537 17 61564281 rs4332 T C 292.69 PASS 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A G 361.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.808;DP=32;Dels=0.00;FS=5.391;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-0.019;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.999;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:392,0,475 17 62754586 rs9908143 T C 382.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.066;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=12.539;HRun=3;HaplotypeScore=1.9907;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-1.286;QD=17.38;ReadPosRankSum=-0.033;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:412,0,275 17 62796759 rs2074182 A C 147.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=7.605;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=47.91;MQRankSum=-3.736;QD=5.89;ReadPosRankSum=0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:177,0,339 17 62893412 rs62071408 A G 336.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.096;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=2.418;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.62;MQRankSum=-4.189;QD=9.35;ReadPosRankSum=-0.844;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:366,0,474 17 62893481 rs71828933 CTT C 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GA G 62.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=13;FS=2.808;HRun=13;HaplotypeScore=40.1570;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.133;QD=4.79;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:86.90:101,0,87 17 66933003 rs4147967 C T 70.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.537;QD=11.73;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:99:100,0,102 17 66938232 rs4147958 A G 72.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.754;QD=10.35;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:102,0,134 17 67003868 rs71375717 G A 94.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=15.73;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.94:124,0,65 17 67080770 rs11657954 A G 160.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=22.87;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:18.27:190,0,18 17 67081732 rs2302133 C T 105.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.9931;MQ0=0;MQ=58.11;MQRankSum=0.676;QD=10.56;ReadPosRankSum=1.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:136,0,174 17 67081830 rs2302134 T C 297.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.295;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=0.121;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.801;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:327,0,356 17 67099129 rs2364315 A G 192.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.370;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=6.892;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.05;MQRankSum=-1.109;QD=16.04;ReadPosRankSum=-0.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:92.14:223,0,92 17 67109673 rs7504026 A G 91.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.266;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=1;HaplotypeScore=3.9606;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-0.674;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:16:99:121,0,320 17 67109894 rs9282552 C T 169.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.143;QD=15.37;ReadPosRankSum=2.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:199,0,139 17 67111065 . G A 349.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.119;DP=20;Dels=0.00;FS=2.702;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.14;MQRankSum=-0.270;QD=17.49;ReadPosRankSum=0.424;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,12:20:99:380,0,199 17 67125840 rs4968839 C T 372.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=4.544;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.784;QD=8.28;ReadPosRankSum=-2.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,17:45:99:403,0,655 17 67133352 rs2041171 T G 94.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=9.47;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:125,0,206 17 67160186 rs7208382 T C 113.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:143,0,127 17 67170736 rs740520 A G 946.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.982;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.510;QD=12.13;ReadPosRankSum=0.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,37:78:99:976,0,1026 17 67178316 rs4968849 A G 204.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.732;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=-1.025;QD=8.51;ReadPosRankSum=1.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,10:24:99:234,0,385 17 67178773 . 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C T 423.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.340;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.02;MQRankSum=1.205;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:454,0,425 17 72859078 rs690371 A G 361.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.088;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.669;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=0.917;QD=8.41;ReadPosRankSum=-0.490;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:392,0,706 17 72860253 rs552432 A G 133.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.488;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.054;QD=8.34;ReadPosRankSum=-0.705;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:163,0,303 17 72862593 rs690514 C T 202.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.449;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=56.40;MQRankSum=-0.041;QD=10.65;ReadPosRankSum=-0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:232,0,323 17 72862705 rs2070918 G A 368.10 PASS 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A G 222.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=-0.204;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:252,0,221 17 73811138 . G A 98.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.12;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:78.24:129,0,78 17 73997474 rs2069528 G A 176.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=14.75;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:86.39:207,0,86 17 74006136 rs1076871 C T 1087.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DB;DP=89;Dels=0.00;FS=1.759;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-0.538;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,42:89:99:1117,0,1167 17 74007574 rs2290252 A G 166.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.377;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.660;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:196,0,220 17 74007846 rs2290251 A G 86.66 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C T 110.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.378;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=9.18;ReadPosRankSum=0.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:140,0,123 17 74273187 rs73999020 G A 111.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.23;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:26.71:141,0,27 17 74276838 rs67948583 A G 424.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.380;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.997;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:454,0,482 17 74277039 rs72868908 G A 211.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.398;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.244;QD=17.64;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:242,0,122 17 74381555 rs2247856 G A 76.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=0.000;QD=12.81;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.52:107,0,55 17 74383475 rs3744037 T C 277.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.061;QD=19.81;ReadPosRankSum=-1.768;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:307,0,110 17 74387284 rs3803739 C T 600.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.901;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.093;HRun=0;HaplotypeScore=3.7337;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.136;QD=12.02;ReadPosRankSum=0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:631,0,692 17 74387797 . GC G 888.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.784;DP=59;FS=3.586;HRun=3;HaplotypeScore=148.8254;MQ0=0;MQ=60.37;MQRankSum=0.190;QD=15.06;ReadPosRankSum=0.493;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,30:59:99:928,0,1049 17 74396421 rs3809691 G C 68.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.380;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.97:98,0,65 17 74397026 rs3809693 G A 131.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.964;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.212;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:162,0,305 17 74401405 rs11333686 AG A 642.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=22;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=78.0776;MQ0=0;MQ=61.46;QD=29.18;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:57.17:684,57,0 17 74473593 rs3833088 A AG 183.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=12.7657;MQ0=0;MQ=62.13;QD=36.63;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:225,15,0 17 74554739 rs4648343 C G 79.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.80;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.94:109,0,25 17 74557681 rs4510053 A C 825.50 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.494;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4968;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.135;QD=27.52;ReadPosRankSum=0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,28:30:66.21:859,66,0 17 74557803 rs60161580 GT G 296.49 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=45.1988;MQ0=0;MQ=61.26;QD=17.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,13:17:38.99:339,39,0 17 74583226 rs3809700 G T 1194.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.646;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=1.646;QD=29.87;ReadPosRankSum=0.087;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,39:40:96.30:1228,96,0 17 74583347 rs76144716 CCATT C 688.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=101.8437;MQ0=0;MQ=54.22;QD=45.93;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,13:15:39.13:731,39,0 17 74647749 rs7223597 G C 224.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.751;QD=24.91;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:15.93:254,0,16 17 74684124 rs2286588 T G 256.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.109;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.294;QD=21.39;ReadPosRankSum=0.185;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:77.15:287,0,77 17 74750215 rs11399997 C CT 587.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.7598;MQ0=0;MQ=61.43;QD=39.18;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,14:15:42.14:630,42,0 17 74922895 . G A 207.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.279;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.608;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:238,0,348 17 74944151 rs71384132 C T 139.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:169,0,141 17 75085230 rs9900566 C G 61.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=15.47;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:92,0,29 17 75484700 rs378578 A G 50.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.036;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5115;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.741;QD=5.04;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:80.40:80,0,187 17 75484781 rs370531 T C 679.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.205;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.209;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.857;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.733;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,26:43:99:710,0,491 17 75485014 rs426885 A C 82.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.727;QD=20.60;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.27:112,0,27 17 75800690 rs72900461 G A 74.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.61;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.72:104,0,30 17 76045806 . C T 1079.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.204;DP=98;Dels=0.00;FS=1.648;HRun=0;HaplotypeScore=5.7254;MQ0=0;MQ=58.48;MQRankSum=-0.893;QD=11.01;ReadPosRankSum=1.541;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,46:98:99:1109,0,1415 17 76060954 rs61730171 A C 151.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.973;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.550;QD=8.89;ReadPosRankSum=1.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:181,0,261 17 76089958 . G A 110.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=22.04;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.60:140,0,26 17 76099729 . 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G A 221.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.271;QD=22.15;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:52.37:252,0,52 17 76168080 . G C 227.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.715;QD=20.64;ReadPosRankSum=-0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:78.39:257,0,78 17 76187160 rs17640750 C T 170.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.683;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=1.838;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.473;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:201,0,223 17 76198530 rs72897835 T G 111.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:141,0,131 17 76198587 rs72897838 A G 179.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.132;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.739;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-0.197;QD=6.41;ReadPosRankSum=-0.590;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,9:28:99:209,0,452 17 76198704 rs113668382 G T 192.63 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C A 739.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.525;DP=56;Dels=0.00;FS=1.050;HRun=2;HaplotypeScore=4.7174;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=-0.098;QD=13.21;ReadPosRankSum=1.066;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,29:56:99:770,0,682 17 77078871 rs74001528 C A 83.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7287;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-1.495;QD=11.87;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:60.21:113,0,60 17 77079755 rs2001248 C T 142.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.466;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=12.92;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:172,0,153 17 77081788 rs4789879 G A 168.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.608;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.193;QD=12.04;ReadPosRankSum=0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:199,0,138 17 77923478 rs894858 G A 676.66 PASS 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C A 198.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.366;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.86;MQRankSum=0.000;QD=13.23;ReadPosRankSum=1.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:228,0,223 18 84841 rs66758167 C T 148.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.032;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=1.9156;MQ0=0;MQ=52.97;MQRankSum=-1.198;QD=5.11;ReadPosRankSum=0.790;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:99:178,0,499 18 120683 rs66919492 TC T 530.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=102.3176;MQ0=1;MQ=41.71;QD=26.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:19:54.13:572,54,0 18 166710 rs113002946 TTAAAA T 476.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.700;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=75.2460;MQ0=0;MQ=45.91;MQRankSum=-2.237;QD=36.68;ReadPosRankSum=0.386;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:516,0,333 18 166819 rs563155 T C 439.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.528;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.037;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=56.41;MQRankSum=-0.382;QD=13.31;ReadPosRankSum=0.273;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,19:33:99:469,0,326 18 196829 rs655781 G A 351.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.965;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=2.251;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.946;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,13:27:99:381,0,467 18 203081 rs471274 A C 469.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.854;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.059;QD=15.14;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:499,0,386 18 214959 rs489947 A G 259.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.115;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=1.9727;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.813;QD=16.24;ReadPosRankSum=0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:290,0,196 18 215504 . 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A C 178.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.467;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.467;QD=12.72;ReadPosRankSum=-1.733;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:208,0,132 18 3188976 rs1962519 A G 841.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=1.617;QD=28.06;ReadPosRankSum=1.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,29:30:41.55:875,42,0 18 3214918 rs7232679 G C 69.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.731;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:28.61:100,0,29 18 3272874 rs7407072 T A 1223.90 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.733;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=0.042;QD=29.85;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:64.10:1257,64,0 18 3447871 rs151472 T C 243.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.163;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.271;QD=18.72;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:273,0,143 18 3581966 rs56017170 G A 292.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.040;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=-0.120;QD=6.97;ReadPosRankSum=-0.440;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,14:42:99:323,0,901 18 3582272 rs11662259 A C 494.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.529;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=6.082;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=2.066;QD=16.50;ReadPosRankSum=2.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:525,0,316 18 4691592 rs4433903 C T 314.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.076;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.769;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.74;MQRankSum=-1.211;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.807;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,13:16:79.11:344,0,79 18 5292030 rs620652 A G 599.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.897;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=-0.373;QD=15.00;ReadPosRankSum=0.621;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,24:40:99:630,0,407 18 5395478 rs73375704 C T 88.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=8.85;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:119,0,207 18 5396044 rs112187992 A AT 365.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.802;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=86.2759;MQ0=0;MQ=61.02;MQRankSum=2.025;QD=17.42;ReadPosRankSum=-0.249;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,12:21:99:405,0,306 18 5396045 . 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C CT 342.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.123;DP=30;FS=5.315;HRun=13;HaplotypeScore=98.0666;MQ0=0;MQ=60.46;MQRankSum=1.327;QD=11.41;ReadPosRankSum=0.102;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,13:30:43.67:384,44,0 18 10468453 rs539412 C T 752.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.788;DB;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.331;QD=7.30;ReadPosRankSum=-1.214;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:67,36:103:99:782,0,2000 18 10472074 rs117942846 G A 928.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.553;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.977;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=0.367;QD=13.45;ReadPosRankSum=-0.776;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,37:69:99:958,0,843 18 10485357 rs489837 T C 232.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.671;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.45;MQRankSum=-1.140;QD=11.62;ReadPosRankSum=0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:262,0,348 18 10485363 rs91958 T C 270.92 PASS 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C T 268.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.366;DP=25;Dels=0.00;FS=4.310;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.245;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.897;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:299,0,409 18 19423963 rs3216119 GT G 438.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=29.0755;MQ0=0;MQ=61.78;QD=36.51;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:36.11:480,36,0 18 19780527 rs11352746 AC A 812.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=60.3256;MQ0=0;MQ=60.45;QD=33.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:72.21:855,72,0 18 19995731 rs9946136 T C 1176 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.967;DB;DP=87;Dels=0.00;FS=0.865;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=-1.541;QD=13.52;ReadPosRankSum=2.509;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,44:87:99:1206,0,1078 18 20817276 rs12185467 G C 66.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.40;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.50:97,0,65 18 21017835 rs12967028 C T 193.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:88.36:224,0,88 18 21043106 rs72884533 T C 75.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.60;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:94.44:106,0,94 18 21100240 rs1367083 C T 506.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.908;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=58.44;MQRankSum=0.126;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,20:39:99:537,0,483 18 21103971 rs891386 T G 182.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=0.731;QD=18.26;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:91.85:213,0,92 18 21104425 . 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A G 114.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=19.06;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.99:144,0,55 18 21474827 rs1268716 G A 780.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.235;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=2.715;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.021;QD=16.26;ReadPosRankSum=-0.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,29:48:99:811,0,448 18 21481233 rs1154226 C G 315.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.297;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=3.319;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.293;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.126;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:345,0,507 18 21481340 rs1154227 A G 109.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=12.20;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:140,0,138 18 21494777 . C A 237.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.375;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.406;QD=9.90;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:268,0,290 18 21501608 rs45523939 C T 91.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.549;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=5.70;ReadPosRankSum=-1.464;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:121,0,350 18 21883552 rs1487377 G A 229.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.431;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.468;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.532;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:260,0,389 18 21891975 rs2337961 A G 766.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.983;DB;DP=80;Dels=0.00;FS=0.857;HRun=1;HaplotypeScore=1.8316;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=9.58;ReadPosRankSum=-0.459;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,36:80:99:797,0,1209 18 21894351 rs12966893 A G 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C A 436.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.322;DP=37;Dels=0.00;FS=2.944;HRun=0;HaplotypeScore=4.9609;MQ0=0;MQ=58.13;MQRankSum=0.198;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,18:37:99:466,0,507 18 29040756 rs3737364 T A 75.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:27.97:106,0,28 18 29046430 rs35293326 T G 142.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.517;QD=17.79;ReadPosRankSum=-1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:88.17:172,0,88 18 29049372 rs35777565 A G 170.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.529;QD=14.23;ReadPosRankSum=-1.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:201,0,162 18 29237860 rs1449087 C T 195.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=19.52;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:91.68:225,0,92 18 29419462 rs7226615 C A 51.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.92;MQRankSum=0.000;QD=7.40;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:81.78:82,0,104 18 29426649 rs76349894 A G 308.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.167;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.560;HRun=1;HaplotypeScore=3.9912;MQ0=0;MQ=57.51;MQRankSum=1.111;QD=9.34;ReadPosRankSum=1.330;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:338,0,466 18 29432367 rs3841748 AC A 131.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.412;DB;DP=27;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=71.7592;MQ0=0;MQ=59.14;MQRankSum=0.379;QD=4.87;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,6:27:99:171,0,905 18 29444811 rs2291239 A G 77.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.45;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:108,0,27 18 29450300 rs75554495 T A 168.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.236;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=1.060;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:199,0,299 18 29450527 rs77278243 G A 224.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.077;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=4.310;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=1.200;QD=9.75;ReadPosRankSum=-0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:254,0,322 18 29487567 rs34176695 C A 146.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:50.27:176,0,50 18 29542204 rs4799610 A G 284.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.021;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.222;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.131;QD=12.93;ReadPosRankSum=1.642;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:314,0,349 18 29542839 rs8098106 C G 410.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.604;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=3.261;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=-0.755;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:441,0,537 18 29543204 rs6506951 T C 396.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=2.048;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.215;QD=17.23;ReadPosRankSum=0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:426,0,306 18 29543270 rs6506952 G A 715.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.003;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.967;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=1.053;QD=10.52;ReadPosRankSum=-0.118;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,28:68:99:746,0,1002 18 29617255 rs9947278 T G 969.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.639;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=2.605;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=-1.443;QD=14.68;ReadPosRankSum=0.391;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:999,0,817 18 29793346 . C T 117.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=1.473;QD=7.32;ReadPosRankSum=0.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:147,0,267 18 29993180 rs11873369 C T 625.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.070;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=2.577;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=21;MQ=40.84;MQRankSum=1.236;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.658;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,35:71:99:656,0,479 18 30672631 rs1995096 G A 70.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:53.48:101,0,53 18 30672711 rs271474 A G 164.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.131;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=1;HaplotypeScore=2.7765;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.613;QD=7.16;ReadPosRankSum=0.420;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:195,0,445 18 30804758 rs457896 A C 180.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=1.820;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.116;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.809;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:211,0,464 18 30846895 rs9965081 A T 123.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=9.276;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.705;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:16:99:153,0,329 18 31312106 rs10432168 T C 153.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.736;QD=25.58;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:15.38:183,0,15 18 31320229 rs2282632 A G 107.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.387;QD=9.79;ReadPosRankSum=0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:138,0,167 18 31324934 rs7232237 A G 541.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.384;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=0.896;QD=9.84;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,23:55:99:571,0,951 18 31599259 rs10502615 T C 195.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.508;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=11.885;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.334;QD=8.13;ReadPosRankSum=-1.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:225,0,413 18 32459455 . T C 71.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=7.14;ReadPosRankSum=0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:101,0,165 18 32887914 rs1131709 A G 74.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-0.550;QD=10.58;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:88.20:104,0,88 18 32917780 rs5823970 G GA 163.41 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=15.4579;MQ0=0;MQ=62.65;QD=20.43;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:15.05:205,15,0 18 33048554 rs3088182 C T 922.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.091;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.968;HRun=2;HaplotypeScore=1.8646;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.248;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.353;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,38:73:99:952,0,875 18 33269267 rs3737382 A C 162 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.818;QD=16.20;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:63.70:192,0,64 18 33282985 rs9989616 A C 239.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.93;MQRankSum=-0.612;QD=12.59;ReadPosRankSum=0.367;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:269,0,299 18 33283000 . 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G A 361.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.341;DP=35;Dels=0.00;FS=3.092;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-0.348;QD=10.32;ReadPosRankSum=-0.646;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,16:35:99:391,0,449 19 1110829 rs2302109 G A 516.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.865;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8592;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.326;QD=12.61;ReadPosRankSum=0.430;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:547,0,509 19 1119019 rs2074920 C T 68.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9912;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=0.573;QD=7.56;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:98.02:98,0,153 19 1147431 rs56808651 T C 56.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=3.8068;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.447;QD=5.62;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:86.23:86,0,126 19 1256998 rs9823 C T 354.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.965;QD=19.71;ReadPosRankSum=-0.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,14:18:99:385,0,100 19 1360082 rs8109377 G A 164.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.843;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.583;QD=13.69;ReadPosRankSum=0.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:194,0,159 19 1364139 rs76821645 ACACT A 1424.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.364;DB;DP=49;FS=9.063;HRun=0;HaplotypeScore=231.3663;MQ0=0;MQ=58.77;MQRankSum=-0.232;QD=29.07;ReadPosRankSum=-1.182;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:1464,0,1616 19 1364306 rs17673260 A G 146.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.198;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.198;QD=20.92;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:57.56:176,0,58 19 1367226 rs11668809 G A 321.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.305;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.515;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.73;MQRankSum=1.189;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,14:27:99:352,0,350 19 1399056 rs55776826 C T 234.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.262;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.4767;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=0.873;QD=7.33;ReadPosRankSum=-1.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:265,0,678 19 1399089 . 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G A 102.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:48.81:132,0,49 19 3155902 rs2074865 G A 309.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.417;QD=8.86;ReadPosRankSum=-1.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:340,0,480 19 3162909 rs1637656 C T 924.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.977;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=2.030;HRun=2;HaplotypeScore=2.4476;MQ0=0;MQ=57.99;MQRankSum=0.326;QD=13.59;ReadPosRankSum=0.670;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,36:68:99:954,0,824 19 3179021 rs34728133 G A 168.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.573;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=18.68;ReadPosRankSum=-2.054;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:54.13:198,0,54 19 3186085 rs11551095 G T 89.82 PASS 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C T 318.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.644;DP=28;Dels=0.00;FS=1.792;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.580;QD=11.37;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:348,0,432 19 7594511 . 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C T 1175.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DP=120;Dels=0.00;FS=0.720;HRun=0;HaplotypeScore=4.6120;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=-0.374;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.943;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,45:120:99:1205,0,2034 19 9006749 rs75444444 C T 735.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.826;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5885;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=0.877;QD=13.14;ReadPosRankSum=1.827;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,28:56:99:766,0,779 19 9007748 rs11673136 A G 203.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.513;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=6.422;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.342;QD=11.95;ReadPosRankSum=1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:233,0,288 19 9009161 rs12976386 A T 69.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.98;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:64.96:100,0,65 19 9014456 rs12460359 G A 437.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.197;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=3.928;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.25;MQRankSum=-0.652;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,18:43:99:468,0,868 19 9014551 rs12459127 T C 1647.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.452;DB;DP=172;Dels=0.00;FS=1.271;HRun=1;HaplotypeScore=4.8447;MQ0=0;MQ=51.65;MQRankSum=-3.518;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.418;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:108,64:172:99:1678,0,2931 19 9014569 rs12462963 A G 1276.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.862;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=1.294;HRun=3;HaplotypeScore=4.3178;MQ0=0;MQ=51.23;MQRankSum=-3.721;QD=7.60;ReadPosRankSum=-1.089;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,58:168:99:1307,0,2812 19 9015436 rs34959018 T TG 1614.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.282;DB;DP=67;FS=4.527;HRun=1;HaplotypeScore=253.3204;MQ0=0;MQ=59.95;MQRankSum=0.248;QD=24.10;ReadPosRankSum=1.552;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,39:67:99:1654,0,872 19 9015438 rs34556045 A C 980.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.109;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=2.793;HRun=0;HaplotypeScore=2.8591;MQ0=0;MQ=60.05;MQRankSum=0.230;QD=15.81;ReadPosRankSum=1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,37:62:99:1010,0,763 19 9020153 rs75217292 C T 742.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.920;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.478;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.994;QD=13.26;ReadPosRankSum=0.008;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,26:56:99:773,0,906 19 9020154 rs11882881 A G 754.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.955;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.455;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=0.397;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.262;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,25:55:99:784,0,875 19 9020185 rs78342591 T C 391.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.462;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.824;QD=17.77;ReadPosRankSum=0.758;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:421,0,308 19 9020211 rs11882373 C T 158.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.376;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:189,0,272 19 9020654 . G A 94.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.361;QD=10.50;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:125,0,140 19 9020952 . T C 373.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.692;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.205;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:404,0,407 19 9024994 rs67631215 C T 400.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.269;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=4.170;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.090;QD=12.13;ReadPosRankSum=1.207;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:430,0,481 19 9027313 rs62118276 A G 108.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=15.56;ReadPosRankSum=0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:59.84:139,0,60 19 9048342 rs10854118 C T 823.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.955;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=2.107;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:853,0,890 19 9048895 rs2012761 A C 876.50 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C G 224.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.386;QD=17.31;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:255,0,134 19 11526759 rs160838 G A 180.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.299;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:210,0,244 19 11526765 rs167479 G T 200.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.281;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.555;QD=15.44;ReadPosRankSum=-1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:231,0,204 19 11558275 rs11557488 G A 252.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.944;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.920;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.66;MQRankSum=-0.592;QD=19.45;ReadPosRankSum=1.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,10:13:88.86:283,0,89 19 11558340 rs3217229 AGAG A 130.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=83.5105;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=0.361;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.361;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:13:99:169,0,165 19 11657808 . 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T TCA 1245.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.014;DP=66;FS=5.183;HRun=0;HaplotypeScore=197.0027;MQ0=1;MQ=51.00;MQRankSum=-2.925;QD=16.84;ReadPosRankSum=0.284;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,37:66:99:1285,0,1313 19 12090312 rs190705 C A 611.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.327;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.331;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=1.648;QD=16.98;ReadPosRankSum=1.046;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:641,0,386 19 12090404 rs388288 T C 946.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.819;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=0.902;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.027;QD=12.79;ReadPosRankSum=1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,40:74:99:976,0,839 19 12090662 rs114419819 C A 457.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.733;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.45;MQRankSum=0.824;QD=9.34;ReadPosRankSum=-1.882;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,20:49:99:488,0,841 19 12090776 . T TA 422.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.849;DP=27;FS=1.657;HRun=1;HaplotypeScore=141.5471;MQ0=0;MQ=47.77;MQRankSum=-0.180;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.694;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:461,0,467 19 12090847 rs72988679 A T 551.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.176;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8643;MQ0=0;MQ=56.22;MQRankSum=1.033;QD=11.99;ReadPosRankSum=0.022;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,23:46:99:582,0,515 19 12157507 rs11668160 G C 722.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.410;DB;DP=78;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=0;HaplotypeScore=1.9965;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.878;QD=9.26;ReadPosRankSum=-1.889;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,31:78:99:752,0,1397 19 12222861 rs1975349 T C 100.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.11;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:22.75:131,0,23 19 12243900 . A G 346.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.068;DP=41;Dels=0.00;FS=1.279;HRun=0;HaplotypeScore=1.6630;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=0.203;QD=8.44;ReadPosRankSum=-0.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,15:41:99:376,0,799 19 12256358 rs12972621 T G 789.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.187;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9850;MQ0=0;MQ=58.57;MQRankSum=0.727;QD=11.44;ReadPosRankSum=1.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,28:69:99:819,0,1156 19 12385749 rs2459040 C T 105.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=17.57;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.23:135,0,63 19 12484469 rs12461201 G A 164.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.637;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=8.024;HRun=0;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.099;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:194,0,205 19 12491302 rs35350680 TTTC T 670.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.206;DB;DP=98;FS=9.372;HRun=0;HaplotypeScore=369.0532;MQ0=0;MQ=52.60;MQRankSum=-4.110;QD=6.45;ReadPosRankSum=2.033;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,26:98:99:709,0,4235 19 12491498 rs4804664 C T 1150.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=1.068;HRun=0;HaplotypeScore=4.9916;MQ0=0;MQ=56.29;MQRankSum=-0.083;QD=18.86;ReadPosRankSum=-0.083;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,40:61:99:1181,0,502 19 12491639 rs59301182 A G 1304.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.896;DB;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.39;MQRankSum=-1.711;QD=13.31;ReadPosRankSum=-2.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,53:98:99:1334,0,1104 19 12491654 rs57371898 C T 1393.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.123;DB;DP=95;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.71;MQRankSum=-1.885;QD=14.67;ReadPosRankSum=-1.840;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,51:95:99:1424,0,1030 19 12491779 rs17706075 T C 769.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=7.423;HRun=0;HaplotypeScore=1.9132;MQ0=0;MQ=58.64;MQRankSum=-0.524;QD=13.04;ReadPosRankSum=1.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,31:59:99:799,0,698 19 12491949 rs11668955 T C 62.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=7.86;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.87:93,0,159 19 12491955 rs11668074 A C 67.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=7.46;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:97.14:97,0,195 19 12492036 rs10417283 A T 461.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.111;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.556;QD=18.45;ReadPosRankSum=0.630;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:99:491,0,105 19 12492039 rs10414984 G T 456.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.408;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=2.114;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.111;QD=18.24;ReadPosRankSum=0.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,21:25:99:486,0,103 19 12502787 rs12974755 G A 1128.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.372;DB;DP=75;Dels=0.00;FS=1.901;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=54.81;MQRankSum=-0.210;QD=15.05;ReadPosRankSum=-0.016;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,44:75:99:1158,0,778 19 12595365 . 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C T 2752.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.194;DP=196;DS;Dels=0.00;FS=4.857;HRun=2;HaplotypeScore=10.7441;MQ0=0;MQ=59.66;MQRankSum=0.097;QD=14.04;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,104:196:99:2782,0,2314 19 13220703 rs35601737 C G 358.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.059;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9856;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-0.566;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.340;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,15:32:99:388,0,483 19 13325229 rs17846925 G C 185.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.092;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=5.756;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.271;QD=14.27;ReadPosRankSum=-1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:215,0,148 19 13338180 . AAAG A 269.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=38.4946;MQ0=0;MQ=60.54;QD=33.75;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.07:312,24,0 19 13339673 rs17846918 G A 85.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.16;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:94.25:115,0,94 19 13345657 rs3765012 C A 264.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.163;QD=16.55;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:295,0,186 19 13356150 rs16035 T G 112.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.380;QD=18.74;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.83:142,0,60 19 13386860 rs7257254 C T 64.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=12.84;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:67.42:94,0,67 19 13409696 rs16022 C G 131 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.931;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-2.262;QD=11.91;ReadPosRankSum=-0.715;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:67.36:161,0,67 19 13414594 rs16016 C T 1154.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.706;DB;DP=107;Dels=0.00;FS=4.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=2.202;QD=10.79;ReadPosRankSum=-0.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,46:107:99:1184,0,1533 19 13418707 rs16015 C T 83.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.540;QD=6.42;ReadPosRankSum=-1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,4:13:99:113,0,277 19 13868669 rs6511886 G A 821.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.958;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=2.669;HRun=0;HaplotypeScore=2.9809;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.690;QD=15.80;ReadPosRankSum=0.131;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,31:52:99:852,0,501 19 13869786 . G A 227.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.033;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.626;QD=10.34;ReadPosRankSum=0.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:258,0,301 19 14001206 . G A 212.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.365;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.193;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:242,0,201 19 14038791 rs2305777 C T 405.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.118;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=4.987;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.290;QD=10.13;ReadPosRankSum=0.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,16:40:99:435,0,569 19 14040896 rs11669628 G A 68.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.134;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=5.72;ReadPosRankSum=0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:98.58:99,0,180 19 14065488 rs1056143 A G 877.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.477;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=6.223;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.54;MQRankSum=1.175;QD=15.66;ReadPosRankSum=-1.618;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,30:56:99:907,0,574 19 14139004 rs1982632 A G 231.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.223;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.33;MQRankSum=1.094;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.901;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,11:38:99:261,0,745 19 14153293 rs35026308 T C 1080.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.065;DB;DP=81;Dels=0.00;FS=0.869;HRun=4;HaplotypeScore=2.1877;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=-0.052;QD=13.34;ReadPosRankSum=-0.979;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,43:81:99:1110,0,940 19 14499614 . 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A C 187.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.176;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.127;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:217,0,575 19 15131261 rs4405675 C T 184.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.461;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.817;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=-0.831;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:214,0,129 19 15132545 rs736737 T C 277.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=3.892;HRun=2;HaplotypeScore=2.3204;MQ0=0;MQ=59.07;MQRankSum=0.361;QD=11.08;ReadPosRankSum=1.137;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:307,0,401 19 15222492 rs33980637 G A 585.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.349;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=5.360;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.381;QD=14.28;ReadPosRankSum=-0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:616,0,525 19 15233581 rs2074265 C A 750.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.541;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.038;HRun=1;HaplotypeScore=1.9930;MQ0=0;MQ=58.54;MQRankSum=-1.316;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.969;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,32:56:99:781,0,695 19 15233631 rs2074266 G A 597.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.767;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=1.082;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=0.331;QD=11.71;ReadPosRankSum=-1.656;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,23:51:99:627,0,819 19 15273248 rs4809029 A C 541.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.369;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=5.798;HRun=3;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.33;MQRankSum=0.822;QD=28.48;ReadPosRankSum=1.187;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:15.66:574,16,0 19 15473141 . 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C T 285.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.997;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.84;MQRankSum=-1.568;QD=9.22;ReadPosRankSum=2.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:316,0,437 19 18652844 rs10854166 A G 187.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.037;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=-1.034;QD=17.06;ReadPosRankSum=-0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:218,0,111 19 18675854 rs10692700 G GGGC 2298.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=33;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=121.6760;MQ0=0;MQ=49.80;QD=69.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,31:33:99:2341,99,0 19 18679155 rs1468475 C T 2105.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.624;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=7.579;HRun=1;HaplotypeScore=4.9131;MQ0=0;MQ=58.62;MQRankSum=1.516;QD=32.90;ReadPosRankSum=1.407;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,63:64:99:2139,140,0 19 18679379 rs7648 C G 1956.48 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.264;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.674;QD=33.16;ReadPosRankSum=-1.674;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,58:59:99:1989,116,0 19 18709519 . C T 88.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DP=12;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=7.36;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:118,0,280 19 18709768 rs8108207 G A 269.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.879;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.890;QD=12.27;ReadPosRankSum=-2.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:300,0,343 19 18856574 . A G 408.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.294;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.052;QD=12.01;ReadPosRankSum=0.707;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,18:34:99:438,0,432 19 18895218 rs12327738 G A 236.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.746;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.107;QD=11.28;ReadPosRankSum=-0.249;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:267,0,350 19 18897526 rs5827423 A AG 217.55 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=11.0192;MQ0=0;MQ=63.51;QD=36.26;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:259,18,0 19 18956699 rs59045002 G A 56.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.895;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=5.63;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:86.30:86,0,217 19 18971322 rs757115 T C 156.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.122;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.439;QD=9.19;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:186,0,295 19 18989859 rs2075762 G A 551.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.256;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.475;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.590;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.850;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,22:32:99:581,0,223 19 19021970 rs1468461 T C 96.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.159;QD=10.67;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:126,0,151 19 19022007 rs1468462 C A 50.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.537;QD=8.48;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:80.89:81,0,101 19 19023853 rs3177137 T C 586.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.076;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.89;MQRankSum=-0.436;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,23:47:99:616,0,622 19 19032637 rs2231997 T C 354.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=-0.166;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.862;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:385,0,667 19 19035159 rs34366647 CT C 109.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=68.7208;MQ0=0;MQ=58.86;MQRankSum=0.825;QD=9.95;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:148,0,236 19 19049194 rs11540741 G A 741.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.107;DB;DP=62;Dels=0.00;FS=0.984;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=0.421;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,26:62:99:771,0,937 19 19136541 rs4808907 C T 690.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.236;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=1.055;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.214;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:720,0,746 19 19162420 . A G 770.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.602;DP=75;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.69;MQRankSum=0.612;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,34:75:99:800,0,1107 19 19168183 rs7258637 C T 178.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.689;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.309;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:208,0,137 19 19215612 rs56247515 T TA 341.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.003;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.7763;MQ0=0;MQ=56.71;MQRankSum=-0.589;QD=31.06;ReadPosRankSum=-0.354;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,9:11:50.85:381,0,51 19 19230816 rs45467802 T C 75.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=18.85;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.54:105,0,27 19 19232666 rs72993474 C T 76.22 PASS 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C G 252.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.391;DP=33;Dels=0.00;FS=5.902;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=57.11;MQRankSum=-1.900;QD=7.65;ReadPosRankSum=-3.506;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:282,0,630 19 21991663 rs61733114 A G 238.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.270;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=16.257;HRun=0;HaplotypeScore=5.5579;MQ0=0;MQ=55.45;MQRankSum=-2.098;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,11:35:99:269,0,621 19 22153495 rs2359812 A T 363.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.443;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.692;QD=11.74;ReadPosRankSum=-1.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:394,0,357 19 22155844 . G T 483.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.264;DP=69;Dels=0.00;FS=6.476;HRun=0;HaplotypeScore=6.8574;MQ0=11;MQ=41.11;MQRankSum=0.841;QD=7.01;ReadPosRankSum=-1.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,24:69:99:514,0,972 19 22155884 . G T 781.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.269;DP=81;Dels=0.00;FS=7.940;HRun=2;HaplotypeScore=4.8475;MQ0=0;MQ=53.37;MQRankSum=0.643;QD=9.65;ReadPosRankSum=0.781;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:81:99:811,0,1272 19 22155922 . T A 982.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.417;DP=84;Dels=0.00;FS=4.250;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=55.52;MQRankSum=2.863;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.032;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,37:84:99:1013,0,1176 19 22156433 . A C 451.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.172;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=56.32;MQRankSum=0.951;QD=12.19;ReadPosRankSum=-0.602;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:481,0,563 19 22156585 rs1018912 G T 764.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.631;DB;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=4;MQ=46.85;MQRankSum=-7.491;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,44:94:99:794,0,1337 19 22235307 rs415291 C G 197.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.518;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8835;MQ0=0;MQ=59.03;MQRankSum=-0.239;QD=8.23;ReadPosRankSum=-0.119;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,9:24:99:227,0,514 19 22235491 rs387343 T G 953.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=1.158;HRun=1;HaplotypeScore=1.8658;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.693;QD=13.62;ReadPosRankSum=-1.363;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,35:70:99:983,0,1106 19 22235526 rs387315 T C 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C T 182.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.580;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.546;QD=18.27;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:74.31:213,0,74 19 22779068 rs16999456 T C 81.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:112,0,33 19 22783220 rs9305001 C A 51.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=5.75;ReadPosRankSum=0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:81.79:82,0,209 19 22784069 rs34043019 G A 188.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.991;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.271;QD=14.53;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:219,0,104 19 22785566 rs28462025 C T 784.10 PASS 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G A 731.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.492;DP=74;Dels=0.00;FS=2.033;HRun=0;HaplotypeScore=2.6841;MQ0=0;MQ=59.50;MQRankSum=-0.043;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.402;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,33:74:99:762,0,1108 19 23779399 rs4932713 G A 68.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.01;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.72:98,0,30 19 23844937 . 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G A 1273.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=78;Dels=0.00;FS=3.039;HRun=0;HaplotypeScore=1.5983;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=-0.055;QD=16.32;ReadPosRankSum=0.737;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,42:78:99:1303,0,992 19 35790493 . C T 90.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.359;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=8.21;ReadPosRankSum=1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:120,0,178 19 35790503 rs3746248 G A 108.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.336;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.470;QD=10.88;ReadPosRankSum=-0.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:139,0,135 19 35800720 rs10411883 G C 901.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.233;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=1.026;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.72;MQRankSum=0.840;QD=13.66;ReadPosRankSum=0.078;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,37:66:99:931,0,711 19 35835940 rs45453699 C T 742.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.393;DB;DP=77;Dels=0.00;FS=22.463;HRun=0;HaplotypeScore=1.9311;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.234;QD=9.64;ReadPosRankSum=-1.511;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,31:77:99:773,0,1228 19 35836530 rs10406069 G A 489.94 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C T 363.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.310;DP=22;Dels=0.00;FS=1.875;HRun=4;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.102;QD=16.50;ReadPosRankSum=-0.512;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,14:22:99:393,0,201 19 37118439 rs61732180 C T 253.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.312;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.386;QD=19.47;ReadPosRankSum=-1.157;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:83.91:283,0,84 19 37441111 rs571294 C T 690.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.915;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.905;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.526;QD=13.82;ReadPosRankSum=-0.117;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,27:50:99:721,0,576 19 37441462 rs546589 T C 240.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.359;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9554;MQ0=0;MQ=57.98;MQRankSum=-0.305;QD=9.62;ReadPosRankSum=-0.860;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:270,0,450 19 37441980 rs1644634 A G 356.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.583;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.724;QD=14.26;ReadPosRankSum=-2.327;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:386,0,302 19 37487866 rs1667363 A T 71.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.58:101,0,64 19 37487873 rs1667364 C A 87.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.720;QD=14.52;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:47.88:117,0,48 19 37488197 rs1345748 G A 166.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=1.769;QD=15.16;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:197,0,128 19 37488299 rs1363752 A G 225.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-1.666;QD=25.05;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:20.69:255,0,21 19 37488472 rs1644698 C G 213.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.003;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.157;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:96.44:244,0,96 19 37488481 rs1363753 G C 178.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.386;QD=12.74;ReadPosRankSum=-0.077;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:208,0,100 19 37488499 rs1667366 T C 127.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.296;QD=12.78;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:93.14:158,0,93 19 37619496 . G C 727.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.932;DP=60;Dels=0.00;FS=0.998;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.99;MQRankSum=0.858;QD=12.13;ReadPosRankSum=-0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:758,0,932 19 37642917 rs77675231 G A 190.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.538;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=4;MQ=40.50;MQRankSum=-0.255;QD=6.58;ReadPosRankSum=0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:29:99:221,0,472 19 37644489 rs62110074 A T 701.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.498;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=1.141;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.037;QD=13.50;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,27:52:99:732,0,586 19 37681098 rs28701616 G A 384.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.013;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.512;HRun=0;HaplotypeScore=1.9891;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.716;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.314;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,16:43:99:415,0,791 19 37721404 rs56895666 T TA 63.99 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=14;HaplotypeScore=16.0563;MQ0=0;MQ=61.34;QD=8.00;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,5:8:12:106,12,0 19 37726433 rs320880 G A 431.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.717;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=13.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.350;QD=12.32;ReadPosRankSum=-1.417;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,20:35:99:461,0,438 19 37854235 rs3745765 G T 590.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.840;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.291;HRun=0;HaplotypeScore=1.8930;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.220;QD=10.54;ReadPosRankSum=1.121;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,25:56:99:620,0,862 19 37879589 rs4452075 A G 133.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.211;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.68;MQRankSum=-0.042;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:163,0,305 19 37879852 . C CTGTG 630.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.617;DP=26;FS=6.879;HRun=0;HaplotypeScore=136.6719;MQ0=0;MQ=52.25;MQRankSum=-3.827;QD=24.25;ReadPosRankSum=0.916;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:670,0,961 19 37879854 . 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C T 2168.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.070;DP=165;Dels=0.00;FS=7.242;HRun=1;HaplotypeScore=8.3417;MQ0=5;MQ=50.39;MQRankSum=8.281;QD=13.14;ReadPosRankSum=0.941;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,76:165:99:2199,0,1917 19 42260569 rs1805223 G A 1768.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DB;DP=133;Dels=0.00;FS=6.566;HRun=0;HaplotypeScore=4.8647;MQ0=0;MQ=57.57;MQRankSum=0.444;QD=13.30;ReadPosRankSum=-1.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,70:133:99:1798,0,1749 19 42261014 rs57827663 G A 469.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.179;QD=19.58;ReadPosRankSum=0.716;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,15:24:99:500,0,237 19 42265866 rs28547939 C G 442.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.950;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=1.237;HRun=0;HaplotypeScore=2.8612;MQ0=0;MQ=57.54;MQRankSum=0.633;QD=10.29;ReadPosRankSum=2.372;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,17:43:99:472,0,664 19 42265889 rs11548735 G T 580.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.244;DB;DP=55;Dels=0.00;FS=1.054;HRun=0;HaplotypeScore=2.9729;MQ0=0;MQ=58.09;MQRankSum=-0.746;QD=10.56;ReadPosRankSum=-0.069;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,25:55:99:611,0,716 19 42267632 rs1971787 T C 322.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.674;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=9.600;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.461;QD=11.11;ReadPosRankSum=1.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:352,0,533 19 42267670 rs8105477 G C 418.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.650;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.448;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=0.685;QD=8.21;ReadPosRankSum=-0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:51:99:448,0,836 19 42267724 rs8106277 T C 444.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.030;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.710;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.578;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,17:35:99:474,0,459 19 42311060 rs5828129 A AAAG 647.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.188;DB;DP=27;FS=3.128;HRun=0;HaplotypeScore=80.8453;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=-0.739;QD=23.12;ReadPosRankSum=0.520;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,11:27:99:686,0,623 19 42313921 rs734107 G T 972.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.585;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.7227;MQ0=0;MQ=58.56;MQRankSum=0.317;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.614;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,38:93:99:1003,0,1676 19 42315281 rs899662 G T 261.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.224;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.082;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.354;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:291,0,384 19 42315300 rs2008808 G T 201.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.140;QD=10.05;ReadPosRankSum=-0.304;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:231,0,310 19 42334397 . A T 130.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=48.44;MQRankSum=-1.589;QD=16.27;ReadPosRankSum=1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:41.43:160,0,41 19 42342319 rs2290695 A G 697.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.722;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.22;MQRankSum=1.589;QD=29.05;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:25.84:730,26,0 19 42354629 rs2305809 T C 309.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.608;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=3;HaplotypeScore=2.7258;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.606;QD=12.91;ReadPosRankSum=0.144;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:340,0,311 19 42364994 rs35686174 T TC 414.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.055;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=70.4340;MQ0=0;MQ=60.57;MQRankSum=0.264;QD=21.80;ReadPosRankSum=-1.528;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:453,0,135 19 42365004 rs2075749 G C 265.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.139;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.030;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:295,0,120 19 42373298 rs1366610 G A 96.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.246;QD=8.81;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:127,0,249 19 42373679 rs2075750 C T 136.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.143;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.717;QD=12.40;ReadPosRankSum=-2.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:166,0,121 19 42373893 rs2075751 C T 180.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.289;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.289;QD=15.04;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:99:211,0,116 19 42463447 rs735571 C T 264.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.147;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.279;QD=11.52;ReadPosRankSum=-0.775;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:295,0,389 19 42489516 rs2217342 A C 524.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.259;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.156;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.921;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,22:48:99:555,0,728 19 42558629 rs3736109 G A 592.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.871;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=3.323;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=58.67;MQRankSum=-0.802;QD=16.94;ReadPosRankSum=-1.690;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,22:35:99:623,0,333 19 42603776 rs1205817 A G 216.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.150;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9987;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.000;QD=14.46;ReadPosRankSum=1.324;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:247,0,171 19 42729069 . C A 1579.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.398;DP=104;Dels=0.00;FS=5.413;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.033;QD=15.18;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,55:104:99:1609,0,1509 19 42799049 rs1052023 C T 283.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.506;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=5.969;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=56.70;MQRankSum=-0.022;QD=9.77;ReadPosRankSum=-1.056;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:313,0,426 19 42838072 . C T 73.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=12.19;ReadPosRankSum=1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:103,0,33 19 43137202 rs8107509 T C 442.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.575;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=4.384;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.223;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.345;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,19:32:99:473,0,330 19 43243217 rs12185496 A G 1188.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.741;DB;DP=126;Dels=0.00;FS=2.384;HRun=0;HaplotypeScore=1.9722;MQ0=0;MQ=52.44;MQRankSum=-5.488;QD=9.43;ReadPosRankSum=0.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:74,52:126:99:1219,0,2095 19 43243218 rs12185497 A G 1182.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.291;DB;DP=123;Dels=0.00;FS=3.502;HRun=1;HaplotypeScore=1.9722;MQ0=0;MQ=52.24;MQRankSum=-4.982;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.039;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,51:123:99:1212,0,2044 19 43243238 rs11559136 A 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G A 152.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=42.40;MQRankSum=-0.895;QD=15.30;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:76.43:183,0,76 19 43453968 rs10401410 G T 241.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.203;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=44.84;MQRankSum=0.152;QD=11.00;ReadPosRankSum=-0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:272,0,226 19 43453970 rs55698945 C T 240.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.456;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=6.107;HRun=1;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=2;MQ=44.84;MQRankSum=-0.228;QD=10.93;ReadPosRankSum=-0.456;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:270,0,209 19 43454014 rs117988926 G A 103.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=45.75;MQRankSum=0.937;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:69.53:133,0,70 19 43454562 rs115587530 G T 93.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=2.430;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.85;MQRankSum=0.633;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:123,0,172 19 43520205 . G A 2063.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.896;DP=148;Dels=0.00;FS=5.241;HRun=1;HaplotypeScore=1.8305;MQ0=0;MQ=54.57;MQRankSum=1.184;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.724;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,76:148:99:2094,0,1946 19 43522911 rs9789252 A C 6428.63 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=3.579;DB;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.3527;MQ0=19;MQ=40.97;MQRankSum=4.463;QD=25.71;ReadPosRankSum=-4.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,233:250:99:6429,366,0 19 43529026 rs2471952 C T 2020.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.128;DB;DP=165;Dels=0.00;FS=0.616;HRun=0;HaplotypeScore=4.7989;MQ0=16;MQ=44.99;MQRankSum=1.749;QD=12.24;ReadPosRankSum=-2.428;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:89,76:165:99:2050,0,2228 19 43529027 rs1058958 A G 2107.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.900;DB;DP=168;Dels=0.00;FS=0.617;HRun=0;HaplotypeScore=4.7989;MQ0=17;MQ=44.35;MQRankSum=2.166;QD=12.55;ReadPosRankSum=-2.326;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:90,76:168:99:2138,0,2077 19 43529312 rs71336836 G GAC 221 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.7503;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.742;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.742;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:12:13.80:260,0,14 19 43530640 rs60941975 GT G 205.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=15.3220;MQ0=0;MQ=58.69;QD=34.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:247,18,0 19 43688854 rs7248859 G C 3815.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.012;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.4618;MQ0=6;MQ=44.98;MQRankSum=-1.566;QD=29.13;ReadPosRankSum=0.734;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,130:131:99:3815,284,0 19 43690506 rs8107936 G C 3506.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.396;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=4.808;HRun=4;HaplotypeScore=1.8600;MQ0=3;MQ=46.50;MQRankSum=1.268;QD=26.98;ReadPosRankSum=-1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,129:130:99:3507,243,0 19 43699005 . C A 93.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.27;MQRankSum=-0.289;QD=7.78;ReadPosRankSum=0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:123,0,247 19 43773599 rs1058071 T C 2025.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.019;DB;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=55.65;MQRankSum=0.611;QD=29.79;ReadPosRankSum=1.427;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,67:68:99:2059,141,0 19 43835611 rs35902331 A G 261.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.302;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.971;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:292,0,465 19 43835613 rs28735852 C G 451.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.693;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.028;QD=18.08;ReadPosRankSum=-0.471;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:482,0,317 19 43844480 rs72453731 CTTCTT C 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G A 614.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.009;DP=50;Dels=0.00;FS=4.168;HRun=2;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.407;QD=12.30;ReadPosRankSum=0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,25:50:99:645,0,747 19 44418544 rs425221 A G 564.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.305;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.027;QD=17.10;ReadPosRankSum=0.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:594,0,420 19 44418680 rs388685 G C 329.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.888;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=9.15;ReadPosRankSum=-0.064;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,15:36:99:359,0,606 19 44418693 rs388706 T C 454.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.103;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5170;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.195;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.770;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,19:45:99:485,0,676 19 44418824 rs399098 C T 776.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.524;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.2967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.401;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,26:61:99:807,0,960 19 44422982 rs423320 G A 131.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.517;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.684;QD=16.43;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:95.74:161,0,96 19 44423981 rs384329 T C 110.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=15.75;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:93.51:140,0,94 19 44426265 rs413093 A G 488.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.408;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.39;MQRankSum=0.437;QD=19.54;ReadPosRankSum=1.252;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:518,0,169 19 44501227 rs388471 A G 1759.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=1.664;QD=34.50;ReadPosRankSum=0.238;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,50:51:99:1792,132,0 19 44503541 rs11330320 TA T 179.67 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=22.4399;MQ0=0;MQ=61.78;QD=29.95;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.05:222,18,0 19 44536725 . 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T G 250.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=14;Dels=0.00;FS=2.963;HRun=6;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.267;QD=17.90;ReadPosRankSum=-0.800;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:281,0,151 19 45690460 rs12974200 A G 70.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.09;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:32.72:100,0,33 19 45731564 rs56187099 G A 173.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.067;QD=21.74;ReadPosRankSum=-1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:46.20:204,0,46 19 45766729 rs7255933 G A 169.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=18.80;ReadPosRankSum=1.422;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:94.16:199,0,94 19 45769386 rs2240671 G C 152.52 PASS 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G A 229.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.227;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.012;QD=6.95;ReadPosRankSum=0.363;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,11:33:99:259,0,616 19 46180414 rs34783010 G T 145.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.43;MQRankSum=-0.742;QD=20.77;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:21.26:175,0,21 19 46181392 rs1800437 G C 158.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.248;QD=17.61;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:57.14:188,0,57 19 46191828 rs10403723 C T 648.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.643;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.164;HRun=0;HaplotypeScore=1.5767;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.908;QD=13.51;ReadPosRankSum=1.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,25:48:99:678,0,721 19 46202172 rs2287019 C T 480.58 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A AC 371.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=48.8135;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.713;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.457;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,11:24:99:411,0,463 19 46350960 rs3745928 A G 316 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.870;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9811;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=1.202;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.801;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:346,0,214 19 46352122 rs2303014 A G 487.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.787;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=2.327;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.61;MQRankSum=1.066;QD=8.13;ReadPosRankSum=1.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:518,0,1014 19 46352203 rs2303013 C T 160.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.4161;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=0.289;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:190,0,251 19 46357313 rs11670136 T C 103.57 PASS 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A AAC 644.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.011;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=75.9060;MQ0=0;MQ=45.64;MQRankSum=-1.268;QD=28.03;ReadPosRankSum=0.475;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:20:99:684,0,212 19 52133060 rs2278833 G T 1285.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.163;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=3.256;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.54;MQRankSum=2.778;QD=25.71;ReadPosRankSum=2.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,47:50:67.01:1318,67,0 19 52146869 . 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53411099 . A G 1697.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.744;DP=111;Dels=0.00;FS=2.550;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=0.457;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.516;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,54:111:99:1728,0,1600 19 53411166 rs7255668 A C 2155.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.539;DB;DP=167;Dels=0.00;FS=1.930;HRun=0;HaplotypeScore=5.7564;MQ0=0;MQ=59.26;MQRankSum=-0.776;QD=12.91;ReadPosRankSum=1.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,82:167:99:2185,0,2171 19 53411347 rs7256037 C A 1363.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.955;DB;DP=110;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.6611;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-0.466;QD=12.40;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,49:110:99:1394,0,1714 19 53411368 rs7256260 G A 1493.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.429;DB;DP=118;Dels=0.00;FS=0.701;HRun=0;HaplotypeScore=2.8912;MQ0=0;MQ=59.49;MQRankSum=0.682;QD=12.66;ReadPosRankSum=-0.725;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:1524,0,1696 19 53411448 rs7256400 G A 664 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.558;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.209;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=0.751;QD=13.55;ReadPosRankSum=0.270;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,26:49:99:694,0,738 19 53418693 rs7248528 C T 136.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.01;MQRankSum=-2.219;QD=15.17;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:167,0,101 19 53418706 rs7248531 C T 70.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.45;MQRankSum=-1.231;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.58:101,0,64 19 53432483 . G A 2246.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.002;DP=188;Dels=0.00;FS=4.347;HRun=0;HaplotypeScore=4.3214;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=0.589;QD=11.95;ReadPosRankSum=1.266;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:104,84:188:99:2276,0,2785 19 53484075 rs35901395 GACT G 1157.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=25;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=133.6250;MQ0=0;MQ=57.06;QD=46.29;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,25:25:75.26:1199,75,0 19 53507299 rs1650940 C G 211.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.578;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.63;MQRankSum=-1.943;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.998;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:242,0,230 19 53507523 rs1661909 T C 305.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.781;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=2.858;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.77;MQRankSum=0.634;QD=17.98;ReadPosRankSum=-2.196;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:336,0,119 19 53507710 rs1650938 G A 566.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.085;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.690;QD=14.52;ReadPosRankSum=-1.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,21:39:99:596,0,511 19 53508214 rs1650937 C A 282.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=9.249;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.793;QD=17.66;ReadPosRankSum=-0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:312,0,131 19 53612311 rs4803051 T C 396.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.238;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.052;QD=8.08;ReadPosRankSum=-1.545;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,18:49:99:426,0,907 19 53612745 rs1133327 T C 724.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=6.422;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=-0.152;QD=16.10;ReadPosRankSum=1.580;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,28:45:99:754,0,479 19 53612757 rs1054485 T G 765.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=7.545;HRun=0;HaplotypeScore=1.9954;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.819;QD=19.63;ReadPosRankSum=1.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:796,0,333 19 53619465 rs3745181 C T 212.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.214;QD=21.29;ReadPosRankSum=-1.386;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:93.43:243,0,93 19 53644443 rs1661935 G A 1849.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.874;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=3.189;HRun=0;HaplotypeScore=1.8910;MQ0=0;MQ=59.82;MQRankSum=-0.533;QD=14.12;ReadPosRankSum=0.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,70:131:99:1880,0,1562 19 53651845 rs10694633 T TTC 1971.53 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=36;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=82.6133;MQ0=0;MQ=59.93;QD=54.76;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,33:36:99:2014,105,0 19 53707289 rs7249771 C T 1343.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.724;DB;DP=131;Dels=0.00;FS=5.696;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.82;MQRankSum=-0.519;QD=10.25;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,56:131:99:1373,0,2087 19 53714867 rs4801970 C G 124.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.259;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=53.23;MQRankSum=-1.813;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:154,0,173 19 53727282 rs11084227 A G 937.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.574;DB;DP=83;Dels=0.00;FS=2.987;HRun=1;HaplotypeScore=1.7234;MQ0=0;MQ=59.25;MQRankSum=1.410;QD=11.30;ReadPosRankSum=-1.182;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,39:83:99:968,0,1047 19 53727392 rs10401578 T C 896.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.973;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=1.037;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=57.14;MQRankSum=0.429;QD=14.94;ReadPosRankSum=-1.450;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:927,0,785 19 53727644 rs12972588 T C 700.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.950;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=12.964;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=56.26;MQRankSum=0.768;QD=9.74;ReadPosRankSum=2.420;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,28:72:99:731,0,1189 19 53740822 rs8113436 T C 515.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.406;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.133;HRun=0;HaplotypeScore=6.9239;MQ0=0;MQ=59.13;MQRankSum=0.914;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.333;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:546,0,776 19 53740849 . A G 637.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.724;DP=39;Dels=0.00;FS=9.750;HRun=0;HaplotypeScore=1.9941;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=1.090;QD=16.35;ReadPosRankSum=0.524;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:668,0,467 19 53741068 rs12984188 C T 387.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.810;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.269;QD=8.61;ReadPosRankSum=0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:417,0,786 19 53741188 rs12984473 C T 185.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.199;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.24;MQRankSum=0.085;QD=7.41;ReadPosRankSum=-1.274;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:215,0,472 19 53754736 rs2965240 T C 303.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.680;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.70;MQRankSum=1.931;QD=12.14;ReadPosRankSum=-0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:333,0,341 19 53754820 . T C 221.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.876;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.241;QD=13.02;ReadPosRankSum=-1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:251,0,209 19 53770764 rs112711591 G A 277.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.73;MQRankSum=-0.970;QD=10.67;ReadPosRankSum=-0.755;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:307,0,164 19 53792794 rs8106055 G C 232.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.625;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-0.433;QD=13.67;ReadPosRankSum=1.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:262,0,322 19 53793798 rs12609478 C T 100.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.597;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.278;QD=9.15;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:131,0,169 19 53818473 rs7257010 C T 179.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.313;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.276;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.57;MQRankSum=0.696;QD=13.84;ReadPosRankSum=-0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:210,0,167 19 53818502 rs2865265 A G 123.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.384;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=2.9832;MQ0=0;MQ=50.88;MQRankSum=0.493;QD=5.60;ReadPosRankSum=2.820;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:153,0,370 19 53819176 rs11880867 C T 60.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=52.35;MQRankSum=-2.181;QD=5.52;ReadPosRankSum=-0.825;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:90.70:91,0,183 19 53819233 rs11878380 T C 131.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.95;MQRankSum=-1.270;QD=8.22;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:162,0,234 19 53832879 rs34135479 C T 71.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.32;MQRankSum=-1.754;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:70.36:101,0,70 19 53832915 rs34839043 T C 72.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9831;MQ0=0;MQ=55.18;MQRankSum=0.741;QD=7.25;ReadPosRankSum=-0.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:102,0,173 19 53833924 rs34697778 T C 588.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.404;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=8.618;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.06;MQRankSum=0.027;QD=20.29;ReadPosRankSum=-0.834;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,23:29:99:618,0,152 19 53848640 rs73594764 C T 117.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.533;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.98;MQRankSum=2.524;QD=9.03;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:147,0,265 19 53848779 rs75887836 T C 1146.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.311;DB;DP=116;Dels=0.00;FS=3.989;HRun=0;HaplotypeScore=2.9810;MQ0=11;MQ=42.01;MQRankSum=1.946;QD=9.88;ReadPosRankSum=0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,56:116:99:1177,0,1240 19 53856349 rs55874600 A T 735.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.853;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=1.016;HRun=1;HaplotypeScore=5.4403;MQ0=0;MQ=59.63;MQRankSum=-0.646;QD=11.67;ReadPosRankSum=-1.474;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,27:63:99:765,0,1018 19 53879225 . 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C T 444.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.589;DP=29;Dels=0.00;FS=3.617;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.502;QD=15.32;ReadPosRankSum=0.982;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:474,0,384 19 54161331 rs8103535 G T 110.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.573;QD=12.25;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:99:140,0,104 19 54161585 rs8103787 G A 184.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.666;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.179;QD=20.51;ReadPosRankSum=-1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:23.70:215,0,24 19 54197633 rs10413288 A G 550.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.991;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.27;MQRankSum=-1.028;QD=10.80;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:581,0,726 19 54197761 rs10415265 T C 457.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.164;DB;DP=28;Dels=0.00;FS=1.904;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.66;MQRankSum=-0.246;QD=16.33;ReadPosRankSum=-0.394;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:487,0,244 19 54198461 rs11672638 A G 743.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.364;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.917;HRun=1;HaplotypeScore=2.7178;MQ0=0;MQ=58.75;MQRankSum=-1.576;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.288;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,31:84:99:773,0,1450 19 54198559 rs10420348 A G 374.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.268;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=58.58;MQRankSum=0.675;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.319;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,15:43:99:404,0,886 19 54200922 rs57056811 T C 242.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.123;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=2.266;QD=16.16;ReadPosRankSum=-0.306;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:272,0,153 19 54201750 . A T 205.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.546;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=20.59;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:86.37:236,0,86 19 54203199 rs2116850 G A 511.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.310;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.65;MQRankSum=0.000;QD=14.20;ReadPosRankSum=-0.158;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,19:36:99:541,0,525 19 54205961 rs10414727 T A 342.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.517;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.450;QD=9.78;ReadPosRankSum=0.483;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,15:35:99:372,0,550 19 54206144 rs115619728 A G 144.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.956;QD=18.00;ReadPosRankSum=-0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:84.31:174,0,84 19 54211903 rs7256241 T G 174.05 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C T 1103.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6469;MQ0=2;MQ=53.16;MQRankSum=0.368;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.418;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,34:35:66.61:1136,67,0 19 55447572 rs775876 A G 106.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.927;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=6.368;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.817;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:137,0,215 19 55481320 rs703465 G C 109.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8533;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.784;QD=5.23;ReadPosRankSum=0.454;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,5:21:99:140,0,568 19 55481669 rs269913 T C 424.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.239;HRun=0;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.176;QD=11.17;ReadPosRankSum=-1.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:455,0,441 19 55485173 rs703467 G A 273.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.741;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=3.980;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.213;QD=7.38;ReadPosRankSum=-0.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,11:37:99:303,0,658 19 55485786 rs703468 G A 137.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.336;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.676;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:168,0,125 19 55485899 rs2217659 G A 411.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.037;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=1.412;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.377;QD=13.27;ReadPosRankSum=-0.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,17:31:99:442,0,412 19 55493095 rs17781858 C G 156.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=26.16;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:20.52:187,0,21 19 55512137 rs12768 C A 137.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.785;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.70;MQRankSum=2.286;QD=6.26;ReadPosRankSum=-0.990;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:168,0,354 19 55605658 . G GC 145.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=10;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=75.8035;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=0.922;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.198;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:46.94:184,0,47 19 55605694 rs3803898 A G 630.71 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.387;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=6.767;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.69;MQRankSum=1.041;QD=31.54;ReadPosRankSum=1.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,19:20:28.53:664,29,0 19 55623806 rs604216 C T 80.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.381;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.35;MQRankSum=-0.212;QD=6.22;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:111,0,225 19 55667647 rs3729711 C A 53.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.937;QD=7.69;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:83.80:84,0,104 19 55668819 rs11667847 A G 88.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:95.40:118,0,95 19 55670825 rs28377509 T C 710.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8410;MQ0=0;MQ=59.51;MQRankSum=0.391;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,27:76:99:740,0,1306 19 55671374 rs891187 C T 301.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.200;QD=13.10;ReadPosRankSum=-0.277;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,11:23:99:331,0,249 19 55677895 . A C 1556.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.363;DP=118;Dels=0.00;FS=5.685;HRun=0;HaplotypeScore=2.1623;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=1.183;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.030;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,56:118:99:1587,0,1522 19 55693081 rs8112238 G C 1104.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=1.959;HRun=1;HaplotypeScore=4.9003;MQ0=0;MQ=58.56;MQRankSum=-0.868;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.836;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,45:88:99:1134,0,1153 19 55693244 rs2288419 T C 572.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6992;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=-0.551;QD=11.68;ReadPosRankSum=-1.693;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,23:49:99:602,0,678 19 55693469 rs45541434 C T 809.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.414;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=2.554;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.152;QD=16.53;ReadPosRankSum=0.010;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,28:49:99:840,0,507 19 55698859 rs68070528 G A 294.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.939;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.61;MQRankSum=2.246;QD=12.82;ReadPosRankSum=0.646;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:325,0,270 19 55699575 rs3803905 T C 322.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.725;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.318;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.373;QD=15.34;ReadPosRankSum=0.669;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:352,0,258 19 55708475 rs2288522 G T 199.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.666;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.029;QD=8.32;ReadPosRankSum=-0.953;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:230,0,395 19 55708573 rs2288520 G A 652.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.779;DB;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.111;QD=17.63;ReadPosRankSum=1.702;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:682,0,363 19 55711543 rs17700265 G A 78.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.365;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:108,0,119 19 55713385 rs73066689 A G 748.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.441;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.128;QD=19.20;ReadPosRankSum=-0.385;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,23:39:99:779,0,447 19 55713411 . 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C T 200.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.039;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=58.84;MQRankSum=-1.736;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.347;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,8:20:99:230,0,394 19 55776823 rs67351527 G A 132.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.797;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.225;QD=9.48;ReadPosRankSum=-0.471;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:163,0,184 19 55801050 rs78811144 G A 100.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=14.35;ReadPosRankSum=-0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:130,0,101 19 55879872 rs1126757 C T 184.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=18.50;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:57.67:215,0,58 19 55994240 rs12981044 C T 100.56 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T C 219.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.839;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.328;QD=9.98;ReadPosRankSum=-0.919;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,11:22:99:249,0,339 20 17923717 . A C 566.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.779;DP=66;Dels=0.00;FS=1.122;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.607;QD=8.58;ReadPosRankSum=0.567;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,24:66:99:596,0,1170 20 17934791 . C CT 572.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.803;DP=42;FS=1.480;HRun=2;HaplotypeScore=87.9119;MQ0=0;MQ=60.26;MQRankSum=1.098;QD=13.63;ReadPosRankSum=0.595;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,17:42:99:612,0,752 20 17936173 . T A 67.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.90;MQRankSum=-1.203;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:97.22:97,0,177 20 17950545 rs11551768 A T 612.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=1.606;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.464;QD=21.11;ReadPosRankSum=2.659;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,21:29:99:642,0,191 20 17993623 . 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T TGGTG 604.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=175.9780;MQ0=0;MQ=33.88;QD=67.15;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24.08:646,24,0 20 25456888 rs437635 A G 567.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.342;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.48;MQRankSum=-1.709;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.507;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:597,0,539 20 25457049 rs34410422 GCTCCCA G 500.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=100.3779;MQ0=0;MQ=53.00;MQRankSum=-1.164;QD=31.28;ReadPosRankSum=-1.059;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:539,0,722 20 25459919 rs84816 G A 136.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.568;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.568;QD=13.66;ReadPosRankSum=-1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:167,0,128 20 25469844 rs2072977 A G 710.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.687;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=3.710;HRun=2;HaplotypeScore=1.9905;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=-0.155;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.465;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,29:66:99:740,0,995 20 25479058 rs400357 A G 109.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.25;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.69:139,0,55 20 25666807 rs926486 C G 626.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.232;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=11.371;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.447;QD=12.28;ReadPosRankSum=-0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,22:51:99:656,0,855 20 25846228 rs6115348 A C 75.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=3;HaplotypeScore=1.8319;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=-0.937;QD=10.76;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:87.31:105,0,87 20 25848597 rs6050951 T A 101.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=1;HaplotypeScore=2.9140;MQ0=0;MQ=42.03;MQRankSum=-1.271;QD=10.15;ReadPosRankSum=-1.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:46.72:132,0,47 20 25900135 rs11699441 C A 109.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.763;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7882;MQ0=1;MQ=43.86;MQRankSum=-1.691;QD=5.22;ReadPosRankSum=0.124;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,6:21:99:140,0,387 20 26078778 rs78847942 A G 73.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=40.85;MQRankSum=-1.380;QD=12.32;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:59.09:104,0,59 20 26078794 rs115789674 G A 73.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=40.85;MQRankSum=-1.380;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:62.63:104,0,63 20 26094564 rs79802274 T G 124.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.769;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=2;MQ=40.43;MQRankSum=-0.896;QD=9.54;ReadPosRankSum=1.398;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:86.97:154,0,87 20 26094567 rs62211581 T C 196.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=2;MQ=40.43;MQRankSum=-0.474;QD=15.12;ReadPosRankSum=1.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,12:13:14.54:226,0,15 20 26094605 . G A 81.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.017;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=41.41;MQRankSum=-0.922;QD=9.02;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:92.63:111,0,93 20 29449502 rs4010663 A G 260.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.608;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.916;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=52.49;MQRankSum=0.304;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:290,0,226 20 29449509 rs4010662 G A 317.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.858;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=3.976;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=51.47;MQRankSum=-0.913;QD=13.79;ReadPosRankSum=-0.661;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,14:23:99:347,0,226 20 29449657 . TA T 83.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=11;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=67.2174;MQ0=4;MQ=40.02;MQRankSum=-0.296;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.296;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:11:32.15:122,0,32 20 29557682 rs6118886 G A 153.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.93;MQRankSum=-1.774;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.774;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:183,0,99 20 29623113 . CA C 401.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.830;DP=61;FS=5.068;HRun=2;HaplotypeScore=416.3967;MQ0=13;MQ=27.54;MQRankSum=-0.309;QD=3.72;ReadPosRankSum=-1.530;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,17:61:99:441,0,1201 20 29623248 . AAAG A 2172.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.379;DP=166;DS;FS=3.378;HRun=0;HaplotypeScore=1273.5196;MQ0=38;MQ=28.11;MQRankSum=4.906;QD=8.90;ReadPosRankSum=0.393;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:158,86:166:99:2212,0,5766 20 29625925 rs112430454 C CTTG 491.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.256;DB;DP=27;FS=16.244;HRun=0;HaplotypeScore=188.0658;MQ0=0;MQ=45.66;MQRankSum=-3.633;QD=16.96;ReadPosRankSum=0.156;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,9:27:99:531,0,636 20 29625935 rs62198354 A G 270 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.776;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=16.244;HRun=0;HaplotypeScore=4.9511;MQ0=0;MQ=45.66;MQRankSum=-4.013;QD=9.31;ReadPosRankSum=-0.899;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:300,0,323 20 29628158 rs73605203 G A 90.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.239;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.9683;MQ0=0;MQ=45.72;MQRankSum=0.929;QD=7.54;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:120,0,250 20 29628164 rs62199575 G A 248.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=6.9683;MQ0=0;MQ=43.48;MQRankSum=-1.202;QD=17.76;ReadPosRankSum=-0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:99:279,0,120 20 29632674 rs57432223 T TA 1015.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.914;DB;DP=202;DS;FS=3.143;HRun=5;HaplotypeScore=1072.3530;MQ0=37;MQ=42.01;MQRankSum=2.476;QD=4.06;ReadPosRankSum=-0.393;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:208,42:202:99:1054,0,4092 20 29632726 . CTATT C 493.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.211;DP=139;DS;FS=19.487;HRun=0;HaplotypeScore=1180.8494;MQ0=23;MQ=38.90;MQRankSum=-3.004;QD=2.77;ReadPosRankSum=-0.199;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:159,19:139:99:532,0,7335 20 29632831 . 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C T 328.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.016;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8110;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.899;QD=13.68;ReadPosRankSum=1.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,13:24:99:358,0,289 20 29874301 rs55995696 T C 507.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.223;DB;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.083;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.650;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,19:40:99:537,0,518 20 29929497 rs17326630 C T 65.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.754;QD=9.41;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:95.87:96,0,137 20 29978212 rs73108009 G C 1367.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.407;DB;DP=128;Dels=0.00;FS=2.289;HRun=0;HaplotypeScore=2.7244;MQ0=0;MQ=59.37;MQRankSum=2.025;QD=10.68;ReadPosRankSum=1.285;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,56:128:99:1398,0,1884 20 30064331 rs1006459 A G 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CT C 707.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.979;DP=36;FS=1.511;HRun=3;HaplotypeScore=93.5008;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.678;QD=19.65;ReadPosRankSum=0.434;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:746,0,413 20 30730987 . C T 61.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.988;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:91.97:92,0,98 20 30746248 rs6061195 T C 1494.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=52;Dels=0.00;FS=4.856;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.92;MQRankSum=0.400;QD=28.73;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,51:52:84.79:1527,85,0 20 30897493 . 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C T 1338.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=95;Dels=0.00;FS=6.712;HRun=1;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.242;QD=14.09;ReadPosRankSum=-1.672;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,49:95:99:1369,0,1137 20 31814348 rs1570033 G A 57.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.895;QD=5.78;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:87.81:88,0,187 20 31825436 rs58831055 A AG 213.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.204;DB;DP=14;FS=2.246;HRun=3;HaplotypeScore=31.1026;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.545;QD=15.22;ReadPosRankSum=1.154;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:252,0,210 20 31825797 rs1407019 G A 81.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.741;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=-1.036;QD=8.14;ReadPosRankSum=1.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:111,0,192 20 31826027 rs6059183 T C 565.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.981;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5518;MQ0=0;MQ=57.52;MQRankSum=-0.841;QD=19.51;ReadPosRankSum=1.096;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,22:29:99:596,0,192 20 31826088 rs36225274 GGCAGTGACCCTGAA G 572.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.404;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=195.7116;MQ0=0;MQ=51.56;MQRankSum=-0.925;QD=47.69;ReadPosRankSum=-1.479;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:99:611,0,418 20 31827439 rs6141899 A G 78.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.79;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:22.31:109,0,22 20 31828254 rs6059186 T C 799.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.080;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ0=0;MQ=59.46;MQRankSum=-0.628;QD=18.59;ReadPosRankSum=-1.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,25:43:99:829,0,541 20 31828265 rs6059187 A G 543.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.162;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-0.558;QD=16.46;ReadPosRankSum=-0.342;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,17:33:99:573,0,536 20 31830260 . G C 325.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.724;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.153;QD=11.23;ReadPosRankSum=0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,15:29:99:356,0,371 20 31876485 rs2295576 T C 100.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.468;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.932;QD=8.38;ReadPosRankSum=1.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:131,0,215 20 31876681 rs1078761 A G 318.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.352;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=1.055;QD=18.71;ReadPosRankSum=-1.859;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:348,0,184 20 31888984 rs6120220 T C 314.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.657;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.746;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.70;MQRankSum=-0.492;QD=9.53;ReadPosRankSum=-2.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:344,0,550 20 31889183 rs6120221 T C 808.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.985;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.736;HRun=1;HaplotypeScore=2.7834;MQ0=0;MQ=57.75;MQRankSum=-0.488;QD=13.47;ReadPosRankSum=-1.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,31:60:99:838,0,717 20 31890175 rs6120222 G T 820.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.298;DB;DP=79;Dels=0.00;FS=0.844;HRun=1;HaplotypeScore=2.7438;MQ0=0;MQ=59.42;MQRankSum=0.459;QD=10.39;ReadPosRankSum=0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:851,0,1224 20 31897554 rs1999663 G C 296.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.156;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.170;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=1.713;QD=6.17;ReadPosRankSum=0.512;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:326,0,854 20 32333181 rs7274811 G T 104.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=20.90;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.93:135,0,22 20 32340077 rs2626537 A G 209.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=1.822;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.106;QD=13.12;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,9:16:99:240,0,169 20 32354990 rs3813920 G A 138.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:169,0,129 20 32664864 rs10649600 C CCAG 586.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=30.2409;MQ0=0;MQ=62.77;QD=53.31;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:628,33,0 20 32990050 rs4142007 G T 999.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.121;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9692;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.969;QD=13.89;ReadPosRankSum=0.991;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,35:72:99:1030,0,1025 20 33037336 rs3736762 C T 128.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.473;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=2.933;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.586;QD=8.01;ReadPosRankSum=1.359;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:158,0,286 20 33057954 rs6059856 G C 824.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.218;DB;DP=73;Dels=0.00;FS=1.124;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.91;MQRankSum=2.161;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,28:73:99:855,0,1305 20 33057974 rs74567586 CT C 519.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.715;DB;DP=51;FS=5.503;HRun=3;HaplotypeScore=177.9235;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=1.221;QD=10.18;ReadPosRankSum=-1.837;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,19:51:99:558,0,1142 20 33063830 rs6059860 A C 676.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.931;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.01;MQRankSum=-2.635;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.621;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,30:53:99:706,0,548 20 33063964 . A G 522.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.864;DP=56;Dels=0.00;FS=2.354;HRun=0;HaplotypeScore=2.5059;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=0.763;QD=9.33;ReadPosRankSum=1.451;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,22:56:99:552,0,871 20 33342477 rs6087625 G A 279.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.766;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.790;QD=17.48;ReadPosRankSum=-0.163;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:310,0,142 20 33346556 rs11468960 ATC A 456.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.820;DB;DP=34;FS=1.384;HRun=0;HaplotypeScore=100.8927;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=0.000;QD=13.42;ReadPosRankSum=0.780;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,13:34:99:495,0,1115 20 33470694 rs4911163 C T 404.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.992;DB;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=57.73;MQRankSum=0.745;QD=10.38;ReadPosRankSum=-0.155;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,19:39:99:435,0,595 20 33508588 rs3746450 G T 64.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=8.451;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.956;QD=8.07;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:94.56:95,0,176 20 33509275 rs3818273 G A 408.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.658;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.2434;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.044;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.570;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,13:19:99:439,0,176 20 33509523 rs2273683 C T 2136.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.595;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=4.303;HRun=0;HaplotypeScore=11.4956;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=0.322;QD=16.43;ReadPosRankSum=0.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:61,69:130:99:2166,0,1719 20 33529766 rs2273684 T G 112.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=18.83;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:57.53:143,0,58 20 33533736 rs734111 A C 664.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.599;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.284;QD=14.77;ReadPosRankSum=-1.328;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:694,0,590 20 33572979 rs3746448 C T 270.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.177;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=4.708;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-0.362;QD=15.04;ReadPosRankSum=-0.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:301,0,167 20 33574765 rs3746446 T C 486.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.480;DB;DP=43;Dels=0.00;FS=4.770;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.012;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.575;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:517,0,633 20 33575347 rs3053708 C CAT 3066.59 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=53;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=118.4533;MQ0=0;MQ=59.73;QD=57.86;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,52:53:99:3109,157,0 20 33578251 rs3746444 A G 367.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.826;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=2.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.328;QD=20.40;ReadPosRankSum=0.796;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,12:18:99:397,0,153 20 33581889 rs7268266 T C 949.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.076;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=1.381;HRun=0;HaplotypeScore=2.5107;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.176;QD=16.09;ReadPosRankSum=0.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,34:59:99:979,0,624 20 33581955 rs2425012 G A 928.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.032;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.829;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ0=0;MQ=59.58;MQRankSum=-0.291;QD=10.55;ReadPosRankSum=0.451;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,38:88:99:958,0,1387 20 33583331 rs2425015 A G 1152.61 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.650;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5802;MQ0=0;MQ=57.74;MQRankSum=-1.568;QD=27.44;ReadPosRankSum=1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,41:42:87.28:1186,87,0 20 33584289 rs3746438 C T 60.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.62;MQRankSum=-0.937;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:90.93:91,0,111 20 33584521 . G A 266.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.013;DP=29;Dels=0.00;FS=5.649;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.066;QD=9.18;ReadPosRankSum=-1.338;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:296,0,502 20 33586193 rs3746436 C T 734.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.426;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9950;MQ0=0;MQ=58.25;MQRankSum=0.888;QD=12.24;ReadPosRankSum=2.544;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,29:60:99:765,0,768 20 33588698 rs67885143 TGAGGCTGGGCAAGGGCTGTGGG T 515.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.317;DB;DP=24;FS=2.682;HRun=0;HaplotypeScore=394.7098;MQ0=0;MQ=55.51;MQRankSum=-3.391;QD=21.46;ReadPosRankSum=0.932;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,5:24:99:554,0,4989 20 33591197 rs11482185 A AG 654.68 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=42.4020;MQ0=0;MQ=60.16;QD=34.46;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51.16:697,51,0 20 33592248 rs752448 C T 156.93 PASS 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T A 643.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.815;DP=65;Dels=0.00;FS=0.985;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=1.716;QD=9.89;ReadPosRankSum=0.709;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,28:65:99:673,0,931 20 44469290 rs4638862 G A 1330.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.641;DB;DP=114;Dels=0.00;FS=1.559;HRun=0;HaplotypeScore=4.6150;MQ0=0;MQ=58.47;MQRankSum=0.399;QD=11.67;ReadPosRankSum=-0.060;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,54:114:99:1360,0,1332 20 44470676 rs3848713 T C 107.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.720;QD=17.90;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.29:137,0,51 20 44472163 rs55931834 C T 122.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.336;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:152,0,137 20 44505973 rs2903808 T C 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C T 297.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.585;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5572;MQ0=0;MQ=58.16;MQRankSum=-0.154;QD=12.94;ReadPosRankSum=0.092;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,12:23:99:328,0,303 20 45315769 rs11550540 T C 1052.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.012;DB;DP=74;Dels=0.00;FS=3.214;HRun=0;HaplotypeScore=1.9536;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=-1.261;QD=14.22;ReadPosRankSum=0.152;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,41:74:99:1082,0,780 20 45357878 rs1122067 A G 319.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.474;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=7.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.158;QD=18.82;ReadPosRankSum=1.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:86.70:350,0,87 20 45358145 rs2425906 T G 514.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.817;HRun=3;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=56.74;MQRankSum=2.357;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.016;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:545,0,467 20 45797883 rs3091653 C T 424.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.149;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9657;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.310;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.458;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,16:38:99:454,0,638 20 45797954 rs3091593 T A 70.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.300;QD=10.12;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:101,0,133 20 45801319 rs3827049 T A 437.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.929;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=5.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.09;MQRankSum=1.826;QD=10.67;ReadPosRankSum=-1.511;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,18:41:99:467,0,667 20 45809652 rs2235907 A G 142.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=1.872;QD=10.18;ReadPosRankSum=-0.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:173,0,232 20 45811788 rs8124995 G T 110.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.956;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=13.80;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:81.89:140,0,82 20 45811860 rs8124918 A G 478.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.602;DB;DP=34;Dels=0.00;FS=5.403;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.32;MQRankSum=-0.367;QD=14.08;ReadPosRankSum=-0.892;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:34:99:509,0,390 20 45878118 rs77137073 C G 663.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.891;DB;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=0.165;QD=14.41;ReadPosRankSum=0.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,24:46:99:693,0,599 20 45891189 rs2294560 T C 231.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.001;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.415;QD=13.59;ReadPosRankSum=1.317;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:261,0,168 20 45923383 rs2076402 G T 671.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.621;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.647;QD=14.92;ReadPosRankSum=0.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,23:45:99:701,0,568 20 45923539 rs6066270 C T 420.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.900;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.450;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,16:33:99:450,0,511 20 45947853 . 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A AT 133.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.645;DP=20;FS=9.139;HRun=9;HaplotypeScore=49.3219;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=-0.792;QD=6.66;ReadPosRankSum=-0.317;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,7:20:99:172,0,276 20 48491258 rs542234 T G 975.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.631;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.640;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.089;QD=15.49;ReadPosRankSum=1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,33:63:99:1006,0,815 20 48522330 rs495337 G A 526.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.958;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=1.377;HRun=0;HaplotypeScore=1.6229;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=0.080;QD=14.64;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:557,0,403 20 48522585 rs492702 G A 171.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=2.141;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.036;QD=8.18;ReadPosRankSum=1.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:202,0,310 20 48524827 rs2769982 A G 818.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.132;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=5.651;HRun=0;HaplotypeScore=3.7593;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=0.313;QD=14.61;ReadPosRankSum=-1.665;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,31:56:99:848,0,691 20 48561893 rs4810993 A G 213.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.281;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.059;QD=13.33;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:243,0,258 20 48573980 rs73625450 CTG C 339.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.711;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=81.4336;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=-1.936;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.458;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:379,0,541 20 48574051 rs6067283 A G 61.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=55.16;MQRankSum=-1.368;QD=7.70;ReadPosRankSum=-1.638;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:91.56:92,0,127 20 48574116 rs1883553 T C 116.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=23.33;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:15.54:147,0,16 20 48574454 rs6067284 G A 65.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=7.27;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:95.47:95,0,171 20 48600268 rs4141977 C T 88.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.731;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:24.97:118,0,25 20 48744742 . 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G A 111.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=15.97;ReadPosRankSum=-0.198;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:29.72:142,0,30 20 49191228 rs1885177 A C 683.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.451;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=3.461;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.23;MQRankSum=2.036;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:714,0,891 20 49194866 rs3215684 A AT 176.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=15.4844;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.920;QD=22.11;ReadPosRankSum=0.322;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:99:216,0,102 20 49196167 rs2282147 T C 108.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.528;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=-1.528;QD=6.36;ReadPosRankSum=0.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,5:17:99:138,0,377 20 49620783 rs1054268 G T 1021.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.289;DB;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.36;MQRankSum=-0.017;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.833;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,40:72:99:1052,0,871 20 49747788 rs13040884 A C 232.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.344;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=5.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.28;MQRankSum=-1.768;QD=16.58;ReadPosRankSum=-0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:93.30:262,0,93 20 49747942 rs34182648 A T 64.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.600;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.289;QD=5.39;ReadPosRankSum=-0.536;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:94.68:95,0,241 20 50008011 . 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C T 688.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.497;DP=44;Dels=0.00;FS=1.341;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.08;MQRankSum=0.059;QD=15.66;ReadPosRankSum=-2.746;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,24:44:99:719,0,553 20 53969040 rs211904 A G 253.27 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.90;MQRankSum=0.751;QD=28.14;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24.07:286,24,0 20 54457983 rs1370270 A G 106.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.731;QD=21.28;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.08:136,0,21 20 54940356 rs17362970 T C 311.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.235;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=1.664;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.498;QD=10.39;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:342,0,439 20 54941124 rs6099114 T C 123.45 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TGGG T 643.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.142;DP=25;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=103.2001;MQ0=0;MQ=56.09;MQRankSum=-0.198;QD=25.74;ReadPosRankSum=-0.481;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,15:25:99:683,0,548 20 57829821 rs79974699 C CTT 878.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=19;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=45.2636;MQ0=0;MQ=62.72;QD=46.24;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,16:19:54.15:921,54,0 20 57867301 . G A 50.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=10.10;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:30.98:81,0,31 20 58420336 rs1416388 G A 213.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.241;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.177;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:243,0,137 20 58450287 rs8125234 T C 118.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=19.70;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:23.53:148,0,24 20 58466998 rs34313076 T A 56.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.422;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=6.26;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:86.30:86,0,191 20 58559654 rs1474909 C A 185.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.800;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=10.659;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.867;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:99:215,0,159 20 58587484 rs35858953 A G 67.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.054;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.001;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:97.67:98,0,197 20 59829847 rs3752252 C T 421.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=1.970;QD=10.03;ReadPosRankSum=-1.055;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,18:42:99:451,0,681 20 60448675 rs3829689 C T 276.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.684;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.537;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.049;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:306,0,223 20 60503350 rs6142884 A G 1641.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.088;DB;DP=104;Dels=0.00;FS=8.374;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.33;MQRankSum=1.868;QD=15.78;ReadPosRankSum=2.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,56:104:99:1671,0,1262 20 60508197 . C T 278.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.821;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7326;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.923;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.462;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:308,0,281 20 60509209 rs3753045 C T 151.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.945;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.648;QD=10.12;ReadPosRankSum=-2.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:182,0,235 20 60572568 rs41284980 G A 440.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.550;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=0.440;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:471,0,469 20 60712347 rs2057168 G A 172.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.155;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.549;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.718;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,7:19:99:203,0,389 20 60712511 rs2281740 A G 726.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.555;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.510;QD=12.11;ReadPosRankSum=-1.338;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,30:60:99:756,0,773 20 60713311 rs7076 G A 795.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.138;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=3.840;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.499;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,31:58:99:825,0,691 20 60734914 rs56404343 C G 219.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.200;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=56.68;MQRankSum=0.668;QD=9.99;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:250,0,354 20 60736449 rs60991008 G A 394.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.146;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.744;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=-0.966;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.556;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:424,0,252 20 60737908 rs61744430 G A 411.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.220;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=-1.537;QD=15.23;ReadPosRankSum=1.342;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:441,0,270 20 60737994 . A ACTC 738.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.026;DP=27;FS=1.721;HRun=0;HaplotypeScore=92.9369;MQ0=0;MQ=55.58;MQRankSum=-0.821;QD=27.34;ReadPosRankSum=-0.923;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:777,0,571 20 60738070 rs73309158 C T 141.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.736;QD=23.54;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:16.30:171,0,16 20 60738566 rs73309164 C T 145.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.386;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.895;QD=14.54;ReadPosRankSum=0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:91.86:175,0,92 20 60791404 rs3787429 C T 164.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.200;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=3.358;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.101;QD=12.66;ReadPosRankSum=-1.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:195,0,186 20 60881330 rs2427273 G A 1440.74 PASS 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G A 72.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=14.58;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:59.73:103,0,60 20 62294015 rs2297434 C T 218.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.177;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=0;HaplotypeScore=2.8150;MQ0=0;MQ=56.85;MQRankSum=-0.295;QD=14.59;ReadPosRankSum=1.591;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:249,0,179 20 62305274 rs2297437 G A 3472.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.351;DB;DP=247;Dels=0.00;FS=2.156;HRun=0;HaplotypeScore=3.7236;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=0.422;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.334;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:115,131:247:99:3473,0,2924 20 62319919 rs116900568 G A 103.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=14.73;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:27.62:133,0,28 20 62520671 rs6062569 T C 158.07 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T TAGCCAC 3037.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.872;DP=151;FS=19.241;HRun=0;HaplotypeScore=2290.4342;MQ0=1;MQ=42.63;MQRankSum=-5.243;QD=19.47;ReadPosRankSum=1.165;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:118,23:151:99:3076,0,4389 21 32114782 rs71191166 G GCCAGAGCCAGAGCCATATCCACAGCCATAT 2702.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.170;DB;DP=52;FS=28.071;HRun=0;HaplotypeScore=1541.2175;MQ0=0;MQ=47.08;MQRankSum=2.414;QD=50.99;ReadPosRankSum=-4.015;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:52:17.05:2742,0,17 21 32114822 rs62220612 T G 1594.93 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.669;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7044;MQ0=0;MQ=51.05;MQRankSum=0.031;QD=28.48;ReadPosRankSum=0.787;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,54:56:99:1628,132,0 21 32127470 . T C 1902.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.543;DP=121;Dels=0.00;FS=0.820;HRun=0;HaplotypeScore=5.7098;MQ0=0;MQ=57.04;MQRankSum=-0.143;QD=15.72;ReadPosRankSum=-0.335;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,64:121:99:1932,0,1507 21 32253513 rs9636845 A T 381.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.557;QD=13.15;ReadPosRankSum=-0.153;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:411,0,494 21 32432972 rs2833246 A T 120.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.589;QD=15.01;ReadPosRankSum=1.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:54.17:150,0,54 21 32434300 rs1888445 T C 634.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.366;DB;DP=63;Dels=0.00;FS=3.551;HRun=1;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=4;MQ=51.42;MQRankSum=2.985;QD=10.07;ReadPosRankSum=0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,26:63:99:665,0,853 21 32434692 rs2070404 C T 390.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.051;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=5.282;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.842;QD=8.68;ReadPosRankSum=-0.107;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:420,0,920 21 32434766 rs2070405 C T 324.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.092;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=1.202;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.148;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.331;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,15:47:99:354,0,1000 21 32435137 rs2833247 A C 866.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.515;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=52.44;MQRankSum=-3.641;QD=13.54;ReadPosRankSum=1.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,34:64:99:897,0,846 21 32435334 rs11088156 T C 631.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.370;DB;DP=49;Dels=0.00;FS=6.168;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.53;MQRankSum=-1.010;QD=12.88;ReadPosRankSum=0.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,25:49:99:661,0,671 21 32435347 rs10854337 A G 766.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.835;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=4.461;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=0.282;QD=15.33;ReadPosRankSum=-0.417;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:797,0,613 21 32493031 rs762194 A G 595.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.829;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=59.45;MQRankSum=-0.403;QD=13.24;ReadPosRankSum=0.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,25:45:99:626,0,467 21 32499473 rs2070410 A G 356.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.980;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.289;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=59.17;MQRankSum=-0.059;QD=7.91;ReadPosRankSum=-0.202;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,16:45:99:386,0,765 21 32499501 rs11700768 G T 367.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.048;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=4.563;HRun=1;HaplotypeScore=1.9952;MQ0=0;MQ=58.61;MQRankSum=-0.025;QD=13.60;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:397,0,338 21 32524852 rs9305453 A G 76.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.221;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.221;QD=9.58;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:85.21:107,0,85 21 32525345 rs723469 G A 834.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.603;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.97;MQRankSum=0.517;QD=14.14;ReadPosRankSum=0.702;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,35:59:99:864,0,604 21 32526525 rs12482307 C T 191.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.480;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.480;QD=19.19;ReadPosRankSum=-0.480;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,8:10:42.61:222,0,43 21 33079155 . 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TA T 254.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.742;DP=20;FS=1.871;HRun=4;HaplotypeScore=85.6312;MQ0=0;MQ=57.48;MQRankSum=-1.474;QD=12.73;ReadPosRankSum=-0.491;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,9:20:99:294,0,420 21 34050941 . 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C T 307.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=32;Dels=0.00;FS=1.470;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.79;MQRankSum=0.844;QD=9.60;ReadPosRankSum=-1.995;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:337,0,546 21 38850470 . C G 600.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.063;DP=63;Dels=0.00;FS=2.076;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.993;QD=9.53;ReadPosRankSum=0.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,27:63:99:631,0,1044 21 39671199 rs79109585 A G 671.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.118;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.71;MQRankSum=0.738;QD=14.29;ReadPosRankSum=0.695;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,26:47:99:701,0,520 21 39671476 rs2230033 G A 684.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.898;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7883;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.317;QD=10.21;ReadPosRankSum=-0.084;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,28:67:99:714,0,1139 21 39762883 rs2246468 T C 777.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.418;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=1.256;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=59.52;MQRankSum=-0.458;QD=16.19;ReadPosRankSum=-0.479;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,30:48:99:807,0,447 21 39775558 rs17230484 G A 510.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.199;DB;DP=56;Dels=0.00;FS=2.338;HRun=0;HaplotypeScore=1.7046;MQ0=0;MQ=58.76;MQRankSum=1.166;QD=9.11;ReadPosRankSum=0.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,23:56:99:540,0,855 21 39947697 rs8129955 A G 133.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.359;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9958;MQ0=0;MQ=57.67;MQRankSum=-0.219;QD=7.02;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:163,0,354 21 40190620 rs10854389 C G 400.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8932;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.869;QD=16.68;ReadPosRankSum=-1.680;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:24:99:430,0,353 21 40191431 rs457705 T G 473.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.160;DB;DP=51;Dels=0.00;FS=2.508;HRun=0;HaplotypeScore=2.8648;MQ0=0;MQ=59.06;MQRankSum=1.769;QD=9.28;ReadPosRankSum=0.924;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,21:51:99:503,0,714 21 40191638 rs461155 A G 261.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.867;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.041;QD=13.75;ReadPosRankSum=1.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,11:19:99:291,0,170 21 40250762 rs5843936 GA G 464.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.468;DB;DP=56;FS=4.287;HRun=1;HaplotypeScore=254.7759;MQ0=0;MQ=55.41;MQRankSum=-2.312;QD=8.29;ReadPosRankSum=-0.354;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,16:56:99:503,0,1735 21 40250766 rs1569306 G A 438.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.296;DB;DP=58;Dels=0.00;FS=4.143;HRun=1;HaplotypeScore=2.9852;MQ0=0;MQ=55.58;MQRankSum=-1.313;QD=7.56;ReadPosRankSum=-0.757;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:468,0,1043 21 40250776 rs115935343 C A 364.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.124;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=6.373;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.22;MQRankSum=-0.684;QD=6.40;ReadPosRankSum=-2.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,16:57:99:395,0,1020 21 40607920 . G A 190.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.667;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.08;MQRankSum=0.133;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.267;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,9:14:87.86:221,0,88 21 40860510 rs3787927 T C 62.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.956;QD=7.81;ReadPosRankSum=-0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:92.51:93,0,142 21 40863714 rs9976202 C T 140.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.532;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=56.52;MQRankSum=2.359;QD=12.74;ReadPosRankSum=-1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:170,0,145 21 40871810 rs9974333 T C 461.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.185;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9796;MQ0=0;MQ=57.36;MQRankSum=0.166;QD=9.61;ReadPosRankSum=0.894;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,21:48:99:491,0,696 21 40883671 rs75027626 G GAGA 535.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.373;DB;DP=37;FS=1.356;HRun=0;HaplotypeScore=124.1735;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=0.554;QD=14.48;ReadPosRankSum=0.352;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,12:37:99:575,0,1034 21 40899177 rs1006601 G A 72.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:103,0,112 21 40900779 rs1007351 C T 69.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.231;QD=13.82;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.60:99,0,66 21 40900795 rs645495 T C 68.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.73:99,0,70 21 41137499 rs12626544 A G 256.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.267;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.267;QD=11.66;ReadPosRankSum=-1.402;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,9:22:99:287,0,379 21 41142775 rs73217279 A G 70.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.63;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.28:100,0,27 21 41142803 rs2837199 T C 82.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.326;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.45;MQRankSum=0.196;QD=5.51;ReadPosRankSum=1.240;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:113,0,335 21 41142940 rs2837200 G A 340.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.051;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.926;QD=9.74;ReadPosRankSum=-0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,14:35:99:371,0,536 21 41143246 rs62237180 G C 70.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=14.18;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.54:101,0,61 21 41165462 rs2837225 C A 286.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.158;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=4.172;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.03;MQRankSum=0.888;QD=9.23;ReadPosRankSum=-1.837;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:316,0,538 21 41165566 rs460504 T C 350.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.225;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.813;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.127;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.211;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:380,0,193 21 41415996 . A T 650.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.155;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.718;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,23:43:99:681,0,528 21 41450509 rs394753 A C 75.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.08;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:62.10:105,0,62 21 41450511 rs439535 T C 66.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.60:96,0,66 21 41514688 rs75752016 TA T 330.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.445;DB;DP=18;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=47.3467;MQ0=0;MQ=61.19;MQRankSum=-1.087;QD=18.36;ReadPosRankSum=-0.453;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,11:18:99:369,0,260 21 42710175 rs2158354 T C 176.70 PASS 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G A 409.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.097;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.9967;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.484;QD=17.82;ReadPosRankSum=1.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:23:99:440,0,248 21 43708431 rs2234720 G GC 149.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.231;DB;DP=23;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=108.2691;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.506;QD=6.52;ReadPosRankSum=-0.817;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:189,0,467 21 43710052 rs4148137 C T 64.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.21:94,0,60 21 43710096 rs2234721 G T 277.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.371;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.588;QD=18.53;ReadPosRankSum=-0.718;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,11:15:99:308,0,103 21 43714517 rs9975333 A C 61.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.166;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.296;QD=6.16;ReadPosRankSum=0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:91.62:92,0,233 21 43716241 rs11910928 A G 121.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.467;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9411;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.634;QD=5.51;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:151,0,432 21 43732425 rs533093 C T 158.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.181;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.2772;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.540;QD=8.81;ReadPosRankSum=1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:189,0,323 21 43766560 rs225334 G A 418.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.147;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=6.058;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.716;QD=15.48;ReadPosRankSum=-0.864;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,16:27:99:448,0,366 21 43770926 rs11366298 CT C 105.92 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=11;HaplotypeScore=14.5426;MQ0=0;MQ=60.00;QD=17.65;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:17.98:148,18,0 21 43796099 . C G 77.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.406;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.988;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:98.76:107,0,99 21 43826344 rs3746923 C T 66.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.322;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.322;QD=8.32;ReadPosRankSum=0.956;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:96.58:97,0,174 21 43826391 rs3746924 T C 137.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.268;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.453;QD=7.65;ReadPosRankSum=0.815;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:168,0,289 21 43829346 rs2277802 C G 69.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=0.406;QD=11.65;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:69.73:100,0,70 21 43829758 rs11702374 G A 183.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.806;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.250;QD=7.06;ReadPosRankSum=-0.028;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,8:26:99:214,0,512 21 43838403 rs9974660 T A 131.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.452;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9461;MQ0=0;MQ=58.63;MQRankSum=0.251;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,6:17:99:162,0,348 21 43846956 rs2839510 T G 237.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.032;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=0.817;QD=9.13;ReadPosRankSum=0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,10:26:99:267,0,475 21 43896143 rs117385282 C T 310.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.009;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.809;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=1.569;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.591;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:341,0,310 21 43986117 rs72054149 T TC 174.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=5;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=15.9075;MQ0=0;MQ=62.13;QD=34.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,5:5:15.05:216,15,0 21 43999749 rs8128696 G A 205.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.793;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.689;QD=17.12;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:235,0,118 21 44107960 rs2839573 T A 93.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=10.37;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:123,0,151 21 44152149 rs2269153 G A 454.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.852;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=1.556;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-1.322;QD=14.21;ReadPosRankSum=-0.378;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,17:32:99:485,0,383 21 44180443 rs13047953 C T 318.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=12.478;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.656;QD=9.11;ReadPosRankSum=1.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:349,0,664 21 44195374 rs9637296 G A 377.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.522;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=8.443;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.25;MQRankSum=1.403;QD=12.18;ReadPosRankSum=-0.217;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:408,0,415 21 44270229 rs6586250 C T 889.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.491;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=8.072;HRun=0;HaplotypeScore=2.5909;MQ0=0;MQ=59.64;MQRankSum=-0.760;QD=13.89;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,30:64:99:919,0,873 21 44283574 rs11911090 C T 421.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.005;DB;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=-0.106;QD=9.58;ReadPosRankSum=1.827;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:452,0,583 21 44283785 rs112237505 G A 278.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.204;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.286;QD=14.65;ReadPosRankSum=0.204;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,9:19:99:308,0,312 21 44293744 rs2248490 C G 908.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.871;DB;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9832;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.463;QD=13.17;ReadPosRankSum=0.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,32:69:99:938,0,1015 21 44299573 . 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G A 189.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.597;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.398;QD=17.20;ReadPosRankSum=-0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:99:219,0,118 21 45538512 rs67644286 TG T 323.12 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=27.9270;MQ0=0;MQ=63.17;QD=32.31;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,10:10:30.09:365,30,0 21 45550460 rs11311220 TC T 892.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=26;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=64.1721;MQ0=0;MQ=61.24;QD=34.32;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,26:26:78.24:934,78,0 21 45550587 . T G 500.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.626;DP=37;Dels=0.00;FS=1.331;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.380;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.744;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,19:37:99:530,0,537 21 45656774 rs11558819 C T 1189.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.868;DB;DP=112;Dels=0.00;FS=0.705;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=58.94;MQRankSum=-0.117;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.472;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:59,53:112:99:1219,0,1503 21 45674629 rs55831401 G A 386.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.099;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=1.9321;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=0.099;QD=17.58;ReadPosRankSum=-0.890;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:417,0,294 21 45709906 rs1800520 C G 101.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=-0.731;QD=20.38;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:10.65:132,0,11 21 45712977 rs1800521 T C 113.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.98;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:17.45:144,0,17 21 45746685 . 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C G 373.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.415;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.8097;MQ0=0;MQ=46.11;MQRankSum=-1.008;QD=12.05;ReadPosRankSum=0.455;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:403,0,501 21 45959386 rs233318 G A 3617.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.838;DB;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6348;MQ0=7;MQ=41.43;MQRankSum=4.573;QD=22.61;ReadPosRankSum=-5.071;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,141:160:76.73:3618,0,77 21 45969971 rs8133293 A G 62.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.50;MQRankSum=0.727;QD=15.68;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:93,0,28 21 45971357 rs456478 A C 720.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DB;DP=67;Dels=0.00;FS=3.753;HRun=0;HaplotypeScore=2.8208;MQ0=3;MQ=48.01;MQRankSum=0.998;QD=10.75;ReadPosRankSum=-3.547;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,29:67:99:750,0,850 21 45971380 rs6147532 A 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T TGGGCC 607.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.708;DP=11;FS=5.643;HRun=0;HaplotypeScore=42.0213;MQ0=0;MQ=49.55;MQRankSum=-1.106;QD=55.24;ReadPosRankSum=-1.106;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:11:99:647,0,154 22 24579049 rs62231981 G A 822.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.476;DB;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.0353;MQ0=3;MQ=47.40;MQRankSum=-3.295;QD=9.35;ReadPosRankSum=0.242;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,41:88:99:852,0,1096 22 24579157 . G T 306.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.237;DP=43;Dels=0.00;FS=4.169;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=4;MQ=44.81;MQRankSum=-3.276;QD=7.12;ReadPosRankSum=0.909;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:336,0,637 22 24579158 . 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CTCT C 203 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=44.9881;MQ0=0;MQ=60.86;MQRankSum=1.133;QD=18.45;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:242,0,238 22 25833596 rs510618 C T 259.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=0;MQ=58.01;MQRankSum=0.939;QD=13.63;ReadPosRankSum=1.429;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:289,0,168 22 26157068 rs61734946 C G 648.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.430;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=3.678;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.34;MQRankSum=0.791;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.303;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,27:57:99:679,0,826 22 26157144 rs17623980 A G 365.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.588;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.2406;MQ0=0;MQ=58.59;MQRankSum=-0.856;QD=11.08;ReadPosRankSum=0.382;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:396,0,440 22 26159129 rs112518963 C CTT 760.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.367;DB;DP=28;FS=6.362;HRun=3;HaplotypeScore=66.8714;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.567;QD=27.16;ReadPosRankSum=-0.716;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:799,0,381 22 26173484 rs12170856 G A 67.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=13.52;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:19.52:98,0,20 22 26193824 rs2877299 C T 423.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.414;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8737;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=2.597;QD=16.28;ReadPosRankSum=0.952;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:453,0,352 22 26193982 rs738642 C G 612.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.382;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=5.799;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.481;QD=13.04;ReadPosRankSum=-1.188;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:643,0,729 22 26194045 rs738643 T C 110.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.668;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.268;QD=11.09;ReadPosRankSum=-1.668;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:141,0,163 22 26219723 . C CT 290.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.115;DP=20;FS=4.260;HRun=6;HaplotypeScore=44.9214;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.356;QD=14.52;ReadPosRankSum=1.139;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:329,0,136 22 26222454 rs9624909 C T 382.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.760;DB;DP=41;Dels=0.00;FS=2.687;HRun=1;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.437;QD=9.32;ReadPosRankSum=0.595;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:412,0,615 22 26222505 rs2331162 G A 316.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.110;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.212;QD=18.63;ReadPosRankSum=1.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,12:17:99:347,0,151 22 26388337 rs916425 C T 230.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.329;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=4.075;HRun=0;HaplotypeScore=1.6553;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.022;QD=7.95;ReadPosRankSum=-0.504;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,13:29:99:260,0,420 22 26422980 rs2236005 A G 521.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.222;DB;DP=53;Dels=0.00;FS=5.964;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=58.46;MQRankSum=-0.912;QD=9.85;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,22:53:99:552,0,892 22 26690407 rs137204 T C 359.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.031;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=1.523;HRun=0;HaplotypeScore=3.5922;MQ0=0;MQ=57.17;MQRankSum=0.705;QD=10.89;ReadPosRankSum=-0.090;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,15:33:99:389,0,444 22 26701854 rs34927185 TTC T 327.35 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=50.3011;MQ0=0;MQ=59.18;QD=29.76;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:30.09:369,30,0 22 26709558 . 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AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.532;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.906;QD=8.58;ReadPosRankSum=-0.453;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,7:18:99:184,0,374 22 29704662 rs56037813 C T 83.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=13.92;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.29:114,0,53 22 29806131 . 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C G 75.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.08;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:105,0,67 22 41244398 rs138344 C G 329.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.859;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=2.823;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-0.690;QD=17.36;ReadPosRankSum=-0.887;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,13:19:99:360,0,153 22 41257834 . T TA 1141.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.628;DP=80;FS=4.441;HRun=2;HaplotypeScore=171.8778;MQ0=0;MQ=59.90;MQRankSum=-0.544;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.265;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:48,32:80:99:1180,0,1590 22 41282558 . G A 170.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.406;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-0.299;QD=12.18;ReadPosRankSum=-1.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:14:99:201,0,203 22 41460489 rs9611487 C T 371.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9250;MQ0=0;MQ=58.36;MQRankSum=0.358;QD=11.60;ReadPosRankSum=0.923;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,16:32:99:401,0,415 22 41470313 rs5758212 A G 610.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.410;DB;DP=60;Dels=0.00;FS=5.697;HRun=1;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=59.62;MQRankSum=-0.759;QD=10.17;ReadPosRankSum=0.130;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,22:60:99:640,0,1021 22 41470522 rs8136923 G A 772.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.793;DB;DP=66;Dels=0.00;FS=4.895;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.43;MQRankSum=0.494;QD=11.71;ReadPosRankSum=-0.109;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,34:66:99:803,0,1001 22 41471003 rs5751033 C T 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T C 640.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.861;DP=45;Dels=0.00;FS=4.452;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=-0.655;QD=14.24;ReadPosRankSum=-0.425;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:671,0,447 22 42537630 . C G 649.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=45;Dels=0.00;FS=6.369;HRun=0;HaplotypeScore=1.5226;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=0.985;QD=14.44;ReadPosRankSum=-0.568;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:680,0,491 22 42538029 rs1058167 A G 256.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.026;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.82;MQRankSum=-2.000;QD=9.85;ReadPosRankSum=0.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:286,0,332 22 42538508 rs3021082 A G 161.26 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.747;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=45.59;MQRankSum=0.747;QD=16.13;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,7:10:15.05:194,15,0 22 42538509 rs56023519 G A 180.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DB;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=44.23;MQRankSum=0.751;QD=16.39;ReadPosRankSum=-0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,8:11:18.04:213,18,0 22 42538514 rs56703341 T TC 303.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=67.1822;MQ0=2;MQ=43.60;QD=25.32;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,8:9:24.08:346,24,0 22 42546304 rs12167368 G A 147.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=5.434;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.77;MQRankSum=0.377;QD=11.33;ReadPosRankSum=3.016;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,7:13:99:177,0,133 22 42610099 rs34030679 T C 701.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.664;DB;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=59.05;MQRankSum=-0.067;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.162;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,29:64:99:731,0,1036 22 42780985 rs12484229 T C 144.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.922;QD=20.68;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:50.32:175,0,50 22 42781071 rs12484478 G A 625.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.805;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=1.949;HRun=0;HaplotypeScore=1.9947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.556;QD=14.88;ReadPosRankSum=-2.173;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:655,0,559 22 42899151 . G A 945.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.650;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=46.81;MQRankSum=0.108;QD=27.80;ReadPosRankSum=0.975;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,31:34:46.47:978,46,0 22 42905055 rs56365446 G A 264.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.138;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=7.489;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=42.23;MQRankSum=-4.008;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.138;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:295,0,405 22 42905165 rs55732408 G A 211.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.313;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=1;MQ=42.06;MQRankSum=-0.473;QD=12.46;ReadPosRankSum=0.683;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:242,0,234 22 42905177 rs1056566 T C 101.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.367;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.58;MQRankSum=0.244;QD=7.80;ReadPosRankSum=-0.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:131,0,207 22 42906679 rs56211179 C G 566.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.272;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.12;MQRankSum=-0.263;QD=15.74;ReadPosRankSum=0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,23:36:99:597,0,270 22 42908186 . G C 515 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.679;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8136;MQ0=6;MQ=40.54;MQRankSum=-3.473;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.773;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,28:90:99:545,0,1429 22 42908297 . 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C T 242.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.458;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.936;QD=11.53;ReadPosRankSum=-0.528;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:272,0,235 22 50959796 rs56228847 A T 76.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.361;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8660;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-1.652;QD=8.51;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:107,0,153 22 51010306 . C G 150.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.482;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.78;MQRankSum=-1.184;QD=7.93;ReadPosRankSum=0.745;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,6:19:99:181,0,444 22 51010788 rs131761 T A 103.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9947;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.729;QD=11.49;ReadPosRankSum=2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:133,0,158 22 51011376 rs8142477 G C 1139.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.263;DB;DP=93;Dels=0.00;FS=1.766;HRun=0;HaplotypeScore=3.8397;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=1.298;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.243;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,43:93:99:1169,0,1223 22 51011936 rs131760 T C 578.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.437;DB;DP=38;Dels=0.00;FS=1.316;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=1.262;QD=15.22;ReadPosRankSum=-1.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,21:38:99:608,0,489 22 51015210 rs140515 G C 686.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.821;DB;DP=59;Dels=0.00;FS=4.127;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.61;MQRankSum=0.759;QD=11.64;ReadPosRankSum=-0.299;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,25:59:99:717,0,969 22 51015557 rs3752393 C T 68.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.937;QD=9.84;ReadPosRankSum=1.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:98.88:99,0,99 22 51016098 rs5770916 A G 95.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.599;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.536;QD=8.00;ReadPosRankSum=-0.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:126,0,228 22 51017514 rs17001634 C G 71.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DB;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.84;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:28.61:101,0,29 22 51063987 rs79129659 G C 446.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.018;DB;DP=35;Dels=0.00;FS=1.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.673;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.707;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,18:35:99:477,0,444 22 51064039 rs743616 G C 650.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.282;DB;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.18;MQRankSum=0.094;QD=10.66;ReadPosRankSum=-0.687;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,28:61:99:681,0,803 22 51064141 rs762673 G A 76.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.825;QD=6.39;ReadPosRankSum=1.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:107,0,286 22 51117137 rs9616914 G A 252.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DB;DP=16;Dels=0.00;FS=5.129;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.030;QD=15.77;ReadPosRankSum=-1.681;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:282,0,166 22 51117580 rs9616915 T C 121.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.747;QD=15.19;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:17.45:151,0,17 22 51182485 rs6009961 A G 462.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.913;DB;DP=70;Dels=0.00;FS=33.989;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=11;MQ=43.00;MQRankSum=-5.832;QD=6.61;ReadPosRankSum=0.235;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,30:70:99:493,0,1074 X 200860 . T C 576.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.783;DP=51;Dels=0.00;FS=4.061;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ0=0;MQ=58.81;MQRankSum=2.274;QD=11.31;ReadPosRankSum=-0.821;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,24:51:99:607,0,709 X 205300 . C T 269.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.984;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.794;QD=10.36;ReadPosRankSum=1.287;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:26:99:299,0,451 X 205373 . A G 932.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.535;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7302;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=-0.212;QD=10.14;ReadPosRankSum=0.644;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,41:92:99:963,0,1367 X 207362 . C T 430.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.830;DP=42;Dels=0.00;FS=4.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=-0.579;QD=10.26;ReadPosRankSum=-0.176;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,21:42:99:461,0,605 X 215944 . G T 350.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.957;DP=24;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.966;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.439;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:380,0,300 X 229389 . G GTACCCC 549.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.383;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=49.2658;MQ0=0;MQ=46.33;MQRankSum=-2.383;QD=50.00;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:11:99:589,0,278 X 229542 . G A 110.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.268;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.098;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:140,0,144 X 295097 . C T 68.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=13.72;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:25.76:99,0,26 X 295132 . T C 139.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.031;DP=11;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.466;QD=12.68;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:169,0,155 X 295231 . A G 71.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:99:102,0,143 X 299501 . C T 282.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.560;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.099;QD=12.85;ReadPosRankSum=0.824;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:313,0,298 X 299635 . C T 622.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.635;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6540;MQ0=0;MQ=57.75;MQRankSum=0.463;QD=12.96;ReadPosRankSum=0.914;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,27:47:99:652,0,502 X 301402 . T A 56.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.99;MQRankSum=-0.550;QD=8.09;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:86.61:87,0,95 X 301454 . G A 129.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=52.46;MQRankSum=2.657;QD=7.60;ReadPosRankSum=1.247;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,6:17:99:159,0,200 X 301796 . G A 75.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.231;QD=15.15;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:66.83:106,0,67 X 301912 . G A 51.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.818;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.66;MQRankSum=0.296;QD=5.20;ReadPosRankSum=-2.166;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,3:10:81.95:82,0,206 X 301992 . G A 455.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.626;DP=37;Dels=0.00;FS=1.884;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=59.38;MQRankSum=0.939;QD=12.32;ReadPosRankSum=0.048;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,16:37:99:486,0,481 X 302533 . A G 762.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.174;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.485;QD=20.62;ReadPosRankSum=-0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,23:37:99:793,0,428 X 302743 . G A 509.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.514;DP=34;Dels=0.00;FS=2.121;HRun=0;HaplotypeScore=1.9960;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=0.276;QD=14.99;ReadPosRankSum=-1.378;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,17:34:99:540,0,551 X 307888 . CGGCCCTCCCATGAGGCATGCGGTGTAGACGCG C 1309.09 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=334.6546;MQ0=0;MQ=49.42;QD=119.01;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.06:1351,33,0 X 320580 . T C 123.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.482;DP=16;Dels=0.00;FS=4.467;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.34;MQRankSum=1.588;QD=7.69;ReadPosRankSum=-0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:153,0,247 X 322161 . A G 330 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.817;DP=32;Dels=0.00;FS=3.561;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.171;QD=10.31;ReadPosRankSum=0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,14:32:99:360,0,484 X 322257 . G A 556.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.778;DP=41;Dels=0.00;FS=2.709;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=-0.535;QD=13.58;ReadPosRankSum=0.978;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,20:41:99:587,0,588 X 322386 . C T 63.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.358;QD=12.80;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:51.81:94,0,52 X 484552 . C T 75.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.358;QD=15.11;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:60.85:106,0,61 X 505946 . TAC T 412.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=45.1176;MQ0=0;MQ=60.83;QD=34.37;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33.11:454,33,0 X 1314931 . C T 175.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.228;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ0=0;MQ=55.92;MQRankSum=0.896;QD=15.96;ReadPosRankSum=0.678;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,7:11:98.97:206,0,99 X 1331495 . G C 397.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.485;DP=26;Dels=0.00;FS=1.657;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.916;QD=15.29;ReadPosRankSum=0.539;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,17:26:99:428,0,248 X 1404832 . T G 1240.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.403;DP=115;Dels=0.00;FS=2.412;HRun=0;HaplotypeScore=2.8731;MQ0=0;MQ=58.79;MQRankSum=-0.610;QD=10.79;ReadPosRankSum=1.020;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:63,52:115:99:1271,0,1585 X 1404910 . C A 256.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.976;DP=32;Dels=0.00;FS=4.638;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.29;MQRankSum=-1.270;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:286,0,744 X 1404964 . A G 78.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.447;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.65;MQRankSum=-1.447;QD=7.80;ReadPosRankSum=1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:108,0,199 X 1407273 . G A 229.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.180;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=48.40;MQRankSum=-1.945;QD=15.29;ReadPosRankSum=-2.416;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,9:15:99:259,0,176 X 1407281 . G A 308.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.723;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.55;MQRankSum=-1.595;QD=15.42;ReadPosRankSum=-0.532;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:338,0,228 X 1407332 . G A 910.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.641;DP=58;Dels=0.00;FS=11.309;HRun=0;HaplotypeScore=2.8917;MQ0=0;MQ=56.89;MQRankSum=0.079;QD=15.69;ReadPosRankSum=-1.224;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,35:58:99:940,0,560 X 1407796 . CAT C 185.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.186;DP=23;FS=2.682;HRun=0;HaplotypeScore=71.2390;MQ0=0;MQ=60.47;MQRankSum=1.575;QD=8.06;ReadPosRankSum=-1.575;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:224,0,939 X 1409420 . G T 1296.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.461;DP=108;Dels=0.00;FS=0.774;HRun=1;HaplotypeScore=4.9254;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=0.851;QD=12.01;ReadPosRankSum=1.330;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,54:108:99:1327,0,1480 X 1414225 . C T 345.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.000;DP=27;Dels=0.00;FS=3.123;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.610;QD=12.79;ReadPosRankSum=-0.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:375,0,465 X 1414419 . G A 1002.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.734;DP=90;Dels=0.00;FS=2.308;HRun=1;HaplotypeScore=2.8673;MQ0=0;MQ=57.50;MQRankSum=-1.002;QD=11.14;ReadPosRankSum=0.242;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:47,43:90:99:1033,0,1431 X 1414496 . A T 447.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.175;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.16;MQRankSum=2.008;QD=22.38;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,15:20:10.35:477,0,10 X 1419571 . C G 419.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.775;DP=28;Dels=0.00;FS=1.619;HRun=1;HaplotypeScore=3.9662;MQ0=0;MQ=59.11;MQRankSum=-0.047;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,17:28:99:450,0,304 X 1422868 . G A 1637.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.856;DP=145;Dels=0.00;FS=0.623;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ0=0;MQ=59.12;MQRankSum=0.030;QD=11.29;ReadPosRankSum=0.726;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:80,65:145:99:1668,0,2168 X 1428607 . C T 101.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.000;QD=16.92;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:63.18:131,0,63 X 1464184 . G T 868.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.250;DP=113;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2258;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=-0.394;QD=7.68;ReadPosRankSum=-0.612;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:78,35:113:99:898,0,2165 X 1467219 . G C 126.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9995;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.919;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:157,0,277 X 1531457 . C T 98.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.45;MQRankSum=-1.300;QD=14.01;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:99:128,0,100 X 1531520 . C G 705.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.717;DP=45;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=59.00;MQRankSum=0.580;QD=15.68;ReadPosRankSum=-1.285;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,24:45:99:736,0,705 X 1531765 . C G 716.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.641;DP=50;Dels=0.00;FS=2.777;HRun=1;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.922;QD=14.32;ReadPosRankSum=-1.311;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:746,0,555 X 1531770 . T C 608.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.343;DP=46;Dels=0.00;FS=9.382;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.24;MQRankSum=0.363;QD=13.23;ReadPosRankSum=-0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,22:46:99:638,0,564 X 1531838 . A G 136.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.90;MQRankSum=0.529;QD=11.38;ReadPosRankSum=-1.134;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:167,0,204 X 1531851 . AAG A 138.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=33.9788;MQ0=0;MQ=61.53;MQRankSum=0.736;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.736;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:36.02:178,0,36 X 1713021 . C T 741.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.078;DP=50;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=0;HaplotypeScore=1.5253;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.427;QD=14.84;ReadPosRankSum=-1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,26:50:99:772,0,590 X 1713168 . C T 415.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.738;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.23;MQRankSum=0.539;QD=13.85;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:446,0,374 X 1718008 . T G 97.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.289;DP=12;Dels=0.00;FS=2.881;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.82;MQRankSum=-0.289;QD=8.10;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,4:12:99:127,0,214 X 1748581 . A C 236.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.048;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.103;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.208;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:267,0,252 X 1748910 . T C 352.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.357;DP=17;Dels=0.00;FS=4.523;HRun=0;HaplotypeScore=3.9503;MQ0=0;MQ=58.90;MQRankSum=2.161;QD=20.73;ReadPosRankSum=-0.854;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,11:17:99:382,0,176 X 1751909 . GA G 128.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=15.9044;MQ0=0;MQ=65.19;QD=21.38;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.02:170,18,0 X 1752017 . G T 1176.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.166;DP=105;Dels=0.00;FS=0.858;HRun=1;HaplotypeScore=3.6795;MQ0=0;MQ=59.54;MQRankSum=0.119;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:57,48:105:99:1206,0,1634 X 1755236 . G A 385.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.297;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.273;QD=11.67;ReadPosRankSum=0.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,14:33:99:415,0,520 X 1755460 . TG T 1408.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.021;DP=115;FS=0.748;HRun=1;HaplotypeScore=296.2919;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=0.725;QD=12.25;ReadPosRankSum=0.672;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:72,43:115:99:1448,0,3031 X 2408437 . G A 321.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.94;MQRankSum=-0.708;QD=11.89;ReadPosRankSum=-1.879;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:351,0,359 X 2632482 . C T 1492.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.189;DP=117;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8905;MQ0=0;MQ=57.95;MQRankSum=2.299;QD=12.76;ReadPosRankSum=-1.446;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:54,63:117:99:1523,0,1278 X 2638499 . G A 780.30 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.435;DP=62;Dels=0.00;FS=1.279;HRun=0;HaplotypeScore=1.7262;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.056;QD=12.59;ReadPosRankSum=-0.324;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,31:62:99:810,0,1011 X 2645366 . G C 175.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=17;Dels=0.00;FS=4.560;HRun=0;HaplotypeScore=1.5317;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.537;QD=10.33;ReadPosRankSum=0.537;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:206,0,291 X 2658783 . C A 428.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.333;DP=41;Dels=0.00;FS=3.708;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.51;MQRankSum=-0.850;QD=10.46;ReadPosRankSum=-0.065;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:459,0,644 X 2658800 . T C 634.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.129;DP=52;Dels=0.00;FS=1.131;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.83;MQRankSum=-0.395;QD=12.21;ReadPosRankSum=-0.174;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,24:52:99:665,0,675 X 2692597 . T C 80.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=20.12;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:24.09:110,0,24 X 2692710 . A G 1068.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.593;DP=65;Dels=0.00;FS=2.591;HRun=0;HaplotypeScore=1.8937;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.403;QD=16.43;ReadPosRankSum=-2.567;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,36:65:99:1098,0,846 X 2701355 rs113564299 C CA 146.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=23.1207;MQ0=0;MQ=53.82;QD=24.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:15.05:189,15,0 X 2832742 rs211648 G C 544.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.640;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=12.919;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.71;MQRankSum=-1.498;QD=7.67;ReadPosRankSum=-1.349;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,22:71:99:575,0,1532 X 2832771 rs78142040 C T 912.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.664;DB;DP=92;Dels=0.00;FS=2.819;HRun=1;HaplotypeScore=0.9789;MQ0=0;MQ=56.76;MQRankSum=-1.847;QD=9.91;ReadPosRankSum=0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,37:92:99:942,0,1389 X 2832787 rs73632954 A G 1135.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.515;DB;DP=106;Dels=0.00;FS=3.603;HRun=0;HaplotypeScore=2.2912;MQ0=0;MQ=56.55;MQRankSum=-1.685;QD=10.71;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,48:106:99:1165,0,1430 X 2832860 rs73632955 G A 540.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.001;DB;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9860;MQ0=0;MQ=57.60;MQRankSum=-1.123;QD=11.50;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,21:47:99:570,0,762 X 2832871 rs115343387 A G 358.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.003;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.30;MQRankSum=-1.455;QD=10.87;ReadPosRankSum=1.492;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:389,0,629 X 2832880 . A AAT 347.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.730;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=116.0706;MQ0=0;MQ=58.95;MQRankSum=-0.109;QD=15.80;ReadPosRankSum=2.209;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:22:99:387,0,510 X 2833643 rs115332247 C A 207.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.888;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=4.084;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.46;MQRankSum=-4.206;QD=6.49;ReadPosRankSum=-2.579;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,11:32:99:238,0,575 X 2833749 rs112924969 T C 155.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.76;MQRankSum=-1.067;QD=19.48;ReadPosRankSum=1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:53.56:186,0,54 X 2833752 rs115063380 C T 155.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.76;MQRankSum=-1.589;QD=19.40;ReadPosRankSum=1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:44.13:185,0,44 X 2835831 rs75490251 C T 91.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.82;MQRankSum=-2.017;QD=11.45;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:71.45:122,0,71 X 2835863 rs78034736 G T 215.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.261;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=4.752;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.94;MQRankSum=-2.069;QD=12.69;ReadPosRankSum=-0.337;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:246,0,168 X 2835964 rs73632972 G A 180.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.562;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=11.139;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.86;MQRankSum=-2.488;QD=12.02;ReadPosRankSum=-0.984;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:210,0,196 X 2835998 rs113556864 CCCACGCCGG C 364.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DB;DP=11;FS=7.404;HRun=0;HaplotypeScore=216.9866;MQ0=0;MQ=47.10;MQRankSum=-2.637;QD=33.14;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:404,0,655 X 3450150 rs34837244 T TA 498.76 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.552;DB;DP=23;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=60.3148;MQ0=0;MQ=59.47;MQRankSum=1.187;QD=21.69;ReadPosRankSum=1.004;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,18:23:32.49:541,32,0 X 9659767 rs59911855 T TG 404.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=92.9666;MQ0=0;MQ=59.72;QD=23.80;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,12:17:36.11:447,36,0 X 13785563 . G GA 317.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=23.2708;MQ0=0;MQ=61.94;QD=28.85;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:27.09:359,27,0 X 15677251 . T TG 195.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=10.9282;MQ0=0;MQ=60.00;QD=32.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:237,18,0 X 15711209 rs1996225 C T 172.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.191;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8735;MQ0=0;MQ=46.78;MQRankSum=2.426;QD=14.40;ReadPosRankSum=1.378;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:203,0,103 X 16709626 rs5980322 G A 691.74 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.600;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=0.000;QD=26.61;ReadPosRankSum=1.467;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:57.17:725,57,0 X 16876980 rs4828536 G A 488.42 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.349;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=5.563;HRun=1;HaplotypeScore=3.9812;MQ0=0;MQ=58.96;MQRankSum=1.542;QD=27.13;ReadPosRankSum=1.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:13.59:521,14,0 X 17705850 rs5901624 C CT 1936.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=46;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=85.8992;MQ0=0;MQ=60.21;QD=42.10;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,46:46:99:1978,138,0 X 22244528 rs68100043 ATT A 193.46 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.751;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=36.0216;MQ0=0;MQ=52.89;MQRankSum=0.751;QD=21.50;ReadPosRankSum=0.751;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:9:17.77:235,18,0 X 24807111 . C T 440.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.564;DP=83;Dels=0.00;FS=4.829;HRun=1;HaplotypeScore=4.5535;MQ0=3;MQ=53.36;MQRankSum=-5.533;QD=5.31;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:55,28:83:99:470,0,1487 X 24807159 . C T 410.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.038;DP=80;Dels=0.00;FS=3.624;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=6;MQ=52.27;MQRankSum=-4.417;QD=5.13;ReadPosRankSum=0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:50,30:80:99:440,0,1260 X 32867945 rs79920566 T TA 338.75 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=14;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=34.1668;MQ0=0;MQ=61.53;QD=24.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,11:14:33.10:381,33,0 X 35971670 rs6632432 A C 303.89 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.741;QD=30.39;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.22:334,0,9 X 35971684 rs6629023 A G 477.40 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.091;DB;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.274;QD=25.13;ReadPosRankSum=-1.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,18:19:2.82:507,3,0 X 35984887 rs10482306 G A 608.31 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.400;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=5.855;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.742;QD=27.65;ReadPosRankSum=0.971;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,20:22:12.41:641,12,0 X 36162684 rs112700338 C CTG 443.03 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=20.1717;MQ0=0;MQ=59.85;QD=49.23;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:485,27,0 X 44935924 rs11309294 CT C 64.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=11;FS=4.771;HRun=13;HaplotypeScore=52.3036;MQ0=0;MQ=54.25;MQRankSum=0.751;QD=5.85;ReadPosRankSum=0.751;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:11:5.18:103,0,5 X 48163148 . A G 1106.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.044;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.41;MQRankSum=-0.578;QD=28.37;ReadPosRankSum=-0.044;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,38:39:50.98:1140,51,0 X 50121146 rs35830302 A AG 361.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=10;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=21.2341;MQ0=0;MQ=56.16;QD=36.20;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.09:404,27,0 X 50350758 . C CTGCTGCTGCTGT 1001.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=74.4139;MQ0=0;MQ=40.86;QD=111.33;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,5:9:27.09:1044,27,0 X 52891619 rs66488051 GT G 206.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.165;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=101.2587;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.193;QD=13.80;ReadPosRankSum=0.225;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:15:99:246,0,210 X 52891645 rs75808475 A G 262.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.498;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.322;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.498;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,14:24:99:292,0,214 X 52891653 rs73206488 C T 305.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.195;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=3.558;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.805;QD=11.31;ReadPosRankSum=1.098;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,15:27:99:335,0,281 X 70774984 rs59360802 T TTG 143.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=68.3979;MQ0=0;MQ=48.61;MQRankSum=0.742;QD=15.94;ReadPosRankSum=0.742;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:5.91:182,0,6 X 74546693 . AT A 579.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=60.9427;MQ0=0;MQ=58.23;QD=34.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.15:622,51,0 X 76937963 rs3088074 G C 1473.07 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.688;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.955;QD=32.73;ReadPosRankSum=-0.248;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,43:45:72.61:1506,73,0 X 77254265 rs113824923 G GT 174.25 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=11.2324;MQ0=0;MQ=61.78;QD=29.04;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15.05:216,15,0 X 77276413 rs113968994 C A 621.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.467;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=4.607;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.28;MQRankSum=1.600;QD=23.89;ReadPosRankSum=1.600;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,25:26:24.55:654,25,0 X 77286830 rs72083715 CT C 312.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=29.3215;MQ0=0;MQ=60.00;QD=28.44;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.08:355,33,0 X 79829049 rs1848539 C T 1064.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.444;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.059;QD=29.58;ReadPosRankSum=0.770;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,35:36:58.74:1098,59,0 X 92748724 rs111610498 A AC 1351.33 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=35;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=76.8283;MQ0=0;MQ=60.48;QD=38.61;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,35:35:99:1393,105,0 X 99410964 rs1962318 C T 400.36 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.542;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=53.65;MQRankSum=0.193;QD=22.24;ReadPosRankSum=-1.542;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,17:18:36.08:433,36,0 X 100166362 . T C 876.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.990;DP=28;Dels=0.00;FS=4.929;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.238;QD=31.31;ReadPosRankSum=1.609;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,27:28:35.26:910,35,0 X 100265552 rs5921705 T A 820.13 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.056;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=-0.503;QD=26.46;ReadPosRankSum=-0.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:29.88:853,30,0 X 100356021 . ATAACT A 1019.73 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=111.6045;MQ0=0;MQ=36.65;QD=53.67;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,17:19:51.18:1062,51,0 X 100357417 rs71898493 CT C 452.30 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=48.1965;MQ0=0;MQ=56.27;QD=22.62;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:54.03:494,54,0 X 100547933 rs5951328 A G 2687.96 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.249;DB;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9698;MQ0=0;MQ=57.84;MQRankSum=1.692;QD=31.26;ReadPosRankSum=1.249;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,85:86:99:2721,181,0 X 100793995 rs6523510 G C 739.17 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.839;DB;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.286;QD=23.84;ReadPosRankSum=-1.509;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,30:31:22.40:772,22,0 X 102343317 rs34088564 T TA 139.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DB;DP=7;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=13.0493;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.742;QD=19.96;ReadPosRankSum=-0.742;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:5:178,0,5 X 102864565 rs74490974 G A 290.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.866;DB;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=1;MQ=54.15;MQRankSum=-2.825;QD=8.07;ReadPosRankSum=-1.972;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,12:36:99:321,0,695 X 102864568 rs75427253 G A 228.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DB;DP=33;Dels=0.00;FS=3.902;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=-2.487;QD=6.92;ReadPosRankSum=-2.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:258,0,694 X 102930960 rs874 A G 265.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.751;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.39;MQRankSum=0.751;QD=29.50;ReadPosRankSum=0.751;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,8:9:6.35:295,0,6 X 104464276 rs66463437 CA C 379.16 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=69.2652;MQ0=0;MQ=33.04;QD=34.47;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,9:11:33.11:421,33,0 X 104464281 rs56118606 TC T 353.84 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=11;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=71.7976;MQ0=0;MQ=33.04;QD=32.17;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,11:11:33.10:396,33,0 X 106296438 . G A 229.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.167;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.27;MQRankSum=-4.646;QD=7.65;ReadPosRankSum=2.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:259,0,508 X 106296453 . A T 226.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.481;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.57;MQRankSum=-4.664;QD=7.29;ReadPosRankSum=3.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,14:31:99:256,0,516 X 107332133 . GA G 189.83 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=21.4850;MQ0=0;MQ=60.00;QD=21.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,8:9:24.04:232,24,0 X 107393330 rs72186554 T TG 672.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=17;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=35.2066;MQ0=0;MQ=61.26;QD=39.56;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,17:17:51.17:714,51,0 X 107402684 rs73251797 G A 320.45 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.992;DB;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8110;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=0.248;QD=22.89;ReadPosRankSum=-0.744;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,13:14:2.51:350,3,0 X 114659662 rs111431220 A AG 303.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=8;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=43.5116;MQ0=0;MQ=60.00;QD=37.98;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:346,24,0 X 116097506 . AGAC A 200 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=7;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=28.9019;MQ0=0;MQ=63.61;QD=28.57;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,6:7:18.06:242,18,0 X 117262732 rs74340000 C CG 408.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=12;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=29.5170;MQ0=0;MQ=60.90;QD=34.03;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,12:12:33.11:450,33,0 X 118281635 rs11405916 G GC 209.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=10.9069;MQ0=0;MQ=61.78;QD=34.94;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:252,18,0 X 119509084 . 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C CA 94.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.798;DP=34;FS=3.524;HRun=15;HaplotypeScore=138.6451;MQ0=0;MQ=58.22;MQRankSum=1.558;QD=2.77;ReadPosRankSum=-1.127;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:34:99:133,0,175 X 134156121 rs2475853 G C 723.02 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=6.628;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.70;MQRankSum=1.589;QD=30.13;ReadPosRankSum=1.156;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,23:24:33.57:756,34,0 X 135080623 rs72209004 C CT 98.70 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=12;HaplotypeScore=22.0328;MQ0=0;MQ=56.04;MQRankSum=0.736;QD=16.45;ReadPosRankSum=0.736;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:11.19:140,11,0 X 135430044 rs877761 T C 1581.08 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.889;DB;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-1.973;QD=27.74;ReadPosRankSum=-0.195;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,55:57:84.64:1614,85,0 X 135435475 rs34980980 AT A 129.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DB;DP=9;FS=0.000;HRun=9;HaplotypeScore=24.7183;MQ0=0;MQ=58.25;MQRankSum=-0.747;QD=14.37;ReadPosRankSum=0.747;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:10.62:168,0,11 X 135474444 rs34255702 AGAT A 957.82 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=20;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=128.3950;MQ0=0;MQ=53.27;QD=47.89;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,20:20:60.21:1000,60,0 X 135956408 rs76876438 A G 749.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.204;DB;DP=76;Dels=0.00;FS=6.764;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=7;MQ=45.60;MQRankSum=-6.383;QD=9.87;ReadPosRankSum=-2.088;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,39:76:99:780,0,905 X 135956462 rs74463481 G C 930.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.504;DB;DP=130;Dels=0.00;FS=9.869;HRun=1;HaplotypeScore=1.6498;MQ0=3;MQ=44.10;MQRankSum=-5.764;QD=7.16;ReadPosRankSum=-0.985;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:70,60:130:99:961,0,1894 X 135956467 rs35899675 C T 931.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.627;DB;DP=136;Dels=0.00;FS=15.263;HRun=2;HaplotypeScore=4.6098;MQ0=3;MQ=43.47;MQRankSum=-5.487;QD=6.85;ReadPosRankSum=-1.286;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:73,63:136:99:961,0,2206 X 135956506 rs77794331 C G 702.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.903;DB;DP=137;Dels=0.00;FS=22.483;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=3;MQ=44.28;MQRankSum=-6.366;QD=5.13;ReadPosRankSum=2.585;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:81,56:137:99:732,0,2117 X 135956571 . T TGG 195.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.623;DP=74;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=305.2451;MQ0=0;MQ=49.77;MQRankSum=-3.582;QD=2.10;ReadPosRankSum=-0.780;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:71,22:74:99:234,0,2550 X 135960146 . G GAA 196.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.873;DP=18;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=65.6085;MQ0=0;MQ=50.61;MQRankSum=-0.986;QD=10.93;ReadPosRankSum=0.591;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,5:18:99:236,0,525 X 140993642 rs176037 C T 576.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.174;DB;DP=27;Dels=0.00;FS=6.226;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=54.77;MQRankSum=3.105;QD=21.36;ReadPosRankSum=0.171;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,23:27:40.12:607,0,40 X 140993877 rs176039 C A 173.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.024;DB;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.1567;MQ0=0;MQ=40.78;MQRankSum=-0.630;QD=6.96;ReadPosRankSum=-2.929;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:204,0,308 X 140994085 rs176046 C G 653.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.241;DB;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=3;MQ=46.88;MQRankSum=1.491;QD=22.53;ReadPosRankSum=-0.722;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:3,26:29:54.13:686,54,0 X 142795225 rs3859898 G A 5328.44 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.218;DB;DP=203;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8354;MQ0=23;MQ=46.99;MQRankSum=3.543;QD=26.25;ReadPosRankSum=3.142;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:17,186:203:99:5328,415,0 X 143392560 . AAG A 330.72 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=26.7516;MQ0=0;MQ=61.34;QD=41.34;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,8:8:24.08:373,24,0 X 148048207 rs111499310 CTT C 311.88 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-1.735;DB;DP=21;FS=0.000;HRun=15;HaplotypeScore=105.9992;MQ0=0;MQ=56.49;MQRankSum=1.542;QD=14.85;ReadPosRankSum=-1.349;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:5,13:21:25.48:354,25,0 X 150162235 rs6627833 C T 350.19 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.935;DB;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=0.935;QD=26.94;ReadPosRankSum=-1.470;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:4.56:381,5,0 X 150349557 rs68058591 CCACCACTGGCCA C 2778.22 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=37;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=468.2199;MQ0=0;MQ=40.33;QD=75.09;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,35:37:99:2820,102,0 X 150789334 rs5904324 T TA 184.60 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=12.4466;MQ0=0;MQ=60.00;QD=30.77;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:227,18,0 X 151283436 rs67540048 ATTATC A 924.54 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=94.2418;MQ0=0;MQ=35.99;QD=57.78;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,16:15:45.14:967,45,0 X 151899913 rs2233055 T C 2560.97 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.196;DB;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=58.25;MQRankSum=1.608;QD=30.49;ReadPosRankSum=1.031;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,83:84:99:2594,165,0 X 152610224 rs35024993 CGTGACCTCT C 1528.28 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=229.3913;MQ0=0;MQ=37.14;QD=63.68;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:6,18:24:57.16:1570,57,0 X 153010665 rs72616453 G A 58.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DB;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.43;MQRankSum=-1.754;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:64.08:88,0,64 X 153010680 rs72616454 G C 55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.988;DB;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.65;MQRankSum=-1.537;QD=9.17;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:60.31:85,0,60 X 153418468 rs72616469 G C 323.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.256;DB;DP=50;Dels=0.00;FS=1.192;HRun=0;HaplotypeScore=1.8455;MQ0=1;MQ=43.43;MQRankSum=-4.694;QD=6.47;ReadPosRankSum=0.392;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,23:50:99:354,0,807 X 153690709 rs72227759 CTGG C 196.20 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DB;DP=6;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=24.5915;MQ0=0;MQ=41.96;QD=32.70;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,5:6:15.05:238,15,0 X 153693811 rs5945429 C T 784.06 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.975;DB;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.09;MQRankSum=1.191;QD=24.50;ReadPosRankSum=-0.325;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,31:32:28.40:817,28,0 X 154300551 . TCAAA T 455 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=52.0473;MQ0=0;MQ=55.21;QD=45.50;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,9:10:27.09:497,27,0 X 155125435 . AG A 218.52 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=8;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=19.0928;MQ0=0;MQ=60.00;QD=27.32;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,7:8:21.07:260,21,0 X 155214964 . T C 54.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.70;MQRankSum=-1.300;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:84.01:84,0,102 X 155215014 . CTTACTTAGCTCTAT C 376.44 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=135.5854;MQ0=0;MQ=49.51;MQRankSum=-2.450;QD=37.64;ReadPosRankSum=1.098;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:415,0,359 X 155215152 . TC T 564.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=59.7930;MQ0=1;MQ=43.89;QD=26.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,20:19:54.15:606,54,0 X 155215244 . G T 891.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.625;DP=84;Dels=0.00;FS=1.860;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=56.39;MQRankSum=-0.826;QD=10.61;ReadPosRankSum=-1.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:45,39:84:99:921,0,1312 X 155215373 . C T 658.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.975;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=-0.559;QD=10.97;ReadPosRankSum=0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,26:60:99:688,0,1007 X 155215551 . G A 648.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.418;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9727;MQ0=0;MQ=45.67;MQRankSum=-3.219;QD=17.06;ReadPosRankSum=0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,27:38:99:678,0,291 X 155215920 . C T 296.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.933;DP=31;Dels=0.00;FS=5.316;HRun=0;HaplotypeScore=1.9638;MQ0=1;MQ=50.31;MQRankSum=-2.681;QD=9.56;ReadPosRankSum=-0.187;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,15:31:99:326,0,425 X 155215952 . A C 158.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.674;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=46.33;MQRankSum=-3.715;QD=7.94;ReadPosRankSum=-2.817;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,10:20:99:189,0,345 X 155231280 . T TG 806.79 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=260.1599;MQ0=0;MQ=46.33;QD=35.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,22:23:66.13:849,66,0 X 155231291 . G GGT 503.38 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=9;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=169.1904;MQ0=0;MQ=29.00;QD=55.93;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,9:9:27.09:545,27,0 X 155231305 . TA T 191.95 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=6;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=134.6903;MQ0=0;MQ=29.00;QD=31.99;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:0,6:6:18.06:234,18,0 Y 3720277 rs7067239 T G 80.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-2.017;QD=10.10;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:96.81:111,0,97 Y 3720302 rs6530622 G A 113.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.881;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.47;MQRankSum=-2.219;QD=12.57;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:143,0,100 Y 3720319 rs7067364 A C 79.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.219;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.72;MQRankSum=-2.219;QD=8.85;ReadPosRankSum=1.881;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:110,0,125 Y 3720321 . A G 70.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.909;DP=14;Dels=0.00;FS=6.008;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.93;MQRankSum=-2.899;QD=5.05;ReadPosRankSum=2.192;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:101,0,249 Y 3720336 rs35660147 G A 98.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.001;DB;DP=15;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.81;MQRankSum=-3.123;QD=6.54;ReadPosRankSum=-0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:128,0,296 Y 3720338 rs34780874 C CT 203.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DB;DP=15;FS=2.363;HRun=1;HaplotypeScore=123.6742;MQ0=0;MQ=46.89;MQRankSum=-3.241;QD=13.55;ReadPosRankSum=-0.884;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,5:15:99:242,0,333 Y 3720463 rs7892911 G A 118.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.920;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-1.517;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:96.59:149,0,97 Y 3720464 rs7892879 C A 118.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.684;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-1.221;QD=14.87;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:92.35:149,0,92 Y 10011498 rs62608666 G C 224.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.427;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=4.598;HRun=0;HaplotypeScore=4.8264;MQ0=3;MQ=41.11;MQRankSum=-3.665;QD=9.37;ReadPosRankSum=-1.042;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:24:99:255,0,164 Y 10011502 rs75588635 A G 156.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.306;DB;DP=24;Dels=0.00;FS=1.987;HRun=0;HaplotypeScore=4.8264;MQ0=3;MQ=40.88;MQRankSum=-1.977;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.410;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,7:24:99:186,0,213 Y 10011604 rs112557186 C CTT 394.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.628;DB;DP=16;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=88.6003;MQ0=1;MQ=39.41;MQRankSum=-3.413;QD=17.14;ReadPosRankSum=-0.788;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,15:16:99:433,0,344 Y 10029308 rs75275679 A T 433.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.495;DB;DP=42;Dels=0.00;FS=3.445;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=3;MQ=45.75;MQRankSum=0.469;QD=10.33;ReadPosRankSum=1.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,26:42:99:464,0,390 Y 10029322 rs75297592 T C 698.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.355;DB;DP=45;Dels=0.00;FS=1.723;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=6;MQ=41.87;MQRankSum=-2.121;QD=15.53;ReadPosRankSum=-1.615;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,39:45:99:729,0,157 Y 10029636 . AT A 99.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=29;FS=17.681;HRun=3;HaplotypeScore=174.5595;MQ0=0;MQ=48.19;MQRankSum=-1.484;QD=3.22;ReadPosRankSum=0.420;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,8:29:99:139,0,867 Y 10029711 rs78505352 A C 87.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.869;DB;DP=12;Dels=0.00;FS=8.751;HRun=0;HaplotypeScore=3.9607;MQ0=0;MQ=46.03;MQRankSum=-2.843;QD=7.31;ReadPosRankSum=-1.813;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:118,0,203 Y 13266499 rs4242830 A G 140.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.589;DB;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.93;MQRankSum=0.572;QD=15.62;ReadPosRankSum=-1.589;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:56.83:171,0,57 Y 13300027 rs78687790 G A 138.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.694;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.25;MQRankSum=-2.858;QD=8.15;ReadPosRankSum=0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:168,0,180 Y 13310688 . TG T 125.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DP=20;FS=2.808;HRun=1;HaplotypeScore=166.4580;MQ0=0;MQ=47.85;MQRankSum=-3.093;QD=5.72;ReadPosRankSum=2.351;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:20:99:165,0,569 Y 13310691 . TC T 107.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.423;DP=20;FS=2.808;HRun=2;HaplotypeScore=168.2634;MQ0=0;MQ=47.85;MQRankSum=-3.258;QD=4.88;ReadPosRankSum=2.186;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,8:20:99:146,0,530 Y 13310719 rs79308907 G A 145.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.085;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=6.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=47.44;MQRankSum=-4.062;QD=6.32;ReadPosRankSum=-1.147;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:175,0,262 Y 13310721 rs62599741 C A 141.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.465;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=6.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=47.44;MQRankSum=-4.062;QD=6.15;ReadPosRankSum=-1.519;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:172,0,261 Y 13310740 rs75526384 G A 156.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.813;DB;DP=22;Dels=0.00;FS=10.532;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.82;MQRankSum=-3.989;QD=7.11;ReadPosRankSum=-1.945;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,10:22:99:186,0,275 Y 13310768 rs79431658 G C 121.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.345;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.33;MQRankSum=-3.908;QD=5.80;ReadPosRankSum=0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:152,0,307 Y 13310775 rs79927335 A G 130.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.216;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.39;MQRankSum=-3.799;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:161,0,265 Y 13310784 rs75891039 T G 161.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.267;DB;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.39;MQRankSum=-3.799;QD=8.05;ReadPosRankSum=1.292;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:191,0,241 Y 13312756 rs79068638 A G 546.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.759;DB;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=41.37;MQRankSum=-5.516;QD=11.38;ReadPosRankSum=3.181;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,33:48:99:576,0,289 Y 13470805 rs80192207 G A 209.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.696;DB;DP=30;Dels=0.00;FS=2.527;HRun=0;HaplotypeScore=3.8936;MQ0=0;MQ=45.23;MQRankSum=-4.687;QD=6.98;ReadPosRankSum=-1.493;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,15:30:99:239,0,481 Y 13488480 . G A 120.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.115;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=12.4047;MQ0=0;MQ=42.33;MQRankSum=-3.799;QD=6.05;ReadPosRankSum=-0.912;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:151,0,301 Y 13488484 rs80099444 T G 119.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.345;DB;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.5022;MQ0=0;MQ=43.34;MQRankSum=-3.908;QD=5.70;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,11:21:99:150,0,306 Y 13537278 rs62604955 G A 539.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.237;DB;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ0=0;MQ=51.18;MQRankSum=-1.780;QD=23.47;ReadPosRankSum=-1.141;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,20:23:15.40:570,0,15 Y 13537392 rs62604956 A T 1369.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.092;DB;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.13;MQRankSum=-4.330;QD=19.29;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,60:71:99:1400,0,180 Y 13541199 rs75346021 A G 150.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.329;DB;DP=17;Dels=0.00;FS=5.426;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.24;MQRankSum=-3.387;QD=8.83;ReadPosRankSum=-0.953;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,8:17:99:180,0,244 Y 13541232 rs75435194 A T 177.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DB;DP=18;Dels=0.00;FS=19.445;HRun=0;HaplotypeScore=3.5742;MQ0=0;MQ=44.07;MQRankSum=-3.620;QD=9.87;ReadPosRankSum=-0.618;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:208,0,269 Y 13541288 rs78714833 G A 556.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.491;DB;DP=26;Dels=0.00;FS=2.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.72;MQRankSum=-2.221;QD=21.41;ReadPosRankSum=-0.396;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,20:26:99:587,0,141 Y 13541293 . AT A 742.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.435;DP=29;FS=5.137;HRun=3;HaplotypeScore=152.8452;MQ0=0;MQ=48.69;MQRankSum=-1.761;QD=25.60;ReadPosRankSum=-1.241;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,24:29:99:782,0,129 Y 13541454 rs75007464 T C 55.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DB;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.77;MQRankSum=-1.231;QD=11.05;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:56.19:85,0,56 Y 14107314 . T C 94.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.61;MQRankSum=-1.532;QD=8.60;ReadPosRankSum=-1.749;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:125,0,149 Y 28817222 . G A 100.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.214;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=0;MQ=47.21;MQRankSum=-2.166;QD=10.02;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:99:130,0,101 Y 28817225 . A G 97.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=0;MQ=47.21;MQRankSum=-2.166;QD=9.71;ReadPosRankSum=-0.546;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:92.31:127,0,92 Y 28817238 rs9786889 G A 60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5801;MQ0=0;MQ=48.24;MQRankSum=-1.380;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:8:57.73:90,0,58 Y 28817240 . A G 62.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.017;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5801;MQ0=0;MQ=48.24;MQRankSum=-0.922;QD=7.76;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:69.03:92,0,69 Y 59017206 rs2527411 A G 130.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.067;DB;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.14;MQRankSum=-1.589;QD=16.35;ReadPosRankSum=-0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:26.72:161,0,27 Y 59017238 rs7067355 A G 80.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.470;DB;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9782;MQ0=0;MQ=50.01;MQRankSum=-2.450;QD=8.04;ReadPosRankSum=0.103;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:110,0,110 GL000229.1 12461 . A G 216.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.994;DP=39;Dels=0.00;FS=3.497;HRun=0;HaplotypeScore=9.8508;MQ0=0;MQ=49.94;MQRankSum=-2.905;QD=5.55;ReadPosRankSum=-0.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,13:39:99:246,0,636 GL000229.1 13276 . T G 1982.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.587;DP=171;Dels=0.00;FS=12.717;HRun=2;HaplotypeScore=12.3193;MQ0=2;MQ=46.23;MQRankSum=-7.969;QD=11.59;ReadPosRankSum=-1.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:69,102:171:99:2013,0,1730 GL000229.1 13746 . G T 296.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.469;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9933;MQ0=0;MQ=54.37;MQRankSum=1.585;QD=10.60;ReadPosRankSum=1.861;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,14:28:99:327,0,298 GL000229.1 13903 . A C 217.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.782;DP=43;Dels=0.00;FS=16.194;HRun=0;HaplotypeScore=2.9834;MQ0=1;MQ=51.94;MQRankSum=-3.074;QD=5.05;ReadPosRankSum=-0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,14:43:99:247,0,898 GL000229.1 14222 . A G 281.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.765;DP=43;Dels=0.00;FS=1.939;HRun=1;HaplotypeScore=6.8184;MQ0=4;MQ=48.97;MQRankSum=-4.229;QD=6.54;ReadPosRankSum=-1.227;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,19:43:99:311,0,804 GL000229.1 14307 . G T 119.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.823;DP=21;Dels=0.00;FS=8.392;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=1;MQ=50.94;MQRankSum=0.872;QD=5.68;ReadPosRankSum=1.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,7:21:99:149,0,376 GL000229.1 14341 . A G 90.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.776;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9185;MQ0=0;MQ=48.47;MQRankSum=-3.163;QD=6.44;ReadPosRankSum=-0.710;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:120,0,225 GL000231.1 15424 . C G 70.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.300;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=52.19;MQRankSum=-0.937;QD=10.02;ReadPosRankSum=-1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:66.56:100,0,67 GL000231.1 15440 . C T 65.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.23;MQRankSum=-1.638;QD=8.19;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:74.49:96,0,74 GL000231.1 15442 . T C 68.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.23;MQRankSum=-0.922;QD=8.62;ReadPosRankSum=1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:74.47:99,0,74 GL000231.1 15459 . A G 73.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=8;Dels=0.00;FS=3.136;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.23;MQRankSum=-0.956;QD=9.23;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:65.82:104,0,66 GL000231.1 18127 . A G 235.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.733;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.368;QD=14.70;ReadPosRankSum=0.788;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,8:16:99:265,0,246 GL000231.1 18281 . A G 212.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.894;DP=28;Dels=0.00;FS=6.262;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.69;MQRankSum=-2.949;QD=7.61;ReadPosRankSum=0.935;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,10:28:99:243,0,461 GL000235.1 1594 . T A 56.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.7637;MQ0=0;MQ=47.45;MQRankSum=-2.219;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:86.18:86,0,123 GL000235.1 1654 . T G 191.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=43.36;MQRankSum=-3.464;QD=11.25;ReadPosRankSum=-1.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:221,0,136 GL000235.1 1681 . G A 163.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.581;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=43.24;MQRankSum=0.305;QD=6.55;ReadPosRankSum=0.915;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:194,0,336 GL000235.1 1849 . C G 82.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.65;MQRankSum=0.727;QD=20.58;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:9.65:112,0,10 GL000235.1 1882 . A G 105.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.736;QD=17.63;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:6.65:135,0,7 GL000235.1 1960 . T C 99.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=19.99;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:17.46:130,0,17 GL000235.1 2122 . C T 122.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.17;MQRankSum=-1.495;QD=17.54;ReadPosRankSum=-0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:34.23:153,0,34 GL000235.1 2133 . A G 92.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-0.720;QD=15.38;ReadPosRankSum=-1.380;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:46.83:122,0,47 GL000235.1 2145 . C A 54.35 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.231;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:39.28:84,0,39 GL000235.1 2151 . G A 55.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=-1.231;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.96:85,0,50 GL000235.1 2158 . A G 55.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.406;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-1.537;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:67.50:85,0,67 GL000235.1 2264 . T C 69.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.77;MQRankSum=-0.720;QD=11.60;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.73:100,0,33 GL000235.1 2296 . C T 104.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.05;MQRankSum=0.736;QD=17.40;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:18.39:134,0,18 GL000234.1 3322 . G T 80.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.001;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=7.7810;MQ0=0;MQ=41.14;MQRankSum=-2.054;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,6:9:88.51:111,0,89 GL000234.1 3369 . T C 201.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.919;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7042;MQ0=0;MQ=42.94;MQRankSum=-2.899;QD=13.44;ReadPosRankSum=-1.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:15:59.35:232,0,59 GL000234.1 3451 . T G 74.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.194;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.56;MQRankSum=-3.034;QD=5.35;ReadPosRankSum=-1.097;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:105,0,192 GL000234.1 26422 . T G 63.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=44.10;MQRankSum=0.358;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:44.18:93,0,44 GL000234.1 26441 . G A 127.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9951;MQ0=0;MQ=49.17;MQRankSum=-1.495;QD=18.16;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:46.69:157,0,47 GL000234.1 26488 . C T 393.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.302;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9991;MQ0=0;MQ=54.25;MQRankSum=-0.397;QD=24.56;ReadPosRankSum=-2.302;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,14:16:36.74:423,0,37 GL000234.1 26578 . CA C 211.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.339;DP=14;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=57.9142;MQ0=1;MQ=48.34;MQRankSum=1.936;QD=14.12;ReadPosRankSum=-1.027;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,8:14:99:251,0,294 GL000234.1 26621 . G A 54.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.937;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=1;MQ=42.85;MQRankSum=0.937;QD=6.83;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:84.63:85,0,115 GL000234.1 26634 . T A 65.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=48.05;MQRankSum=0.406;QD=10.90;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:83.06:95,0,83 GL000234.1 36715 . T G 63.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.000;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9731;MQ0=0;MQ=53.52;MQRankSum=-1.380;QD=10.60;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:64.99:94,0,65 GL000234.1 36766 . A G 65.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ0=0;MQ=52.13;MQRankSum=0.731;QD=13.02;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:12.69:95,0,13 GL000234.1 37119 . C T 121.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.572;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9966;MQ0=0;MQ=53.95;MQRankSum=1.589;QD=15.18;ReadPosRankSum=0.572;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,6:8:48.81:151,0,49 GL000234.1 39730 . G C 60.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=49.96;MQRankSum=-0.358;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:59.31:90,0,59 GL000234.1 39838 . C A 58.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.684;DP=8;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=40.75;MQRankSum=-1.920;QD=7.28;ReadPosRankSum=0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:80.94:88,0,81 GL000234.1 39855 . T C 89.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.134;DP=12;Dels=0.00;FS=8.451;HRun=3;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=45.07;MQRankSum=-2.367;QD=7.48;ReadPosRankSum=0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:120,0,161 GL000234.1 39864 . T C 131.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.437;DP=13;Dels=0.00;FS=13.222;HRun=0;HaplotypeScore=1.9157;MQ0=0;MQ=44.04;MQRankSum=-2.927;QD=10.13;ReadPosRankSum=-0.271;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:162,0,145 GL000234.1 39866 . A G 139.92 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.680;DP=13;Dels=0.00;FS=13.222;HRun=1;HaplotypeScore=1.9157;MQ0=0;MQ=44.04;MQRankSum=-2.313;QD=10.76;ReadPosRankSum=-0.437;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:170,0,147 GL000234.1 39942 . T C 140.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.566;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9464;MQ0=0;MQ=49.21;MQRankSum=-1.708;QD=12.78;ReadPosRankSum=1.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:50.38:171,0,50 GL000234.1 39971 . G A 266.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.528;DP=21;Dels=0.00;FS=15.911;HRun=0;HaplotypeScore=3.6980;MQ0=0;MQ=52.82;MQRankSum=0.880;QD=12.68;ReadPosRankSum=-0.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,10:21:99:296,0,210 GL000234.1 40012 . A G 417.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.570;DP=23;Dels=0.00;FS=24.950;HRun=2;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.24;MQRankSum=-0.568;QD=18.15;ReadPosRankSum=0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,16:23:99:448,0,220 GL000234.1 40030 . C T 160.47 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.575;DP=23;Dels=0.00;FS=12.155;HRun=0;HaplotypeScore=4.9976;MQ0=0;MQ=57.24;MQRankSum=-0.525;QD=6.98;ReadPosRankSum=0.735;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,6:23:99:190,0,427 GL000234.1 40037 . G T 502.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.817;DP=25;Dels=0.00;FS=16.833;HRun=1;HaplotypeScore=6.9936;MQ0=0;MQ=57.47;MQRankSum=0.938;QD=20.10;ReadPosRankSum=0.635;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:532,0,193 GL000234.1 40120 . A G 182.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=33;Dels=0.00;FS=3.676;HRun=2;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=56.11;MQRankSum=-0.255;QD=5.52;ReadPosRankSum=1.351;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:212,0,573 GL000234.1 40145 . A G 534.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=24;Dels=0.00;FS=3.680;HRun=2;HaplotypeScore=3.9820;MQ0=0;MQ=54.08;MQRankSum=-0.262;QD=22.27;ReadPosRankSum=-0.524;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,21:24:36.45:565,0,36 GL000234.1 40162 . T C 427.21 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.071;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.42;MQRankSum=-0.819;QD=21.36;ReadPosRankSum=-0.441;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:2,18:20:9.83:459,10,0 GL000234.1 40187 . A G 294.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.479;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.75;MQRankSum=1.479;QD=24.54;ReadPosRankSum=-0.555;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:64.80:324,0,65 GL000232.1 14607 . T C 84.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.678;DP=11;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ0=0;MQ=43.50;MQRankSum=-0.278;QD=7.71;ReadPosRankSum=-0.896;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:115,0,140 GL000232.1 14642 . G C 77.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=6.9125;MQ0=0;MQ=44.49;MQRankSum=-1.881;QD=8.61;ReadPosRankSum=-0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:9:99:107,0,110 GL000232.1 14668 . A G 74.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.1221;MQ0=0;MQ=43.73;MQRankSum=-1.380;QD=12.47;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:51.54:105,0,52 GL000241.1 15958 . C G 206.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.363;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.9344;MQ0=2;MQ=49.33;MQRankSum=-2.802;QD=8.59;ReadPosRankSum=-0.560;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,12:24:99:236,0,424 GL000241.1 15996 . G GA 292.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.648;DP=71;FS=4.896;HRun=2;HaplotypeScore=292.8240;MQ0=2;MQ=54.37;MQRankSum=0.094;QD=3.90;ReadPosRankSum=1.684;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,15:71:99:331,0,1707 GL000241.1 17108 . A C 675.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.617;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7331;MQ0=0;MQ=50.59;MQRankSum=-6.469;QD=8.55;ReadPosRankSum=0.183;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:44,35:79:99:706,0,1167 GL000241.1 22733 . T A 299.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.117;DP=46;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9929;MQ0=4;MQ=42.25;MQRankSum=-1.101;QD=6.51;ReadPosRankSum=-2.189;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,16:46:99:329,0,550 GL000241.1 36669 . A G 86.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.781;DP=17;Dels=0.00;FS=3.736;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.95;MQRankSum=-2.976;QD=5.10;ReadPosRankSum=-1.122;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:117,0,322 GL000230.1 18278 . A C 181.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.93;MQRankSum=1.036;QD=18.14;ReadPosRankSum=1.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:99:211,0,111 GL000230.1 18347 . A T 112.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=53.44;MQRankSum=0.466;QD=10.22;ReadPosRankSum=0.466;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:142,0,106 GL000237.1 780 . T C 69.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.13;MQRankSum=-0.731;QD=13.81;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:28.61:99,0,29 GL000237.1 827 . T C 188.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.849;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5273;MQ0=0;MQ=45.02;MQRankSum=-2.404;QD=15.71;ReadPosRankSum=-0.925;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:85.62:219,0,86 GL000237.1 830 . G T 105.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.5273;MQ0=0;MQ=43.28;MQRankSum=-0.101;QD=8.09;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:135,0,161 GL000237.1 887 . G T 305.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=30;Dels=0.00;FS=1.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.86;MQRankSum=-2.180;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.233;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,18:30:99:336,0,280 GL000237.1 899 . T G 355.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.313;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=42.47;MQRankSum=-1.204;QD=9.60;ReadPosRankSum=-0.634;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:385,0,347 GL000237.1 914 . A G 330.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.402;DP=36;Dels=0.00;FS=6.239;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=40.59;MQRankSum=-2.187;QD=9.19;ReadPosRankSum=-1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,21:36:99:361,0,361 GL000237.1 1832 . G A 70.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=54.82;MQRankSum=0.731;QD=14.17;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:20.47:101,0,20 GL000237.1 2522 . C T 149.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.917;DP=27;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=9.1154;MQ0=1;MQ=50.48;MQRankSum=-2.139;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.750;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,8:27:99:180,0,428 GL000237.1 2523 . A G 145.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.126;DP=26;Dels=0.00;FS=2.017;HRun=0;HaplotypeScore=8.1576;MQ0=1;MQ=51.36;MQRankSum=-1.877;QD=5.61;ReadPosRankSum=-1.877;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,9:26:99:176,0,396 GL000214.1 60969 . C T 67.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.85;MQRankSum=-0.358;QD=13.54;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:49.94:98,0,50 GL000214.1 60970 . A T 97.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.32;MQRankSum=0.000;QD=16.24;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:53.96:127,0,54 GL000214.1 61084 . A T 391.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.937;DP=46;Dels=0.00;FS=1.837;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=55.52;MQRankSum=-0.273;QD=8.51;ReadPosRankSum=-2.116;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,17:46:99:422,0,950 GL000214.1 61096 . T A 1156.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.126;DP=69;Dels=0.00;FS=1.144;HRun=3;HaplotypeScore=2.9991;MQ0=0;MQ=53.74;MQRankSum=-2.116;QD=16.75;ReadPosRankSum=-2.341;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,44:69:99:1186,0,645 GL000214.1 61201 . T A 1888.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.596;DP=114;Dels=0.00;FS=0.864;HRun=0;HaplotypeScore=2.9874;MQ0=0;MQ=53.71;MQRankSum=-4.340;QD=16.57;ReadPosRankSum=0.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,73:114:99:1919,0,1029 GL000214.1 71653 . A C 2987.94 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.834;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9860;MQ0=1;MQ=50.69;MQRankSum=-1.570;QD=23.90;ReadPosRankSum=2.014;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,118:125:46.98:3021,47,0 GL000214.1 71719 . TTCTTA T 580.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.887;DP=70;FS=2.576;HRun=0;HaplotypeScore=431.0992;MQ0=2;MQ=44.79;MQRankSum=-2.171;QD=6.52;ReadPosRankSum=-1.112;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:64,25:70:99:620,0,4621 GL000214.1 72177 . G A 4087.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=2.248;DP=160;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9854;MQ0=2;MQ=57.53;MQRankSum=0.389;QD=25.54;ReadPosRankSum=-0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:7,153:160:99:4087,139,0 GL000214.1 73334 . A C 152.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.495;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.198;QD=21.72;ReadPosRankSum=-1.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,5:7:58.94:182,0,59 GL000214.1 74787 . C G 60.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.550;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:90.18:90,0,121 GL000214.1 74885 . A AAAAT 554.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.493;DP=19;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=133.7330;MQ0=0;MQ=53.13;MQRankSum=-0.493;QD=29.20;ReadPosRankSum=-1.283;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:19:58.62:594,0,59 GL000214.1 79094 . A C 429.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.135;DP=21;Dels=0.00;FS=5.315;HRun=3;HaplotypeScore=3.8486;MQ0=1;MQ=42.25;MQRankSum=-1.047;QD=20.45;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,16:21:99:459,0,111 GL000214.1 85528 . C T 112.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.533;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.44;MQRankSum=0.800;QD=8.02;ReadPosRankSum=-0.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:14:99:142,0,253 GL000214.1 88040 . G C 987.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.290;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.5751;MQ0=0;MQ=55.14;MQRankSum=1.252;QD=27.44;ReadPosRankSum=0.870;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,30:36:99:1018,0,105 GL000214.1 131759 . G T 61.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.95;MQRankSum=-1.380;QD=10.24;ReadPosRankSum=0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:66.86:91,0,67 GL000221.1 14884 . CA C 274.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.982;DP=78;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=196.8610;MQ0=10;MQ=25.76;MQRankSum=2.450;QD=2.31;ReadPosRankSum=-0.310;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:101,18:78:99:313,0,2581 GL000218.1 23674 . T C 226.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.297;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=43.52;MQRankSum=-1.505;QD=7.81;ReadPosRankSum=0.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,11:29:99:257,0,378 GL000218.1 23711 . T C 233.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.48;MQRankSum=-1.803;QD=9.33;ReadPosRankSum=-2.025;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,10:25:99:263,0,391 GL000218.1 38943 . A G 172.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.439;DP=25;Dels=0.00;FS=2.046;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.42;MQRankSum=-3.250;QD=6.89;ReadPosRankSum=2.079;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,11:25:99:202,0,401 GL000218.1 39835 . C T 80.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=47.69;MQRankSum=-1.769;QD=7.33;ReadPosRankSum=0.278;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:111,0,202 GL000218.1 39922 . A G 400.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.994;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.99;MQRankSum=-0.921;QD=14.31;ReadPosRankSum=0.645;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,15:28:99:431,0,310 GL000220.1 11446 . G T 80.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.154;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.457;QD=5.35;ReadPosRankSum=0.457;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,4:15:99:110,0,340 GL000220.1 102122 . C CT 161.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.898;DP=10;FS=0.000;HRun=10;HaplotypeScore=39.2677;MQ0=1;MQ=26.88;MQRankSum=1.271;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.271;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:10:19.32:201,0,19 GL000220.1 118436 . C T 482.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.894;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8482;MQ0=0;MQ=55.66;MQRankSum=1.575;QD=21.91;ReadPosRankSum=0.298;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,18:22:39.35:512,0,39 GL000220.1 119111 . C T 309.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.245;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7949;MQ0=1;MQ=46.41;MQRankSum=-3.134;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.960;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,20:43:99:340,0,606 GL000220.1 119177 . C T 272.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.412;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=45.09;MQRankSum=-2.855;QD=9.73;ReadPosRankSum=0.209;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,12:28:99:302,0,409 GL000220.1 119178 . T C 259.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.439;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=44.84;MQRankSum=-2.812;QD=8.95;ReadPosRankSum=0.598;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,12:29:99:290,0,424 GL000220.1 119190 . A G 351.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.008;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.80;MQRankSum=-3.577;QD=11.34;ReadPosRankSum=0.376;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,16:31:99:382,0,356 GL000220.1 119223 . C G 505.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.144;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=44.75;MQRankSum=-2.588;QD=12.34;ReadPosRankSum=-0.433;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,23:41:99:536,0,390 GL000220.1 119255 . C T 300.79 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.624;DP=41;Dels=0.00;FS=1.342;HRun=0;HaplotypeScore=9.8984;MQ0=2;MQ=44.04;MQRankSum=-0.372;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.998;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,13:41:99:331,0,595 GL000220.1 119256 . C T 321.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.365;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.8984;MQ0=2;MQ=44.04;MQRankSum=0.014;QD=7.83;ReadPosRankSum=-0.807;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,19:41:99:351,0,569 GL000220.1 119534 . G T 72.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.7747;MQ0=0;MQ=43.31;MQRankSum=-0.922;QD=9.12;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:103,0,111 GL000220.1 119559 . T C 74.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.825;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.8785;MQ0=0;MQ=45.77;MQRankSum=-1.408;QD=6.76;ReadPosRankSum=-1.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:104,0,140 GL000220.1 119567 . G C 108.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=13;Dels=0.00;FS=2.341;HRun=0;HaplotypeScore=9.8109;MQ0=0;MQ=45.98;MQRankSum=-0.467;QD=8.31;ReadPosRankSum=-2.843;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:138,0,155 GL000220.1 119577 . G C 157.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.929;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=0;HaplotypeScore=4.8848;MQ0=0;MQ=47.12;MQRankSum=-0.825;QD=13.13;ReadPosRankSum=0.289;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,8:12:69.20:188,0,69 GL000220.1 119684 . T C 243.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.823;DP=39;Dels=0.00;FS=5.402;HRun=3;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=52.39;MQRankSum=-0.441;QD=6.23;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,12:39:99:273,0,542 GL000220.1 119822 . T C 377.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.087;DP=36;Dels=0.00;FS=5.188;HRun=1;HaplotypeScore=1.9991;MQ0=2;MQ=46.65;MQRankSum=-2.674;QD=10.49;ReadPosRankSum=-0.362;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,18:36:99:407,0,488 GL000220.1 119880 . T C 285.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.550;DP=28;Dels=0.00;FS=1.623;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=51.36;MQRankSum=-2.475;QD=10.20;ReadPosRankSum=0.190;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,16:28:99:316,0,314 GL000220.1 120442 . T C 292.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.229;DP=37;Dels=0.00;FS=5.641;HRun=0;HaplotypeScore=4.4886;MQ0=0;MQ=50.44;MQRankSum=-1.034;QD=7.89;ReadPosRankSum=-0.143;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,13:37:99:322,0,553 GL000220.1 120493 . C A 207.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.317;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=11.9969;MQ0=0;MQ=50.35;MQRankSum=-0.803;QD=6.69;ReadPosRankSum=0.482;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,10:31:99:237,0,483 GL000220.1 120997 . TTTCC T 692.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.173;DP=52;FS=1.320;HRun=0;HaplotypeScore=337.8177;MQ0=0;MQ=56.63;MQRankSum=1.434;QD=13.32;ReadPosRankSum=1.641;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,20:52:99:732,0,622 GL000220.1 121293 . T TGTATGTAC 1945.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-2.498;DP=36;FS=9.932;HRun=0;HaplotypeScore=379.2012;MQ0=0;MQ=38.87;MQRankSum=-0.538;QD=54.03;ReadPosRankSum=0.538;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:15,15:36:39.63:1987,40,0 GL000220.1 123139 . G GTCTC 606.15 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=103.1074;MQ0=0;MQ=53.16;QD=27.55;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:13,8:22:35.85:648,36,0 GL000220.1 123842 . T TTTTCTTTC 500.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.348;DP=27;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=183.9285;MQ0=0;MQ=58.19;MQRankSum=0.000;QD=18.53;ReadPosRankSum=-1.044;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,5:27:15.37:539,0,15 GL000220.1 125243 . T TCAC 280.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.794;DP=30;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=118.0977;MQ0=0;MQ=55.04;MQRankSum=1.577;QD=9.06;ReadPosRankSum=-1.522;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:30:99:320,0,756 GL000220.1 127172 . T TTC 274.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.279;DP=35;FS=1.643;HRun=0;HaplotypeScore=220.1858;MQ0=0;MQ=58.00;MQRankSum=-0.527;QD=7.85;ReadPosRankSum=-0.465;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,5:35:99:314,0,331 GL000220.1 127312 . G C 52.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=8;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=4.7963;MQ0=0;MQ=42.50;MQRankSum=-0.922;QD=6.53;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:82.25:82,0,89 GL000220.1 128138 . TTCTC T 440 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.270;DP=19;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=156.8570;MQ0=0;MQ=52.49;MQRankSum=2.073;QD=23.16;ReadPosRankSum=-0.691;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,8:19:71.68:479,0,72 GL000220.1 128295 . CTG C 190.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.879;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=83.8544;MQ0=0;MQ=51.08;MQRankSum=-0.732;QD=10.57;ReadPosRankSum=1.903;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,6:17:99:229,0,416 GL000220.1 129311 . TCC T 555.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.462;DP=30;FS=5.846;HRun=3;HaplotypeScore=156.8831;MQ0=0;MQ=47.72;MQRankSum=-1.430;QD=17.35;ReadPosRankSum=0.594;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,7:30:99:594,0,197 GL000220.1 132569 . G GTC 292.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.573;DP=22;FS=1.822;HRun=0;HaplotypeScore=67.1413;MQ0=0;MQ=56.78;MQRankSum=-0.893;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.053;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:332,0,236 GL000220.1 133519 . G GTC 288.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.106;DP=13;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=76.7207;MQ0=0;MQ=54.32;MQRankSum=-0.978;QD=20.62;ReadPosRankSum=0.382;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,7:13:79.59:328,0,80 GL000220.1 133605 . G C 115.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.839;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9734;MQ0=0;MQ=49.49;MQRankSum=-0.452;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.323;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,6:14:99:145,0,213 GL000220.1 133607 . T C 122.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.884;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9734;MQ0=0;MQ=50.26;MQRankSum=-0.295;QD=8.16;ReadPosRankSum=0.295;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:152,0,201 GL000220.1 134868 . GC G 129.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.413;DP=39;FS=6.419;HRun=4;HaplotypeScore=92.5106;MQ0=0;MQ=59.02;MQRankSum=0.166;QD=3.25;ReadPosRankSum=-1.310;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:31,9:39:99:169,0,1099 GL000220.1 135693 . CCT C 208.39 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=72.4662;MQ0=0;MQ=60.00;QD=12.26;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,6:17:26.33:250,26,0 GL000220.1 136337 . C CT 643.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=19;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=62.6180;MQ0=0;MQ=60.50;QD=33.87;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:19:56.95:686,57,0 GL000220.1 136782 . GTC G 108.43 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=10;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=38.8820;MQ0=0;MQ=52.92;QD=10.84;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,5:10:14.40:150,14,0 GL000220.1 138641 . G A 70.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=8.77;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:100,0,102 GL000220.1 139949 . C CGAT 319.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=13;FS=5.434;HRun=0;HaplotypeScore=39.4518;MQ0=0;MQ=57.59;MQRankSum=-0.935;QD=24.59;ReadPosRankSum=0.101;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:359,0,298 GL000220.1 140059 . T C 664.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.714;DP=82;Dels=0.00;FS=1.454;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.046;QD=8.10;ReadPosRankSum=-0.005;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:58,24:82:99:694,0,1893 GL000220.1 140190 . A G 2061.10 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.281;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.791;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=1.019;QD=8.24;ReadPosRankSum=1.035;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:169,81:250:99:2091,0,5403 GL000220.1 140608 . G A 2423.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.161;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=9.457;HRun=0;HaplotypeScore=1.9977;MQ0=0;MQ=59.40;MQRankSum=0.891;QD=9.70;ReadPosRankSum=-0.778;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:154,96:250:99:2454,0,5106 GL000220.1 140745 . C T 6286.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.361;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.541;HRun=3;HaplotypeScore=12.3421;MQ0=0;MQ=59.73;MQRankSum=-0.732;QD=25.15;ReadPosRankSum=0.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:53,196:250:99:6287,0,1307 GL000220.1 141518 . T C 2971.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.351;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.469;HRun=0;HaplotypeScore=10.7336;MQ0=0;MQ=59.44;MQRankSum=0.364;QD=11.89;ReadPosRankSum=-2.132;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:144,106:250:99:3002,0,4256 GL000220.1 142014 . C CGGTA 1321.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.919;DP=250;DS;FS=12.531;HRun=0;HaplotypeScore=1039.2603;MQ0=0;MQ=58.56;MQRankSum=-0.483;QD=5.29;ReadPosRankSum=-1.725;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:222,25:250:99:1361,0,9977 GL000220.1 142117 . ACC A 586.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.563;DP=115;DS;FS=26.759;HRun=13;HaplotypeScore=696.1701;MQ0=0;MQ=50.63;MQRankSum=1.412;QD=5.10;ReadPosRankSum=3.578;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:85,14:115:99:626,0,307 GL000220.1 142900 . ACAGG A 445.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.325;DP=30;FS=1.952;HRun=0;HaplotypeScore=138.9873;MQ0=0;MQ=60.82;MQRankSum=-0.515;QD=14.84;ReadPosRankSum=-0.515;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,12:30:99:484,0,380 GL000220.1 144134 . G C 219.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.719;DP=16;Dels=0.00;FS=2.158;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.55;MQRankSum=-1.246;QD=13.71;ReadPosRankSum=0.113;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:249,0,172 GL000220.1 145368 . T C 140.06 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.339;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=0;MQ=58.29;MQRankSum=0.211;QD=6.37;ReadPosRankSum=-1.057;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,7:22:99:170,0,468 GL000211.1 91677 . T G 172.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.89;MQRankSum=-2.262;QD=15.72;ReadPosRankSum=-1.106;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:82.74:203,0,83 GL000211.1 98226 . C T 97.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.073;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=48.31;MQRankSum=-2.843;QD=8.14;ReadPosRankSum=-1.073;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:128,0,207 GL000211.1 98261 . A G 134.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.117;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ0=1;MQ=45.97;MQRankSum=-3.387;QD=7.94;ReadPosRankSum=0.318;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,10:17:99:165,0,190 GL000211.1 106787 . T G 59.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=47.06;MQRankSum=-0.727;QD=14.91;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:26.57:90,0,27 GL000211.1 106864 . A C 339.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.641;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9899;MQ0=0;MQ=46.11;MQRankSum=-2.984;QD=13.59;ReadPosRankSum=-0.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,14:25:99:370,0,276 GL000211.1 106906 . C T 464.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.449;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=43.88;MQRankSum=-5.598;QD=10.32;ReadPosRankSum=0.036;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,27:45:99:494,0,587 GL000211.1 106944 . A G 1333.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.838;DP=111;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9831;MQ0=4;MQ=43.58;MQRankSum=-8.307;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,70:111:99:1363,0,1042 GL000211.1 107086 . T G 799.85 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.131;DP=83;DS;Dels=0.00;FS=15.461;HRun=0;HaplotypeScore=3.8549;MQ0=3;MQ=42.43;MQRankSum=-7.467;QD=9.64;ReadPosRankSum=-0.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,50:83:99:830,0,819 GL000211.1 107173 . T G 337.73 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.874;DP=60;Dels=0.00;FS=6.966;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.44;MQRankSum=-5.207;QD=5.63;ReadPosRankSum=4.649;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,21:60:99:368,0,1291 GL000211.1 107220 . A G 1316.41 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.795;DP=123;Dels=0.00;FS=9.534;HRun=1;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=2;MQ=47.60;MQRankSum=-8.699;QD=10.70;ReadPosRankSum=0.377;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:56,67:123:99:1346,0,1568 GL000211.1 107321 . T G 1074.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.021;DP=171;Dels=0.00;FS=2.290;HRun=0;HaplotypeScore=6.3161;MQ0=9;MQ=46.93;MQRankSum=-4.700;QD=6.28;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:114,56:171:99:1104,0,2821 GL000211.1 111222 . T A 71.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=49.51;MQRankSum=-1.231;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:6:62.10:101,0,62 GL000211.1 111242 . T A 148.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.054;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=1;MQ=45.03;MQRankSum=-2.054;QD=14.86;ReadPosRankSum=-0.573;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:93.60:179,0,94 GL000211.1 111243 . G T 120.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.219;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=1;MQ=45.03;MQRankSum=-1.159;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.729;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:150,0,118 GL000211.1 111279 . A AT 148.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.185;DP=25;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=190.4054;MQ0=0;MQ=53.25;MQRankSum=0.141;QD=5.95;ReadPosRankSum=0.423;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,7:25:99:188,0,362 GL000211.1 111299 . G A 483.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.978;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.19;MQRankSum=-4.726;QD=11.51;ReadPosRankSum=-1.188;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:513,0,518 GL000211.1 111311 . T C 669.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.657;DP=54;Dels=0.00;FS=3.114;HRun=3;HaplotypeScore=10.7323;MQ0=0;MQ=47.82;MQRankSum=-4.326;QD=12.39;ReadPosRankSum=-0.862;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,30:54:99:699,0,586 GL000211.1 111312 . C T 447.40 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.878;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=10.7323;MQ0=0;MQ=47.55;MQRankSum=-1.268;QD=8.13;ReadPosRankSum=-0.691;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,20:55:99:477,0,868 GL000211.1 111370 . A C 922.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.923;DP=75;Dels=0.00;FS=0.962;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=50.46;MQRankSum=-1.410;QD=12.30;ReadPosRankSum=2.443;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,41:75:99:952,0,677 GL000211.1 111393 . G T 1027.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.989;DP=66;Dels=0.00;FS=4.548;HRun=1;HaplotypeScore=1.9964;MQ0=0;MQ=49.47;MQRankSum=-3.722;QD=15.58;ReadPosRankSum=1.663;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,48:66:99:1058,0,433 GL000211.1 111426 . T A 464.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.783;DP=37;Dels=0.00;FS=5.643;HRun=5;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.06;MQRankSum=2.331;QD=12.54;ReadPosRankSum=-3.215;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,20:37:99:494,0,362 GL000211.1 112356 . A G 523.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.562;DP=32;Dels=0.00;FS=4.122;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=42.82;MQRankSum=-4.690;QD=16.37;ReadPosRankSum=1.070;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,20:32:99:554,0,359 GL000211.1 112361 . T C 515.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.282;DP=36;Dels=0.00;FS=3.399;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.05;MQRankSum=-5.110;QD=14.33;ReadPosRankSum=2.531;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,20:36:99:546,0,483 GL000211.1 112371 . A C 713.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.236;DP=49;Dels=0.00;FS=3.388;HRun=0;HaplotypeScore=1.9717;MQ0=0;MQ=45.30;MQRankSum=-5.980;QD=14.56;ReadPosRankSum=1.940;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,27:49:99:744,0,668 GL000211.1 112385 . G GTAAA 2989.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.685;DP=73;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=704.2487;MQ0=0;MQ=43.80;MQRankSum=-6.051;QD=40.95;ReadPosRankSum=-1.180;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,32:73:99:3028,0,1251 GL000211.1 112430 . G A 4376.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.836;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=10.712;HRun=0;HaplotypeScore=2.5677;MQ0=0;MQ=49.85;MQRankSum=-7.667;QD=17.51;ReadPosRankSum=1.037;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:83,166:250:99:4377,0,2227 GL000211.1 112539 . C CAT 4430.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.087;DP=230;DS;FS=16.401;HRun=0;HaplotypeScore=1151.8695;MQ0=0;MQ=50.89;MQRankSum=-9.805;QD=18.85;ReadPosRankSum=-1.886;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:149,84:230:99:4430,0,5829 GL000211.1 112671 . G C 1391.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.173;DP=79;Dels=0.00;FS=3.699;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=48.16;MQRankSum=-5.579;QD=17.61;ReadPosRankSum=1.104;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,45:79:99:1421,0,1005 GL000211.1 112719 . C A 593.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.150;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9989;MQ0=0;MQ=43.91;MQRankSum=-3.869;QD=19.77;ReadPosRankSum=-0.961;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,22:30:99:623,0,240 GL000211.1 115226 . T G 304.32 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.330;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8317;MQ0=0;MQ=51.24;MQRankSum=-1.879;QD=13.83;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,12:22:99:334,0,237 GL000211.1 115260 . G A 557.64 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.967;DP=39;Dels=0.00;FS=1.476;HRun=0;HaplotypeScore=3.6718;MQ0=0;MQ=52.29;MQRankSum=-3.219;QD=14.30;ReadPosRankSum=0.419;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:588,0,342 GL000211.1 115285 . G C 644.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8009;MQ0=0;MQ=52.56;MQRankSum=-3.689;QD=14.65;ReadPosRankSum=-1.436;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,29:44:99:674,0,367 GL000211.1 115298 . G T 562.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.607;DP=45;Dels=0.00;FS=1.216;HRun=0;HaplotypeScore=5.7701;MQ0=0;MQ=53.46;MQRankSum=-1.092;QD=12.50;ReadPosRankSum=-1.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,26:45:99:592,0,393 GL000211.1 115320 . A C 503.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.659;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.78;MQRankSum=-1.442;QD=14.38;ReadPosRankSum=0.782;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,23:35:99:533,0,289 GL000211.1 115366 . A G 293.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.001;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=0;MQ=54.21;MQRankSum=-2.021;QD=19.56;ReadPosRankSum=0.184;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,10:15:99:323,0,145 GL000211.1 115383 . T C 167.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.383;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=53.18;MQRankSum=0.365;QD=16.71;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:95.27:197,0,95 GL000211.1 126964 . C T 991.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.303;DP=127;Dels=0.00;FS=6.359;HRun=2;HaplotypeScore=1.9970;MQ0=3;MQ=43.46;MQRankSum=-8.357;QD=7.80;ReadPosRankSum=-1.562;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,63:127:99:1021,0,1420 GL000211.1 126988 . T A 986.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.944;DP=113;Dels=0.00;FS=0.811;HRun=0;HaplotypeScore=1.8625;MQ0=3;MQ=44.62;MQRankSum=-8.895;QD=8.73;ReadPosRankSum=1.046;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:49,64:113:99:1017,0,1231 GL000211.1 127060 . T A 394.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.101;DP=30;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ0=0;MQ=52.75;MQRankSum=-4.646;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,13:30:99:424,0,536 GL000211.1 127090 . T C 175.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.070;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7219;MQ0=0;MQ=51.37;MQRankSum=-3.387;QD=10.97;ReadPosRankSum=-0.212;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:205,0,260 GL000211.1 127097 . C A 140.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ0=0;MQ=50.88;MQRankSum=-3.016;QD=10.81;ReadPosRankSum=-0.101;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:170,0,199 GL000211.1 149001 . G A 196.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.816;DP=35;Dels=0.00;FS=9.095;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=50.53;MQRankSum=-4.554;QD=5.61;ReadPosRankSum=-0.964;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,11:35:99:226,0,668 GL000211.1 149236 . A T 353.72 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.064;DP=57;Dels=0.00;FS=4.428;HRun=1;HaplotypeScore=1.9399;MQ0=5;MQ=45.36;MQRankSum=-6.177;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.670;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,29:57:99:384,0,882 GL000211.1 158651 . C G 52.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.06;MQRankSum=-1.920;QD=6.53;ReadPosRankSum=-1.920;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:82.25:82,0,102 GL000211.1 158670 . T G 52.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.76;MQRankSum=-1.754;QD=7.47;ReadPosRankSum=0.937;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:82.25:82,0,91 GL000211.1 158694 . C T 52.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.76;MQRankSum=-1.754;QD=7.47;ReadPosRankSum=1.754;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:82.25:82,0,93 GL000216.1 157070 . G T 996.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.478;DP=81;Dels=0.00;FS=12.080;HRun=0;HaplotypeScore=8.6892;MQ0=1;MQ=46.02;MQRankSum=-1.801;QD=12.30;ReadPosRankSum=1.899;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,41:81:99:1026,0,871 GL000216.1 157088 . G T 814.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.891;DP=67;Dels=0.00;FS=6.200;HRun=0;HaplotypeScore=12.7779;MQ0=0;MQ=47.07;MQRankSum=-1.893;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.830;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,31:67:99:845,0,952 GL000216.1 157124 . C CG 459.15 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.863;DP=34;FS=8.870;HRun=2;HaplotypeScore=363.6852;MQ0=0;MQ=47.15;MQRankSum=-3.851;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.247;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:34:99:498,0,570 GL000216.1 157163 . T G 93.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.933;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.7654;MQ0=0;MQ=48.61;MQRankSum=-3.067;QD=5.83;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:16:99:123,0,260 GL000205.1 114274 . A G 743.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.530;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9198;MQ0=0;MQ=57.59;MQRankSum=-0.521;QD=19.06;ReadPosRankSum=0.641;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,26:39:99:773,0,283 GL000205.1 114392 . G GC 215.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.932;DP=11;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=34.8468;MQ0=0;MQ=53.36;MQRankSum=1.186;QD=19.63;ReadPosRankSum=2.359;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:255,0,177 GL000205.1 117169 . T G 1337.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.946;DP=99;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.3302;MQ0=0;MQ=58.31;MQRankSum=-2.003;QD=13.51;ReadPosRankSum=-0.873;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:46,53:99:99:1367,0,1117 GL000205.1 117350 . C A 301.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.579;DP=52;Dels=0.00;FS=1.218;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=59.94;MQRankSum=-0.382;QD=5.80;ReadPosRankSum=-1.001;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,14:52:99:332,0,1184 GL000205.1 117447 . A G 570.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.002;DP=44;Dels=0.00;FS=6.473;HRun=1;HaplotypeScore=0.9967;MQ0=0;MQ=59.15;MQRankSum=0.224;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.059;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,20:44:99:601,0,729 GL000205.1 117582 . C T 100.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.113;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.5575;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.113;QD=5.94;ReadPosRankSum=-0.793;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:17:99:131,0,278 GL000205.1 117705 . T C 1107.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=51;Dels=0.00;FS=3.272;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ0=0;MQ=59.55;MQRankSum=1.023;QD=21.72;ReadPosRankSum=1.313;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,36:51:99:1137,0,328 GL000205.1 117887 . C T 1072.08 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.264;DP=173;Dels=0.00;FS=3.557;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ0=0;MQ=59.59;MQRankSum=-0.334;QD=6.20;ReadPosRankSum=0.476;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:125,48:173:99:1102,0,4187 GL000205.1 117916 . T C 6523.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.571;DP=243;Dels=0.00;FS=0.920;HRun=1;HaplotypeScore=4.5864;MQ0=0;MQ=59.20;MQRankSum=-1.716;QD=26.85;ReadPosRankSum=0.005;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,221:243:99:6524,0,127 GL000205.1 117996 . T C 2145.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.320;DP=171;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.4331;MQ0=0;MQ=59.19;MQRankSum=-0.541;QD=12.55;ReadPosRankSum=0.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:91,80:171:99:2175,0,2579 GL000205.1 118008 . G A 871.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.022;DP=145;DS;Dels=0.00;FS=2.836;HRun=0;HaplotypeScore=11.7852;MQ0=0;MQ=59.04;MQRankSum=0.659;QD=6.01;ReadPosRankSum=0.879;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:107,38:145:99:901,0,3431 GL000205.1 118065 . G A 401.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.127;DP=68;Dels=0.00;FS=12.678;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.49;MQRankSum=-0.921;QD=5.91;ReadPosRankSum=-0.807;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:51,17:68:99:432,0,1630 GL000205.1 118259 . A G 135.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.876;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9998;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.361;QD=15.10;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:166,0,127 GL000205.1 118358 . A G 195.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.202;DP=34;Dels=0.00;FS=2.585;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.20;MQRankSum=1.279;QD=5.74;ReadPosRankSum=-1.928;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:26,8:34:99:225,0,779 GL000205.1 118386 . T C 351.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.151;DP=47;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=1;HaplotypeScore=1.3123;MQ0=0;MQ=59.01;MQRankSum=0.570;QD=7.48;ReadPosRankSum=1.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,14:47:99:382,0,1029 GL000205.1 122928 . C A 882.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.194;DP=104;Dels=0.00;FS=5.087;HRun=0;HaplotypeScore=1.9815;MQ0=0;MQ=57.91;MQRankSum=0.154;QD=8.48;ReadPosRankSum=-1.172;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:68,36:104:99:912,0,1958 GL000205.1 122945 . T G 2402.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.835;DP=160;Dels=0.00;FS=1.395;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=1;MQ=55.60;MQRankSum=-0.107;QD=15.02;ReadPosRankSum=0.797;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:65,95:160:99:2432,0,1598 GL000205.1 123036 . A T 1584.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.059;DP=171;Dels=0.00;FS=2.805;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ0=0;MQ=57.20;MQRankSum=1.927;QD=9.27;ReadPosRankSum=0.450;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:110,61:171:99:1615,0,3286 GL000205.1 123107 . A G 5156.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.504;DP=193;Dels=0.00;FS=0.950;HRun=1;HaplotypeScore=12.6653;MQ0=1;MQ=49.09;MQRankSum=-2.435;QD=26.72;ReadPosRankSum=1.228;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,175:193:74.46:5156,0,74 GL000219.1 45348 . C G 64.43 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.731;QD=12.89;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:21.41:94,0,21 GL000219.1 45774 . C T 61.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.62;MQRankSum=0.727;QD=15.39;ReadPosRankSum=-0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:27.97:92,0,28 GL000219.1 77593 . G GA 326.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.400;DP=24;FS=0.000;HRun=7;HaplotypeScore=160.1557;MQ0=4;MQ=37.78;MQRankSum=-3.170;QD=9.61;ReadPosRankSum=-1.693;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,20:24:99:366,0,250 GL000219.1 78859 . T A 733.18 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.583;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=45.60;MQRankSum=-4.523;QD=15.60;ReadPosRankSum=-0.970;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:14,33:47:99:763,0,343 GL000219.1 88294 . CCTT C 283.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.178;DP=43;FS=8.953;HRun=0;HaplotypeScore=234.6982;MQ0=41;MQ=19.51;MQRankSum=-1.315;QD=2.98;ReadPosRankSum=0.073;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:75,20:43:99:323,0,1577 GL000219.1 97375 . A T 182.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=17;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=1;MQ=43.26;MQRankSum=-1.733;QD=10.75;ReadPosRankSum=-0.683;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,9:17:99:213,0,189 GL000219.1 97396 . A G 99.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8660;MQ0=1;MQ=42.03;MQRankSum=0.736;QD=14.18;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:21.94:129,0,22 GL000219.1 99352 . T C 58.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.278;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9297;MQ0=0;MQ=45.08;MQRankSum=-2.520;QD=5.29;ReadPosRankSum=0.597;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:88.24:88,0,227 GL000219.1 99355 . A C 58.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.520;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9297;MQ0=0;MQ=45.08;MQRankSum=-2.520;QD=5.30;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:88.24:88,0,213 GL000219.1 99355 . AG A 119.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.637;DP=11;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=152.9630;MQ0=0;MQ=45.08;MQRankSum=-2.637;QD=10.84;ReadPosRankSum=1.031;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:158,0,164 GL000219.1 99403 . G C 138.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.952;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8136;MQ0=0;MQ=46.67;MQRankSum=-4.416;QD=5.13;ReadPosRankSum=-0.708;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:168,0,418 GL000219.1 99488 . C G 365.53 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.015;DP=39;Dels=0.00;FS=7.132;HRun=0;HaplotypeScore=7.8894;MQ0=1;MQ=42.51;MQRankSum=-5.166;QD=9.37;ReadPosRankSum=1.463;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,24:39:99:396,0,440 GL000219.1 99499 . G A 236.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.448;DP=39;Dels=0.00;FS=6.402;HRun=0;HaplotypeScore=3.9428;MQ0=1;MQ=41.06;MQRankSum=4.061;QD=6.06;ReadPosRankSum=-0.481;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:29,10:39:99:266,0,489 GL000219.1 100253 . G T 63.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.720;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.87;MQRankSum=-1.380;QD=10.64;ReadPosRankSum=-0.720;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:32.74:94,0,33 GL000224.1 3473 . T A 56.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.7073;MQ0=0;MQ=42.48;MQRankSum=0.421;QD=7.08;ReadPosRankSum=0.922;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:86.65:87,0,89 GL000195.1 122 . A T 1207.46 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=86;Dels=0.00;FS=3.375;HRun=0;HaplotypeScore=6.4636;MQ0=0;MQ=55.38;MQRankSum=-1.615;QD=14.04;ReadPosRankSum=-2.723;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:40,46:86:99:1237,0,967 GL000195.1 666 . A T 166.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.892;DP=29;Dels=0.00;FS=6.680;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ0=0;MQ=57.64;MQRankSum=-0.433;QD=5.76;ReadPosRankSum=0.637;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,7:29:99:197,0,715 GL000195.1 820 . G A 238.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.272;DP=30;Dels=0.00;FS=6.914;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.85;MQRankSum=0.769;QD=7.97;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,9:30:99:269,0,633 GL000195.1 917 . G GCCAGAT 1588.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.323;DP=24;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=113.9031;MQ0=0;MQ=43.85;MQRankSum=-1.575;QD=66.21;ReadPosRankSum=1.575;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:24:72.66:1628,0,73 GL000195.1 14496 . C T 109.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.736;QD=18.32;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:26.71:140,0,27 GL000195.1 79700 . G A 62.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.537;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.988;QD=10.34;ReadPosRankSum=-0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,3:6:92.03:92,0,103 GL000195.1 79733 . C T 57.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.24;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:87.70:88,0,107 GL000195.1 79784 . C T 69.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=17.42;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:100,0,29 GL000195.1 79796 . G C 79.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.727;DP=4;Dels=0.00;FS=6.021;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.727;QD=19.82;ReadPosRankSum=0.727;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,3:4:29.19:109,0,29 GL000195.1 79917 . A C 128.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9992;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.380;QD=10.73;ReadPosRankSum=-0.244;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,5:12:99:159,0,230 GL000195.1 79958 . C T 188.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.062;DP=23;Dels=0.00;FS=5.519;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=1.333;QD=8.21;ReadPosRankSum=-1.395;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,10:23:99:219,0,435 GL000195.1 80067 . C G 177.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.191;DP=12;Dels=0.00;FS=3.424;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.259;QD=14.77;ReadPosRankSum=-0.583;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,6:12:99:207,0,176 GL000195.1 81568 . C G 121.66 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.186;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9995;MQ0=0;MQ=57.87;MQRankSum=0.825;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.387;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:152,0,199 GL000195.1 81576 . C T 123.49 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.031;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9995;MQ0=0;MQ=55.66;MQRankSum=-0.717;QD=11.23;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,5:11:99:153,0,189 GL000195.1 92304 . G C 50.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=48.85;MQRankSum=-0.358;QD=10.02;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:63.56:80,0,64 GL000195.1 94666 . T C 276.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.393;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9990;MQ0=0;MQ=59.71;MQRankSum=-0.696;QD=27.70;ReadPosRankSum=1.393;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,9:10:9.89:307,0,10 GL000195.1 142923 . T G 190.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.977;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ0=1;MQ=50.26;MQRankSum=-0.529;QD=14.62;ReadPosRankSum=0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:220,0,145 GL000195.1 143059 . T C 223.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.101;DP=25;Dels=0.00;FS=2.192;HRun=0;HaplotypeScore=9.9848;MQ0=1;MQ=52.04;MQRankSum=-0.869;QD=8.93;ReadPosRankSum=1.738;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,12:25:99:253,0,359 GL000195.1 143066 . C T 178.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.743;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9903;MQ0=1;MQ=51.42;MQRankSum=-1.189;QD=8.50;ReadPosRankSum=1.268;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:209,0,247 GL000195.1 143826 . T A 71.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.322;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.43;MQRankSum=0.684;QD=8.97;ReadPosRankSum=1.517;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:68.28:102,0,68 GL000212.1 2286 . T A 157.88 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.285;DP=14;Dels=0.00;FS=2.027;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.47;MQRankSum=0.471;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.468;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:188,0,142 GL000212.1 2794 . G A 103.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.537;DP=17;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=1.9997;MQ0=0;MQ=45.69;MQRankSum=-0.146;QD=6.11;ReadPosRankSum=-1.415;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,7:17:99:134,0,253 GL000212.1 2809 . C A 147.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.54;MQRankSum=-0.106;QD=9.21;ReadPosRankSum=-0.529;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,7:16:99:177,0,192 GL000212.1 2823 . G A 116.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.120;DP=15;Dels=0.00;FS=5.756;HRun=0;HaplotypeScore=2.9980;MQ0=0;MQ=47.84;MQRankSum=-0.177;QD=7.75;ReadPosRankSum=0.766;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:146,0,215 GL000212.1 3202 . G A 263.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.886;DP=48;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8600;MQ0=0;MQ=51.22;MQRankSum=-1.214;QD=5.48;ReadPosRankSum=0.339;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:32,16:48:99:293,0,712 GL000212.1 3213 . T C 427.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.365;DP=54;Dels=0.00;FS=1.073;HRun=1;HaplotypeScore=7.5940;MQ0=0;MQ=51.20;MQRankSum=0.657;QD=7.92;ReadPosRankSum=1.242;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,21:54:99:458,0,680 GL000212.1 3225 . A T 388.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.340;DP=53;Dels=0.00;FS=1.101;HRun=1;HaplotypeScore=1.6006;MQ0=0;MQ=51.02;MQRankSum=0.963;QD=7.34;ReadPosRankSum=2.229;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,20:53:99:419,0,689 GL000212.1 3279 . T TA 86.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.246;DP=23;FS=0.000;HRun=8;HaplotypeScore=103.9074;MQ0=0;MQ=51.87;MQRankSum=0.227;QD=3.58;ReadPosRankSum=1.586;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,6:23:99:125,0,251 GL000212.1 4736 . G T 394.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.325;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.96;MQRankSum=-2.059;QD=20.75;ReadPosRankSum=0.199;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,17:19:37.39:424,0,37 GL000212.1 4833 . G A 386 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.130;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.44;MQRankSum=-1.582;QD=14.30;ReadPosRankSum=-0.628;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,17:27:99:416,0,228 GL000212.1 4923 . C T 414.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.960;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.9004;MQ0=0;MQ=48.46;MQRankSum=-0.320;QD=11.20;ReadPosRankSum=-0.015;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,17:37:99:445,0,457 GL000212.1 5005 . A G 55.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=40.26;MQRankSum=-1.231;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:62.07:85,0,62 GL000212.1 6313 . T C 243.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.165;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9558;MQ0=1;MQ=46.25;MQRankSum=1.395;QD=13.55;ReadPosRankSum=1.588;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:274,0,242 GL000212.1 6338 . G C 443.33 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.018;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.9052;MQ0=1;MQ=44.11;MQRankSum=-2.115;QD=19.28;ReadPosRankSum=0.627;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:99:473,0,145 GL000212.1 6385 . GTCT G 714.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.505;DP=75;FS=3.741;HRun=0;HaplotypeScore=569.3834;MQ0=0;MQ=49.21;MQRankSum=-1.946;QD=8.40;ReadPosRankSum=3.593;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:60,25:75:99:753,0,2340 GL000212.1 6513 . G A 1087.77 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.761;DP=152;Dels=0.00;FS=0.773;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=10;MQ=41.27;MQRankSum=-3.020;QD=7.16;ReadPosRankSum=-2.404;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:95,57:152:99:1118,0,2343 GL000212.1 6537 . G GTTTT 1799.51 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.717;DP=79;FS=6.408;HRun=4;HaplotypeScore=358.6812;MQ0=2;MQ=45.17;MQRankSum=-6.520;QD=21.42;ReadPosRankSum=-0.717;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:62,22:79:99:1839,0,2075 GL000212.1 6623 . T C 290.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.477;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=12.9936;MQ0=0;MQ=50.48;MQRankSum=-1.504;QD=5.81;ReadPosRankSum=0.553;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,13:50:99:320,0,1084 GL000212.1 6626 . A G 1000.28 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.965;DP=50;Dels=0.00;FS=1.335;HRun=0;HaplotypeScore=12.9936;MQ0=1;MQ=48.92;MQRankSum=-2.662;QD=20.01;ReadPosRankSum=1.081;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,38:50:99:1030,0,332 GL000212.1 6694 . CTT C 116.27 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.212;DP=46;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=241.2137;MQ0=1;MQ=54.62;MQRankSum=-0.342;QD=2.47;ReadPosRankSum=0.571;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:41,6:46:99:155,0,2183 GL000212.1 6737 . C CA 560.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.499;DP=41;FS=5.153;HRun=1;HaplotypeScore=260.4969;MQ0=0;MQ=55.98;MQRankSum=0.097;QD=13.66;ReadPosRankSum=-0.925;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,16:41:99:599,0,815 GL000212.1 6841 . T C 3787.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.267;DP=171;Dels=0.00;FS=2.480;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.50;MQRankSum=1.569;QD=22.15;ReadPosRankSum=0.780;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,137:171:99:3788,0,589 GL000212.1 6852 . G A 3632.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.471;DP=165;Dels=0.00;FS=3.574;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=58.18;MQRankSum=-1.799;QD=22.02;ReadPosRankSum=0.100;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,132:165:99:3633,0,605 GL000212.1 6930 . A G 2161.91 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.861;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9130;MQ0=0;MQ=54.47;MQRankSum=-1.830;QD=25.43;ReadPosRankSum=1.015;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,74:85:99:2192,0,118 GL000212.1 7002 . G A 476.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.008;DP=58;Dels=0.00;FS=1.105;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=1;MQ=47.04;MQRankSum=-5.041;QD=8.21;ReadPosRankSum=0.254;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,23:58:99:506,0,1052 GL000212.1 7015 . G A 1210.60 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.142;DP=58;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.51;MQRankSum=-2.353;QD=20.87;ReadPosRankSum=-1.521;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,49:58:99:1241,0,144 GL000212.1 7089 . T G 1153.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.758;DP=50;Dels=0.00;FS=5.186;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=48.39;MQRankSum=-2.064;QD=23.08;ReadPosRankSum=-0.677;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,45:50:36.78:1184,0,37 GL000212.1 35319 . G C 282.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.723;DP=31;Dels=0.00;FS=4.111;HRun=1;HaplotypeScore=2.7802;MQ0=0;MQ=58.38;MQRankSum=0.186;QD=9.10;ReadPosRankSum=1.259;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,11:31:99:312,0,503 GL000212.1 36107 . G T 402.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.968;DP=23;Dels=0.00;FS=2.520;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=3;MQ=40.68;MQRankSum=-3.317;QD=17.50;ReadPosRankSum=-1.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,18:23:99:433,0,149 GL000212.1 82788 . G A 988.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.665;DP=73;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=44.79;MQRankSum=-3.757;QD=13.54;ReadPosRankSum=-2.024;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,45:73:99:1019,0,839 GL000212.1 136038 . G A 361.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.411;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=2;MQ=42.52;MQRankSum=0.269;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.269;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,17:41:99:392,0,530 GL000212.1 136251 . G A 514.42 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.648;DP=45;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.91;MQRankSum=0.762;QD=11.43;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,21:45:99:544,0,630 GL000212.1 138469 . G A 216.11 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.228;DP=21;Dels=0.00;FS=1.848;HRun=0;HaplotypeScore=0.9997;MQ0=1;MQ=51.57;MQRankSum=-1.899;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.608;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,9:21:99:246,0,259 GL000193.1 77475 . A G 84.98 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.731;QD=17.00;ReadPosRankSum=0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,4:5:9.03:117,9,0 GL000193.1 90948 . G A 71.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.73;MQRankSum=0.736;QD=11.84;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:27.97:101,0,28 GL000194.1 3143 . G C 50.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.03;MQRankSum=0.731;QD=10.11;ReadPosRankSum=-0.731;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,4:5:18.64:81,0,19 GL000194.1 11224 . T C 226.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=21;Dels=0.00;FS=1.871;HRun=0;HaplotypeScore=2.6000;MQ0=1;MQ=40.87;MQRankSum=-3.356;QD=10.80;ReadPosRankSum=-1.350;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,13:21:99:257,0,179 GL000194.1 11304 . A G 175.01 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.107;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=40.23;MQRankSum=-3.589;QD=7.95;ReadPosRankSum=0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,13:22:99:205,0,244 GL000194.1 56183 . T C 61.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.537;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=1;MQ=44.37;MQRankSum=-1.537;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.406;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:67.51:91,0,68 GL000194.1 56462 . A G 476.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.453;DP=30;Dels=0.00;FS=4.703;HRun=0;HaplotypeScore=3.8290;MQ0=0;MQ=48.25;MQRankSum=-4.519;QD=15.90;ReadPosRankSum=-0.904;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,19:30:99:507,0,275 GL000194.1 56472 . A G 277.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.549;DP=19;Dels=0.00;FS=4.102;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.84;MQRankSum=-3.592;QD=14.58;ReadPosRankSum=-1.310;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,12:19:99:307,0,223 GL000194.1 56924 . G A 231 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.525;DP=38;Dels=0.00;FS=3.323;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ0=1;MQ=43.00;MQRankSum=-1.734;QD=6.08;ReadPosRankSum=0.875;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,14:38:99:261,0,573 GL000194.1 56940 . C T 216.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.873;DP=33;Dels=0.00;FS=3.743;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=41.25;MQRankSum=-1.216;QD=6.56;ReadPosRankSum=2.040;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,12:33:99:247,0,523 GL000194.1 58531 . T G 141.93 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9983;MQ0=0;MQ=49.29;MQRankSum=-1.666;QD=15.77;ReadPosRankSum=0.762;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:52.63:172,0,53 GL000194.1 58592 . T C 188.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.386;DP=14;Dels=0.00;FS=9.890;HRun=0;HaplotypeScore=5.5304;MQ0=0;MQ=45.97;MQRankSum=-3.165;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.193;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,8:14:99:218,0,156 GL000194.1 58593 . G T 87.55 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.354;DP=14;Dels=0.00;FS=10.925;HRun=1;HaplotypeScore=4.6638;MQ0=0;MQ=45.97;MQRankSum=-1.344;QD=6.25;ReadPosRankSum=0.495;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,4:14:99:118,0,233 GL000225.1 23416 . A G 102.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.450;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9962;MQ0=0;MQ=45.28;MQRankSum=-2.450;QD=10.23;ReadPosRankSum=-0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:132,0,161 GL000225.1 23422 . A T 82.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.307;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9949;MQ0=0;MQ=44.13;MQRankSum=-2.219;QD=6.88;ReadPosRankSum=-1.307;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,4:12:99:113,0,159 GL000225.1 23482 . G A 270.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.050;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.2003;MQ0=0;MQ=46.75;MQRankSum=0.018;QD=8.20;ReadPosRankSum=-0.571;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:20,13:33:99:301,0,436 GL000225.1 23601 . C T 290.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.725;DP=30;Dels=0.00;FS=1.569;HRun=0;HaplotypeScore=5.8404;MQ0=0;MQ=40.98;MQRankSum=-1.600;QD=9.67;ReadPosRankSum=0.769;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,14:30:99:320,0,398 GL000225.1 23699 . CT C 265.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.843;DP=93;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=980.8771;MQ0=5;MQ=45.35;MQRankSum=4.046;QD=2.58;ReadPosRankSum=3.415;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:86,17:93:99:305,0,3020 GL000225.1 23730 . A G 1564.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.594;DP=116;Dels=0.00;FS=0.874;HRun=0;HaplotypeScore=10.6120;MQ0=5;MQ=47.29;MQRankSum=3.130;QD=13.49;ReadPosRankSum=-3.614;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:52,64:116:99:1594,0,850 GL000225.1 23796 . T G 673.17 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.705;DP=43;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=4;HaplotypeScore=2.8917;MQ0=0;MQ=54.64;MQRankSum=-1.577;QD=15.66;ReadPosRankSum=0.281;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,24:43:99:703,0,539 GL000225.1 23812 . C A 655.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.866;DP=39;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.88;MQRankSum=-2.195;QD=16.80;ReadPosRankSum=0.099;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,22:39:99:685,0,452 GL000225.1 23892 . C T 117.09 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.159;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9963;MQ0=0;MQ=56.83;MQRankSum=-1.652;QD=13.01;ReadPosRankSum=0.361;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:147,0,127 GL000225.1 23893 . A C 204.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.179;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9963;MQ0=0;MQ=56.83;MQRankSum=-0.762;QD=22.67;ReadPosRankSum=-0.067;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:45.15:234,0,45 GL000225.1 30052 . A G 67.62 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.358;QD=13.52;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:58:98,0,58 GL000225.1 30114 . G A 58.61 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.937;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.550;QD=8.37;ReadPosRankSum=-0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,3:7:88.60:89,0,107 GL000225.1 30171 . A G 467.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.284;DP=28;Dels=0.00;FS=3.852;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=58.33;MQRankSum=-1.510;QD=16.69;ReadPosRankSum=0.599;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,18:28:99:497,0,247 GL000225.1 30206 . G A 726.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.052;DP=47;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=7.8723;MQ0=0;MQ=56.99;MQRankSum=-0.919;QD=15.46;ReadPosRankSum=0.232;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,30:47:99:757,0,409 GL000225.1 30282 . T C 826.90 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.055;DP=36;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9963;MQ0=0;MQ=56.66;MQRankSum=-1.218;QD=22.97;ReadPosRankSum=-0.300;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:10,26:36:99:857,0,228 GL000225.1 30302 . C A 709.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.511;DP=37;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=56.76;MQRankSum=0.748;QD=19.17;ReadPosRankSum=-2.275;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,24:37:99:739,0,326 GL000225.1 30353 . T C 828.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.605;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.28;MQRankSum=-1.545;QD=20.20;ReadPosRankSum=1.666;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,29:41:99:858,0,185 GL000225.1 30430 . C T 714.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.093;DP=75;Dels=0.00;FS=4.689;HRun=1;HaplotypeScore=2.8083;MQ0=1;MQ=53.70;MQRankSum=0.540;QD=9.52;ReadPosRankSum=0.322;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:43,32:75:99:744,0,974 GL000225.1 30450 . C T 659.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.968;DP=70;Dels=0.00;FS=2.060;HRun=0;HaplotypeScore=7.6910;MQ0=0;MQ=53.70;MQRankSum=0.769;QD=9.42;ReadPosRankSum=0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:39,29:70:99:689,0,1020 GL000225.1 30463 . A C 1186.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.429;DP=60;Dels=0.00;FS=2.451;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.79;MQRankSum=0.591;QD=19.77;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,43:60:99:1216,0,368 GL000225.1 30527 . G A 294.12 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.921;DP=32;Dels=0.00;FS=3.853;HRun=0;HaplotypeScore=1.8650;MQ0=0;MQ=51.30;MQRankSum=-1.918;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.499;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,13:32:99:324,0,600 GL000225.1 30535 . A G 262.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.415;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=48.48;MQRankSum=-3.098;QD=9.72;ReadPosRankSum=-2.513;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,12:27:99:292,0,405 GL000225.1 30551 . G A 148.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.085;DP=25;Dels=0.00;FS=2.066;HRun=0;HaplotypeScore=1.7870;MQ0=0;MQ=48.58;MQRankSum=-3.878;QD=5.95;ReadPosRankSum=-1.783;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:179,0,513 GL000225.1 30576 . G T 200.03 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.897;DP=25;Dels=0.00;FS=2.172;HRun=0;HaplotypeScore=2.6320;MQ0=0;MQ=52.12;MQRankSum=1.444;QD=8.00;ReadPosRankSum=-2.633;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,9:25:99:230,0,426 GL000225.1 30594 . T C 349.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.083;DP=19;Dels=0.00;FS=2.846;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ0=0;MQ=53.61;MQRankSum=-0.787;QD=18.39;ReadPosRankSum=1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,14:19:99:379,0,129 GL000225.1 30658 . A C 132.48 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.529;DP=12;Dels=0.00;FS=7.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.19;MQRankSum=0.135;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.135;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,7:12:99:162,0,163 GL000225.1 30659 . G A 92.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.453;DP=10;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.95;MQRankSum=-0.676;QD=9.22;ReadPosRankSum=0.851;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,5:10:99:122,0,157 GL000225.1 30742 . G A 57.57 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.248;DP=9;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=2.9985;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=0.248;QD=6.40;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,3:9:87.57:88,0,145 GL000225.1 30827 . T C 76.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.221;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=49.97;MQRankSum=-1.920;QD=9.53;ReadPosRankSum=1.221;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,5:8:62.90:106,0,63 GL000225.1 30852 . A C 137.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=0;MQ=48.37;MQRankSum=0.742;QD=19.64;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:3.66:167,0,4 GL000225.1 30855 . C A 58.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.754;DP=7;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=48.37;MQRankSum=0.000;QD=8.35;ReadPosRankSum=0.550;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,4:7:72.29:88,0,72 GL000225.1 36463 . C T 388.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.180;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8621;MQ0=0;MQ=45.89;MQRankSum=-0.635;QD=15.56;ReadPosRankSum=1.906;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,18:25:99:419,0,161 GL000225.1 36486 . G A 133.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.619;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.51;MQRankSum=1.098;QD=5.14;ReadPosRankSum=1.272;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,7:26:99:164,0,438 GL000225.1 36491 . C T 414.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.786;DP=25;Dels=0.00;FS=1.824;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.17;MQRankSum=-0.845;QD=16.57;ReadPosRankSum=-1.369;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,17:25:99:444,0,203 GL000225.1 36596 . G A 261.22 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.842;DP=33;Dels=0.00;FS=1.544;HRun=0;HaplotypeScore=5.4831;MQ0=0;MQ=53.29;MQRankSum=-0.411;QD=7.92;ReadPosRankSum=0.803;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:23,10:33:99:291,0,615 GL000225.1 36627 . C T 384.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.866;DP=44;Dels=0.00;FS=1.271;HRun=0;HaplotypeScore=6.6036;MQ0=0;MQ=52.14;MQRankSum=0.720;QD=8.73;ReadPosRankSum=0.256;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:28,16:44:99:414,0,719 GL000225.1 36646 . C T 275.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.791;DP=42;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=8.9938;MQ0=0;MQ=52.19;MQRankSum=0.481;QD=6.56;ReadPosRankSum=0.151;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:27,14:42:99:305,0,756 GL000225.1 36647 . G A 685.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.455;DP=42;Dels=0.00;FS=1.491;HRun=3;HaplotypeScore=8.9938;MQ0=0;MQ=52.19;MQRankSum=1.592;QD=16.31;ReadPosRankSum=1.112;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:19,23:42:99:715,0,413 GL000225.1 36660 . C T 908.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.796;DP=49;Dels=0.00;FS=3.318;HRun=0;HaplotypeScore=9.4463;MQ0=0;MQ=53.97;MQRankSum=3.287;QD=18.54;ReadPosRankSum=-0.011;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,32:49:99:938,0,370 GL000225.1 36679 . G A 375.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.009;DP=52;Dels=0.00;FS=7.994;HRun=0;HaplotypeScore=12.1271;MQ0=0;MQ=53.64;MQRankSum=0.549;QD=7.22;ReadPosRankSum=-1.549;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:35,17:52:99:405,0,811 GL000225.1 36690 . C T 1015.76 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.350;DP=60;Dels=0.00;FS=4.383;HRun=1;HaplotypeScore=6.4593;MQ0=0;MQ=55.48;MQRankSum=1.562;QD=16.93;ReadPosRankSum=-0.128;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:24,36:60:99:1046,0,541 GL000225.1 36710 . G A 1044.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.728;DP=80;Dels=0.00;FS=2.033;HRun=0;HaplotypeScore=6.7563;MQ0=1;MQ=54.97;MQRankSum=1.865;QD=13.05;ReadPosRankSum=0.743;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,43:80:99:1074,0,755 GL000225.1 36782 . C G 2382.05 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.563;DP=99;Dels=0.00;FS=4.829;HRun=1;HaplotypeScore=5.9053;MQ0=6;MQ=47.94;MQRankSum=0.972;QD=24.06;ReadPosRankSum=1.648;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,82:99:99:2415,163,0 GL000225.1 36810 . G A 857.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.266;DP=74;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=12.2750;MQ0=2;MQ=45.59;MQRankSum=3.213;QD=11.59;ReadPosRankSum=-0.062;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,32:74:99:887,0,773 GL000225.1 36954 . C A 160.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.179;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=54.09;MQRankSum=-0.067;QD=17.87;ReadPosRankSum=-1.179;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,7:9:23.73:191,0,24 GL000225.1 37589 . T C 52.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.231;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.358;QD=10.44;ReadPosRankSum=1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:65.51:82,0,66 GL000225.1 37605 . C T 77.37 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.421;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:107,0,107 GL000225.1 37607 . A G 75.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.368;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=60.00;MQRankSum=-0.421;QD=9.49;ReadPosRankSum=0.421;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:94.28:106,0,94 GL000225.1 37672 . C A 96.13 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.368;DP=8;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=57.05;MQRankSum=-0.421;QD=12.02;ReadPosRankSum=-1.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,4:8:99:126,0,126 GL000225.1 52844 . C T 133.75 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=3.9954;MQ0=0;MQ=55.21;MQRankSum=0.741;QD=13.37;ReadPosRankSum=-0.741;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,6:10:92.71:164,0,93 GL000225.1 53190 . T C 576.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.756;DP=57;Dels=0.00;FS=4.291;HRun=3;HaplotypeScore=6.6335;MQ0=0;MQ=48.06;MQRankSum=-0.008;QD=10.12;ReadPosRankSum=-0.968;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:34,23:57:99:607,0,912 GL000225.1 53216 . C G 528.39 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.499;DP=64;Dels=0.00;FS=3.772;HRun=3;HaplotypeScore=7.6817;MQ0=0;MQ=49.50;MQRankSum=0.308;QD=8.26;ReadPosRankSum=0.868;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:558,0,1008 GL000225.1 53472 . G T 67.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.358;DP=5;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=41.52;MQRankSum=1.231;QD=13.41;ReadPosRankSum=0.358;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,3:5:28.33:97,0,28 GL000225.1 54097 . C T 71.45 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.696;DP=13;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=44.66;MQRankSum=0.271;QD=5.50;ReadPosRankSum=-0.533;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,5:13:99:101,0,141 GL000225.1 58143 . G A 89.87 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.034;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.9468;MQ0=0;MQ=52.41;MQRankSum=0.896;QD=8.17;ReadPosRankSum=-2.520;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,4:11:99:120,0,160 GL000225.1 58154 . C T 234.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.740;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.8670;MQ0=0;MQ=53.09;MQRankSum=1.109;QD=19.57;ReadPosRankSum=-2.219;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,9:12:50.29:265,0,50 GL000225.1 58202 . G A 623.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.942;DP=35;Dels=0.00;FS=2.580;HRun=1;HaplotypeScore=4.8919;MQ0=0;MQ=52.58;MQRankSum=1.439;QD=17.82;ReadPosRankSum=0.551;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,24:35:99:654,0,254 GL000225.1 58334 . C A 748.95 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.538;DP=54;Dels=0.00;FS=6.890;HRun=0;HaplotypeScore=7.9618;MQ0=0;MQ=47.68;MQRankSum=1.413;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.205;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:21,27:54:99:779,0,455 GL000225.1 58359 . G GAC 2003.01 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=39;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=354.7172;MQ0=0;MQ=50.47;QD=50.08;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:4,35:39:99:2045,112,0 GL000225.1 58393 . T C 1292.23 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=-0.380;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9734;MQ0=0;MQ=51.16;MQRankSum=1.479;QD=31.52;ReadPosRankSum=1.564;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,40:41:95.60:1325,96,0 GL000225.1 58438 . G A 363.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.357;DP=58;Dels=0.00;FS=4.823;HRun=2;HaplotypeScore=3.4442;MQ0=0;MQ=50.30;MQRankSum=0.183;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.461;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:42,16:58:99:394,0,1208 GL000225.1 58449 . C A 648.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.041;DP=64;Dels=0.00;FS=2.328;HRun=1;HaplotypeScore=8.7322;MQ0=0;MQ=51.70;MQRankSum=2.126;QD=10.14;ReadPosRankSum=-1.237;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:38,26:64:99:679,0,976 GL000225.1 58458 . C T 750.05 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.515;DP=69;Dels=0.00;FS=3.609;HRun=0;HaplotypeScore=11.7041;MQ0=1;MQ=51.46;MQRankSum=1.153;QD=10.87;ReadPosRankSum=-1.460;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:36,33:69:99:780,0,766 GL000225.1 58541 . C T 341.20 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.399;DP=52;Dels=0.00;FS=5.418;HRun=0;HaplotypeScore=3.7208;MQ0=3;MQ=48.68;MQRankSum=-1.898;QD=6.56;ReadPosRankSum=-0.315;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:37,15:52:99:371,0,902 GL000225.1 58627 . G A 236.84 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.922;DP=16;Dels=0.00;FS=2.774;HRun=0;HaplotypeScore=5.8404;MQ0=0;MQ=46.47;MQRankSum=1.464;QD=14.80;ReadPosRankSum=1.898;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,10:16:99:267,0,113 GL000225.1 58644 . A C 301.02 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.293;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9434;MQ0=0;MQ=48.18;MQRankSum=-0.764;QD=20.07;ReadPosRankSum=-0.085;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,13:15:39.11:331,0,39 GL000225.1 58669 . C T 168.04 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.855;DP=13;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.24;MQRankSum=0.386;QD=12.93;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,9:13:99:198,0,100 GL000225.1 64301 . G A 60.19 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.920;DP=8;Dels=0.00;FS=3.332;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.30;MQRankSum=-1.221;QD=7.52;ReadPosRankSum=-0.684;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,3:8:90.18:90,0,118 GL000225.1 64344 . C T 96.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.307;DP=9;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.11;MQRankSum=0.361;QD=10.77;ReadPosRankSum=-1.159;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,5:9:99:127,0,122 GL000225.1 64405 . A C 149.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.296;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ0=0;MQ=42.58;MQRankSum=-0.546;QD=14.95;ReadPosRankSum=0.296;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,7:10:78.86:180,0,79 GL000225.1 64427 . G T 134.29 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.637;DP=11;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ0=0;MQ=41.53;MQRankSum=0.717;QD=12.21;ReadPosRankSum=-1.186;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,6:11:99:164,0,141 GL000225.1 64532 . T C 307.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.622;DP=35;Dels=0.00;FS=1.960;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ0=0;MQ=51.21;MQRankSum=-2.987;QD=8.79;ReadPosRankSum=-0.324;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:337,0,607 GL000225.1 64607 . G A 953.74 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.385;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=52.38;MQRankSum=2.491;QD=14.90;ReadPosRankSum=-0.853;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:25,39:64:99:984,0,630 GL000225.1 64657 . G A 227.86 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.469;DP=35;Dels=0.00;FS=10.788;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ0=0;MQ=48.46;MQRankSum=2.216;QD=6.51;ReadPosRankSum=-0.523;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,12:35:99:258,0,659 GL000225.1 64677 . C T 522.67 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.246;DP=28;Dels=0.00;FS=4.043;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.55;MQRankSum=-0.984;QD=18.67;ReadPosRankSum=-1.820;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,19:28:99:553,0,181 GL000225.1 64685 . G A 151.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.283;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.9890;MQ0=0;MQ=44.24;MQRankSum=0.437;QD=5.63;ReadPosRankSum=1.877;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,9:27:99:182,0,511 GL000225.1 64688 . C T 123.52 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.705;DP=24;Dels=0.00;FS=8.280;HRun=0;HaplotypeScore=7.9052;MQ0=0;MQ=42.40;MQRankSum=-2.358;QD=5.15;ReadPosRankSum=-0.276;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,8:24:99:154,0,478 GL000225.1 64725 . C A 333.98 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.774;DP=26;Dels=0.00;FS=1.875;HRun=0;HaplotypeScore=7.8917;MQ0=0;MQ=46.44;MQRankSum=0.334;QD=12.85;ReadPosRankSum=-1.003;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:12,14:26:99:364,0,291 GL000225.1 64754 . G T 133.81 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.452;DP=23;Dels=0.00;FS=1.922;HRun=0;HaplotypeScore=2.9698;MQ0=0;MQ=43.28;MQRankSum=-0.549;QD=5.82;ReadPosRankSum=-1.452;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:15,8:23:99:164,0,407 GL000225.1 64766 . C T 288.14 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.333;DP=25;Dels=0.00;FS=4.481;HRun=0;HaplotypeScore=9.5235;MQ0=0;MQ=40.99;MQRankSum=0.637;QD=11.53;ReadPosRankSum=0.753;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,13:25:99:318,0,244 GL000225.1 64899 . A G 198.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.501;DP=18;Dels=0.00;FS=6.410;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.78;MQRankSum=-1.325;QD=11.05;ReadPosRankSum=1.236;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:229,0,210 GL000225.1 64918 . T C 241.63 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.963;DP=20;Dels=0.00;FS=3.310;HRun=1;HaplotypeScore=1.8801;MQ0=0;MQ=46.82;MQRankSum=-1.292;QD=12.08;ReadPosRankSum=-1.899;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,11:20:99:272,0,201 GL000225.1 72420 . C T 118.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=43.00;MQRankSum=-0.736;QD=19.71;ReadPosRankSum=-0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:8.64:148,0,9 GL000225.1 72639 . G A 168.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.747;DP=8;Dels=0.00;FS=4.771;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.63;MQRankSum=-0.747;QD=21.01;ReadPosRankSum=-0.747;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,7:8:11.24:198,0,11 GL000225.1 72657 . G A 136.99 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.742;DP=7;Dels=0.00;FS=6.990;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=47.54;MQRankSum=-0.742;QD=19.57;ReadPosRankSum=0.742;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,6:7:12.43:167,0,12 GL000225.1 72779 . C T 365.80 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=20;Dels=0.00;FS=5.304;HRun=0;HaplotypeScore=3.7089;MQ0=0;MQ=43.47;MQRankSum=1.743;QD=18.29;ReadPosRankSum=0.872;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,13:20:99:396,0,114 GL000225.1 72828 . A G 628.69 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.414;DP=33;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=3.8867;MQ0=0;MQ=45.59;MQRankSum=2.234;QD=19.05;ReadPosRankSum=-1.076;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,29:33:8.72:658,0,9 GL000225.1 73175 . C A 189.26 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.524;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.9889;MQ0=0;MQ=46.10;MQRankSum=1.256;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.696;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,8:13:99:219,0,151 GL000225.1 79301 . G A 74.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.380;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=0.720;QD=12.42;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,4:6:54.58:104,0,55 GL000225.1 79338 . A G 107.25 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.736;DP=6;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=55.72;MQRankSum=0.736;QD=17.88;ReadPosRankSum=0.736;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:1,5:6:14.58:137,0,15 GL000225.1 79411 . T A 136.21 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.811;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9722;MQ0=0;MQ=51.78;MQRankSum=-0.660;QD=10.48;ReadPosRankSum=-1.200;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:166,0,217 GL000225.1 79419 . G A 156.82 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.791;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9686;MQ0=0;MQ=49.53;MQRankSum=0.660;QD=12.06;ReadPosRankSum=2.074;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:7,6:13:99:187,0,194 GL000225.1 79508 . T C 227.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.423;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.8138;MQ0=0;MQ=42.90;MQRankSum=-0.930;QD=16.23;ReadPosRankSum=0.423;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:14:70.80:257,0,71 GL000225.1 79533 . C T 91.34 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.200;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.8902;MQ0=0;MQ=44.25;MQRankSum=-1.067;QD=6.09;ReadPosRankSum=-0.933;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,5:15:99:121,0,223 GL000225.1 79554 . A G 177.16 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.694;DP=19;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9185;MQ0=0;MQ=48.64;MQRankSum=-0.204;QD=9.32;ReadPosRankSum=-0.449;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,10:19:99:207,0,220 GL000225.1 79562 . C T 191.24 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.589;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9443;MQ0=0;MQ=50.77;MQRankSum=0.971;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.265;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:221,0,195 GL000225.1 79607 . G T 397.83 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.234;DP=48;Dels=0.00;FS=1.431;HRun=1;HaplotypeScore=4.8894;MQ0=7;MQ=43.00;MQRankSum=3.370;QD=8.29;ReadPosRankSum=0.338;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:33,15:48:99:428,0,626 GL000225.1 79795 . C G 199.07 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.774;DP=21;Dels=0.00;FS=4.665;HRun=1;HaplotypeScore=4.7799;MQ0=0;MQ=43.95;MQRankSum=0.471;QD=9.48;ReadPosRankSum=0.760;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,8:21:99:229,0,302 GL000225.1 79846 . G A 462.31 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.552;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=8.9899;MQ0=0;MQ=49.84;MQRankSum=1.535;QD=12.17;ReadPosRankSum=-1.242;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:18,20:38:99:492,0,508 GL000225.1 79848 . C T 243.59 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.516;DP=41;Dels=0.00;FS=1.430;HRun=0;HaplotypeScore=8.9899;MQ0=0;MQ=49.31;MQRankSum=0.044;QD=5.94;ReadPosRankSum=0.368;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:30,11:41:99:274,0,831 GL000225.1 79942 . C T 624.96 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.607;DP=41;Dels=0.00;FS=1.670;HRun=0;HaplotypeScore=4.8670;MQ0=0;MQ=50.22;MQRankSum=-1.442;QD=15.24;ReadPosRankSum=-1.336;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:17,24:41:99:655,0,441 GL000225.1 79943 . A G 658.68 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.503;DP=41;Dels=0.00;FS=1.670;HRun=0;HaplotypeScore=4.8670;MQ0=0;MQ=50.22;MQRankSum=-0.842;QD=16.07;ReadPosRankSum=-0.895;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:16,25:41:99:689,0,382 GL000225.1 79977 . C T 116.78 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.123;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.9202;MQ0=0;MQ=47.32;MQRankSum=-2.534;QD=7.79;ReadPosRankSum=1.002;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,6:15:99:147,0,225 GL000225.1 90070 . G T 311.71 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.564;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9185;MQ0=0;MQ=47.93;MQRankSum=1.179;QD=11.99;ReadPosRankSum=-1.231;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:13,13:26:99:342,0,307 GL000225.1 90080 . C T 280.94 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.742;DP=35;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9717;MQ0=8;MQ=43.45;MQRankSum=0.849;QD=8.03;ReadPosRankSum=-0.655;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:22,13:35:99:311,0,331 GL000225.1 90195 . C T 281.23 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.172;DP=16;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=46.75;MQRankSum=-2.606;QD=17.58;ReadPosRankSum=-1.133;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:5,11:16:99:311,0,156 GL000225.1 90219 . G A 99.36 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.699;DP=16;Dels=0.00;FS=2.363;HRun=0;HaplotypeScore=3.8143;MQ0=0;MQ=42.91;MQRankSum=1.020;QD=6.21;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:11,5:16:99:129,0,297 GL000225.1 90276 . TTCC T 276.54 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.141;DP=15;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=223.1347;MQ0=0;MQ=42.55;MQRankSum=-0.752;QD=18.44;ReadPosRankSum=-1.099;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:316,0,547 GL000225.1 90282 . C A 178.65 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.604;DP=15;Dels=0.00;FS=2.246;HRun=1;HaplotypeScore=4.8670;MQ0=0;MQ=42.55;MQRankSum=1.678;QD=11.91;ReadPosRankSum=1.447;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:8,7:15:99:209,0,213 GL000225.1 90324 . G A 325.51 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.470;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=51.67;MQRankSum=1.203;QD=25.04;ReadPosRankSum=1.203;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,12:13:3.48:356,3,0 GL000225.1 90351 . G A 219.70 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.778;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9983;MQ0=0;MQ=49.26;MQRankSum=1.061;QD=15.69;ReadPosRankSum=1.061;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:4,10:14:77.42:250,0,77 GL000225.1 90393 . C T 282.97 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.557;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=10.5656;MQ0=0;MQ=44.46;MQRankSum=2.180;QD=18.86;ReadPosRankSum=-1.401;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,11:15:30.79:313,0,31 GL000225.1 90401 . A G 244.58 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.182;DP=12;Dels=0.00;FS=3.522;HRun=0;HaplotypeScore=7.8370;MQ0=0;MQ=41.26;MQRankSum=0.967;QD=20.38;ReadPosRankSum=2.041;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:2,10:12:22.05:275,0,22 GL000225.1 90426 . A G 223.32 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.474;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=47.17;MQRankSum=1.423;QD=20.30;ReadPosRankSum=-0.791;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:1,10:11:21.04:256,21,0 GL000225.1 90427 . C T 138.38 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.382;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.7887;MQ0=0;MQ=47.17;MQRankSum=1.931;QD=12.58;ReadPosRankSum=0.566;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:3,8:11:45.83:168,0,46 GL000192.1 101228 . T C 84.50 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.133;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=45.70;MQRankSum=-0.365;QD=8.45;ReadPosRankSum=-0.365;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:6,4:10:99:114,0,180 GL000192.1 101317 . A C 168.56 PASS AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.678;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ0=0;MQ=40.05;MQRankSum=-1.501;QD=9.36;ReadPosRankSum=0.442;set=variant2 GT:AD:DP:GQ:PL 0/1:9,9:18:99:199,0,214 GL000192.1 139953 . CTG C 585.64 PASS AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=22;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=84.4235;MQ0=8;MQ=39.34;QD=19.52;set=variant GT:AD:DP:GQ:PL 1/1:10,18:22:59.82:628,60,0